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      QF-PCR對(duì)孕婦SMN1基因篩查并應(yīng)用于產(chǎn)前診斷

      2019-05-05 06:31:42任晨春郭東花梁玥宏王文靖田秀英崔洪艷陳成彬王玲紅楊微微張海霞李曉旭
      關(guān)鍵詞:攜帶者雜合基因型

      任晨春,郭東花,梁玥宏,王文靖,田秀英,崔洪艷,陳成彬,王玲紅,楊微微,張海霞,李曉旭

      脊肌萎縮癥(spinal muscular atrophy,SMA)作為最常見(jiàn)的一種常染色體隱性遺傳的致死性神經(jīng)、肌肉疾病,以發(fā)展性、成對(duì)稱(chēng)性的肌肉無(wú)力和萎縮作為主要的臨床特點(diǎn),近側(cè)端肌肉受累嚴(yán)重于遠(yuǎn)端肌肉,下肢肌肉累及較上肢嚴(yán)重[1-3]。在常染色體隱性疾病中,SMA作為最為常見(jiàn)的致死性疾病之一,在新生兒中的發(fā)病率高達(dá)1/10 000~1/6 000,且人群致病基因的攜帶水平約為1/60~1/40[4-5]。據(jù)報(bào)道,我國(guó)SMA攜帶水平在不同檢測(cè)人群中也存在差異,約在1/72~1/39之間[6-10]。患兒家庭一般沒(méi)有此類(lèi)疾病的患者,所以患兒一經(jīng)出生就給家庭和社會(huì)帶來(lái)沉重的精神負(fù)擔(dān)和經(jīng)濟(jì)負(fù)擔(dān)。在超過(guò)95%的SMA患者中,存在SMN1基因的純合性缺失[11],以SMN1的第7和第8外顯子(exon7、8,E7、E8)同時(shí)缺失或僅有SMN1 E7缺失為其具體表現(xiàn),約5%的患者是由SMN1發(fā)生其他微小突變后雜合缺失引起。研究表明,造成SMA的首要原因是SMN1基因的缺失,因此檢測(cè)SMN1基因的缺失成為SMA分子檢測(cè)的首選方法[12]。本研究對(duì)孕婦進(jìn)行SMA無(wú)癥狀攜帶者的篩查,對(duì)篩查陽(yáng)性孕婦的胎兒進(jìn)行產(chǎn)前診斷,尋求篩查和診斷SMA胎兒的新途徑,預(yù)防SMA患兒的出生。

      1 對(duì)象與方法

      1.1 研究對(duì)象選擇2014年12月—2017年10月就診于天津市中心婦產(chǎn)科醫(yī)院產(chǎn)科門(mén)診、接受常規(guī)產(chǎn)前檢查孕中期孕婦162例作為研究對(duì)象。年齡22~34歲,平均年齡(28.8±2.6)歲;孕周 16~18 周,平均(17.2±0.3)周。夫婦雙方均體健,無(wú)SMA相關(guān)臨床表現(xiàn)。夫婦雙方簽署知情同意書(shū)。

      1.2 方法

      1.2.1 外周血DNA的提取 取孕婦乙二胺四乙酸(EDTA)抗凝外周血4 mL,利用離心柱法提取DNA,用分光光度儀測(cè)定DNA模板質(zhì)量,-20℃保存以防DNA降解。

      1.2.2 熒光定量聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)法(QF-PCR)進(jìn)行SMN1 E7和E8測(cè)定 依據(jù)孟英韜等[13]的設(shè)計(jì)方案,針對(duì)SMN1和SMN2高度相似存在反向重復(fù)且僅有的5個(gè)特異性堿基差異的特點(diǎn),設(shè)計(jì)出2種特異性引物分別為應(yīng)用于檢測(cè)存在于SMN1和SMN2第6內(nèi)含子到第7內(nèi)含子之間的4個(gè)堿基差異的引物1和應(yīng)用于檢測(cè)位于E8堿基差異的引物2。引物序列如下:引物1,上游5’-AGACTATCAACTTAATTTCTGATC-3’,下游 5’-CTGGTCTGCCTACTAGATAT-3’;引物 2,上游 5’-GTAATAACCAATGCATGTGAA-3’,下游 5’-CTACAACACCCTTCTCACAG-3’。

      PCR反應(yīng)條件為95℃預(yù)變性10 min,40個(gè)循環(huán)(以95℃變性15 s、58℃退火60 s為每個(gè)循環(huán)條件)。選擇羧基熒光素(FAM)通道和綠色熒光蛋白(VIC)通道用于信號(hào)采集。PCR反應(yīng)后數(shù)據(jù)處理,ΔCT的計(jì)算方法:ΔCT=CT_FAM-CT_VIC,ΔΔCT=ΔCT_Sample-ΔCT_Standard(樣本 ΔCT減去 3個(gè)標(biāo)準(zhǔn)品ΔCT的平均值)。

      SMN1 E7數(shù)據(jù)結(jié)果判讀依據(jù):E7ΔΔCT≤-0.55為未檢出SMN1 E7缺失;-0.55<E7ΔΔCT≤-0.45為臨界值;-0.45<E7ΔΔCT≤0.45 為 SMN1 E7 雜合缺失型;0.45<E7ΔΔCT≤0.80為臨界值;0.8<E7ΔΔCT為 SMN1 E7純合缺失型。SMN1 E8數(shù)據(jù)結(jié)果判讀依據(jù):E8ΔΔCT≤-0.55為未檢出SMN1 E8缺失;-0.55<E8ΔΔCT ≤-0.45為臨界值;-0.45<E8ΔΔCT≤0.45為 SMN1 E8雜合缺失型;0.45<E8ΔΔCT≤1.5為臨界值;1.5<E8ΔΔCT為SMN1 E8純合缺失型。

      1.2.3 對(duì)篩查陽(yáng)性攜帶者孕婦配偶進(jìn)行SMN1 E7、E8檢測(cè)對(duì)經(jīng)QF-PCR篩查,基因型為SMN1 E7雜合缺失伴或不伴E8缺失孕婦定為陽(yáng)性攜帶者,對(duì)其配偶進(jìn)行SMN1 E7及E8檢測(cè)。

      1.2.4 采用QF-PCR對(duì)羊水標(biāo)本進(jìn)行SMN1缺失測(cè)定 對(duì)夫婦雙方均為陽(yáng)性攜帶者的孕婦進(jìn)行羊水穿刺,抽取羊水10 mL,采用常規(guī)方法提取胎兒羊水DNA,采用QF-PCR對(duì)DNA模板SMN1 E7、E8缺失情況進(jìn)行診斷。同時(shí)采用多重連接探針擴(kuò)增技術(shù)(MLPA)對(duì)胎兒的基因缺失情況進(jìn)行驗(yàn)證(本部分實(shí)驗(yàn)由金域醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)所檢測(cè))。

      2 結(jié)果

      2.1 DNA提取的質(zhì)量用離心柱法提取外周血DNA,濃度為 22.7~61.4 ng/μL,平均(36.8±12.1)ng/μL,OD260/OD280 在 1.75~1.89 之間。

      2.2 QF-PCR對(duì)孕中期孕婦外周血DNA檢測(cè)結(jié)果在162例孕婦中不存在SMN1 E7、E8同時(shí)純合缺失情況。SMN1 E7雜合缺失6例,參照SMN1 E8的檢測(cè)情況,這6例E7雜合缺失病例中孕婦編號(hào)分別為No.81、No.128、No.130的3例表現(xiàn)為合并E8雜合缺失,孕婦編號(hào)分別為No.18、No.89、No.91未發(fā)現(xiàn)E8缺失。故162例孕婦共檢測(cè)出6例SMA致病基因攜帶者,攜帶者占樣本總?cè)藬?shù)的3.70%(6/162)。在6例攜帶者中,編號(hào)為No.128和No.130的孕婦配偶同樣為SMN1缺失的陽(yáng)性攜帶者,E7和E8都表現(xiàn)為雜合缺失。編號(hào)為No.18、No.81、No.89和No.91的4例孕婦配偶全部表現(xiàn)E7、E8正常型。孕婦中陽(yáng)性攜帶者以及其配偶的基因型檢出結(jié)果見(jiàn)表1。No.89孕婦的QF-PCR曲線(xiàn)圖見(jiàn)圖1。

      對(duì)父母均為SMN1 E7雜合缺失的高危胎兒DNA采用QF-PCR進(jìn)行基因診斷,顯示2名胎兒中No.128孕婦胎兒為純合型患者(即SMN1 E7、E8均顯示為純合缺失),No.130孕婦胎兒基因型表現(xiàn)為與父母相同的SMN1 E7雜合缺失同時(shí)伴E8雜合缺失(即SMA致病基因攜帶者)。對(duì)上述2名胎兒同時(shí)采用MLPA方法進(jìn)行胎兒基因型的驗(yàn)證,結(jié)果表明2名胎兒中No.128孕婦家庭的胎兒基因型為SMN1 E7、E8均為純合缺失;No.130孕婦家庭的胎兒的基因型為SMN1 E7、E8均雜合缺失,其MLPA結(jié)果見(jiàn)圖2。兩種方法結(jié)果一致。

      3 討論

      我國(guó)是出生缺陷高發(fā)國(guó)家,據(jù)2017年衛(wèi)生部統(tǒng)計(jì),我國(guó)每年出生缺陷率高達(dá)5.6%,其中單基因遺傳病占出生缺陷的22.3%,是嬰兒致死致殘的重要原因。因此對(duì)單基因遺傳病攜帶者的產(chǎn)前篩查及診斷具有重要的意義。SMA作為一種常見(jiàn)的常染色體隱性遺傳病,給患兒家庭帶來(lái)極其嚴(yán)重的經(jīng)濟(jì)和精神負(fù)擔(dān)。本研究對(duì)162例孕婦進(jìn)行SMN1缺失檢測(cè),發(fā)現(xiàn)SMN1缺失的攜帶率約為1/27,高于文獻(xiàn)報(bào)道的1/72~1/39[6-10],可能與檢測(cè)樣本量有限有關(guān),也可能與天津地區(qū)高攜帶率有關(guān),故對(duì)于天津地區(qū)的人群攜帶率需要進(jìn)一步增加樣本量進(jìn)行研究。

      表1 篩查SMA攜帶者及其配偶的基因型表現(xiàn)

      SMN1基因缺失是造成SMA的主要原因,對(duì)SMN1缺失的檢測(cè)方法主要有聚合酶鏈?zhǔn)较拗菩云伍L(zhǎng)度多態(tài)性分析技術(shù)(PCR-RFLP)、PCR結(jié)合變性高效液相色譜技術(shù)(PCR-DHPLC)和MLPA等。PCR-RFLP方法雖較為簡(jiǎn)單易行,但對(duì)檢測(cè)SMN1雜合缺失尚存在局限性,僅能對(duì)SMN1基因純合缺失的SMA患兒進(jìn)行分子診斷[14],因而不能應(yīng)用于人群中進(jìn)行SMA致病基因攜帶者的篩查;PCRDHPLC存在實(shí)驗(yàn)引物設(shè)計(jì)較為復(fù)雜、實(shí)驗(yàn)背景受重復(fù)片段干擾較大、結(jié)果判讀困難等缺點(diǎn),并且對(duì)實(shí)驗(yàn)檢測(cè)條件要求高。MLPA技術(shù)是目前檢測(cè)SMN1基因缺失的金標(biāo)準(zhǔn),有準(zhǔn)確度高、特異性強(qiáng)等優(yōu)點(diǎn)[15],不僅能檢出SMN1基因的純合缺失,還可對(duì)SMN1基因拷貝數(shù)進(jìn)行定量分析[16],但對(duì)DNA樣本質(zhì)量要求高、實(shí)驗(yàn)耗費(fèi)時(shí)間較長(zhǎng)、實(shí)驗(yàn)結(jié)果判讀相對(duì)復(fù)雜,商品化試劑價(jià)格也相對(duì)高昂[6],暫難以作為篩查方式在基層衛(wèi)生機(jī)構(gòu)及大規(guī)模人群中普及。QF-PCR因其簡(jiǎn)便、快速等優(yōu)點(diǎn)成為檢測(cè)基因缺失的又一重要方法,本課題組曾對(duì)5個(gè)SMA家系分別采用QFPCR和MLPA方法檢測(cè)SMN1基因缺失情況,兩種方法結(jié)果一致。本研究應(yīng)用QF-PCR法對(duì)孕中期婦女SMN1 E7、E8的缺失情況進(jìn)行篩查,在保持QFPCR法檢測(cè)本身的成本低廉、實(shí)驗(yàn)快速準(zhǔn)確、操作步驟簡(jiǎn)便、實(shí)驗(yàn)流程不易被污染、可對(duì)反應(yīng)進(jìn)行實(shí)時(shí)監(jiān)控、結(jié)果判讀較為直觀等傳統(tǒng)優(yōu)勢(shì)的同時(shí)[17],依靠其完備的實(shí)驗(yàn)方案以及詳盡的數(shù)據(jù)解讀方法,使實(shí)驗(yàn)試劑各異、操作平臺(tái)不同、實(shí)驗(yàn)優(yōu)化不同等因素造成實(shí)驗(yàn)重復(fù)性差、實(shí)驗(yàn)結(jié)果難以通用識(shí)別的缺點(diǎn)得到基本克服,但本研究樣本有限,我們將通過(guò)增加病例的數(shù)量以進(jìn)一步研究該方法的敏感度和特異度,評(píng)估在人群中篩查的價(jià)值以及對(duì)產(chǎn)前診斷SMA胎兒的意義。該方法的局限性在于只能檢測(cè)基因的缺失,對(duì)有SMN1基因突變的攜帶者無(wú)法識(shí)別,故對(duì)有SMA家族史的孕婦應(yīng)采用QF-PCR法以及基因測(cè)序的方法聯(lián)合篩查效果更好。

      圖1 No.89孕婦SMN1基因E7和E8的PCR曲線(xiàn)

      圖2 No.130孕婦胎兒MLPA圖

      本研究建立了SMA攜帶者篩查及對(duì)夫婦雙方攜帶者家庭進(jìn)行產(chǎn)前診斷的流程,采用QF-PCR方法先對(duì)孕婦SMN1 E7、E8的缺失情況進(jìn)行篩查。對(duì)篩查出陽(yáng)性的孕婦定義為攜帶者,然后對(duì)其配偶進(jìn)行SMN1 E7、E8的檢測(cè),若其配偶是陰性的,征詢(xún)父母的意見(jiàn)是否做產(chǎn)前診斷,對(duì)出生后的嬰兒進(jìn)行隨訪(fǎng)。若其配偶是陽(yáng)性的定義為夫婦雙攜帶者,對(duì)其胎兒進(jìn)行羊水穿刺,采用QF-PCR方法診斷胎兒的基因型。本研究162例孕婦共篩查出6例SMA攜帶者,攜帶者占樣本總?cè)藬?shù)的3.70%,對(duì)其配偶進(jìn)行檢測(cè),有2例為夫婦雙攜帶者。對(duì)這2例胎兒進(jìn)行產(chǎn)前診斷,1例為純合缺失,診斷為SMA患者,經(jīng)遺傳咨詢(xún)父母決定終止妊娠。另1例診斷為攜帶者,經(jīng)遺傳咨詢(xún)父母決定繼續(xù)妊娠,孕婦于孕39周順產(chǎn),對(duì)嬰兒進(jìn)行體格檢查未見(jiàn)明顯異常。由此可見(jiàn),采用規(guī)范的產(chǎn)前篩查及診斷流程對(duì)于SMA攜帶者夫婦做出適當(dāng)?shù)倪x擇以及減少SMA患兒的出生都具有重要的意義。

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