• 
    

    
    

      99热精品在线国产_美女午夜性视频免费_国产精品国产高清国产av_av欧美777_自拍偷自拍亚洲精品老妇_亚洲熟女精品中文字幕_www日本黄色视频网_国产精品野战在线观看

      ?

      食源性致病菌污染估計(jì)中刪失數(shù)據(jù)分析的研究進(jìn)展

      2021-09-27 06:48:20孫天妹劉陽泰董曉璐李紅梅董慶利
      食品科學(xué) 2021年17期
      關(guān)鍵詞:食源性致病菌變異性

      孫天妹,劉陽泰,王 翔,董曉璐,劉 弘,李紅梅,董慶利,*

      (1.上海理工大學(xué)醫(yī)療器械與食品學(xué)院,上海 200093;2.上海市疾病預(yù)防控制中心,上海 200336)

      食品安全已成為國(guó)際性公共衛(wèi)生問題,根據(jù)世界衛(wèi)生組織2019年的報(bào)告,全球每年至少有6億 人患食源性疾病,由此引發(fā)的死亡人數(shù)高達(dá)42 萬,所致疾病負(fù)擔(dān)累計(jì)為3 300萬 人年[1]。2017年全國(guó)各省份通過國(guó)家突發(fā)公共衛(wèi)生事件報(bào)告管理信息系統(tǒng)報(bào)告的食物中毒事件的統(tǒng)計(jì)結(jié)果表明,細(xì)菌性食物中毒事件的報(bào)告數(shù)量和中毒人數(shù)最多,分別占食物中毒事件總數(shù)和中毒總?cè)藬?shù)的31.61%(110/348)和57.60%(4 256/7 389),所涉及的食源性細(xì)菌主要有沙門氏菌、單核細(xì)胞增生李斯特菌(以下簡(jiǎn)稱“單增李斯特菌”)和致瀉性大腸桿菌等[2]。因此,對(duì)食品中的致病菌進(jìn)行風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估對(duì)保障食品安全、降低食源性疾病暴發(fā)率具有重要意義。

      微生物定量風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估(quantitative microbial risk assessment,QMRA)作為有效工具之一,通過量化的數(shù)值描述致病菌對(duì)人群健康產(chǎn)生不良作用的風(fēng)險(xiǎn),為監(jiān)管者提供科學(xué)的風(fēng)險(xiǎn)管理依據(jù)[3]。QMRA分為危害識(shí)別、危害特征描述、暴露評(píng)估和風(fēng)險(xiǎn)特征描述4 個(gè)模塊[4],其中包含大量的不確定性因素,可能影響最終評(píng)估結(jié)果的準(zhǔn)確性。暴露評(píng)估作為風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估的核心內(nèi)容,主要依據(jù)目標(biāo)致病菌在目標(biāo)食品中的污染量,結(jié)合居民食品消費(fèi)量,估計(jì)致病菌暴露于消費(fèi)者的可能性水平[5-6]。因此,食品中致病菌的污染量信息是定量風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估中不確定性的重要構(gòu)成因素之一[7]。

      致病菌在食品中的污染情況主要依靠食品采樣和微生物學(xué)檢驗(yàn)獲悉。最大可能數(shù)法和平板計(jì)數(shù)法是微生物定量檢測(cè)中較常用的兩種方法[8]。除此之外,熒光定量聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(quantitative polymerase chain reaction,qPCR)、變性梯度凝交電泳和宏基因組測(cè)序等分子生物學(xué)技術(shù)作為快速檢測(cè)方法,在致病菌的定量檢測(cè)中也得到了初步應(yīng)用[9]。在實(shí)際情況中,由于檢測(cè)方法的限制,當(dāng)致病菌污染水平低于或高于相對(duì)應(yīng)的檢測(cè)閾值時(shí),因無法完全定量食品中存在的致病菌而產(chǎn)生大量刪失數(shù)據(jù)(censored data),造成食源性致病菌污染檢測(cè)信息的不完整。在對(duì)食源性致病菌的污染檢測(cè)數(shù)據(jù)進(jìn)行濃度估計(jì)時(shí),若不考慮刪失數(shù)據(jù)的存在,其結(jié)果往往會(huì)產(chǎn)生較大的偏差,提升風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估結(jié)果的不確定性。與此同時(shí),致病菌在食品中的污染水平較低,其檢測(cè)數(shù)據(jù)具有一定的變異性。因此,有效處理致病菌污染檢測(cè)中出現(xiàn)的刪失數(shù)據(jù)有利于保證食源性致病菌污染水平估計(jì)的精準(zhǔn)化,提高風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估結(jié)果的準(zhǔn)確性。

      近年來,刪失數(shù)據(jù)分析主要用于應(yīng)對(duì)臨床醫(yī)學(xué)、生命科學(xué)及環(huán)境科學(xué)等領(lǐng)域的生存類數(shù)據(jù),而在食源性致病菌污染水平估計(jì)方面尚無完整的刪失數(shù)據(jù)分析體系,缺乏不同處理方法對(duì)估計(jì)結(jié)果影響的認(rèn)知。故本文圍繞食源性致病菌污染檢測(cè)數(shù)據(jù)中刪失數(shù)據(jù)的類別、常用分析方法以及不同刪失數(shù)據(jù)情況下污染水平估計(jì)的精準(zhǔn)化展開綜述和討論,以期為風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估人員和風(fēng)險(xiǎn)管理人員提供理論參考,進(jìn)一步加強(qiáng)食品安全的風(fēng)險(xiǎn)控制。

      1 食源性致病菌污染檢測(cè)中刪失數(shù)據(jù)的分類

      食源性致病菌污染檢測(cè)的結(jié)果一般以不可檢測(cè)(non-detect,ND)、陽性或某一分析單元中的濃度表示,其中ND值即為刪失數(shù)據(jù)。統(tǒng)計(jì)學(xué)上將刪失數(shù)據(jù)定義為“未量化的觀測(cè)值”,易對(duì)統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)的整體描述產(chǎn)生干擾。在食品微生物學(xué)領(lǐng)域,根據(jù)食源性致病菌的檢測(cè)特點(diǎn),將其刪失數(shù)據(jù)主要分為以下3大類:左刪失數(shù)據(jù)(left-censored data)、右刪失數(shù)據(jù)(right-censored data)以及區(qū)間刪失數(shù)據(jù)(interval-censored data)[10]。

      1.1 左刪失數(shù)據(jù)

      食源性致病菌的定性檢測(cè)和定量檢測(cè)方法均有定性檢測(cè)限(limit of detection,LOD)或定量檢測(cè)限(limit of quantification,LOQ)。當(dāng)檢測(cè)樣品中致病菌的濃度過低,低于所用檢測(cè)方法的LOD或LOQ時(shí),此類ND值為左刪失數(shù)據(jù)[11]。對(duì)左刪失數(shù)據(jù)進(jìn)行處理分析,可降低部分樣品中存在致病菌污染而檢測(cè)結(jié)果為陰性的數(shù)據(jù)對(duì)食源性致病菌整體濃度估計(jì)產(chǎn)生的偏差。

      1.2 右刪失數(shù)據(jù)

      食源性致病菌定量檢測(cè)方法除了存在一個(gè)較低的LOQ外,往往還有一個(gè)最大的檢測(cè)限值與之相對(duì)應(yīng)。當(dāng)檢測(cè)樣品中的致病菌濃度過高,超出該檢測(cè)方法的最大檢測(cè)閾值時(shí),通常會(huì)以多不可數(shù)的結(jié)果進(jìn)行報(bào)告,此類ND值為右刪失數(shù)據(jù)[12]。致病菌在食品中的污染水平較低,因此在實(shí)際檢測(cè)中,出現(xiàn)右刪失數(shù)據(jù)的情況較少。

      1.3 區(qū)間刪失數(shù)據(jù)

      在食源性致病菌檢測(cè)中,同一樣品可能會(huì)經(jīng)多種方法進(jìn)行檢測(cè)與鑒定。由于檢測(cè)方法的不同,其檢測(cè)限、敏感性和特異性也有所不同[13],因此樣品在檢測(cè)過程中往往會(huì)出現(xiàn)在某一檢測(cè)方法下不可檢測(cè),而在另一檢測(cè)方法下產(chǎn)生陽性數(shù)據(jù)的現(xiàn)象。如某一樣品同時(shí)進(jìn)行定性檢測(cè)和定量檢測(cè),該樣品在定性檢測(cè)時(shí)結(jié)果為陽性,在定量檢測(cè)時(shí)結(jié)果呈現(xiàn)ND值(即陰性)。在食源性致病菌的污染檢測(cè)中,具有此類特征的數(shù)據(jù)被稱為區(qū)間刪失數(shù)據(jù)[14]。對(duì)區(qū)間刪失數(shù)據(jù)進(jìn)行有效地統(tǒng)計(jì)分析可避免因檢測(cè)方法的差異而產(chǎn)生的假陽性或假陰性數(shù)據(jù)對(duì)食品中致病菌濃度水平的低估或高估。

      2 食源性致病菌污染檢測(cè)中刪失數(shù)據(jù)的分析方法

      在食源性致病菌的污染檢測(cè)數(shù)據(jù)中,刪失部分無法提供準(zhǔn)確的檢測(cè)濃度。通過選擇適當(dāng)?shù)慕y(tǒng)計(jì)學(xué)方法來分析刪失數(shù)據(jù),可從包含ND值的污染檢測(cè)數(shù)據(jù)中提取最大數(shù)量的可靠信息,從而提高食源性致病菌污染濃度估計(jì)的準(zhǔn)確性。圖1整理了醫(yī)學(xué)、生命科學(xué)及環(huán)境科學(xué)等領(lǐng)域用于刪失數(shù)據(jù)處理分析的相關(guān)統(tǒng)計(jì)學(xué)方法,主要包括替代法、多重填補(bǔ)(multiple imputation,MI)法、參數(shù)估計(jì)法、非參數(shù)估計(jì)法、假設(shè)檢驗(yàn)比較法及回歸分析法這6大類,其中一些方法可引入食源性致病菌污染檢測(cè)刪失數(shù)據(jù)的分析中[15-17]。根據(jù)文獻(xiàn)調(diào)研,較常用于食源性致病菌污染檢測(cè)刪失數(shù)據(jù)定量估計(jì)的方法主要有替代法、參數(shù)估計(jì)法、非參數(shù)估計(jì)法和MI法,表1對(duì)這4 類常用分析方法的特點(diǎn)和局限性進(jìn)行了逐一比較。由于假設(shè)檢驗(yàn)比較法多用于比較可檢測(cè)值的數(shù)據(jù)集和包含ND值數(shù)據(jù)集之間的差異顯著性,而回歸分析法需滿足數(shù)據(jù)的獨(dú)立性假設(shè),在處理具有相互依賴關(guān)系的數(shù)據(jù)集時(shí)具有一定難度,故這兩種方法在食源性致病菌的污染水平估計(jì)中使用頻率較低。

      圖1 刪失數(shù)據(jù)分析的主要方法Fig.1 Methods commonly used for censored data analysis

      表1 食源性致病菌刪失數(shù)據(jù)分析中4 類常用方法的特點(diǎn)和局限性比較Table 1 Comparison of the advantages and disadvantages of four commonly used methods for the analysis of foodborne pathogens censored data

      2.1 替代法

      早期研究通過借鑒分析化學(xué)檢測(cè)中ND值的處理,在食品微生物學(xué)中采用刪除法來處理檢測(cè)中出現(xiàn)的ND值,即在分析過程中將ND值去除,只保留可檢測(cè)值用于分析。由于食源性致病菌污染水平對(duì)ND值較為敏感,通過該方法估計(jì)的結(jié)果可能存在較大偏差,故該方法不適宜用于處理食源性致病菌的污染檢測(cè)刪失數(shù)據(jù)。由此,在隨后的食源性致病菌污染檢測(cè)數(shù)據(jù)分析中采用替代法來處理ND值,較為常見的是將ND值作“0”值處理。然而,檢測(cè)中ND值的產(chǎn)生,一方面可能由于檢測(cè)樣品未受微生物污染,為真實(shí)的“0”值;另一方面可能由于樣品中存在目標(biāo)致病菌,因受方法限制而未成功檢出[22]。由于后一種情況的存在,將ND值作“0”值處理并不恰當(dāng)。Shoari等[18]通過蒙特卡洛方法模擬環(huán)境樣中的污染數(shù)據(jù),將低于LOD的ND值用LOD的不同形式(如LOD、LOD/2或LOD/等常數(shù))來替代,結(jié)果表明替代法的性能隨數(shù)據(jù)集中刪失比例的降低而提高。由于替代法是用單一值替代數(shù)據(jù)集中所有的ND值,因此當(dāng)ND值在整個(gè)數(shù)據(jù)集中占比較大時(shí),使用該方法會(huì)使食源性致病菌整體的濃度估計(jì)產(chǎn)生較大偏差[23-24]。

      2.2 參數(shù)估計(jì)法

      參數(shù)估計(jì)法需要對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行特定的分布假設(shè),主要分為最優(yōu)分布擬合法、MLE法和ROS法[19]。最優(yōu)分布擬合法是運(yùn)用合理的統(tǒng)計(jì)分布模型來描述食品中致病菌的頻率分布,從而可近似估計(jì)致病菌的污染水平[25]。國(guó)際生命科學(xué)協(xié)會(huì)在已發(fā)表的理論研究中提出,在選擇恰當(dāng)?shù)慕y(tǒng)計(jì)分布模型時(shí)可根據(jù)以下5 個(gè)特征,分別是非負(fù)、允許“0”值、離散型、可遞減(或近似)泊松分布以及致病菌數(shù)量較高時(shí),應(yīng)近似對(duì)數(shù)正態(tài)分布[26]。表2列舉了不同種類的統(tǒng)計(jì)分布模型分別具備的特征以及描述致病菌在不同食品基質(zhì)中污染情況的應(yīng)用。

      表2 不同種類的統(tǒng)計(jì)分布模型所具備的特征以及描述致病菌在食品基質(zhì)中污染情況的應(yīng)用Table 2 Characteristics of different types of statistical distribution models and their applications for describing the contamination of pathogens in food matrix

      當(dāng)食源性致病菌污染檢測(cè)數(shù)據(jù)中ND值比例較小時(shí),可選取恰當(dāng)?shù)臉?biāo)準(zhǔn)統(tǒng)計(jì)分布模型進(jìn)行近似擬合。若食源性致病菌污染檢測(cè)數(shù)據(jù)中存在大量刪失數(shù)據(jù),導(dǎo)致數(shù)據(jù)集呈零膨脹(zero-inflated)現(xiàn)象時(shí),零膨脹模型更適宜。Kiermeier等[33]發(fā)現(xiàn)零膨脹泊松分布可很好地?cái)M合牛肉中大腸桿菌O157的檢測(cè)數(shù)據(jù)。孫菀霞等[35]在散裝熟肉制品單增李斯特菌左刪失數(shù)據(jù)的處理分析中發(fā)現(xiàn),零膨脹對(duì)數(shù)正態(tài)分布與零膨脹泊松對(duì)數(shù)正態(tài)分布的擬合度優(yōu)于標(biāo)準(zhǔn)統(tǒng)計(jì)分布。然而,在運(yùn)用零膨脹模型時(shí),若對(duì)模型本身產(chǎn)生的“0”值和致病菌檢測(cè)中產(chǎn)生的“0”值處理不當(dāng),可使擬合得到的致病菌濃度產(chǎn)生偏差[36]。

      MLE法是假定數(shù)據(jù)集中的刪失部分和未刪失部分都遵循相同的分布(如對(duì)數(shù)正態(tài)分布等),再通過似然函數(shù)進(jìn)行參數(shù)估計(jì),使數(shù)據(jù)與假定的分布實(shí)現(xiàn)較高程度的吻合。當(dāng)數(shù)據(jù)特征接近于假定的分布且模型擬合良好時(shí),使用MLE法可有效處理刪失數(shù)據(jù)。而ROS法是僅對(duì)數(shù)據(jù)集中的未刪失部分進(jìn)行某一特定的分布假設(shè),建立次序統(tǒng)計(jì)量回歸方程,并對(duì)刪失數(shù)據(jù)進(jìn)行填補(bǔ)[37]。MLE法和ROS法在應(yīng)用中也存在一定的缺陷性,如這兩種方法易受到異常值的影響,且對(duì)假定的分布選擇較為敏感。由于研究者們習(xí)慣假定數(shù)據(jù)服從于對(duì)數(shù)正態(tài)分布,因此在估算平均值和標(biāo)準(zhǔn)差時(shí)易產(chǎn)生反向轉(zhuǎn)換偏差。為了解決這些問題,Kroll[38]和Helsel[39]等分別提出了穩(wěn)健MLE法和穩(wěn)健次序統(tǒng)計(jì)量回歸法,從而可以較好地避免數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換中平均值和標(biāo)準(zhǔn)差的異常估計(jì)。部分研究者認(rèn)為MLE法是處理刪失數(shù)據(jù)的“黃金標(biāo)準(zhǔn)”,當(dāng)數(shù)據(jù)集中包含至少30~50 個(gè)可觀測(cè)值時(shí),MLE法具有最佳性能;而當(dāng)數(shù)據(jù)集高度偏斜且刪失程度較高時(shí),MLE法可能并不適用[40]。加拿大衛(wèi)生部在《關(guān)于復(fù)雜人類健康的詳細(xì)化學(xué)定量風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估指南》中建議,MLE法適用于大樣本量的數(shù)據(jù)處理,而ROS法適用于一般樣本量的數(shù)據(jù)處理[41]。

      2.3 非參數(shù)估計(jì)法

      由于刪失數(shù)據(jù)的存在,研究人員常常無法得到足夠多的信息來判斷數(shù)據(jù)資料服從何種分布假設(shè)。非參數(shù)估計(jì)法無需計(jì)算參數(shù),也無需假定數(shù)據(jù)的分布,不受樣本數(shù)據(jù)從屬總體分布的限制,因此在刪失數(shù)據(jù)處理分析中應(yīng)用較多[20]。KM法作為一種非參數(shù)法,基于一個(gè)累積分布函數(shù),對(duì)包含隨機(jī)刪失數(shù)據(jù)的觀測(cè)值直接估計(jì)累積概率。KM法最初用于右刪失數(shù)據(jù)的處理,后經(jīng)Turnbull[42]推廣到左刪失數(shù)據(jù)分布函數(shù)的非參數(shù)擬合中,即形成Turnbull估計(jì)法。Helsel[43]在分析處理環(huán)境水樣檢測(cè)中毒性當(dāng)量濃度的左刪失數(shù)據(jù)時(shí)比較了替代法和KM法,結(jié)果表明使用KM法進(jìn)行濃度估計(jì)效果要優(yōu)于替代法,且KM法適用于數(shù)據(jù)精度較低的情況。同時(shí),也有研究表明當(dāng)數(shù)據(jù)呈嚴(yán)重刪失或呈高度偏態(tài)時(shí),使用非參數(shù)的KM法進(jìn)行處理效果更優(yōu)[44]。然而,當(dāng)數(shù)據(jù)集的樣本量較大時(shí),選擇非參數(shù)估計(jì)法進(jìn)行刪失數(shù)據(jù)的處理具有一定的局限性。

      2.4 多重填補(bǔ)法

      MI法基于貝葉斯理論,在替代法(即用一個(gè)單一值替代每個(gè)ND值)的基礎(chǔ)上作出改進(jìn),從觀測(cè)值的后驗(yàn)概率分布中隨機(jī)抽取一系列(m個(gè))合理的填充值替代每個(gè)ND值,通過創(chuàng)建若干個(gè)完整數(shù)據(jù)集再對(duì)每一完整數(shù)據(jù)集分析后綜合得到結(jié)果[21]。MI法需要所有參與分析的變量服從聯(lián)合概率分布。2014年,美國(guó)國(guó)家環(huán)境保護(hù)局提出用MI法來處理刪失數(shù)據(jù)將更為嚴(yán)謹(jǐn)[45]。Lin等[46]在一個(gè)艾滋病臨床試驗(yàn)的案例研究中將多變量縱向數(shù)據(jù)中的ND值進(jìn)行多重填補(bǔ),結(jié)果表明在刪失比例較高的縱向數(shù)據(jù)處理中,MI法優(yōu)于其他刪失數(shù)據(jù)分析方法。Canales等[47]比較了替代法、服從對(duì)數(shù)正態(tài)分布假設(shè)的MLE法、KM法、基于對(duì)數(shù)正態(tài)分布估計(jì)參數(shù)的MI法和基于均勻分布估計(jì)參數(shù)的MI法這5 種方法在低、中和高3 種刪失程度的左刪失數(shù)據(jù)處理中的應(yīng)用情況,結(jié)果表明兩種MI法的數(shù)據(jù)處理效果優(yōu)于其余3 種方法。同時(shí),該作者又提出這兩種MI法是通過使用R語言中自帶的程序包實(shí)現(xiàn)的,未考慮分布誤選的因素。因此,在刪失數(shù)據(jù)的處理中,有必要在MI法中納入更多合理的分布模型以提高數(shù)據(jù)擬合的準(zhǔn)確性。MI法雖在刪失數(shù)據(jù)的無偏估計(jì)中占有優(yōu)勢(shì),但其在反復(fù)填補(bǔ)ND值時(shí)往往會(huì)占用較大內(nèi)存,比較耗時(shí)。

      綜上,在選擇合理的刪失數(shù)據(jù)分析方法時(shí),除依據(jù)均方根誤差或偏差等統(tǒng)計(jì)學(xué)評(píng)價(jià)指標(biāo)的比較外,更應(yīng)側(cè)重于對(duì)所需擬合分析的食源性致病菌污染檢測(cè)數(shù)據(jù)特征進(jìn)行判斷,如數(shù)據(jù)集樣本量的大小、數(shù)據(jù)集內(nèi)刪失數(shù)據(jù)的類別或數(shù)據(jù)集的刪失比例等。因此,將刪失數(shù)據(jù)分析方法應(yīng)用于食源性致病菌的污染水平估計(jì)時(shí),需考慮食源性致病菌污染檢測(cè)數(shù)據(jù)刪失情況的不同。

      3 數(shù)據(jù)刪失情況下的食源性致病菌污染水平估計(jì)

      食品中致病菌污染水平的確定取決于對(duì)致病菌污染檢測(cè)數(shù)據(jù)的準(zhǔn)確估計(jì)。由于檢測(cè)方法的限制,食源性致病菌的污染檢測(cè)數(shù)據(jù)集中往往會(huì)包含一定比例的左刪失數(shù)據(jù)、右刪失數(shù)據(jù)或區(qū)間刪失數(shù)據(jù)?;诓煌悇e的刪失數(shù)據(jù)特征,綜合前述的食源性致病菌刪失數(shù)據(jù)常用分析方法,可應(yīng)用于不同評(píng)估要求食源性致病菌污染水平的估計(jì)。

      3.1 左刪失或右刪失數(shù)據(jù)下的致病菌污染定量估計(jì)

      食品中致病菌的污染水平通常較低,在定量檢測(cè)數(shù)據(jù)中左刪失數(shù)據(jù)(<LOQ)的占比要遠(yuǎn)遠(yuǎn)高于右刪失數(shù)據(jù),且致病菌檢測(cè)中出現(xiàn)的右刪失數(shù)據(jù)可通過連續(xù)稀釋到適宜梯度進(jìn)行濃度計(jì)數(shù),因此針對(duì)于食源性致病菌污染檢測(cè)數(shù)據(jù)中左刪失數(shù)據(jù)處理分析的研究居多?;谑称凡蓸蛹爸虏【鷻z測(cè)所得到的定量數(shù)據(jù),對(duì)其左刪失數(shù)據(jù)進(jìn)行處理分析,將對(duì)風(fēng)險(xiǎn)的預(yù)測(cè)具有顯著影響。Duarte等[48]通過區(qū)分微生物檢測(cè)中的真實(shí)“0”值和人為“0”值(即小于LOQ的左刪失數(shù)據(jù)),開發(fā)一種新的模型進(jìn)行微生物濃度分布及患病率的估計(jì),結(jié)果表明正確處理檢測(cè)中得到的“0”值是準(zhǔn)確表征微生物總體污染水平的關(guān)鍵之一,且微生物濃度分布和患病率的估計(jì)具有較高的相關(guān)性。Duque等[49]從法國(guó)4 個(gè)不同屠宰場(chǎng)中進(jìn)行雞胴體樣本采集并開展空腸彎曲桿菌的檢測(cè),將包含左刪失數(shù)據(jù)和未包含左刪失數(shù)據(jù)的兩個(gè)數(shù)據(jù)集進(jìn)行比較,并通過正態(tài)分布、對(duì)數(shù)正態(tài)分布和伽馬分布3 個(gè)模型進(jìn)行數(shù)據(jù)擬合,結(jié)果表明正態(tài)分布擬合效果最優(yōu)。由正態(tài)分布擬合到的彎曲桿菌濃度平均值為2.74 (lg(CFU/g)),且不確定性范圍縮小至1(lg(CFU/g)),進(jìn)而較精準(zhǔn)地定量了雞胴體中空腸彎曲桿菌的污染水平。Cantoni等[50]在對(duì)飲用水和地下水中微量污染物檢測(cè)中的左刪失數(shù)據(jù)分析處理時(shí),首先選擇對(duì)數(shù)正態(tài)分布、正態(tài)分布、Weibull分布和伽馬分布等模型進(jìn)行擬合,再通過MLE法進(jìn)行參數(shù)估計(jì),可更精確地進(jìn)行水質(zhì)分析(如水源中污染物隨時(shí)間的變化趨勢(shì)和對(duì)污染物的處理效率),從而更有利于評(píng)價(jià)人類健康風(fēng)險(xiǎn)。因此,在食源性致病菌污染檢測(cè)數(shù)據(jù)的定量估計(jì)中,左刪失數(shù)據(jù)扮演著重要的角色,根據(jù)數(shù)據(jù)集特征的多樣性來選取恰當(dāng)?shù)慕y(tǒng)計(jì)分析方法是保證致病菌準(zhǔn)確定量估計(jì)的關(guān)鍵。

      3.2 區(qū)間刪失數(shù)據(jù)下的致病菌污染定量估計(jì)

      在食源性致病菌的監(jiān)測(cè)工作中,傳統(tǒng)定量檢測(cè)方法實(shí)驗(yàn)周期長(zhǎng),需耗費(fèi)大量人力物力,因此多用定性方法檢測(cè)致病菌,與此同時(shí)造成致病菌定量數(shù)據(jù)的大量缺失。如何將致病菌的定性數(shù)據(jù)有效轉(zhuǎn)化為定量數(shù)據(jù),是目前開展QMRA的難點(diǎn)之一。

      定性檢測(cè)方法和定量檢測(cè)方法具有不同的檢測(cè)限、敏感性和特異性,這使得在定性數(shù)據(jù)和定量數(shù)據(jù)的比較中可能會(huì)存在一部分區(qū)間刪失數(shù)據(jù)。對(duì)區(qū)間刪失數(shù)據(jù)進(jìn)行正確的處理分析有助于提高食源性致病菌定性數(shù)據(jù)到定量數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化過程中的精確性。Jarvis[51]基于食品中致病菌服從泊松分布的假設(shè),提出了一種基于定性檢測(cè)數(shù)據(jù)來確定一批樣品中致病菌平均污染濃度的有效方程。目前,該方程已廣泛用于只有定性檢測(cè)數(shù)據(jù)的食品樣品中致病菌的定量估計(jì)。Andritsos等[52]對(duì)豬肉糜中單增李斯特菌首先基于PALCAM、ALOA和RAPID’L.mono 3 種不同的選擇性培養(yǎng)基進(jìn)行傳統(tǒng)定性檢測(cè),得到陽性率分別為16%、19%和26%,再經(jīng)分子生物學(xué)方法鑒定,對(duì)多種檢測(cè)方法下的數(shù)據(jù)進(jìn)行真實(shí)陽性、真實(shí)陰性、假陽性和假陰性等多組數(shù)據(jù)集的整理,并基于不同檢測(cè)方法敏感性和特異性的計(jì)算,得出豬肉糜中單增李斯特菌的真實(shí)污染率為22%。隨后假設(shè)豬肉糜中單增李斯特菌服從泊松分布,并構(gòu)建真實(shí)污染率和敏感性的關(guān)系式,進(jìn)而估計(jì)出豬肉糜中單增李斯特菌的濃度為14~17 CFU/kg,實(shí)現(xiàn)定性數(shù)據(jù)到定量數(shù)據(jù)的轉(zhuǎn)化。隨后,Sun Wanxia等[53]在此基礎(chǔ)上,假設(shè)熟肉制品中的單增李斯特菌服從零膨脹分布(即零膨脹泊松分布或零膨脹泊松對(duì)數(shù)正態(tài)分布),并基于貝葉斯方法對(duì)熟肉制品中單增李斯特菌濃度進(jìn)行估計(jì),構(gòu)建了一種基于定性數(shù)據(jù)的定量轉(zhuǎn)化概率模型。

      目前,傳統(tǒng)致病菌檢測(cè)方法向基于分子生物學(xué)技術(shù)等快速檢測(cè)方法轉(zhuǎn)變的趨勢(shì)越來越明顯。這些快檢方法所得數(shù)據(jù)將生成定量數(shù)據(jù),最終需要轉(zhuǎn)化為致病菌的濃度。根據(jù)檢測(cè)方法的不同,其檢測(cè)限具有較大差異,因此在區(qū)間刪失數(shù)據(jù)處理模型的選取方面應(yīng)考慮該模型是否允許不同檢測(cè)限的輸入。Kato等[54]提出了一種基于截?cái)鄬?duì)數(shù)分布的貝葉斯隨機(jī)模型,可允許不同樣本不同LOD的輸入,并將此模型用于環(huán)境水樣檢測(cè)中指示菌和致病菌在基因水平上濃度比的估計(jì)。Poma等[55]使用qPCR對(duì)水樣中的諾如病毒和腸炎病毒進(jìn)行定量檢測(cè),并將低于方法LOD的刪失數(shù)據(jù)使用樣本檢測(cè)限值(the sample limit of detection,SLOD)的不同形式進(jìn)行替代,即SLOD、SLOD/2、SLODa(average SLOD)、SLODm(median SLOD),以保證每個(gè)樣本檢測(cè)值的唯一性。基于此方法將水樣中諾如病毒和腸炎病毒檢測(cè)的qPCR定量數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化為污染水平,并結(jié)合不同的暴露場(chǎng)景,開展進(jìn)一步的定量風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估。隨著檢測(cè)方法的更新及組學(xué)技術(shù)的發(fā)展,食源性致病菌定量風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估不應(yīng)局限于傳統(tǒng)定量檢測(cè)下的致病菌定量數(shù)據(jù),充分利用新檢測(cè)技術(shù)下的數(shù)據(jù),確保多種數(shù)據(jù)信息在致病菌定量估計(jì)中具有同等的有效性,是當(dāng)下開展新一代定量風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估的突破口之一[56-58]。

      準(zhǔn)確估計(jì)食品中致病菌的污染水平是降低風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估不確定性的前提條件。綜上所述,選擇恰當(dāng)?shù)姆椒ㄌ幚韯h失數(shù)據(jù)可一定程度上彌補(bǔ)檢測(cè)信息的不足,避免食源性致病菌污染水平的有偏估計(jì),減少風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估過程中不確定性的產(chǎn)生。同時(shí),不可忽視食源性致病菌污染檢測(cè)數(shù)據(jù)的變異性因素對(duì)最終結(jié)果的影響。變異性是由特定群體在時(shí)間、空間或個(gè)體上呈現(xiàn)的風(fēng)險(xiǎn)異質(zhì)性產(chǎn)生,為固有屬性[59]。如何在食源性致病菌污染檢測(cè)刪失數(shù)據(jù)處理的基礎(chǔ)上納入其檢測(cè)數(shù)據(jù)的變異性分析仍是目前實(shí)現(xiàn)食源性致病菌污染定量估計(jì)精準(zhǔn)化的瓶頸之一。致病菌在不同的食品基質(zhì)中具有不同的空間分布特征,在固體及粉末狀食品中多呈集群(cluster)分布[60]。若某批次內(nèi)的食品中致病菌呈集群分布,由于采樣的隨機(jī)性,通過檢測(cè)可得的致病菌定量數(shù)據(jù)往往會(huì)呈現(xiàn)出較大的變異性,主要體現(xiàn)在致病菌污染的季節(jié)變異性、批次間變異性、批次內(nèi)變異性和菌株變異性等。為更好地描述變異性,一方面食源性致病菌的風(fēng)險(xiǎn)監(jiān)測(cè)計(jì)劃應(yīng)更具體且全面,需充分考慮采樣時(shí)間、采樣點(diǎn)、樣品類別、檢測(cè)方法、采樣批次/樣本/分析單元等信息的有效收集。Mikkela等[61]通過構(gòu)建采樣批次-樣本-分析單元的分層結(jié)構(gòu),并提出了一個(gè)基于貝葉斯理論的時(shí)序-污染率-濃度模型,對(duì)呈高度異質(zhì)性的雞肉中彎曲桿菌的檢測(cè)數(shù)據(jù)進(jìn)行處理分析,以精準(zhǔn)估計(jì)雞肉中彎曲桿菌的定量水平用于進(jìn)一步的風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估。另一方面,需要在相關(guān)模型的構(gòu)建及軟件程序應(yīng)用的更新方面推進(jìn)研究。1992年,F(xiàn)rey[62]提出二維蒙特卡洛模擬(two-dimensional Monte-Carlo simulation,2D-MC)方法,可用來估計(jì)由于參數(shù)不確定性引起的風(fēng)險(xiǎn)估計(jì)的不確定性。由于2D-MC可通過對(duì)風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估中的變異性因素和不確定性因素分別抽樣來反映兩者的分布情況,并能在輸出結(jié)果中分別估計(jì)變異性和不確定性,故該方法在QMRA領(lǐng)域已被廣泛應(yīng)用。Pouillot等[63]開發(fā)了用于建立和研究2D-MC的R語言工具包,可直接將QMRA中的變異性和不確定性因素分開估計(jì),風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估人員可利用工具包首先對(duì)變異性進(jìn)行分析估計(jì),后在此估計(jì)基礎(chǔ)上再評(píng)估不確定性,為后續(xù)風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估研究的進(jìn)一步開展提供了便利。因此,在開展食源性致病菌的定量風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估時(shí),評(píng)估人員應(yīng)謹(jǐn)慎分析致病菌污染檢測(cè)數(shù)據(jù)的變異性及污染信息不足導(dǎo)致的不確定性,確保評(píng)估結(jié)果的準(zhǔn)確性,進(jìn)一步加強(qiáng)風(fēng)險(xiǎn)監(jiān)測(cè)、風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估和風(fēng)險(xiǎn)管理的互動(dòng)交流。

      4 結(jié) 語

      食源性致病菌的污染檢測(cè)數(shù)據(jù)中往往包含大量的刪失數(shù)據(jù)。根據(jù)數(shù)據(jù)集的刪失特點(diǎn),選擇恰當(dāng)?shù)姆治龇椒ㄟM(jìn)行數(shù)據(jù)處理,利用轉(zhuǎn)化后的食源性致病菌濃度可較準(zhǔn)確地估計(jì)人群患病風(fēng)險(xiǎn)。因此,刪失數(shù)據(jù)的分析研究在食源性致病菌定量風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估中具有實(shí)際意義。在此基礎(chǔ)上,評(píng)估人員還需關(guān)注食源性致病菌污染檢測(cè)數(shù)據(jù)的變異性,實(shí)現(xiàn)對(duì)致病菌污染水平估計(jì)的精準(zhǔn)化,以進(jìn)一步推進(jìn)我國(guó)食源性致病菌污染定量的建模工作。綜合國(guó)內(nèi)外有關(guān)微生物檢測(cè)中刪失數(shù)據(jù)處理分析的研究現(xiàn)狀及我國(guó)食源性致病菌污染檢測(cè)數(shù)據(jù)的定量估計(jì)所存在的問題,提出如下建議:1)當(dāng)前用于刪失數(shù)據(jù)分析的相關(guān)模型在數(shù)據(jù)特征及處理?xiàng)l件方面均存在或多或少的局限性,應(yīng)在統(tǒng)計(jì)學(xué)領(lǐng)域嘗試更多有用模型的組合,如在MLE法的分布假設(shè)時(shí)考慮結(jié)合最優(yōu)分布模型的選擇,進(jìn)一步優(yōu)化方法使其更符合數(shù)據(jù)條件,從而降低食源性致病菌風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估的不確定性;2)應(yīng)進(jìn)一步推進(jìn)食源性致病菌的風(fēng)險(xiǎn)監(jiān)測(cè)工作,以不同監(jiān)測(cè)批次為縱向檢測(cè)目標(biāo),以同一監(jiān)測(cè)批次下致病菌的定性數(shù)據(jù)、定量數(shù)據(jù)和分子分型數(shù)據(jù)等作為橫向檢測(cè)目標(biāo),進(jìn)行同一批次下多橫向監(jiān)測(cè)數(shù)據(jù)和同一橫向檢測(cè)目標(biāo)下多縱向監(jiān)測(cè)數(shù)據(jù)的收集,實(shí)現(xiàn)致病菌風(fēng)險(xiǎn)監(jiān)測(cè)指標(biāo)多維化,挖掘不同食品基質(zhì)中致病菌污染數(shù)據(jù)的變異性因素,實(shí)現(xiàn)監(jiān)測(cè)大數(shù)據(jù)的有效整合;3)隨著當(dāng)前食品安全檢測(cè)技術(shù)的不斷推進(jìn),培養(yǎng)組學(xué)、宏基因組和宏轉(zhuǎn)錄組等新技術(shù)下的多種檢測(cè)信息應(yīng)被有效利用,對(duì)致病菌新型檢測(cè)污染數(shù)據(jù)進(jìn)行定量轉(zhuǎn)化后用于暴露評(píng)估中是下一代定量風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估工作的核心內(nèi)容,可利用快檢方法的優(yōu)勢(shì)提高風(fēng)險(xiǎn)預(yù)警能力。

      猜你喜歡
      食源性致病菌變異性
      秋冬季高發(fā)食源性疾病的危害與預(yù)防
      中老年保健(2022年1期)2022-08-17 06:14:22
      論食品安全與食源性疾病的控制
      夏季食品安全頭號(hào)殺手——食源性疾病
      中老年保健(2021年6期)2021-08-24 06:54:00
      咳嗽變異性哮喘的預(yù)防和治療
      SSEL結(jié)合多重PCR同時(shí)快速檢測(cè)生菜中4種食源性致病菌
      食品中致病菌快速檢測(cè)方法的探討
      食源性病原微生物的危害
      獼猴桃采后致病菌的分離及中草藥提取物對(duì)其抑菌效果初探
      咳嗽變異性哮喘的中醫(yī)治療近況
      清肺止咳湯治療咳嗽變異性哮喘40例
      咸阳市| 阜平县| 台江县| 松潘县| 疏勒县| 巍山| 拉孜县| 华容县| 交口县| 合山市| 长垣县| 洱源县| 元江| 卫辉市| 开江县| 来凤县| 四子王旗| 东乡| 山西省| 民和| 洪洞县| 大同市| 叶城县| 尖扎县| 什邡市| 友谊县| 古蔺县| 绥宁县| 桃园县| 汉川市| 雷山县| 岳普湖县| 连城县| 南溪县| 铅山县| 清丰县| 衡山县| 奉化市| 潜山县| 甘孜| 临桂县|