吳星星 洪海波 甘志承 李瑞寧 黃先忠
(安徽科技學(xué)院農(nóng)學(xué)院 作物生物技術(shù)研究中心,滁州 233100)
在真核生物中,MCM1?AGAMOUS?DEFICIENS?SRF(MADS?box)是植物生理和發(fā)育過程中的一類轉(zhuǎn)錄因子[1],具有保守性很強(qiáng)的DNA 結(jié)合結(jié)構(gòu)域[2]。MADS?box 不僅在植物生殖發(fā)育各個(gè)方面起著關(guān)鍵性調(diào)控,而且在控制開花時(shí)間、花序結(jié)構(gòu)、花器官身份確定和種子發(fā)育中具有重要作用[3]。開花是建立作物產(chǎn)量的一個(gè)脆弱但關(guān)鍵的階段,適時(shí)適機(jī)開花不僅影響株型結(jié)構(gòu),對獲得最佳產(chǎn)量至關(guān)重要,開花生物學(xué)機(jī)制研究一直是重要的研究課題。
MADS?box 包 括I 型 和II 型 兩 種 類 型,II 型MADS?box 主 要 參 與 花 器 官 發(fā) 育[4]。PISTILLATA(PI)既屬于典型Type II 型MADS?box 基因亞家族中的一類,也是ABC(D)E 模型中的B 類基因[5]。Coen 等[6]最早提出花發(fā)育ABC 模型,后來又發(fā)展出ABCDE 模型[2],其中,A 類基因是形成萼片所必需的,A+B+E 類基因決定花瓣的發(fā)育,B+C+E類基因決定雄蕊的發(fā)育,C+E 類基因決定心皮的形成,D 類基因與胚珠發(fā)育有密切聯(lián)系,而E 類基因在所有過程中都起作用[7-9]。在模式植物擬南芥中,APETALA1(AP1)是典型的A 類基因;而屬于B類基因的是AP3 和PI;AGAMOUS(AG)是一種具有C 類功能的代表性基因;SEPALATA(SEP)則屬于E 類基因;D 類基因包括SEEDSTICK(STK)和SHATTERPROOF1(SHP1)[10]。PI 是調(diào)控植物花器官發(fā)育的B 類基因,是花瓣和雄蕊形成的關(guān)鍵因子。高表達(dá)的擬南芥PI,通過控制AP1 的表達(dá)來控制花的發(fā)育[11-12]。不同植物中,PI 功能并不完全保守,而是具有一定差異[13]。在漫長的演化過程中,植物PI 同源基因在經(jīng)歷了多次基因復(fù)增事件后,產(chǎn)生了許多亞功能化或者新功能化的基因,對于調(diào)控植物花器官多樣性具有重大意義[14]。
辣椒(Capsicum annuum L.)為茄科(Solanaceae)辣椒屬(Capsicum)一年或有限多年生草本植物,為重要的經(jīng)濟(jì)和香料作物,在我國南北均有大量傳播和種植[15]。由于辣椒獨(dú)特的風(fēng)味和辣椒素,使辣椒在全世界食品和醫(yī)藥上不可缺少[16]。辣椒是雌雄同株自花授粉植物,其產(chǎn)量性狀與辣椒開花時(shí)間和開花數(shù)量息息相關(guān)[17]。在擬南芥(Arabidopsis thaliana)[18]、人參(Panax ginsengy)[19]、萼脊蘭(Sedirea japonica)[20]、 大 蒜(Allium sativum)[21]、墨 蘭(Cymbidium sinense)[22]、 牡 丹(Paeonia suffruticosa)[23]等植物中的PI 克隆和功能分析都有報(bào)道,但關(guān)于辣椒PI 同源基因的序列、表達(dá)特征和功能未見報(bào)道。Gan 等[24]對辣椒MADS?box 基因家族的全基因組鑒定、進(jìn)化及表達(dá)特征進(jìn)行了分析,鑒定了一個(gè)辣椒PI 同源基因,但未見功能報(bào)道。
本研究利用RT?PCR 技術(shù)從一年生辣椒中克隆CaPI;利用生物信息學(xué)的方法分析序列特征,分析辣椒CaPI 蛋白理化性質(zhì)和預(yù)測蛋白二級三級結(jié)構(gòu);利用實(shí)時(shí)熒光定量PCR(RT?qPCR)分析CaPI 基因在不同組織和不同花器官組織的表達(dá)特征;通過構(gòu)建35S:CaPI 過表達(dá)載體對擬南芥進(jìn)行遺傳轉(zhuǎn)化,對轉(zhuǎn)基因擬南芥進(jìn)行表型分析,從而初步探索CaPI 基因功能。本研究為將來深入探索辣椒PI?like 同源基因的功能及其分子機(jī)制奠定基礎(chǔ)。
材料為一年生辣椒(Capsicum annuum)自交系(編號G7),由安徽科技學(xué)院辣椒遺傳育種團(tuán)隊(duì)提供,無限生長型、花單生、花期適中。將辣椒播種在育苗盤中育苗,然后移栽至溫室(白天25℃ 16 h/黑夜18℃ 8 h,濕度60%)。采集生長6 周齡植株的根、莖、葉組織和生長3 個(gè)月盛開的花器官組織,包括雌雄蕊、花瓣、花萼及長度3 cm 的果實(shí),液氮速凍后,?80℃保存,3 次生物學(xué)重復(fù)。
1.2.1 系統(tǒng)進(jìn)化樹構(gòu)建 從TAIR(https://www.arabidopsis.org/)下載擬南芥AtPI(AT5G20240)蛋白序列,與已鑒定的辣椒MADS?box 基因家族進(jìn)行BLAST 比對[24],鑒定出CaPI?like 基因(CaMADS61,Caz06g18830.1)。從辣椒數(shù)據(jù)庫(http://ted.bti.cornell.edu/cgi?bin/pepper/index)下 載CaPI 蛋 白 序 列。從Ensembl Plants(http://plants.ensembl.org/index.html)下 載 茄 子(Solanum melongena)、 番 茄(Solanum lycopersicum)、馬鈴薯(Solanum tuberosum)、矮牽牛(Calibrachoa)、水稻(Oryza sativa)、小麥(Triticum aestivum)等植物的PI?like 蛋白序列。利用MEAG 11 軟件中的Clustal W[25]功能進(jìn)行同源蛋白多重序列比對,利用MEGA 11 的Neighbor?joining 功能構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹,參數(shù)均為默認(rèn)[26]。
1.2.2 CaPI 蛋白理化性質(zhì)分析 使用ProtParam 在線網(wǎng)站(https://web.expasy.org/protparam/)分析CaPI蛋白質(zhì)的理化性質(zhì),用ProtScale(http://web.expasy.org/protscale/)在線網(wǎng)站進(jìn)行蛋白質(zhì)的疏水性行分析;利用NetPhos(http://www.cbs.dtu.dk/services/NetPhos)對PI 蛋白進(jìn)行磷酸化位點(diǎn)預(yù)測;利用SOPMA(https://npsa?prabi.ibcp.fr/cgi?bin/npsa_automat.pl?page=npsa%20_sopma.html)對蛋白二級結(jié)構(gòu)進(jìn)行預(yù)測;使用Phyre2 在線網(wǎng)站(http://psort.hgc.jp/)分析蛋白質(zhì)的三級結(jié)構(gòu)。
1.2.3 辣椒總RNA 提取和cDNA 第一鏈的合成 使用TRIzol(Invitrogen, 美國)試劑,參照牛西強(qiáng)等[27]方法提取辣椒不同組織的總RNA。經(jīng)1.2%瓊脂糖凝膠電泳檢測RNA 質(zhì)量,利用Nano Drop 2000 超微量分光光度計(jì)檢測RNA 濃度與質(zhì)量。使用MonScriptTMRTIII AII?in?One Mix with dsDNase(Monad,武漢)試劑盒合成cDNA 第一鏈。
1.2.4 RT?qPCR 根據(jù)辣椒CaPI 編碼區(qū)(CDS)序列設(shè)計(jì)RT?qPCR 引物(表1),以CaUBI3 作為內(nèi)參基因[28],反應(yīng)體系為5 μL 2×ChamQ Universal SYBR qPCR Master Mix(Vazyme,南京)、0.5 μL 上下游引物、1 μL cDNA,ddH2O 補(bǔ)至10 μL。反應(yīng)程序?yàn)?5℃ 30 s;95℃ 10 s,60℃ 30 s,40 個(gè)循環(huán),溶解曲線95℃ 15 s;60℃ 60 s,95℃ 15 s,設(shè)置3個(gè)生物學(xué)重復(fù)。采用2-ΔCT計(jì)算[29]基因的相對表達(dá)量。利用Excel 2019 軟件計(jì)算基因相對表達(dá)水平,使用Graph Pad Prism 8.0 軟件作圖和進(jìn)行統(tǒng)計(jì)學(xué)分析。
表1 本研究使用到的引物Table 1 Primer information used in this study
1.2.5 CaPI 的克隆及過表達(dá)載體的構(gòu)建 采用RT?PCR 的方法克隆CaPI 的開放閱讀框序列,反應(yīng)體系為10 μL 2×Phanta Max Master Mix、0.5 μL 上下游引物、2 μL 花組織cDNA,ddH2O 補(bǔ)至20 μL。反應(yīng)程序?yàn)?5℃ 3 min;95℃ 15 s,56℃ 15 s,72℃ 15 s,35 個(gè)循環(huán);72℃ 10 min。擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)1.5%瓊脂糖凝膠電泳檢測,回收目的片段,與pEASY 載體連接,轉(zhuǎn)化大腸桿菌DH5α,37℃過夜培養(yǎng)。提取陽性克隆的質(zhì)粒,酶切鑒定,送南京通用生物有限公司滁州分公司測序。
測序正確的pEASY?CaPI 質(zhì)粒,經(jīng)Kpn I 和Xba I限制性內(nèi)切酶酶切后,與pCAMBIA2300?35S 載體連接,構(gòu)建35S:CaPI 植物過量表達(dá)載體,轉(zhuǎn)化至農(nóng)桿菌GV3101 感受態(tài),用于擬南芥遺傳轉(zhuǎn)化。
1.2.6 擬南芥的遺傳轉(zhuǎn)化及表型分析 將野生型擬南芥(Col?0)種子用75%乙醇表面消毒10 min,無水乙醇清洗3 min。均勻撒播在1/2 MS 培養(yǎng)基中,4℃黑暗處理3 d,轉(zhuǎn)至22℃光照培養(yǎng)箱(16 h 光照/8 h 黑暗)培養(yǎng)。生長7 d 后,將擬南芥幼苗移栽到含有蛭石∶營養(yǎng)土(體積比1∶1)的盆缽中,長日照(16 h 光照/8 h 黑暗)光照培養(yǎng)間培養(yǎng),待生長至開花前期,采用floral?dipping[30]方法將含有35S:CaPI農(nóng)桿菌GV3101 菌液侵染到Col?0 花苞上,在整個(gè)花期重復(fù)3 次侵染,待植株成熟后收獲T0擬南芥種子。經(jīng)卡那霉素和PCR 篩選,獲得35S:CaPI 轉(zhuǎn)基因擬南芥植株,經(jīng)多代繁殖后,獲得純合轉(zhuǎn)基因植株。待植株開花時(shí),統(tǒng)計(jì)不同時(shí)期的野生型擬南芥和轉(zhuǎn)基因擬南芥植株的蓮座葉數(shù)、分枝數(shù)和開花天數(shù),使用Graph Pad Prism 8.0 軟件作圖并進(jìn)行統(tǒng)計(jì)學(xué)分析。收集開花時(shí)野生型和轉(zhuǎn)基因擬南芥植株的蓮座葉,提取RNA 并反轉(zhuǎn)錄成cDNA,利用RT?qPCR 分析該基因在植株中的表達(dá)量。
CaPI 蛋白的分子式為C1075H1755N329O333S16,由215 個(gè)氨基酸組成,分子質(zhì)量為25.13 kD,等電點(diǎn)為8.74,脂肪系數(shù)為74.42,不穩(wěn)定蛋白系數(shù)為61.02。CaPI 蛋白親水性指數(shù)為?0.894,預(yù)測為親水蛋白。在線預(yù)測結(jié)果表明,CaPI 蛋白沒有跨膜結(jié)構(gòu),亞細(xì)胞定位在細(xì)胞核。一級結(jié)構(gòu)表明谷氨酸(Glu 10.7%)、賴氨酸(Lys 8.4%)、亮氨酸(Leu, 7.9%)、精氨酸(Arg 7.9%)、絲氨酸(Ser 7.0%)的含量較多,而色氨酸(Trp 0.5%)、苯丙氨酸(Phe 0.9%)、半胱氨酸(Cys 0.9%)含量較少。帶正電荷的氨基酸(Arg+Lys)有35 個(gè),帶負(fù)電荷的氨基酸(Asp+Glu)有32 個(gè)。磷酸化分析結(jié)果(圖1)顯示,該氨基酸序列中Ser 位點(diǎn)可能有15 個(gè)被磷酸化,Thr 位點(diǎn)5個(gè)被磷酸化,Tyr 位點(diǎn)7 個(gè)被磷酸化。
圖1 辣椒CaPI 蛋白磷酸化位點(diǎn)分析Fig.1 Analysis of phosphorylation sites of CaPI protein in C.annuum L.
通過SOPMA 預(yù)測CaPI 二級結(jié)構(gòu),主要由α 螺旋組成(圖2?A),有128 個(gè)α-螺旋(59.53%)、26個(gè)延伸鏈(12.09%)、48 個(gè)無規(guī)則卷曲(22.33%)及13 個(gè)β-轉(zhuǎn)角(6.05%)。進(jìn)一步使用Phyre2 預(yù)測CaPI 三級結(jié)構(gòu)(圖2?B),表明具有豐富的α 螺旋,與二級結(jié)構(gòu)預(yù)測結(jié)果一致。此外,辣椒CaPI 與擬南芥AtPI 蛋白三級結(jié)構(gòu)比較,都具有相同的α 螺旋。
圖2 CaPI 蛋白結(jié)構(gòu)分析Fig.2 Structural analysis of CaPI protein
為了研究辣椒CaPI 基因與其他植物中PI 基因的進(jìn)化關(guān)系,進(jìn)一步利用辣椒、茄子、番茄、馬鈴薯、矮牽牛、擬南芥、水稻、小麥中的17 個(gè)PI?like 蛋白的氨基酸序列進(jìn)行比對和系統(tǒng)進(jìn)化樹分析。結(jié)果(圖3)發(fā)現(xiàn),所有蛋白質(zhì)都具有N 端“MGRGKIEIKRIEN”的氨基酸保守基序,說明PI 蛋白在其他物種中都具有較高的保守性[31]。系統(tǒng)進(jìn)化樹分析表明(圖4),同為茄科作物的馬鈴薯(PGSC0003DMG401007392)、番茄(Solyc06g0557.4.1)和矮牽牛(Peaxi162Scf00 91g00074.1)的PI 蛋白與CaPI 蛋白相似性較高;與水稻和小麥的PI 蛋白進(jìn)化關(guān)系較遠(yuǎn)。
圖3 植物PI 類蛋白氨基酸序列多重序列比對Fig.3 Multiple amino-acid sequence alignments of the plant PI-like proteins
圖4 辣椒CaPI 蛋白和其他植物的系統(tǒng)進(jìn)化樹Fig.4 Phylogenetic tree of the CaPI proteins in C.annuum L.and other plant species
運(yùn)用RT?qPCR 分析CaPI 在根、莖、葉、花、果實(shí),以及花萼、花瓣、雄蕊、雌蕊中的表達(dá)情況。CaPI在辣椒花中高表達(dá),但在其他組織中均不表達(dá)(圖5?A);CaPI 在花萼中表達(dá)量最高,其次是花瓣,在雄蕊中有較高的表達(dá),但在雌蕊中幾乎不表達(dá)(圖5?B)。暗示CaPI 在辣椒花器官的發(fā)育中起著重要的功能。
圖5 RT-qPCR 分析CaPI 的組織表達(dá)特征Fig.5 Tissue expression pattern of the CaPI gene using RT-qPCR
為了探索CaPI 的功能,克隆CaPI 的648 bp 的ORF,測序證實(shí)基因ORF 長648 bp,編碼215 個(gè)氨基酸。進(jìn)一步構(gòu)建植物過量表達(dá)載體35S:CaPI,利用浸花法轉(zhuǎn)化到擬南芥Col?0 中,經(jīng)基因組擴(kuò)增及RT?qPCR 鑒定證實(shí)獲得純合的轉(zhuǎn)基因植株。
當(dāng)野生型和轉(zhuǎn)基因植株開花時(shí)進(jìn)行蓮座葉數(shù)、開花天數(shù)、分枝數(shù)等表型統(tǒng)計(jì)(圖6?A)。結(jié)果發(fā)現(xiàn),長日照條件下,35S:CaPI 轉(zhuǎn)基因植株同Col?0 的蓮座葉數(shù)目(圖6?B)和開花時(shí)間(圖6?C)沒有差異,表明過量表達(dá)CaPI 不影響開花時(shí)間。但35S:CaPI轉(zhuǎn)基因植株的分枝數(shù)量明顯均多于Col?0,并且#2中的分枝數(shù)量明顯多于#1(圖6?A, D)。RT?qPCR分析也證實(shí)CaPI 在轉(zhuǎn)基因株系#1 和#2 中高表達(dá),并且在#2 中的表達(dá)量明顯高于#1(圖6?E),表明分枝數(shù)量與表達(dá)量正相關(guān),說明該基因在分枝發(fā)育過程中起十分重要的作用。此外,花的形態(tài)比較(圖7)發(fā)現(xiàn),與野生型(Col?0)對照相比,35S:CaPI轉(zhuǎn)基因擬南芥植株并未發(fā)生變化,說明CaPI 在擬南芥中過量表達(dá)不影響其花部組織的形態(tài)結(jié)構(gòu)。
圖6 35S:CaPI 轉(zhuǎn)基因擬南芥的表型分析Fig.6 Phenotype survey of the 35S:CaPI transgenic plants in Arabidopsis thaliana
圖7 擬南芥野生型(Col-0)與35S:CaPI 轉(zhuǎn)基因植株花形態(tài)對比Fig.7 Comparison of flower morphologies between the wild-type(Col-0)and 35S:CaPI transgenic Arabidopsis plants
MADS?box 作為植物最大轉(zhuǎn)錄因子家族之一,名稱來自釀酒酵母轉(zhuǎn)錄因子MCM1、擬南芥花同源異型基因AGAMOUS、金魚草花同源異型基因DEFICIENS 和人血清應(yīng)答因子SRF 這4 種蛋白的首字母[2,30]。目前,43%-81%馴化基因由轉(zhuǎn)錄因子編碼[3],MADS?box 是調(diào)控植物生長發(fā)育最重要的轉(zhuǎn)錄因子之一,從種子發(fā)芽、營養(yǎng)發(fā)育到花器官發(fā)育階段都起著重要作用[32]。PI 基因作為II 型MADS?box 家族中的一員,與A 類和C 類基因共同調(diào)控花瓣和雄蕊的形成,其中,包括GLOBOSA(GLO)、DEFICIENS(DEF)、AP3 等花發(fā)育調(diào)控基因,并在擬南芥中證明PI 與AP3 基因相互正調(diào)控[33]。最早在水稻中鑒定出兩類PI 基因OsMADS2 和OsMADS4,其中OsMADS2 表達(dá)隨著花的成熟而快速增加,而OsMADS4 的表達(dá)從花發(fā)育早期就處于較高的水平[34-35]。 玉 米 中 已 鑒 定 出Zmm16、Zmm18 和Zmm29,其中Zmm16 在營養(yǎng)器官中微弱表達(dá)[36]。
本研究從一年生辣椒花器官中克隆PI 全長cDNA 序列,命名為CaPI。CaPI 有完整的開放閱讀框,編碼215 個(gè)氨基酸。CaPI 蛋白與多種植物類PI 蛋白序列有較高的相似度,其中,與矮牽牛相似度最高達(dá)99.54%。PI 基因所編碼的蛋白質(zhì)在不同物種中相對保守,都具有N 端“MGRGKIEIKRIEN”的氨基酸保守基序,因此,不同物種之間PI 同源基因具有相似的功能。系統(tǒng)進(jìn)化樹表明CaPI 與馬鈴薯分為一支,該分支與同為茄科植物形成的分支較為接近,與單子葉植物水稻分支最遠(yuǎn),說明CaPI 與馬鈴薯PI 基因親緣關(guān)系最近。通過對CaPI 理化性質(zhì)和蛋白結(jié)構(gòu)進(jìn)行分析發(fā)現(xiàn),CaPI 屬于不穩(wěn)定蛋白,并預(yù)測為親水蛋白且沒有跨膜結(jié)構(gòu);一級結(jié)構(gòu)和磷酸化分析表明,CaPI 蛋白可能被絲氨酸蛋白激酶、蘇氨酸蛋白激酶和酪氨酸蛋白激酶進(jìn)行磷酸化修飾而被激活,從而調(diào)控二級響應(yīng)基因的表達(dá);二級結(jié)構(gòu)分析發(fā)現(xiàn),CaPI 主要以α-螺旋為主,這與其他MADS?box 基因相同[37];三級結(jié)構(gòu)顯示CaPI 屬于異質(zhì)二聚體蛋白,暗示其與其他蛋白互作形成二聚體發(fā)揮功能,這一點(diǎn)在擬南芥中已有研究[38]。
CaPI 在辣椒不同組織表達(dá)特征存在差異,PI 同源基因在蕓薹屬油菜(Brassica napus)早期和晚期花蕾中表達(dá)差異明顯[39];在甜瓜中,PI 基因通過調(diào)節(jié)下游靶基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控花性別發(fā)育,促進(jìn)雄蕊的發(fā)育[40]。本研究中,CaPI 主要在花組織中特異表達(dá),其中在花萼、花瓣、雄蕊中表達(dá)量最高,暗示CaPI在花器官的形成中起著十分重要的作用。為了研究CaPI 的功能,通過構(gòu)建35S:CaPI 過表達(dá)載體,在野生型擬南芥(Col?0)中異源表達(dá)驗(yàn)證其功能。結(jié)果顯示,長日照條件下轉(zhuǎn)基因植株同Col?0 相比表現(xiàn)出分枝數(shù)增多,但蓮座葉數(shù)目和開花時(shí)間與Col?0 相比并沒有明顯差異,說明CaPI 過量表達(dá)不影響開花時(shí)間;進(jìn)一步分子水平檢測發(fā)現(xiàn),轉(zhuǎn)基因植株CaPI的表達(dá)量相比Col?0 顯著上調(diào),并且在#2 中的表達(dá)量明顯高于#1,暗示分枝數(shù)量與表達(dá)量正相關(guān),說明CaPI 在分枝發(fā)育過程中起重要作用。對于這一結(jié)果推測是由于CaPI 的異源表達(dá),使擬南芥某些分枝發(fā)育相關(guān)基因的表達(dá)發(fā)生變化,從而影響了分枝發(fā)育的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。有研究表明PI 基因不僅在花中發(fā)揮作用,也有可能在枝條和葉片發(fā)育中發(fā)揮作用[41],但在辣椒中CaPI 調(diào)控分枝發(fā)育使分枝增多的分子機(jī)制、CaPI 轉(zhuǎn)錄因子的靶蛋白目前還未知。
總之,本研究從蛋白結(jié)構(gòu)、氨基酸序列和系統(tǒng)進(jìn)化分析,都表明CaPI 蛋白與其他物種中的蛋白序列較為相似?;蚪M織表達(dá),證明CaPI 符合II 型MADS?box 基因的表達(dá)情況。擬南芥中過量表達(dá)的結(jié)果表明CaPI 具有促進(jìn)分枝的功能。綜上所述,本研究為進(jìn)一步深入研究CaPI 調(diào)控辣椒分枝發(fā)育的功能及其分子機(jī)制奠定了基礎(chǔ),為辣椒的分子育種提供基因元件,豐富茄科植物PI 類基因功能機(jī)制。
從一年生辣椒中克隆獲得CaPI 基因,ORF 長648 bp,編碼215 個(gè)氨基酸。CaPI 在花中的表達(dá)量最高,其中,在花萼、花瓣和雄蕊中有高表達(dá)。過量表達(dá)CaPI 擬南芥?zhèn)戎υ龆?,CaPI 能夠促進(jìn)分枝發(fā)育。