二代測(cè)序法用于先天性長QT綜合征臨床基因檢測(cè)的假陰性分析

李新，劉念，白融，馮莉，阮燕菲，馬長生

二代測(cè)序法用于先天性長QT綜合征臨床基因檢測(cè)的假陰性分析

李新，劉念，白融，馮莉，阮燕菲，馬長生

目的：探討二代測(cè)序法在先天性長QT綜合征（LQTS） 臨床基因檢測(cè)中的假陰性問題。

方法：選取2個(gè)商業(yè)醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室（Lab1 和Lab2，HiSeq2000測(cè)序平臺(tái)）、1個(gè)商業(yè)科研服務(wù)實(shí)驗(yàn)室（Lab3，Ion Torrnet測(cè)序平臺(tái)）和1個(gè)學(xué)術(shù)機(jī)構(gòu)實(shí)驗(yàn)室（Lab 4，HiSeq2000測(cè)序平臺(tái)）產(chǎn)生的共28例樣本數(shù)據(jù)（Lab1：6例；Lab2：8例；Lab3：8例；Lab4：6例），定量分析LQTS的三個(gè)主要致病基因KCNQ1、KCNH2和SCN5A外顯子區(qū)域測(cè)序覆蓋度以及可能漏檢的致病變異數(shù)目。

結(jié)果：采用HiSeq2000測(cè)序平臺(tái)的3個(gè)實(shí)驗(yàn)室（Lab1、Lab2和Lab4）中，三個(gè)致病基因外顯子區(qū)域覆蓋度＞10倍的比例均高于98%，覆蓋度＞30倍的區(qū)域介于90%～95%。KCNQ1在兩個(gè)商業(yè)醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室的14例樣本中，低于10倍和30倍覆蓋的外顯子區(qū)域比例平均為3.63%和9.84%；低于10倍覆蓋區(qū)域集中在第一外顯子，平均包含約2%的已知致病或疑似致病變異。KCNH2在兩個(gè)商業(yè)醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室14個(gè)樣本中，低于10倍和30倍覆蓋的區(qū)域分別為2.64%和15.76%，低覆蓋區(qū)分布在多個(gè)外顯子中。Lab1的數(shù)據(jù)中，KCNH2低于30倍覆蓋區(qū)域最高達(dá)28.56%，其內(nèi)包含已知致病或疑似致病變異113個(gè)（19.79%）。SCN5A的整體覆蓋度最好，四個(gè)實(shí)驗(yàn)室的數(shù)據(jù)都不存在低于10倍覆蓋的區(qū)域，其中兩個(gè)商業(yè)醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室也不存在低于30倍覆蓋的區(qū)域。

結(jié)論：當(dāng)前的LQTS基因二代測(cè)序檢測(cè)中，KCNQ1和KCNH2都存在一定程度的低覆蓋區(qū)，因此普遍存在漏檢致病變異的可能，假陰性問題值得高度重視。

QT延長綜合征；高通量核苷酸測(cè)序；基因；假陰性反應(yīng)

(Chinese Circulation Journal, 2017,32:771.)

先天性長QT綜合征（LQTS）是一種遺傳性心律失常。最近的數(shù)據(jù)表明LQTS發(fā)病率達(dá)1/2500～1/2000[1]?；驒z測(cè)對(duì)于LQTS的診斷和治療有重要意義，而對(duì)兒茶酚胺性敏感性多形性室性心動(dòng)過速、Brugada綜合征等心律失?；驒z測(cè)目前仍無法指導(dǎo)治療[2]。因此，與其他心律失常相比，基因檢測(cè)對(duì)于LQTS的臨床價(jià)值更為突出，可以說是心血管領(lǐng)域尤其是心律失常領(lǐng)域應(yīng)用基因檢測(cè)的典范。由于二代測(cè)序（NGS）技術(shù)高通量的優(yōu)點(diǎn)，當(dāng)前不僅在科研領(lǐng)域廣泛應(yīng)用，在我國臨床基因檢測(cè)領(lǐng)域也逐漸取代傳統(tǒng)一代測(cè)序（Sanger測(cè)序）。然而，NGS在臨床應(yīng)用中仍缺乏統(tǒng)一的質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn)或共識(shí)，迫切需要大量的質(zhì)量控制研究以促進(jìn)相關(guān)標(biāo)準(zhǔn)的建立，從而更好的支持NGS在精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)中的應(yīng)用。

本文選取2個(gè)商業(yè)醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室、1個(gè)商業(yè)科研服務(wù)實(shí)驗(yàn)室和1個(gè)學(xué)術(shù)機(jī)構(gòu)實(shí)驗(yàn)室應(yīng)用不同NGS平臺(tái)產(chǎn)生的數(shù)據(jù)，對(duì)LQTS的三個(gè)主要致病基因KCNQ1、KCNH2和SCN5A測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量進(jìn)行評(píng)估，分析NGS在目標(biāo)基因覆蓋以及變異位點(diǎn)漏檢方面的特點(diǎn)，探討NGS用于臨床檢測(cè)LQTS的假陰性問題。

1 資料與方法

1.1 研究對(duì)象

選取歐洲離子通道和心肌病遺傳檢測(cè)專家共識(shí)中推薦的LQT1-3的3個(gè)基因（KCNQ1、KCNH2和SCN5A）為研究對(duì)象[2]。分析這3個(gè)基因的測(cè)序覆蓋度和測(cè)序未覆蓋區(qū)（“缺口”）中包含的“致病”或“可能致病”突變個(gè)數(shù)，從而評(píng)估當(dāng)前NGS用于LQTS遺傳診斷帶來的假陰性問題。

1.2 數(shù)據(jù)來源

NGS數(shù)據(jù)來自2個(gè)商業(yè)醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室（Lab1、Lab2，擁有臨床細(xì)胞分子遺傳學(xué)檢驗(yàn)資格）、1個(gè)商業(yè)科研服務(wù)實(shí)驗(yàn)室（Lab3）和1個(gè)學(xué)術(shù)機(jī)構(gòu)實(shí)驗(yàn)室（Lab4）。測(cè)序樣品均為外周血提取的基因組DNA，測(cè)序目標(biāo)基因都包含KCNQ1、KCNH2和SCN5A。Lab1提供了6例遺傳性心律失?；驒z測(cè)患者的數(shù)據(jù)，方法為Agilent靶向捕獲探針對(duì)213個(gè)心血管相關(guān)基因進(jìn)行捕獲，用HiSeq2000平臺(tái)（Illumina公司）生成測(cè)序數(shù)據(jù)。Lab2提供了8例遺傳性心血管病基因檢測(cè)患者的數(shù)據(jù)，其中4例采用Roche探針捕獲445個(gè)基因的心血管檢測(cè)包，4例采用Agilent探針捕獲6110個(gè)基因的綜合檢測(cè)包，測(cè)序平臺(tái)也為HiSeq2000。Lab3提供了8例科研用途的心律失常患者數(shù)據(jù)，目標(biāo)區(qū)域包括50個(gè)基因，測(cè)序平臺(tái)為Ion Torrent。Lab4提供了6例科研用途的健康人外顯子組測(cè)序數(shù)據(jù)（Agilent 50Mb或70Mb試劑盒），測(cè)序平臺(tái)也為HiSeq2000。需要說明的是，這些數(shù)據(jù)并不能用于比較這4個(gè)實(shí)驗(yàn)室或其所用平臺(tái)的測(cè)序質(zhì)量?jī)?yōu)劣，我們主要目的是從這些數(shù)據(jù)中探討假陰性問題的普遍性。

1.3 分析方法

對(duì)于NGS原始數(shù)據(jù)，首先進(jìn)行基因組比對(duì)，比對(duì)前使用cutadapt軟件去除接頭和低質(zhì)量序列，僅保留連續(xù)Q值＞20的堿基進(jìn)行比對(duì)。每測(cè)一個(gè)堿基有一個(gè)相應(yīng)的質(zhì)量值（Quality，Q），用來衡量測(cè)序準(zhǔn)確度。堿基的Q值為20相當(dāng)于錯(cuò)誤率為1%。使用BWA（v0.7.15）軟件和人的基因組參考序列（hg19）進(jìn)行比對(duì)，采用Picard（v2.5.0）軟件去除聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)（PCR）重復(fù)引入的測(cè)序片段（reads），使用Samtools（v1.3.1）軟件將sam文件轉(zhuǎn)換成bam文件并按染色體排序和建立索引。

測(cè)序覆蓋度分析采用BEDTools軟件包中的“Coverage analysis for targeted DNA capture”功能對(duì)目標(biāo)區(qū)域reads覆蓋度進(jìn)行統(tǒng)計(jì)（http://bedtools. readthedocs.io/en/latest/，美國猶他大學(xué)）。BEDTools是用于各種基因組特征比較及注釋的工具[3]。目標(biāo)基因編碼區(qū)參考序列為KCNQ1（NM_000218.2）、KCNH2（NM_000238.3）和SCN5A（NM_198056.2），編碼區(qū)長度分別為2031 bp、3480 bp和6051 bp，累計(jì)長度11562 bp。軟件計(jì)算出每個(gè)堿基位置的測(cè)序覆蓋度，連續(xù)5個(gè)堿基覆蓋度低于10倍或30倍，則認(rèn)為此區(qū)域?yàn)椋?0倍或＜30倍。＞10倍覆蓋的比例是絕大多數(shù)研究中都會(huì)報(bào)道的NGS數(shù)據(jù)指標(biāo)；而＞30倍覆蓋通常被認(rèn)為是高可信度的標(biāo)準(zhǔn)，在近期發(fā)布的臨床基因檢測(cè)研究中也有應(yīng)用實(shí)例[4,5]。逐個(gè)樣本記錄這3個(gè)基因上的低覆蓋區(qū)域堿基數(shù)，再按實(shí)驗(yàn)室分組統(tǒng)計(jì)覆蓋度的平均數(shù)±標(biāo)準(zhǔn)差。

1.4 臨床變異位點(diǎn)參考數(shù)據(jù)庫

參考數(shù)據(jù)庫為美國國家生物技術(shù)信息中心（NCBI）的ClinVar數(shù)據(jù)庫[6,7]（http://www.ncbi.nlm. nih.gov/clinvar/）。對(duì)于每個(gè)樣本數(shù)據(jù)中的低覆蓋區(qū)域，記錄其在數(shù)據(jù)庫中相應(yīng)區(qū)域內(nèi)包含的致病變異和疑似致病變異個(gè)數(shù)。

2 結(jié)果

2.1 4組來自不同實(shí)驗(yàn)室測(cè)序數(shù)據(jù)的覆蓋度評(píng)估

用HiSeq 2000測(cè)序平臺(tái)的3個(gè)實(shí)驗(yàn)室KCNQ1、KCNH2和SCN5A的覆蓋度都在98%以上（至少10倍覆蓋），采用外顯子組測(cè)序的Lab4，＜30倍覆蓋的比例明顯高于兩個(gè)臨床醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室。而采用Ion Torrent的Lab3，數(shù)據(jù)覆蓋度略低于其他實(shí)驗(yàn)室（圖1），這與Lab3提供數(shù)據(jù)的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)有關(guān)，并不意味著Ion Torrent平臺(tái)的覆蓋度不如其它平臺(tái)。實(shí)際上，所有實(shí)驗(yàn)室的＞10倍和＞30倍覆蓋區(qū)域所占比例差異無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義（P＞0.05）。

圖1 KCNQ1、KCNH2和SCN5A三個(gè)基因的總體測(cè)序覆蓋情況

2.2 低覆蓋區(qū)域比例及包括的變異數(shù)

Clinvar數(shù)據(jù)庫（2016-08-10）收錄的KCNQ1、KCNH2和SCN5A中致病及可能致病的（Pathogenic / Likely pathogenic）變異個(gè)數(shù)分別為：KCNQ1中386個(gè)，KCNH2中571個(gè)，SCN5A 中442個(gè)。

KCNQ1：28例樣本中有5例樣本（Lab2的4個(gè)，Lab3的1個(gè)）此基因被完全覆蓋（＞10倍），其余23例樣本低覆蓋度區(qū)域集中在第1個(gè)外顯子（表1）。以Lab1中此基因覆蓋最差的1號(hào)樣本為例，編碼區(qū)開頭的178 bp覆蓋度低于10倍（8.7%），包括7個(gè)ClinVar數(shù)據(jù)庫收錄的致病或疑似致病變異，占此基因全部386個(gè)的1.8%；＜30倍區(qū)域287 bp，包含10個(gè)致病或疑似致病變異。Lab2中此基因覆蓋較差的7號(hào)樣本有192個(gè)堿基覆蓋度低于10倍，其中包括8個(gè)ClinVar數(shù)據(jù)庫收錄的致病或疑似致病變異，占此基因所有386個(gè)的2%；＜30倍區(qū)域319 bp，包含15個(gè)致病或疑似致病變異。兩個(gè)臨床檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室14個(gè)樣本（表1），KCNQ1中＜10倍的外顯子區(qū)域比例平均（3.63±0.37）%，＜30倍區(qū)域比例平均（9.51±0.41）%。

表1 KCNQ1在三個(gè)HiSeq平臺(tái)實(shí)驗(yàn)室的測(cè)序覆蓋情況

KCNH2：4個(gè)實(shí)驗(yàn)室中Lab3數(shù)據(jù)在KCNH2覆蓋度最差，在4個(gè)外顯子上存在＜10倍區(qū)域，因其所用測(cè)序平臺(tái)不同于其它三個(gè)實(shí)驗(yàn)室，數(shù)據(jù)未列在表2中。兩個(gè)臨床檢測(cè)實(shí)驗(yàn)室中，Lab2的覆蓋情況優(yōu)于Lab1，8個(gè)樣本中有5個(gè)樣本此基因存在＜10倍區(qū)域。而Lab1的6個(gè)樣本均有存在＜10倍區(qū)域，與采用外顯子捕獲測(cè)序的Lab4很相似，低覆蓋區(qū)域主要集中在4號(hào)和12號(hào)外顯子（表2）。兩個(gè)臨床檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室14個(gè)樣本，KCNH2中＜10倍和＜30倍覆蓋度的外顯子區(qū)域比例平均值分別為2.64%和15.76%。

以Lab1中覆蓋較差的1號(hào)樣本為例，覆蓋度＜10倍區(qū)域累計(jì)236 bp，占此基因編碼區(qū)的6.78%。這些低覆蓋區(qū)域中包含31個(gè)ClinVar數(shù)據(jù)庫收錄的致病或疑似致病變異，占所有571個(gè)變異的5%。此樣本＜30倍覆蓋區(qū)域更是高達(dá)28.56%（表2），其中包括致病或疑似致病變異113個(gè)（19.79%）。

表2 KCNH2在三個(gè)HiSeq平臺(tái)實(shí)驗(yàn)室的測(cè)序覆蓋情況

SCN5A：SCN5A是三個(gè)基因中覆蓋度最好的。4個(gè)實(shí)驗(yàn)室所有樣本SCN5A各外顯子測(cè)序覆蓋度均＞10倍，兩個(gè)臨床檢測(cè)實(shí)驗(yàn)室的數(shù)據(jù)覆蓋度均＞30倍。采用外顯子組測(cè)序的學(xué)術(shù)機(jī)構(gòu)實(shí)驗(yàn)室Lab4 此基因＜30倍覆蓋的平均比例為2.9%。

3 討論

我們通過對(duì)4個(gè)實(shí)驗(yàn)室28例樣本NGS數(shù)據(jù)的分析，首次展示了國內(nèi)當(dāng)前采用NGS檢測(cè)LQTS基因變異將不可避免地出現(xiàn)低覆蓋區(qū)域，從而引起致病突變漏檢（假陰性）的可能。本研究觀察到兩個(gè)臨床檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室的數(shù)據(jù)SCN5A測(cè)序覆蓋情況良好；而KCNQ1和KCNH2＜10倍覆蓋區(qū)域平均值分別為3.38%和2.64%，在不同樣本間差異較大（0%～11.6%）。美國著名基因檢測(cè)公司Familion以1例健康個(gè)體的Ion Torrent NGS數(shù)據(jù)為例，指出僅用NGS在KCNQ1、KCNH2、SCN5A和RYR2四個(gè)重要心律失常基因上存在不容忽視的低覆蓋區(qū)，比如KCNH2＜40倍覆蓋的區(qū)域達(dá)34%[8]。

NGS覆蓋度受測(cè)序數(shù)據(jù)量、目標(biāo)基因序列GC含量、目標(biāo)區(qū)域捕獲效率、檢測(cè)包（Panel）中基因之間序列的相似性程度等影響，不同批次送檢的同一Panel的測(cè)序結(jié)果之間也會(huì)有一定程度的差異。因此，F(xiàn)amilion指出為提高臨床基因檢測(cè)結(jié)果的準(zhǔn)確性，應(yīng)聯(lián)合采用經(jīng)典Sanger測(cè)序和NGS。一些國外著名臨床機(jī)構(gòu)對(duì)遺傳性心律的基因檢測(cè)也采用Sanger測(cè)序?yàn)榇淼钠渌椒▽?duì)NGS覆蓋不滿意的區(qū)域進(jìn)行補(bǔ)充，基本不允許存在“缺口”，但對(duì)需要補(bǔ)充Sanger測(cè)序或其它方法的區(qū)域并沒有統(tǒng)一標(biāo)準(zhǔn)（Dr. Ackerman 私人通訊2015）。對(duì)關(guān)鍵基因做到完全覆蓋，有利于提高陽性檢出率。我國最大的LQTS注冊(cè)隊(duì)列研究，通過心電圖預(yù)測(cè)指導(dǎo)的Sanger測(cè)序法僅對(duì)這3個(gè)基因進(jìn)行順序檢測(cè)，在230例患者中突變檢出率達(dá)81%（186/230）[9]。

理論上，用于臨床檢測(cè)的NGS質(zhì)量控制應(yīng)比科研目的的檢測(cè)質(zhì)量控制更加嚴(yán)格，但實(shí)際上，國內(nèi)很多臨床基因檢測(cè)公司對(duì)于影響測(cè)序質(zhì)量的很多環(huán)節(jié)的處理與科研檢測(cè)無異，質(zhì)量控制還有待改善。這種情況與國內(nèi)臨床基因檢測(cè)領(lǐng)域尚無可遵循的指南或標(biāo)準(zhǔn)也有關(guān)系。2015-12歐洲率先發(fā)表NGS臨床診斷應(yīng)用指南[10],其第一條就指出“阻止NGS過早用于診斷的原因只能是其質(zhì)量差，未通過驗(yàn)證就進(jìn)入臨床診斷對(duì)患者而言具有威脅性，同時(shí)也是不可接受的”。值得注意的是，最近一些臨床基因檢測(cè)公司對(duì)于臨床檢測(cè)樣本和科研樣本已區(qū)別對(duì)待，對(duì)臨床檢測(cè)樣本會(huì)適當(dāng)提高測(cè)序數(shù)據(jù)量（測(cè)序深度），這可在很大程度上縮小低覆蓋區(qū)域的比例。但僅靠提高測(cè)序數(shù)據(jù)量還不夠，如上所述，測(cè)序的質(zhì)量還受很多其它因素的影響，如建庫質(zhì)量、捕獲效率以及目標(biāo)基因本身的序列特征等影響。對(duì)于特定基因，比如本文關(guān)注的3個(gè)基因在同一實(shí)驗(yàn)室的同一檢測(cè)包中覆蓋情況都有不同。

歐洲NGS臨床診斷應(yīng)用指南提出了NGS診斷檢測(cè)的“評(píng)價(jià)系統(tǒng)”，將NGS診斷檢驗(yàn)分為三類：A類：實(shí)驗(yàn)室可保證編碼區(qū)及側(cè)翼區(qū)99%以上的測(cè)序可靠度，通過Sanger 測(cè)序或其它方法補(bǔ)充NGS漏洞區(qū)域的序列。B類：實(shí)驗(yàn)室明確指出哪些區(qū)域的NGS測(cè)序可靠度在99%以上，選擇性的對(duì)某些NGS漏洞區(qū)域進(jìn)行Sanger 測(cè)序或其它方法補(bǔ)充。C類：實(shí)驗(yàn)室測(cè)序僅依賴NGS，無Sanger或其它測(cè)序補(bǔ)充。目前國內(nèi)的NGS臨床診斷商業(yè)公司，絕大多數(shù)都為C類，在基因篩查階段只依賴NGS，只是在檢測(cè)到個(gè)別相關(guān)性強(qiáng)的位點(diǎn)時(shí)，才會(huì)進(jìn)行此位點(diǎn)的Sanger測(cè)序驗(yàn)證。因此，目前國內(nèi)NGS臨床檢測(cè)的假陰性的問題是比較普遍且嚴(yán)重的。心血管方面尚缺乏公開報(bào)道的數(shù)據(jù)，而在眼科相關(guān)基因檢測(cè)中，我國學(xué)者通過對(duì)179個(gè)視網(wǎng)膜色素變性家系先證者進(jìn)行NGS，50人未能檢測(cè)到相關(guān)變異。對(duì)這50人進(jìn)一步用Sanger 測(cè)序法重新檢測(cè)原來NGS已包括的ORF15基因，又在7例患者中發(fā)現(xiàn)了致病突變，而這7例患者的致病突變都位于NGS的低覆蓋區(qū)域（＜10倍）[11]。

本文的局限性在于，僅對(duì)4個(gè)實(shí)驗(yàn)室測(cè)序數(shù)據(jù)比對(duì)上的部分進(jìn)行了覆蓋度分析，未能具體分析低覆蓋區(qū)域產(chǎn)生的技術(shù)原因。但這4個(gè)實(shí)驗(yàn)室的數(shù)據(jù)普遍表明了僅用二代測(cè)序進(jìn)行LQTS臨床基因檢測(cè)存在不容忽視的假陰性可能，臨床醫(yī)生或診斷實(shí)驗(yàn)室應(yīng)謹(jǐn)慎下結(jié)論。

綜上，假陰性率是臨床基因檢測(cè)中的重要質(zhì)量控制問題之一。對(duì)于遺傳性心律失常的臨床基因檢測(cè)，我們呼吁對(duì)于指南或共識(shí)中[12]推薦的基因應(yīng)在NGS外采補(bǔ)充Sanger測(cè)序，以盡量減少假陰性，提高心律失常NGS臨床檢測(cè)準(zhǔn)確率。我們也希望我國能盡快出臺(tái)NGS臨床應(yīng)用相關(guān)的指南或標(biāo)準(zhǔn)，引導(dǎo)NGS在精準(zhǔn)醫(yī)療事業(yè)中發(fā)揮更大價(jià)值。

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False-negative Possibility in Genetic Test of Congenital Long QT Syndrome by Next-generation Sequencing

LI Xin, LIU Nian, BAI Rong, FENG Li, RUAN Yan-fei, MA Chang-sheng.
Department of Cardiology, Beijing Anzhen Hospital, Capital Medical University, National Clinical Research Center for
Cardiovascular Diseases, Beijing (100029), China

MA Chang-sheng, Email: chshma@vip.sina.com

Objective: To explore the false-negative possibility in genetic test of congenital long QT syndrome (LQTS) by nextgeneration sequencing (NGS).

Methods: A total of 28 genomic DNA samples were collected from 4 laboratories including 2 commercial medical laboratories using HiSeq2000 platform as Lab1, n=6 and Lab2, n=8; 1 commercial research service laboratory using Iontorrent platform as Lab3, n=8 and 1 academic laboratory using HiSeq2000 platform as Lab 4, n=6. Sequencing coverage in the exons of protein-coding region in 3 main LQTS pathogenic genes as KCNQ1, KCNH2, SCN5A and possible pathogenic variants were quantitatively analyzed.

Results: In Lab1, Lab 2 and Lab 4 with HiSeq2000 platform, above 98% protein coding regions in 3 pathogenic genes were covered with＞10-fold reads and 90%-95% were covered with＞30-fold reads. In 2 commercial medical laboratories, 3.63% and 9.84% protein coding regions of KCNQ1 gene in 14 samples were covered with＜10-fold reads and with＜30-fold reads; lower than 10-fold covering region was focused in the 1stexon including about 2% known or likely pathogenic variants. In 2 commercial medical laboratories, 2.64% and 15.76% protein coding regions of KCNH2 gene in 14 samples were covered with＜10-fold reads and with＜30-fold reads; low covering region was located in multiple exons. For the data from Lab 1, ashigh as 28.56% protein coding regions of KCNH2 gene were covered with＜30-fold reads including 113 (19.79%) known or likely pathogenic variants. SCN5A gene had the best coverage of protein coding region, with no＜10-fold reads in all 4 Labs and no＜30-fold reads in 2 commercial medical laboratories.

Conclusion: Currently, NGS has low coverage region in both KCNQ1 and KCNH2 genes, pathogenic variants could be missed and false-negative possibility should be highly alert.

Long QT syndrome; High-throughput nucleotide sequencing; Gens; False Negative Reactions

book=771,ebook=47

2016-11-03）

（編輯：漆利萍）

國家自然科學(xué)基金（81500246，81470465）；北京市自然科學(xué)基金（7161003）；北京市醫(yī)管局臨床醫(yī)學(xué)發(fā)展專項(xiàng)（ZYLX201302）

100029 北京市,首都醫(yī)科大學(xué)附屬北京安貞醫(yī)院 心內(nèi)科， 國家心血管病臨床醫(yī)學(xué)研究中心

李新 副研究員 博士 主要從事心血管病遺傳與基因組學(xué)研究 Email: leexin9907@126.com 通訊作者: 馬長生 Email: chshma@vip.sina.com

R54

A

1000-3614（2017）08-0771-05

10.3969/j.issn.1000-3614.2017.08.010