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      人工智能在肺部腫瘤影像診斷中的研究進展*

      2020-01-11 12:39:25李倩劉穎張宇威葉兆祥
      中國腫瘤臨床 2020年2期
      關鍵詞:組學醫(yī)師結節(jié)

      李倩 劉穎 張宇威 葉兆祥

      在1956年美國漢諾佛鎮(zhèn)的達特茅斯會議上,人工智能(artificial intelligence,AI)的概念正式提出。此后,計算機處理醫(yī)學圖像的相關研究逐步開展。直至20 世紀80年代,計算機輔助檢測/診斷(computer-aided detection/diagnosis,CADe/CADx)研究更為深入,但當時CADe 準確度有限,僅作為醫(yī)生的輔助手段。隨著2006年深度學習概念的提出,2012年以后深度卷積網(wǎng)絡的興起及圖像處理器計算能力的提升,AI 進入快速發(fā)展期,在醫(yī)學影像學領域,尤其是在腫瘤影像中的應用越來越廣泛。AI能夠自動對圖像進行定量分析,在腫瘤的檢出、診斷等方面具有重要價值。將AI與臨床工作相結合有助于獲得更加精確的影像學評估。肺癌是世界范圍內發(fā)病率和死亡率最高的腫瘤,其早診早治是改善預后的重要途徑。AI能夠處理大批量、高維度的信息,有助于提高工作效率,降低漏診誤診率,并能避免醫(yī)師間的差異性,降低醫(yī)師的工作負擔,在肺癌診療工作中具有廣闊的應用前景。本文就AI在肺部腫瘤影像診斷中的應用進行概述。

      1 影像AI相關概念簡述

      AI 是一個由數(shù)學、計算機科學與神經科學交叉的前沿學科,旨在研究或開發(fā)模擬、延伸或擴展人類智能的計算機算法,使其能夠幫助或替代人類完成某些任務。機器學習是AI 最為重要的子集,指計算機通過算法和模型識別數(shù)據(jù)模式或構建推理方式,在非人工引導的條件下完成特定任務的方法。機器學習依據(jù)訓練方式的不同,可分為監(jiān)督學習、無監(jiān)督學習和強化學習。他們分別在醫(yī)學影像學領域發(fā)揮重要的作用。

      在2010年,Gillies 等[1]提出了影像組學概念,即將醫(yī)學影像學數(shù)據(jù)轉化為大量的定量特征,用來刻畫腫瘤的形態(tài)、大小和紋理等,并將上述特征用于腫瘤的診斷、治療等方面。在影像組學分析中,圖像分割是基礎,定量特征提取是關鍵。影像組學特征是專家通過特征工程定義的顯式特征,數(shù)學意義明確,但需要根據(jù)不同的研究目的,確定其與客觀臨床指標間的關聯(lián)。盡管有研究對影像組學特征的定義進行了標準化規(guī)范,但由于各研究團隊大多具備自主開發(fā)的影像組學特征提取程序,其在實現(xiàn)過程中代碼、近似計算以及算法細節(jié)的處理,仍可能導致輸出結果的變異[2]。影像組學的本質實際上是通過人為定義的圖像表示對影像數(shù)據(jù)進行任務驅動的再利用過程,機器學習算法主要參與后半段工作流程,扮演了“特征的學習者”角色。

      深度學習(deep learning,DL)是機器學習的一種,也稱為深度神經網(wǎng)絡學習。其由多層級聯(lián)的非線性處理單元構成,從而進行多層次特征學習。常見的深度學習模型包括卷積神經網(wǎng)絡(convolutional neural network,CNN)、深度置信網(wǎng)絡(deep belief network,DBN)和自編碼器等。在醫(yī)學影像領域,CNN最為常用,是一類包含卷積計算且具有深度結構的前饋神經網(wǎng)絡,由輸入層、卷積層、池化層、全連接層及輸出層構成。根據(jù)CNN 各層的層數(shù)和性質,將其分為不同的網(wǎng)絡拓撲結構,如AlexNet、GoogLeNet 和ResNet 等。深度學習應用于影像分析是在給定任務的條件下,由模型自主學習圖像、同時完成模式識別或推理計算,特征提取的過程是自動且任務依賴的,算法既扮演“特征的創(chuàng)造者”,又扮演“特征的學習者”。因此,人工參與的步驟極大減少,提高了分析的效率和客觀性。但深度學習中有大量的超參數(shù),超參數(shù)調優(yōu)受限于計算資源和時間;若深度學習中隱含層節(jié)點數(shù)過多,訓練時間較長;訓練數(shù)據(jù)量較少或分布不平衡時,深度學習存在過擬合的風險[3]。近年來,遷移學習的出現(xiàn)降低了機器學習對數(shù)據(jù)量的需求,實現(xiàn)了不同模型間權重參數(shù)的轉移,使模型的泛化性能有所提升,特別適合醫(yī)學圖像數(shù)據(jù)這種標簽分布不均且較難獲得充足的專家標注訓練數(shù)據(jù)的任務。

      2 AI在肺部腫瘤影像中的應用

      2.1 肺結節(jié)篩查

      肺癌篩查是降低肺癌相關死亡率的重要手段。影像醫(yī)師對肺結節(jié)的檢出耗時、耗力,而且檢出率還與病灶的位置、大小、與周圍結構的密度差異等有關。美國肺癌篩查項目研究結果顯示,基線篩查CT中有8.9%的肺癌病例漏診[4]。AI具有自動檢出肺結節(jié)的潛力,有助于提升影像醫(yī)師診斷的速度和準確度。

      CADe首先要選出所有候選結節(jié),然后對結節(jié)進行分類(結節(jié)/非結節(jié)),去除非結節(jié),降低假陽性率。候選結節(jié)的檢出要求敏感性較高,盡可能選出所有可疑結節(jié)。降低假陽性率是CADe系統(tǒng)的主要挑戰(zhàn)。肺部圖像數(shù)據(jù)庫聯(lián)盟(lung image database consortium,LIDC)提供了大量專家標注的胸部CT圖像,為肺結節(jié)研究創(chuàng)建了重要的基礎平臺,并能用于不同算法的比較,現(xiàn)已被廣泛使用。本文中,CADe 系統(tǒng)的評估均以LIDC為基礎?;谟跋窠M學的CADe采用人工定義的特征。盡管不同研究所用特征的個數(shù)、名稱各不相同,但主要基于結節(jié)的形態(tài)、密度和紋理等。既往研究[5]顯示,肺結節(jié)檢出的敏感性為82.7%~98.6%,假陽性率為1~38.8 FPs/scan,差異較大。檢出效能的提升得益于影像組學特征的不斷篩選和改進,而不同研究間出現(xiàn)的差異可能與研究中入組的結節(jié)有關。盡管數(shù)據(jù)均來源于LIDC,但不同研究所用的結節(jié)個數(shù)、種類差異較大。尤其在包含磨玻璃密度結節(jié)時,敏感性相對較低,假陽性率較高[6]?;谏疃葘W習的CADe模型無需自定義特征,而是通過自主學習得到隱含層特征,提高分類器的分類性能,目前已有多項研究應用CNN進行肺結節(jié)的檢測。Wang等[7]比較了不同的CNN結構在肺結節(jié)分類中的差異。結果顯示,AlexNet、GoogLeNet 和ResNet 在假陽性率為4 FPs/scan 時,敏感性分別為72.16%、75.25%和89.6%,基于深度殘差學習的ResNet更具優(yōu)勢。部分研究在2D CNN 的基礎上進行變化,如Setio 的多視角CNN[8],即將結節(jié)從不同視角得到的二維渲染圖作為原始訓練數(shù)據(jù),用經典、成熟的2D CNN進行訓練,最后將多視角下圖像的信息特征進行融合,得到的模型對結節(jié)的識別、分類效果較高。在假陽性率為1、4 FPs/scan的情況下,檢測靈敏度分別達到85.4%和90.1%。雖然多視角CNN已經涉及空間信息的采集,但信息量有限。Dou等[9]提出3D CNN,并將結節(jié)周圍不同范圍內的背景信息整合,建立的模型假陽性率為4 FPs/scan時,敏感性在87.9%~90.7%之間。3D CNN可以更好的獲取圖像的空間信息,但其網(wǎng)絡更為復雜,計算量更大。臨床工作中,醫(yī)師通常采用最大密度投影(maximum intensity projection,MIP)圖像進行肺結節(jié)的輔助檢出。受此啟發(fā),Zheng等[10]將MIP圖像作為輸入,敏感性進一步提高,在假陽性率為1、2 FPs/scan時,敏感性分別達到92.7%和94.2%。

      隨著CADe系統(tǒng)的不斷發(fā)展和完善,AI將在肺結節(jié)篩查中發(fā)揮重要作用。但CADe 的敏感性和特異性仍是目前限制CADe 在臨床廣泛應用的主要因素。一方面,CADe 需要提升在特殊類型結節(jié)檢出中的準確性,如貼胸膜結節(jié)、貼血管結節(jié)和磨玻璃密度結節(jié)等;另一方面,肺結節(jié)病理類型多樣,在大小、形態(tài)和密度等方面存在一定差異。因此,增加訓練集樣本量,使其包含各種類型的肺結節(jié),有助于提升CADe系統(tǒng)的性能。

      2.2 肺癌診斷

      AI 可以同時分析大量的圖像,提取多層次定量特征,不僅有助于腫瘤良惡性的診斷,還可以對肺癌的組織學分型及侵襲性進行預測,在腫瘤的精確診斷中有廣闊的應用前景。

      影像組學分析關注于具有鑒別價值的腫瘤特征并建立模型。Wang等[11]對CT圖像進行紋理分析,發(fā)現(xiàn)惰性、熵、相關性和總熵值等特征有助于鑒別肺結節(jié)良惡性;Gao 等[12]則提取了肺結節(jié)1 344 個三維紋理特征,用支持向量機建立的分類器鑒別良惡性肺結節(jié)的敏感性為98%,明顯高于3 位臨床醫(yī)師(敏感性:73%),但特異性稍低(分別為78%和83%)。深度學習的發(fā)展使CADx得到進一步提升。Sun等[13]比較了CNN、DBN、自編碼、遷移學習和影像組學方法在區(qū)分良惡性肺結節(jié)中的價值。結果顯示,CNN 優(yōu)于其他分析方法,曲線下面積(area under the curve,AUC)最高為0.899±0.018。Zhang等[14]將SE網(wǎng)絡和ResNeXt相結合,即SE-ResNeXt,兩者結合使特征的鑒別力得到極大提高,鑒別良惡性肺結節(jié)的準確性為91.67%,AUC高達0.960。

      肺癌組織病理學分類直接影響其治療方案的選擇,影像標志物具有無創(chuàng)性,探尋可靠的影像指標將為臨床工作提供重要依據(jù)。多項研究應用影像組學的方法預測肺癌病理分型,其中大部分關注于區(qū)分非小細胞肺癌的病理亞型,AUC值在0.69~0.90之間[15-19]。有研究[20]則將小細胞肺癌的病例納入研究范圍,采用靜脈期CT增強圖像,鑒別腺癌/鱗癌、腺癌/小細胞癌、鱗癌/小細胞癌的AUC值分別為0.864、0.864和0.664。另外,AI還可進一步評估肺腺癌的侵襲性,即鑒別不典型腺瘤樣增生、原位腺癌、微浸潤腺癌和浸潤性腺癌。既往研究顯示,具有預測價值的影像組學特征有熵、均勻度、最大強度等,建立的模型鑒別浸潤前病變和浸潤型腺癌的AUC值在0.85~0.95之間[21-22]。深度學習多采用3D CNN,與臨床醫(yī)師的評估結果比較顯示AI準確性高于醫(yī)師,AUC在0.712~0.880之間[23-25]。

      綜上所述,AI有助于輔助醫(yī)師,尤其是低年資醫(yī)師,提高診斷準確性。但是,不同AI方法在肺癌診斷中差異較大。深度學習在肺癌診斷中具有一定優(yōu)勢,不同方法相結合有助于進一步提升CADx系統(tǒng)的性能。目前,各項研究中的CADx僅局限于某一類鑒別診斷,其泛化和綜合能力有待進一步證實和提高。

      2.3 肺癌分期

      腫瘤分期是選擇治療方案的基礎。影像醫(yī)師在腫瘤分期中具有較大優(yōu)勢,可以同時分析多個部位、多種模態(tài)的圖像,能夠較好地確定肺癌的局部侵犯和遠處轉移,而影像組學分析僅局限于勾畫的感興趣區(qū)內。深度學習分析具有學習多種數(shù)據(jù)的潛力,但目前相關研究有限。既往對于AI在肺癌分期中作用的研究,一方面是基于原發(fā)腫瘤特征預測淋巴結轉移及遠處轉移。如肺癌原發(fā)病灶的灰度共生矩陣-簇陰影、二維高斯拉普拉斯算子濾波后的灰度值偏度、低通高通小波分解-灰度共生矩陣-相關性等特征[26-27]與肺癌的遠處轉移有關;而Cong等[28]和Yang等[29]利用術前靜脈期CT增強圖像,將原發(fā)腫瘤的影像組學特征與臨床特征相結合,預測淋巴結轉移的AUC值分別為0.911和0.871;Ferreira-Junior等[16]的研究結果與此類似,其預測M和N分期的AUC值分別為0.92和0.84;Wang等[30]則研究了腫瘤周圍1.5 cm以內的區(qū)域在預測淋巴結轉移中的價值,結果顯示,與腫瘤區(qū)域無明顯差異。另一方面,也有研究嘗試直接分析淋巴結等來鑒別良惡性。如Bayanati等[31]對肺癌患者的縱隔淋巴結進行影像組學分析發(fā)現(xiàn),將紋理特征和形態(tài)學特征相結合可以進行更為準確的N分期(AUC為0.87)。Moitra等[32]將CNN和循環(huán)神經網(wǎng)絡相結合用于非小細胞肺癌自動TNM分期,其準確性達92.91%。由此可見,AI在一定程度上可以對肺癌分期做出預測。與影像醫(yī)師相比,AI敏感性較高,但特異性較低[33]。而且,影像組學和深度學習均受CT參數(shù)值(層厚、卷積核和迭代重建等)變化的影響[34]。因此,影像學醫(yī)師在腫瘤分期中的作用仍無可替代。

      2.4 肺癌的分子學特征刻畫

      肺癌基因突變狀態(tài)不僅影響患者治療方案的選擇,如靶向治療、免疫治療等,還與患者的生存期和預后相關。因此,準確獲得腫瘤的基因組學信息尤為重要。AI 對腫瘤內部信息深度挖掘,在挖掘影像信息與分子生物學特征的關聯(lián)中可以發(fā)揮更大的作用,即影像基因組學。有研究[35]采用多中心肺癌數(shù)據(jù),發(fā)現(xiàn)影像組學特征優(yōu)于語義學特征(腫瘤的體積或最大徑),能夠預測EGFR 和KRAS 突變狀態(tài)。Yoon等[36]提出峰度、逆方差、均勻性和簇陰影等能夠鑒別ALK 融合基因陽性和ROS1/RET 融合基因陽性腫瘤。其他研究[17,19,37-38]顯示,影像組學特征預測EGFR 突變狀態(tài)的AUC 值在0.66~0.87 之間,CT 和PET 圖像的預測價值差異較小,而CT 增強圖像預測效能高于平掃圖像。Wang等[39]開發(fā)了端到端的深度學習模型,可以較好地預測EGFR 突變狀態(tài),AUC 值達0.85。Li等[40]的研究結果顯示,CNN模型優(yōu)于影像組學模型,而且CNN 與兩者的混合模型亦差異無統(tǒng)計學意義。部分學者進一步研究了EGFR 突變亞型的預測,如灰度非均一性標準化與Exon19突變有關,而最大2D 徑線與Exon21 突變有關[41]。Zhao 等[42]建立的影像組學模型鑒別Exon19 和Exon21 的AUC 值為0.68。由此可見,AI 在預測肺癌基因突變狀態(tài)中的價值還有待提高,距離臨床應用仍有較大距離。

      除上述應用領域以外,AI還可利用肺癌治療前、治療中或治療后的圖像預測治療效果、復發(fā)及生存期等,在肺癌隨訪評估中也有重要作用。

      3 AI應用挑戰(zhàn)和展望

      隨著成像設備和軟件的不斷發(fā)展,影像信息更為豐富、細致和詳實,影像學在臨床工作中的作用越來越顯著,同時也給影像醫(yī)師帶來很大挑戰(zhàn)。AI 的發(fā)展為影像信息的解讀帶來了新的希望,在腫瘤檢出、診斷等方面顯示出較大的優(yōu)勢和前景。目前,已有部分AI 軟件試應用于臨床,但均需影像醫(yī)師進行再次解讀和分析,某種程度上反而增加了醫(yī)師的工作量,其根本原因還在于AI 并未超越影像醫(yī)師。因此,提高AI 的可靠性和準確性亟待解決。數(shù)據(jù)仍然是限制AI 發(fā)展的關鍵問題,尤其是深度學習需要海量的數(shù)據(jù)進行訓練。數(shù)據(jù)量的多少,直接決定了模型的可靠性。未來,應該進一步加強數(shù)據(jù)的標準化,開展數(shù)據(jù)共享,建立公共數(shù)據(jù)庫,以輔助AI算法的開發(fā)、評價、對比和提高;其次,深度學習的中間過程可知性差。除了最后網(wǎng)絡的輸出結果之外,CNN 中隱藏層的邏輯關系也較難理解。此外,AI 的泛化能力有待證實和提高。與普通的圖片不同,影像學圖像更為復雜,疾病的影像表現(xiàn)多樣,對AI也是極大的挑戰(zhàn)。與此同時,AI的倫理問題也應值得思考。

      AI 有助于獲取隱含在腫瘤影像中的多種信息,并具有整合多種信息的潛力。因此,AI 的發(fā)展和成熟有助于肺癌的早期發(fā)現(xiàn)、診斷、治療方案選擇和預后判斷。

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