進化樹
- 陜西省野生擬黑蟲草的多基因分子生物學鑒定
多數單基因系統(tǒng)進化樹在某些關鍵節(jié)點上的支持率較低、聚類可信度不高,因而僅依靠單基因進行物種的分類鑒定存在一定的局限性[4]。多基因涵蓋的信息比單基因多,通過聯(lián)合多個DNA片段構建的多基因系統(tǒng)進化樹能更可靠地反映物種之間真正的系統(tǒng)發(fā)育關系[5-6],也能明顯提高進化樹的分辨率和可信度[7]。如今,多基因聯(lián)合分析也被廣泛地用于蟲草菌分類地位的鑒定中[8-9]。Sung等[10]利用核糖體大亞基LSU和小亞基SSU、RNA聚合酶Ⅱ大亞基RPB1和小亞基RPB1及
西北植物學報 2023年11期2023-12-05
- 基于專利分析的食品加工產業(yè)技術預測方法創(chuàng)新與應用探索
——發(fā)明問題解決理論（TRIZ）視角
狀信息模型，即進化樹，意在通過系統(tǒng)分析食品開發(fā)過程中遇到的問題，提出科學有價值的食品產品發(fā)展方向，得到切合實際、創(chuàng)新性較強的最終產品。2 基于TRIZ 理論的專利預測方法2.1 傳統(tǒng)的產品專利預測方法當前，國內外研究多采用社會網絡分析方法，從專利擁有者、發(fā)明人協(xié)作網絡和專利引文網絡等方面對專利信息進行挖掘，并對專利質量、技術預測、行業(yè)間知識流動、技術評價和企業(yè)核心技術進行深入研究。到目前為止，關于專利技術發(fā)展狀況方面的研究主要包括技術擴散、技術發(fā)展趨勢預測
科技管理研究 2023年18期2023-11-13
- 枳漆酶基因家族鑒定及其響應鹽脅迫的表達分析
otif；系統(tǒng)進化樹分析結果顯示，20個枳LAC基因家族成員與17個擬南芥LAC基因家族成員共分成7個亞組，20個枳LAC基因家族成員分布在其中的6組；20個枳LAC基因家族成員與擬南芥LAC基因間存在19對共線性關系；啟動子區(qū)域含有24種順式作用元件，其中厭氧誘導元件、干旱響應元件和茉莉酸甲酯響應元件數量最多；16個枳LAC基因在鹽脅迫下顯著上調表達，推測枳漆酶基因參與了鹽脅迫響應。關鍵詞：枳；漆酶基因；進化樹；順式作用元件；鹽脅迫中圖分類號：S188+
江蘇農業(yè)科學 2023年9期2023-06-04
- 埃可病毒18 型構象表位的生物信息學研究
E18 的分子進化樹,確定進化分支和決定進化分支的標志性氨基酸突變(分支突變);最后探索分支突變與表位以及病毒受體結合位置的關系,分析表位在E18 分子進化過程中的作用.研究結果可為E18 的監(jiān)測和預警提供參考.1 材料與方法1.1 E18 結構蛋白的序列和結構特征分析從RCSB PDB 數據庫[26](https://www.rcsb.org)和NCBI Nucleotide數據庫[27](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuc
寧波大學學報（理工版） 2023年1期2023-01-30
- 云南省大理市嚙齒動物攜帶冠狀病毒和戊型肝炎病毒的調查
序列分析及系統(tǒng)進化樹構建 通過DNAstar Lasergene軟件包進行序列拼接、剪切。利用NCBI在線BLAST工具進行相似性比對分析。從GenBank中下載相近序列，使用ClustalX2進行序列比對。系統(tǒng)進化樹構建使用MEGA-X，選擇最大似然法(Maximum Likelihood，ML)進行1 000次bootstrap重復，核苷酸替代模型選擇最優(yōu)模型，自展值大于70%為可靠進化分支。CoV和HEV進化樹基于部分RNA依賴的RNA聚合酶(RNA
中國人獸共患病學報 2022年8期2022-08-30
- 森林草莓bHLH家族基因的鑒定與分析
上分布得最少。進化樹結果顯示，森林草莓的bHLH家族可以進一步被分為12個亞家族，其中第Ⅰ、Ⅲ亞族的成員較多。森林草莓bHLH家族基因的表達模式分析結果顯示，有73個FvbHLH基因與花的發(fā)育相關，有28個FvbHLH基因與果實的發(fā)育相關，其中FvbHLH97/36/55/39/42/52/26/44/68/54對森林草莓花的整個發(fā)育過程都尤為重要，而FvbHLH57/59/66/78/100/15/17/46則在果實發(fā)育中起到主要的調控作用。 關鍵詞：森
江蘇農業(yè)科學 2022年2期2022-02-15
- 寧夏人腺病毒臨床標本的首次全基因組序列分析
似然法系統(tǒng)發(fā)育進化樹，Bootstrap設置為1 000。使用SplitsTree[14]（版本號4.18.2）默認設置構建全基因組網狀進化樹。使用Simplot[15]（版本號3.5.1）進行重組分析，窗口大小設置為5 000，步長設置為100。2 結果2.1 實時熒光定量PCR檢測結果對該幼兒咽拭子標本中的病毒核酸進行實時熒光定量PCR檢測，檢測結果顯示人腺病毒核酸DNA陽性（CT值為21.11），證明該咽拭子標本為腺病毒陽性。2.2 核酸序列的同源性
寧夏醫(yī)科大學學報 2022年12期2022-02-15
- 15 株湖南省豬圓環(huán)病毒2 型全基因組測序與遺傳進化分析
V2 根據系統(tǒng)進化樹，可分為PCV2a、PCV2b、PCV2c、PCV2d 等8 種基因亞型[4]。1991 年，Clark 等[4]在加拿大西部地區(qū)表現斷奶仔豬多系統(tǒng)衰竭綜合征的病豬體內分離出一種PCV，發(fā)現其與PCV1 的抗原性和致病性均存在差異，因此將該病毒命名為PCV2。此后，全球多國豬場發(fā)現了PCV2 感染。1995 年，我國臺灣地區(qū)首次發(fā)現PCV2 感染[5]。目前我國PCV2感染率較高，流行廣泛，其中PCV2d 為優(yōu)勢流行亞型[6-8]。本研
中國動物檢疫 2022年2期2022-02-13
- 雞滑液支原體的分離鑒定與多位點序列分型
ST分型并建立進化樹，以明確國內MS流行株所屬的基因型及相互之間的進化關系，為我國養(yǎng)雞業(yè)的MS防控提供科學依據。1 材料與方法1.1 病料來源 樣品為來自山東、四川、河北、湖北、遼寧、安徽、江蘇、黑龍江、寧夏共9省份疑似爆發(fā)MS感染雞場的雞腿、拭子等病料。1.2 主要試劑 氯化鈉、氯化鉀、磷酸氫二鈉、磷酸氫二鉀、硫酸鎂等鹽類購自國藥集團，支原體培養(yǎng)基采用改良Frey氏培養(yǎng)基(購自OXOID)，輔酶購自羅氏。細菌DNA提取試劑盒和PCR mix購自北京全式金
中國獸藥雜志 2022年12期2022-02-11
- 16S rRNA基因可變區(qū)與全長序列進化關系相似性分析
變區(qū)及全長序列進化樹，使用層次距離矩陣算法分析了V2、V3、V4可變區(qū)與全長序列所構建的進化樹之間的距離差異值，并對可變區(qū)與全長序列進化關系的相似性進行了分析。1 數據獲取與預處理1.1 可變區(qū)截取與篩選原始數據采用RDP中細菌16S rRNA的全部序列。壓縮文件大小為3 GB,解壓后大小為76 GB，共包含約320萬條16S rRNA序列，數據格式為fasta。由于V9區(qū)在實際研究中應用較少，故只選用V1～V8可變區(qū)進行相關研究。使用MEGA6軟件在該序
鄭州大學學報（理學版） 2022年1期2022-01-23
- 豬塞內卡病毒全基因組分析及系統(tǒng)進化樹構建
組序列構建系統(tǒng)進化樹。1.3 核酸替換模型的選擇組成DNA的脫氧核苷酸序列的突變是促進基因進化的原動力，這種突變也被稱為核酸替代。DNA序列中核苷酸替代數的估計是測定基因間進化距離的數學統(tǒng)計方法，是研究基因進化的基礎。最基本的核苷酸序列替代模型包括p-距離模型、Kimura兩參數模型和Jukes-Cantor模型以及在此基礎上衍生出的一系列其他模型，如Tajima-Nei模型、Tamura 模型、Tamura-Nei 模型等[11]。在系統(tǒng)發(fā)育分析中，最大
現代畜牧獸醫(yī) 2021年10期2021-11-13
- 基于心理旋轉的小學生物進化樹教學實驗報告
倪錦月一、引言進化樹,又稱系統(tǒng)發(fā)育樹,它以樹狀分支圖的形式展現了地球上物種的進化歷程以及親緣關系,[1]是達爾文共同祖先說的直接體現,即地球上所有現存物種具有共同祖先,物種之間的親緣關系體現為呈輻射狀串起的進化樹。[2]讀懂進化樹是真正理解生物進化的必要條件。[3]小學科學課程標準中列出的學習生物分類、了解動物與植物之間的相互關系以及認識生物的多樣性等均是生物進化的重要內容。[4]然而生物進化的教學內容較為抽象,僅通過教師的講解和教材中各種實例和圖片的呈現
天津市教科院學報 2021年5期2021-11-10
- 自制立體生物進化樹模型
生通過立體生物進化樹的制作，可構建系統(tǒng)的生物進化知識，同時有利于將之前學習過的不同生物的知識通過進化樹組合在一起。隨著現代信息技術的快速發(fā)展，多媒體教具深受教師的喜愛，動畫演示等輔助教學可幫助學生理解抽象知識，從而也導致了傳統(tǒng)自制教具“相形見絀”，逐漸淡出課堂教學。自制教具雖不如多媒體教具豐富、美觀，但其也有不可比擬的優(yōu)勢，自制教具可激發(fā)學生學習興趣、提升動手能力、開拓創(chuàng)新精神。但學校里基本都是教師制作教具，且教具創(chuàng)新性少，主要原因是學生學業(yè)繁重、難收集制
中學生物學 2021年8期2021-11-02
- 豬源副流感病毒5型SH毒株全基因組測序及分析
序列分析及遺傳進化樹構建 將PIV5-SH毒株全基因組測序，測序結果進行拼接。拼接得到的病毒全基因組序列與GenBank中已登錄的其他PIV5參考毒株進行序列比對及分析，應用DNAStar 6.0軟件的MegAlign程序進行毒株的序列同源性比對，并使用MEGA 6.06軟件中的NJ法進行PIV5全基因組序列及NP、F及HN基因進化樹構建。2 結果2.1 PIV5-SH毒株序列的同源性 測得的PIV5-SH毒株基因組序列遞交至GenBank，命名為SH／2
中國生物制品學雜志 2021年9期2021-09-18
- 8個玉米ZmDOFs基因對非生物脅迫響應的表達分析
OF轉錄因子;進化樹;組織表達;非生物脅迫中圖分類號：S513 ? ? ?文獻標識碼：AAbstract： The DNA-binding one finger （DOF） transcription factor family is a major family of plant-specific transcrip-tion factors containing the DOF domain. These transcription factors a
熱帶作物學報 2021年5期2021-07-20
- 常見的進化樹錯誤概念及其辨析*
物進化的本質。進化樹是一種描繪生物學分類單元之間親緣關系與物種進化歷程的樹狀圖，是學習生物進化的重要工具。正確解讀進化樹不僅有助于學生理解生物進化的歷程和親緣關系、構建生物學多樣性知識的結構框架，而且有助于學生進一步理解生物進化的本質[2-3]。學者奧哈拉（O’Hara）曾言，“初學生物學的學生，讀懂進化樹的重要性等同于初學地理的學生讀懂地圖的重要性”[4]。更有學者認為，不具備正確解讀進化樹能力的學生不可能真正理解生物進化[5]。由此可見，進化樹在生物進
生物學通報 2021年9期2021-07-01
- 大白菜ABCB/PGP基因家族的鑒定與分析
員，并結合系統(tǒng)進化樹分析ABCB/PGP 基因家族的系統(tǒng)發(fā)育分類，以期為進一步研究大白菜ABCB/PGP 基因的生物學功能奠定一定的基礎。1 材料與方法1.1 大白菜ABCB/PGP 基因家族的鑒定以擬南芥ABCB/PGP 蛋白的氨基酸序列作為種子序列在大白菜基因組數據庫（http://brassicadb.org/brad/）中通過BLAST P 進行第一次比對搜索，找出候選基因。為了防止候選基因存在遺漏，再在大白菜基因組數據庫進行了二次BLAST P
南方農業(yè) 2021年6期2021-05-29
- 竹類植物分蘗相關基因的生物信息學分析
比對。1.3 進化樹構建與同源序列分析使用MEGA X軟件對水稻、二穗短柄草、谷子、毛竹、瓜多竹、蕓香竹、草本竹Olyra latifolia和Raddia guianensis的各基因比對結果進行分析，運用最大似然法（ML），設置1 000次檢驗構建進化樹。候選基因的氨基酸序列的分子量、等電點、序列長度、脂溶性系數等信息通過網站（http://www.expasy.org）獲取。在MEME（http://meme-suite.org/index.html
西南林業(yè)大學學報 2021年2期2021-05-06
- 曲霉來源的α-L-鼠李糖苷酶結構特征規(guī)律分析
-鼠李糖苷酶；進化樹；代表性序列；結構特征α-L-鼠李糖苷酶（α-L-rhamnosidase，EC3.2.1.40）是一種專一性水解鼠李糖苷鍵的酶[1]，近年來，在食品加工特別是飲料加工中被廣泛應用，如水解柚子中的苦味物質制作柚子汁，改善釀造酒及果汁的風味等[2]，此外，α-L-鼠李糖苷酶還可作為食品添加劑改變流體性質[3]。在自然界中，α-L-鼠李糖苷酶主要來源于細菌[4]和霉菌[5]，最初是從青霉菌和曲霉菌代謝生產的酶制劑中純化得到，國外關于真菌中α
現代食品科技 2021年1期2021-01-19
- 進化樹在細菌親緣關系分析中的應用研究
的基因序列構建進化樹，以確定不同生物之間的進化關系。目前，隨著高通量測序（next generation sequencing，NGS）等技術的應用，大大降低了基因分析的成本，加快了基因分析的速度，為細菌進化樹的構建提供了更多類型的分析和展示形式[2]。本文對進化樹及其在細菌親緣關系中的應用進行綜述。1 進化樹概述1.1 進化樹定義進化樹又稱系統(tǒng)發(fā)生樹，是描述生物體形成或進化順序的拓撲樹結構，通常是二叉樹的形狀，一般由一系列節(jié)點和分支組成，節(jié)點代表某個具體
檢驗醫(yī)學 2020年12期2021-01-04
- 文冠果WRKY轉錄因子的生物信息學分析
因子家族的系統(tǒng)進化樹構建文冠果WRKY 家族蛋白通過對MEGA7.0 中的ClustalW進行多序列比對，然后使用MEGA7.0 對部分文冠果和全部擬南芥WRKY 轉錄因子蛋白構建系統(tǒng)進化樹。1.4 文冠果WRKY 轉錄因子家族的蛋白理化性質分析方法文冠果WRKY 轉錄因子家族的蛋白理化性質分析方法：利用ExPASy 的在線工具ProtParam 工具（https://web.e xpasy.org/protparam/）對文冠果WRKY 轉錄因子蛋白的氨
廣東蠶業(yè) 2020年6期2020-12-16
- 16S與gyrB基因聯(lián)合建樹快速鑒定一株解淀粉芽胞桿菌
的方法容易出現進化樹結構沖突，干擾定位的情況。利用16S與gyrB基因聯(lián)合建樹，以較少的序列數和進化樹數實現對篩選菌株快速鑒定的方法，可提高數據的利用率，減少數據沖突，為芽胞桿菌種群的分子生物學鑒定方法開發(fā)提供參考。1 材料與方法1.1 實驗材料1.1.1 土壤樣本土壤樣本，采集自廈門同安國家農業(yè)科技園區(qū)竹壩農場。1.1.2 培養(yǎng)基與試劑營養(yǎng)瓊脂培養(yǎng)基，廣東環(huán)凱生物科技有限公司；苯丙氨酸脫氨酶鑒定管、MR-VP鑒定管、SIM培養(yǎng)基(用于硫化氫和吲哚試驗)等
食品與發(fā)酵工業(yè) 2020年12期2020-07-06
- 基于18S rDNA、rbcL和atpB序列的輪藻科植物的系統(tǒng)發(fā)育研究
ML、NJ系統(tǒng)進化樹[18]，對系統(tǒng)發(fā)育樹的拓撲結構的可靠性通過自展法(bootstrap, BS)進行1 000次的重復取樣.使用MrBayes 3.2.5構建BI樹，通過馬爾科夫鏈(Markov Chain Monte Carlo，MCMC)隨機選取進化樹，以四條鏈(nchains=4)共運行2 000 000代，每隔1 000代保存一棵樹，所得進化樹的前25%被舍棄(burn-in)[21].進化樹所得支持率(ML/BI/NJ)≥50%的分枝可信度較
四川大學學報（自然科學版） 2020年3期2020-06-03
- 16S與gyrB基因聯(lián)合建樹快速鑒定海水中的一株地衣芽胞桿菌
進行比對和構建進化樹通常無法準確鑒定到種, 需要增加測序基因數并對多基因進行分析。為實現快速鑒定, 課題組對16S與基因聯(lián)合建樹的方法進行了研究, 將海洋來源的一株桿菌, 分別用通用引物擴增16S和基因并測序, 在GeneBank進行序列比對后, 選擇各菌種保藏中心16S和基因均相似的菌株, 取16S和基因序列, 采用Paup* 4.0構建進化樹。使用16S與拼接序列構建的進化樹中屬于同一種的菌株均很好的聚合在一枝, 種間分枝自展值均高于98, 分類結構準
海洋科學 2020年4期2020-05-13
- 進化樹在專利方案生成中的應用
存發(fā)展的關鍵。進化樹作為一種樹形信息模型，能夠幫助企業(yè)對現有技術進行分析，挖掘技術潛力區(qū)域，并產生新的專利方案。因此，提出一種進化樹在專利方案生成中的應用方法，來幫助研發(fā)人員更好地利用進化樹進行技術預測，產生專利方案，提高企業(yè)競爭力。關鍵詞：進化樹;產品研發(fā);專利方案中圖分類號：G306 ? ? ? ?文獻標識碼：Adoi：10.14031/j.cnki.njwx.2020.01.0100 引言隨著市場機制的日趨完善，企業(yè)在激烈的市場競爭中越來越意識到知識
農機使用與維修 2020年1期2020-03-27
- 凹線仙女蜆Cytb基因片段序列分析及系統(tǒng)進化樹初步構建
，進而構建系統(tǒng)進化樹，探討凹線仙女蜆的分類地位。結果顯示NT數據庫中未見凹線仙女蜆的Cytb基因信息。研究擴增獲得的序列與蜆屬其他種的Cytb基因片段有88%的相似性，與其他簾蛤目貝類的相似度77.02%～78.53%，表明擴增出的片段是凹線仙女蜆所特有的Cytb基因片段?；贙imura′s 2-Parameter模型計算得出，3個樣本個體的遺傳距離僅為0～0.0016，遠小于蜆屬內種間遺傳距離（0.002～0.114），與蜆屬的遺傳距離為0.127～0
福建農業(yè)科技 2020年10期2020-01-07
- 微生物進化樹構建方法
杰摘要 ? ?進化樹的構建是當代生命科學技術中最為重要的技術之一，可以分析未知微生物和已知微生物的親疏關系，從而進一步獲取微生物進化關系的重要證據。本文對微生物進化樹的構建進行了研究，闡述了進化樹的原理，梳理了相關的理論，同時全面地介紹了最常用的構建進化樹的軟件及其功能，詳細地介紹了微生物進化樹的構建方法，以期為更便捷地開展后續(xù)研究提供參考。關鍵詞 ? ?微生物;進化樹;構建中圖分類號 ? ?Q393 ? ? ? ? 文獻標識碼 ? ?A文章編號 ? 10
現代農業(yè)科技 2019年19期2019-11-21
- 昆蟲呼腸孤病毒的遺傳進化分析
舉100次進行進化樹的構建。評估測試方法選擇Bootstrap，重復次數（Replications）設為100，其他的參數設置為默認值。2 結果與分析2.1 昆蟲呼腸孤病毒的RdRp進化樹分析依賴RNA的RNA聚合酶（RNA dependent DNA polymerase，RdRp）是所有的RNA病毒在病毒基因組復制過程中必需的酶，因此RdRp被認為是從事病毒進化分析的最佳基因[4]。為了明確昆蟲呼腸孤病毒在所有呼腸孤病毒屬之間的分類地位，選取刺突呼腸孤
生物化工 2019年5期2019-11-07
- 基于Cytb基因序列的雙齒圍沙蠶分子鑒定
Cytb基因的進化樹。結果表明：雙齒圍沙蠶的PCR擴增產物經測序和Blast比對后，雙齒圍沙蠶的Cytb基因序列長度為349 bp，與NCBI數據庫雙齒圍沙蠶有97%～99%的相似度，并沒有與其他種沙蠶具有相似度;沙蠶亞科進化樹中，雙齒圍沙蠶與多齒圍沙蠶相聚，兩者相聚后再與闊沙蠶屬相聚，沙蠶屬與環(huán)唇沙蠶屬相聚、擬突沙蠶屬與刺沙蠶屬相聚;研究結果初步證實了線粒體Cytb基因序列可用于雙齒圍沙蠶的分子鑒定。關鍵詞：雙齒圍沙蠶; Cytb基因; PCR鑒定; 進
福建農業(yè)科技 2019年5期2019-09-10
- 利用“樹式思維”辨析進化論教育中的常見誤區(qū)
之樹。如圖1的進化樹所示，物種A和物種B按照時間回溯，擁有共同祖先E。時間繼續(xù)往后回溯，C和E擁有共同祖先F，F和D擁有共同祖先G。時間往前推進，是這棵樹開枝散葉的過程，時間回溯則是尋找類群最近共同祖先的過程。進化樹所包含的信息是理解類群進化歷程、判斷類群親緣關系和回答其他重要生物學問題的關鍵，可以說幾乎所有涉及到進化的問題都離不開進化樹，因此全面的進化論教育應該幫助學生學會讀取進化樹所包含的意義，培養(yǎng)根據進化樹的理念來思考生物學問題的習慣，樹式思維理念“
生物學教學 2019年7期2019-08-01
- 基于PubMLST數據庫分析蠟樣芽胞桿菌群的遺傳學
ga是生成系統(tǒng)進化樹較常用的軟件，可用于分析來自物種或種群的DNA和蛋白質序列數據[14]；Phyloviz軟件是適合PubMLST數據庫配套使用的可結合序列型和菌株基本信息進行多維度聚類分析的軟件[15]；IQ-tree是2014年基于最大似然（maximum likelihood，ML）法推出的建樹軟件，具有準確、快速、靈活等特點，特別適用于大數據的系統(tǒng)發(fā)育分析[16-17]。ModelFinder是快速、精確的基于模式選擇法的系統(tǒng)發(fā)育的算法?；谠摯?/div>
中國釀造 2019年5期2019-06-11
- ELF3基因與植物分類系統(tǒng)探討
因;植物分類;進化樹中圖分類號：TB文獻標識碼：Adoi：10.19311/j.cnki.16723198.2019.08.0961節(jié)律行為和生物鐘節(jié)律行為或稱周期性行為是行為隨自然因素規(guī)律變化呈現的周期性。其特點為隨自然因素變化而有規(guī)律的變動，并與生物鐘相關。根據外界環(huán)境周期變化的不同因素，生物節(jié)律可分為：晝夜節(jié)律，與熱、光、溫度、風向晝夜的綜合變化相一致，如：日行性、夜行性、晨昏性、蜜蜂采蜜、果蠅羽化等;月運節(jié)律，行為與日月位移引力周期性變化相一致，如現代商貿工業(yè) 2019年8期2019-03-21
- 烏鴉說，達爾文錯了
岳峰達爾文的進化樹1837年，英國皇家海軍帆船“小獵犬號”上，擔任隨船博物學家的達爾文手捧著他的日記，陷入沉思。隨后，他描繪出了生物學上的第一棵被眾多進化研究者奉若標桿的進化樹。進化樹用形象直觀的圖像闡釋了物種形成理論，即一個物種是如何分化為多個物種的，它們之間有怎樣的親緣關系。在遺傳和分化之后，由于多種原因，出現了生殖隔離，一種生物分化為兩種不同的生物。從基因尺度來看，就是一個基因庫變得無法和另一個基因庫交流的過程。達爾文認為，從一個物種到另一個物種的演科學之謎 2018年7期2018-10-20
- 基于擬南芥的葫蘆苯丙氨酸解氨酶生物信息學分析
析及預測、系統(tǒng)進化樹的構建，為葫蘆作物PAL蛋白質研究、抗病抗逆性分析及分子輔助育種提供了參考及依據。1 材料與方法1.1 數據來源擬南芥PAL基因序列來源于TAIR網站（http://www.arabidopsis.org/），將基因用于葫蘆科數據庫（http://cucurbitgenomics.org/）進行BLAST比對分析，e值為1e-10.1.2 PAL基因各級結構分析及分子進化樹構建采用在線軟件ProtParam預測PAL蛋白序列的一級結構，科技與創(chuàng)新 2018年16期2018-08-21
- 大學生對進化樹的常見誤解
討論了大學生對進化樹的常見錯誤觀念，并提出了教學過程中應注意的問題。關鍵詞：進化樹；概念誤解；教學注意事項中圖分類號：G642.0文獻標識碼：A收稿日期：2017-12-31作者簡介：李 菲（1985—），男，山東曲阜人，貴州師范大學生命科學學院教師，講師，研究方向：進化生態(tài)學。在過去的一年里，我們建立了一個名為EvoBeaker的模擬軟件，其可以通過模擬實驗向學生教授進化生物學。我們在軟件包中建立了宏觀進化的實驗模型，利用軟件包里的進化實驗模型，我們能夠教師·中 2018年4期2018-06-02
- 新型人腺病毒55型在中國10年的持續(xù)流行及其基因進化分析
件。1.4系統(tǒng)進化樹構建和進化分析用MEGA7.0軟件中鄰接法(Neighbor-jioning method，NJ)和最大似然法(Maximum Likelihood method, ML)建立系統(tǒng)進化樹，進化樹可靠性估計Bootstrap值設定為1 000。使用BEAST1.8.4軟件構建HAdV-55的hexon和fiber基因全長的進化樹和推測病毒的核苷酸進化速率，計算方法基于用貝葉斯馬爾科夫鏈蒙特卡洛(MCMC)分析，貝葉斯分析中使用SRD06作中華實驗和臨床病毒學雜志 2018年2期2018-05-26
- 屋塵螨變應原第2組分序列多態(tài)性分析
進行序列比對和進化樹構建。結果 獲得Der p 2氨基酸序列共13個亞型，對Der p 2氨基酸序列進行對比，有9處氨基酸序列發(fā)生變化，構建系統(tǒng)進化樹顯示進化樹中Der p 2亞型聚類成4簇。結論 der p 2氨基酸序列具有多態(tài)性，為進一步研究奠定基礎。關鍵詞：屋塵螨 Der p 2 多態(tài)性 進化樹中圖分類號：Q966 文獻標識碼：A 文章編號：1672-3791（2018）10（b）-0242-02塵螨（house dust mites）已經確定與Ig科技資訊 2018年29期2018-03-06
- 慢性蜜蜂麻痹病毒中國株RNA1序列克隆及進化分析
全長及RdRp進化樹構建目前在GenBank上公布的CBPV RNA1全基因組序列僅有3株，名稱及登錄號分別為：France B-441 (EU122231)、France A-79P (EU122229)、China LN（KU950353）。將本實驗中得到的序列KX168412與這3株CBPV RNA1序列構建進化樹，并以以色列急性麻痹病毒IAPV（EU218534）全基因組序列作為進化樹外群，用Mega6分析軟件中的Clustal W程序進行多重序列中國蜂業(yè) 2017年5期2017-06-08
- 一種新的RNA二級結構三維圖形表示及其應用
表示，構建系統(tǒng)進化樹，進行序列間相似性的比較和分析。根據最終結果，可以很清晰地發(fā)現，AVII與LRMV兩種病毒是最為相似的，另外，較大的距離值出現在了APMV與ALMV;PDV與AVII中，這說明這幾種RNA二級結構明顯不相似。這一研究結果與前人相似性分析的結果是十分相似的，同時，所采取的方法更加簡單易于區(qū)分觀察且得到的結果又是十分可靠的，因此，這些更加證明了該方法是有效的。RNA二級結構；圖形表示；系統(tǒng)進化樹；相似性近期，隨著生命科學和計算機科學的快速發(fā)生物信息學 2017年1期2017-04-10
- 福州2009—2014年甲型H1N1流感病毒株HA基因進化分析
的序列進行基因進化樹分析。結果：6株分離株的HA基因推導氨基酸序列與參考株A/California/04/2009相比，2009-2014年HA1區(qū)氨基酸發(fā)生了突變，主要是位于136、145、188、189、192和193位點。結論：近幾年，福州地區(qū)H1N1流感的HA基因序列與世界流行的病毒參考株具有高度同源性，并多處氨基酸發(fā)生替換而產生抗原性漂移?！娟P鍵詞】 甲型流感病毒； 血凝素； 序列分析； 進化樹【Abstract】 Objective：To in中國醫(yī)學創(chuàng)新 2017年7期2017-03-31
- 磨課促成長 復習顯新意
板上畫好生物“進化樹”（樹干及樹枝，四種動物類群），請學生將圖片貼在樹枝上，提出生物多樣性產生的原因引出課題一呈現本單元知識點，學生閱讀學案上的知識點，將生疏和遺忘的知識圈出并標記一提出生物多樣性的概念及內容一由物種多樣性引出生物分類的依據一研究生物“進化樹”右側，植物類群，學生討論比較生活環(huán)境、主要特征和生殖特點，小結植物進化的規(guī)律一研究生物“進化樹”左側，通過問題串，激發(fā)學生回憶動物類群的進化及特征，小結動物進化的規(guī)律一由生物“進化樹”未表示出的類群引中學教學參考·理科版 2016年8期2017-02-20
- 艾草白粉病的病原菌鑒定
定，并構建系統(tǒng)進化樹進行分析。結果表明，艾草白粉病菌分生孢子長度平均約為34.57 μm，寬度平均約為18.36 μm，以約3～8個分生孢子串生在分生孢子梗上，附著胞少裂片對生。根據病原菌的rDNA-ITS序列（GenBank登錄號為KF056818）建立進化樹分析可知其與來自韓國、日本的Golovinomyces artemisiae聚在1支上，登錄號分別為KJ136112、AB077654，而與同屬的另外1個種親緣關系較遠。分析認為，河南周口地區(qū)的艾草江蘇農業(yè)科學 2016年8期2017-02-15
- 昆蟲Allatostatin神經肽的生物信息學分析
。在4種AS的進化樹中，不同種類昆蟲間的親緣關系不盡相同。其中在AS-C進化樹中，除了膜翅目，完全變態(tài)類昆蟲都在一個進化分支，而膜翅目和不完全變態(tài)類昆蟲在一個進化分支。在AS-CC進化樹中，發(fā)現鱗翅目和雙翅目分別在一個進化分支上，而膜翅目、鞘翅目和不完全變態(tài)類昆蟲在一個進化分支上。目前尚未找到鞘翅目昆蟲的AS-A序列和膜翅目昆蟲的AS-B序列。關鍵詞：昆蟲；神經肽；生物信息學；系統(tǒng)進化樹；Allatostatin中圖分類號：Q966 文獻標識碼：A 文章編湖北農業(yè)科學 2016年6期2016-10-19
- 微生物抗藥性進化的分子生物學證據及進化樹構建方法
子生物學證據及進化樹構建方法馬亢，劉海濱（商丘師范學院生命科學學院，河南商丘476000）摘要：微生物的抗藥性一直是困擾人類的重大問題，尤其是最近超級細菌的出現更是為人類敲響了警鐘——對微生物的抗藥性研究已經刻不容緩。本論述梳理了近年來微生物進化方面的分子生物學證據，并介紹了兩種最常用建立進化樹的生物信息學方法，從而更加直觀地找出他們的進化關系。關鍵詞：微生物；抗藥性；進化；進化樹DOI10.3969/j.issn.1672-6375.2016.03.02甘肅科技縱橫 2016年3期2016-08-27
- 諾如病毒河北盧龍株NHBGR59全基因組序列分析
s)序列和系統(tǒng)進化樹的分析。結果諾如病毒河北盧龍珠HBGR59病毒全基因組全長為7 563 bp(除了PolyA尾)，病毒基因組分為三個ORFs：ORF1(5～5 098 nt)、ORF2(5 079～6 731 nt)和ORF3(6 731～7 510 nt)，其中ORF1和ORF2之間有20 bp重疊，ORF2和ORF3之間有1 bp重疊。經過全基因組序列分析發(fā)現其和基因組II基因型6(genogroup II GenotypeVI, GII.6)諾如中華實驗和臨床病毒學雜志 2016年3期2016-08-09
- 一株豬繁殖與呼吸綜合征病毒野毒株的基因序列分析
基因序列分析；進化樹豬繁殖與呼吸綜合征病毒（Porcine reproductive and respiratory syndrome virus，PRRSV）是一種危害當前養(yǎng)豬業(yè)的主要病毒之一，可引起母豬繁殖障礙，斷奶仔豬發(fā)生肺炎、生長遲緩以及高死亡率[1-3]。感染豬只通過唾液、鼻分泌物、尿液、精液以及糞便排毒[4]；懷孕后期感染母豬可通過乳汁排毒；公豬精液帶毒期可達90 d。PRRSV具有高度宿主依賴性，主要在豬肺泡巨噬細胞以及其他組織巨噬細胞中生長中國動物檢疫 2016年7期2016-07-25
- 結縷草ZjNAC基因的克隆與表達分析
s家族成員進行進化樹分析，結合蛋白分析，QRT-PCR等的方式探索其生物學功能。實驗結果表明，該基因長度為1496 bp，包含1個完整開放閱讀框(ORF)，長度為1332 bp，編碼449個氨基酸，該蛋白含有1個NAM結構域。與水稻的NAC類轉錄因子家族的系統(tǒng)進化樹對比發(fā)現，它與OsNAC036近緣性最高，因此將該基因命名為ZjNAC036。QRT-PCR結果顯示，該基因在干旱情況下表達量呈上升趨勢，并且干旱處理8 h的時候，差異倍數最大，達到了50倍左右草業(yè)學報 2016年4期2016-05-10
- 豬流行性腹瀉病毒檢測與S蛋白中和抗原表位基因分析
病毒；S蛋白；進化樹豬流行性腹瀉（Porcine epidemic diarrhea，PED）是一種由豬流行性腹瀉病毒（Porcine epidemic diarrhea virus，PEDV）引起的，以嚴重的腸炎、腹瀉、嘔吐、脫水和仔豬高死亡率為顯著特征的豬急性高度接觸性腸道傳染病。自2010年底我國豬流行性腹瀉疫情暴發(fā)以來，該病持續(xù)在我國流行蔓延，給養(yǎng)豬生產帶來了巨大的經濟損失。2013年，PED首次傳入美國和墨西哥，2014年擴散到加拿大、多米尼加，上海農業(yè)學報 2016年1期2016-04-07
- 布氏菌分離株16SrDNA基因遺傳進化分析
SrDNA遺傳進化樹，確定該菌株的分類地位。方法 用BCSP31-PCR對臨床分離株檢測，再進行16SrDNA雙向測序；從GeneBank下載標準參考菌株和與布氏菌有共同抗原細菌的16SrDNA基因序列；用Mega6.0進行序列比對并構建遺傳進化樹。結果 BCSP31-PCR結果顯示均有223 bp擴增條帶，16SrDNA測序得到單一基因序列；比對后發(fā)現有4處特異片段，經Blast比對，位于844-1224包括380 bp的片段為布氏菌獨有；進化樹顯示布氏中國人獸共患病學報 2015年8期2015-05-09
- 基于進化樹的產品模塊化粒度分析
0081)基于進化樹的產品模塊化粒度分析容芷君，曹云飛，鐘鵬飛,陳奎生(武漢科技大學機械自動化學院,湖北 武漢，430081)針對產品模塊化設計中的粒度問題，提出一種基于進化樹的分析方法。通過綜合考慮零部件之間的功能關系度、結構關系度和物理關系度，建立產品的原始矩陣，應用模糊聚類分析方法對其進行劃分，得到傳遞閉包矩陣；根據不同分區(qū)閾值序列形成模塊，得到一個聚類進化樹，再以進化樹的最長分支為基礎，劃分出不同的粒度等級，通過比較模塊化指數MI找到其最佳粒度級別武漢科技大學學報 2015年6期2015-03-20
- 衣殼蛋白和甲基轉移酶對戊型肝炎病毒的基因分型
32繪制基因進化樹，研究其進化關系。結果 HEV的基因組全長7.5 kb；而衣殼蛋白和甲基轉移酶的編碼序列分別為1 982 bp和545 bp，這2種蛋白的多序列比對和進化分析結果與完整基因組的分型結果相符。結論 衣殼蛋白和甲基轉移酶可作為HEV的分型依據，且是一種更簡便、快捷的方法。戊型肝炎病毒； 基因型； 衣殼蛋白； 甲基轉移酶戊型肝炎病毒(HEV)引起的戊型肝炎是一種經糞-口途徑傳播的傳染病，是發(fā)展中國家重要的公共衛(wèi)生問題之一[1-2]。孕婦患病率檢驗醫(yī)學與臨床 2015年11期2015-03-15
- 基于專利的技術進化樹的構建與解析
拉都指出了技術進化樹與生物進化樹的最大區(qū)別，即技術枝條之間相互連接并生成新的實體，這反映出技術物種之間融合的普遍性。但他們提到的技術進化樹是以技術制品和人造物為對象的，屬于表型層次而并非基因層次。對照生物學的發(fā)展進程，根據蛋白質的序列或結構差異關系構建的分子進化樹已經向我們展示出生物進化的微觀圖景［4］，而基因層次的技術進化樹的形成和發(fā)展研究，卻仍然停留在概念階段。齊曼雖然意識到技術制品進化樹的特征受到技術“縻母”影響，卻并未直接對基因層次的遺傳、變異等技大連理工大學學報（社會科學版） 2015年2期2015-02-13
- 豬博卡病毒的基因分型
基酸構建的系統(tǒng)進化樹，PBoV 均被劃分為 3 個基因群，但三種氨基酸序列繪制的進化樹存在差異；基因群內各病毒株的氨基酸序列同源性較高，而各基因群之間病毒株的氨基酸序列同源性非常低，基因組結構差異較大。豬博卡病毒；遺傳進化分析；基因分型豬博卡病毒（porcine Bocavirus，PBoV）為細小病毒科細小病毒亞科博卡病毒屬成員，基因組為單鏈線狀 DNA，基因組約 5.0 kb，含有 3 個開放閱讀框（ORFs），編碼 2 個非結構蛋白 NS1和 NP1中國動物檢疫 2015年2期2015-01-03
- 層次聚類在進化樹構建中的應用
代生物學用生物進化樹來描述生物之間進化關系，兩種(或者多種)生物如果在同一層節(jié)點，則表明該組生物進化距離較近(即從同一祖先進化而來的可能性較大)[1]；反之，表明這些生物之間的生物差異性較大。生物進化樹可以根據其是否按照進化距離構建來分類，這樣就有基于進化距離構建的方法和基于統(tǒng)計特征或者生物離散特征構建的方法?；谶M化距離的構建方法主要有最近鄰法[2]，UPGMA法等；基于統(tǒng)計方法的構建主要有最大似然法(Maximum likelihood)[3]；基于生淮陰工學院學報 2014年5期2014-09-10
- 10株綠僵菌菌株分類地位的多基因系統(tǒng)進化分析
因和多基因系統(tǒng)進化樹，根據形態(tài)和系統(tǒng)進化分析結果確定各菌株的科學分類地位。2 結果和分析2.1 形態(tài)學特征2.1.1 菌落形態(tài)將菌株接種在1/4 SDA培養(yǎng)基上，28 ℃培養(yǎng)14 d后記錄菌落形態(tài)、產孢情況。觀察分生孢子和產孢細胞即分生孢子梗的特征。菌落形態(tài)特征見表1。表1綠僵菌不同菌株菌落及孢子形態(tài)特征Table1CharacteristicsofcoloniesandconidiaofcollectedMetarhiziumstrains綠僵菌菌株St植物保護 2014年5期2014-08-10
- 新德里金屬β內酰胺酶-1序列和抗藥性的生物信息學分析
于基因序列分子進化樹的構件分析。NDM-1 [Klebsiella pneumoniae]和YP_458405.1[Erythrobacter litoralis HTCC2594] 編碼基因及其上下游1000bp基因信息均來自生物信息數據庫NCBI。分別下載Klebsiella pneumoniae strain 601 plasmid pNDM-OM（NCBI編號：NC_019889.1）和Erythrobacter litoralis HTCC259生命科學儀器 2014年6期2014-04-23
- 固氮基因的分子進化分析
，構建基因分子進化樹。圖1 Sinorhizobium meliloti 1021 固氮基因進化樹Fig.1 Phylogenetic tree of nitrogen－fixing gene in Sinorhizobium meliloti 1021圖2 固氮微生物nifH 基因進化樹Fig.2 Phylogenetic tree of nifH gene in nitrogen－fixing microorganisms2 結果與分析2.1 Sino江西農業(yè)大學學報 2013年3期2013-11-05
- 鴨流感病毒HA基因遺傳變異分析
同源性比較與進化樹分析 將表1中病毒序列從GENBANK上下載，利用DNAStar軟件比較同源性、制作進化樹。2 結果2.1 鴨流感病毒HA基因同源性比較 近年我國來分離的鴨流感病毒與其他流感病毒HA基因同源性比較，見表2。表2 近年來分離的鴨流感病毒與其他流感病毒HA基因同源性比較由表2可以看出2009年分離的CY098790與Re-5的HA基因的同源性為97.3%；2011年分離的JN646713與Re-5的同源性為94%。2.2 鴨流感病毒HA基因山東畜牧獸醫(yī) 2012年8期2012-11-20
- 基于EF1-a基因對常見禾本科作物的聚類分析
，構建分子系統(tǒng)進化樹.旨在進一步了解禾本科植物之間的進化親緣關系，為禾本科植物種屬間的分類提供確切的分子生物學依據.1 材料和方法1.1 材料本文中所有EF1-a序列信息來自NCBI(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/).本研究所用植物材料如下：水稻(OryzasativaL.)、小麥(TriticumaestivumL.)、玉米(ZeamaysL.)、大麥(Hordeumvulgare)、芒(Miscanthussinensis)、鄭州大學學報（理學版） 2012年2期2012-05-15
- 花生內轉錄間隔區(qū)(ITS)的擴增及序列分析
上構建了花生屬進化樹。關鍵詞花生;內轉錄間隔區(qū)(ITS)序列;PCR;進化樹中圖分類號Q789文獻標識碼A文章編號 1007-5739(2009)08-0103-02內轉錄間隔區(qū)序列(ITS)廣泛應用于被子植物系統(tǒng)進化研究,為禾本科、大豆屬、棉屬等植物的系統(tǒng)進化研究提供了寶貴的分子遺傳學依據?；ㄉ鷕DNA有關研究報道較少,盡管有分離 rDNA ITS的報道,但未在此基礎上進行花生屬植物的系統(tǒng)發(fā)育分析。本研究對花生ITS序列進行分離、測序,并將其與GenBa現代農業(yè)科技 2009年8期2009-06-29
- ELF3基因與植物分類系統(tǒng)探討