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      鼠源性病毒實(shí)時(shí)熒光定量PCR檢測方法的建立及驗(yàn)證

      2023-11-24 08:04:00王吉王莎莎李威付瑞譚淑萍范婷婷鄭立群劉志堅(jiān)湯華東萬滔岳秉飛
      中國生物制品學(xué)雜志 2023年11期
      關(guān)鍵詞:拷貝數(shù)源性靈敏度

      王吉,王莎莎,李威,付瑞,譚淑萍,范婷婷,鄭立群,劉志堅(jiān),湯華東,萬滔,岳秉飛

      1.中國食品藥品檢定研究院國家實(shí)驗(yàn)動(dòng)物微生物遺傳檢測中心,北京 102629;2.舒泰神(北京)生物制藥股份有限公司,北京 100176;3.未名生物醫(yī)藥有限公司,福建廈門 361009;4.武漢海特生物制藥股份有限公司,湖北武漢 430056

      動(dòng)物源性制品存在攜帶人獸共患病毒的可能,為確保人用動(dòng)物源性生物制品的使用安全性,避免如漢坦、呼腸孤病毒Ⅲ型等人獸共患病毒的擴(kuò)散[1-2],人用藥品注冊技術(shù)國際協(xié)調(diào)會(huì)議(International Conference on Harmonization,ICH)及《歐洲藥典》EP10.2021對人用動(dòng)物源性原材料及制品均有病毒安全性評價(jià)及檢測的相關(guān)要求[3-4]?!吨袊幍洹啡浚?020 版)對人用動(dòng)物源性生物制品及原材料的使用安全性也有相應(yīng)要求,包括人用鼠源表皮生長因子、鼠源神經(jīng)生長因子、單克隆抗體等相關(guān)制品均需進(jìn)行8 種鼠源人獸共患外源病毒的檢測[5]。

      《中國藥典》三部(2015版)收錄的鼠源人獸共患外源病毒檢測方法包括細(xì)胞試驗(yàn)、動(dòng)物抗體產(chǎn)生試驗(yàn)、雞胚感染試驗(yàn)等方法,耗時(shí)較長、操作繁瑣、使用動(dòng)物數(shù)量較多,還會(huì)產(chǎn)生動(dòng)物干擾檢驗(yàn)結(jié)果等問題[5]。為避免上述不足,中國食品藥品檢定研究院(以下簡稱中檢院)和舒泰神(北京)生物制藥股份有限公司(以下簡稱舒泰神)建立了對8種鼠源性病毒的熒光定量PCR(real-time fluorescent quantitative PCR,Q-PCR)檢測方法,在此基礎(chǔ)上,由中檢院聯(lián)合舒泰神、廈門未名生物醫(yī)藥有限公司和武漢海特生物制藥股份有限公司3 家單位,對該方法進(jìn)行驗(yàn)證,以期用于鼠源性制品8種外源病毒的檢測。

      1 材料與方法

      1.1 病毒 淋巴細(xì)胞脈絡(luò)叢腦膜炎病毒(lymphocytic choriomeningitis virus,LCMV)、漢坦病毒(Hantavirus,HV)、鼠痘病毒(又名脫腳病病毒)(ectromelia virus,EctV/Mouse Pox,MPV)、仙臺病毒(Sendai virus,SV)、小鼠肺炎病毒(pneumonia virus of mice,PVM)、呼腸孤病毒Ⅲ型(reovirus type 3,Reo3)、鼠腺病毒(mouse adenovirus,MAdV)、小鼠白血病病毒(mouse leukemia virus,MuLv)、小鼠腦脊髓炎病毒(Theiler’s murine encephalomyelitis virus,TMEV)、腦心肌炎病毒(encephalomyocarditis virus,EMCV)、牛痘病毒(cowpox virus,CPV)、流感病毒H3N2(簡稱H3N2)、流感病毒B(influenza B virus,F(xiàn)lu B)、猴腺病毒(simian adenovirus,SAdV)、禽腺病毒Ⅰ型(fowl adenovirus groupⅠ,F(xiàn)AdV-Ⅰ)及禽白血病病毒(avian leukosis virus,ALV)均由中檢院實(shí)驗(yàn)動(dòng)物質(zhì)量檢測室保存并提供。

      1.2 樣品 26 批SARS-CoV-2 疫苗生產(chǎn)用單抗細(xì)胞株由國內(nèi)15 個(gè)廠家提供;15 批其他鼠源性制品(重組帶狀皰疹疫苗3 批、抗人CD3 抗體3 批、鼠神經(jīng)生長因子6 批、鼠表皮生長因子3 批)由國內(nèi)6 個(gè)廠家提供;陰性單抗細(xì)胞株(經(jīng)Q-PCR 法檢測確認(rèn)8 種病毒均為陰性)為國內(nèi)某廠家送檢的重組帶狀皰疹疫苗生產(chǎn)用單抗細(xì)胞株。

      1.3 主要試劑 8種病毒質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)品及EASY Dilution(for Real Time PCR)均購自寶生物工程(大連)有限公司;Taqman DNA Expression Master Mix購自美國ABI公司;RNA 快速提取試劑盒購自德國QIAGEN 公司;逆轉(zhuǎn)錄試劑盒購自美國Thermo公司。

      1.4 標(biāo)準(zhǔn)曲線的建立 委托Thermo 公司設(shè)計(jì)并合成針對8 種鼠源性病毒的引物和探針,見表1。按照《中國藥典》三部(2020 版)通則3303 鼠源性病毒檢查法,分別由中檢院、舒泰神、廈門未名生物醫(yī)藥有限公司、武漢海特生物制藥股份有限公司實(shí)驗(yàn)室(編碼1~4)進(jìn)行檢測。將質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)品用EASY Dilution 進(jìn)行10 倍系列稀釋(2 × 108~2 × 100copies/μL),取2×107~2×102copies/μL的質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)品進(jìn)行Q-PCR檢測,每個(gè)稀釋度設(shè)3個(gè)重復(fù)。PCR反應(yīng)體系為:RNase FreedH2O3.75μL,引物F/R(10μmol/L)各0.5μL,探針(10μmol/L)0.25μL,模板5μL,TaqmanDNAExpression Master Mix 10μL,共20μL。PCR反應(yīng)條件為:50 ℃保持2 min;95 ℃預(yù)變性10 min;95 ℃15 s,60 ℃1 min,共40 個(gè)循環(huán),在每個(gè)循環(huán)延伸結(jié)束時(shí)進(jìn)行熒光信號檢測[1-7]。探針的熒光標(biāo)記選擇FAM(5'端)作為報(bào)告發(fā)光基團(tuán),TAMRA(3'端)為淬滅基團(tuán)。以Ct為縱坐標(biāo),病毒標(biāo)準(zhǔn)品濃度為橫坐標(biāo),繪制標(biāo)準(zhǔn)曲線(取5~7 個(gè)稀釋度)[1,7],標(biāo)準(zhǔn)曲線的Slope 應(yīng)在-3~-3.5之間,R2應(yīng)>1±0.05,Eff應(yīng)在80%~120%之間。

      表1 8種病毒引物及探針序列Tab.1 Sequences of primers and probes of 8 viruses

      1.5 檢測方法 用RNA 快速提取試劑盒提取待檢病毒總RNA,逆轉(zhuǎn)錄合成cDNA,以其為模板進(jìn)行PCR擴(kuò)增,擴(kuò)增體系及條件同1.4 項(xiàng)。Ct≤35 且拷貝數(shù)≥10 copies/μL時(shí),判為陽性;Ct≤35且拷貝數(shù)<10或Ct>35且拷貝數(shù)≥10或Ct>35且拷貝數(shù)<10 copies/μL時(shí),判為陰性。

      1.6 方法的驗(yàn)證

      1.6.1 特異性 選擇LCMV、HV、EctV、SV、PVM、Reo3、MAdV、MuLv 8 種鼠源性病毒及相應(yīng)的小鼠其他易感病毒、同科同屬病毒及感染引起同類疾病的相關(guān)病毒[8-9],每種鼠源性病毒對應(yīng)的其他病毒見表2。按1.5 項(xiàng)方法于4 個(gè)實(shí)驗(yàn)室分別進(jìn)行檢測,以RNase Free dH2O作為陰性對照,每個(gè)樣品設(shè)3個(gè)重復(fù)[1,7]。8種鼠源性病毒應(yīng)有特異性病毒擴(kuò)增曲線產(chǎn)生,其他病毒應(yīng)無擴(kuò)增曲線。

      表2 8種病毒特異性驗(yàn)證用相關(guān)病毒Tab.2 Related viruses used for detection of specificity of Q-PCR method for 8 viruses

      1.6.2 靈敏度 將質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)品用EASY Dilution 稀釋為2×107~2×100copies/μL,按1.5 項(xiàng)方法,于4 個(gè)實(shí)驗(yàn)室分別進(jìn)行檢測,每個(gè)稀釋度設(shè)3 個(gè)重復(fù)[1,4]。靈敏度應(yīng)不低于2×102copies/μL。

      1.6.3 精密性 將質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)品用EASY Dilution 稀釋為2×103~2×107copies/μL,隨機(jī)選擇3 個(gè)連續(xù)濃度梯度,按1.5 項(xiàng)方法檢測3 次,每個(gè)濃度各設(shè)3 個(gè)重復(fù),計(jì)算3個(gè)重復(fù)的Ct和拷貝數(shù)變異系數(shù)(CV),即試驗(yàn)內(nèi)精密性;計(jì)算每個(gè)濃度梯度3 次檢測間Ct和拷貝數(shù)的CV,即試驗(yàn)間精密性。Ct和拷貝數(shù)的CV均應(yīng)<25%。4個(gè)實(shí)驗(yàn)室分別進(jìn)行檢測,每次檢測至少應(yīng)有3個(gè)實(shí)驗(yàn)室滿足上述結(jié)果要求[1,4]。

      1.7 病毒污染模擬試驗(yàn) 將LCMV、HV、EctV、SV、PVM、Reo3、MAdV、MuLv 8 種鼠源性病毒用無菌PBS 稀釋為10-1~10-8,將不同濃度梯度病毒按10%的體積分?jǐn)?shù)加入陰性單抗細(xì)胞株樣品中,取0.2 mL,采用1.5項(xiàng)方法進(jìn)行檢測。4個(gè)實(shí)驗(yàn)室分別進(jìn)行檢測,實(shí)驗(yàn)室間拷貝數(shù)檢測限相差應(yīng)≤1個(gè)數(shù)量級[1,7]。

      1.8 盲樣檢測 給每個(gè)廠家隨機(jī)分發(fā)32份陰性單抗細(xì)胞株樣品,每種病毒4份,其中2份加入不同量(1%~50%)的相應(yīng)病毒,混勻,即陽性樣品。2 份陰性及2份陽性樣品隨機(jī)編號1 ~4。采用1.5項(xiàng)方法進(jìn)行檢測,以RNase Free dH2O為陰性對照。檢出的陽性樣品,需用相同方法進(jìn)行復(fù)檢。4家單位檢出結(jié)果符合率應(yīng)為100%[1,7]。

      1.9 方法的應(yīng)用 用建立的方法檢測26批國內(nèi)15個(gè)廠家的SARS-CoV-2 疫苗生產(chǎn)用單抗細(xì)胞株及15 批國內(nèi)6個(gè)廠家其他鼠源性制品的8種外源病毒。

      1.10 數(shù)據(jù)采集及分析 應(yīng)用7500fast 軟件進(jìn)行數(shù)據(jù)采集、分析及作圖。

      2 結(jié)果

      2.1 標(biāo)準(zhǔn)曲線的建立 實(shí)驗(yàn)室1檢測LCMV的標(biāo)準(zhǔn)曲線圖見圖1,獲得曲線方程為:y= -3.284x+ 35.917,R2=0.999,實(shí)驗(yàn)室1 對其他病毒及其他實(shí)驗(yàn)室檢測的標(biāo)準(zhǔn)曲線均略。8 種病毒的Q-PCR 標(biāo)準(zhǔn)曲線參數(shù)均符合要求,見表3。

      圖1 實(shí)驗(yàn)室1檢測LCMV的標(biāo)準(zhǔn)曲線Fig.1 Standard curve of LCMV detection in laboratory 1

      表3 4個(gè)實(shí)驗(yàn)室建立8種病毒Q-PCR標(biāo)準(zhǔn)曲線參數(shù)匯總表Tab.3 Summary table of Q-PCR standard curve parameters of 8 viruses in 4 laboratories

      2.2 方法的驗(yàn)證

      2.2.1 特異性 Q-PCR 法檢測8 種病毒均可見明顯的擴(kuò)增曲線,陰性對照和其他病毒均無擴(kuò)增曲線產(chǎn)生。以實(shí)驗(yàn)室1對LCMV特異性擴(kuò)增曲線圖為例,見圖2,其他均略,相應(yīng)Ct和拷貝數(shù)見表4。表明該方法具有良好的特異性。

      圖2 特異性驗(yàn)證的擴(kuò)增曲線(以實(shí)驗(yàn)室1 檢測LCMV為例)Fig.2 Amplification curve of specificity verification(taking LCMV detection in laboratory 1 as example)

      表4 特異性驗(yàn)證結(jié)果Tab.4 Specificity verification results

      2.2.2 靈敏度 實(shí)驗(yàn)室2 對EctV 檢測的靈敏度為2 × 102copies/μL,實(shí)驗(yàn)室2 對其他7 種病毒及其他3 個(gè)實(shí)驗(yàn)室對8 種鼠源性病毒的檢測靈敏度均為2×101copies/μL,以實(shí)驗(yàn)室1 對LCMV 的特異性擴(kuò)增曲線為例,見圖3,其他均略。

      圖3 靈敏度驗(yàn)證的擴(kuò)增曲線(以實(shí)驗(yàn)室1檢測LCMV為例)Fig.3 Amplification curve of sensitivity verification(taking LCMV detection in laboratory 1 as example)

      2.2.3 精密性 除實(shí)驗(yàn)室3 對MAdV 檢測拷貝數(shù)試驗(yàn)間CV為37.58%外,實(shí)驗(yàn)室3對其他7種病毒和其他3個(gè)實(shí)驗(yàn)對8種病毒檢測的試驗(yàn)內(nèi)、試驗(yàn)間Ct和拷貝數(shù)CV均<25%,。以實(shí)驗(yàn)室1對LCMV特異性擴(kuò)增曲線為例,見圖4。表明該方法具有良好的精密性。

      圖4 精密性驗(yàn)證的擴(kuò)增曲線(以實(shí)驗(yàn)室1檢測LCMV為例)Fig.4 Amplification curve of precision verification(taking LCMV detection in laboratory 1 as example)

      2.3 病毒模擬污染試驗(yàn) 4 個(gè)實(shí)驗(yàn)室對模擬污染病毒的檢測靈敏度相差均控制在1 個(gè)數(shù)量級之內(nèi),見圖5(以實(shí)驗(yàn)室1對LCMV特異性擴(kuò)增曲線為例)及表5。

      圖5 病毒模擬污染的擴(kuò)增曲線(以實(shí)驗(yàn)室1檢測LCMV為例)Fig.5 Amplification curve of virus simulated contamination test(taking LCMV detection in laboratory 1 as example)

      表5 8種病毒模擬污染試驗(yàn)結(jié)果Tab.5 Simulated contamination test results of 8 viruses

      2.4 盲樣檢測 4 個(gè)實(shí)驗(yàn)室的檢測盲樣樣本陰性結(jié)果和陽性結(jié)果符合率為100%,見圖6、圖7(以驗(yàn)室1對LCMV特異性擴(kuò)增曲線為例)及表6。

      圖6 盲樣檢測結(jié)果(以實(shí)驗(yàn)室1檢測LCMV為例)Fig.6 Blind sample detection results of LCMV in laboratory 1(taking LCMV detection in laboratory 1 as example)

      圖7 盲樣陽性樣本復(fù)檢結(jié)果(以實(shí)驗(yàn)室1 檢測LCMV為例)Fig.7 Retest results of LCMV blind positive samples by laboratory 1(taking LCMV detection in laboratory 1 as example)

      表6 8種病毒熒光定量PCR法盲樣檢測結(jié)果匯總表Tab.6 Summary results of blind sample detection by Q-PCR for 8 viruses

      2.3 方法的應(yīng)用 26 批SARS-CoV-2 疫苗生產(chǎn)用單抗細(xì)胞株及15 批其他鼠源性制品的檢測結(jié)果均為陰性,圖略。

      3 討論

      隨著醫(yī)學(xué)、生物學(xué)檢驗(yàn)檢測技術(shù)的不斷更新和發(fā)展,對人用生物制品的檢測提出了新的要求,尤其是人用動(dòng)物源性生物制品的使用安全性方面。Q-PCR法操作簡便、反應(yīng)快速、重復(fù)性好、靈敏度高、特異性強(qiáng)、結(jié)果清晰可靠,已廣泛應(yīng)用于臨床檢測與診斷、質(zhì)量與安全檢測等多個(gè)領(lǐng)域[10-16]?!睹绹幍洹稶SP43.2020和《歐洲藥典》EP10.2021 已將Q-PCR 法納入用于動(dòng)物源性產(chǎn)品及細(xì)胞基質(zhì)外源病毒的檢測[3-4]。本研究對8 種鼠源病毒Q-PCR 法進(jìn)行了驗(yàn)證,該方法既能提高檢測的敏感性和特異性,又能與國際接軌[6]。

      本研究結(jié)果顯示,4 個(gè)實(shí)驗(yàn)室建立的8 種病毒Q-PCR 法標(biāo)準(zhǔn)曲線參數(shù)均符合要求。驗(yàn)證結(jié)果顯示,Q-PCR法檢測8種目的病毒均可見特異性擴(kuò)增曲線,檢測同科同屬或小鼠易感其他病毒均未見相應(yīng)特異性擴(kuò)增曲線;除實(shí)驗(yàn)室2 對EctV 的靈敏度為2×101copies/μL外,實(shí)驗(yàn)室2對其他7種病毒和其他實(shí)驗(yàn)室對8 種病毒的靈敏度均為2 × 101copies/μL;4 個(gè)實(shí)驗(yàn)室對LCMV、HV、PVM、MuLv 4 種病毒模擬污染試驗(yàn)的檢測靈敏度一致;除實(shí)驗(yàn)室3對MAdV檢測拷貝數(shù)試驗(yàn)間CV為37.58%外,實(shí)驗(yàn)室3 對其他7種病毒和其他3個(gè)實(shí)驗(yàn)對8種病毒檢測的試驗(yàn)內(nèi)、試驗(yàn)間Ct和拷貝數(shù)CV均<25%,符合重復(fù)性穩(wěn)定性要求。盲樣檢測結(jié)果顯示,4個(gè)實(shí)驗(yàn)室檢測結(jié)果符合率為100%,表明8 種鼠源病毒Q-PCR 法特異性、靈敏度、精密性良好。

      實(shí)驗(yàn)室2檢測EctV的靈敏度為2×102copies/μL,與預(yù)期結(jié)果(2×101copies/μL)相差1 個(gè)數(shù)量級;實(shí)驗(yàn)室3 對MAdV 檢測拷貝數(shù)試驗(yàn)間CV為37.58%,不符合<25%的要求;模擬病毒污染試驗(yàn)結(jié)果顯示,4個(gè)實(shí)驗(yàn)室對EctV、SV、Reo3 和MAdV 4 種病毒檢測靈敏度不完全一致,相差1 個(gè)數(shù)量級。出現(xiàn)上述結(jié)果的原因可能是受不同人員操作熟練程度、不同儀器升溫和降溫的精確性差異及每個(gè)孔間溫度的均一性差異等因素影響而導(dǎo)致的[7]。因此,在設(shè)計(jì)試驗(yàn)方案及判定標(biāo)準(zhǔn)時(shí)考慮上述因素的影響,在Q-PCR檢測限之內(nèi),規(guī)定方法靈敏度驗(yàn)證應(yīng)不低于2×102copies/μL,模擬污染實(shí)驗(yàn)檢測靈敏度差異在1 個(gè)數(shù)量級范圍內(nèi),精密性驗(yàn)證CV應(yīng)<25%。

      Q-PCR 法與鼠源性病毒檢測傳統(tǒng)方法比較,不僅可定性,還可定量,且操作簡便快速,節(jié)省動(dòng)物的使用量,符合減少(reduction)、替代(repIacement)和優(yōu)化(refinement),即3R 原則;避免了動(dòng)物本身可能攜帶病毒的干擾,使結(jié)果判定更加準(zhǔn)確可靠;易于推廣,有助于企業(yè)自檢;應(yīng)用范圍廣,可用于鼠源性生物制品、半成品及原材料的檢測。本實(shí)驗(yàn)室采用Q-PCR 法對26 批SARS-CoV-2 疫苗生產(chǎn)用單抗細(xì)胞株及15 批鼠源神經(jīng)生長因子和其他制品進(jìn)行了檢測,結(jié)果均為陰性,節(jié)省了大量動(dòng)物,縮短了檢驗(yàn)周期,加快了產(chǎn)品的研發(fā)速度和上市時(shí)間,尤其是為SARS-CoV-2疫苗等相關(guān)產(chǎn)品的上市爭取了時(shí)間。

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