司馬曉嬌,鄭炳松
植物生長素原初響應(yīng)基因Aux/IAA研究進(jìn)展
司馬曉嬌,鄭炳松
(浙江農(nóng)林大學(xué) 亞熱帶森林培育省部共建國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室培育基地,浙江 臨安 311300)
Aux/IAA基因家族能夠在生長素誘導(dǎo)的早期做出響應(yīng),是生長素早期應(yīng)答的3類基因家族之一。ARF則是一類調(diào)控生長素響應(yīng)基因表達(dá)的轉(zhuǎn)錄因子,Aux/IAA就是通過其響應(yīng)元件與ARF特異性結(jié)合,從而調(diào)節(jié)生長素早期應(yīng)答基因的轉(zhuǎn)錄功能。介紹了Aux/IAA的結(jié)構(gòu)特征、調(diào)控機(jī)制以及生物學(xué)功能。植物Aux/IAA基因是由4個保守結(jié)構(gòu)域組成的:結(jié)構(gòu)域Ⅰ,Ⅱ,Ⅲ和Ⅳ。結(jié)構(gòu)域Ⅰ主要負(fù)責(zé)Aux/IAA蛋白的阻遏作用,結(jié)構(gòu)域Ⅱ因?yàn)楹幸欢瘟涟彼峄?,?fù)責(zé)Aux/IAA蛋白的快速降解,而結(jié)構(gòu)域Ⅲ和Ⅳ則介導(dǎo)Aux/IAA蛋白與ARF蛋白形成同源或異源二聚體。在生長素信號轉(zhuǎn)導(dǎo)過程中,Aux/IAA主要通過與生長素響應(yīng)因子ARF結(jié)合,促進(jìn)早期基因轉(zhuǎn)錄,從而調(diào)節(jié)下游基因的表達(dá)。Aux/IAA基因因其種類不同在不同的組織和器官中的表達(dá)是有特異性的,同時通過Aux/IAA突變體的研究表明:不同的Aux/IAA還具有各自獨(dú)特的功能。不論是由于時間和空間表達(dá)上的不同,還是由于其基因的啟動子對生長素響應(yīng)因子的親合性差異都能產(chǎn)生這些功能特異性。而植物激素和外界環(huán)境因子對發(fā)揮Aux/IAA功能也具有重要的調(diào)控作用。參43
生物化學(xué)與分子生物學(xué);生長素原初響應(yīng)基因Aux/IAA;基因功能;調(diào)控機(jī)制;綜述
生長素參加植物生長發(fā)育的許多過程,調(diào)控很多生理反應(yīng),在植物的整個生命周期中都發(fā)揮著調(diào)控作用,比如根和莖的發(fā)育以及生長、維管束組織的形成和分化發(fā)育、器官的衰老以及植物的向地和向光反應(yīng)等。生長素可以直接作用于細(xì)胞膜或胞內(nèi)組分,從而影響一些細(xì)胞反應(yīng)(如細(xì)胞擴(kuò)大和極性形成等),也可以間接調(diào)控基因的表達(dá)[1-2]。植物對生長素的響應(yīng)是比較復(fù)雜的。研究生長素的反應(yīng)機(jī)制,對深入認(rèn)識植物生長發(fā)育的生理過程有著至關(guān)重要的意義。生長素信號轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑并不是單一的,先通過信號識別,然后調(diào)控下游生長素相關(guān)基因的表達(dá),最后植物表現(xiàn)出生理反應(yīng)[3]。目前,認(rèn)為與生長素信號轉(zhuǎn)導(dǎo)相關(guān)的3類主要蛋白組分是:生長素/吲哚乙酸蛋白(auxin/indole-acetic acids proteins,Aux/IAAs),生長素響應(yīng)因子(auxin response factors,ARFs)和SCF復(fù)合體(SKP1-CUL1-F-box)[4-6]。鄭炳松等[7-9]也對山核桃Carya cathayensis生長素響應(yīng)因子(ARFs)以及PIP水通道蛋白做過詳實(shí)的研究,并取得一定進(jìn)展。而關(guān)于Aux/IAAs的研究最近也都是比較熱門的,由于近幾年的資料比較新,不能完全檢索到,本文根據(jù)2012年以前的研究進(jìn)展對植物生長素原初響應(yīng)基因的結(jié)構(gòu)特征,在生長素信號傳導(dǎo)過程中的功能以及調(diào)控機(jī)制等方面的研究進(jìn)展進(jìn)行介紹。
Aux/IAA蛋白是調(diào)節(jié)生長素基因表達(dá)的轉(zhuǎn)錄因子,編碼一個典型的生長素誘導(dǎo)表達(dá)的組織或發(fā)育階段特異性的基因家族。Aux/IAA的啟動子元件能和生長素響應(yīng)因子ARF特異結(jié)合形成二聚體,然后激活或者抑制基因的表達(dá)。Aux/IAA在植物體中存在一大類復(fù)雜的基因家族,許多科學(xué)家在擬南芥Arabidopsis thaliana,水稻 Oryza sativa,番茄 Solanum lycopersicum,黃瓜 Cucumis sativus, 楊樹 Populus trichocarpa,高粱Sorghum vulgare和玉米Zea mays等植物中分別發(fā)現(xiàn)了34,31,26,29,35,25和31個Aux/IAA基因家族成員[10-14],并分別對Aux/IAA基因家族成員的結(jié)構(gòu)特征進(jìn)行了對比和進(jìn)化樹分析,如擬南芥AtIAAs和楊樹PoptrIAAs[10],番茄SlIAAs和玉米ZmIAAs,玉米ZmIAAs和水稻OsIAAs,擬南芥AtIAAs和玉米ZmIAAs[12],水稻OsIAAs和楊樹PoptrIAAs[13-14]以及擬南芥AtIAAs和番茄SlIAAs[11]。
這一大類蛋白是生長素快速誘導(dǎo)的半衰期很短的核蛋白,有4個保守結(jié)構(gòu)域:結(jié)構(gòu)域Ⅰ,Ⅱ,Ⅲ和Ⅳ[4]。其中結(jié)構(gòu)域Ⅰ能起到阻遏作用,如果該區(qū)域要發(fā)揮該作用就需要和激活子的啟動子區(qū)相鄰,如果這2個區(qū)域相距太遠(yuǎn),則不能發(fā)揮其作用;結(jié)構(gòu)域Ⅱ有一個特異序列,該序列含有13個氨基酸,能構(gòu)成1個降解單元,是Aux/IAA蛋白家族中的保守序列,對生長素的信號轉(zhuǎn)導(dǎo)是必需的,如果該區(qū)域發(fā)生突變,然后Aux/IAA基因被超表達(dá),那么可以觀察到這些都恢復(fù)了顯性或半顯性的發(fā)育特性[15];結(jié)構(gòu)域Ⅲ和Ⅳ是與生長素響應(yīng)因子(auxin response factor,ARF)相結(jié)合的部位[5]。這2個結(jié)構(gòu)域具有ARFs蛋白的CTDs的同源結(jié)構(gòu)域,主要負(fù)責(zé)Aux/IAA蛋白自身的二聚化和多聚化以及Aux/IAA蛋白與ARFs形成二聚體,從而抑制生長素反應(yīng)基因的轉(zhuǎn)錄[16]。
通過Aux/IAA蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)特征分析,發(fā)現(xiàn)在34個擬南芥AtIAAs家族中,AtIAA15,AtIAA20和AtIAA30缺失結(jié)構(gòu)域Ⅱ,而AtIAA29,AtIAA33和AtIAA34只含有結(jié)構(gòu)域Ⅲ和Ⅳ,并且AtIAA32只有結(jié)構(gòu)域Ⅲ,剩余的AtIAA都有4個完整的結(jié)構(gòu)域[12]。26個番茄SlIAAs中,SlIAA13,SlIAA16和SlIAA20缺少結(jié)構(gòu)域Ⅰ和Ⅱ,其余SlIAA都含有典型的4個結(jié)構(gòu)域[11]。而在水稻中,只有OsIAA9,OsIAA20,OsIAA28和OsIAA29含有2個結(jié)構(gòu)域,大部分含有4個完整的保守結(jié)構(gòu)域[13]。玉米的31個ZmIAAs基本上都有4個結(jié)構(gòu)域,但是ZmIAA3,ZmIAA22和ZmIAA31不含有結(jié)構(gòu)域Ⅳ[12]。除了CsIAA7缺少結(jié)構(gòu)域Ⅰ,CsIAA22和CsIAA24不含有結(jié)構(gòu)域Ⅲ,黃瓜的其他26個CsIAAs都有完整的4個保守結(jié)構(gòu)域[17]。
通過進(jìn)化樹分析結(jié)果表明:擬南芥和水稻65個IAA蛋白分為2組,并且每組有3個亞類[14]。擬南芥、水稻、玉米和番茄的122個IAA蛋白序列分為3組,即A,B,C等3組。分別有65,46和6個IAA蛋白。并且A組又分為6個亞類,B組分為3個亞類,總共有21個姊妹對,并且A2,A5,A6,B1,B2和B3都存在這4種IAA基因[11-13]。這些研究表明不論是同一物種還是不同物種的Aux/IAA成員都具有一定的同源性。
生長素是一種重要的植物激素,在植物的整個生長發(fā)育過程中有著十分重要的作用,主要包括向地性和向光性的形成,細(xì)胞伸長、分裂,根毛發(fā)育,維管組織的發(fā)育等[2]。作為一類轉(zhuǎn)錄抑制因子,Aux/ IAA基因所編碼的蛋白在植物生長發(fā)育過程中也是至關(guān)重要的。
有研究表明:Aux/IAA基因所編碼的蛋白主要作用于生長素信號轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑。當(dāng)生長素與其受體結(jié)合之后,會激活一些轉(zhuǎn)錄因子進(jìn)入細(xì)胞核,來促進(jìn)基因表達(dá)[6]。該基因編碼的蛋白質(zhì)半衰期一般很短,但有些蛋白的半衰期則較長,如IAA17的半衰期長達(dá)80 min[15]。Aux/IAA基因可分為2類:一類屬于早期生長素反應(yīng)基因,其轉(zhuǎn)錄能受生長素快速誘導(dǎo)上調(diào);而另一類被稱為后期響應(yīng)基因,根據(jù)IAA1和IAA14的轉(zhuǎn)錄分析我們可以知道,生長素誘導(dǎo)的基因表達(dá)具有不同的空間表達(dá)模式和特征,一些基因能在幾分鐘內(nèi)誘導(dǎo)表達(dá),2 h后便回到基態(tài)水平,但是IAA7和IAA8等基因需要依賴新蛋白質(zhì)的合成,誘導(dǎo)表達(dá)的速度較慢[18-19]。目前研究表明:生長素信號傳導(dǎo)過程與Aux/IAA蛋白降解和ARF蛋白的激活是有關(guān)聯(lián)的。當(dāng)生長素濃度較低時,ARF與AuxREs元件結(jié)合并能被未結(jié)合靶DNA的轉(zhuǎn)錄抑制子聯(lián)合而起抑制作用。Aux/IAA蛋白或者非激活子ARF蛋白則可能影響這種抑制作用,因?yàn)樗鼈兌己蠧TDs并且容易互相產(chǎn)生作用。而當(dāng)生長素水平升高時,Aux/IAA蛋白通過泛素/蛋白酶體途徑而被降解,抑制子被分裂,使與靶DNA結(jié)合的ARF來激活轉(zhuǎn)錄,從而調(diào)節(jié)下游基因的表達(dá),引起一系列與生長素相關(guān)的應(yīng)答反應(yīng),繼而表現(xiàn)出生理功能。并且這種激活作用可以通過和未結(jié)合DNA的ARF或者Aux/IAA激活子結(jié)合而加強(qiáng)[20-22,4]。
植物中Aux/IAA家族成員較多,因此,Aux/IAA的表達(dá)特征也比較復(fù)雜。Aux/IAA家族在擬南芥中已分離的成員大多與側(cè)根的生長發(fā)育有關(guān),如AtIAA3,AtIAA14,AtIAA28,AtIAA19等[23-25];在玉米中,ZmIAA2,ZmIAA5,ZmIAA7,ZmIAA21,ZmIAA22,ZmIAA28和ZmIAA29在根系,葉芽及種子中都有表達(dá);而ZmIAA17和ZmIAA19僅在根系中有表達(dá);ZmIAA3,ZmIAA13和ZmIAA31僅在葉芽中有表達(dá);ZmIAA24和ZmIAA26僅在種子中有表達(dá);并且在幼苗中也檢測到ZmIAA5,ZmIAA7,ZmIAA27 和ZmIAA28[26,12]。
在番茄中,SlIAA2,SlIAA12,SlIAA13,SlIAA15,SlIAA16,SlIAA20和SlIAA25的功能相似,在根的發(fā)育過程中都有明顯表達(dá),其中SlIAA16和SlIAA20在根系發(fā)育中表達(dá)最高;在莖中明顯表達(dá)的主要有SlIAA4,SlIAA5,SlIAA6,SlIAA17,SlIAA21以及SlIAA26;而SlIAA1,SlIAA7,SlIAA19和SlIAA24在葉發(fā)育中有明顯表達(dá);另外,SlIAA19僅在葉片和根系中表達(dá),而SlIAA24僅在葉片和莖中表達(dá)[11]。
在楊樹中,PoptrIAA3.1-3.6是與AtIAA1-4相似的PoptrIAA3的6個子群,PoptrIAA3.2在莖中的表達(dá)要比在根中的表達(dá)水平高,并且PoptrIAA3.2在發(fā)展中木質(zhì)部的表達(dá)水平最高;PoptrIAA3.1和PoptrIAA3.2在形成層和木質(zhì)部中有顯著表達(dá),并且在新發(fā)芽的幼苗中也有較高表達(dá);PoptrIAA3.6在休眠芽和葉中有明顯表達(dá);而PoptrIAA3.4與其他PoptrIAA3不同,它在雌雄花序中明顯表達(dá),尤其是在花芽中表達(dá)最高;AtIAA16的同源基因PoptrIAA16.1在木質(zhì)部中表達(dá);而PoptrIAA16.3和PoptrIAA16.4只在幼葉中表達(dá);AtIAA26同源基因PoptrIAA26.1和PoptrIAA26.2在頂端分生組織、幼葉、成熟葉、雄花序以及花芽中都有顯著表達(dá),但在幼葉中有最高表達(dá)[27,10]。
盡管Aux/IAA家族成員眾多,但其中成員的突變也是能夠造成明顯的表型變化的。比如在擬南芥中AtIAA12的突變特異的影響胚的發(fā)育,iaa12/bdl-1突變體的胚胎缺少根系[28],而iaa7/axr2-1和iaa17/ axr3-1突變體能夠在分生組織改變基因的表達(dá)形式[29],同樣的,Aux/IAA蛋白能夠控制葉序的表型,如iaa18-1突變體的種子經(jīng)常會出現(xiàn)子葉融合。有一些突變體只有較短的下胚軸,并且有一些還能引起葉片卷曲,這說明Aux/IAA蛋白能夠調(diào)節(jié)許多正在生長組織里的細(xì)胞增大[30];iaa7/axr2-1,iaa14/slr1-1和iaa17/axr3-1這些突變體的根毛比較短,包含iaa19/msg2突變體在內(nèi)的這些突變體的根和嫩枝向地性都更加明顯,并且iaa19/msg2突變體在向光性方面有缺陷[31-32,29]。而多突變也能一起互相作用,改變側(cè)根和花絮分支數(shù)量,說明Aux/IAA能夠在中柱鞘中對側(cè)根最初形成和側(cè)根分生組織的細(xì)胞分裂進(jìn)行調(diào)控。不同的Aux/IAA基因突變對同樣的生長素響應(yīng)是不同的,如iaa3/shy2-2,iaa6/shy1-1,iaa7/axr2-1和iaa17/axr3-1突變體的種子和野生型相比有較短的下胚軸,而iaa18-1突變體的下胚軸卻比野生型長[28,33-34];iaa17/axr3-1突變體更夠增強(qiáng)頂端優(yōu)勢,而iaa14/slr1-1和iaa28-1突變體卻減弱花芽枝條的頂端優(yōu)勢[35];另外,iaa3/shy2-2,iaa14/slr1-1和iaa28-1突變體和野生型相比有較少的側(cè)根,但是iaa17/axr3-1卻有更多的側(cè)根[32]。AtIAA12的一個突變體(bdl)和擬南芥ARF5的一個突變株的表型相似,都是在胚胎發(fā)育期間不能夠形成根分生組織,iaa12/bdl突變株中,導(dǎo)致IAA12蛋白穩(wěn)定性上升,是一種功能獲得性突變,而在arf5/mp突變株中,ARF5蛋白喪失了功能,表明AtIAA12/ARF5之間特異性結(jié)合影響根部的發(fā)育[36]。這些研究都表明:不同的Aux/IAA基因具有各自獨(dú)特的功能。這些功能各不相同,說明這些既可以是因?yàn)樵摶虻膯幼优c生長素響應(yīng)因子的親合性差異,也可以來自在時間和空間表達(dá)上的不同。
目前的研究表明,人們對于Aux/IAA調(diào)控機(jī)制的了解主要是對擬南芥、楊樹等模式植物突變體進(jìn)行研究。有研究表明:植物生長激素和外界環(huán)境因子對Aux/IAA功能的發(fā)揮具有重要的調(diào)節(jié)作用[37]。Liscum等[37]研究表明,黑暗環(huán)境下生長的擬南芥幼苗有比較長的下胚軸,未生長開的子葉以及有一個頂鉤,而在光照條件下,幼苗的下胚軸較短,頂鉤開放,子葉膨脹并開始有真正的葉子形成。Kim等研究表明,在光照條件下,AtIAA3突變體幼苗有較短的下胚軸,而在黑暗條件下,突變體幼苗有更加明顯的特性,包括較短的下胚軸,膨脹的子葉等,這說明該基因是一種光誘導(dǎo)基因。而玉米的31個Aux/IAA基因能受光信號傳導(dǎo)和非生物脅迫的誘導(dǎo)[38-40]。高粱的 SbIAA1在鹽脅迫和干旱條件下受到誘導(dǎo),在葉和根部組織表達(dá)是不一樣的[41]。
植物激素誘導(dǎo)許多Aux/IAA基因產(chǎn)生快速并且特定的表達(dá)。如擬南芥中AtIAA3能夠被細(xì)胞分裂素誘導(dǎo)[38];水稻中OsIAA1能在所以的組織和器官中被各種生長激素如IAA,2,4-D等誘導(dǎo)[42];SbIAA1,高粱中的1個Aux/IAA基因,能夠受IAA和油菜素類固醇的高度誘導(dǎo)[41]。黃瓜CsIAA2,CsIAA5,CsIAA7,CsIAA12,CsIAA15,CsIAA16,CsIAA18,CsIAA20,CsIAA21,CsIAA22和CsIAA27等受到植物生長激素的誘導(dǎo),而CsIAA1,CsIAA3,CsIAA6,CsIAA8,CsIAA10,CsIAA11,CsIAA24,CsIAA25,CsIAA26,CsIAA28和CsIAA29等則受到植物生長激素的抑制[43]。
植物生長素原初響應(yīng)基因(Aux/IAA)在植物整個生長發(fā)育過程中,例如根、莖、葉到花、果實(shí)的生長發(fā)育,不管是在雙子葉植物還是單子葉植物中都起著重要的作用。截至目前,人們對Aux/IAA家族的研究在一步步深入發(fā)展,但是它們每個成員之間的相互關(guān)系、功能是不是存在交互作用以及它們的調(diào)控機(jī)制我們都還不太清楚,還需要進(jìn)一步的探討。因此,了解Aux/IAA家族基因的表達(dá)調(diào)控,并且和他們在植物生長發(fā)育過程中的生物學(xué)功能相互聯(lián)系起來是揭示Aux/IAA家族的必然途徑。只有完全了解Aux/IAA家族基因的調(diào)控機(jī)制我們才能更好地研究其生物學(xué)功能。
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Advances in primary auxin-responsive Aux/IAA gene family:a review
SIMA Xiaojiao,ZHENG Bingsong
(The Nurturing Station for the State Key Laboratory of Subtropical Silviculture,Zhejiang A&F University,Lin’an 311300,Zhejiang,China)
Members of Aux/IAA gene family are responsive to primary auxin induction.ARF is a kind of regulating auxin response gene expression to regulate auxin primary function of gene transcription.By combining its response elements with the specificity of ARF,Aux/IAA is a transcription function to regulate primary auxinresponsive gene.This paper reviewed the recent advances in the structural characteristics,regulation mechanism and biological functions of Aux/IAAs.Aux/IAAs consisted of four conserved domains:DomainsⅠ,Ⅱ,ⅢandⅣ.DomainⅠ was responsible for the protein inhibition of Aux/IAAs.With a leucine motif,DomainⅡwas capable of rapid protein stability.DomainsⅢandⅣwere responsible for protein dimerization(homo-and hetero-dimerization).Aux/IAAs promoted the transcription of early genes by combining auxin response factors, and they regulated the expression of downstream genes in the process of auxin signal transduction.Different Aux/IAAs were expressed in different tissues and organisms.Also,the study of Aux/IAA mutants indicated that different Aux/IAAs had different functions due to differences in temporal and spatial expression and affinities with promoters of Aux/IAA genes to the ARF gene.Plant hormones and environmental factors also had important roles in regulating Aux/IAAs.[Ch,43 ref.]
biochemistry molecular biology;primary auxin-responsive gene(Aux/IAA);gene function;regula-tion mechanism;review
S718.3;Q946.885
A
2095-0756(2015)02-0313-06
浙 江 農(nóng) 林 大 學(xué) 學(xué) 報,2015,32(2):313-318
Journal of Zhejiang A&F University
10.11833/j.issn.2095-0756.2015.02.021
2014-09-01;
2014-10-13
國家自然科學(xué)基金資助項目(31470683,31270716,31070604);浙江省自然科學(xué)基金資助項目(LR13C160001)
司馬曉嬌,從事山核桃生化與分子研究。E-mail:080907044@163.com。通信作者:鄭炳松,教授,博士,從事植物分子生理生化研究。E-mail:bszheng@zafu.edu.cn