張震彪,李 偉,杜詠梅,張海良,劉 成,李曉旭,郭永峰*
(1.中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院煙草研究所,青島 266101;2.中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院研究生院,北京 100081)
煙堿是重要的氮素化合物,其含量高低直接影響煙葉品質(zhì)及香味,培育適宜煙堿含量的煙草品種,提高煙葉質(zhì)量、降低卷煙制品對健康的危害一直是生產(chǎn)上追求的目標(biāo)[1];了解煙葉落黃過程中煙堿代謝規(guī)律及基因表達(dá)變化,對改良煙草品質(zhì)、指導(dǎo)煙草農(nóng)業(yè)生產(chǎn)具有重要意義[2]。
煙堿是生物堿中最主要成分,其干重占90%以上[3],煙堿合成部位為植物根部,利用維管組織運輸至葉片中,儲存于植物葉片的液泡[4]。目前煙堿合成機制已基本闡明,包括吡咯環(huán)和吡啶環(huán)的形成、兩環(huán)的縮合。吡咯環(huán)和吡啶環(huán)合成較復(fù)雜,需經(jīng)歷多個酶促反應(yīng),如精氨酸脫羧酶(argininedecarboxylase,ADC)催化精氨酸形成腐胺[5],腐胺在腐胺-N-甲基轉(zhuǎn)移酶(putrescineN-methyltransferase,PMT)作用下形成N-甲基腐胺(N-methyltransferase)[6],N-甲基腐胺氧化酶(N-methyltransferase oxidase,MPO)氧化N-甲基腐胺形成4-甲氨基丁醚[7]等,而吡啶環(huán)生成需要喹啉酸合成酶(quinolinate synthase,QS)、喹啉酸磷酸核糖基轉(zhuǎn)移酶(quinolinic acid phosphoribosyltransferase,QPT)的參與[5,8],最終兩環(huán)在黃酮還原酶A622和小檗堿橋連酶BBL的作用下縮合形成煙堿[9-10],目前兩環(huán)縮合的機制仍未知,參與縮合的煙堿合成酶基因尚未被克隆。
煙葉成熟衰老過程中,煙堿發(fā)生去甲基化而轉(zhuǎn)化成降煙堿,其中CYP82E4v1是該過程的重要調(diào)控因子[11],進(jìn)一步研究證實CYP82E5v2、CYP82E2和CYP82E10也參與此反應(yīng)[12],不同的是CYP82E4v1在衰老組織中表達(dá)活躍,而CYP82E5v2主要在未衰老的組織中表達(dá)。衰老后期煙葉中的煙堿含量升高,其中JAT1、MATE和NUP1蛋白發(fā)揮重要轉(zhuǎn)運功能,JAT1、MATE主要位于液泡膜上,負(fù)責(zé)將胞質(zhì)內(nèi)煙堿轉(zhuǎn)運至液泡內(nèi),而NUP1定位于質(zhì)膜,主要運輸胞質(zhì)外煙堿至胞內(nèi),此外NUP1具有很強的特異性,不能轉(zhuǎn)運新煙堿和降煙堿[13]。煙堿合成過程受植物激素調(diào)控,如茉莉酸、生長素、乙烯等[6],茉莉酸能夠激活煙堿合成基因的表達(dá),而生長素和乙烯是煙堿合成的負(fù)調(diào)控因子,抑制煙堿的合成;同時,COI1和JAZ1以及肌醇戊基磷酸分子組成的茉莉酸受體復(fù)合體能夠感知并應(yīng)答茉莉酸信號,改變煙堿合成基因的轉(zhuǎn)錄活性,影響煙堿合成[14];此外,轉(zhuǎn)錄因子ERF32、ORC1、bHLH1/2和MYC2等通過介導(dǎo)JA途徑也參與調(diào)控?zé)焿A代謝[15-17]。
煙草作為生物學(xué)研究的模式植物,其煙堿合成、遺傳調(diào)控及轉(zhuǎn)運機制已基本闡明,代謝途徑相關(guān)基因、重要調(diào)控因子和轉(zhuǎn)運蛋白均已被克隆和鑒定,而煙葉落黃衰老過程中煙堿代謝變化及相關(guān)基因表達(dá)規(guī)律尚未明確;本試驗以普通煙草紅花大金元為材料,選取打頂后15、25、35、45、55、65、75、85 d中部葉片,分析打頂后不同衰老時期煙葉生物堿的含量變化;利用該樣品已測定的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),分析煙堿代謝相關(guān)基因表達(dá)模式;對15、45、55、75 d的樣品進(jìn)行煙堿代謝相關(guān)基因定量分析,驗證轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù);為進(jìn)一步解析煙草煙堿代謝調(diào)控機制奠定基礎(chǔ)。
供試材料:普通煙草(Nicotiana tabacum)紅花大金元,由中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院煙草研究所種質(zhì)資源中心提供。
試驗試劑:RNAiso Plus(Total RNA 提取試劑)、PrimeScriptTM RT reagent Kit with gDNA Eraser(Perfect Real Time)、SYBR?Fast qPCR Mix均購自寶生物工程(大連)有限公司。
1.2.1 樣品采集 2013年3月溫室播種,4片真葉時假植,8片真葉移栽至大田,以中部葉(自下而上第9~10片)為研究對象,煙株打頂后15 d第1次取樣,以后每隔10天取樣1次,共計8次,分別代表不同衰老程度的煙草葉片。取樣時選擇生長狀態(tài)一致的植株,在相同葉位每株僅取1次,選取12個單株為一次樣品采集,每3株混合為一個樣本,4次生物學(xué)重復(fù)。收取的每個葉片以主葉脈為界一分為二,分別用于生物堿含量測定和RNA提取,液氮速凍后-80℃保存。
1.2.2 生物堿含量測定 將煙草葉片液氮研磨至細(xì)粉末狀,冷凍干燥48 h,采用氣相色譜-質(zhì)譜聯(lián)用法測定樣品中生物堿的含量,主要包括煙堿、去甲基煙堿、新煙草堿、麥斯明,以國標(biāo)為參照進(jìn)行。
1.2.3 轉(zhuǎn)錄組分析煙堿代謝相關(guān)基因 查閱相關(guān)文獻(xiàn),在NCBI數(shù)據(jù)庫(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)中檢索煙堿代謝相關(guān)基因序列,分別比對中國煙草基因組數(shù)據(jù)庫(未公開發(fā)表),提取基因ID;根據(jù)本實驗室已有的煙草葉片衰老轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),從差異表達(dá)基因(|log2|≥1,p≤0.05)中篩選ID號,結(jié)果見表1,提取煙堿代謝相關(guān)基因轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),利用熱圖繪制軟件GSP,Heml繪制基因表達(dá)熱圖,將表達(dá)數(shù)據(jù)可視化。(注:實驗室已有的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)即為本次試驗所用材料的轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果,轉(zhuǎn)錄組測序由華大基因完成)。
1.2.4 Real-Time PCR驗證煙堿代謝基因表達(dá)數(shù)據(jù)煙草葉片總RNA提取,參照寶生物RNAiso Plus(Total RNA提取試劑)試劑盒說明書進(jìn)行,凝膠電泳和超微量分光光度計檢測RNA的質(zhì)量和濃度,寶生物提供的PrimeScriptTM RT reagent Kit with gDNAEraser(Perfect Real Time)用于RT-PCR反應(yīng),將合成的cDNA稀釋10倍,常規(guī)PCR檢測cDNA質(zhì)量,選取高質(zhì)量cDNA為模板,定量分析煙堿代謝基因表達(dá)變化。
利用Premier Prime5.0軟件設(shè)計煙堿代謝相關(guān)基因的定量PCR引物(表1)。選用打頂后15、45、55、75 d葉片cDNA為模板,ABI 7500型實時熒光定量PCR儀進(jìn)行Real-Time PCR反應(yīng),3次技術(shù)重復(fù),以打頂后15 d的葉片為單位1,采用2?ΔΔCt法計算基因的相對表達(dá)量,SPSS 22.0進(jìn)行方差分析。
不同衰老時期葉片中生物堿含量(煙堿、去甲基煙堿、新煙草堿、麥斯明)如圖1所示??梢钥闯觯瑹煵菟ダ铣墒爝^程中,葉片中生物堿各組分呈現(xiàn)上升趨勢,包括煙堿、新煙草堿、去甲基堿、麥斯明;衰老后期(75或85 d時),新煙草堿含量上升最明顯,增加了123.7%,煙堿、去甲基堿含量也有明顯提高,分別增加54.2%和42.7%,而麥斯明含量只有18.5%的提高,以上結(jié)果顯示葉片中生物堿含量隨著煙葉成熟衰老逐步積累。
根據(jù)轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果,檢索煙堿代謝相關(guān)基因表達(dá)數(shù)據(jù),利用相應(yīng)的生物信息學(xué)軟件繪制基因表達(dá)差異圖(圖2)。共檢索到43個煙堿代謝相關(guān)基因,涉及煙堿合成、降解、轉(zhuǎn)運、以及遺傳調(diào)控等過程。圖2顯示,隨著煙葉成熟衰老,煙堿降解相關(guān)基因CYP82E2、CYP82E4上調(diào)表達(dá),其中CYP82E2表達(dá)量上升6.2倍,CYP82E4上升2.9倍,而CYP82E10、CYP82E5v2表達(dá)量變化不大;煙堿合成基因主要包括ADC、ODC、BBL、MPO、QS、SPDS及其同源基因,其中BBL2表達(dá)量上調(diào)2.9倍,ODC2上調(diào)2.7倍,ADC1略上調(diào),其他基因表達(dá)變化不明顯;煙堿轉(zhuǎn)運相關(guān)基因分別是JAT1、MATE2、NUP1,其中JAT1在衰老后期上調(diào)最明顯,表達(dá)量提高2.6倍,NUP1的表達(dá)模式類似于MATE2,在65 d時最高;煙堿代謝調(diào)控基因較多,包括COI、MYC、ORC、JAZ、MTHFR1、ERF32及其同源基因,其中COI2、COI3、MYC2、MYC3、JAZ1上調(diào)表達(dá),而JAZ1、MYC2上調(diào)最明顯,約2.3倍,下調(diào)基因有MTHFR1、ORC3,其余基因未有明顯變化。圖2中基因表達(dá)變化說明煙堿代謝是通過多個基因協(xié)同調(diào)控實現(xiàn)的,相關(guān)基因表達(dá)變化趨勢同衰老葉片中煙堿、降煙堿含量變化規(guī)律基本一致。
表1 引物目錄Table1 Primers
圖1 打頂后不同時期葉片中的生物堿含量Fig.1 Alkaloid contents in leaves at different time points after topping
圖2 煙堿代謝相關(guān)基因的表達(dá)數(shù)據(jù)分析Fig.2 Expression of genes related to nicotine metabolism
選取煙堿代謝關(guān)鍵基因(表1),以打頂后15、45、55、75 d葉片cDNA為模板,進(jìn)行實時熒光定量PCR,驗證轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),結(jié)果如表2所示。定量PCR結(jié)果顯示,調(diào)控基因CYP82E4、CYP82E2在葉片衰老后期上調(diào)表達(dá),75 d時表達(dá)量增加10.7倍;轉(zhuǎn)運蛋白基因JAT1在55 d時上調(diào)8.87倍,而NUP1在45 d時上調(diào)3.37倍,可能這一時期煙堿運輸活性最強;合成基因ADC1、ODC2、BBL2也呈現(xiàn)上調(diào)趨勢,且55 d時表達(dá)量達(dá)分別提高2.41、16.2和6.49倍,預(yù)示著葉片器官也可能參與了煙堿的合成;調(diào)控基因COI1、MYC3在55 d時表達(dá)量上升至15 d的13.8倍和3.77倍,JAZ1、MYC2在整個衰老時期上調(diào)表達(dá),75 d時表達(dá)量分別增加3.5倍和4.55倍,MTHFR1下調(diào)顯著,75 d時表達(dá)量下降到原來的0.238倍,而ORC1變化不明顯;以上定量分析與本試驗轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果基本一致,表明轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果能夠真實地反映煙堿代謝相關(guān)基因的表達(dá)情況,這為煙堿代謝功能基因的發(fā)掘提供了有利的參考。
表2 煙堿主要代謝基因qRT-PCR驗證分析Table 2 Real-Time PCR verification of gene expression in nicotine metabolism
煙堿合成的根特異性機制認(rèn)為,根部器官是煙堿合成的唯一部位,其他組織器官不具備合成煙堿的能力[5];在衰老成熟過程中,參與煙堿轉(zhuǎn)運的蛋白基因JAT1、NUP1表達(dá)上調(diào),NUP1將根部的煙堿運輸至葉片器官,再由JAT1轉(zhuǎn)運至液泡內(nèi),從而使葉片中的煙堿含量增加,但轉(zhuǎn)錄組測序及定量驗證結(jié)果顯示,ADC1、ODC2、BBL2等煙堿合成基因在葉片衰老過程中表達(dá)水平明顯提高,暗示葉片中有可能存在某幾個煙堿合成催化反應(yīng),如通過ADC1、ODC2促進(jìn)吡咯環(huán)生物合成或BBL2催化兩環(huán)的縮合途徑實現(xiàn)煙堿含量持續(xù)增加,促進(jìn)成熟葉片中的煙堿合成,但衰老葉片中是否存在煙堿合成還需進(jìn)一步驗證;生物堿含量分析結(jié)果表明,除煙堿外,其他生物堿及代謝中間產(chǎn)物如新煙草堿、降煙堿、麥斯明等在衰老葉片中不斷積累,而轉(zhuǎn)錄組和定量PCR分析結(jié)果顯示,煙堿轉(zhuǎn)化基因CYP82E2、CYP82E4表達(dá)持續(xù)增加,推測煙堿向降煙堿的轉(zhuǎn)化主要通過CYP82E2、CYP82E4途徑來實現(xiàn)。
煙堿代謝是一個極其復(fù)雜的生物學(xué)過程,多個因子協(xié)同調(diào)節(jié)基因變化最終影響葉片中的煙堿含量。COI1蛋白能夠響應(yīng)JA信號,在26S蛋白酶體的作用下靶向降解JAZ蛋白,JAZ蛋白表達(dá)水平下降,從而激活JA響應(yīng)基因的轉(zhuǎn)錄[14],但轉(zhuǎn)錄組測序和定量驗證結(jié)果顯示,衰老后期JAZ1上調(diào)表達(dá),說明衰老介導(dǎo)JAZ1調(diào)控?zé)焿A合成途徑不同于JA,其調(diào)控機制有待于進(jìn)一步研究;MTHFR1通常作為CYP82E4的轉(zhuǎn)錄抑制因子調(diào)控CYP82E4的轉(zhuǎn)錄[6],試驗結(jié)果顯示,葉片衰老過程中,MTHFR1表達(dá)量降低,對CYP82E4的抑制作用減弱,從而使CYP82E4轉(zhuǎn)錄水平提高,有利于煙堿向降煙堿方向的轉(zhuǎn)化,這與之前的研究基本一致;ORC1過表達(dá)能提高煙堿的含量[16],但ORC1調(diào)控?zé)焿A合成的機制尚不清楚,目前有研究指出ORC1響應(yīng)MeJA信號途經(jīng),通過磷酸化途徑激活煙堿合成基因表達(dá),定量分析結(jié)果顯示,ORC1在整個衰老過程中表達(dá)略微下調(diào),表明除了轉(zhuǎn)錄水平外,衰老介導(dǎo)ORC1調(diào)控?zé)焿A合成途徑可能也有磷酸化過程的參與。
植物體內(nèi)的煙堿含量受環(huán)境因素影響,在一定范圍溫度能促進(jìn)葉片中煙堿積累[18],肖金香等[19]對氣候生態(tài)因素影響烤煙品質(zhì)的研究中發(fā)現(xiàn),氣溫每上升1℃,煙堿可提高3.59 g/kg;金云峰等[18]研究發(fā)現(xiàn),成熟期生物堿的積累水平與生長溫度呈正相關(guān)關(guān)系,溫度上升能促進(jìn)煙堿向葉片中的轉(zhuǎn)移;與此相一致地,本試驗發(fā)現(xiàn)自然衰老的煙葉中煙堿含量穩(wěn)定上升,推測這一過程可能與植物所受溫度有關(guān)。不同栽培措施如打頂抹杈、施肥等對煙堿含量也有很大影響[2,20-21],生產(chǎn)上打頂能促進(jìn)煙堿向葉部的轉(zhuǎn)移[22],而氮肥能極大地提高煙堿的生物合成。不同的環(huán)境因素和栽培措施影響煙堿代謝的機制目前尚未弄清,猜測可能影響了煙堿合成或轉(zhuǎn)運的關(guān)鍵酶基因表達(dá)而改變?nèi)~片煙堿含量,這一假設(shè)需要進(jìn)一步驗證。
試驗結(jié)果表明,煙草葉片成熟過程中生物堿含量不斷增加,包括煙堿、去甲基煙堿、新煙草堿、麥斯明;而煙堿作為生物堿最主要的部分,其含量在衰老過程中不斷提高。與煙堿含量增加相符的是,在煙葉衰老過程中,一些與煙堿運輸相關(guān)的蛋白基因上調(diào)表達(dá),例如JAT1、NUP1等。同時進(jìn)入衰老期后,葉片中煙堿合成代謝基因表達(dá)量增加,例如ADC1、ODC2、BBL2及其同源基因,暗示著衰老后期葉片中可能存在煙堿合成。調(diào)控?zé)焿A代謝相關(guān)基因COI1、JAZ1、MYC2、MYC3表達(dá)上調(diào),MTHFR1下調(diào),表明葉片中的煙堿代謝是由多個因子協(xié)同調(diào)節(jié)完成的,存在復(fù)雜的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)機制。本研究通過分析煙草衰老葉片煙堿代謝相關(guān)基因表達(dá)情況,探究煙葉成熟衰老過程煙堿代謝變化規(guī)律,為生產(chǎn)上改良煙葉品質(zhì)、選育優(yōu)良品種及減輕卷煙制品對健康的危害提供了理論參考。
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