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      思茅松種子園遺傳多樣性的RAPD分析*

      2015-01-17 05:42:32朱云鳳陳少瑜郝佳波
      西部林業(yè)科學 2015年2期
      關鍵詞:思茅松種子園居群

      朱云鳳,陳少瑜,郝佳波,2,吳 濤,2

      (1.云南省林業(yè)科學院,云南 昆明650201;2.云南省森林植物培育與開發(fā)利用重點實驗室;國家林業(yè)局開放性重點實驗室云南珍稀瀕特森林植物保護和繁育實驗室,云南 昆明650201)

      思茅松 (Pinus kesiya var.langbianensis)為松科(Pinaceae)松屬 (Pinus)樹種,常綠喬木,通常樹體高達20~30 m,胸徑60 cm,樹冠廣圓形;樹皮褐色,裂成龜甲狀薄塊片脫落;枝條一年生長兩輪或多輪;主要速生用材樹種之一。是中國亞熱帶西部山地林木的代表類型。思茅松樹干通直,木材紋理好、變形小、出材率高、材質(zhì)優(yōu)良,常用于建筑、造紙、制作家具、制膠合板等?;盍⒛究刹扇∷芍?,樹皮可提取栲膠,思茅松產(chǎn)脂量較高,產(chǎn)出的松香和松節(jié)油品質(zhì)好,是云南主要用材和采脂樹種,具有較高的經(jīng)濟、生態(tài)和社會價值[1]。目前云南省思茅松的立木蓄積量9 306×104m3,松香年蓄積量為11.5 × 104t[2]。RAPD(random amplified polymorphic DNA,RAPD)是1990年由美國杜邦公司科學家Williams和加利福尼亞生物研究所的Welsh等發(fā)明的一種分子標記技術[3~5]。近年來RAPD已成功應用于植物遺傳分析的各個方面,如遺傳多樣性和系統(tǒng)發(fā)育研究、目的基因的定位與分子標記的輔助育種、品種鑒定、遺傳作圖和DNA指紋圖譜等方面[6~23]。目前思茅松在種源選優(yōu)[24]、同工酶分析[8~9]、產(chǎn)脂優(yōu)樹選優(yōu)[25]等方面研究進展顯著,但RAPD標記在思茅松的遺傳關系方面的相關研究報道甚少,鑒于此,作者以思茅松85個優(yōu)良無性系為研究對象,在以思茅松優(yōu)化RAPD技術的基礎上,進行遺傳多樣性分析,為思茅松標記輔助的優(yōu)良無性系鑒定、早期選擇、雜交親本的選配和育種群體的多樣性評價提供技術支持。

      1 材料和方法

      1.1 材料

      試驗材料采自云南省西雙版納自治州普文林場內(nèi)的思茅松優(yōu)樹匯集區(qū)。該林場地處北緯22.24°~22.26°,東經(jīng) 101.04°~ 101.06°,海拔 800 ~ 1 354 m,年平均氣溫 20.1℃,年降水量 1 655.3 mm,土壤為赤紅壤。

      本次試驗共采集122個優(yōu)良無性系中的85個無性系,每個無性系隨機采集1個單株上木質(zhì)化程度較低的新梢,放入裝有硅膠的自封袋中,標號,帶回實驗室,保存于-30℃冰箱保存作為分子標記試驗的材料備用。這85個優(yōu)良無性系分別來自7個天然居群,它們分別是景東者后、墨江通關永馬、思茅蔓歇壩和思茅木乃河、景谷縣碧安、普洱一工段、普洱二工段。居群編號、各居群對應無性系號、居群所在地以及無性系數(shù)量見表1。

      表1 85個優(yōu)良無性系及來源Tab.1 85 Pinus kesiya var.langbianensis superior clones from different provenances

      7個居群所在的5個縣分別是普洱市思茅區(qū)、墨江哈尼族自治縣、景谷傣族自治縣和景東彝族自治縣,其中居群1、6來自思茅區(qū),居群2來自景東縣,居群3、7來自寧洱縣,居群4來自景谷縣,群體5來自墨江縣。

      1.2 試驗方法

      1.2.1 思茅松基因組DNA提取

      采用Solarbio試劑盒提取思茅松基因組DNA。

      1.2.2 RAPD-PCR 擴增及引物篩選

      通過初篩和復篩,從北京奧科鼎盛生物科技有限責任公司合成的120條引物中篩選出穩(wěn)定性強,多態(tài)性高的引物用于所有樣品的RAPD-PCR擴增[26~27]。

      20 μL的RAPD反應體系含20~60 ngDNA模板1.0 uL,10 μM 引物 1.0 μL,2 × Taq PCR MasterMix 10 μL,無菌 ddH20 8.0 μL。熱反應的基本程序為:94℃預變性5 min;94℃變性30 s;復性45 s,溫度從Tm+5℃在10次循環(huán)內(nèi)逐步降至Tm-5℃ (每1次循環(huán)退火溫度降低1℃),72℃延伸2 min,10個循環(huán);之后Tm℃復性45 s,72℃延伸2 min,25個循環(huán);最后72℃延伸7 min;4℃保存。

      1.2.3 擴增結果電泳及記錄

      用篩選出的引物對所有無性系樣本進行RAPD-PCR擴增,通過瓊脂糖凝膠電泳檢測,照相,記錄結果。

      1.3 遺傳多樣性及聚類分析

      統(tǒng)計產(chǎn)生多態(tài)位點的引物在7個居群中擴增的電泳帶總數(shù)與多態(tài)帶的數(shù)目。無性系指紋圖譜中的每一條帶作為一個分子標記,同一個位點上以出現(xiàn)條帶記為“1”,不出現(xiàn)為“0”來記錄,將圖譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化為0/1數(shù)據(jù)矩陣。采用 POPGENE32和MEGA2軟件計算多態(tài)位點百分率PPB、平均每個位點的有效等位基因數(shù)Ne、Nei’s基因多樣指數(shù)H和Shannon’s多樣性信息指數(shù)I等多樣性指標,以及遺傳距離 (GD)和Nei’s遺傳相似性度 (I),并構建各無性系以及各居群的遺傳關系UPGMA聚類樹狀圖。

      2 結果與分析

      2.1 RAPD擴增及引物篩選結果

      基于1.2.2的擴增體系和反應程序,從120條引物中篩選出的20條穩(wěn)定性強、多態(tài)性高的引物,用于所有樣品的擴增。20條引物及擴增結果見表2,引物C13對部分試驗材料的擴增結果見圖1。

      表2 各引物多態(tài)性位點Tab.2 Each primer polymorphisms(SNPs)

      圖1 C13對部分無性系的擴增結果Fig.1 RAPD-PCR based on Primer C13

      由于退火溫度是影響RAPD技術穩(wěn)定性的主要因素的特點,在體系優(yōu)化要特別注意退火溫度的選擇,具體是根據(jù)連續(xù)兩次梯度PCR,進行退火溫度的篩選。選擇為連續(xù)兩次PCR擴增結果一致的溫度作為PCR的退火溫度,溫度為37℃。

      2.2 7個居群的思茅松種子園的遺傳多樣性

      本項研究所收集的7個居群的多態(tài)位點百分率PPB、平均每個位點的有效等位基因數(shù)Ne、Nei’s基因多樣指數(shù)H和Shannon’s多樣性信息指數(shù)I的結果見表3。從表3可以看出,7個居群的多態(tài)位點百分率PPB的范圍是22.85% ~73.57%,平均值59.48%;平均每個位點的有效等位基因數(shù)Ne的范圍是 1.228 6 ~ 1.402 9,平均值 1.350 3;Nei’s基因多樣指數(shù) H 的范圍是0.114 3 ~0.243 3,平均值0.206 3;Shannon’s多樣性信息指數(shù)I的范圍是 0.158 4 ~0.369 4,平均值 0.310 0。其中居群5(墨江通關永馬,16個無性系)的遺傳多樣性水平最高,PPB、Ne、H、I分別為 73.57%、1.402 9、0.243 3、0.369 4。其次是居群 1(思茅曼歇壩,19個無性系),PPB、Ne、H、I分別為70.71%、1.361 7、0.221 3、0.339 9。而居群 3(普洱二工段,2個無性系)的遺傳多樣性水平最低,PPB、Ne、H、I分別為 22.85%、1.228 6、0.114 3、0.158 4。其次是居群 4(景谷碧安,13個無性系),PPB、Ne、H、I分別為 57.14%、1.346 2、0.205 4、0.307 4。

      表3 各居群的遺傳多樣性指標Tab.3 Genetic diversity index of each population based on RAPD

      2.3 7個居群的遺傳關系及聚類

      用POPGENE32軟件對由85個樣本組成的來自7個種源地的居群所有條帶的“0、1”矩陣進行分析,得到樣本間的遺傳距離I和Nei’s遺傳一致度D,結果見表4。

      表4 7個居群基于RAPD的Nei’s遺傳一致度和遺傳距離Tab.4 Nei’s genetic identity and genetic distance of 7 populations based on RAPD

      由表4可知,這7個居群的遺傳距離范圍是0.030 6~0.150 9。其中遺傳距離最近的是居群5(墨江通關永馬),遺傳距離為0.038 5和居群6(思茅木乃河),遺傳距離為0.030 6。遺傳距離最遠的則是居群3(普洱二工段),遺傳距離為0.142 3和居群4(景谷碧安),遺傳距離為0.150 9。

      基于表4中的遺傳距離繪制聚類圖 (圖2)。由圖2可知,來自不同種源地的各居群之間的遺傳關系及聚類結果。在遺傳距離約0.08以上,可將7個居群分成3個類群。其中居群3(普洱二工段,2個無性系)為1個類群,居群4(景谷碧安,13個無性系)、居群5(墨江通關永馬,16個無性系)和居群6(思茅木乃河,9個無性系)組成第2個類群,而居群1(思茅曼歇壩,19個無性系)、居群2(景東者后,13個無性系)和居群7(普洱一工段,13個無性系)則組成第3個類群。

      圖2 7個居群的RAPD標記的聚類分析樹狀圖Fig.2 Dendrogram of RAPD markers of 7 populations

      3 結論與討論

      (1)思茅松種子園收集的優(yōu)良無性系保存了思茅松種質(zhì)資源豐富的遺傳多樣性

      85個無性系的多態(tài)位點百分率PPB為87.85%,平均每個位點的有效等位基因數(shù) Ne為1.451 7,Nei’s基因多樣指數(shù) H 為0.274 9,Shannon’s多樣性信息指數(shù)I為0.420 2。數(shù)據(jù)表明思茅松種子園收集的優(yōu)良無性系保存了思茅松種質(zhì)資源豐富的遺傳多樣性。

      姜遠標[7]等人曾研究的20個思茅松家系,其多態(tài)位點百分率PPB僅為43.87%,表明該種子園優(yōu)樹匯集區(qū)的85個思茅松無性系的遺傳多樣性遠高于之前研究的20個家系。姜遠標等人之前研究20個家系與本研究的85個無性系中的20個無性系有相同的母本,且研究中每個家系只采集了1個單株進行研究,所以此研究結果也正好印證了85個思茅松無性系更加豐富的遺傳基礎。

      此外,對比其他研究者對松屬其他植物油松(Pinus tabuleaformis)和馬尾松 (P.massoniana)的RAPD標記研究,其多態(tài)位點百分率PPB大于其他3位研究者研究的油松和馬尾松;平均每個位點的有效等位基因數(shù)Ne大于趙飛等研究的油松[20],但小于萬愛華等研究的馬尾松[18];Nei’s基因多樣指數(shù)H小于其他3位研究者研究的油松和馬尾松[18~20];Shannon’s多樣性信息指數(shù) I也小于其他3位研究者研究的油松和馬尾松??傊?,這幾項衡量遺傳多樣性的指標與其它已研究的松屬植物相比,并未明顯小于其他松屬植物的這些遺傳多樣性指標,因此可以說,思茅松種子園內(nèi)優(yōu)樹匯集區(qū)的85個無性系與其他省份的油松種子園、油松天然居群和馬尾松種子園的的遺傳多樣性相當。此外,來自3個種源地的油松[19]以及來自8個種源地的馬尾松[18],特別是來自4個省的12個天然居群的油松[20],其研究者都得出了遺傳多樣系豐富的結論,而它們的遺傳多樣性指標并未高于本研究的85個思茅松無性系,因此,云南省林業(yè)科學院普文試驗林場思茅松種子園收集的優(yōu)良無性系保存了思茅松豐富的遺傳多樣性,為其進一步遺傳改良提供了基礎。

      本研究結果顯示,7個居群的遺傳多樣性水平從高到低排列依次是居群5>居群1>居群7>居群2>居群6>居群4>居群3。從這個排列次序也可看出各居群對整體遺傳多樣性的貢獻程度。而各居群遺傳多樣性的大小與選優(yōu)母本所在的天然居群大小、分布、選擇優(yōu)樹的數(shù)量及分子標記分析的無性系數(shù)量等因素有關,此結果可以為今后試驗對象的選擇提供依據(jù)。居群3在本次試驗中因客觀條件的限制,取樣過少,導致居群3的遺傳多樣性參數(shù)偏低。

      (2)基于RAPD分子標記的遺傳距離及聚類分析為思茅松雜交群體的選擇提供參考

      由圖2的結果可以看出各居群之間的遺傳關系,并將7個居群分為遺傳差異較明顯的3大類群,居群3相對其他居群的遺傳距離最大。而居群4、居群5和居群6之間的遺傳距離較小,可歸為一類;居群1、居群7和居群2之間的遺傳變異也較小,可歸為另一類;而這兩類居群之間的遺傳變異則相對較大。此結果可為雜交群體的選擇提供分子水平上的依據(jù)。

      依據(jù)此關系可以為育種時雜交親本的選配提供參考。例如,當根據(jù)需要選擇居群3內(nèi)的各無性系作為雜交的父本材料時,由圖2就可以看出居群3內(nèi)的各無性系與其它各無性系的遺傳關系,根據(jù)遠交優(yōu)勢的原理,在選擇與之雜交的母本時,就應該選擇與居群3內(nèi)各無性系遺傳距離盡可能遠的無性系,這樣雜交之后得到優(yōu)秀子代的可能性將會更大。

      此外,臨近的兩個縣之間的距離最多不超過100 km。思茅松屬風媒傳粉植物,其傳粉距離較遠,居群之間應存在一定程度的基因交流。將各居群的遺傳距離和聚類圖與7個居群所在的5個縣的空間距離相比較發(fā)現(xiàn),各居群的空間距離和遺傳距離之間并沒有表現(xiàn)出明顯的相關關系,即空間距離遠的兩個居群,其遺傳距離并不一定大,而空間距離近的兩個居群,其遺傳距離并不一定小。這說明空間距離不是影響這7個居群間遺傳距離的主要因素。其原因與思茅松的繁殖機制以及各居群所在地的地形、風向、動物活動或地理變遷等因素有關。例如地形的原因,空間距離較近的兩個居群之間若存在山川,它們之間的基因交流就會受到影響,由此兩個居群之間的遺傳距離反而會較遠。

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