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      豬源金黃色葡萄球菌分離鑒定及16srRNA基因遺傳進(jìn)化分析

      2020-08-13 03:08:36張小冬郭曉銀王貴平胡仕鳳
      獸醫(yī)導(dǎo)刊 2020年2期
      關(guān)鍵詞:核酸酶葡菌進(jìn)化樹

      張小冬 郭曉銀 王貴平 胡仕鳳 尹 崇

      (湖南農(nóng)業(yè)大學(xué)動(dòng)物醫(yī)學(xué)院,湖南長沙 410128)

      1 前言

      金黃色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)是一種人畜共患病原菌,在顯微鏡下呈現(xiàn)葡萄串狀。金葡菌可以引起豬多種感染,包括皮膚和組織感染、毒素介導(dǎo)的疾病和細(xì)菌性貧血。隨著抗生素的應(yīng)用,細(xì)菌耐藥性大量增加,甚至出現(xiàn)對(duì)已有的抗生素都耐受的“超級(jí)細(xì)菌”,給臨床治療帶來了極大的困擾,嚴(yán)重威脅用藥及公共衛(wèi)生安全。動(dòng)物是金葡菌的“蓄水池”,調(diào)查動(dòng)物源金葡菌具有重大公共安全和食品安全意義,可對(duì)醫(yī)學(xué)上治療金葡菌感染提供參考依據(jù)。本研究對(duì)湖南地區(qū)規(guī)模化豬場采集的300份病料,進(jìn)行金葡菌的分離鑒定和16Sr RNA基因進(jìn)化樹構(gòu)建和分析。

      2 材料與方法

      2.1 樣品

      2018.10-2019.9湖南地區(qū)養(yǎng)豬場采集的樣品300份,并做好詳細(xì)記錄。

      2.2 主要試劑

      血瓊脂培養(yǎng)基、凍干兔血漿和甲苯胺藍(lán)-DNA酶平板均購自青島海博生物技術(shù)有限公司;DNA試劑盒購自上海生工有限公司;7.5%氯化鈉肉湯培養(yǎng)基/固體瓊脂培養(yǎng)基實(shí)驗(yàn)室配制。

      2.3 主要儀器

      PCR儀:美國A B公司;生物安全柜:力康發(fā)展有限公司;高速離心機(jī):北京賽智創(chuàng)業(yè)科技有限公司;生物顯微鏡:奧林巴斯工業(yè)有限公司。

      2.4 金黃色葡萄球菌分離培養(yǎng)

      合理處理肺臟和拭子后,加入 7.5%氯化鈉肉湯培養(yǎng)基中,置變頻搖床37 ℃培養(yǎng)24 h。用接種環(huán)取菌液少許,在培養(yǎng)基上進(jìn)行劃線,37 ℃培養(yǎng)24 h,然后挑取單菌落,在7.5%氯化鈉固體瓊脂培養(yǎng)基上純化培養(yǎng)獲得分離菌,挑取單個(gè)菌落革蘭氏染色。

      2.5 生化試驗(yàn)

      分離菌觸酶試驗(yàn)、糖(葡萄糖、麥芽糖、蔗糖、乳糖和甘露醇)發(fā)酵試驗(yàn)、VP試驗(yàn)、血漿凝固酶試驗(yàn)、溶血試驗(yàn)和耐熱核酸酶試驗(yàn)。上述試驗(yàn)判定標(biāo)準(zhǔn)均參考伯杰氏手冊(cè),簡單描述如下:觸酶試驗(yàn)中有氣體產(chǎn)生,判為為陽性。糖發(fā)酵試驗(yàn)和VP試驗(yàn)反應(yīng)中出現(xiàn)顏色變化判為陽性。溶血試驗(yàn)出現(xiàn)溶血環(huán)判為陽性。血漿凝固酶試驗(yàn)在凍干兔血漿生化管中出現(xiàn)凝固現(xiàn)象判為陽性。在耐熱核酸酶試驗(yàn)中,甲笨胺藍(lán)-DNA瓊脂培養(yǎng)基中的小洞(灌滿菌液后培養(yǎng)24h)周圍出現(xiàn)淡紅色,判為陽性。

      2.6 PCR鑒定

      提取DNA為模板,用16S rRNA基因和nuc基因擴(kuò)增分離菌。16s rRNA和nuc引物均由生工(上海)公司合成。將擴(kuò)增PCR產(chǎn)物經(jīng)1.0%凝膠電泳后,出現(xiàn)陽性條帶的,送去生工測序。測序結(jié)果經(jīng)BLAST分析并構(gòu)建進(jìn)化樹。

      3 結(jié)果與分析

      3.1 形態(tài)學(xué)觀察

      純化株在固體瓊脂培養(yǎng)基上,形成菌落厚不透明的菌落,革蘭染色結(jié)果顯示為直徑大小0.8μm左右,單個(gè)、成雙或成串的葡萄球狀的紫色球菌如圖1。

      圖1 分離菌革蘭染色(1000×)

      3.2 生化試驗(yàn)

      生化試驗(yàn)結(jié)果見表1。所有分離株觸酶試驗(yàn)、糖發(fā)酵試驗(yàn)、VP試驗(yàn)、溶血試驗(yàn)和耐熱核酸酶試驗(yàn)均為陽性。92.3%的分離株血漿凝固酶試驗(yàn)為陽性。這些結(jié)果符合伯杰氏手冊(cè)(don et al,2014)中對(duì)金葡菌生化特性的描述。

      3.3 PCR結(jié)果

      對(duì)生化鑒定符合金葡菌生化特性的分離菌,利用16S rRNAPCR擴(kuò)增,均擴(kuò)增出1500bp大小的目的片段(圖2)。同時(shí)用金葡菌特異性基因—耐熱核酸酶nuc基因進(jìn)行PCR檢測。

      表1 65株分離菌生化結(jié)果

      均擴(kuò)增出557bp大小的目的片段(圖3)。隨機(jī)挑選部分菌株進(jìn)行測序,在NCBI發(fā)現(xiàn)與Genbank公布的S.aureus相似度均高于99%,確定為分離菌均為金葡菌。

      圖2 16s rRNA擴(kuò)增結(jié)果

      圖3 nuc基因擴(kuò)增結(jié)果

      3.4 16S rRNA基因系統(tǒng)發(fā)育樹

      在金葡菌分離株中隨機(jī)挑選了5株菌株進(jìn)行測序,BALST后在NCBI上傳了序列HN001-005登錄號(hào)分別為HN650258、MN650259、MN650260、MN650918、MN652637。并進(jìn) 行了 16S rRNA基因進(jìn)化樹的構(gòu)建,進(jìn)化樹表明HN001-005分離株與金葡菌的相似性為98.0%-100%,顯示分離菌HN001與金葡菌GHA10、分離菌HN002和分離菌HN003與金葡菌HAR1親緣性最近并在同一進(jìn)化支上。

      3.5 分離結(jié)果統(tǒng)計(jì)

      所有用于分離金葡菌的樣品300份均來源于湖南省長沙市等9地(表2)。所有樣品中金葡菌總分離率為21.67%,其中肺臟分離率為21.52%,拭子分離率為21.79%;母豬分離率為19.71%,仔豬分離率為23.41%(表2)。建議豬源金葡菌分離的最佳樣品為仔豬肺臟和仔豬拭子。

      表2 金黃色葡萄球菌菌株分離的統(tǒng)計(jì)

      4 討論

      豬葡萄球菌感染的主要致病菌為金葡菌。本文根據(jù)分離株形態(tài)、生化特性和16S rRNA基因以及金葡菌特異性基因—耐熱核酸酶基因nuc 合成引物進(jìn)行PCR反應(yīng)鑒定為金葡菌。在300份樣品金葡菌分離率為21.67%(65/300),其中肺臟分離率為21.52%,拭子分離率為21.79%;母豬分離率為19.71%,仔豬分離率為23.41%。仔豬分離要高于母豬的分離率,這可能是仔豬免疫力低于成年豬,也與養(yǎng)殖場飼養(yǎng)管理?xiàng)l件等因素有關(guān)。

      金葡菌產(chǎn)生的凝固酶使血液或血漿中的纖維蛋白沉積,從而產(chǎn)生凝固現(xiàn)象。金葡菌形成的感染局部化與此酶有關(guān)。金葡菌引起血液感染的危險(xiǎn)因素與誘因較多,包括因靜脈導(dǎo)管、 氣管插管、手術(shù)等促使機(jī)體屏障功能完整性遭受破壞等導(dǎo)致機(jī)體免疫功能下降等多種因素有關(guān)。從豬血液中分離金葡菌的報(bào)道較少,本研究從豬血液中分離金葡菌,在30份豬血液中金葡菌的分離為0%,可能是樣本數(shù)較少或該菌并沒有侵襲到血液中等,所以在豬身上血液感染金葡菌幾率比較低。

      16S rRNA是核糖體上小亞基上的RNA,這段序列在不同細(xì)菌的結(jié)構(gòu)、功能都具有高度保守性,完成測序后通過BLAST分析可以確定其同源性比較、用于細(xì)菌的系統(tǒng)分類鑒定、多樣性和親緣關(guān)系分析等。5株金葡菌的16S rRNA基因遺傳進(jìn)化樹表明湖南省地區(qū)存在著多種不同型的菌株。本研究對(duì)湖南省地區(qū)豬養(yǎng)殖場采集的樣品進(jìn)行金葡菌的分離鑒定和16S rRNA基因進(jìn)化樹的構(gòu)建對(duì)其感染情況和分布進(jìn)行了調(diào)查,為預(yù)防和治療豬金葡菌的感染提供參考依據(jù)。

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