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      基于非結(jié)構(gòu)網(wǎng)格流場(chǎng)超大規(guī)模并行計(jì)算

      2019-03-19 05:42:32,,,*,
      關(guān)鍵詞:通量分區(qū)流場(chǎng)

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      (1. 西北工業(yè)大學(xué) 航空學(xué)院, 陜西 西安 710072; 2. 中國空氣動(dòng)力研究與發(fā)展中心 計(jì)算空氣動(dòng)力研究所, 四川 綿陽 621000)

      0 引 言

      大規(guī)模分布式并行計(jì)算快速發(fā)展,使計(jì)算流體力學(xué)(Computational Fluid Dynamics, CFD)具備了解決復(fù)雜外形工程問題的能力。大規(guī)模CFD并行計(jì)算成為飛行器氣動(dòng)性能計(jì)算[1]、多體分離安全性評(píng)估[2]和飛行器外形優(yōu)化[3-5]的有效手段。

      CFD并行計(jì)算屬于數(shù)據(jù)通信密集型,采用的數(shù)值格式和軟件并行設(shè)計(jì)對(duì)并行效率影響很大[6]。Knight首先系統(tǒng)性地闡述了并行計(jì)算機(jī)系統(tǒng)架構(gòu)和CFD并行程序設(shè)計(jì)模式[7]。 國內(nèi)陸林生和董超群等[8]研究了并行程序概念設(shè)計(jì)方法,陳剛和王磊等[9]提出了面向大規(guī)模并行的軟件實(shí)現(xiàn)方法。近年來,CFD并行計(jì)算廣泛應(yīng)用于航空航天等領(lǐng)域[10-12],但并行規(guī)模都在萬核以下。

      對(duì)于分布式并行系統(tǒng),消息傳遞接口(Message Passing Interface, MPI)是最成熟和有效的并行程序?qū)崿F(xiàn)規(guī)范,廣泛應(yīng)用于計(jì)算力學(xué)領(lǐng)域。OpenMPI和MPICH是兩種廣泛使用的MPI編程程序包,都成功用于CFD并行程序編碼[13-14]。

      在使用并行解算器模擬流動(dòng)前,通常需要采用合適的方法對(duì)生成的網(wǎng)格進(jìn)行多核并行分區(qū)。分區(qū)算法極大地影響著并行計(jì)算時(shí)的負(fù)載平衡和并行效率。對(duì)于非結(jié)構(gòu)網(wǎng)格,采用多級(jí)不規(guī)則圖算法的Metis程序庫[15],是目前應(yīng)用最廣、最快速和高質(zhì)量的并行分區(qū)工具。由于沒有拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)的限制,分區(qū)后的非結(jié)構(gòu)網(wǎng)格通常比結(jié)構(gòu)網(wǎng)格有更高的負(fù)載平衡性能。

      非結(jié)構(gòu)網(wǎng)格的有限體積方法通常采用積分形式的雷諾平均Navier-Stokes方程和湍流模型方程[16]。二階MUSCL (Monotonic Upwind Scheme for Conservation Laws) 類數(shù)值格式具有類似緊致性質(zhì),即某個(gè)網(wǎng)格單元通量的計(jì)算只需要臨近共面單元的流場(chǎng)信息,因而廣泛應(yīng)用于CFD計(jì)算軟件且發(fā)展較為成熟。并行計(jì)算時(shí),僅需要通過MPI交換并行交界面兩側(cè)單元的流場(chǎng)數(shù)據(jù),有利于并行計(jì)算的實(shí)現(xiàn)和減少并行傳遞的數(shù)據(jù)量。

      本文通過基于非結(jié)構(gòu)混合網(wǎng)格和有限體積方法,采用緊致型二階數(shù)值格式,發(fā)展了適用于復(fù)雜工程問題的萬核級(jí)并行實(shí)現(xiàn)方法,測(cè)試和評(píng)估了并行效率。

      1 數(shù)值方法

      雷諾平均Navier-Stokes方程(RANS)守恒形式的積分方程為:

      (1)

      對(duì)流通量可以表示為:

      (2)

      式中,p是靜壓,ρ是密度,V是逆變速度:

      V=nxu+nyv+nzw

      (3)

      H為焓值,定義為:

      (4)

      式中,e為流動(dòng)內(nèi)能。

      黏性通量相對(duì)比較復(fù)雜,本文略去,具體內(nèi)容可以參考文獻(xiàn)[17]。

      在網(wǎng)格單元內(nèi)積分,得到離散形式的控制方程:

      (5)

      式中,V是網(wǎng)格單元體積,N是與該網(wǎng)格單元共面網(wǎng)格單元總數(shù)。

      控制方程的離散采用格心格式的有限體積法,時(shí)間項(xiàng)采用LU-SGS迭代[18],湍流模型為一方程的SA模型[19]。對(duì)流項(xiàng)采用Roe格式[20],黏性項(xiàng)采用中心格式[21]。

      格心格式的有限體積方法,流場(chǎng)未知變量存儲(chǔ)在網(wǎng)格單元的形心上,如圖1所示的三角形形心點(diǎn)J1、J2和J3。然而,對(duì)流通量和黏性通量計(jì)算卻需要網(wǎng)格單元對(duì)應(yīng)的網(wǎng)格面心上的流場(chǎng)值,如K1、K2和K3。只有采用一階格式時(shí),面上的流場(chǎng)值等于形心值。當(dāng)采用緊致型的二階格式時(shí),網(wǎng)格面心上左右兩側(cè)的流場(chǎng)值由同側(cè)的網(wǎng)格單元體心值構(gòu)造。計(jì)算黏性通量時(shí),面心流場(chǎng)值采用中心格式,以K1面為例,表示為:

      (6)

      圖1 通量計(jì)算模板示意圖Fig.1 Stencil for flux calculation

      K2和K3面心流場(chǎng)值可以類似得到。黏性通量可以表示為:

      Hv,K1=f(QK1)

      (7)

      黏性通量計(jì)算的具體表達(dá)式參考文獻(xiàn)[21]。

      采用Roe格式時(shí),對(duì)流通量可以表示為

      Hc,K1=f(QK1,L+QK1,R)

      (8)

      式中,QK1,L和QK1,R分別為面K1左右兩側(cè)的流場(chǎng)值,通過各自同側(cè)的體心值構(gòu)造

      (9)

      采用Roe格式計(jì)算對(duì)流通量的具體表達(dá)式參考文獻(xiàn)[20]。

      需要指出的是,如果采用更高階的數(shù)值格式,面心流場(chǎng)值的構(gòu)造將會(huì)用到更多臨近網(wǎng)格單元上的體心值。對(duì)于本文所述的二階格式,只需要緊鄰的網(wǎng)格單元體心值,因而并行計(jì)算時(shí),只有并行交界面兩側(cè)的網(wǎng)格單元需要進(jìn)行流場(chǎng)數(shù)據(jù)的交換。

      式(5)中的第二項(xiàng)通常稱為殘差項(xiàng),記為:

      (10)

      則式(5)表示為:

      (11)

      為了增加計(jì)算的數(shù)值穩(wěn)定性和提高收斂速度,時(shí)間項(xiàng)通常采用隱式格式[17],即

      (12)

      式中:

      (13)

      通過對(duì)殘差項(xiàng)的線化,可以得到

      (14)

      上式求解采用LU-SGS迭代方法,具體內(nèi)容可參考文獻(xiàn)[18]。定常流場(chǎng)由邊界條件決定,迭代過程中,邊界信息由邊界單元逐漸向流場(chǎng)內(nèi)部傳遞,直到收斂。通常情況下,可能需要迭代上千步甚至更多流場(chǎng)才能收斂,當(dāng)網(wǎng)格量較大時(shí),計(jì)算量巨大,單核計(jì)算需要很長(zhǎng)的時(shí)間。對(duì)于工程復(fù)雜外形,并行計(jì)算是減少計(jì)算時(shí)間的有效方法。

      2 并行實(shí)現(xiàn)算法

      采用LU-SGS迭代方法,當(dāng)前步流場(chǎng)計(jì)算依賴于前一步的流場(chǎng),當(dāng)流場(chǎng)為非定常時(shí)依賴更多。但對(duì)于某一迭代步,采用緊致二階格式,網(wǎng)格單元的流場(chǎng)值只與相鄰一層網(wǎng)格有關(guān)。因此對(duì)于分布式并行計(jì)算系統(tǒng),采用對(duì)空間進(jìn)行分區(qū)更適合CFD并行計(jì)算,并采用MPI進(jìn)行多個(gè)分區(qū)間流場(chǎng)數(shù)據(jù)的交換。并行實(shí)現(xiàn)算法主要包括網(wǎng)格分區(qū)算法和流場(chǎng)數(shù)據(jù)交換算法。

      2.1 網(wǎng)格分區(qū)技術(shù)

      非結(jié)構(gòu)網(wǎng)格分區(qū)方法采用基于圖論算法的Metis程序庫,該程序庫使用多級(jí)二分法或多級(jí)多支分區(qū)算法,如圖2所示。

      圖2 Metis多級(jí)分區(qū)算法示意圖[15]Fig.2 Multi-level partition used by Meits[15]

      分區(qū)算法以網(wǎng)格數(shù)據(jù)構(gòu)成的圖作為輸入,由網(wǎng)格面和網(wǎng)格單元組成。包含n個(gè)節(jié)點(diǎn)V和m個(gè)邊E的圖G定義為:

      (15)

      需要指出的是,對(duì)于格心格式的有限體積法,圖定義中的節(jié)點(diǎn)和邊分別指網(wǎng)格中的網(wǎng)格單元和網(wǎng)格面。輸入的圖信息通常采用壓縮存儲(chǔ)格式(Compressed Storage Format, CSR),該格式廣泛應(yīng)用于稀疏圖的存儲(chǔ)。網(wǎng)格連接關(guān)系表示成圖的信息可以用兩個(gè)整數(shù)數(shù)組來指定:xadj和adjncy,數(shù)組長(zhǎng)度分別為n+1和2m。xadj[i+1]-xadj[i]的值表示與第i個(gè)網(wǎng)格單元共面的網(wǎng)格單元個(gè)數(shù),數(shù)組adjncy中第xadj[i] 到第xadj[i+1] 位置存儲(chǔ)了相應(yīng)的共面網(wǎng)格單元的編號(hào)。以圖1網(wǎng)格數(shù)據(jù)為例,數(shù)組xadj和adjncy存儲(chǔ)數(shù)據(jù)如圖3所示。

      圖3 非結(jié)構(gòu)網(wǎng)格連接關(guān)系CSR表示Fig.3 Graph data in CSR format of unstructured grid

      圖4給出了M6機(jī)翼網(wǎng)格并行分區(qū)表面網(wǎng)格的示意圖,共3個(gè)并行分區(qū),其中相同顏色的網(wǎng)格單元屬于相同的計(jì)算進(jìn)程。

      2.2 數(shù)據(jù)交換并行實(shí)現(xiàn)

      本文并行算法基于分布式大規(guī)模并行計(jì)算機(jī)系統(tǒng),采用所有CPU都參與迭代計(jì)算的對(duì)等并行模式,MPI數(shù)據(jù)傳遞采用非阻塞通信,盡量加大計(jì)算和通信的重疊,只在必要的地方進(jìn)行數(shù)據(jù)同步以保證計(jì)算的正確性。

      圖4 M6機(jī)翼網(wǎng)格分區(qū)圖Fig.4 Partitioned grid of M6 wing with Metis

      采用對(duì)等并行模式,首先需要對(duì)網(wǎng)格進(jìn)行前處理,按指定的并行規(guī)模采用Metis劃分網(wǎng)格。為了減少每個(gè)計(jì)算進(jìn)程內(nèi)存消耗以提高程序的運(yùn)行效率,每個(gè)分區(qū)網(wǎng)格只保存必需的局部網(wǎng)格數(shù)據(jù)和并行分區(qū)邊界上網(wǎng)格單元及頂點(diǎn)的對(duì)應(yīng)關(guān)系。網(wǎng)格分區(qū)完成后,每個(gè)計(jì)算進(jìn)程讀入相應(yīng)分區(qū)的網(wǎng)格,獨(dú)立地逐一計(jì)算各自分區(qū)中每個(gè)網(wǎng)格單元的通量。

      格心格式的有限體積法,并行邊界間數(shù)據(jù)傳遞需要的對(duì)應(yīng)關(guān)系包括網(wǎng)格單元與網(wǎng)格單元和網(wǎng)格頂點(diǎn)與網(wǎng)格頂點(diǎn)間的對(duì)應(yīng)關(guān)系,其中網(wǎng)格單元間對(duì)應(yīng)關(guān)系主要用于流場(chǎng)變量的迭代,網(wǎng)格頂點(diǎn)間的對(duì)應(yīng)關(guān)系用于二階格式中梯度的計(jì)算。并行網(wǎng)格對(duì)應(yīng)關(guān)系建立耗時(shí)長(zhǎng),然而對(duì)于定常問題只需要計(jì)算一次,程序設(shè)計(jì)時(shí)宜采用存儲(chǔ)該對(duì)應(yīng)關(guān)系,以空間換時(shí)間,提高并行效率。

      對(duì)于串行計(jì)算,封閉的邊界條件決定了當(dāng)前流場(chǎng)的特征,邊界信息由邊界網(wǎng)格單元向內(nèi)部網(wǎng)格單元傳播。并行計(jì)算時(shí),對(duì)于單個(gè)計(jì)算進(jìn)程,只有部分邊界網(wǎng)格存在相應(yīng)的分區(qū)網(wǎng)格中,邊界條件不再封閉。將并行交界面上的網(wǎng)格面視為特殊類型的邊界面時(shí),則邊界面滿足封閉性質(zhì)。同時(shí),與真實(shí)邊界面類似地采用虛擬邊界單元,真實(shí)邊界面對(duì)應(yīng)的虛擬單元用于施加邊界條件,并行邊界面對(duì)應(yīng)的虛擬單元?jiǎng)t用來存儲(chǔ)并行交換的數(shù)據(jù)。在計(jì)算網(wǎng)格單元的通量時(shí),并行邊界面與真實(shí)邊界面采用相同的計(jì)算方法,程序設(shè)計(jì)亦能與串行程序保持一致。并行邊界與虛擬單元設(shè)計(jì)如圖5所示,則對(duì)應(yīng)任意并行計(jì)算進(jìn)程,計(jì)算及存儲(chǔ)模式和串行時(shí)保持一致。

      MPI并行接口中并行數(shù)據(jù)必須以連續(xù)內(nèi)存的方式提供,程序設(shè)計(jì)必須考慮減少并行計(jì)算時(shí)額外數(shù)據(jù)拷貝的開銷以提高并行效率。格心格式有限體積法任何分區(qū)內(nèi)的某個(gè)單元只對(duì)應(yīng)唯一其它分區(qū)內(nèi)的唯一單元,可以采用先物理網(wǎng)格單元后虛擬網(wǎng)格單元的網(wǎng)格排序策略,使對(duì)應(yīng)的每一個(gè)并行分區(qū)需要接收的數(shù)據(jù)在內(nèi)存中集中連續(xù)存放,如圖6所示,消除了網(wǎng)格單元并行數(shù)據(jù)的拷貝過程。

      圖5 并行邊界及虛擬單元Fig.5 Ghost elements for data exchange between different processors

      圖6 并行物理網(wǎng)格單元及虛擬網(wǎng)格單元排序存儲(chǔ)示意圖Fig.6 Memory pattern for physical elements and ghost elements of grid data

      3 并行測(cè)試結(jié)果

      采用兩個(gè)算例分別對(duì)本文非結(jié)構(gòu)流動(dòng)解算器的并行正確性和并行效率進(jìn)行測(cè)試。算例一使用網(wǎng)格量相對(duì)較少的旋成體外形,迭代計(jì)算直到流場(chǎng)收斂,比較分析串行計(jì)算和并行計(jì)算結(jié)果的一致性;算例二使用運(yùn)輸機(jī)構(gòu)型,其網(wǎng)格量大,用于測(cè)試大規(guī)模并行計(jì)算的效率,其最大的并行規(guī)模達(dá)18816核。

      并行加速比S和效率E定義為:

      (16)

      式中:n為測(cè)試并行核數(shù),T為每步計(jì)算平均時(shí)間;n0為并行測(cè)試基數(shù)核數(shù),T0為基數(shù)核數(shù)對(duì)應(yīng)的每步計(jì)算平均時(shí)間。

      并行計(jì)算使用中國空氣動(dòng)力研究與發(fā)展中心計(jì)算空氣動(dòng)力研究所分布式并行計(jì)算機(jī)系統(tǒng)。該系統(tǒng)包含300個(gè)計(jì)算節(jié)點(diǎn),每個(gè)節(jié)點(diǎn)64核,CPU主頻約為2.8 GHz。

      3.1 并行正確性及收斂性測(cè)試

      正確性測(cè)試模型為旋成體外形繞流模擬,旨在分析并行和串行計(jì)算結(jié)果的一致性。來流條件為:速度V= 1200 m/s,高度H=24 km,側(cè)滑角β= 0°,迎角α=2.0°。由于流動(dòng)對(duì)稱,宜采用半模計(jì)算,網(wǎng)格如圖7所示,網(wǎng)格單元總數(shù)約為200萬,單元類型包括四面體、棱柱和金字塔。計(jì)算核數(shù)分別為:1、 32、64、128、256、512、1024、2048、4096和8192。

      圖7 旋成體外形計(jì)算網(wǎng)格Fig.7 Computing grid of revolving body

      圖8~圖10分別給出了升力、阻力和俯仰力矩系數(shù)的收斂歷程。由于并行計(jì)算和串行計(jì)算迭代過程中,網(wǎng)格單元通量計(jì)算的順序并不完全相同,因此收斂過程有小量的差別,但收斂趨勢(shì)一致且收斂后的值在誤差范圍內(nèi)相同。不同核數(shù)對(duì)應(yīng)收斂后的數(shù)值列于表1,可以看出,并行計(jì)算收斂數(shù)值和串行計(jì)算偏差小于10-5。

      圖8 升力系數(shù)收斂曲線Fig.8 Convergence history of lift

      圖10 俯仰力矩系數(shù)收斂曲線Fig.10 Convergence history of pitch moment

      CoresCoefficient of liftDeviationCoefficient of dragDeviationCoefficient of pitch momentDeviation10.0710874--0.137338---0.0433570--320.0710849-2.50×10-60.137318-2.00×10-5-0.04335691.00×10-7640.07108972.30×10-60.137325-1.30×10-5-0.0433607-3.70×10-61280.07108972.30×10-60.137325-1.30×10-5-0.0433607-3.70×10-62560.0710849-2.50×10-60.137318-2.00×10-5-0.04335691.00×10-75120.07109083.40×10-60.1373435.00×10-6-0.0433632-6.20×10-610240.07108972.30×10-60.137325-1.30×10-5-0.0433607-3.70×10-620480.0710868-6.00×10-70.137324-1.40×10-5-0.0433588-1.80×10-640960.07108982.40×10-60.137325-1.30×10-5-0.0433608-3.80×10-681920.07108982.40×10-60.137325-1.30×10-5-0.0433608-3.80×10-6Max.0.07109083.40×10-60.1373435.00×10-6-0.04335691.00×10-7Min.0.0710849-2.50×10-60.137318-2.00×10-5-0.0433632-6.20×10-6

      圖11和圖12分別給出了加速比和并行效率隨計(jì)算核數(shù)增加的變化,可以看出,512核是加速比快速偏離理論值的臨界核數(shù),大于該值后效率快速降低,主要原因?yàn)榫W(wǎng)格單元很少,并行通信占用較多的時(shí)間。

      圖13和圖14分別給出了并行核數(shù)為64、256、1024和4096四種情況下密度和殘差的收斂曲線,隨著并行核數(shù)的增加,除256核外其它并行規(guī)模下殘差收斂速度基本一致。

      圖11 加速比隨計(jì)算核數(shù)變化Fig.11 Speed up versus processors

      圖12 并行效率隨計(jì)算核數(shù)變化Fig.12 Efficiency versus processors

      圖13 密度殘差收斂曲線Fig.13 Convergence history of density residual

      圖14 能量殘差收斂曲線Fig.14 Convergence history of energy residual

      3.2 大規(guī)模并行效率測(cè)試

      用于并行效率測(cè)試的模型為運(yùn)輸機(jī)繞流模擬,網(wǎng)格單元總數(shù)約為1.2億。64個(gè)并行分區(qū)后的表面網(wǎng)格如圖15所示,由飛機(jī)頭部和翼梢局部放大圖可以看出,計(jì)算網(wǎng)格很密,其有利于準(zhǔn)確模擬飛行阻力。來流條件為:飛行速度V=300 m/s,飛行高度H=11 km,側(cè)滑角β= 0°,迎角α= 2.0°。

      圖15 運(yùn)輸機(jī)構(gòu)型并行分區(qū)后的表面網(wǎng)格Fig.15 Partitioned surface grid for transport aircraft

      為了增加可靠性,效率測(cè)試每步計(jì)算時(shí)間是取迭代200步的平均時(shí)間。由于網(wǎng)格量大,單核計(jì)算時(shí)間太長(zhǎng),因此并行加速比S和效率E測(cè)試都是以64核為基準(zhǔn)。

      并行加速比隨并行核數(shù)增加變化曲線如圖16所示,可以看出,該解算器并行性能很好,加速比為線性甚至超線性。出現(xiàn)超線性的原因主要有:a) 非結(jié)構(gòu)網(wǎng)格沒有拓?fù)湎拗?,采用Metis并行分區(qū)后容易達(dá)到很高的負(fù)載平衡性能;b) 在分布式并行系統(tǒng)中,每個(gè)計(jì)算進(jìn)程擁有其單獨(dú)的緩存。隨著并行規(guī)模增加,緩存總量增加,因此每個(gè)核擁有的緩存增加,提高了緩存命中率;c) 當(dāng)并行規(guī)模增加后,每個(gè)核網(wǎng)格量減小,需要的內(nèi)存等資源減少,有利于提高并行系統(tǒng)的性能。

      圖16 加速比隨計(jì)算核數(shù)變化Fig.16 Speed up versus processors

      并行效率隨并行規(guī)模增加變化曲線如圖17所示,可以看出,由于加速比性能優(yōu)越,在并行核數(shù)小于14336時(shí),并行效率都在100%以上,直到18816核,并行效率都保持在80%以上。

      圖17 并行效率隨計(jì)算核數(shù)變化Fig.17 Efficiency versus processors

      圖18給出了并行效率與每核網(wǎng)格單元數(shù)的關(guān)系,當(dāng)網(wǎng)格單元數(shù)太少,并行數(shù)據(jù)交換耗費(fèi)的時(shí)間相比迭代計(jì)算時(shí)間不再是小量時(shí),并行效率隨網(wǎng)格單元數(shù)減少快速下降。不同的數(shù)值格式和并行實(shí)現(xiàn)下降的拐點(diǎn)不同,本文在每核網(wǎng)格單元數(shù)大于1萬時(shí),都能保持很高的并行效率。

      圖18 并行效率隨每核網(wǎng)格單元數(shù)變化Fig.18 Efficiency versus numbers of grid elements

      4 結(jié) 論

      本文發(fā)展了基于分布式并行系統(tǒng)的大規(guī)模流動(dòng)模擬方法,包括離散控制方程的緊致型數(shù)值格式、基于Metis的網(wǎng)格分區(qū)技術(shù)和并行邊界處理及虛擬單元技術(shù)等。數(shù)值結(jié)果表明,軟件并行計(jì)算與串行計(jì)算結(jié)果一致,并行效率高。

      與串行計(jì)算相比,并行計(jì)算流動(dòng)收斂過程有小量的差別,但收斂數(shù)值在合理的誤差范圍內(nèi)一致。在一定的并行核數(shù)范圍內(nèi),表現(xiàn)出超線性的加速比特性。由于加速比性能好,所有的測(cè)試算例都具有很高的并行效率。另外,要保證有較高的并行效率,每核網(wǎng)格單元數(shù)不能太少。

      總之,本文方法能有效地計(jì)算復(fù)雜飛行器構(gòu)型的氣動(dòng)性能,并可充分利用大規(guī)模并行計(jì)算減少流動(dòng)模擬時(shí)間和提高計(jì)算效率。

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