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      高粱棕色中脈基因bmr-6的遺傳分析和SSR標(biāo)記定位

      2010-06-08 07:52:36李杰勤王麗華詹秋文范軍成
      草業(yè)學(xué)報 2010年5期
      關(guān)鍵詞:中脈棕色木質(zhì)素

      李杰勤,王麗華,詹秋文,范軍成

      (安徽科技學(xué)院植物科學(xué)學(xué)院,安徽 鳳陽233100)

      高粱(Sorghumbicolor)是禾本科一年生草本植物,因其具有抗旱、耐澇、耐鹽堿和適應(yīng)性強等特性,是世界第五大糧食作物,同時又是一種優(yōu)質(zhì)飼料作物[1-3]。棕色中脈(Brown midrib,bmr)是指葉脈和莖稈木質(zhì)部呈棕灰或紅棕色的自然或化學(xué)突變體。研究發(fā)現(xiàn)[4],葉片中脈顏色與木質(zhì)素含量和組成有著密切關(guān)系。一般認(rèn)為總木質(zhì)素含量和木質(zhì)素單體的組成比例對細(xì)胞壁的可消化性影響較大[5]。在飼用高粱及高粱-蘇丹草(Sorghum sudanense)雜交種中,棕色中脈與傳統(tǒng)的白色中脈品種相比,其葉和秸稈中家畜可消化的纖維素和半纖維素含量增加,而難以消化的木質(zhì)素含量降低40%~60%,極大地提高了葉和秸稈的適口性,各種放牧家畜特別喜食,同樣的飼喂量可獲得更高的效益。因此利用棕色中脈突變體來改善飼用高粱及高粱-蘇丹草雜交種品質(zhì)引起了各國研究者的廣泛關(guān)注。

      1924年,棕色中脈突變體首先在玉米(Zeamays)中被發(fā)現(xiàn),接著在高粱、珍珠粟(Pennisetumamericarum)等作物中陸續(xù)被發(fā)現(xiàn)[6,7]。高粱中的棕色中脈類型較多,目前已經(jīng)報道的類型有19種,其中既有自然突變體也有化學(xué)突變體[8]。在這些類型中,最重要的主要有bmr-6、bmr-12和bmr-18三種類型[9,10]。因為這3種類型的可消化率遠(yuǎn)高于其他類型,因此應(yīng)該是與木質(zhì)素合成有關(guān)的基因發(fā)生突變的結(jié)果。等位分析證明bmr-12和bmr-18是等位基因,bmr-6和bmr-12位于不同的染色體上[11]。日前,bmr-12和bmr-18基因已經(jīng)克隆,但 bmr-6基因定位還未見相關(guān)報道。

      本研究利用從美國引進(jìn)的高粱棕色中脈材料(bmr-6類型)與白色中脈材料的雜交F2分離群體,分析了高粱棕色中脈基因bmr-6的遺傳特點,并利用分子標(biāo)記對bmr-6進(jìn)行了基因定位,為進(jìn)一步對bmr-6基因的克隆和利用打下基礎(chǔ)。

      1 材料與方法

      1.1 試驗材料

      棕色中脈材料N592是由美國Nebraska-Lincoln大學(xué)提供。N592是由N121(bmr-6)與Rox Orange進(jìn)行多代回交選育而成。

      1.2 定位群體的構(gòu)建

      將高粱棕色中脈材料N592分別和白色中脈材料Sa和S722分別進(jìn)行雜交,獲得F1代。將F1植株單穗進(jìn)行套袋自交,獲得F2代分離群體。2008年將該群體種植在安徽科技學(xué)院農(nóng)場中,種植密度為行距50 cm,株距30 cm,常規(guī)肥水管理。

      1.3 定位親本葉中脈組織切片

      在能辨別棕色中脈和白色中脈性狀的6葉期,取N592和Sa的葉中脈,徒手切片,切片置于載玻片上,加入1滴間苯三酚/鹽酸試劑(2 mol/L鹽酸,1% 間苯三酚,溶于95%乙醇),室溫放置1 min后,觀察拍照。

      1.4 χ2測驗

      1.5 DNA提取

      在6葉期對F2單株的棕色中脈單株進(jìn)行統(tǒng)計,并取幼嫩葉片。同時取N592和Sa雙親的幼嫩葉片,并做好編號標(biāo)記。

      DNA的提取方法,參照Brown等[12]的方法,取嫩葉片0.5 g,加液氮研磨成粉末,加500 m L提取液(65℃)搖勻,65℃溫浴30 min;加20μL KAC(預(yù)冷),冰浴20 min,禁止搖動;加400μL氯仿/異戊醇(24∶1)搖勻,10 000 r/min離心10 min;取上清液于離心管中,加入預(yù)冷的無水乙醇;吸出位于液面上白色絮狀物DNA,之后用70%的乙醇沖洗2次,加無水乙醇脫水1次,保存。

      1.6 SSR反應(yīng)體系

      采用25μL體系:10×Buffer(無 Mg2+)2.0μL,MgCl22.0μL(25 mmol/L),引物:前引物1.0μL(10 μmol/L),后引物1.0μL(10μmol/L),d NTP 2.0μL(25 mmol/L),模板DNA 2.0μL(50 ng/μL),雙蒸水14.8 μL。

      1.7 SSR標(biāo)記分析

      選取均勻分布在高粱10個連鎖群上的171對SSR引物進(jìn)行PCR擴增。SSR引物為txp系列,具體名稱和分布見表1,引物序列參考網(wǎng)站www.gramene.org。SSR引物全部由biosino公司合成。

      表1 高粱SSR引物名稱及分布Table 1 The SSR markers name and distribution on S.bicolor linkage group

      1.8 PCR擴增

      PCR反應(yīng)按如下程序進(jìn)行:94℃預(yù)變性5 min,94℃變性45 s,55℃退火45 s,72℃延伸1 min循環(huán)36次,72℃延伸7 min,4℃保存。反應(yīng)完成后,加入2.0μL的溴酚藍(lán),3%的瓊脂糖凝膠電泳,溴化乙啶(EB)染色,凝膠成像系統(tǒng)(PCR)拍照。

      1.9 遺傳作圖

      將在親本間有差異的SSR引物對隱性群體進(jìn)行PCR擴增,將與母本條帶一致的個體賦值為0,與父本一致的為1,雙帶為2。將群體基因型數(shù)據(jù)歸類,用Exp 3.0b作圖軟件進(jìn)行連鎖分析[13],采用Kosambi函數(shù)將重組值轉(zhuǎn)換為遺傳圖距。

      2 結(jié)果與分析

      2.1 N592和Sa的葉中脈表型及其組織切片

      普通高粱葉中脈有4種顏色,即白色、綠色、黃色和淺灰色。N592為淺棕色,Sa為白色。兩者在顏色上差別較大,但衰老葉片的葉色中脈都為白色。因此,在收獲棕色中脈的飼用高粱要早于普通飼用高粱,以便于減少營養(yǎng)損失。

      間苯三酚是一種用來檢測植物組織中木質(zhì)素的常用試劑。木質(zhì)素能和間苯三酚/鹽酸試劑產(chǎn)生紅色的化合物。因此,如果組織中紅色越深則說明木質(zhì)素含量越高,纖維素和半纖維素含量則相應(yīng)降低。N592的紅色比Sa要淺得多(圖1),而且N592被染紅的主要分布在韌皮部,而Sa則在髓部、韌皮部、木質(zhì)部及表皮都被染成了紅色。這也說明Sa的木質(zhì)素含量要遠(yuǎn)高于N592。

      2.2 高粱棕色中脈基因的遺傳行為分析

      以N592分別與Sa和S722進(jìn)行雜交,獲得的F1代,葉脈表現(xiàn)全為白色中脈,這表明棕色中脈基因為隱性遺傳。將F1代進(jìn)行套袋自交,獲得的F2代分離群體。F2分離群體中,白色中脈和棕色中脈分離符合1對等位基因的分離規(guī)律(表2)。通過χ2測驗,說明棕色中脈bmr-6受1對隱性等位基因控制。

      2.3 N592和Sa引物篩選

      由于N592和Sa雜交F2群體在數(shù)量上和χ2測驗的結(jié)果都優(yōu)于N592和S722,因此選擇了N592和Sa雜交F2群體為定位群體。選擇了171對SSR標(biāo)記對定位群體親本進(jìn)行了PCR擴增,N592和Sa兩個親本間的SSR標(biāo)記進(jìn)行了多態(tài)性篩選。在擴增的171對引物中,24對能夠揭示親本間的多態(tài)性(圖2),多態(tài)性頻率為14.1%。

      圖1 N592和Sa葉中脈組織切片F(xiàn)ig.1 The midrib histological section

      表2 高粱棕色中脈基因的χ2測驗Table 2 Theχ2 test of sorghum brown midrib gene

      圖2 定位親本間多態(tài)性引物篩選Fig.2 Screening of SSR markers in parents

      圖3 SSR標(biāo)記txp295在F2隱性群體中的部分?jǐn)U增結(jié)果Fig.3 Amplification of txp295 in F2 recessive population

      2.4 共分離標(biāo)記的篩選

      應(yīng)用在雙親間表現(xiàn)多態(tài)性的24對差異標(biāo)記,對122個F2棕色中脈單株進(jìn)行PCR擴增(圖3)。對標(biāo)記和基因進(jìn)行了連鎖性分析,發(fā)現(xiàn)位于第1連鎖群的SSR標(biāo)記txp295與目的基因連鎖。經(jīng)Mapmaker分析,用Kosambi函數(shù)將重組值轉(zhuǎn)換為遺傳圖距,連鎖距離為4.2c M。因txp295位于第7連鎖群(表1),初步將該基因定位于第7連鎖群上(圖4)。

      圖4 棕色中脈基因在高粱第7號連鎖群上的遺傳圖Fig.4 The genetic map of bmr-6 gene on S.bicolor linkage group 7

      本研究采用基因定位方法來對bmr-6基因進(jìn)行了初步定位,為進(jìn)一步的基因精細(xì)定位奠定了基礎(chǔ)。同樣的方法也在高粱棕色中脈基因bmr-26的定位上被采用[14]。利用已有的分子圖譜對基因進(jìn)行初步定位,再以這一標(biāo)記為基點,進(jìn)行加密探針,可以大大的縮小標(biāo)記選擇的范圍,為目標(biāo)基因精細(xì)定位打下基礎(chǔ)[15]。本研究利用已公布的高粱分子圖譜中的SSR標(biāo)記,將棕色中脈基因直接定位到已知連鎖群上,為進(jìn)一步篩選引物和該基因精細(xì)定位打下了基礎(chǔ),同時也為利用分子標(biāo)記輔助選擇進(jìn)行棕色中脈品種的選育創(chuàng)造了條件。

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