豬繁殖與呼吸綜合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus，PRRSV)是引起豬繁殖與呼吸綜合征(PRRS)的病原，該病毒分為兩個基因型，以LV 株為代表的歐洲型(基因1 型)和以VR2332 株為代表的美洲型(基因2 型)。根據(jù)ORF5基因，基因2 型PRRSV 被劃分為9 個系，目前，在中國已檢測到5 個系，包括1，3，5，8 和9 系。1998 年，中國臺灣報道首株3 系PRRSVMD-001。2004 年，中國香港檢測到3 系PRRSV，并且在遺傳進化樹上形成了一個獨立的分支。2005 年，中國大陸檢測到的第一株3 系PRRSV FJ-1。2010 年以后，3 系PRRSV 在中國大陸逐漸呈現(xiàn)流行趨勢，尤其在廣東、福建等南方地區(qū)。有研究報道，根據(jù)毒株間的演化關系及豬只的貿(mào)易主要是由中國大陸銷往中國香港，推測中國香港不是大陸3 系PRRSV 的起源地，因此，中國大陸地區(qū)3 系PRRSV 的起源尚不清楚。

近期發(fā)表于《Transboundary and Emerging Diseases》 上的一項報道，將3 系PRRSV 分為5 個亞系，中國臺灣地區(qū)的3 系PRRSV 為3.1～3.5 亞系，中國香港地區(qū)為3.4 亞系，中國大陸地區(qū)為3.5 亞系。通過毒株間的遺傳演化分析和氨基酸變異分析，推測中國大陸地區(qū)的3.5 亞系可能起源于中國臺灣地區(qū)的3.2 亞系。

2017 年，該研究從中國大陸北方地區(qū)的豬場檢測到2 株3 系PRRSV，分別命名為SD110-1608 和SDWH27-1710。為了探究這2 株毒株的特性和中國大陸地區(qū)3 系PRRSV 的起源，根據(jù)GenBank 中收錄的146 條3 系PRRSV 的ORF5 基因序列，以及該實驗室檢測到的3 系PRRSV 的ORF5 序列，利用MEGA6.0 軟件構建了系統(tǒng)發(fā)育樹。遺傳演化分析結果表明：中國臺灣地區(qū)的3 系PRRSV 被劃分為3.1～3.3 亞系，中國香港地區(qū)的3 系PRRSV 被劃分為3.4 亞系，中國大陸地區(qū)的3 系PRRSV 被劃分為3.5 亞系。通過Simplot 和RDP4 進行重組分析，重組結果顯示，SD110-1608 和SDWH27-1710 均由QYYZ(主要母本毒株)和JXA1(次要母本毒株)重組而來。序列比對結果顯示，SD110-1608 和SDWH27-1710 與QYYZ、GM2、GDsg 等3 系毒株在Nsp2 區(qū)域均存在36 個aa 的插入。SD110-1608 和SDWH27-1710 在Nsp2 和GP5 蛋白上與廣東的早期分離株QYYZ、GM2 等具有相同的分子特征，因此推測SD110-1608 和SDWH27-1710 可能是從廣東地區(qū)傳播而來。根據(jù)中間PRRSV 毒株FJ-1 和FJFS 在GP2a、GP3、GP4、GP5 和N 蛋白上氨基酸的變化規(guī)律及基于各基因的遺傳演化分析，推測中國大陸地區(qū)3.5 亞系可能起源于中國臺灣地區(qū)的3.2 亞系。與此同時，其它課題組也在該雜志上發(fā)表了類似的報道。

本研究為3 系PRRSV 的分類提供了依據(jù)，為中國大陸地區(qū)3.5 亞系PRRSV 的起源及在大陸地區(qū)的傳播提供參考，同時，為3 系PRRSV 的防控提供重要參考。