王大鵬/編譯
●一個致力于在同行評議之前分享生物學(xué)論文的網(wǎng)站促進了期刊的變革。
生物學(xué)家們在害怕什么?物理學(xué)家、數(shù)學(xué)家和社會科學(xué)家們通常會在他們的論文正式發(fā)表之前,把它們粘貼到預(yù)印本伺服器上,比如arXiv.org,而幾乎沒有生命科學(xué)家會這樣做。剛剛上線的一個網(wǎng)站則期望改變這種狀況。這個網(wǎng)站—bioRχiv.org—是由位于紐約的冷泉港實驗室出版社開發(fā)的,并把自己標(biāo)榜為“生物學(xué)預(yù)印本伺服器”。其運營模式類似于arXiv,科學(xué)家們一旦準(zhǔn)備好與同行分享其研究論文,他們就可以粘貼到這個網(wǎng)站上,這要比正式發(fā)表早數(shù)周或者數(shù)月。
這個網(wǎng)站的上線預(yù)示著生物學(xué)家們開始擁抱預(yù)先打印了,arXiv的定量生物學(xué)分站上線于2003年,并且在過去的兩年里其獲得的收益呈指數(shù)增加。2013年的目標(biāo)是吸引超過1 500篇手稿,保羅·金斯伯格(Paul Ginsparg)說。他是位于紐約伊薩卡的康奈爾大學(xué)的物理學(xué)家,并且與1991年創(chuàng)辦了arXiv,同時也是bioRχiv的咨詢委員會成員。同時,開源期刊PeerJ在2013年四月份上線了它自己的生物學(xué)預(yù)印本伺服器,并且迄今為止已經(jīng)登載了大約90篇文章。
特別是遺傳學(xué)家們成群結(jié)隊地涌向arXiv的定量生物學(xué)儲備庫,其網(wǎng)站上發(fā)布的一些主題的研究論文,比如南非人和歐洲人的遺傳血統(tǒng),已經(jīng)在重要的期刊中發(fā)表了,比如《自然通訊》和《PloS生物學(xué)》。研究傳染病的科學(xué)家們還利用這個網(wǎng)站來對持續(xù)爆發(fā)的傳染病進行快速地報告,比如2013年早些時候發(fā)生在中國的H7N9流感。
但是arXiv并不打算把其業(yè)務(wù)擴展到生命科學(xué)的其他領(lǐng)域中去,比如細胞生物學(xué)和分子生物學(xué),這個網(wǎng)站在設(shè)計之初就沒有把生物學(xué)家納入進來。和其位于冷泉港實驗室出版社的同事約翰·英格利斯(John Inglis)一起創(chuàng)辦了 bioRχiv的理查德·賽沃(Richard Sever)說,“這個網(wǎng)站和arXiv之間的關(guān)系不是競爭性的。它應(yīng)該是補充了arXiv的不足?!?/p>
與位于加州斯坦福的HighWire出版社共同運營的BioRχiv有意地追求極簡主義。賽沃說,“其設(shè)計本著基礎(chǔ)性和功能性的原則,因為這是一個共享手稿的機制。”
論文——已經(jīng)有9篇了,其中大多數(shù)都曾經(jīng)在arXiv上發(fā)表過——將會被整合到20多個分支學(xué)科中,包括腫瘤生物學(xué)和免疫學(xué)。具有獨特的數(shù)字對象標(biāo)識符(DOIs)的個人論文使得它們?nèi)菀妆灰?,且被描述為新的研究結(jié)果,驗證結(jié)果和相反的結(jié)果。研究人員可以對這些論文進行討論,并出現(xiàn)在論文的旁邊;同時這些評論將被審核。
目前,冷泉港實驗室負責(zé)該網(wǎng)站的運營經(jīng)費,但是賽沃和英格利斯拒絕透漏該網(wǎng)站的運營成本及其年度預(yù)算。他們將會尋求持續(xù)的收入來源,包括基金會的贊助,并且他們計劃繼續(xù)讓這個網(wǎng)站對用戶免費開放。arXiv的年度預(yù)算達到75萬美元,其中大部分來自于西蒙斯基金會,這個位于紐約的非營利組織,同時大學(xué)和其他機構(gòu)也提供了少部分的經(jīng)費。
列昂尼德·克魯格利亞克 (Leonid Kruglyak)是位于洛杉磯的加利福尼亞大學(xué)的一名遺傳學(xué)家,同時還是bioRχiv咨詢委員會的成員,他期望有更多的同行會使用這個網(wǎng)站。以前阻止生物學(xué)家使用預(yù)印本伺服器的障礙似乎在逐步消失,他說。通過把自己論文的預(yù)印本放到arXiv上,很多開展量化研究的遺傳學(xué)家就不用再擔(dān)心他們的研究成果被別人搶先發(fā)表了,因為很多科學(xué)家現(xiàn)在把這個過程看作是為他們的成果建立優(yōu)先權(quán)的一種方式。
很多期刊,諸如美國遺傳學(xué)會和美國生態(tài)學(xué)會出版的期刊,在近幾個月修改了他們的政策,允許了上述做法。自然出版集團允許發(fā)布預(yù)印本,《科學(xué)》在很多情況下也接受這些預(yù)印本。出版諸如《細胞》和《神經(jīng)元》等分子生物學(xué)期刊的細胞出版社,則不鼓勵發(fā)布預(yù)印本。但是“你能容易地想到這樣一種情景,在不久的將來,如果你的期刊不是預(yù)印友好型的,那么它將會成為出版的一種阻礙”,克魯格利亞克如是說。
然而,作為德國漢諾威醫(yī)學(xué)院的一名血液病學(xué)家,馬丁·芬納(Martin Fenner)認為,很多生命科學(xué)家將會越來越適應(yīng)開源的同行評議,現(xiàn)在這種做法在諸如F1000Research等期刊中已經(jīng)實行了。在開源的同行評議中,出版社在接受作者提交給期刊的手稿之前會把它粘貼在其網(wǎng)站上。芬納認為,和粘貼在第三方網(wǎng)站上——諸如bioRχiv——的預(yù)印本相比而言,這個過程會縮短第一稿和最終出版版本之間的延遲時間,并且不同的版本存在著明確的關(guān)聯(lián)。
格雷厄姆·庫普(Graham Coop)是加利福尼亞大學(xué)戴維斯分校的一名進化遺傳學(xué)家,他把自己實驗室產(chǎn)生的研究論文粘貼在了arXiv上并且把其中一篇交叉粘貼在bioRχiv上。同行的壓力將促使其他領(lǐng)域的研究人員如法炮制這種做法,他說到?!叭绻藗兛吹剿麄兪煜さ娜说恼撐某霈F(xiàn)在諸如bioRχiv這樣的網(wǎng)站上,那么他們自然而然地會感到很舒服。”