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      氟代六元氮雜環(huán)化合物與水分子弱相互作用的理論研究

      2021-05-17 11:15:08林珍義
      關(guān)鍵詞:環(huán)上三氟雜環(huán)

      陳 玲,林珍義,肖 瑤,曾 義

      (西華大學(xué)理學(xué)院,四川 成都 610039)

      六元氮雜環(huán)化合物作為一類典型的雜環(huán)芳香化合物在工業(yè)和藥物等領(lǐng)域有著重要的應(yīng)用。常見的含一個和兩個氮原子的六元雜環(huán)化合物包括吡啶(Pyridine,Py)、噠嗪(Pyridazine,Pa)、嘧啶(Pyrimidine,Pm)和吡嗪(Pyrazine,Pz)(圖1)。這些化合物自身六元環(huán)上的π 電子和氮原子上的孤對電子lp (lone pair)可以作為電子供體與一些常見小分子發(fā)生弱相互作用而形成H···N 氫鍵復(fù)合物(Hydrogen bond,HB)或者H···π 復(fù)合物[1 ? 2]。氟原子由于強電負(fù)性和低極化率,其取代能在很大程度上影響這些分子的化學(xué)性質(zhì),使分子上方的π 電子云出現(xiàn)正的靜電勢“π-hole”,從而調(diào)節(jié)和改變六元氮雜環(huán)化合物與小分子之間的弱相互作用。

      圖1 含氮六元雜環(huán)化合物

      2016 年Calabrese 等[3]運用脈沖射流傅里葉變換微波光譜法研究了五氟吡啶(C5F5N,5FPy)與水分子的轉(zhuǎn)動光譜,首次發(fā)現(xiàn)了5FPy···H2O 的lp···π 復(fù)合物(圖2(a))。在這個復(fù)合物結(jié)構(gòu)中,水分子位于5FPy 平面上方。他們在MP2/6-311++G(d,p)的計算水平上還找到了一個OH···N 的氫鍵復(fù)合物(圖2(b)),計算結(jié)果也顯示lp···π 復(fù)合物為更穩(wěn)定結(jié)構(gòu)。該課題組之前還在三氟氯乙烯(C2F3Cl)與水分子[4]和氨分子[5]的轉(zhuǎn)動光譜實驗中檢測到了C2F3Cl···H2O 和C2F3Cl···NH3的lp···π復(fù)合物。Evangelisti 等[6 ? 9]在研究六氟苯與水的轉(zhuǎn)動光譜時也從實驗上確認(rèn)了類似的C6F6···H2O 的lp···π 穩(wěn)定構(gòu)型,而其他單氟苯、對二氟苯和1,2,3,4-四氟苯等不同氟原子取代的苯與水的光譜實驗確認(rèn)報道的是平面型的氫鍵復(fù)合物結(jié)構(gòu)。相對鹵代烴與水分子弱相互作用的大量研究,其他氟代六元氮雜環(huán)與水分子弱相互作用的實驗光譜研究和理論研究都相對較少。為此,本文采用密度泛函理論來系統(tǒng)研究五氟/四氟吡啶C5NF5-nHn(n=0,1)和四氟/三氟二嗪C5N2F4-nHn(n=0,1)與水分子之間的弱相互作用,考察不同氟原子取代下,氟代六元氮雜環(huán)化合物與水分子可能形成的lp···π 和氫鍵復(fù)合物的競爭效應(yīng),尋找出穩(wěn)定構(gòu)型并計算出相互作用能(Interaction Energy,IE),并從分子水平進行電子結(jié)構(gòu)的進一步分析。

      圖2 5FPy···H2O 的lp···π (a)和氫鍵復(fù)合物(b)

      1 計算方法

      文中所有結(jié)構(gòu)的幾何構(gòu)型均采用密度泛函M062X 方法[10]和aug-cc-PVTZ 基組進行優(yōu)化。并對優(yōu)化得到的結(jié)構(gòu)進行相同計算水平上的振動頻率分析,所有的頻率均為正值,說明為局域極小點。幾何構(gòu)型優(yōu)化的收斂判據(jù)為“opt=tight”,計算積分使用(99,590)的積分網(wǎng)格。對文中復(fù)合物結(jié)構(gòu)使用Boys-Bernardi 平衡方法(CP)的基組重疊誤差(BSSE)[11]來進行相互作用能校正。我們課題組[12]運用該方法M062X/aug-cc-pVTZ 已經(jīng)系統(tǒng)研究了全鹵代不飽和烯烴C2ClnF4-n(n=0~4)與甲醛、二甲醚、氨和三甲胺之間的lp···π 和鹵鍵弱相互作用,計算得到的復(fù)合物相互作用能與實驗報道值吻合較好。對所有優(yōu)化結(jié)構(gòu)的電子密度采用AIM2000 軟件進行AIM 分析[13]。所有計算都在高斯09 軟件下完成[14]。

      2 結(jié)果與討論

      五氟/四氟吡啶與水分子形成的lp···π 和氫鍵復(fù)合物結(jié)構(gòu)列于圖3 和圖4,四氟/三氟二嗪與水分子形成的lp···π 和氫鍵復(fù)合物結(jié)構(gòu)列于圖5 和圖6。

      圖3 五氟/四氟吡啶與水分子形成的lp···π 復(fù)合物,括號里為IE 值(kJ mol?1)和復(fù)合物的對稱性

      圖4 五氟/四氟吡啶與水分子形成的氫鍵復(fù)合物,括號里為IE 值(kJ mol?1)和復(fù)合物的對稱性

      圖5 四氟/三氟二嗪與水分子形成的lp···π 復(fù)合物,括號里為IE 值(kJ mol?1)和復(fù)合物的對稱性

      2.1 氟代吡啶與水分子形成的lp···π 和氫鍵復(fù)合物

      圖6 四氟/三氟二嗪與水分子形成的氫鍵復(fù)合物,括號里為IE 值(kJ mol?1)和復(fù)合物的對稱性

      對于四氟吡啶可能的3 種同分異構(gòu)體分別用4FPy-I,4FPy-II 和4FPy-III 進行表示。圖3 顯示,5FPy-LP 的IE 值為?17.0 kJ mol?1,而4FPy-I-LP,4FPy-II-LP 和4FPy-III-LP 的IE 值約為?15 kJ mol?1左右,從這里可以看出氟原子個數(shù)的減少會使其相應(yīng)lp···π 復(fù)合物的IE 值降低。這4 個結(jié)構(gòu)的O··N 距離比較接近,均在0.3 nm 左右。4FPy-ILP、4FPy-II-LP 和4FPy-III-LP 的∠ONC3 鍵角分別為74.8°、79.3°和76.3°,大于5FPy-LP 的73.5°?!螼NC3 鍵角越大說明水分子的氧原子偏離吡啶六元環(huán)的程度加深,這樣不利于形成lp···π 復(fù)合物。

      而在五氟/四氟吡啶與水分子形成的氫鍵復(fù)合物(圖4)中,相對于氟原子的個數(shù)對于氫鍵復(fù)合物的影響,其吡啶環(huán)上氫原子的位置對氫鍵復(fù)合物IE 值的影響更為顯著。5FPy-HB 的IE 值為?12.7 kJ mol?1。4FPy-I-HB、4FPy-II-HB 和 4FPy-IIIHB 中水分子的氧原子是與吡啶環(huán)上的氫原子和氮/氟原子形成C―H···O 和O―H···N/F 雙氫鍵,其IE 值顯著增大,分別為?23.1、?17.3 和?17.8 kJ mol?1,對應(yīng)的C―H···O 和O―H···F 氫鍵距離在0.22 nm 左右。而5FPy-HB 的中的O―H···F 氫鍵距離較大,為0.294 nm,這會在一定程度上削弱其氫鍵,使其IE 值下降??梢姰?dāng)吡啶從全氟取代變?yōu)樗姆〈?,其相?yīng)的氫鍵復(fù)合物IE 值明顯大于相應(yīng)的lp···π 復(fù)合物。因此對吡啶而言,全氟取代是其lp···π 復(fù)合物比氫鍵復(fù)合物穩(wěn)定的前提條件之一。

      2.2 氟代二嗪與水分子形成的lp···π 和氫鍵復(fù)合物

      對于三氟二嗪C5N2F3H,由于環(huán)上氫原子位置的不同,三氟噠嗪有2 種同分異構(gòu)體,3FPa-I 和3FPa-II;三氟嘧啶有3 種同分異構(gòu)體,3FPm-I、3FPm-II 和3FPm-III-LP;三氟吡嗪只有1 種結(jié)構(gòu)3FPz。

      由圖5 可知,對全氟取代的二嗪與水分子的lp···π 復(fù)合物,六元環(huán)上氮原子的增加增強了其水分子與配體環(huán)上π-hole 的弱相互作用,其4FPa-LP、4FPm-LP 和4FPz-LP 的IE 值分別為?21.2、?19.2 和?19.5 kJ mol?1,O···N 距離略大于5FPy-LP,尤其4FPz-LP 由于兩個氮的對位結(jié)構(gòu)使得到的4FPz-LP 結(jié)構(gòu)中水分子位于吡嗪環(huán)的上方中央,其兩個O··N 距離較長,為0.312 nm 和0.318 nm。但是4FPa-LP、4FPm-LP 和4FPz-LP 中的∠ONC2 鍵角約為63°~69°,明顯小于5FPy-LP(73.5°),這有利于增強C5N2F4···H2O 的lp···π 弱相互作用。對于三氟取代的C5N2F3H··H2O 的lp···π 復(fù)合物,環(huán)上氫原子的取代對于3FPa-ILP 和3FPa-II-LP 的幾何構(gòu)型影響較小,相應(yīng)復(fù)合物的IE 值略微減小,約為?19 kJ mol?1。3FPm-ILP、3FPm-II-LP 和3FPm-III-LP 的∠ONC2 鍵角隨著氫原子的取代增加了4°~8°,其IE 值也減小為?16.5~?15.4 kJ mol?1。3FPz-LP 的O··N 距離增加為~0.323 nm,其IE 值下降為?16.4 kJ mol?1。

      全氟取代的C5N2F4··H2O 氫鍵復(fù)合物(圖6)中,4FPa-HB、4FPm-HB 和4FPz-HB 的IE 值分別為?17.0、?12.8、?10.5 kJmol?1,都明顯小于各自三氟取代的C5N2F3H··H2O 氫鍵復(fù)合物??梢姯h(huán)上氫原子的取代有利于水分子和配體的平面氫鍵作用,尤其是當(dāng)環(huán)上氫原子在氮相鄰位置時所形成的氫鍵復(fù)合物:3FPa-I-HB、3FPm-I-HB、3FPm-IIIHB 和3FPz-HB 氫鍵作用明顯增強,其相應(yīng)IE 值為?26.8、?24.8、?21.5 和?21.3 kJ mol?1。而其他的氫鍵復(fù)合物3FPa-II-HB 和3FPm-II-HB IE 值下降為?19.7 和?16.5 kJ mol?1,這就使得對應(yīng)的lp···π 復(fù)合物3FPa-II-LP(IE:?19.3 kJ mol?1)和3FPm-IILP(IE:?16.9 kJ mol?1)與氫鍵復(fù)合物成為了競爭性復(fù)合物。計算表明,對于氫原子不與環(huán)上氮原子相鄰的氟代二嗪,非全氟取代下的lp···π 復(fù)合物也具有在實驗上被檢測確認(rèn)的可能性。

      2.3 靜電勢分析

      為了從電子水平進一步闡釋氟代氮雜環(huán)化合物與水分子的lp···π 和氫鍵弱相互作用,我們分析研究了13 種氟代氮雜環(huán)化合物的靜電勢圖(圖7)。圖7 顯示,全氟取代的5FPy、4FPa、4FPm 和4FPz 分子上方的π 電子云顯示深藍(lán)色(藍(lán)色代表靜電勢為正值,紅色代表靜電勢為負(fù)值),說明形成了十分集中明顯的“π-hole”,有利于與水分子的氧原子形成lp···π 復(fù)合物。而對于四氟吡啶(4FPy-I、4FPy-II 和4FPy-III)、三氟噠嗪(3FPa-I 和3FPa-II)、三氟嘧啶(3FPm-I、3FPm-II 和3FPm-III)和三氟吡嗪(3FPz) 環(huán)上方為淡藍(lán)色,說明“πhole”正的靜電勢降低,進而lp···π 作用有所減弱。而氫原子的一端顯示明顯的深藍(lán)色區(qū)域,即為“σhole”,十分有利于氫鍵復(fù)合物的形成。

      圖7 13 種氟代氮雜環(huán)化合物的靜電勢圖(藍(lán)色代表正值,紅色代表負(fù)值)

      2.4 AIM 分析

      對文中的氟代氮雜環(huán)化合物與水分子的lp···π 和氫鍵復(fù)合物進行了AIM 分析。圖8 中藍(lán)色圓圈標(biāo)注的即為復(fù)合物結(jié)構(gòu)中l(wèi)p···π 和氫鍵作用的鍵關(guān)鍵點(bond critical point,BCP)。表1 列出了這些結(jié)構(gòu)關(guān)鍵點的電子密度(ρBCP,au)及其拉普拉斯(?2ρBCP,au)值。由表1 可知,五氟/四氟吡啶的lp···π 復(fù)合物,ρBCP約為0.009 au,?2ρBCP約為0.04 au 左右,不同氟原子取代對lp···π 復(fù)合物的ρBCP和?2ρBCP影響不明顯。而在氫鍵復(fù)合物中,氟原子的取代對這2 個數(shù)值的影響則較為明顯。5FPy-HB 的AIM 分析顯示該結(jié)構(gòu)只有1 個OH···N 氫鍵的BCP,而其他的四氟吡啶氫鍵復(fù)合物則有2 個氫鍵作用BCP。其中4FPy-I-HB 的ρBCP和?2ρBCP最大,分別為0.030 (H···N:0.020 vs.H···O:0.010)和 0.122 (H···N:0.074 vs.H···O:0.048)。四氟/三氟二嗪與水分子lp···π 復(fù)合物的ρBCP在0.008~0.010 au 之間,?2ρBCP約為0.04 au 左右。相應(yīng)氫鍵復(fù)合物的ρBCP和?2ρBCP變化情況與四氟吡啶氫鍵復(fù)合物較為類似,3FPa-I-HB、3FPm-I-HB 和3FPz-HB 的ρBCP和?2ρBCP都相對較大,對應(yīng)于各自最大的IE 值。

      圖8 氟代吡啶與水分子形成復(fù)合物的AIM 圖(藍(lán)色圓圈標(biāo)注的是lp···π 和氫鍵作用的BCP)

      表1 所有復(fù)合物結(jié)構(gòu)的IE 值(kJ mol?1),BCP 處的電子密度(ρBCP,au)及其拉普拉斯(?2ρBCP,au)值

      3 結(jié)論

      本文采用密度泛函M062X/aug-cc-PVTZ 計算水平研究了五氟/四氟吡啶C5NF5-nHn(n=0,1)和四氟/三氟噠嗪、嘧啶和吡嗪C5N2F4-nHn(n=0,1)與水分子可能形成的lp···π 和氫鍵復(fù)合物。研究結(jié)果發(fā)現(xiàn),對于環(huán)上含一個氮的吡啶分子,全氟取代是形成更穩(wěn)定lp···π 復(fù)合物的前提條件,5FPy-LP 的IE 為?17.0 kJ mol?1,大于5FPy-HB (~?12.7 kJ mol?1)。四氟吡啶隨著氫原子在環(huán)上的取代,3 種同分異構(gòu)體的lp···π 復(fù)合物IE 值均下降,約為?15 kJ mol?1,而氫鍵復(fù)合物IE 值明顯增加,在?23.1~?17.3kJ mol?1之間。全氟二嗪隨著環(huán)上氮原子的增加,其與水分子的lp···π 復(fù)合物4FPa-LP、4FPm-LP 和4FPz-LP 穩(wěn)定性得到增強,IE 值增大為?21.2~?19.2 kJ mol?1,且大于各自的氫鍵復(fù)合物(?17.0~?10.5 kJ mol?1)。不同于氟代吡啶,在三氟二嗪的同分異構(gòu)體中,當(dāng)環(huán)上的氫原子不與氮原子相鄰時,其相應(yīng)的三氟噠嗪和三氟嘧啶與水分子的lp···π 復(fù)合物與相應(yīng)氫鍵復(fù)合物具有相當(dāng)?shù)母偁幮裕銲E 值十分接近:3FPa-II-LP (?19.3 kJmol?1) vs.3FPa-II-HB (?19.7 kJ mol?1),3FPm-II-LP(?16.9 kJ mol?1) vs.3FPm-II-HB (?16.5 kJ mol?1),在實驗上都有被檢測確認(rèn)的可能。

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