陳純陽,張宸寧,史愛瑩,杜欣軍*,王 碩*
(省部共建食品營養(yǎng)與發(fā)全國家重點實驗室,天津科技大學食品科學與工程學院,天津 300457)
阪崎克羅諾桿菌[1-2]屬于腸桿菌科克羅諾桿菌屬,是一種無芽孢有周生鞭毛、能運動、兼性厭氧的革蘭氏陰性菌。該菌廣泛分布于自然界中,現(xiàn)已從嬰幼兒配方食品、肉制品、水果蔬菜、谷物等食品內(nèi)分離出該菌[3-7]。阪崎克羅諾桿菌是一種成人食源性條件致病菌,但卻是嬰幼兒配方奶粉的A類致病菌,它會導致不同年齡段人群感染,特別是對新生兒和免疫功能不全人群,危害嚴重,可致感染者發(fā)生壞死性小腸結(jié)腸炎、腦膜炎、敗血癥等疾病[8-9]。因此,開發(fā)一種快速靈敏的阪崎克羅諾桿菌鑒定技術(shù)對于預防與控制該致病菌危害具有重要的實際意義。
目前,對于該致病菌的檢測方法主要有傳統(tǒng)生化分析和以分子生物學方法[10]為代表的許多其他方法。傳統(tǒng)的檢測分離阪崎克羅諾桿菌的方法,依賴其生理生化特性,國際上通常使用美國食品藥品監(jiān)督管理局(Food and Drug Administration,F(xiàn)DA)建立的嬰幼兒配方奶粉中阪崎克羅諾桿菌的分離計數(shù)方法[11]。我國在也制定了GB 4789.40—2016《食品微生物學檢驗 克羅諾桿菌屬(阪崎腸桿菌)檢驗》[12],規(guī)范了阪崎克羅諾桿菌的檢測。但是傳統(tǒng)檢測方法費時費力,需要長達5 d才能獲得結(jié)果?;诰酆厦告準椒磻╬olymerase chain reaction,PCR)的分子生物學方法已經(jīng)應用于微生物的檢測。然而,PCR分析需要昂貴的設備與專業(yè)的操作人員,因此不適合在經(jīng)濟不發(fā)達地區(qū)和基層地區(qū)進行廣泛的應用和推廣[13-14]。鑒于PCR技術(shù)的局限性,近年來,等溫核酸擴增技術(shù)快速發(fā)展,例如環(huán)介導等溫擴增(loop-meditated isothermal amplification,LAMP)、滾環(huán)等溫擴增(rolling circle amplification,RCA)和重組酶聚合酶等溫擴增(recombinase polymerase amplification,RPA)等[15-16]。RPA是由多種酶參與,在恒定溫度下實現(xiàn)核酸指數(shù)擴增的新技術(shù)[17]。與其他等溫擴增技術(shù)相比,RPA優(yōu)勢在于靈敏度高、特異性強、所需溫度低、擴增時間短,因此更適合于現(xiàn)場檢測[18-19]。目前,RPA已經(jīng)用于多種病原體的檢測[20-22],其操作方法簡便,反應20 min內(nèi)就可以產(chǎn)生檢測水平的擴增產(chǎn)物。擴增產(chǎn)物的檢測通??捎秒娪痉椒ǎ请娪静僮鲝碗s、時間長、需要設備多,僅適合實驗室內(nèi)使用。而免疫層析試紙條(lateral fl ow strip,LF)分析只需5 min即可完成目標物的分析,且無需任何特殊設備,通過肉眼就可以觀察結(jié)果,是一種高效的核酸擴增產(chǎn)物檢測方法[23]。在試紙條檢測方法中,金納米粒子是應用最廣泛的標記材料[24],與其他材料相比具有信號強、穩(wěn)定性高、便于制備等優(yōu)勢。
本研究將RPA技術(shù)和LF技術(shù)相結(jié)合,建立了一種阪崎克羅諾桿菌快速檢測方法(RPA-LF)。等溫擴增與產(chǎn)物檢測步驟可以在20 min內(nèi)完成,且具有較高的靈敏度和特異性,可用于阪崎克羅諾桿菌的快速檢測。本研究旨在為食源性致病菌的快速檢測提供技術(shù)支持。
實驗采用阪崎克羅諾桿菌、大腸埃希氏菌、沙門氏菌、金黃色葡萄球菌等常見食源性致病菌共21 株菌株見表1。
表1 實驗菌株Table 1 Strains used in this study
LB肉湯培養(yǎng)基、PCA培養(yǎng)基 英國Oxoid公司;阪崎顯色培養(yǎng)基、改良月桂基硫酸鹽胰蛋白胨肉湯-萬古霉素培養(yǎng)基 青島海博生物公司;緩沖蛋白胨水北京路橋技術(shù)有限公司;RPA試劑盒 英國TwistDX公司;DNA提取試劑盒 北京天根生物有限公司;氯金酸、檸檬酸三鈉、牛血清白蛋白、PEG2000、吐溫20、鏈霉親和素 美國Sigma公司;鼠抗地高辛單克隆抗體 美國Abcam公司;塑料背襯、樣品墊、吸回墊上海金標生物科技有限公司;硝酸纖維素(nitrocellulose,NC)膜 美國Millipore公司。
電熱恒溫培養(yǎng)箱 美國Thermo公司;電熱恒溫水浴鍋 天津歐諾儀器儀表有限公司;電泳儀、凝膠成像儀 美國Bio-Rad公司;磁力攪拌器 德國IKA公司;雙維往復式劃膜儀 上海金標生物科技有限公司;真空干燥箱 天津三水儀器有限公司。
1.3.1 菌株模板的制備
將菌種于-80 ℃取出置于冰盒上,取100 μL加入10 mL LB液體培養(yǎng)基中,37 ℃、200 r/min過夜培養(yǎng)。次日取出,按照細菌基因組DNA提取試劑盒說明書提取細菌DNA,DNA于-20 ℃保存?zhèn)溆谩?/p>
1.3.2 引物設計
從NCBI GenBank獲得阪崎克羅諾桿菌ompA序列[25],應用Primer 5.0設計特異性引物。正方引物標記地高辛,反方引物標記生物素,引物由蘇州金唯智公司合成,詳見表2。
1.3.3 膠體金試紙條制備
1.3.3.1 膠體金標記抗體的制備
制備直徑約為20 nm的膠體金顆粒[26],并用紫外-可見光度計對其進行質(zhì)量鑒定。取1 mL膠體金,用K2CO3調(diào)節(jié)膠體金的pH 8.5,再加入10 μL的鼠抗地高辛單克隆抗體,4 ℃孵育1 h后,加入20 μL 20% BSA溶液和10 μL 20%的PEG20000,混合均勻后繼續(xù)于4 ℃孵育30 min。金標抗體純化后加入200 μL的金標工作液重懸,并將金標抗體平鋪到結(jié)合墊上,真空干燥過夜。
1.3.3.2 膠體金試紙條的制備
膠體金LF樣品墊、結(jié)合墊、NC膜、背板和吸水紙組成。樣品墊和結(jié)合墊由玻璃纖維組成,金標抗體均勻涂布在結(jié)合墊上作為金標墊,37 ℃真空干燥過夜。鏈霉親和素和羊抗鼠二抗分別利用劃膜儀劃至NC膜上作為T線和C線,37 ℃干燥過夜。按順序?qū)悠穳|、金標墊、NC膜和吸水紙4 個部分貼在背板上,用切條機切割成試紙條,密封保存?zhèn)溆谩PA-LF試紙條結(jié)構(gòu)及檢測原理如圖1所示。
圖1 RPA-LF檢測原理圖Fig. 1 Schematic diagram of RPA-LF
1.3.4 RPA優(yōu)化
1.3.4.1 反應溫度的優(yōu)化
RPA反應液配制:加入2.4 μL正反方引物(10 μmol/L),反應試劑29.5 μL,2 μL DNA模板和11.2 μL去離子水,迅速振蕩混勻,再方管中加入酶,振蕩混勻,最后加入2.5 μL醋酸鎂,充分混勻。將RPA反應液在不同溫度(30、38、40、42、45 ℃)水浴鍋中進行反應,用試紙條進行檢測得出最適擴增溫度。
1.3.4.2 反應時間的優(yōu)化
將反應時間依次設定為5、10、15、20 min和30 min,根據(jù)試紙條結(jié)果得出最佳反應時間。
1.3.5 膠體金試紙條的優(yōu)化
1.3.5.1 NC膜的選擇
選用Milipore HF 90 s、Milipore HF 135 s和Milipore HF 180 s三種類型的NC膜制備試紙條,根據(jù)顯色情況選擇最佳的NC膜型號。
1.3.5.2 樣品展開液的優(yōu)化
分別選用0.01 mol/L磷酸緩沖鹽溶液(phosphate buffer saline,PBS)(pH 8.5),0.01 mol/L磷酸鹽-吐溫緩沖液(phosphate buffered solution-tween,PBST)(pH 8.5),0.01 mol/L PBST(pH 7.4)和蒸餾水4 種溶液作為樣品展開液,取10 μLRPA產(chǎn)物與分別與90 μL 4 種緩沖液充分混合均勻,將100 μL上樣液體滴加在試紙條加樣孔上,根據(jù)顯色結(jié)果,選擇最適樣品展開液。
1.3.6 膠體金試紙條檢測
1.3.6.1 靈敏度檢測
取100 μL阪崎克羅諾桿菌加入10 mL LB培養(yǎng)液中,37 ℃、200 r/min搖床培養(yǎng)4 h,使OD值達到0.7左右。菌液用PBS溶液1∶10梯度稀釋,稀釋后的菌液分成兩部分,一部分進行平板計數(shù),另一部分使用水煮法提取基因組DNA。提取步驟如下:取1 mL菌液置于99 ℃水浴鍋中裂解15 min,立刻置于冰上冷卻10 min后10 000 r/min離心5 min,取上清液即為DNA。用RPA最佳體系進行擴增,擴增后100 μL混合物滴加在試紙條樣品孔中,室溫靜置5 min后觀察結(jié)果。將RPA產(chǎn)物用瓊脂糖凝膠電泳(agarose gel electrohoreis,AGE)檢測,比較RPA-AGE和RPA-LF的靈敏度。
1.3.6.2 特異性檢測
使用15 株阪崎克羅諾桿菌和6 株非克羅諾桿菌驗證RPA-LF方法的特異性,使用RPA方法擴增不同菌株DNA,擴增后100 μL混合物滴加在試紙條樣品孔中,室溫靜置5 min后觀察結(jié)果。
1.3.7 模擬(增菌)樣品檢測
從當?shù)爻匈徺I嬰幼兒配方奶粉、嬰幼兒配方羊奶粉、嬰幼兒米粉和牛肉作為實際樣品進行檢測,分別稱取25 g方其中分別添加梯度稀釋的阪崎克羅諾桿菌純菌液。將人工污染阪崎克羅諾桿菌的樣品加入到225 mL LB培養(yǎng)基中,37 ℃培養(yǎng)0、2、4、6 h后采集培養(yǎng)物,用水煮法提取基因組DNA作為模板,用RPA最佳體系進行擴增,擴增結(jié)束后將100 μL混合物加到試紙條樣品孔中,5 min后觀察結(jié)果。所有樣品同時利用GB/T 4789.40—2016方法進行檢測。
1.3.8 實際樣品檢測
利用市售及天津市檢驗機構(gòu)提供的嬰幼兒配方奶粉、全脂奶粉、脫脂奶粉等20 種實際樣品,每份取25 g,加入到225 mL LB培養(yǎng)基中混勻,37 ℃培養(yǎng)4 h后提取DNA,進行RPA-LF檢測。所有樣品同時利用GB/T 4789.40—2016方法進行檢測。
2.1.1 反應溫度優(yōu)化
在不同溫度條件下應用RPA、以試紙條進行檢測,結(jié)果表明RPA在30~45 ℃均可以擴增阪崎克羅諾桿菌,且檢測線顏色深淺與溫度有關(guān),由于酶處于最佳反應溫度時,擴增效率最高,試紙條檢測線部位顏色最深,因此選取45 ℃為后續(xù)實驗最佳反應溫度,見圖2。
圖2 RPA反應溫度優(yōu)化Fig. 2 Optimization of amplification temperature for detection of C. sakazakii
2.1.2 反應時間優(yōu)化
在45 ℃進行不同時間的擴增,結(jié)果顯示擴增5 min后即可出現(xiàn)檢測線(圖3),并且隨著反應時間的延長,檢測線顏色加深。但隨著擴增時間的延長,引物二聚體產(chǎn)生的非特異性擴增的幾率增加,為保證實驗準確性、穩(wěn)定性和快速性,選取15 min作為最佳擴增時間。
圖3 RPA反應時間優(yōu)化Fig. 3 Optimization of incubation time for detection of C. sakazakii
2.2.1 樣品展開液的優(yōu)化
展開液由于成分不同,所含離子不同,會影響金標抗體的流動性和顯色情況,實驗中使用PBS(pH 8.5)、PBST(pH 7.4)、PBST(pH 8.5)和蒸餾水4 種溶液進行比較。結(jié)果顯示PBS和蒸餾水的檢測線顏色顯示效果較好,pH值為7.4和8.5的PBST檢測線較淺(圖4),而在上樣過程中蒸餾水流動速度較慢,顯色時間較長,因此選擇PBS(pH 8.5)作為最佳樣品展開液。
圖4 樣品展開液優(yōu)化Fig. 4 Optimization of sample buffer
2.2.2 NC膜優(yōu)化
NC膜是決定結(jié)果的重要因素之一,Milipore HF 90 s、135 s和180 s三種NC膜檢測結(jié)果表明:Milipore HF 90 s孔徑最大,層析速度快,但是檢測線條帶顏色較淺;Milipore HF 180 s層析速度慢,檢測時間過長;Milipore HF 135 s孔徑適宜,層析速度較快,出現(xiàn)條帶顏色清晰(圖5),因此最終選擇Milipore HF 135 s NC膜。
圖5 NC膜優(yōu)化Fig. 5 Optimization of NC membrane
2.3.1 靈敏度分析
為確定RPA-LF檢測阪崎克羅諾桿菌純菌液的檢測限,將純菌液10 倍梯度稀釋,水煮法提取DNA作為RPA反應模板,同時進行RPA-AGE與RPA-LF靈敏度進行比較。RPA-LF結(jié)果顯示隨著阪崎克羅諾桿菌的濃度增加時,檢測線亮度逐漸增加,當濃度為1.7×102CFU/mL時,檢測線亮度與陰性對照仍然有明顯不同。因此,1.7×102CFU/mL為RPA-LF檢測阪崎克羅諾桿菌純菌液的檢測限。RPA-AGE結(jié)果顯示其檢測限為1.7×105CFU/mL(圖6),檢測限明顯高于RPA-LF。Ye Yingwang等[27]建立的阪崎克羅諾桿菌PCR技術(shù),檢測純菌液的靈敏度為102CFU/mL。Hu Shuangfang等[28]等建立的實時定量PCR檢測阪崎克羅諾桿菌最低純菌液濃度為1.1×102CFU/mL,表明PCR和實時定量PCR技術(shù)與本研究建立的RPA-LF檢測限處于相同水平。但是,基于PCR和實時定量PCR技術(shù)所建立的檢測方法依賴于精密的儀器設備和專業(yè)的實驗人員,而RPA-LF無需復雜的實驗儀器、實驗操作簡便,整個反應時間在20 min以內(nèi)完成,因此RPA-LF適用于現(xiàn)場快速檢測。Liu Siying等[29]建立的克羅諾桿菌RPA實時定量快速檢測方法,所得檢測限約為103CFU/mL,所需時間為15 min??梢?,RPA-LF較實時定量RPA在相同的時間內(nèi),方法檢測限更低,更適合阪崎克羅諾桿菌的快速檢測。
圖6 RPA-AGE和RPA-LF靈敏度比較Fig. 6 Comparison of the sensitivity of RPA-LF with that of RPA-AGE
2.3.2 特異性分析
選取15 株阪崎克羅諾桿菌和6 株非克羅諾桿菌,驗證RPA-LF方法的特異性。結(jié)果顯示全部的阪崎克羅諾桿菌均呈陽性,而其他菌種均只有出現(xiàn)質(zhì)控線,未出現(xiàn)檢測線,證明本實驗建立的RPA-LF對于阪崎克羅諾桿菌的具有良好的特異性(圖7)。
圖7 RPA-LF檢測阪崎克羅諾桿菌特異性Fig. 7 Specificity of the RPA-LF assay for detection of C. sakazakii
為驗證RPA-LF的實用性,選擇嬰幼兒配方奶粉、嬰幼兒配方羊奶粉、嬰幼兒米粉和牛肉為待測樣品,添加不同濃度的阪崎克羅諾桿菌,并在37 ℃增菌不同時間。提取樣品DNA后,使用RPA-LF檢測。
結(jié)果表明奶粉和羊奶粉中含有1.7×102CFU/g的阪崎克羅諾桿菌時,不增菌即可以檢出(圖8a、d);當奶粉和羊奶粉中含有1.7×101CFU/g的阪崎克羅諾桿菌時,37 ℃增菌2 h可以檢出(圖8b、e);奶粉和羊奶粉中含有1.7×100CFU/g的阪崎克羅諾桿菌時,37 ℃增菌4 h可被檢出(圖8c、f)。Li Yuanhong等[30]建立的qPCR方法檢測嬰幼兒配方奶粉中含有1.06×100CFU/g阪崎克羅諾桿菌時,需要增菌12 h才可被檢出,可見RPA-LF檢測奶粉中的阪崎克羅諾桿菌更為靈敏。
圖8 RPA-LF檢測實際樣品中克羅諾桿菌Fig. 8 RPA-LF detection of C. sakazakii in artificially contaminated food samples
當實際樣品為嬰幼兒米粉時,結(jié)果顯示米粉中含有1.7×102CFU/g阪崎克羅諾桿菌純菌液時,37 ℃培養(yǎng)1 h可以檢出(圖8g);米粉中含有1.7×101CFU/g的阪崎克羅諾桿菌時,37 ℃培養(yǎng)2 h可檢出(圖8h);當米粉中含有1.7×100CFU/g的目標菌時,37 ℃培養(yǎng)4 h可檢出(圖8i)。
當牛肉中含有1.7×102CFU/g的阪崎克羅諾桿菌時,37 ℃培養(yǎng)2 h可以檢出(圖8j);當方牛肉中含有1.7×101CFU/g的阪崎克羅諾桿菌菌液時,37 ℃培養(yǎng)4 h可以檢出(圖8k);牛肉中含有1.7×100CFU/g的菌液后,37 ℃培養(yǎng)6 h可被檢出(圖8l)。
此結(jié)果表明RPA-LF在嬰幼兒配方奶粉和米粉中檢測1.7×100CFU/g的阪崎克羅諾桿菌,包括增菌、提取DNA和檢測,最多需要5 h可以得出結(jié)果;檢測牛肉等肉制品所需時間稍長,需7 h得出結(jié)果。而Liu Siying等[29]所建立的實時定量RPA檢測嬰兒配方奶粉中的100CFU/g克羅諾桿菌,獲得檢測結(jié)果需要約8 h,證明RPA-LF檢測阪崎克羅諾桿菌更加靈敏快速,適合用于食品的快速檢測。
所有樣品同時利用GB/T 4789.40—2016方法進行阪崎克羅諾桿菌檢測,結(jié)果均為陽性,但是檢測所需時長為5 d。將RPA-LF與傳統(tǒng)檢測方法進行比較可知,二者可獲得相同的檢測結(jié)果,但RPA-LF檢測時間遠小于傳統(tǒng)檢測方法。
利用嬰幼兒配方奶粉、全脂奶粉等20 種實際樣品作為檢測對象,同時利用RPA-LF檢測和國標法檢測。結(jié)果(表3)顯示:1 種全脂奶粉和1 種嬰幼兒配方奶粉檢測結(jié)果為陽性,其余樣品均為陰性。兩種檢測方法結(jié)果一致,表明RPA-LF具有較高的檢測準確性。
表3 實際樣品檢測結(jié)果Table 3 Comparative detection of C. sakazakii in real food samples using RPA-LF and the national standard method
阪崎克羅諾桿菌作為一種食源性條件致病菌,會導致不同年齡組的人感染疾病,因此,食品中阪崎克羅諾桿菌的檢測也逐漸受到重視,尤其是嬰幼兒配方奶粉的污染嚴重威脅嬰幼兒的健康。本研究將RPA與LF相結(jié)合用于阪崎克羅諾桿菌檢測。在純培養(yǎng)的條件下,RPA-LF檢測阪崎克羅諾桿菌純菌液的檢測限為1.7×102CFU/mL,比傳統(tǒng)檢測方法、PCR和實時定量RPA檢測方法更為快速靈敏。當實際樣品污染量為1.7×100CFU/g阪崎克羅諾桿菌時,此方法可以在5 h內(nèi)對嬰幼兒配方奶粉和米粉、在7 h內(nèi)對牛肉完成檢測。利用20 種實際樣品評價RPA-LF的準確性,結(jié)果顯示RPA-LF與國家標準方法獲得一致的檢測結(jié)果。因此,本研究所建立的RPA-LF是一種簡便、快速、適合現(xiàn)場使用的阪崎克羅諾桿菌檢測方法。