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      基于環(huán)介導(dǎo)等溫擴增技術(shù)檢測江蘇省中部地區(qū)小麥赤霉病病菌的種群組成

      2018-05-11 09:36:22王淑琛馬家新葉文武鄭小波
      麥類作物學報 2018年4期
      關(guān)鍵詞:亞細亞孢菌赤霉病

      許 苗,馮 慧,王淑琛,馬家新,葉文武,鄭小波

      (南京農(nóng)業(yè)大學植物保護學院/農(nóng)業(yè)部作物病蟲害監(jiān)測與防控重點開放實驗室,江蘇南京 210095)

      小麥赤霉病是由鐮孢菌(Fusarium)的多個種引起的一種毀滅性病害。該病在我國主要發(fā)生于溫暖濕潤和半濕潤地區(qū)[1],在長江中下游地區(qū)發(fā)生尤為嚴重,一般年份因該病害造成的小麥產(chǎn)量損失高達13%左右,嚴重時損失過半[2]。江蘇省是長江中下游重要冬麥區(qū),其溫暖濕潤的氣候條件有利于病原菌在小麥揚花期侵入,導(dǎo)致小麥穗部發(fā)病,進而引起小麥赤霉病的流行。

      不同國家或地區(qū),引起小麥赤霉病的鐮孢菌種類有所不同。據(jù)報道,有17個種的鐮孢菌可引起小麥赤霉病,其中最主要的有5個種[3]。在中國有15個種的鐮孢菌是小麥赤霉病的致病菌,但是在一個省區(qū)一般只有一到數(shù)個種[4-7],主要是亞細亞鐮孢(F.asiaticum)和禾谷鐮孢(F.graminearum)[8-10]。小麥赤霉病病菌的種群組成與地理分布有關(guān),不同地區(qū)的主要致病菌種類因地理生態(tài)環(huán)境差異而有所不同[11]。Zhang等[12]研究發(fā)現(xiàn),在引起中國小麥赤霉病的兩種主要致病菌中,亞細亞鐮孢主要分布在年平均氣溫高于15 ℃的溫暖地區(qū),禾谷鐮孢則大多分布在年平均氣溫低于15 ℃的寒冷地區(qū)。徐 飛等[13]發(fā)現(xiàn),禾谷鐮孢和亞細亞鐮孢是河南省小麥赤霉病的優(yōu)勢種群;假禾谷鐮孢(F.pseudograminearum)、黃色鐮孢(F.culmorum)、木賊鐮孢(F.equiseti)和擬輪枝鐮孢(F.verticillioides)為次要種群。潘曉靜等[14]報道,引起東北地區(qū)小麥赤霉病的鐮孢有7個種,即禾谷鐮孢、藤倉鐮孢(F.fujikuroi)、燕麥鐮孢(F.avenaceum)、尖孢鐮孢(F.oxysporum)、木賊鐮孢(F.equiseti)、銳頂鐮孢(F.acuminatum)和擬輪枝鐮孢(F.verticillioides)。Qiu等[15]和Dong等[16]報道,亞細亞鐮孢是江蘇省小麥赤霉病的主要致病菌,其次是禾谷鐮孢,但對該省赤霉病病菌的其他種類知之甚少。

      傳統(tǒng)上對小麥赤霉病病菌的種群組成主要依據(jù)組織分離法進行病原菌鑒定,該方法對多病原病害的鑒定存在檢出率低且耗時、費力的缺點。隨著分子生物學技術(shù)的發(fā)展,分子檢測技術(shù)已成功應(yīng)用于小麥赤霉病病菌種群組成與結(jié)構(gòu)的分析[17-18],使小麥赤霉病病菌種類檢測、鑒定較傳統(tǒng)方法更為快速準確,但這些檢測、鑒定方法依舊存在檢測周期長或特異性偏低等缺點。引起小麥赤霉病的鐮孢菌種類多,不同種類病原菌形態(tài)特征相似,所致病害癥狀相近,但不同種類鐮孢菌在發(fā)病麥穗組織中產(chǎn)生的毒素類型有差異[16,19-20],基于環(huán)介導(dǎo)等溫擴增技術(shù)(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)建立的特異性檢測技術(shù)[21],具有操作簡單、特異性強、靈敏度高、檢測時間短、結(jié)果可肉眼觀察判斷等優(yōu)點。

      本研究采用本課題組研發(fā)的可以分別特異性檢測7種小麥赤霉病主要病原菌的LAMP檢測技術(shù),對江蘇省中部地區(qū)小麥赤霉病樣本進行檢測,旨在了解該地區(qū)小麥赤霉病致病鐮孢菌種類及其地理分布,并為小麥赤霉病病菌種群與結(jié)構(gòu)分析提供新的技術(shù)。

      1 材料與方法

      1.1 小麥赤霉病樣本的采集

      2017年5月上旬至下旬從江蘇省鎮(zhèn)江的句容市、揚州的儀征市和廣陵區(qū)、南京的江寧區(qū)和浦口區(qū)小麥田間采集帶有粉紅色霉層的小麥赤霉病樣本151份(1個病穗作為1份樣本)。病樣采集后分別用自封袋裝好,并編號,記錄采集地信息。

      1.2 檢測的目標病原菌

      檢測的7種病原菌均為小麥赤霉病的常見致病菌,包括亞細亞鐮孢、禾谷鐮孢、藤倉鐮孢、黃色鐮孢、燕麥鐮孢、擬輪枝鐮孢和木賊鐮孢。

      1.3 病穗組織DNA提取

      每份樣本各取新鮮病穗上1~2個帶有粉紅色霉層的小穗,剪掉麥芒,于滅菌的研缽中加入液氮充分研磨,DNA提取采用中國北京天根公司的新型植物基因組DNA提取試劑盒DNAsecure Plant Kit,方法參見說明書。提取的DNA作為LAMP檢測的模板,于-20 ℃保存。

      1.4 小麥赤霉病病菌的LAMP檢測

      7種目標病原菌的LAMP特異性檢測擴增條件、靈敏度及引物序列見表1和表2。所列7個LAMP檢測技術(shù)的反應(yīng)體系為:2.5 μL 10×Thermo Pol Buffer,4 μL MgSO4(50 mmol·L-1),4 μL betaine(5 mmol·L-1),3.5 μL dNTPs(10 mmol·L-1),內(nèi)引物FIP、BIP(20 μmol·L-1)各2 μL,外引物F3、B3(10 μmol·L-1)各0.5 μL,環(huán)引物 LF、LB(10 μmol·L-1)各1 μL,2 μL 羥基萘酚藍(hydroxynaphthol blue,HNB)(2.4 mmol·L-1),1 μL Bst DNA 聚合酶(8 U·μL-1),2 μL模板DNA,滅菌水補至26 μL。

      以1.3節(jié)中提取的DNA為模板,按照上述LAMP反應(yīng)體系分別進行7種病原菌的檢測,以相應(yīng)病原菌標準菌株的DNA為陽性對照(藤倉鐮孢標準菌株為CBS183.29,其他6種鐮孢菌標準菌株參見表1對應(yīng)參考文獻),以ddH2O為陰性對照。擴增反應(yīng)前加入羥基奈酚藍(HNB)為反應(yīng)指示劑,反應(yīng)結(jié)束后,通過肉眼觀察指示劑羥基奈酚藍顏色變化判定擴增結(jié)果,反應(yīng)結(jié)束后產(chǎn)物呈天藍色為陽性,呈紫色為陰性。

      表17種小麥赤霉病病菌的LAMP檢測技術(shù)體系

      Table1LAMPassayusedfordetectingsevenFusariumspeciescausingwheatscab

      檢測技術(shù)LAMP目標病原菌Objectivespecies擴增條件LAMPreaction靈敏度Sensitivity/(pg·μL-1)引物PrimerCYP51C?F.a(chǎn)sia?LAMPF.a(chǎn)siaticum60minat63℃70[22]CYP51C?Fg?LAMPF.graminearum60minat62℃100[23]IGS?Ff?LAMPF.fujikuroi70minat62℃100表2Table2CYP51C?Fc?LAMPF.culmorum60minat63℃83[24]Esyn1?F.a(chǎn)ven?LAMPF.a(chǎn)venaceum70minat63℃100[25]Pgk?Fv?LAMPF.verticillioides70minat62℃100[26]CYP51C?Fe?LAMPF.equiseti60minat62℃10[23]

      表2用于檢測藤倉鐮孢的LAMP引物

      Table2LAMPprimersusedforspecificdetectionofFusariumfujikuroi

      目標病原菌Objectivespecies引物名稱Primername序列Sequence(5′→3′)藤倉鐮孢菌Ff?FIPTCAGCCTACCCTAGACCCTCGCCCTTACCTTTGCTTGAF.fujikuroiFf?BIPAGCTAGACTACTCTAAGGGTAGGTACAACTTCCACCAATTGCAFf?F3AGACACCGTTTTGTTTTGCFf?B3CTTTTCTCCAACTTCACAGCFf?LFATCCGGCCAAGACCGTC

      1.5 小麥赤霉病病原菌的分離、驗證

      為進一步驗證小麥赤霉病病原菌的LAMP檢測結(jié)果,選擇部分LAMP呈陽性樣本,采用組織分離法進行病菌分離[27]。將發(fā)病小麥穗剪成約0.5 cm × 0.5 cm的組織塊,在超凈工作上經(jīng)70%酒精(v/v)表面消毒1 min,移至2%(v/v)NaClO中浸泡2 min,用無菌水沖洗3次;用滅菌的濾紙片吸取殘存在組織塊表面的水分,并在超凈工作臺上吹干;將病組織置于PDA(potato dextrose agar)平板上,于黑暗條件下25 ℃培養(yǎng)3 d 后,挑取菌落邊緣菌絲轉(zhuǎn)入新的PDA培養(yǎng)基上純化病原菌。通過病原菌形態(tài)觀察,進行鐮孢菌屬的種類鑒定。參照許 娟[28]描述的CTAB(Hexadecyltrimethy Ammonium Bromide)法提取分離純化的菌絲體DNA,通過TEF-1a基因序列比對分析鑒定小麥赤霉病病菌的種類。

      2 結(jié)果與分析

      2.1 LAMP檢測結(jié)果

      7個LAMP檢測體系對某被測樣本的檢測結(jié)果(圖1)顯示,可特異性識別亞細亞鐮孢(試管編號2號,下同)、禾谷鐮孢(3號)和擬輪枝鐮孢(8號)的LAMP檢測結(jié)果呈陽性。判定該樣本病組織中包含亞細亞鐮孢、禾谷鐮孢和擬輪枝鐮孢3種病原菌。其他4種病原菌的LAMP檢測結(jié)果(4、5、6和7號)呈陰性,表明該樣本中不存在這4種小麥赤霉病病菌。151份小麥赤霉病樣本檢測結(jié)果(圖2)表明,所有樣本中共檢測到6種小麥赤霉病病菌,亞細亞鐮孢的檢出率最高,達100%;其次為藤倉鐮孢,檢出該種病菌的樣本有15份,檢出率為10.0%;隨后依次為禾谷鐮孢、黃色鐮孢、燕麥鐮孢和擬輪枝鐮孢,檢出樣本數(shù)分別為10、4、3和1,檢出率依次為6.0%、2.6%、2.0%和0.6%。所有樣本均未檢測到木賊鐮孢。

      1:陽性對照;2~8:被測樣品分別對亞細亞鐮孢、禾谷鐮孢、黃色鐮孢、藤倉鐮孢、燕麥鐮孢、木賊鐮孢、擬輪枝鐮孢的檢測結(jié)果;9:陰性對照

      1:Positive control;2-8:Sample tested result forFusariumasiaticum,F.graminearum,F.culmorum,F.fujikuroi,F.avenaceum,F.equisetiandF.verticillioides,respectively;9:Negative control

      圖1小麥赤霉病菌的LAMP檢測結(jié)果

      Fig.1DetectionofFusariumspeciescausingwheatscabusingLAMPassays

      不同地點的病原菌種類分布有所差異(表3)。151份樣本中有122份樣本僅檢測到亞細亞鐮孢,表明被測樣本由亞細亞鐮孢單獨侵染引起。另有29份樣本檢測到2種或3種鐮孢菌,占被測總樣本數(shù)的19.2%,表明這些樣品所在地區(qū)小麥赤霉病存在復(fù)合侵染狀況,且均由亞細亞鐮孢與藤倉鐮孢、禾谷鐮孢、黃色鐮孢、燕麥鐮孢或擬輪枝鐮孢復(fù)合侵染引起。由此可見,江蘇中部地區(qū)引起小麥赤霉病的優(yōu)勢種為亞細亞鐮孢,藤倉鐮孢、禾谷鐮孢、黃色鐮孢、燕麥鐮孢和擬輪枝鐮孢的也有零星分布。

      F.asia:Fusariumasiaticum;Ff:F.fujikuroi;Fg:F.graminearum;Fc:F.culmorum;F.aven:F.avenaceum;Fv:F.verticillioides;Fe:F.equiseti. 下同. The same in table 3 and 4.

      圖2引起小麥赤霉病的7種鐮孢菌的LAMP檢測結(jié)果

      Fig.2LAMPdetectionofFusariumspeciescausingwheatscab

      表3江蘇中部地區(qū)引起小麥赤霉病的鐮孢菌種類及分布

      Table3FusariumspeciescausingwheatscabandtheirdistributioninthemiddleareaofJiangsu

      病菌種數(shù)No.ofspecies鐮孢菌種類Fusariumspp.樣本數(shù)No.ofsamples采集地點Samplingsite一種OnespeciesF.a(chǎn)sia122句容、江寧、浦口、儀征、廣陵Jurong,Jiangning,Pukou,Yizheng,Guangling兩種TwospeciesF.a(chǎn)sia+Ff13句容、江寧 Jurong,JiangningF.a(chǎn)sia+Fg6句容、江寧、浦口 Jurong,Jiangning,PukouF.a(chǎn)sia+Fc4江寧、儀征 Jiangning,YizhengF.a(chǎn)sia+F.a(chǎn)ven2廣陵 Guangling三種ThreespeciesF.a(chǎn)sia+Fg+Ff2句容、江寧 Jiangning,JurongF.a(chǎn)sia+Fg+Fv1句容 JurongF.a(chǎn)sia+Fg+F.a(chǎn)ven1廣陵 Guangling合計Total151

      檢測結(jié)果(表3)表明,亞細亞鐮孢在江蘇中部5個采集地區(qū)均有分布,而藤倉鐮孢、禾谷鐮孢、黃色鐮孢、燕麥鐮孢和擬輪枝鐮孢5種小麥赤霉病病菌僅在局部地區(qū)被檢測到。例如,禾谷鐮孢在句容、江寧、浦口和廣陵有分布,而黃色鐮孢和燕麥鐮孢僅在揚州的廣陵區(qū)被檢測到。

      2.2 陽性樣本的病原菌分離驗證

      為了驗證LAMP檢測結(jié)果的準確性和可靠性,選擇34份LAMP陽性樣本,包含僅單獨檢測到亞細亞鐮孢以及同時檢測到2或3種鐮孢菌的樣本,對其進行病原菌分離與鑒定。結(jié)果(表4)表明,從僅檢測到亞細亞鐮孢的10份陽性樣本,以及檢測到亞細亞鐮孢與其他種類鐮孢菌復(fù)合侵染的24份陽性樣本中均分離出亞細亞鐮孢,進一步證實亞細亞鐮孢為江蘇中部地區(qū)引起小麥赤霉病的優(yōu)勢種。在24份檢測到2種或3種鐮孢菌的陽性樣本中,除燕麥鐮孢外,其余4個種均被分離出來,該結(jié)果進一步證實藤倉鐮孢、禾谷鐮孢、黃色鐮孢和擬輪枝鐮孢是該地區(qū)小麥赤霉病發(fā)生的病原菌種類。除亞細亞鐮孢外,LAMP檢測結(jié)果與分離結(jié)果存在一定差異,例如,從9份同時檢測到亞細亞鐮孢和禾谷鐮孢的陽性樣本中,僅4份分離出禾谷鐮孢(表4)(表4中將一份樣本中分離到的同1種病原菌記載為該病原菌的1個菌株)。

      本研究未能從3份檢測到燕麥鐮孢的陽性樣本中分離出該病原菌,可能與該病菌生長速度較其他鐮孢菌慢,其菌落被其他病原菌覆蓋故未能獲得純培養(yǎng)所致。陽性樣本的病原菌分離驗證結(jié)果表明,本研究采用的LAMP檢測技術(shù)具有準確性和可靠性,可作為小麥赤霉病菌種群組成研究的新技術(shù)。

      表4LAMP檢測陽性樣本的分離與鑒定

      Table4IsolationandidentificationofFusariumspp.frompositivesamplesdetectedbyLAMPassay

      ALMP檢測結(jié)果ResultdetectedbyLAMP樣本數(shù)No.ofsample分離到鐮孢菌種類Fusariumspp.isolated鐮孢菌Fusariumspp.數(shù)量NumberF.a(chǎn)sia10F.a(chǎn)sia10F.a(chǎn)sia+Ff9F.a(chǎn)sia9Ff1F.a(chǎn)sia+Fg5F.a(chǎn)sia5Fg2F.a(chǎn)sia+Fc4F.a(chǎn)sia4Fc1F.a(chǎn)sia+F.a(chǎn)ven2F.a(chǎn)sia2F.a(chǎn)ven0F.a(chǎn)sia+Fg+Ff2F.a(chǎn)sia2Fg1Ff0F.a(chǎn)sia+Fg+Fv1F.a(chǎn)sia1Fv1Fg0F.a(chǎn)sia+Fg+F.a(chǎn)ven1F.a(chǎn)sia1Fg1F.a(chǎn)ven0

      3 討 論

      小麥赤霉病病菌種類的檢測與鑒定是研究小麥赤霉病發(fā)生發(fā)展及其預(yù)防和抗病育種的基礎(chǔ)。由鐮孢菌引起的小麥赤霉病的檢測診斷主要依據(jù)病害癥狀和病原菌的形態(tài)學特征。近年來已報道的基于PCR的分子生物學鑒定技術(shù)也逐步應(yīng)用于小麥赤霉病菌的檢測[17,18,28-30]。已有的檢測方法大多需要先分離獲得病原菌的純培養(yǎng),然后提取病原菌DNA進行基因序列比對,整個檢測鑒定過程費時、費工,操作比較繁瑣,且效率低。張 林等[31]采用 Chelex-100法從病害標樣材料上直接提取DNA與特異性分子標記檢測相結(jié)合的方法快速檢測小麥赤霉病病菌,較之以往的PCR技術(shù)更為簡便、快速,但該方法對于發(fā)病癥狀不明顯病組織的檢測效果欠佳。本研究采用的LAMP技術(shù)特異性強,所設(shè)計的4條引物可識別6個靶標區(qū)段,其特異性較普通PCR有較大提升,靈敏度高,本研究應(yīng)用的7個LAMP檢測體系的靈敏度均能達到pg(picogram,1 g=109 pg)級水平;對DNA模板質(zhì)量要求低,可從病組織中提取的包含有寄主植物、病原菌和其他腐生微生物的DNA中直接檢出目標病原菌;檢測所需時間短,完成一次檢測(從病組織DNA提取至獲得LAMP檢測結(jié)果)僅需2 h左右;操作簡單,經(jīng)濟實用,不需要昂貴的儀器設(shè)備。值得指出的是,本實驗室研發(fā)的7個LAMP檢測技術(shù)是分別特異性針對7種小麥赤霉病病菌的,因而病原菌的檢測與種的鑒定可同步完成。

      本研究確定亞細亞鐮孢為江蘇省中部地區(qū)小麥赤霉病的優(yōu)勢致病菌,與前人的研究結(jié)果基本一致[12,15,16,30,32]。本研究發(fā)現(xiàn)由該鐮孢菌引起的小麥赤霉病比重顯著上升。假禾谷鐮孢(F.pseudograminearum)是引起小麥莖基腐病的主要致病菌[33],在河南省分布較廣泛,同時該鐮孢菌也是部分地區(qū)小麥赤霉病的致病菌[13,34]。本研究也應(yīng)用本實驗室研發(fā)的假禾谷鐮孢的LAMP檢測技術(shù)對該病原菌進行了檢測,151份小麥赤霉病樣本的檢測結(jié)果均為陰性(結(jié)果未顯示),表明該鐮孢菌對目前江蘇中部地區(qū)小麥赤霉病的發(fā)生可能不起作用。雖然本研究基本涵蓋了小麥赤霉病的主要致病菌種類,但是由于本實驗室研發(fā)的LAMP技術(shù)體系檢測的病原菌種類數(shù)量有限,還需進一步研發(fā)其他小麥赤霉病病菌的LAMP檢測體系,以補充完善小麥赤霉病病菌的快速檢測技術(shù)。

      綜上所述,本研究應(yīng)用LAMP技術(shù)明確了江蘇省中部地區(qū)小麥赤霉病菌的種群組成和地理分布,對小麥赤霉病的田間防治有一定的參考價值,并為小麥赤霉病菌的快速檢測和鑒定提供了新的方法。

      致謝:南京農(nóng)業(yè)大學王秀娥老師、揚州大學陳孝仁老師為本研究采集部分小麥赤霉病樣本,謹此致謝!

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