北京大學(xué)醫(yī)學(xué)部創(chuàng)建于1912年，初創(chuàng)時(shí)名稱為“國(guó)立北京醫(yī)學(xué)專門學(xué)?！?，1923年改稱“國(guó)立北京醫(yī)科大學(xué)?！?，1927年與北京大學(xué)等八校合并為“京師大學(xué)?！?，此后校名幾經(jīng)更迭。1952年，全國(guó)進(jìn)行院系調(diào)整，北京大學(xué)醫(yī)學(xué)院脫離北京大學(xué)獨(dú)立建院，改稱“北京醫(yī)學(xué)院”。

自1955年后，學(xué)校開始招收培養(yǎng)研究生，此后科研成果日益增多，遂于1959年1月創(chuàng)辦了《北京醫(yī)學(xué)院學(xué)報(bào)》，為季刊。后因文革開始，于1966年第2期后?？?。為使我?？蒲谐晒靡约皶r(shí)報(bào)道，70年代初期，學(xué)校曾出版了不定期綜合性刊物《北醫(yī)通訊》進(jìn)行內(nèi)部交流，先后陸續(xù)報(bào)道了一些創(chuàng)新性研究，如“針刺陣痛原理研究”“抗生素臨床藥理研究”“成功搶救重度燒傷工人王世芬”及“干板照相診斷乳腺癌”等。

1973年底，國(guó)務(wù)院科教組(現(xiàn)教育部)決定9所重點(diǎn)高校(北京大學(xué)、清華大學(xué)、復(fù)旦大學(xué)、北京師范大學(xué)、北京醫(yī)學(xué)院等)首先復(fù)刊學(xué)報(bào)，我校學(xué)報(bào)于1974年第一季度率先復(fù)刊，仍為季刊。1979年始，學(xué)報(bào)堅(jiān)持以提高為主的辦刊宗旨，強(qiáng)調(diào)內(nèi)容的學(xué)術(shù)性，將創(chuàng)造性和嚴(yán)格嚴(yán)謹(jǐn)?shù)膶W(xué)風(fēng)融于辦刊過程中。

1985年5月，北京醫(yī)學(xué)院更名為北京醫(yī)科大學(xué)，同年，學(xué)報(bào)隨學(xué)校更名，改稱《北京醫(yī)科大學(xué)學(xué)報(bào)》， 為使大量的醫(yī)教研成果得以及時(shí)報(bào)道，1987年9月，學(xué)報(bào)改為雙月刊。

2000年4月，北京大學(xué)與北京醫(yī)科大學(xué)合并，學(xué)報(bào)也于2001年隨學(xué)校再度更名為《北京大學(xué)學(xué)報(bào)(醫(yī)學(xué)版)》。