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      2013版SNOMED CT頂層概念調整及屬性關系

      2014-02-19 12:01:21董燕等
      中國醫(yī)學創(chuàng)新 2014年3期

      董燕等

      【摘要】 SNOMED CT是結構化的臨床術語集。介紹2013年版的SNOMED CT新增頂層概念 “SNOMED CT模型組件”及其亞類“連接概念”。概念含義的邏輯表示通過“定義屬性”定義,所有可用作“關系類型”的概念都歸在“連接概念”下:“|is a|關系”和“概念模型屬性”中的59個“屬性關系”。并詳細說明“關系”如何完整定義概念,以期為構建中醫(yī)臨床術語系統(tǒng)的研究工作提供參考。

      【關鍵詞】 SNOMED CT; 臨床術語; 連接概念; 屬性關系

      SNOMED CT(Systematized Nomenclature of Medicine-Clinical Terms,醫(yī)學系統(tǒng)命名法-臨床術語)是結構化的臨床術語集,每個概念有基于含義的邏輯表示,并有唯一標示的代碼。概念的邏輯定義通過建立概念間的“關系”來實現(xiàn)?!瓣P系”包括了:“|IS-A|關系”與“屬性關系”。而這些“關系”歸于“連接概念(Linkage concept)”下。SNOMED CT的頂層概念根據研究發(fā)展而調整。了解分類結構變化以及“關系”和概念定義,可為構建中醫(yī)臨床術語系統(tǒng)的提供參考和借鑒。

      1 SNOMED CT頂層概念的調整

      2010年1月時,在技術預覽中提出了“元數(shù)據層級”[1]。2013年公布的SNOMED CT新增的頂層概念是“SNOMED CT模型組件”(SNOMED CT Model Component),調整后的頂層概念仍是19個[2],見表1。之前頂層概念“連接概念”以及“特殊概念”的亞類“命名空間概念”被移到“SNOMED CT模型組件”下作為亞類,

      新增的“SNOMED CT模型組件”也被稱為“頂層元數(shù)據(Top Level Metadata)”,其下又包含4個亞類:“核心元數(shù)據概念”(Core metadata concept)、“基礎元數(shù)據概念”(Foundation metadata concept)、“連接概念”(Linkage concept)、“命名空間概念”(Namespace concept)。

      “核心元數(shù)據概念”的子類可提供支持國際發(fā)布數(shù)據的結構信息。支持信息包括枚舉值集,這些枚舉值用于概念、描述和關系屬性?!盎A元數(shù)據概念”的子類為包括參考集在內的派生結構提供支撐元數(shù)據和結構信息?!懊臻g概念”每個子類概念有一個整數(shù)術語,是一種分配擴展名稱空間標識符。“連接概念”用于連接兩個或兩個以上的概念來表達組合含義。所有能被用來作為“關系類型”的概念都收在“連接概念”中。

      2 連接概念

      “連接概念”將兩個概念連起來,形成一個可以表達明確意義的短句,也就是說多個概念通過“連接概念”相連即可形成一個概念表達充分的醫(yī)學語句。批準使用的即為“概念模型屬性”。

      “連接概念”下有兩個亞類:“連接聲明”(Link assertion)和“屬性關系”(Attribute)?!斑B接聲明”下有7個子類;“屬性關系”下的4個子類,見表2。其中“概念歷史屬性”下含7個子類,“概念模型屬性”下共含65個子類,“事實角色”下含1個子類,“未批準屬性”下共含196個子類。

      “連接聲明”亞類允許SNOMED CT概念用于HL7語句之間的關系維護。目前,該內容支持英國國家衛(wèi)生服務部(NHS)衛(wèi)生聯(lián)絡機構為在英國實施HL7版本3的關系編碼要求。

      “屬性”亞類的概念用于SNOMED CT概念間的關系構建,也稱為概念間的“關系類型”。一些“屬性”(即“關系類型”)可用來邏輯地定義一個概念,這稱為“定義屬性”。定義屬性示例:(1)“| is a |關系”。(2)|概念模型屬性|(Concept model attribute):|偏側性|(Laterality),|操作部位|(Procedure site),|發(fā)現(xiàn)部位|(Finding site),|相關形態(tài)學|(Associated morphology)。

      “屬性”下還包括“非定義屬性”,非定義屬性示例:(1)|未批準屬性|(Unapproved attribute):|因……緩解|(Relieved by),|評估|(Has assessment)。(2)|概念歷史屬性|(Concept history attribute) :|被……替代|(REPLACED BY),|與……相同|(SAME AS)。“概念模型屬性”下共含65個子類,不屬于“定義屬性”有6個[3]:|一般認為|(Commonly considered)、|有生活環(huán)境|(Has life circumstance)、|有生理狀態(tài)|(Has physiologic state)、|包括子標本|(Includes sub-specimen)、|部分|(Part of)、|信息主題|(Subject of information)。

      3 定義屬性

      “定義屬性”(即“關系類型”)用來邏輯地定義一個“概念”。SNOMED CT目前使用60個“定義屬性”來構建概念定義模型:“|is a|關系”(也稱為“父-子關系”或“上下位關系”)和“概念模型屬性”中的59個“關系類型”。

      每個“定義屬性”通常屬于一個層級,有少數(shù)屬于多個層級,一個屬性可以應用的層級被稱為屬性的“域”(domain)。也就是說,“域”是特定的“關系類型”可應用的層級,例如:“臨床發(fā)現(xiàn)”是|相關形態(tài)學|的“域”。每個屬性可以被賦予一組有限的值,這個值域集被稱為屬性的“值域(范圍)”(range)。例如,|相關形態(tài)學|的“值域(范圍)”是|形態(tài)異常結構(形態(tài)學異常)|及其子類;|發(fā)現(xiàn)部位|的“值域(范圍)”是|身體結構|層級結構下的|解剖或獲得身體結構(身體結構)|及其子類。

      同一個“關系類型”可以用于不同的“域”?!案拍钅P蛯傩浴敝械?9個“關系類型”應用的“域”的情況:“臨床所見”16個,“操作”23個,“操作”6個,“具有明確語境”6個,“事件”5個,“標本”5個,“藥物/生物制品”2個,“身體結構”1個,“物理性物體”1個。其中,應用于“事件”概念類的5個“關系類型”同時也用于 “臨床所見”;“has active ingredient”同時用于“物理性物體”和“藥品/生物制品”。

      圖1 肺炎|發(fā)現(xiàn)部位|肺組織

      4 關系與概念定義

      SNOMED CT中每個概念都有邏輯定義,通過“關系”與其他概念連接?!皘is a|關系”和“定義屬性關系”被稱為SNOMED CT概念的定義性特征,通過與其他概念建立“關系”,在邏輯上代表一個概念。

      除了“根概念”,每個活躍概念至少有一個“|is a|關系”與其父概念關聯(lián)。“|is a|關系”是SNOMED CT的層次結構的基礎,見圖2。一個概念可以有不止一個“|is a|關系”與其他概念相連。在同一頂層結構下,一個概念可有多個父概念,子類型關系可以多層級化,見圖3。

      “屬性關系”是兩個“概念”之間的關聯(lián)關系,用于指定某個概念的“定義特征”(源關系)。每個“屬性關系”有名稱(關系類型)和值(目標關系)。

      “|is a|關系”和“屬性關系”(即“關系類型”)組合通過表述某一“概念”的邏輯定義與該“概念”相關聯(lián)。邏輯概念定義包括一個或多個“上位類型”(由“|is a|關系”描述)和一組“定義屬性”,以區(qū)別于其他概念定義。完全定義概念|細菌性肺炎(疾病)|表示見圖4,每一行表示一個有值的“定義屬性”。圖5則是用圖形的方式來說明部分關系。

      5 小結

      SNOMED CT(2013)的頂層概念19個,新增一個頂層概念“SNOMED CT模型組件”,“連接概念”為其亞類。“連接概念”用來連接兩個概念,形成對某一概念的表達。每個概念是邏輯定義,通過“關系”與其他概念連接:“|is a|關系”用于連接一個“概念”與同類型的更一般的概念;“屬性關系”(例如|發(fā)現(xiàn)部位|和|病原體|)用于連接“概念”與其他子類型中的相關值。需要特別注意,對“連接概念”的使用是非標準的,是探索性和試驗性的。

      SNOMED CT的體系構建的原則與工作方法,適用于“中醫(yī)臨床術語集”的構建[4]?!爸嗅t(yī)臨床術語集”經過幾年的建設,目前也面臨著結構調整的需要,研究SNOMED CT的結構調整和概念間“關系”,將為中醫(yī)臨床術語系統(tǒng)的完善提供有力的參考和借鑒。

      參考文獻

      [1]董燕,崔蒙,賈李蓉.SNOMED CT層次結構與標識符[J].中國數(shù)字醫(yī)學,2012,7(2):68-72.

      [2] IHTSDO.SNOMED CT Technical Implementation Guide January 2013 International Release (US English)[OL][2013-01].http://ihtsdo.org/fileadmin/user_upload/doc/[2013-04-28].

      [3] IHTSDO.SNOMED CT User Guide January 2013 International Release(US English)[OL][2013-01].http://ihtsdo.org/fileadmin/user_upload/doc/[2013-04-28].

      [4]郭玉峰,劉保延,姚乃禮,等.基于SNOMED CT核心構架研究的中醫(yī)臨床術語集標準化特征要素初探[J].中國中醫(yī)藥信息雜志,2008,15(9):96-97.

      (收稿日期:2013-12-24) (本文編輯:歐麗)

      圖1 肺炎|發(fā)現(xiàn)部位|肺組織

      4 關系與概念定義

      SNOMED CT中每個概念都有邏輯定義,通過“關系”與其他概念連接?!皘is a|關系”和“定義屬性關系”被稱為SNOMED CT概念的定義性特征,通過與其他概念建立“關系”,在邏輯上代表一個概念。

      除了“根概念”,每個活躍概念至少有一個“|is a|關系”與其父概念關聯(lián)。“|is a|關系”是SNOMED CT的層次結構的基礎,見圖2。一個概念可以有不止一個“|is a|關系”與其他概念相連。在同一頂層結構下,一個概念可有多個父概念,子類型關系可以多層級化,見圖3。

      “屬性關系”是兩個“概念”之間的關聯(lián)關系,用于指定某個概念的“定義特征”(源關系)。每個“屬性關系”有名稱(關系類型)和值(目標關系)。

      “|is a|關系”和“屬性關系”(即“關系類型”)組合通過表述某一“概念”的邏輯定義與該“概念”相關聯(lián)。邏輯概念定義包括一個或多個“上位類型”(由“|is a|關系”描述)和一組“定義屬性”,以區(qū)別于其他概念定義。完全定義概念|細菌性肺炎(疾病)|表示見圖4,每一行表示一個有值的“定義屬性”。圖5則是用圖形的方式來說明部分關系。

      5 小結

      SNOMED CT(2013)的頂層概念19個,新增一個頂層概念“SNOMED CT模型組件”,“連接概念”為其亞類。“連接概念”用來連接兩個概念,形成對某一概念的表達。每個概念是邏輯定義,通過“關系”與其他概念連接:“|is a|關系”用于連接一個“概念”與同類型的更一般的概念;“屬性關系”(例如|發(fā)現(xiàn)部位|和|病原體|)用于連接“概念”與其他子類型中的相關值。需要特別注意,對“連接概念”的使用是非標準的,是探索性和試驗性的。

      SNOMED CT的體系構建的原則與工作方法,適用于“中醫(yī)臨床術語集”的構建[4]?!爸嗅t(yī)臨床術語集”經過幾年的建設,目前也面臨著結構調整的需要,研究SNOMED CT的結構調整和概念間“關系”,將為中醫(yī)臨床術語系統(tǒng)的完善提供有力的參考和借鑒。

      參考文獻

      [1]董燕,崔蒙,賈李蓉.SNOMED CT層次結構與標識符[J].中國數(shù)字醫(yī)學,2012,7(2):68-72.

      [2] IHTSDO.SNOMED CT Technical Implementation Guide January 2013 International Release (US English)[OL][2013-01].http://ihtsdo.org/fileadmin/user_upload/doc/[2013-04-28].

      [3] IHTSDO.SNOMED CT User Guide January 2013 International Release(US English)[OL][2013-01].http://ihtsdo.org/fileadmin/user_upload/doc/[2013-04-28].

      [4]郭玉峰,劉保延,姚乃禮,等.基于SNOMED CT核心構架研究的中醫(yī)臨床術語集標準化特征要素初探[J].中國中醫(yī)藥信息雜志,2008,15(9):96-97.

      (收稿日期:2013-12-24) (本文編輯:歐麗)

      圖1 肺炎|發(fā)現(xiàn)部位|肺組織

      4 關系與概念定義

      SNOMED CT中每個概念都有邏輯定義,通過“關系”與其他概念連接?!皘is a|關系”和“定義屬性關系”被稱為SNOMED CT概念的定義性特征,通過與其他概念建立“關系”,在邏輯上代表一個概念。

      除了“根概念”,每個活躍概念至少有一個“|is a|關系”與其父概念關聯(lián)。“|is a|關系”是SNOMED CT的層次結構的基礎,見圖2。一個概念可以有不止一個“|is a|關系”與其他概念相連。在同一頂層結構下,一個概念可有多個父概念,子類型關系可以多層級化,見圖3。

      “屬性關系”是兩個“概念”之間的關聯(lián)關系,用于指定某個概念的“定義特征”(源關系)。每個“屬性關系”有名稱(關系類型)和值(目標關系)。

      “|is a|關系”和“屬性關系”(即“關系類型”)組合通過表述某一“概念”的邏輯定義與該“概念”相關聯(lián)。邏輯概念定義包括一個或多個“上位類型”(由“|is a|關系”描述)和一組“定義屬性”,以區(qū)別于其他概念定義。完全定義概念|細菌性肺炎(疾?。﹟表示見圖4,每一行表示一個有值的“定義屬性”。圖5則是用圖形的方式來說明部分關系。

      5 小結

      SNOMED CT(2013)的頂層概念19個,新增一個頂層概念“SNOMED CT模型組件”,“連接概念”為其亞類?!斑B接概念”用來連接兩個概念,形成對某一概念的表達。每個概念是邏輯定義,通過“關系”與其他概念連接:“|is a|關系”用于連接一個“概念”與同類型的更一般的概念;“屬性關系”(例如|發(fā)現(xiàn)部位|和|病原體|)用于連接“概念”與其他子類型中的相關值。需要特別注意,對“連接概念”的使用是非標準的,是探索性和試驗性的。

      SNOMED CT的體系構建的原則與工作方法,適用于“中醫(yī)臨床術語集”的構建[4]?!爸嗅t(yī)臨床術語集”經過幾年的建設,目前也面臨著結構調整的需要,研究SNOMED CT的結構調整和概念間“關系”,將為中醫(yī)臨床術語系統(tǒng)的完善提供有力的參考和借鑒。

      參考文獻

      [1]董燕,崔蒙,賈李蓉.SNOMED CT層次結構與標識符[J].中國數(shù)字醫(yī)學,2012,7(2):68-72.

      [2] IHTSDO.SNOMED CT Technical Implementation Guide January 2013 International Release (US English)[OL][2013-01].http://ihtsdo.org/fileadmin/user_upload/doc/[2013-04-28].

      [3] IHTSDO.SNOMED CT User Guide January 2013 International Release(US English)[OL][2013-01].http://ihtsdo.org/fileadmin/user_upload/doc/[2013-04-28].

      [4]郭玉峰,劉保延,姚乃禮,等.基于SNOMED CT核心構架研究的中醫(yī)臨床術語集標準化特征要素初探[J].中國中醫(yī)藥信息雜志,2008,15(9):96-97.

      (收稿日期:2013-12-24) (本文編輯:歐麗)

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