劉晶晶,周冬冬,張瑾
環(huán)狀RNA(circular RNAs,circRNAs)于1976年通過電子顯微鏡在RNA病毒中首次被發(fā)現(xiàn)。隨后,在真核生物中也清晰地觀察到了circRNA的結(jié)構(gòu)[1]。與線性RNA結(jié)構(gòu)不同,circRNA是單鏈共價(jià)閉合環(huán)狀結(jié)構(gòu),無5'帽端和3'尾端[2]。在過去的30年里,這些circRNA被認(rèn)為是錯(cuò)誤剪接或前體mRNA加工過程中的副產(chǎn)物。在不同的生物體中,也只有少量circRNA被發(fā)現(xiàn)[3]。然而,隨著高通量測序技術(shù)的發(fā)展和廣泛應(yīng)用,以及針對circRNA檢測和量化的特定方法的發(fā)展,circRNA作為一種新興的非編碼RNA被推到了聚光燈下,大量circRNA已被成功識別。研究表明circRNA廣泛參與了細(xì)胞的生長、分化、發(fā)育和凋亡在內(nèi)的病理生理過程,并與多種惡性腫瘤的發(fā)生、進(jìn)展相關(guān)[4]。這為我們提供了腫瘤研究的新方向。
1.1 circRNA分類及其形成機(jī)制 circRNA是一類不具有5'末端帽結(jié)構(gòu)和3'末端polyA尾結(jié)構(gòu),并以共價(jià)鍵的形式形成環(huán)形結(jié)構(gòu)的特殊RNA分子。具體來說,環(huán)狀是借助套索結(jié)構(gòu)或內(nèi)含子的互補(bǔ)配對,以反向剪切的方式來形成的[5]。根據(jù)circRNA的來源可分為3類:外顯子 circRNA(exonic circRNA,ecRNA)、內(nèi)含子 circRNA(intronic circRNA,ciRNA)以及由外顯子和內(nèi)含子共同組成的circRNA(exonintron circular RNAs,EIciRNA)[6-7]。circRNA的產(chǎn)生機(jī)制較為復(fù)雜,主要有套索驅(qū)動(dòng)的環(huán)化、內(nèi)含子配對驅(qū)動(dòng)的環(huán)化形成的外顯子circRNA,內(nèi)含子獨(dú)立環(huán)化、內(nèi)含子RNA結(jié)合蛋白(RNA binding protein,RBP)或轉(zhuǎn)錄因子驅(qū)動(dòng)的環(huán)化形成的內(nèi)含子circRNA等機(jī)制[8]。目前circRNA的產(chǎn)生機(jī)制仍在不斷探索中。
1.2 circRNA的特性
1.2.1 保守性 大多數(shù)circRNA中的一些序列在進(jìn)化上是保守的。作為非編碼RNA的一種,circRNA保留了相似的RNA結(jié)構(gòu)。circRNA主要特點(diǎn)是以1個(gè)2',5'-磷酸二酯鍵使首尾相連,而競爭性內(nèi)源RNA(Competing endogenous RNA,ceRNA)則以1個(gè)3',5'-磷酸二酯鍵連接首尾兩端。這種特殊的反式剪接具有高度的保守性[9]。circRNA的保守核苷酸序列豐度明顯增加。通過自身的miRNA應(yīng)答元件(MicroRNA response element,MRE)競爭性結(jié)合同一miRNA,與其他具有MRE的ceRNA[假基因轉(zhuǎn)錄本、長鏈非編碼RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)和mRNA等]相比,circRNA因其特殊結(jié)構(gòu)而具有的穩(wěn)定性使其成為一種優(yōu)勢ceRNA[10]。
1.2.2 穩(wěn)定性 多數(shù)circRNA可以在細(xì)胞質(zhì)中穩(wěn)定存在。這種穩(wěn)定性可能是由于circRNA缺乏與mRNA類似的5'帽和3'尾端結(jié)構(gòu),從而避免了脫腺苷化、脫帽等降解反應(yīng)[11]。
1.2.3 豐富性 circRNA在生物體中廣泛存在和表達(dá),也存在于人體多種體液中,如血漿[12]、唾液[13]以及外泌體等[14]。
1.2.4 特異性 不同細(xì)胞、組織在不同發(fā)育階段具有circRNA特異表達(dá)譜,這種表達(dá)的特異性提示不同的circRNA具有特定功能。
1.3 circRNA的生物學(xué)功能 雖然關(guān)于circRNA參與調(diào)控生物學(xué)功能的機(jī)制尚不清楚,但越來越多的證據(jù)表明其參與了一系列的病理生理過程。
1.3.1 miRNA海綿樣作用 CircRNA含有大量不同類型的miRNA反應(yīng)元件,可以與miRNA相互作用,在細(xì)胞中充當(dāng)miRNA海綿、消除miRNA對其靶基因的抑制作用,這種抑制能力稱為miRNA海綿作用。CDR1as,即ciRS-7,包含70多個(gè)保守的結(jié)合位點(diǎn),在人類和小鼠的大腦中高度表達(dá),首次報(bào)道其功能即是作為miR-7的海綿發(fā)揮作用[9]。另外一種circRNA——Sry(sex-determining region Y)被報(bào)道可作為miR-138的海綿,從而調(diào)控腫瘤細(xì)胞的侵襲和轉(zhuǎn)移[15]。以上研究結(jié)果表明,circRNA可以作為miRNA海綿參與腫瘤的調(diào)控。
1.3.2 circRNA與蛋白結(jié)合 CircRNA可以直接或通過RNA與蛋白質(zhì)分子特異性結(jié)合,也可以作為競爭分子阻斷蛋白質(zhì)與靶分子的結(jié)合[16]。circRNA與蛋白質(zhì)相互作用的一個(gè)例子是circFoxo3。CircFoxo3優(yōu)先在細(xì)胞質(zhì)中表達(dá),可以與抗衰老蛋白質(zhì)分化抑制因子1(Inhibitor of differentiation-1,ID1)、轉(zhuǎn)錄因子E2F1(E2F1基因編碼的、與細(xì)胞周期相關(guān)的轉(zhuǎn)錄因子)和抗應(yīng)激蛋白局部黏著斑激酶(Focal adhesion kinase,F(xiàn)AK)/HIF1α結(jié)合,導(dǎo)致結(jié)合體滯留在細(xì)胞質(zhì)中,阻止ID1 E2F1-FAK/HIF1α的核易位,從而抑制心肌細(xì)胞的抗衰老和抗應(yīng)激功能[17]。
1.3.3 circRNA調(diào)控基因轉(zhuǎn)錄 雖然大多數(shù)circRNA作為miRNA海綿調(diào)控miRNA,但也有一些circRNA可以順式或反式調(diào)控基因轉(zhuǎn)錄。研究發(fā)現(xiàn),細(xì)胞核內(nèi)的circRNA被敲除后,其對microRNA靶點(diǎn)的富集減少,這也導(dǎo)致了它們的親本基因表達(dá)減少;例如ci-ankrd52和ci-sirt7通過與PolⅡ相互作用,可以作為親本基因轉(zhuǎn)錄的正向調(diào)控因子,這說明內(nèi)含子circRNA可以調(diào)控親本基因的轉(zhuǎn)錄[6]。
1.3.4 circRNA參與蛋白質(zhì)的翻譯 大多數(shù)研究人員認(rèn)為circRNA是一類獨(dú)特的內(nèi)源性非編碼RNA,不能翻譯蛋白質(zhì)。然而,考慮到大多數(shù)circRNA是由編碼基因產(chǎn)生的,并且包含完整的外顯子,一些circRNA被證明有潛力被翻譯成蛋白質(zhì)。研究人員在大腸桿菌中轉(zhuǎn)染插入了綠色熒光蛋白開放閱讀框的人工circRNA,可以使大腸桿菌產(chǎn)生極長的蛋白鏈[18]。此外,Legnini等[19]研究發(fā)現(xiàn),circ-ZNF609可以翻譯小鼠成肌細(xì)胞中的蛋白??傊壳耙延凶C據(jù)證明circRNA可以直接翻譯蛋白質(zhì)。
早期研究表明,circRNA在許多癌組織中均有差異表達(dá),隨著高通量測序技術(shù)的發(fā)展,包括乳腺癌在內(nèi)的腫瘤組織中已發(fā)現(xiàn)大量circRNA,提示circRNA可能被應(yīng)用于乳腺癌的診斷和治療。
2.1 circRNA在乳腺癌中的表達(dá) 越來越多的證據(jù)表明,在正常乳腺組織中檢測到的circRNA數(shù)量高于腫瘤組織。在最近的一項(xiàng)研究中,研究人員篩選了乳腺癌和鄰近正常組織中的circRNA表達(dá)譜,circRNA微陣列分析結(jié)果顯示,1 155個(gè)差異表達(dá)circRNA中715個(gè)上調(diào),440個(gè)下調(diào),證明了hsa_circ_103110、hsa_circ_104689和hsa_circ_104821水平在乳腺癌組織中升高,而hsa_circ_006054、hsa_circ_100219和hsa_circ_406697水平在乳腺癌組織中降低[20]。Nair等[21]開發(fā)了Circ-Seq工作流程,以識別乳腺腫瘤樣本特異性的circRNA,并編制3種乳腺癌亞型中獨(dú)特的circRNA:三陰性乳腺癌(triple negative breast cancer,TNBC)、雌激素受體陽性(ER+)和ErbB2過表達(dá)HER2陽性(HER2+)乳腺癌;值得注意的是,與來自癌癥基因組圖譜(TCGA)的鄰近正常乳腺組織以及來自基因型組織(GTEx)的正常乳腺組織樣品相比,在乳腺腫瘤中觀察到較少數(shù)量的circRNA表達(dá);此外,此項(xiàng)研究還發(fā)現(xiàn)ER+乳腺癌癌旁正常組織中的circRNA與增殖基因的復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)增殖(ROR-P)評分呈負(fù)相關(guān),提示circRNA可能是乳腺癌和相關(guān)細(xì)胞增殖的標(biāo)志物。
2.2 circRNA與乳腺癌的增殖和進(jìn)展
2.2.1 circRNA通過microRNA海綿調(diào)節(jié)乳腺癌的增殖和進(jìn)展 越來越多的證據(jù)證明,microRNA在腫瘤發(fā)生過程中調(diào)控基因表達(dá)。深入研究發(fā)現(xiàn),部分circRNA作為microRNA海綿參與調(diào)控腫瘤的增殖、轉(zhuǎn)移和侵襲。Tang等[22]研究發(fā)現(xiàn)circRNA hsa_circ_0001982在乳腺癌組織和細(xì)胞系中明顯過表達(dá),其通過靶向miR-143發(fā)揮競爭性內(nèi)源性RNA(ceRNA)的作用;敲低hsa_circ_0001982可以抑制乳腺癌細(xì)胞的增殖和侵襲,并誘導(dǎo)細(xì)胞凋亡。該研究探討了circRNA的ceRNA機(jī)制在乳腺癌發(fā)生發(fā)展中的作用,為基礎(chǔ)研究提供了新的視角。
有研究報(bào)道,circGFRA1在乳腺癌中上調(diào)表達(dá),并與腫瘤大小、TNM分期、淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移和組織學(xué)分級呈正相關(guān);進(jìn)一步的實(shí)驗(yàn)表明,circGFRA1可能作為miR-34a海綿通過ceRNA機(jī)制起到調(diào)節(jié)GFRA1表達(dá)的作用,從而促進(jìn)細(xì)胞增殖,抑制TNBC的凋亡[23]。上述研究證明circRNA可通過miRNA海綿作用隔離與增殖相關(guān)的特定miRNA,從而調(diào)節(jié)腫瘤的發(fā)生、發(fā)展。
2.2.2 circRNA通過癌癥相關(guān)的信號通路調(diào)節(jié)乳腺癌細(xì)胞的增殖和進(jìn)展 乳腺癌細(xì)胞增殖與多種癌癥相關(guān)信號通路的異常激活有關(guān)。研究表明,circRNA通過直接調(diào)控靶基因或與癌癥相關(guān)信號通路密切相關(guān)的miRNA相互作用,在乳腺癌的發(fā)生、增殖、轉(zhuǎn)移和侵襲過程中發(fā)揮重要作用。最近一項(xiàng)研究表明,hsa_circ_0011946/復(fù) 制 因 子 C3(Replication factor,RFC3)信號通路的失活可能抑制MCF-7細(xì)胞的遷移和侵襲能力[24]。miR-7作為一種抑癌miRNA,在乳腺癌組織中的表達(dá)低于正常乳腺組織,在侵襲性乳腺癌細(xì)胞系中過表達(dá)miR-7可抑制腫瘤細(xì)胞的增殖、遷移和侵襲[25]。目前,miR-7已被證實(shí)可通過直接下調(diào)表皮生長因子受體(Epidermal growth factor receptor,EGFR)[26]、紅系 Kruppel樣因子(Kruppel like factor,KLF4)[27]、組蛋白甲基轉(zhuǎn)移酶 SETDB1[28]等關(guān)鍵促癌因子的表達(dá)參與許多癌癥相關(guān)的信號通路,這些研究表明miR-7具有明顯的抑癌作用。Zhang等[28]證明miR-7通過直接抑制致癌基因SETDB1的表達(dá),從而阻斷STAT3信號通路,進(jìn)而抑制乳腺癌細(xì)胞的遷移和侵襲,部分逆轉(zhuǎn)MDA-MB-231乳腺癌細(xì)胞的上皮-間充質(zhì)轉(zhuǎn)化(Epithelialmesenchymal transition,EMT);該研究還發(fā)現(xiàn)ciRS-7可能作為miR-7的競爭性circRNA減弱miR-7對STAT3通路的抑制。綜上所述,新發(fā)現(xiàn)的ciRS-7作為一種抑制miR-7的circRNA,參與了許多癌癥相關(guān)的信號通路。
2.3 circRNA與乳腺癌的診斷與預(yù)后 預(yù)后評估對預(yù)后不良因素的早期干預(yù)和癌癥患者預(yù)期壽命的延長具有重要意義。近年來研究表明,circRNA參與了乳腺癌的多種病理過程。探索circRNA作為乳腺癌診斷和預(yù)后的生物標(biāo)志物具有重要臨床意義和價(jià)值。例如,乳腺癌患者術(shù)后血漿hsa_circ_0001785水平較術(shù)前明顯降低,提示其可作為判斷預(yù)后的生物標(biāo)志物[29]。這種現(xiàn)象可能主要是由于乳腺癌切除后腫瘤源性核酸的釋放減少引起的[30]。而且血漿中hsa_circ_0001785的水平還與乳腺癌的組織學(xué)分級、TNM分期及遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移密切相關(guān),從而利用has-circ-0001785在不同分期乳腺癌組織中表達(dá)水平的差異進(jìn)一步對乳腺癌進(jìn)行細(xì)化分期分級。此外,有報(bào)道稱circGFRA1在乳腺癌組織中上調(diào),與腫瘤大小、TNM分期、淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移和TNBC的組織學(xué)分級呈正相關(guān)[23]。以上研究證明circRNA在乳腺癌的診斷和預(yù)后方面具有較好的應(yīng)用前景。
2.4 circRNA與乳腺癌化療耐藥的關(guān)系 circRNA不僅與乳腺癌的發(fā)生和發(fā)展有關(guān),而且與乳腺癌化療的不良反應(yīng)及耐藥產(chǎn)生也有著密切的聯(lián)系。化療是治療乳腺癌的有效臨床策略,但有時(shí)因?yàn)樗幬锬退帉?dǎo)致療效降低,從而導(dǎo)致乳腺癌患者治療失敗和較差的預(yù)后。探索化療耐藥產(chǎn)生機(jī)制中涉及的分子途徑至關(guān)重要。例如,Gao等[31]在阿霉素耐藥的MCF-7乳腺癌細(xì)胞系和其親代細(xì)胞中篩選出了18個(gè)差異表達(dá)的circRNA,其中hsa_circ_00006528在阿霉素耐藥細(xì)胞中的表達(dá)相對阿霉素敏感細(xì)胞系更高;此外,還進(jìn)一步揭示了hsa_circ_00006528-miR-7-5p-Raf1反應(yīng)軸在乳腺癌耐藥相關(guān)機(jī)制中的作用,揭示了hsa_circ_00006528克服阿霉素耐藥性的可能性。此外,Miao等[32]證明了 miR-130b 靶向PTEN通過PI3K/Akt信號通路誘導(dǎo)多藥耐藥;考慮到circRNA的生物學(xué)功能,某些circRNA可能充當(dāng)miR-130b的海綿,與PI3K/Akt信號通路中相關(guān)靶基因作用參與乳腺癌的化療耐藥。鑒于circRNA與乳腺癌耐藥的關(guān)系,分析circRNA的異常表達(dá)對于乳腺癌的進(jìn)一步治療至關(guān)重要。
2.5 circRNA與乳腺癌的靶向治療 CircRNA具有潛在的抗癌作用,目前已有大量的circRNA被證實(shí)與乳腺癌的增殖和進(jìn)展有關(guān),顯示了其作為乳腺癌治療靶點(diǎn)的潛在作用。Wang等[33]研究表明,circRNA-000911在乳腺癌中通過對miR-449的海綿樣作用,從而激活Notch1和核因子(NF)-κB信號通路,發(fā)揮其抑制腫瘤的作用。因此,circRNA-000911可能為乳腺癌的新治療策略的制定提供了一個(gè)新的方向。此外,研究報(bào)道circ-Foxo3可誘導(dǎo)腫瘤細(xì)胞凋亡和抑制乳腺癌進(jìn)展,因此其有望成為一種新的乳腺癌治療靶點(diǎn)[34]。目前,研究表明腫瘤干細(xì)胞對腫瘤的存活、增殖、轉(zhuǎn)移及復(fù)發(fā)有著重要作用[35]。傳統(tǒng)治療方法最終失敗的原因可以歸結(jié)為沒有殺死腫瘤干細(xì)胞,最終導(dǎo)致腫瘤復(fù)發(fā)。為了預(yù)防乳腺癌的復(fù)發(fā)和轉(zhuǎn)移,根除乳腺癌干細(xì)胞(breast cancer stem cells BCSCs)至關(guān)重要。Yan 等[36]使用RNA測序技術(shù)篩選了BCSCs中的circRNA譜,發(fā)現(xiàn)27個(gè)circRNA表達(dá)異常,其中19個(gè)表達(dá)下調(diào),8個(gè)表達(dá)上調(diào),并且發(fā)現(xiàn)circVRK1可以抑制乳腺癌干細(xì)胞的擴(kuò)張和自我更新能力。此項(xiàng)研究結(jié)果表明circVRK1可能是乳腺癌的一個(gè)治療靶點(diǎn)。
目前,有幾種技術(shù)為部分或完全去除致癌circRNA提供了前所未有的機(jī)會,包括基于siRNA的治療[37]、反義寡核苷酸治療[38]、CRISPER/Cas系統(tǒng)[39]等。相反,以往的研究表明,參與癌癥的miRNA可以分為促癌miRNA和抑癌miRNA。前者可以通過miRNA海綿的功能或其他途徑被circRNA所抑制。由于某些circRNA對特定的miRNA具有許多結(jié)合位點(diǎn),因此它們比典型的miRNA抑制劑更有效。此外。有研究表明,細(xì)胞外囊泡很有可能可以有效地將circRNA傳遞到準(zhǔn)確的作用位點(diǎn)[40]。
circRNA曾被認(rèn)為是mRNA錯(cuò)誤剪接形成的副產(chǎn)物,現(xiàn)在被認(rèn)為是RNA領(lǐng)域中一個(gè)新興的關(guān)鍵分子。circRNA分子具有miRNA海綿樣作用、調(diào)控轉(zhuǎn)錄和翻譯、作為生物標(biāo)志物以及抑癌因子等一系列功能,被認(rèn)為是各種生理和病理生理過程中的重要調(diào)控因子。近年來,諸多研究探索了circRNA在癌癥中的臨床價(jià)值。本文介紹了circRNA參與乳腺癌的增殖、遷移、侵襲和凋亡等多種生物學(xué)過程,其作為在乳腺癌診斷、預(yù)后、復(fù)發(fā)和風(fēng)險(xiǎn)評估等方面有前景的生物標(biāo)志物,是潛在的治療靶點(diǎn)。總之,circRNA為乳腺癌的診斷和治療提供了一個(gè)新的視角。然而,與編碼RNA、miRNA和lncRNA相比,目前我們對circRNA的認(rèn)識還比較淺顯,大多數(shù)circRNA的生理和病理過程中的生物學(xué)功能還需要進(jìn)一步的研究來揭示,以便在未來應(yīng)用于臨床。