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      mNGS 在鸚鵡熱衣原體肺炎中的應用價值*

      2023-10-11 09:41:40馬晶楊舒婷楊敏黃國虹王昌敏新疆維吾爾自治區(qū)人民醫(yī)院臨床檢驗中心烏魯木齊830001
      臨床檢驗雜志 2023年7期
      關鍵詞:鸚鵡熱衣原體分析儀

      馬晶,楊舒婷,楊敏,黃國虹,王昌敏(新疆維吾爾自治區(qū)人民醫(yī)院臨床檢驗中心,烏魯木齊 830001)

      鸚鵡熱衣原體(Chlamydiapsittaci,Cps)是人獸共患病病原體,其感染的肺炎約占社區(qū)獲得性肺炎的1%[1-3]。鸚鵡熱衣原體肺炎發(fā)病率低,臨床癥狀特異性低。常規(guī)檢測方法包括血清學及分子生物學檢驗等[4-5],上述檢測方法周期長、陽性率低,易受抗生素治療的干擾,不能滿足臨床快速、準確診斷的需求,導致臨床對鸚鵡熱衣原體肺炎診斷困難,常被漏診或誤診。由于宏基因組二代測序技術(metagenomics next generation sequencing,mNGS)[6-8]具有無偏倚、廣覆蓋的優(yōu)勢,目前已廣泛應用于臨床,提高了鸚鵡熱衣原體的檢出率,從而使臨床醫(yī)師能夠對其進行及時有效的針對性治療。本文回顧性總結了17 例鸚鵡熱衣原體肺炎患者的臨床資料,分析其臨床病理參數及實驗室檢查指標,以期為診斷及治療鸚鵡熱衣原體肺炎提供參考。

      1 材料和方法

      1.1 研究對象 對2021 年7 月至2022 年8 月由新疆維吾爾自治區(qū)人民醫(yī)院收治的且經mNGS 檢測為鸚鵡熱衣原體肺炎患者17 例進行回顧性分析,男11 例,女6 例,年齡33~78 歲。對其一般資料、基礎疾病及臨床病理參數進行匯總。納入標準:(1)患者臨床資料完整。(2)患者均經mNGS檢出鸚鵡熱衣原體。排除標準:(1)合并其他系統(tǒng)感染者。(2)合并其他惡性腫瘤者。

      1.2 主要儀器及試劑 BC-6800PLUS 全自動細胞分析儀(深圳邁瑞生物醫(yī)療電子公司),ACL TOP750 LAS 全自動血凝分析儀(北京沃芬醫(yī)療器械商貿公司),c16000 全自動生化分析儀(美國Abbott 公司),cobas e411 電化學發(fā)光分析儀(德國Roche 公司),MGISEQ-2000 測序儀(深圳華大智造科技公司),C1000 梯度PCR 儀(美國Bio-Rad公司),QubitTM4 濃度測定儀、Invitrogen QubitTMdsDNA HS Assay 試劑盒、Invitrogen QubitTMssDNA HS Assay 試劑盒(美國賽默飛公司),病原破壁試劑盒(溶壁酶)、核酸提取或純化試劑、基因組DNA 片段化試劑盒、測序反應通用試劑盒(武漢華大智造科技公司)。

      1.3 標本采集 患者在抗菌藥物使用前,空腹采集靜脈全血標本2 mL,EDTA-K2抗凝,8 h 內4 ℃、1 600×g離心10 min,收集300 μL 血漿。肺泡灌洗液或氣管抽吸物按照無菌操作要求留取1 mL。標本置于-70 ℃保存。

      1.4 血液學指標檢測 采用BC-6800PLUS 全自動細胞分析儀檢測血常規(guī)各項參數,ACL TOP750 LAS 全自動血凝分析儀檢測凝血指標,c16000 全自動生化分析儀和cobas e411 電化學發(fā)光分析儀檢測生化指標。血液學各指標參考區(qū)間:白細胞計數:[WBC:(3.5~9.5)×109/L,電阻抗法];中性粒細胞百分比(NEUT%:40%~75%,電阻抗法);淋巴細胞百分比(LY%:20%~50%,電阻抗法);C 反應蛋白(CRP:0~8 mg/L,免疫比濁法);纖維蛋白原(Fib:2.0~4.0 g/L,凝固法);D-二聚體(D-D:0~0.5 mg/L,免疫比濁法);丙氨酸氨基轉移酶(ALT:9~60 U/L,速率法);天冬氨酸氨基轉移酶(AST:15~45 U/L,速率法);肌酸激酶(CK:50~310 U/L,速率法);乳酸脫氫酶(LDH:120~250 U/L,速率法);肌鈣蛋白T(cTnT:0~0.014 ng/mL,電化學發(fā)光法);B 型鈉尿肽(BNP:0~100 pg/mL,化學發(fā)光法);清蛋白(Alb:40~55 g/L,比色法)。

      1.5 mNGS 檢測 取患者的肺泡灌洗液或氣管抽吸物450 μL,加入7.2 μL 溶壁酶溫浴(30 ℃、10 min),加入玻璃珠進行物理破壁,混合震蕩后取300 μL 進行DNA 提取,陰、陽性質控品處理同實驗標本。提取后的DNA 使用QubitTM4 濃度測定儀測定濃度,取43 μL 濃度檢測合格的核酸標本進行酶切片段化、構建文庫(末端修復、接頭連接及PCR擴增)。按照QubitTMdsDNA HS Assay 試劑盒說明書進行文庫濃度的質控,根據檢測后的濃度將構建好的文庫按照等質量進行pooling,將pooling 混合后的文庫經環(huán)化形成單鏈環(huán)形結構,再經滾環(huán)復制(RCA)生成DNB 納米球,制備好的DNB 納米球加載至測序芯片,使用MGISEQ-2000 測序儀進行測序。測序數據下機后去除低質量的序列以獲得高質量的數據。通過BWA(BWA:http://bio-bwa.sourceforge.net/)比對,高質量數據中比對上人參考基因組序列的數據去除,剩下的數據在去除低復雜度reads 后與華大PMDB 病原數據庫進行比對,獲得能夠匹配到某種病原體的序列數,根據序列數的高低以及臨床其他檢測判讀可能的病原體。對于實驗檢測結果,先根據序列數的多少及種屬的排列位置,選取排名靠前的種屬且有致病性的病原體,結合臨床癥狀和其他實驗檢測結果,綜合判定致病微生物[6-10]。

      2 結果

      2.1 鸚鵡熱衣原體肺炎患者基本信息與臨床病理參數 17 例診斷為鸚鵡熱衣原體肺炎患者中,除6例無基礎病史外,其余均有高血壓、腦梗等病史。5例有鳥類、禽類接觸史,3 例不詳。臨床表現除2 例外其余均有發(fā)熱現象。見表1。

      表1 17 例鸚鵡熱衣原體肺炎患者的臨床病理參數

      2.2 各項實驗室檢查結果 17 例患者中,有3 例患者白細胞計數升高,6 例患者中性粒細胞百分比明顯增高,17 例患者C 反應蛋白、纖維蛋白原、D-二聚體均升高,11 例患者乳酸脫氫酶和7 例患者B 型鈉尿肽升高,15 例患者淋巴細胞百分比和14 例患者清蛋白降低。見表2。

      表2 17 例鸚鵡熱衣原體肺炎患者實驗室檢查結果分析

      2.3 鸚鵡熱衣原體肺炎患者mNGS 檢測結果 17例鸚鵡熱衣原體肺炎患者的mNGS 檢測結果見表3。其中9 例患者只檢出鸚鵡熱衣原體,另有部分患者還檢出金黃色葡萄球菌、鮑曼不動桿菌等細菌,煙曲霉等真菌以及皰疹病毒。

      表3 17 例鸚鵡熱衣原體肺炎患者mNGS 檢測結果

      3 討論

      鸚鵡熱衣原體是人畜共患病病原體[11],主要宿主為鸚鵡、鴿子等鳥類。人類多因吸入鳥類排泄物的氣溶膠引起肺炎[12],患者年齡多集中于中年人,且男性發(fā)病率高于女性[13]。本研究中感染者平均年齡為57 歲;男性占比64.71%,女性占比35.29%;其中29%的感染者有鳥類接觸史;88%的感染者有發(fā)熱癥狀,符合該病的流行病特征[14]。由于該病臨床癥狀不典型,因此對于有鳥類或禽類接觸史的發(fā)熱患者,需警惕鸚鵡熱衣原體感染,盡早進行診斷。

      研究表明,鸚鵡熱衣原體肺炎患者通常白細胞計數正?;蜉p微升高、中性粒細胞百分比、C 反應蛋白、降鈣素原、肌酸激酶、乳酸脫氫酶明顯升高。如果合并系統(tǒng)性疾病,患者可出現轉氨酶升高、低蛋白血癥、低鈉血癥和腎功能損害[15]。本研究的實驗室檢查結果證實,患者的白細胞計數、C 反應蛋白均升高,可作為感染的客觀指標。而淋巴細胞百分比下降,提示鸚鵡熱衣原體可能易于在免疫功能低下的宿主中引起感染。

      本研究中17 例患者mNGS 檢出鸚鵡熱衣原體核酸序列,結合臨床表現及接觸史明確診斷為鸚鵡熱衣原體肺炎。患者從出現臨床癥狀到檢出鸚鵡熱衣原體平均時間為5 d,部分病例檢出鸚鵡熱衣原體核酸序列數較多,這可能與檢測的標本類型、病情嚴重程度等有關。本次研究中還檢出其他病原體,但需結合患者臨床病理參數、實驗室檢查結果及檢出的序列數等綜合判定是否為感染的致病菌。17 例患者在mNGS 檢測結果顯示為鸚鵡熱衣原體感染后,根據患者病情嚴重程度、治療效果、病程時間等選擇性加用其他抗菌藥物治療,均好轉出院。這充分說明應用mNGS 技術在17 例患者的診治過程中顯示出了特有的優(yōu)勢,提高了鸚鵡熱衣原體肺炎診斷的準確性,提示臨床應盡早進行精準的抗感染治療,減少不必要抗菌藥物的使用,改善了患者預后。然而,目前mNGS 技術的結果解讀尚無統(tǒng)一的標準,致病菌和背景菌區(qū)分較難。本次實驗納入的病例數較少,這是本研究的不足之處,后期將繼續(xù)擴大樣本量對其進行更深入研究,以期更好地指導臨床診斷及治療。

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