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      北京地區(qū)杏鮑菇菌株遺傳多樣性的RAPD分析

      2012-09-19 11:18:36尹永剛王守現(xiàn)張英春耿小麗
      中國(guó)食用菌 2012年6期
      關(guān)鍵詞:北京地區(qū)條帶食用菌

      許 峰,劉 宇,尹永剛,王守現(xiàn),張英春,趙 爽,耿小麗

      (北京市農(nóng)林科學(xué)院植物保護(hù)環(huán)境保護(hù)研究所,北京 100097)

      杏鮑菇(Pleurotus eryngii)又名刺芹側(cè)耳,是近年來開發(fā)栽培成功、適于工廠化栽培的珍稀食用菌新品種,其風(fēng)味獨(dú)特、營(yíng)養(yǎng)豐富[1],能夠產(chǎn)生多種生物活性分子和酶[2],且其多糖具有較好的降血糖、增強(qiáng)肌體免疫功能、抗腫瘤和抗氧化活性[3]。因此杏鮑菇具有很高食用、藥用、經(jīng)濟(jì)和生態(tài)價(jià)值,市場(chǎng)前景廣闊。據(jù)北京食用菌協(xié)會(huì)統(tǒng)計(jì),杏鮑菇在北京市場(chǎng)上已經(jīng)占食用菌總產(chǎn)量的5.01%。

      杏鮑菇遺傳多樣性研究的開展,對(duì)杏鮑菇優(yōu)良品種的雜交選育、種質(zhì)資源的保護(hù)有著重要的意義。Ro等[4]、尚曉冬等[5]和劉曉紅等[6]分別對(duì)其收集的不同地區(qū)的杏鮑菇菌株進(jìn)行了RAPD技術(shù)分析,但是,針對(duì)北京地區(qū)主要栽種品種和工廠化生產(chǎn)的杏鮑菇菌株的RAPD分析未見報(bào)道。為此,本研究應(yīng)用RAPD分子標(biāo)記技術(shù),對(duì)北京地區(qū)24個(gè)杏鮑菇菌種進(jìn)行遺傳多樣性分析,為有效培育杏鮑菇優(yōu)良新品種奠定基礎(chǔ)。

      1 材料與方法

      1.1 材料

      1.1.1實(shí)驗(yàn)材料

      本研究所用菌株的名稱及來源參見表1。

      1.1.2 試劑

      葡萄糖、蛋白胨、KH2PO4、MgSO4等化學(xué)試劑均為分析純?cè)噭?,?gòu)自國(guó)藥集團(tuán)北京化學(xué)試劑公司;Taq E、dNTP等分子生物學(xué)試劑,購(gòu)自寶生物工程(大連)有限公司;所用引物由上海生工生物公司(Sangon)合成。

      1.1.3 儀器

      PCR儀 (Eppendorf Mastercycler Rradien)t、凝膠成像系統(tǒng) (Bio-Rad)、紫外可見分光光度計(jì) (Labtech UV9100)、電泳儀(北京六一DYY-Ⅲ-12B)、電子分析天平(奧豪斯)、臺(tái)式高速冷凍離心機(jī)(Eppendorf 5415R)、移液器(Eppendorf)等。

      表1 供試菌株及其來源

      1.1.4 培養(yǎng)基

      固體綜合PDA培養(yǎng)基:去皮馬鈴薯200 g、葡萄糖20 g、蛋白胨 5 g、 KH2PO43 g、MgSO41.5 g、瓊脂 20 g、VB110 mg,水 1 000 mL。

      1.2 方法

      1.2.1 RAPD分析

      取PDA平板上活化7 d~10 d的杏鮑菇菌種,刮取少量菌絲作為試驗(yàn)材料,DNA的提取參照許峰等[7]的方法,RAPD擴(kuò)增反應(yīng)體系及擴(kuò)增程序參照范英等[8]的方法。取9 μL PCR擴(kuò)增產(chǎn)物,1.3%瓊脂糖凝膠電泳,凝膠經(jīng)EB染色后,置于紫外凝膠成像系統(tǒng)上觀察并拍照記錄。

      1.2.2 數(shù)據(jù)處理及分析

      同一水平上將擴(kuò)增出的強(qiáng)帶或可分辨性好的弱帶,均視為擴(kuò)增陽性賦值“1”,未擴(kuò)增出條帶視為擴(kuò)增陰性賦值“0”,用NTSYSpc 2.10軟件進(jìn)行聚類分析及主坐標(biāo)分析。

      2 結(jié)果與分析

      2.1 供試菌株RAPD分析結(jié)果

      以提取的24個(gè)供試杏鮑菇菌株的基因組DNA為模板,通過對(duì)40條引物的PCR擴(kuò)增篩選所獲得的9條引物(表2),在供試菌株上電泳效果較好,每個(gè)菌株都可以通過PCR擴(kuò)增出DNA條帶,且條帶穩(wěn)定、清晰、重復(fù)性好、分布合理。9條引物共擴(kuò)增出142條DNA片段,不同引物擴(kuò)增出的DNA條帶數(shù)從10個(gè)~20個(gè)不等,其分子量絕大多數(shù)為250 bp~2 000 bp,其中包含了豐富的DNA多態(tài)信息 (圖 1)。

      表2 RAPD分析用引物

      圖1 引物S484對(duì)24株杏鮑菇菌株的擴(kuò)增結(jié)果

      2.2 供試菌株聚類分析結(jié)果

      綜合了9條RAPD隨機(jī)引物擴(kuò)增出的142條多態(tài)性片段,用NTSYSpc 2.10軟件對(duì)24個(gè)杏鮑菇供試菌株進(jìn)行聚類分析,獲得各菌株間的聚類圖,見圖2。

      圖2 杏鮑菇菌株的聚類分析圖

      在相似系數(shù)0.850水平時(shí),可將其余供試菌株分為5大類,第一類包括杏1、杏6和杏22;第二類包括杏2、杏4、杏5、杏8、杏9、杏房山1號(hào)、杏14、杏福建(蘭田)、杏10、杏11、杏20、杏21、杏16、杏18、杏19、杏13、杏17;第三類有杏23、杏24;第四類為杏3;第五類為杏7。這與本實(shí)驗(yàn)室的栽培試驗(yàn)獲得的杏3和杏7子實(shí)體形狀與其它菌株相差很大的結(jié)果是一致的。其中第二大類中共包括了17個(gè)菌株,在相似系數(shù)0.900水平時(shí),又分為五小類,第一類包括杏2、杏4、杏5、杏8、杏9、杏房山1號(hào);第二類包括杏10、杏11、杏20、杏21;第三類包括杏16、杏18、杏19;第四類只有杏13;第五類只有杏17。杏鮑菇菌株的主坐標(biāo)分析見圖3。

      圖3 杏鮑菇菌株的主坐標(biāo)分析

      對(duì)24份材料RAPD標(biāo)記的原始矩陣進(jìn)行主坐標(biāo)分析,前3個(gè)主坐標(biāo)的貢獻(xiàn)率分別為17.22%、15.49%和9.55%。從前3個(gè)主坐標(biāo)的三維散點(diǎn)圖可以看出,主坐標(biāo)分析和聚類分析所得結(jié)果基本一致。

      3 結(jié)論與討論

      筆者收集了北京地區(qū)24個(gè)杏鮑菇栽培品種,并對(duì)其基因組DNA進(jìn)行RAPD擴(kuò)增和進(jìn)行遺傳多樣性分析。聚類分析結(jié)果表明,在相似系數(shù)為0.850的水平時(shí),可將24個(gè)供試菌株分為5大類;主坐標(biāo)分析結(jié)果與聚類分析基本一致。

      RAPD技術(shù)是1990年由Welsh J和Williams JGK同時(shí)建立起來的操作簡(jiǎn)便、靈敏快速、多態(tài)性好的遺傳標(biāo)記[9]。近年來越來越多的研究者將其應(yīng)用于食用菌類,如香菇、木耳、杏鮑菇等[4,10,11]的種間和種內(nèi)不同菌株的鑒定研究。劉曉紅等[8]應(yīng)用該技術(shù)對(duì)國(guó)內(nèi)不同地區(qū)的杏鮑菇品種進(jìn)行遺傳多樣性分析,將23個(gè)供試菌株分為五類,并且有一類菌株較多;分析表明該類菌株由于引種可能來源于同一地區(qū),這與本研究獲得的結(jié)果一致,說明本研究收集到的北京地區(qū)的主要栽培品種的遺傳多樣性與全國(guó)范圍的品種多樣性一致。

      此外,第二大類為生產(chǎn)中主要的栽培菌株,本研究結(jié)果表明這些菌株的遺傳差異性較小,說明很多菌株都是通過1個(gè)或2個(gè)優(yōu)良菌株通過雜交育種手段獲得。同時(shí)本研究結(jié)果還表明,RAPD技術(shù)能有效地把雜交菌株與親本菌株區(qū)分開來。

      [1]Rodriguez Estrada AE,Jimenez Gasco MM,Royse DJ.Pleurotus eryngii species complex:Sequence analysis and phylogeny based on partial EF1α and RPB2 genes[J].Fungal Biol.,2010,114(5-6):421-428.

      [2]Shibata T,Kudou M,Hoshi Y,et al.Isolation and characterization of a novel two-component hemolysin,erylysin A and B,from an edible mushroom,Pleurotus eryngii[J].Toxicon,2010,56(8):1436-1442.

      [3]Jung HY,Bae IY,Lee S,et al.Effect of the degree of sulfation on the physicochemical and biological properties of Pleurotus eryngii polysaccharides[J].Food Hydrocolloid,2011,25(5):1291-1295.

      [4]Ro HS,Kim SS,Ryu JS,et al.Comparative studies on the diversity of the edible mushroom Pleurotus eryngii:ITS sequence analysis,RAPD fingerprinting,and physiological characteristics[J].Mycol.Res.,2007,111(6):710-715.

      [5]尚曉冬,宋春艷,沈?qū)W香,等.杏鮑菇菌株RAPD指紋圖譜分析[J].食用菌學(xué)報(bào),2009,16(3):1-4.

      [6]劉曉紅,蔡為明,葉愛華,等.杏鮑菇種質(zhì)資源遺傳多樣性的RAPD分析[J].安徽農(nóng)業(yè)科學(xué),2009,37(32):15728-15729.

      [7]許峰,劉宇,王守現(xiàn),等.一種適于PCR反應(yīng)的快速提取食用菌基因組DNA提取方法[J].生物技術(shù),2011,21(2):43-44.

      [8]許峰,劉宇,王守現(xiàn),等.北京地區(qū)白靈菇菌株的RAPD分析[J].生物技術(shù),2010,38(15):21-23.

      [9]范英,鐘成剛,閆淑珍,等.竹黃菌基因組RAPD分子標(biāo)記體系的建立[J].生物技術(shù),2010,38(15):23-26.

      [10]Fu LZ,Zhang HY,Wu XQ,et al.Evaluation of genetic diversity in Lentinula edodes strains using RAPD,ISSR and SRAP markers[J].World J.Microb.Biotech.,2010,26(4):709-716.

      [11]Yan PS,Luo XC,Zhou Q.RAPD molecular differentiation of the cultivated strains of the jelly mushrooms,Auricularia auricula and A.polytricha[J].World J Microb.Biotech.,2004,20(8):795-799.

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