王霖等
摘 要:
為定位控制小麥容重的QTL位點,并獲得與重要位點連鎖的分子標記,以含有 302個家系的重組自交系群體(RIL)WL為材料,在3個環(huán)境中,用完備區(qū)間作圖軟件IciMapping v3.0對小麥容重QTL進行定位分析。共檢測到14個控制容重的加性QTL位點,分別位于1B、2A、4A、4B、5B、6B、7A和7B染色體上,單個QTL可解釋籽粒容重變異的 3.63%~16.15%。其中,QTw-WL-4A和QTw-WL-7B.2 均可在E2和平均環(huán)境中被檢測到,可分別解釋籽粒容重變異的4.86%、3.83%和11.81%、5.57%。其中,有4個在單個環(huán)境中可以解釋超過10%的表型變異。增效位點有的來源于父本,有的來源于母本。
關鍵詞:小麥;重組自交系;容重;QTL
中圖分類號:Q343.1+7+S512.1 文獻標識號:A 文章編號:1001-4942(2014)04-0024-05
小麥容重是指單位容積內小麥的重量。由于胚乳的比重大于皮層,所以小麥容重高時胚乳含量就多,皮層含量就少,出粉率就高。研究認為容重和烘烤品質呈正相關關系[1],是反映小麥質量的重要指標,是小麥收購和市場交易的最重要指標,是定價的最主要依據(jù)。我國和美國、加拿大、澳大利亞等世界各小麥主產國的小麥質量標準中,容重都被列為質量標準的首位。容重是受多基因控制的數(shù)量性狀,它是籽粒大小、質量、形狀、整齊度、腹溝深淺、胚乳質地、出粉率等性狀和特征的綜合反映,受環(huán)境的影響較大,在早代對其進行選擇的可靠性較差[2,3]。因此進行容重的QTL定位分析,對于了解容重形成的遺傳基礎和進行分子標記輔助選擇(MAS)育種具有重要意義[4,5]。
1 材料與方法
1.1 試驗材料與田間種植
兩個親本濰麥8號、洛旱2號分別由濰坊市農業(yè)科學院和洛陽市農業(yè)科學研究院選育而成,由二者雜交創(chuàng)建的含有302個家系的重組自交系群體(RIL,F(xiàn)8∶9,簡稱WL)由國家小麥改良中心泰安分中心提供。
重組自交系群體及其雙親于2008-2009年度種植于山東農業(yè)大學農學院實驗農場 (環(huán)境1,簡稱E1),2009-2010年度分別種植在山東農業(yè)大學農學院實驗農場 (環(huán)境2,簡稱E2)和濟寧市農業(yè)科學研究院試驗農場(環(huán)境3,簡稱E3)。3個環(huán)境下均不設重復,家系間隨機排列。每個家系種植2行,行長2 m,每行勻播50粒,行距30 cm,株距4 cm。栽培管理同一般大田。
1.2 DNA提取及分子標記檢測
雙親及WL群體基因組DNA提取采用CTAB法(略有改動)[6]。共選用3 123對小麥基因組SSR、EST-SSR、ISSR、RAPD、STS和SRAP引物進行雙親間的多態(tài)性篩選,共篩選出343對引物,其中多位點引物有74對(53、17對和3對引物分別擴增出2、3個和4個多態(tài)性位點)。引物序列及其相關信息通過參考文獻和GrainGenes2.0 網(wǎng)站(http://whea.pw.usda.gov/GG2/index.shtm1)獲得。所有引物由上海生工生物工程技術服務有限公司合成。
擴增反應在TaKaRa PCR thermal cycler上進行,PCR反應總體積為 25 μL。反應體系的組成為:H2O 11.9 μL,10×Buffer 2.5 μL,dNTP(2.5 mmol/L)2.5 μL,Mg2+(25 mmol/L)2.0 μL,TaqE(5 U/μL)0.2 μL,正反引物(25 ng/μL)各1.7 μL(ISSR引物為3.4 μL),模板DNA(80 ng/μL)2.5 μL。擴增程序為降落PCR(Touchdown PCR),即 94℃預變性4 min,接著完成15個循環(huán)的復性溫度降落程序,94℃變性45 s、65℃復性50 s(每個循環(huán)降低1℃)和72℃延伸55 s;最后完成30個循環(huán)的普通PCR程序,擴增結束后10℃保存。擴增產物按5∶1體積比加入溴酚藍混合均勻,在6%聚丙烯酰胺非變性凝膠(39∶1)上穩(wěn)壓(120 V)電泳,固定、銀染、顯影、定影,然后用Tanon Gis-2010型凝膠成像系統(tǒng)照相觀察,記載帶型。
1.3 表型性狀調查和分析
小麥完熟后單個家系所有單株混合脫粒,充分混合后用 200 mL量筒量取200 mL籽粒,稱重,折算成每升重量(g)。采用SPSS 13.0 軟件分別對3個環(huán)境下的表型數(shù)據(jù)進行正態(tài)分布分析。
1.4 遺傳圖譜構建和QTL分析
連鎖圖譜構建參考Wang等[7]的方法。采用MapMaker/EXP 3.0軟件構圖。首先,根據(jù)在GrainGenes 2.0(http://wheat.pw.usda.gov/GG2/index.shtml)公布的位點信息和中國春缺體-四體定位的信息,用“ANCHOR”命令在每個染色體上分散錨定若干位點;然后在LOD值為3.0的條件下用“ASSIGN”命令將剩余的標記分別進行染色體分配;最后用JoinMap v3.0(http://www.joinmap.nl)構建遺傳連鎖圖譜。采用完備區(qū)間作圖軟件IciMapping v3.0 (http://www.isbreeding.net/)進行QTL定位分析。LOD閾值設定為 2.5,步長為1 cM,進行1 000次置換檢測。三個環(huán)境下的表型數(shù)據(jù)以及其平均值(P)分別用作QTL定位分析。
2 結果與分析
2.1 遺傳連鎖圖譜
共計348個位點被定位在連鎖圖譜上,分布在23個連鎖群上,包括了小麥的21條染色體(4D和6D各包含 1個連鎖斷點)。整個染色體基因組全長3 132.2 cM,標記間的平均遺傳距離為 9.0 cM 。A、B和D 3個染色體基組的遺傳長度分別是 1 086.1、1 170.8 cM 和 875.2 cM,差別較大,而且標記位點數(shù)在3個染色體基組間的分布也不均勻,B基組的標記數(shù)為154個,是 D 基組的 2.3倍。單個染色體上的標記數(shù)目相差亦非常明顯,7B染色體上標記數(shù)最多,達 47個,而3D上只有2個(表1)。
2.2 RIL 群體及其親本表型變異
在3個環(huán)境中洛旱2號的容重顯著高于濰麥8號。RIL群體的平均值高于雙親平均值,表現(xiàn)為傾高親遺傳。3個環(huán)境中,容重的偏度系數(shù)的絕對值均小于1,除E3環(huán)境中峰度系數(shù)大于1外,其它兩個環(huán)境峰度的絕對值均小于1,表現(xiàn)連續(xù)變異,且頻數(shù)分布符合正態(tài)分布,變異系數(shù)為10.1%~21.2%(表2)。
2.3 利用完備區(qū)間作圖法檢測到的容重QTL
通過分析,共定位了14個容重的加性QTL(表3,圖1),分別位于1B、2A、4A、4B、5B、6B、7A
和7B染色體上,單個QTL可解釋3.63%~16.15%的表型變異。其中,QTw-WL-4A和QTw-WL-7B.2均可在E2和P中被同時檢測到,分別解釋容重的4.86%、3.83%和11.81%、5.57%表型變異,其增效基因均來自于濰麥8號。其余的12個加性QTL均只能在一個環(huán)境或平均值中被檢測到,其中QTw-WL-6B.3的LOD值為6.70,加性效應為6.22,可解釋高達15.09% 的表型變異,增效基因來源于濰麥8號;QTw-WL-5B的LOD值為2.88,加性效應為6.38,可解釋超過10.68%的表型變異,增效基因來源于洛旱2號,二者均為主效QTL。
從表3中可以看出,3個環(huán)境中檢測到的QTL數(shù)量差異較大,在E1環(huán)境中有5個QTL被檢測到,而在E3環(huán)境中只檢測到2個容重QTL,且在E3環(huán)境中檢測到的QTL與E1環(huán)境中的不相同,這表明基因的表達受環(huán)境條件的影響,這在QTL水平上表明基因與環(huán)境之間存在互作。
3 結論與討論
本研究定位的控制容重的QTw-WL-2A位點與Houshmand等(2008)[8]報道的位于2AS染色體上的容重QTL具有相同的連鎖標記Xbarc010,推測它們可能是相同的QTL。在染色體4B上,張業(yè)倫(2008)[9]檢測到 1個控制容重的 QTL,Houshmand等(2008)[8]檢測到了一個在 7個環(huán)境中能被重復檢測到的容重QTL。在7B染色體上,Sun等(2009)[10]在Xswes624d~Xwmc517區(qū)間,Houshmand等(2008)[8]在Xbarc172~Xgwm537區(qū)間都檢測到一個控制容重的QTL。在染色體1B上,McCartney等(2006)[11]檢測到一個容重QTL。Sun等(2009)[10]在4A染色體上檢測到一個容重QTL,在6B染色體上檢測到一個在3個環(huán)境中能被重復檢測到的容重QTL。張業(yè)綸(2008)[9]在5B和7A染色體上分別定位了一個控制容重的 QTL。本研究在以上相應的染色體上定位到了容重QTL,但由于群體遺傳背景、遺傳圖譜所用分子標記不同以及環(huán)境因素的影響,沒有發(fā)現(xiàn)共同的分子標記,因此不能確定這些QTL是否與本研究在相同染色體上檢測到的QTL相同。
在檢測到的14個QTL中,9個增效QTL來自于高親本洛旱2號,有5個來自于低親本濰麥8號,這說明低親本中同樣含有有益于目標性狀的基因。在品種選育過程中,更應該注意這類基因的選擇,因為含有這類基因的親本在親本組配過程中很少受到利用,但事實上這類基因使生物的多樣性更加豐富,更有利于選育出突破性的品種。因此,利用QTL定位,充分挖掘作物的優(yōu)良基因,并進行分子標記輔助選擇,是選育優(yōu)良作物品種的一條重要途徑。
容重是小麥最重要的商品性指標,對小麥的品質有重要的影響,但易受多種因素的影響,通過QTL定位分析,比較不同的研究結果,發(fā)現(xiàn)不同遺傳背景和環(huán)境條件下穩(wěn)定表達的QTL,對分子標記育種具有很好的應用價值。因此,創(chuàng)建具有不同遺傳背景的遺傳群體,構建能有效進行精細定位的遺傳群體,再進行多年多環(huán)境試驗,對于尋找與容重緊密相連的分子標記,對小麥容重分子標記輔助育種具有十分重要的意義。
參 考 文 獻:
[1]
司建中. 小麥水分含量對容重及硬度的影響[J]. 糧食儲藏,2011,40(5):47-49.
[2] 張華文,田紀春,劉艷玲. 小麥品種間籽粒品質性狀表現(xiàn)及其相關性分析[J]. 山東農業(yè)科學,2004(6):10-12.
[3] 王霖,郭新平,姬廣臣,等. 小麥面粉白度配合力及其與主要品質性狀的相關分析[J].麥類作物學報,2006,26(1):62-65.
[4] 張桂芝,李斯深. “M8008×煙農15”F2∶3群體株高QTL的檢測[J].山東農業(yè)科學, 2011(11):1-4.
[5] 張坤普,徐憲斌,田紀春. 小麥籽粒產量及穗部相關性狀的QTL定位[J]. 作物學報,2009,5(2):270-278.
2.2 RIL 群體及其親本表型變異
在3個環(huán)境中洛旱2號的容重顯著高于濰麥8號。RIL群體的平均值高于雙親平均值,表現(xiàn)為傾高親遺傳。3個環(huán)境中,容重的偏度系數(shù)的絕對值均小于1,除E3環(huán)境中峰度系數(shù)大于1外,其它兩個環(huán)境峰度的絕對值均小于1,表現(xiàn)連續(xù)變異,且頻數(shù)分布符合正態(tài)分布,變異系數(shù)為10.1%~21.2%(表2)。
2.3 利用完備區(qū)間作圖法檢測到的容重QTL
通過分析,共定位了14個容重的加性QTL(表3,圖1),分別位于1B、2A、4A、4B、5B、6B、7A
和7B染色體上,單個QTL可解釋3.63%~16.15%的表型變異。其中,QTw-WL-4A和QTw-WL-7B.2均可在E2和P中被同時檢測到,分別解釋容重的4.86%、3.83%和11.81%、5.57%表型變異,其增效基因均來自于濰麥8號。其余的12個加性QTL均只能在一個環(huán)境或平均值中被檢測到,其中QTw-WL-6B.3的LOD值為6.70,加性效應為6.22,可解釋高達15.09% 的表型變異,增效基因來源于濰麥8號;QTw-WL-5B的LOD值為2.88,加性效應為6.38,可解釋超過10.68%的表型變異,增效基因來源于洛旱2號,二者均為主效QTL。
從表3中可以看出,3個環(huán)境中檢測到的QTL數(shù)量差異較大,在E1環(huán)境中有5個QTL被檢測到,而在E3環(huán)境中只檢測到2個容重QTL,且在E3環(huán)境中檢測到的QTL與E1環(huán)境中的不相同,這表明基因的表達受環(huán)境條件的影響,這在QTL水平上表明基因與環(huán)境之間存在互作。
3 結論與討論
本研究定位的控制容重的QTw-WL-2A位點與Houshmand等(2008)[8]報道的位于2AS染色體上的容重QTL具有相同的連鎖標記Xbarc010,推測它們可能是相同的QTL。在染色體4B上,張業(yè)倫(2008)[9]檢測到 1個控制容重的 QTL,Houshmand等(2008)[8]檢測到了一個在 7個環(huán)境中能被重復檢測到的容重QTL。在7B染色體上,Sun等(2009)[10]在Xswes624d~Xwmc517區(qū)間,Houshmand等(2008)[8]在Xbarc172~Xgwm537區(qū)間都檢測到一個控制容重的QTL。在染色體1B上,McCartney等(2006)[11]檢測到一個容重QTL。Sun等(2009)[10]在4A染色體上檢測到一個容重QTL,在6B染色體上檢測到一個在3個環(huán)境中能被重復檢測到的容重QTL。張業(yè)綸(2008)[9]在5B和7A染色體上分別定位了一個控制容重的 QTL。本研究在以上相應的染色體上定位到了容重QTL,但由于群體遺傳背景、遺傳圖譜所用分子標記不同以及環(huán)境因素的影響,沒有發(fā)現(xiàn)共同的分子標記,因此不能確定這些QTL是否與本研究在相同染色體上檢測到的QTL相同。
在檢測到的14個QTL中,9個增效QTL來自于高親本洛旱2號,有5個來自于低親本濰麥8號,這說明低親本中同樣含有有益于目標性狀的基因。在品種選育過程中,更應該注意這類基因的選擇,因為含有這類基因的親本在親本組配過程中很少受到利用,但事實上這類基因使生物的多樣性更加豐富,更有利于選育出突破性的品種。因此,利用QTL定位,充分挖掘作物的優(yōu)良基因,并進行分子標記輔助選擇,是選育優(yōu)良作物品種的一條重要途徑。
容重是小麥最重要的商品性指標,對小麥的品質有重要的影響,但易受多種因素的影響,通過QTL定位分析,比較不同的研究結果,發(fā)現(xiàn)不同遺傳背景和環(huán)境條件下穩(wěn)定表達的QTL,對分子標記育種具有很好的應用價值。因此,創(chuàng)建具有不同遺傳背景的遺傳群體,構建能有效進行精細定位的遺傳群體,再進行多年多環(huán)境試驗,對于尋找與容重緊密相連的分子標記,對小麥容重分子標記輔助育種具有十分重要的意義。
參 考 文 獻:
[1]
司建中. 小麥水分含量對容重及硬度的影響[J]. 糧食儲藏,2011,40(5):47-49.
[2] 張華文,田紀春,劉艷玲. 小麥品種間籽粒品質性狀表現(xiàn)及其相關性分析[J]. 山東農業(yè)科學,2004(6):10-12.
[3] 王霖,郭新平,姬廣臣,等. 小麥面粉白度配合力及其與主要品質性狀的相關分析[J].麥類作物學報,2006,26(1):62-65.
[4] 張桂芝,李斯深. “M8008×煙農15”F2∶3群體株高QTL的檢測[J].山東農業(yè)科學, 2011(11):1-4.
[5] 張坤普,徐憲斌,田紀春. 小麥籽粒產量及穗部相關性狀的QTL定位[J]. 作物學報,2009,5(2):270-278.
2.2 RIL 群體及其親本表型變異
在3個環(huán)境中洛旱2號的容重顯著高于濰麥8號。RIL群體的平均值高于雙親平均值,表現(xiàn)為傾高親遺傳。3個環(huán)境中,容重的偏度系數(shù)的絕對值均小于1,除E3環(huán)境中峰度系數(shù)大于1外,其它兩個環(huán)境峰度的絕對值均小于1,表現(xiàn)連續(xù)變異,且頻數(shù)分布符合正態(tài)分布,變異系數(shù)為10.1%~21.2%(表2)。
2.3 利用完備區(qū)間作圖法檢測到的容重QTL
通過分析,共定位了14個容重的加性QTL(表3,圖1),分別位于1B、2A、4A、4B、5B、6B、7A
和7B染色體上,單個QTL可解釋3.63%~16.15%的表型變異。其中,QTw-WL-4A和QTw-WL-7B.2均可在E2和P中被同時檢測到,分別解釋容重的4.86%、3.83%和11.81%、5.57%表型變異,其增效基因均來自于濰麥8號。其余的12個加性QTL均只能在一個環(huán)境或平均值中被檢測到,其中QTw-WL-6B.3的LOD值為6.70,加性效應為6.22,可解釋高達15.09% 的表型變異,增效基因來源于濰麥8號;QTw-WL-5B的LOD值為2.88,加性效應為6.38,可解釋超過10.68%的表型變異,增效基因來源于洛旱2號,二者均為主效QTL。
從表3中可以看出,3個環(huán)境中檢測到的QTL數(shù)量差異較大,在E1環(huán)境中有5個QTL被檢測到,而在E3環(huán)境中只檢測到2個容重QTL,且在E3環(huán)境中檢測到的QTL與E1環(huán)境中的不相同,這表明基因的表達受環(huán)境條件的影響,這在QTL水平上表明基因與環(huán)境之間存在互作。
3 結論與討論
本研究定位的控制容重的QTw-WL-2A位點與Houshmand等(2008)[8]報道的位于2AS染色體上的容重QTL具有相同的連鎖標記Xbarc010,推測它們可能是相同的QTL。在染色體4B上,張業(yè)倫(2008)[9]檢測到 1個控制容重的 QTL,Houshmand等(2008)[8]檢測到了一個在 7個環(huán)境中能被重復檢測到的容重QTL。在7B染色體上,Sun等(2009)[10]在Xswes624d~Xwmc517區(qū)間,Houshmand等(2008)[8]在Xbarc172~Xgwm537區(qū)間都檢測到一個控制容重的QTL。在染色體1B上,McCartney等(2006)[11]檢測到一個容重QTL。Sun等(2009)[10]在4A染色體上檢測到一個容重QTL,在6B染色體上檢測到一個在3個環(huán)境中能被重復檢測到的容重QTL。張業(yè)綸(2008)[9]在5B和7A染色體上分別定位了一個控制容重的 QTL。本研究在以上相應的染色體上定位到了容重QTL,但由于群體遺傳背景、遺傳圖譜所用分子標記不同以及環(huán)境因素的影響,沒有發(fā)現(xiàn)共同的分子標記,因此不能確定這些QTL是否與本研究在相同染色體上檢測到的QTL相同。
在檢測到的14個QTL中,9個增效QTL來自于高親本洛旱2號,有5個來自于低親本濰麥8號,這說明低親本中同樣含有有益于目標性狀的基因。在品種選育過程中,更應該注意這類基因的選擇,因為含有這類基因的親本在親本組配過程中很少受到利用,但事實上這類基因使生物的多樣性更加豐富,更有利于選育出突破性的品種。因此,利用QTL定位,充分挖掘作物的優(yōu)良基因,并進行分子標記輔助選擇,是選育優(yōu)良作物品種的一條重要途徑。
容重是小麥最重要的商品性指標,對小麥的品質有重要的影響,但易受多種因素的影響,通過QTL定位分析,比較不同的研究結果,發(fā)現(xiàn)不同遺傳背景和環(huán)境條件下穩(wěn)定表達的QTL,對分子標記育種具有很好的應用價值。因此,創(chuàng)建具有不同遺傳背景的遺傳群體,構建能有效進行精細定位的遺傳群體,再進行多年多環(huán)境試驗,對于尋找與容重緊密相連的分子標記,對小麥容重分子標記輔助育種具有十分重要的意義。
參 考 文 獻:
[1]
司建中. 小麥水分含量對容重及硬度的影響[J]. 糧食儲藏,2011,40(5):47-49.
[2] 張華文,田紀春,劉艷玲. 小麥品種間籽粒品質性狀表現(xiàn)及其相關性分析[J]. 山東農業(yè)科學,2004(6):10-12.
[3] 王霖,郭新平,姬廣臣,等. 小麥面粉白度配合力及其與主要品質性狀的相關分析[J].麥類作物學報,2006,26(1):62-65.
[4] 張桂芝,李斯深. “M8008×煙農15”F2∶3群體株高QTL的檢測[J].山東農業(yè)科學, 2011(11):1-4.
[5] 張坤普,徐憲斌,田紀春. 小麥籽粒產量及穗部相關性狀的QTL定位[J]. 作物學報,2009,5(2):270-278.