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      牛源性成分核酸檢測方法研究進展及技術(shù)標準分析

      2017-05-30 03:00:54周李華馬麗俠李懷平孫登峰沈興中葉德萍劉明東
      中國測試 2017年12期
      關(guān)鍵詞:技術(shù)標準核酸

      周李華 馬麗俠 李懷平 孫登峰 沈興中 葉德萍 劉明東

      摘 要:牛肉制假、摻假問題嚴重侵害消費者權(quán)益,影響進出口貿(mào)易。目前,基于DNA序列特異性以動物物種之間遺傳信息的差異作為物種鑒定檢測靶標的核酸檢測方法已被廣泛應(yīng)用。該文綜合論述牛源性成分核酸檢測技術(shù)的研究進展,并對其發(fā)展趨勢進行討論。同時對牛源性成分檢測的國內(nèi)現(xiàn)行技術(shù)標準的適用范圍、檢測方法、檢出限等進行詳細分析,以供相關(guān)執(zhí)法部門和廣大檢測工作者參考,為制修訂牛源性成分檢測技術(shù)標準提供理論依據(jù)。

      關(guān)鍵詞:牛源性;核酸;PCR;技術(shù)標準

      文獻標志碼:A 文章編號:1674-5124(2017)12-0050-08

      Abstract: Beef fraud, adulteration problems seriously violates the health and interests of the consumers, even influences import and export trade. The nucleic acid detection method based on the DNA sequence specificity that uses genetic information among different animal species as a detection target of species identification has been widely used. This review summarizes the advances in nucleic acid detection techniques available for bovine derived material and discusses the development trend. At the same time, the applicable range, detection method and detection limit of the current China detection standards for bovine derived components were analyzed. In detail for reference by the relevant law enforcement departments and the majority of inspection workers, and lay the foundation for the revision of the technical standards for detection of bovine derived components.

      Keywords: bovine derived; nucleic acid; polymerase chain reaction; technical standards

      0 引 言

      動物源性成分廣泛分布于食品、飼料、化妝品等,與人們的生活息息相關(guān),其中食品和飼料所占比例最大。中國是世界上人口最多的國家,也是世界動物源性食品和飼料的生產(chǎn)和消費大國。統(tǒng)計數(shù)據(jù)顯示,2015年,我國牛肉產(chǎn)量達到700萬噸[1]。自2004年以來的世界性瘋牛病、禽流感、羊搔癢病,以及2013年涉及歐洲l6國的馬肉風(fēng)波等事件曝光以來,肉及肉制品摻假成為世界各國共同關(guān)注的熱點問題[2],肉食品及其飼料的安全隱患直接關(guān)系到人類的安危[3]。為保護消費者權(quán)益,全球不同國家和地區(qū)對肉制品的標識要求都做了不同程度的規(guī)定。歐盟定量成分聲明(quantitative ingredient declaration,QUID)強制要求肉制品需要標識出所有成分及其凈含量,詳細規(guī)定了凈含量的計算方法[4]。美國食品藥品監(jiān)督管理局(food and drug administration,F(xiàn)DA)食品標簽指南規(guī)定肉制品中需要標識出所有成分,并在食品外包裝的主展示面上根據(jù)質(zhì)量按照降序羅列所有成分?!吨腥A人民共和國食品安全法》第六十七條規(guī)定,預(yù)包裝食品的包裝上應(yīng)當有標簽,標簽應(yīng)當標明名稱、凈含量、成分或者配料表等事項。

      綜上所述,各國已有肉制品標識的法律法規(guī)來約束生產(chǎn)者和經(jīng)營者的行為,但要保障相關(guān)法規(guī)的有效執(zhí)行,還需要借助科學(xué)精準的檢測方法,完善技術(shù)標準體系。本文就目前牛源性成分檢測的主流技術(shù)——核酸檢測方法[5]的研究進展進行分析和總結(jié),同時對國內(nèi)牛源性成分檢測現(xiàn)行技術(shù)標準狀況進行了梳理,并對該領(lǐng)域的未來發(fā)展方向進行了探討。

      1 牛源性成分檢測方法研究進展

      近幾十年來,以核酸為標志物的動物種類鑒別檢測方法飛速進步,并獲得了廣泛應(yīng)用。常用于動物源性成分的核酸檢測方法主要包括核酸雜交,聚合酶鏈式反應(yīng)(PCR)技術(shù)及衍生方法,實時熒光PCR技術(shù),以及近年來發(fā)展起來的數(shù)字PCR技術(shù),液相芯片技術(shù),DNA條形碼技術(shù)等。

      1.1 核酸雜交技術(shù)

      早期研究中多用DNA雜交完成動物源性成分鑒定,該方法將用放射性同位素標記的動物全基因組DNA物種特異性探針與固定到尼龍膜上的樣品DNA進行雜交,根據(jù)產(chǎn)生的放射信號鑒定樣品的物種組成。利用這種方法對加工過的牛肉和豬肉的混合制品[6]進行同源性鑒定,得到了良好的效果。但由于方法耗時長、有放射性、對DNA的純度要求高,探針信號的強度常受到樣品組織來源或其加工方式等因素的影響,且靈敏度不高,定量困難,因此在實際應(yīng)用中受限。

      1.2 常規(guī)PCR技術(shù)

      常規(guī)PCR技術(shù)是相對于熒光定量PCR技術(shù)而言的,該技術(shù)是核酸檢測的基礎(chǔ)技術(shù)。其突出特點是具有很高的靈敏度,是傳統(tǒng)形態(tài)學(xué)方法、基于代謝物的檢測方法以及基于蛋白的檢測方法不可比擬的。這在檢測加工牛肉制品和飼料中的牛源性成分時極為重要。該技術(shù)不僅可用于分辨動植物種類,也用于動物的品種鑒別和身份識別,并廣泛應(yīng)用于肉類的溯源體系。歐盟、加拿大、澳大利亞等國家都相繼建立肉類溯源管理系統(tǒng)。當肉制品發(fā)生污染時,對其DNA標記進行檢測可以快速地追溯到它的親本和產(chǎn)地等來源信息。此法用于牛源性成分鑒定的目的基因通常位于線粒體上,可用于生鮮牛肉和烹煮牛肉等的測定,檢出限一般在1%以下,部分見表1。

      在常規(guī)PCR基礎(chǔ)上延伸發(fā)展起來的有聚合酶鏈式反應(yīng)-限制性片段長度多態(tài)性(PCR-RFLP)、聚合酶鏈式反應(yīng)-隨機擴增多態(tài)性DNA(PCR-RAPD)、微衛(wèi)星標記檢測法(SSR)等技術(shù)。PCR-RFLP結(jié)合了RFLP與PCR技術(shù)的特點,通過限制性內(nèi)切酶識別雙鏈DNA分子的特定序列,然后利用指紋圖譜對形成的長度不等的限制性片段進行多態(tài)性分析的技術(shù)[29]。該技術(shù)的缺點是操作中DNA用量大,純度要求高,DNA的污染(如蛋白質(zhì)、酚、氯仿、乙醇、EDTA、SDS、高濃度鹽)均能抑制酶切活性;此外,由于操作環(huán)節(jié)多、周期長、容易受到目標基因序列中酶切位點隨機突變的影響,易產(chǎn)生檢測結(jié)果的不確定性,如有些酶由于受旁側(cè)核苷酸甲基化的影響,導(dǎo)致在特異位點的切割效率降低,限制了RFLP技術(shù)的應(yīng)用。PCR-RAPD能夠檢測多個基因位點,無須預(yù)先知道被研究生物基因組的核苷酸序列,因此此法不僅是鑒定家畜,而且是鑒定稀有物種(未知來源)的有效手段。Saez等[30]運用PCR-RAPD技術(shù)可以從加工過的食品中,鑒定出豬肉、牛肉、羊肉、雞肉、火雞肉等成分。但由于RAPD引物擴增結(jié)果差,條帶模糊或難以辨認,且隨機擴增的重現(xiàn)性差[31],該技術(shù)在動物源性成分鑒定方面的研究不多。微衛(wèi)星DNA又稱簡單重復(fù)序列(simple sequence repeats,SSRs),由核心序列與兩側(cè)保守的側(cè)翼序列構(gòu)成,具有種間特異性特點。孫金婷[32]篩選出了適合鑒別牛源性的微衛(wèi)星標記AF271972、AF271980和AB463,可用于牛源性成分的鑒定。Calvo等[33]篩選出擴增的目的片段為84 bp的微衛(wèi)星標記X00979,該標記的靈敏度可以達到0.005%。在模擬的生豬肉和生牛肉的混合物中,能檢測出0.01%的牛肉,相當于可以檢測到的牛DNA的含量在2.5 pg;在模擬的熟豬肉和熟牛肉的混合物中,能檢測出1%的牛肉。與其他技術(shù)相比,微衛(wèi)星標記技術(shù)特異性高,分布數(shù)量廣,穩(wěn)定性好、突變率低,適合大量樣品的檢測。利用牛的特異性微衛(wèi)星標記來鑒定牛源性成分是一種新的、經(jīng)濟的嘗試方法。

      1.3 實時熒光PCR技術(shù)

      實時熒光PCR技術(shù)融匯了PCR技術(shù)和DNA探針雜交技術(shù)(標記有熒光報告基團和熒光淬滅基團)。其優(yōu)點是反應(yīng)快速簡便,檢測效率高;特異性強,避免假陽性;靈敏度高。用于動物源性成分實時熒光PCR檢測的主要是TaqMan探針和SYBR GreenⅠ染料[34]。此方法是目前牛肉及其制品中牛源性成分檢測應(yīng)用的主要技術(shù),目的基因有在線粒體也有在其他組織,檢出限基本能達到0.1%以下,見表1和表2。

      多重實時熒光PCR法是在實時熒光PCR技術(shù)的技術(shù)上發(fā)展起來的。可以針對多個核酸,同時擴增出多個擴增曲線的PCR反應(yīng),提高了檢測效率與檢測通量。曾少靈等[35]根據(jù)牛、山羊和綿羊線粒體細胞色素b基因序列,設(shè)計引物探針,建立了能同時鑒別牛、山羊和綿羊源性成分的三重實時熒光PCR方法,可以在一個PCR反應(yīng)中同時鑒別牛、山羊和綿羊3種源性成分,檢測效率與檢測通量得到了很大的提高;楊冬燕等[36]在常規(guī)熒光PCR檢測一種摻假成分的基礎(chǔ)上,成功建立了可以同時檢測牛、豬和馬,牛、馬和鴨,牛、鴨和豬的三重?zé)晒釶CR檢測體系。多重實時熒光PCR優(yōu)點是快速、節(jié)約試劑,且由于多對引物的存在,能避免假陽性的結(jié)果。但設(shè)計引物探針時,應(yīng)注意所有引物探針的Tm值應(yīng)相近。

      1.4 數(shù)字PCR技術(shù)

      數(shù)字PCR(digital PCR,dPCR)是近年來發(fā)展起來的新技術(shù),是對傳統(tǒng)PCR方法的技術(shù)革新。它可通過讀取熒光信號的有或無進行計數(shù),經(jīng)過統(tǒng)計學(xué)泊松分布的校準進行絕對定量[37]。目前,通過數(shù)字PCR技術(shù)對肉及肉制品摻假成分進行定性和定量檢測的研究才興起,有少部分學(xué)者成功建立了不同動物源性成分的檢測體系。Floren等[38]以微滴式數(shù)字PCR技術(shù)為基礎(chǔ),通過線粒體和核基因的比較,選擇以單拷貝的F2基因為靶基因設(shè)計引物探針,對牛肉、馬肉和豬肉的混合物進行定量檢測,定量限為0.01%,檢出限為0.001%。苗麗等[39]基于微滴式數(shù)字PCR技術(shù),在一定范圍內(nèi)生鮮肉樣品的質(zhì)量與DNA質(zhì)量、DNA質(zhì)量與DNA的拷貝數(shù)之間均存在線性關(guān)系,可以借由此完成DNA的拷貝數(shù)與生鮮肉質(zhì)量的轉(zhuǎn)化,建立了定量檢測肉及肉制品中牛肉和豬肉的方法。數(shù)字PCR可以對樣品進行絕對定量,直接檢測出樣品中的拷貝數(shù),數(shù)據(jù)重復(fù)性好,而且樣本需求較低,與實時熒光定量PCR相比,它不需要建立標準曲線,靈敏度更高。

      1.5 液相芯片技術(shù)

      液相芯片技術(shù)利用懸浮在液相中的分類熒光編碼微球作為檢測載體,提供一種能夠充分進行反應(yīng)的液相環(huán)境,它將流式細胞術(shù)、激光技術(shù)、應(yīng)用流體學(xué)和數(shù)字信號處理技術(shù)等結(jié)合在一起,具有高通量、快速靈敏、特異性強、檢測范圍廣等特點[40-41]。目前,將液相芯片技術(shù)應(yīng)用于動物源性成分檢測方面的報道較少。但作為新一代分子診斷技術(shù),液相芯片在食品安全檢測、醫(yī)學(xué)診斷、農(nóng)業(yè)檢測和環(huán)境監(jiān)測等方面得到了廣泛應(yīng)用[42-44]。

      1.6 DNA條形碼技術(shù)

      DNA條形碼是指生物體內(nèi)能夠代表該物種的標準的、有足夠變異的、易擴增、片段較短的DNA片段[45]。常用線粒體細胞色素C氧化酶亞基I(COX I)基因的一個特定片段DNA作為動物的條形碼[46]。目前,DNA條形碼技術(shù)的研究已應(yīng)用于很多禽畜及海洋動物,如鱈魚[47]、鯰魚[48]、蝦[49]等。王東亮[50]以6種畜禽生鮮肉(牛肉、豬肉、羊肉、雞肉、鴨肉和鵝肉)和市售牛肉干作為研究對象,以基因組DNA電泳圖、PCR產(chǎn)物電泳圖及DNA測序圖為評價依據(jù),采用基于COX I基因和16S rRNA基因的DNA條形碼技術(shù)驗證了其在畜禽肉及肉制品種屬鑒定中的可行性。研究發(fā)現(xiàn),經(jīng)過油炸處理后(處理時間小于5 min)的生鮮肉,仍可用DNA條形碼方法鑒定種屬,且16S rRNA比COX I基因更適合于深加工肉制品種屬的鑒定。根據(jù)DNA測序圖中雜峰的數(shù)量判斷被測樣品摻雜的程度,但無法同時鑒定出混合肉中每種成分的種屬。

      由DNA條形碼技術(shù)衍生出來的宏條形碼技術(shù)結(jié)合了DNA條形碼技術(shù)和高通量測序技術(shù)的共同優(yōu)點,可以獲得來自于混合樣品中所有目標DNA片段的序列,然后將這些序列與合適的數(shù)據(jù)庫進行比對即可確定其代表的物種,進而可以分析出被測樣品中的物種種屬[51]。宏條形碼技術(shù)對于食品類型鑒定,特別是對于未知食品、復(fù)雜食品或者深加工食品來說有著非常重要的作用,為科研人員分析物種成分提供了一個新的研究手段[52],是一種快速、簡便與經(jīng)濟的物種鑒定方法。

      2 牛源性成分檢測現(xiàn)行國內(nèi)技術(shù)標準分析

      目前我國用于牛源性成分檢測的現(xiàn)行技術(shù)標準有14項,其中國家標準共有5項(含1項即將發(fā)布的標準),行業(yè)標準6項,地方標準1項,農(nóng)業(yè)標準1項,商業(yè)標準1項。本文就每項標準的適用范圍、目的基因、檢出限等進行了梳理,見表3。

      SN/T 1119——2002《進出口動物源性飼料中牛羊源性成分檢測方法 PCR方法》[62]是我國出入境檢驗檢疫行業(yè)第一個用于檢測動物源性飼料的標準,主要適用于動物源性飼料中牛源性成分的檢測。GB/T 20190——2006《飼料中牛羊源性成分的定性檢測定性聚合酶鏈式反應(yīng)(PCR)法》[53]不僅僅適用于動物源性飼料,也適用于以植物為主要基質(zhì)的配合飼料和濃縮飼料,適用范圍比SN/T 1119-2002中的廣。NY/T 1946——2010《飼料中牛羊源性成分檢測實時熒光聚合酶鏈反應(yīng)法》[65]適用于動物源性飼料、配合飼料、濃縮飼料及精料補充料中的牛源性成分,適用范圍比SN/T 1119——2002、GB/T 20190——2006廣,采用實時熒光PCR法,方法也更先進、快捷,檢出限為0.1%。GB/T 21103——2007《動物源性飼料中哺乳動物源性成分定性檢測方法實時熒光PCR方法》[54]適用于動物源性飼料中哺乳動物源性成分的檢測,采用多重PCR方法,在同一反應(yīng)管內(nèi)對牛、綿羊、山羊、豬、兔、鹿、馬、驢、狗和貓等哺乳動物同時進行擴增,適用于鑒定含有未知成分的樣品,但是當樣品檢測結(jié)果為陽性時僅僅能判定為含有哺乳動物源性成分,而檢測不出具體的動物源性成分。GB/T 21104——2007《動物源性飼料中反芻動物源性成分(牛,羊,鹿)定性檢測方法 PCR方法》[55]主要適用于動物源性飼料中反芻動物-牛、羊、鹿的源性成分檢測。

      SN/T 2980——2011《動物產(chǎn)品中牛、山羊和綿羊源性成分三重實時熒光PCR檢測方法》[59]實用性較廣,適用于肉品、奶品、飼料、生皮、動物油脂等多種動物產(chǎn)品的牛源性成分檢測。與山羊、綿羊、鹿、馬、驢、豬、貓、狗、兔、魚、雞、鴨、鵝、鴿子、火雞、鴕鳥等動物之間特異性良好,不存在交叉反應(yīng)。該標準單一熒光PCR檢測和多重實時熒光PCR檢測都可以應(yīng)用,并且多重與單一熒光PCR檢測的檢測限一致,比GB/T 20190——2006大約靈敏10倍,即0.025%[35]。SN/T 2557——2010《畜肉食品中牛成分定性檢測方法實時熒光PCR法》[58]主要適用于新鮮肉、冷凍肉和深加工食品中牛源性成分的定性檢測,如肉干、肉醬、火腿、肉松等,檢出限為0.1%。與馬、豬、野豬、兔、貓、雞、火雞、比目魚、大比目魚9種動物之間特異性良好,不存在交叉反應(yīng),但與鹿科動物和綿羊存在交叉反應(yīng)。靈敏度方面新鮮肉的檢測限為0.01%,即0.02 ng;而對于深加工食品(比如罐頭肉)的靈敏度則較低,為0.1%[25]。

      SN/T 2051——2008《食品、化妝品和飼料中牛羊豬源性成分檢測方法-實時PCR法》[57]適用于食品、化妝品和飼料中牛源性成分的鑒別檢測,用雙標記熒光PCR技術(shù),根據(jù)線粒體 COX I基因上動物種間多態(tài)性的差異進行牛羊源性成分鑒定,可以在一次PCR反應(yīng)中實現(xiàn)對樣品中豬牛羊源性成分的定性檢測,測定底限為0.1%。寶生物工程(大連)有限公司將該標準方法開發(fā)成牛源性成分實時熒光PCR檢測試劑盒(貨號No.RR910)。該標準無需電泳,簡單快速,但價格較高,按照標準要求,每個樣品需設(shè)置2~3個平行反應(yīng)體系及陽性對照、陰性對照、空白對照,原價平均40元/次,做1個樣品需要花費200~240元,對于經(jīng)費充裕的實驗室來講是個不錯的選擇。啟封新的試劑盒后,注意分裝,-20 ℃保存。運用該標準檢測醬牛肉、肥牛卷、牛肉干、牛肉松、牛排、牛肉餡餃子等中的牛源性成分,結(jié)果顯示除了3份假冒牛肉外,其余樣品均可檢測出牛源性成分,說明標準適用范圍較廣[28]。

      SN/T 3730.7——2013《食品及飼料中常見畜類品種的鑒定方法第7部分:水牛成分檢測實時熒光PCR法》[60]適用于食品和飼料中水牛成分的定性檢測,適用對象較單一,只針對水牛,未涉及到黃牛、牦牛等其他牛的成分,在一定程度上使用受限。SN/T 4397——2015《出口食品中牦牛源性成分的檢測方法實時熒光PCR法》[61]只適用于肉及肉制品中牦牛源性成分的定性檢測。在九龍牦牛、青海高原牦牛、麥洼牦牛、甘南牦牛、巴州牦牛、斯布牦牛、中甸牦牛、嘉犁牦牛8個牦牛品種中穩(wěn)定性表現(xiàn)一致;與山羊、綿羊、豬、雞、黃牛、水牛、驢、馬、兔9種動物之間特異性良好,不存在交叉反應(yīng)[66]。SB/T 10923——2012《肉及肉制品中動物源性成分的測定實時熒光PCR法》[64]主要適用于鮮(凍)肌肉組織或經(jīng)過初步加工的鮮(凍)生肉制品,不適用于深加工的肉制品,適用范圍較窄。地方標準SZDB/Z268——2017《動物產(chǎn)品及飼料中黃牛、水牛和牦牛源性成分實時熒光PCR檢測方法》[63]的適用范圍是動物產(chǎn)品和飼料,不僅可以檢測單一源性成分,也可以用三重實時熒光PCR同時檢測黃牛、水牛和牦牛源性成分。

      《動物制品中動物源性檢測基因條碼技術(shù) Sanger測序法》即將發(fā)布,其基于DNA條形碼技術(shù),根據(jù)樣品類型選擇基因條碼引物,制定了涵蓋常見哺乳類、禽類、魚類動物的肉、乳、血液、毛發(fā)、角骨、內(nèi)臟、皮張等來源的動物制品及飼料物種的Sanger測序方法標準,該方法通過一次實驗,就可以高通量、快速、準確地完成對未知動物成分和混合樣品成分的定性檢測,為動物成分的真?zhèn)翁峁┮恍┮罁?jù),解決動物制品摻假比較難以測出的難題。相對實時熒光PCR方法,該方法流程較多,成本偏高。

      3 結(jié)束語

      各國學(xué)者近年來基于各類技術(shù)平臺研究肉制品中動物種類的定性定量檢測方法,大致可分為形態(tài)學(xué)方法、基于代謝物的檢測方法以及基于蛋白、核酸的檢測方法。隨著食品摻假、制假水平的提高及樣本量大、頻次高、時效性強的食品抽檢,急需一些快速、準確、靈敏的篩查方法。核酸檢測方法因準確、快速、靈敏度高、特異性好而廣泛應(yīng)用于動物源性成分的檢測。盡管近年來實時熒光PCR技術(shù)在牛源性成分及其他動物源性成分定性定量檢測中發(fā)揮著舉足輕重的作用,但是相關(guān)方法的完善和推廣仍然面臨著諸多挑戰(zhàn)。由于不同動物樣品性別、年齡、組織器官和肌肉類型等的DNA總量,特別是線粒體DNA總量存在很大差異,另外樣本不同,不同組織DNA提取難度和提取純度也不一樣,使得較難確定標準樣品,并且擴增的靶序列不同,PCR反應(yīng)效率之間的差異也會對檢測結(jié)果產(chǎn)生影響,阻礙方法的標準化進程。數(shù)字PCR技術(shù)等新技術(shù)為動物源性成分檢測開辟了新的途徑。但是在已建立的數(shù)字PCR定量檢測方法中DNA的拷貝數(shù)與肉的質(zhì)量分數(shù)轉(zhuǎn)化方面還有待研究。

      隨著分子生物學(xué)的發(fā)展,動物源性成分的檢測技術(shù)也在不斷完善和創(chuàng)新,正向著高靈敏度、高特異性、高通量、自動化和低成本的方向發(fā)展。以動物作為原料的食用性制品的生產(chǎn)和消費在我國國民經(jīng)濟中占據(jù)重要地位,隨著食品質(zhì)量安全監(jiān)管水平的不斷提升、消費者維權(quán)意識的不斷加強,進一步研究開發(fā)快速、準確、高效、多組分動物源性成分檢測方法是未來的發(fā)展趨勢。在技術(shù)標準方面,目前牛源性成分檢測技術(shù)國家標準主要適用于飼料,無法用于食品檢測。現(xiàn)有行業(yè)標準等涉及食品中的動物源性成分檢測存在交叉重復(fù)性,需要經(jīng)過進一步驗證、歸攏、整理。多技術(shù)多方法可選,多參數(shù)多成分可測的基礎(chǔ)性通用技術(shù)標準的研制更能有效地推廣實施。

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      (編輯:莫婕)

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