孔祥福,賀 艷,宋偉豪,孫敏敏
(中國海洋大學海洋生物遺傳學與育種教育部重點實驗室,山東 青島 266003)
MyoD1基因全稱為成肌分化抗原基因(Myogenicdifferentiationantigen),具有誘導成纖維細胞和其他非骨骼肌細胞分化為骨骼肌細胞的能力[1]。由于MyoD1基因能將其他細胞重新編程成肌肉,以及它在早期肌肉細胞系中的表達,其通常被稱為肌肉生成的主調(diào)節(jié)器[2]。具有bHLH 結(jié)構(gòu)域的MyoD1蛋白可以特異地與肌肉特異基因啟動子上的E-box(CANNTG)位點結(jié)合[3-4],并與其他轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子共同調(diào)節(jié)肌球蛋白重鏈(MyHC,Myosinheavychain) 和肌動蛋白(α-Actin,alpha-Actin)等肌肉結(jié)構(gòu)蛋白的表達[5-7]。在體內(nèi),從胚胎肌肉前體細胞的命運決定、增殖和分化,到個體出生后肌肉的發(fā)育成熟及創(chuàng)傷修復,都有MyoD1基因的參與[8]。MyoD1基因過表達會引起成纖維細胞細胞的肌源性分化[9],使非體節(jié)細胞向肌肉細胞轉(zhuǎn)變[10]。MyoD1基因的表達可以啟動肌源性程序,在完整的肌肉發(fā)育過程中起到了必不可少的作用。與此相反,MyoD1基因缺失會導致胚胎骨骼肌細胞形成終止[11-12],MyoD1基因敲除會破壞成肌細胞的分化能力[13-14]。
繼哺乳動物之后,魚類中的MyoD1基因也相繼被克隆出來,其在不同魚類中的表達模式大致是相同的。在多數(shù)魚類中,MyoD1基因在各組織均有表達,在肌肉中的表達顯著高于其他組織[15-18]。魚類MyoD1基因的表達可能與運動相關(guān)的肌肉的發(fā)育[19]和個體的生長速度相關(guān)[17-20]。目前,關(guān)于魚類MyoD1基因的功能驗證主要在斑馬魚中開展,經(jīng)濟魚類相關(guān)研究較少。MyoD1基因突變會引起斑馬魚顱骨肌肉組織嚴重減少、發(fā)育缺陷和仔魚致死率升高。此外,MyoD1基因的突變還會延遲和減小斑馬魚胚胎早期體節(jié)發(fā)生,造成肌肉體積的減小和肌纖維數(shù)目的增加[21-24]。
許氏平鲉(Sebastesschlegelii)為卵胎生的巖礁性魚類,其肉質(zhì)鮮美,是一種重要的海產(chǎn)經(jīng)濟魚類和增養(yǎng)殖優(yōu)良品種。但許氏平鲉生長速度慢,肌肉生長是對其進行遺傳改良最有價值的經(jīng)濟性狀之一。為了更好地了解許氏平鲉MyoD1基因在肌肉生長調(diào)控中的作用,本研究鑒定了許氏平鲉MyoD1基因,檢測了基因的時空表達情況,并利用小鼠C2C12細胞初步驗證了其誘導成肌細胞分化的功能。本結(jié)果將為研究MyoD1基因在經(jīng)濟魚類肌肉生長發(fā)育過程的調(diào)控作用提供重要參考。
本研究中所用的1齡以下的許氏平鲉幼魚購自于山東省青島市青島貝寶海洋科技有限公司,1齡及以上成魚購自于山東省青島市竹岔島海上網(wǎng)箱。實驗用魚的生長狀態(tài)健康良好。對許氏平鲉斷椎處死,取出生后30天、60天、75天、90天、100天、180天、1齡、2齡、3齡、4齡魚的肌肉、2.5齡成魚的各組織,液氮速凍,-80 ℃保存,用于提RNA。另外,取部分肌肉,4%多聚甲醛(PFA)固定,用于肌肉組織的原位雜交實驗。
實驗所用的Trizol購買于Invitrogen公司;MLV 反轉(zhuǎn)錄體系、RNA 酶抑制劑 RRI、ScalⅠ 和XhoⅠ 內(nèi)切酶購買于Takara公司;探針標記試劑盒DIG RNA Labeling Kit、抗體Fab-AP、顯色液NBT/BCIP購買于Roche公司;
按照Trizol法提取許氏平鲉各組織、不同發(fā)育時期肌肉組織總RNA,采用DNase I清除RNA中的DNA,使用RNA clean試劑盒去除RNA中蛋白,通過Nanodrop儀和瓊脂糖凝膠電泳檢測RNA的濃度和質(zhì)量。cDNA第一鏈利用M-MLV反轉(zhuǎn)錄酶來合成,對合成的cDNA第一鏈進行β-actin基因檢測,確定cDNA第一鏈是否可用。
采用酚-氯仿的方法提取許氏平鲉基因組DNA,利用Nanodrop儀和瓊脂糖凝膠電泳檢測DNA的濃度和質(zhì)量。
使用primer5,根據(jù)許氏平鲉基因組注釋基因MyoD1(S.schlegelii_GLEAN_10020387)設(shè)計和優(yōu)化引物。本研究中所用引物見表1。以MyoD1-fw、MyoD1-rv為引物,分別以上述合成的cDNA和基因組DNA為模板,進行PCR擴增獲取MyoD1基因的ORF片段和基因組DNA序列。用Taq DNA 聚合酶對MyoD1基因片段進行擴增驗證,PCR反應(yīng)條件為:95 ℃,5 min;95 ℃,30 s,57 ℃,55 s(ORF)/3 min(DNA),72 ℃,30 s,30 cycles;72℃,5 min,4 ℃,∞。將PCR產(chǎn)物克隆至pMDTM19T載體,轉(zhuǎn)化至DH5α 感受態(tài)細胞,對檢測得到的陽性單克隆菌株進行測序,將測序結(jié)果與基因組數(shù)據(jù)進行比對分析。
從NCBI和Ensembl網(wǎng)站下載其他物種的MyoD1氨基酸序列,同許氏平鲉的MyoD1-like氨基酸序列用 MUSCLE 進行比對,利用 Genedoc 軟件進行氨基酸多序列比對。采用 Bio Edit 和 MEGA7.0 的鄰接法(Neighbor-Joining,NJ)進行聚類分析構(gòu)建進化樹,Bootstrap的重復次數(shù)為5 000。各物種MyoD1氨基酸序列的 GenBank 數(shù)據(jù)庫注冊序列號見表2。
表1 PCR所用引物
表2 用于比對的氨基酸序列
設(shè)計定量引物,擴增的片段長度為172 bp,并通過預實驗確定引物的擴增產(chǎn)物單一。利用熒光定量PCR(qRT-PCR),對上述合成的cDNA中MyoD1s基因的表達情況進行定量分析。本實驗中,內(nèi)參基因為Rpl17基因,產(chǎn)物長度為109 bp,引物序列見表1。試劑為SYBR Green PCR Master Mix(TaKaRa公司)。qRT-PCR反應(yīng)條件:95 ℃,2 min;95 ℃,15 s,60 ℃,45 s,40 cycles。
因MyoD1、MyoD1-like基因mRNA序列差別較小,原位探針無法區(qū)分兩者,所以原位雜交結(jié)果為兩個基因表達產(chǎn)物的混合。設(shè)計探針合成引物,探針長度為458 bp,SP6和T7啟動子序列分別加在正向引物和反向引物的5’端。以肌肉cDNA為模板,用MyoD1s探針合成引物進行PCR擴增。隨后,對PCR產(chǎn)物進行膠回收、連接、轉(zhuǎn)化及測序。對測序正確的菌液提質(zhì)粒。以質(zhì)粒為模板,再次PCR擴增和膠回收。以膠回收產(chǎn)物(50 ng/μL)為模板,使用SP6/T7 RNA polymerase試劑盒(TaKaRa公司)分別合成正義、反義探針,使用Nanodrop儀檢測原位探針的濃度,通過電泳檢測探針的質(zhì)量。參照Lin等[25]的步驟進行原位雜交。原位雜交結(jié)果經(jīng)Nikon AZ100顯微鏡相機進行拍照。
設(shè)計MyoD1-like基因ORF全長引物,兩端分別加上ORF序列中不存在的酶切位點XhoⅠ 和SalⅠ,5′端加保護堿基。PCR擴增,PCR產(chǎn)物膠回收,將膠回收產(chǎn)物和pEGFP-N1 空載質(zhì)粒分別進行雙酶切。酶切電泳檢測后分別切下正確條帶,膠回收。膠回收的目的基因與載體進行T4連接,然后轉(zhuǎn)化及測序。對測序正確的菌液提取MyoD1-like-pEGFP-N1真核表達質(zhì)粒。
根據(jù)脂質(zhì)體2000 轉(zhuǎn)染試劑(Invitrogen,USA)說明書的操作方法,分別將1 μg pEGFP-N1空載質(zhì)粒和MyoD1-like-pEGFP-N1質(zhì)粒轉(zhuǎn)染到細胞密度為70%的小鼠C2C12細胞中。設(shè)置陰性對照(只加轉(zhuǎn)染試劑)和空白對照。24 h后,倒置顯微鏡下觀察轉(zhuǎn)染是否成功;72 h后,倒置顯微鏡下觀察細胞形態(tài)。
MyoD1基因的ORF長度為897 bp,編碼298個氨基酸。此外,在MyoD1基因的ORF擴增過程中,MyoD1基因共擴增出兩個片段。這兩個基因序列分別命名為MyoD1和MyoD1-like。如圖1所示,MyoD1和MyoD1-like序列存在19個bp的差異。
由圖4可知MyoD1和MyoD1-like氨基酸序列僅存在兩個位點不一致。MyoD1氨基酸序列在64位和((A)以基因組DNA為模板,PCR擴出兩條帶,分別命名為條帶a和條帶b。(B)MyoD1和MyoD1-like基因組結(jié)構(gòu)示意圖。條帶a的序列和MyoD1的基因組序列完全匹配,含有完整的內(nèi)含子和外顯子序列。條帶b的序列則和MyoD1-like的cDNA序列完全匹配,代表MyoD1-like基因沒有內(nèi)含子。(A) Two bands, named band a and band b, can be amplified using muscle genome DNA as template. (B) The sequence of band a was identical to the genomic sequence ofMyoD1, including two introns and three exons. The sequence of band b was identical to the mRNA sequence ofMyoD1-like, containing only exons.)
(MyoD1-like基因與MyoD1基因序列存在19 bp的差異。There is a 19 bp-difference between MyoD1-like and MyoD1 gene.)
(MyoD1-like基因存在StuⅠ 的酶切位點,質(zhì)??梢员磺虚_;而MyoD1基因不存在該酶切位點,不能被切開。MyoD1-like gene which has StuⅠ restriction site can be cut by endonuclease; while MyoD1 gene which does not have StuⅠ restriction site cannot be cut by endonuclease.)
圖3 MyoD1基因在基因組中的擴增及其結(jié)構(gòu)示意圖
不同發(fā)育時期肌肉的表達分析表明,MyoD1s基因在35~90天之間表達量都較低,在100天時表達量相對于前期顯著升高;100天到1齡表達量呈逐漸降低的趨勢;在1齡之后表達量又逐漸升高,3齡和4齡時表達量最高。
(第一個框代表的bHLH結(jié)構(gòu)域,第二個框代表HlixⅢ 結(jié)構(gòu)域。bHLH 和HlixⅢ 結(jié)構(gòu)域在許氏平鲉與其他物種之間相對保守。The first box represents the basis helix-loop-helix; The second box indicates the HelixⅢ domains. bHLH and HelixⅢ domains are conserved between Sebastes schlegeli and other species.)
圖5 許氏平鲉MyoD1-like蛋白和其他物種MyoD1蛋白構(gòu)建的鄰接系統(tǒng)進化樹
(①Heart;②Liver;③Spleen;④Kidney;⑤Brain;⑥Gill;⑦Muscle;⑧Intestine;⑨Testis;⑩Ovary。(A)MyoD1s基因在成魚不同組織的表達模式。(B)MyoD1s基因在不同發(fā)育時期肌肉中的表達模式。數(shù)據(jù)顯示為平均值± SEM (n =3)。(A) Expression profiles of MyoD1s gene in different adult tissues. (B) Expression profiles of MyoD1s gene in muscle of different developmental stages. Data are shown as mean ± SEM (n =3).)
((A)、(B)通過StuⅠ 內(nèi)切酶分別檢測雌魚和雄魚肌肉中MyoD1和MyoD1-like基因的表達比例。方框表示不能被被切開的基因(MyoD1)。每兩個泳道為一組,單數(shù)泳道代表酶切前質(zhì)粒,偶數(shù)泳道代表酶切后質(zhì)粒。(A)、(B) The expression ratio of MyoD1 and MyoD1-like genes in female and male muscle was detected by StuⅠ endonuclease digestion. The box represents the band of MyoD1 that cannot be cut by endonuclease. Each two lanes are a group, singular lanes represent plasmids before digestion, and even lanes represent plasmids after digestion.)
肌肉組織原位結(jié)果顯示,MyoD1s基因的表達位置是肌纖維的邊緣,位于肌纖維之間,即成肌細胞增殖、分化的位置。出生后100天肌肉組織中表達MyoD1s基因的細胞數(shù)目明顯多于180天肌肉組織,這說明出生后100天肌肉的增殖分化能力要高于180天的肌肉(見圖8)。
由結(jié)果2.4可知,肌肉中MyoD1-like基因的表達量遠高于MyoD1基因,因此我們構(gòu)建了MyoD1-like的真核表達質(zhì)粒,并將許氏平鲉MyoD1-like-pEGFP-N1真核表達質(zhì)粒轉(zhuǎn)染至小鼠成肌細胞系C2C12細胞中。結(jié)果顯示,轉(zhuǎn)染后24 h,空白對照、陰性對照無熒光,pEGFP-N1空載質(zhì)粒組和實驗組均有較強的熒光出現(xiàn),說明轉(zhuǎn)染實驗成功。且在72 h時,轉(zhuǎn)染MyoD1-like-pEGFP-N1真核表達質(zhì)粒的細胞,發(fā)生了明顯分化,細胞融合形成了多核的肌管(見圖9)。以上結(jié)果表明,MyoD1-like基因的過表達誘導成肌細胞發(fā)生分化。
((A)~(C)和(D)~(F)分別代表MyoD1s在出生后100和180 d肌肉組織中的原位雜交結(jié)果。(B)和(E)分別為(A)和(D)中的放大框區(qū)域。箭頭為MyoD1s陽性的細胞。相對于出生后180天的肌肉組織,100天的肌肉組織中有更多MyoD1s陽性細胞。標尺:(A、C、D、F)為50 μm,(B、E)為20 μm。(A)~(C) and (D)~(F) represent 100 dpb and 180 dpb samples respectively. (B) and (E) show magnification of boxed areas in (A) and (D) respectively. There are more MyoD1s positive cells noted by arrows in muscle of 100 dpb than in muscle of 180 dpb. Scale bar, 50 μm (A, C, D, F) and 20 μm (B, E).)
((A)、(A’)轉(zhuǎn)染后24 h,MyoD1-like-pEGFP-N1質(zhì)粒在細胞中表達;(B)空白對照組;(C)陰性對照組;(D)轉(zhuǎn)染pEGFP-N1空載質(zhì)粒;(E)轉(zhuǎn)染MyoD1-like-pEGFP-N1質(zhì)粒組。標尺:100 μm。(A), (A’) Expression of MyoD1-like-pEGFP-N1 plasmid in cells at 24 h. (B) Control group. (C) Negative control group. (D) pEGFP-N1 empty plasmid group. (E) Treatment group. Scale bar, 100 μm.)
本研究鑒定了許氏平鲉MyoD1基因兩個亞型,這與文昌魚(BranchiostomabelcheriGray)中含有兩個MyoD1基因相類似[26]。在許氏平鲉肌肉中,MyoD1-like基因占主導地位,這可能與啟動子多態(tài)性及DNA甲基化相關(guān)[27-28]。此外,MyoD1的基因組含有完整的內(nèi)含子和外顯子序列,而MyoD1-like基因只含外顯子,因此也可能是基因結(jié)構(gòu)的不同造成了兩者轉(zhuǎn)錄效率的不同。許氏平鲉MyoD1-like氨基酸與其他魚類、哺乳動物類似,有保守的氨基酸序列和bHLH、α螺旋(helixⅢ)結(jié)構(gòu)域。在哺乳動物還是在魚類中,上述兩個結(jié)構(gòu)域均為MyoD1蛋白調(diào)節(jié)肌肉生長的重要結(jié)構(gòu)[5-7]。此外,氨基酸肽鏈的長度存在隨進化地位升高而變長趨勢[29-30]。不同魚類MyoD1氨基酸肽鏈的長度也存在差異,其中,堿性區(qū)域的差異多于螺旋環(huán)區(qū)域[29]。系統(tǒng)進化樹顯示,許氏平鲉的MyoD1-like與其他硬骨魚同源基因聚類為一支,說明了許氏平鲉的MyoD1-like在進化上相對保守,這也反映了不同物種的MyoD1基因在肌肉發(fā)育中的調(diào)控功能具有相似性[19]。
在大多數(shù)魚類的各個組織中均存在MyoD1基因的表達,在肌肉中的表達顯著高于其他組織,如蘭州鲇魚(Silurusasotus)、團頭魴(Megalobramaamblycephala)[17,19]。許氏平鲉MyoD1s基因同樣在各組織中都有表達,且肌肉組織的表達量顯著高于其他組織,說明其在許氏平鲉肌肉發(fā)育調(diào)控過程中扮演了至關(guān)重要的角色。
魚類胚后的肌肉發(fā)育主要包括增生和肥大兩個過程,肌肉的增生和肥大受多種調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的調(diào)控[31-34],其中生肌調(diào)節(jié)因子家族(Myogenic regulatory factors, MRFs)在肌纖維的形成和分化中扮演著非常重要的角色[35]。許氏平鲉在100天時,MyoD1s基因有一個高表達,這說明此階段肌肉中的成肌細胞發(fā)生了顯著的增生[36],這也與黃鱔[15]的研究結(jié)果相似。
MyoD1基因是增殖的成肌細胞的標記基因[37]。成肌細胞位于肌纖維的邊緣,在肌肉生長或損傷修復過程中能夠自我更新和分化[37-38]。MyoD1基因在組織中的細胞定位研究主要集中在小鼠中[39-40],魚類中研究較少。斑馬魚MyoD1基因的定位主要是在胚胎中進行[22-23]。本研究證明許氏平鲉MyoD1s陽性細胞的表達位置在肌纖維的邊緣,位于肌纖維之間,即成肌細胞增殖和分化的位置,這與小鼠肌肉中MyoD1陽性細胞所在位置一致[5,39,41]。此外,出生后100天肌肉組織中表達MyoD1s基因的細胞數(shù)目明顯多于180天肌肉組織,說明在出生后100天肌肉組織中有更多處于增殖分化狀態(tài)的成肌細胞。
肌肉前體細胞的命運決定和進入肌細胞程序由基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)控制[42-43]。在不同的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)中,MRFs基因家族發(fā)揮了重要作用。作為MRFs基因家族的重要一員,MyoD1基因的表達量決定了成肌細胞的命運[1]。MyoD1基因表達量的升高可以誘導肌肉前體細胞趨向分化。之前的研究中,將線鰭電鰻的MyoD1基因轉(zhuǎn)到MyoD1基因缺失的小鼠中,能夠誘導小鼠的胚胎細胞轉(zhuǎn)化為肌管。本研究中,過表達許氏平鲉MyoD1-like基因可誘導小鼠成肌細胞發(fā)生分化,融合形成肌管,這與山羊中MyoD1基因過表達可以調(diào)控成肌細胞分化融合為肌管的研究[44]相一致,這也進一步說明了MyoD1基因的功能在不同物種中具有高度的保守性。
本研究鑒定了許氏平鲉MyoD1基因的兩個拷貝,分別命名為MyoD1和MyoD1-like。MyoD1s主要在肌肉中表達,且MyoD1-like的表達量要顯著高于MyoD1,表達效率顯著差異的分子機制有待進一步研究。此外,MyoD1-like基因的過表達可以誘導成肌細胞分化,融合形成肌管,證明MyoD1基因功能在不同物種中具有高度的保守性。該結(jié)果為研究MyoD1基因在經(jīng)濟魚類肌肉生長發(fā)育過程中的調(diào)控作用奠定了基礎(chǔ)。