肛瘺的三大典型癥狀是肛門流膿、疼痛及瘙癢。

1．流膿。局部間歇性或持續(xù)性流膿，久不收口。一般剛剛形成的瘺流膿較多，有糞臭味，色黃而稠；時間長了，膿水稀少，或時有時無，呈間歇性流膿；若過于疲勞，則膿水增多，有時可有糞便流出；若膿液已少而又突然增多，兼有肛門部疼痛者，常表示急性感染或有新的分支瘺管形成。

2．疼痛。當(dāng)瘺管通暢時，一般不覺疼痛，僅有局部墜脹感。若外口自行閉合，膿液積聚，可出現(xiàn)局部疼痛，或可伴有發(fā)熱；若潰破后膿水流出，癥狀可迅速減輕或消失。但也有因內(nèi)口較大，糞便流入管道而引起疼痛，尤其是排便時疼痛加劇。

3．瘙癢。由于膿液不斷刺激肛門周圍皮膚而引起瘙癢，有時可伴發(fā)肛周濕疹等皮膚病。