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      家蠶BmHsp19.5基因的鑒定及在滯育卵中的表達(dá)分析

      2022-01-16 01:30:28龔競(jìng)尚杉鄭茜于新波朱勇
      關(guān)鍵詞:蠶卵家蠶結(jié)構(gòu)域

      龔競(jìng),尚杉,鄭茜,于新波,朱勇

      農(nóng)業(yè)農(nóng)村部蠶桑生物學(xué)與遺傳育種重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室/西南大學(xué) 蠶桑紡織與生物質(zhì)科學(xué)學(xué)院,重慶 400715

      滯育是生物體發(fā)育到某一特定階段停滯生長(zhǎng)發(fā)育來(lái)抵抗外界不利環(huán)境的一種生理現(xiàn)象,普遍發(fā)生在線(xiàn)蟲(chóng)、昆蟲(chóng)、魚(yú)類(lèi)甚至哺乳動(dòng)物上[1-5].當(dāng)生物體受到光照、溫度等外界信號(hào)誘導(dǎo)時(shí),機(jī)體會(huì)發(fā)生一系列變化:呼吸減弱、代謝降低、抗逆性增強(qiáng)、發(fā)育逐漸停滯進(jìn)入滯育.不同于休眠,滯育通常發(fā)生在不利條件來(lái)臨前,在滯育過(guò)程中即使適宜的條件到來(lái)也不會(huì)立即打破滯育,需要經(jīng)歷一定時(shí)間或受到某一因子刺激后,生物體才能解除滯育.家蠶是典型的卵滯育昆蟲(chóng),在胚胎早期進(jìn)入滯育[6],根據(jù)滯育程度的差異可以劃分為一化性品種,自然條件下1年只孵化1次; 二化性品種,自然條件下1年只孵化2次; 多化性品種,自然條件下1年孵化多次.其中,二化性家蠶可以通過(guò)對(duì)其母代家蠶催青時(shí)期條件進(jìn)行設(shè)置來(lái)控制子代家蠶的滯育性[7],即高溫長(zhǎng)光照催青獲得子代滯育卵,低溫黑暗獲得子代非滯育卵。

      熱激蛋白(heat shock proteins,Hsps)是一種高度保守的蛋白,可防止底物蛋白的不可逆變性,從而增強(qiáng)生物體的抗逆性,廣泛存在于各種原核和真核生物中.根據(jù)Hsps的分子量和同源關(guān)系可以分為4種[8],分別為Hsp90,Hsp70,Hsp60和sHsps(small Hsps,sHsps).其中,sHsps的相對(duì)分子質(zhì)量在1.2×104~4.2×104之間,通常在3.0×104以下,有一個(gè)α-晶體區(qū)域包含約100個(gè)氨基酸殘基的保守序列[8-9].Hsps最初是在果蠅的研究中被發(fā)現(xiàn)[10],是對(duì)高溫有應(yīng)激反應(yīng)的一種蛋白,并因此得名.隨后的研究發(fā)現(xiàn),Hsps可以在寒冷、干燥、缺氧和化學(xué)藥品等應(yīng)激條件下上調(diào)表達(dá)[11]。

      熱激蛋白廣泛參與到生物生長(zhǎng)發(fā)育的調(diào)控過(guò)程中.在昆蟲(chóng)滯育過(guò)程中,麥紅吸漿蟲(chóng)Sitodiplosismosellana的Hsp70和Hsp90在幼蟲(chóng)滯育和一定范圍的冷熱脅迫下表達(dá)上調(diào),而Hsp70在滯育之前和滯育期間豐度相當(dāng)[11]; 蛀莖夜蛾Sesamianonagrioides滯育幼蟲(chóng)中Hsp90 的表達(dá)量增加,而Hsp70在滯育過(guò)程中減少[13]; 非洲棉鈴蟲(chóng)Helicoverpaarmigera滯育期間腦中Hsp20.7和Hsp90的表達(dá)量下降,而Hsp21.4和Hsp70表達(dá)量升高[14].熱激蛋白在滯育過(guò)程中含量的變化,暗示其可能在當(dāng)中發(fā)揮了重要作用,在滯育過(guò)程和應(yīng)急反應(yīng)時(shí)可能具有相似功能。

      目前,有多個(gè)家蠶Hsps被研究鑒定:Fan等[15]采用鳥(niǎo)槍蛋白組學(xué)法對(duì)蠶卵進(jìn)行研究,發(fā)現(xiàn)了9個(gè)Hsp蛋白; Li等[16]通過(guò)全基因組分析鑒定了16個(gè)家蠶sHsp基因,并發(fā)現(xiàn)昆蟲(chóng)sHSPs顯示出與脊椎動(dòng)物完全不同的進(jìn)化模式.在我們前期的轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究中[17],通過(guò)對(duì)產(chǎn)后32 h的滯育卵和發(fā)育蠶卵進(jìn)行RNASeq測(cè)序分析,發(fā)現(xiàn)了一些差異表達(dá)的家蠶Hsp基因.本文中我們選取BmHsp19.5基因(BGIBMGA013545)進(jìn)行進(jìn)一步分析,完成了克隆鑒定和生物信息學(xué)分析,并對(duì)該基因在滯育卵和非滯育卵中產(chǎn)后時(shí)期的表達(dá)情況進(jìn)行了調(diào)查分析.這些結(jié)果將為揭示家蠶滯育過(guò)程中Hsps基因的表達(dá)特征及功能提供重要的研究信息,也為研究其他昆蟲(chóng)的Hsps提供有價(jià)值的參考。

      1 材料與方法

      1.1 實(shí)驗(yàn)材料

      本研究使用的家蠶二化性品種‘大造’由西南大學(xué)家蠶基因資源庫(kù)提供,母代家蠶通過(guò)高溫25 ℃、長(zhǎng)光照條件下催青產(chǎn)下滯育卵,低溫15 ℃、短日照條件下催青產(chǎn)下非滯育卵為實(shí)驗(yàn)材料.按照常規(guī)方法飼養(yǎng)家蠶,取子代蠶卵作為實(shí)驗(yàn)材料.將蠶卵置于1.5 mL離心管中,用液氮速凍,保存于-80 ℃冰箱備用。

      1.2 引物設(shè)計(jì)

      根據(jù)前期轉(zhuǎn)錄組測(cè)序結(jié)果獲得的家蠶BmHsp19.5基因序列,通過(guò)家蠶基因組數(shù)據(jù)庫(kù)Silkdb 3.0(http://silkworm.swu.edu.cn/silkdb/) Blast檢索,采用Primer 5.0軟件在預(yù)測(cè)序列上設(shè)計(jì)克隆引物.基因鑒定后,為調(diào)查BmHsp19.5基因在產(chǎn)后時(shí)期的表達(dá)情況設(shè)計(jì)了qPCR引物序列(表1)。

      表1 引物序列

      1.3 基因克隆

      PCR循環(huán)參數(shù)為:94 ℃預(yù)變性1.5 min; 94 ℃變性20 s,58 ℃退火30 s,72 ℃延伸40 s,28個(gè)循環(huán); 72 ℃延伸10 min.?dāng)U增產(chǎn)物與pMD19-T載體連接,轉(zhuǎn)化進(jìn)入E.coliDH5α感受態(tài)細(xì)胞中,涂布含有氨芐抗性的平板篩選后,送至上海生工生物工程有限公司進(jìn)行測(cè)序鑒定。

      1.4 BmHsp19.5生物信息學(xué)分析

      利用ProtParm在線(xiàn)程序(http://www.expasy.org/tools/protparam.html)分析家蠶BmHsp19.5蛋白理化參數(shù); 應(yīng)用Mega 7.0軟件、BLAST(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)和(http://silkworm.swu.edu.cn/silkdb/)程序?qū)mHsp19.5蛋白序列做同源性比較,繪制系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù).采用SignalP在線(xiàn)程序(http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP-4.1/)分析BmHsp19.5蛋白信號(hào)肽的功能; 使用 TMHMM在線(xiàn)程序(http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/)和Expasy Protscale在線(xiàn)程序(http:// web.expasy.org / protscale /l)進(jìn)行BmHsp19.5蛋白質(zhì)跨膜區(qū)預(yù)測(cè)和疏水性分析; 使用SMART軟件(http://smart.embl-heidelberg.de/)對(duì)蛋白功能結(jié)構(gòu)域預(yù)測(cè)。

      1.5 家蠶BmHsp19.5在蠶卵產(chǎn)后不同時(shí)期的檢測(cè)

      qPCR采用ABI Step One儀器進(jìn)行兩步法反應(yīng).反應(yīng)程序?yàn)椋?4 ℃預(yù)變性1 min,94 ℃變性20 s,60 ℃退火延伸40 s,30個(gè)循環(huán).每個(gè)時(shí)期設(shè)置3個(gè)生物學(xué)重復(fù),每個(gè)生物學(xué)重復(fù)設(shè)置3個(gè)技術(shù)重復(fù),根據(jù)熒光定量所得到的Ct值,采用2-ΔΔCt法對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析,GraphPad Prism 7.0軟件作圖。

      1.6 數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)學(xué)分析

      數(shù)據(jù)結(jié)果用平均值±標(biāo)準(zhǔn)差表示,使用GraphPadPrism 5.0軟件進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析,同時(shí)采用多重T-test方法來(lái)比較不同樣品的差異具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(p<0.05)。

      2 結(jié)果與分析

      2.1 家蠶BmHsp19.5克隆

      目的基因以家蠶產(chǎn)下32 h的蠶卵cDNA為模板,用克隆引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增,隨后用瓊脂糖凝膠電泳檢驗(yàn)(圖1a),結(jié)果顯示PCR產(chǎn)物大小在504 bp,與預(yù)測(cè)編碼區(qū)序列大小一致.隨后進(jìn)行凝膠回收并驗(yàn)證(圖1b),并將回收片段連接到載體上(圖1c).測(cè)序結(jié)果在Silkdb 3.0網(wǎng)站比對(duì)分析后,表明BmHsp19.5基因沒(méi)有內(nèi)含子,全長(zhǎng)為732 bp,其中ORF為504 bp,編碼的氨基酸序列為167個(gè)氨基酸(圖1d),與預(yù)測(cè)序列結(jié)果一致。

      a.M:2.0×103 Marker,1:PCR擴(kuò)增產(chǎn)物,b. M:2.0×103 Marker; 1:凝膠回收產(chǎn)物,c. M:2.0×103 Marker,1-3:pMD19- BmHsp19.5 重組克隆,d. CDS(Coding DNA Sequence)區(qū)及相應(yīng)的氨基酸序列.圖1 家蠶BmHsp19.5電泳圖和測(cè)序序列

      2.2 家蠶BmHsp19.5序列分析

      利用Protparam軟件對(duì)家蠶BmHsp19.5基因所編碼的目的蛋白進(jìn)行預(yù)測(cè)分析,其理論相對(duì)分子質(zhì)量為1.95×104,等電點(diǎn)為5.21.不穩(wěn)定指數(shù)(II)為38.29,說(shuō)明蛋白質(zhì)穩(wěn)定.利用SignalP 4.1Server軟件分析預(yù)測(cè) BmHsp19.5 蛋白的信號(hào)肽,結(jié)果顯示未發(fā)現(xiàn)有信號(hào)肽結(jié)構(gòu),可能該目的蛋白為非分泌蛋白.利用 TMHMM在線(xiàn)預(yù)測(cè)網(wǎng)站預(yù)測(cè)家蠶BmHsp19.5 蛋白跨膜結(jié)構(gòu)域,可知該蛋白不具有跨膜結(jié)構(gòu)域,為非跨膜蛋白。

      利用SMART軟件對(duì)BmHsp19.5蛋白進(jìn)行功能結(jié)構(gòu)域預(yù)測(cè),發(fā)現(xiàn)該目的蛋白65-157位氨基酸為Hsp20功能結(jié)構(gòu)域(圖2a),故該蛋白屬于小分子熱激蛋白家族.利用ProtScale軟件對(duì)家蠶BmHsp19.5蛋白進(jìn)行蛋白親疏水性預(yù)測(cè)(圖2b),圖2b中橫坐標(biāo)表示氨基酸序列位置; 縱坐標(biāo)表示氨基酸的標(biāo)度值; 通過(guò)標(biāo)度值判定氨基酸的親疏水性,標(biāo)度值大于0表示疏水性,標(biāo)度值小于0表示親水性.從圖2b中可知最低值為-2.522,最高值為0.989,且大部分峰值位于0值以下,該目的蛋白為親水性蛋白。

      圖2 BmHsp19.5蛋白功能結(jié)構(gòu)域預(yù)測(cè)分析(a)和蛋白的疏水性預(yù)測(cè)(b)

      2.3 家蠶BmHsp19.5同源基因分析判定

      使用家蠶BmHsp19.5蛋白序列在NCBI(National center for biotechnology information)數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行BlastP搜索,檢索發(fā)現(xiàn)多個(gè)鱗翅目的同源物,最終選擇6個(gè)具有代表性的序列進(jìn)行同源序列比對(duì)分析.結(jié)果發(fā)現(xiàn),BmHsp19.5與柞蠶ApHsp19.5(GenBank登錄號(hào):APX61064.1)、小木蠹蛾EhHsp20.1(GenBank登錄號(hào):AYA93247.1)和東方果蛾GmHsp19.6(GenBank登錄號(hào):AKS40076.1)的氨基酸序列相似性較高,分別為94%,93%和92%,同源性分別為83%,85%和79%.BmHsp19.5與桑螟GpHsp19.5(GenBank登錄號(hào):QGZ00457.1)、云杉芽蟲(chóng)CfHsp19.8(GenBank登錄號(hào):AAZ14792.1)和蘋(píng)果蠹蛾CpHsp19.8(GenBank登錄號(hào):ADX96000.1)的氨基酸序列相似性分別為62%,50%和50%,同源性分別為48%,39%和38%.所有氨基酸序列都含有一個(gè)典型的α-晶狀體蛋白結(jié)構(gòu)域(圖3)。

      雙下劃線(xiàn)表示α-晶體區(qū)域,方框表示二聚體界面位點(diǎn),深色區(qū)域表示高度保守的氨基酸.圖3 BmHsp19.5與其他6種同源鱗翅目昆蟲(chóng)的氨基酸序列比對(duì)

      利用Mega 7.0軟件對(duì)家蠶、柞蠶、小菜夜蛾等11種不同物種的小分子熱激蛋白構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù),結(jié)果顯示物種序列形成兩個(gè)大的分支,其中云杉蚜蟲(chóng)單獨(dú)為一支,其他10個(gè)物種序列為一支.家蠶與黑脈金斑蝶、沙棘蛾這兩類(lèi)首先聚在一起(圖4),然后再與親緣關(guān)系最近的柞蠶聚在一起,之后與梨小食心蟲(chóng)、夏威夷紅蛺蝶、小菜蛾等聚為一支。

      圖4 BmHsp19.5與其他物質(zhì)小分子熱激蛋白序列系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)

      2.4 家蠶BmHsp19.5在蠶卵產(chǎn)后的表達(dá)分析

      利用qPCR技術(shù)檢測(cè)BmHsp19.5基因在滯育卵與非滯育卵不同時(shí)期的表達(dá)量(圖5).在滯育卵中,1~3 d呈上升趨勢(shì),在3 d時(shí)達(dá)到峰值,隨后逐漸下降,此時(shí)胚胎形態(tài)經(jīng)歷了由產(chǎn)后第1 d梨形的頭葉分化,到第2 d胚胎明顯拉長(zhǎng)、尾節(jié)分化,在產(chǎn)后第3 d不再有明顯變化,整個(gè)滯育期保持不變進(jìn)入滯育Ⅰ期[18].通常認(rèn)為蠶卵在產(chǎn)后2~3 d開(kāi)始進(jìn)入滯育期,由此推斷BmHsp19.5基因可能在蠶卵進(jìn)入滯育的準(zhǔn)備階段發(fā)揮了重要作用。

      從圖5中我們還可以看到,BmHsp19.5基因在滯育卵的表達(dá)量顯著高于非滯育卵的表達(dá)量.在非滯育卵中產(chǎn)后1 d表達(dá)量最高,到第5 d呈持續(xù)下將的趨勢(shì),在第6 d蠶卵點(diǎn)青的時(shí)候表達(dá)量又小幅升高,孵化前第8 d略微下降; 點(diǎn)青期蟻蠶頭部黑色素開(kāi)始附著,這時(shí)蠶體充滿(mǎn)了卵殼,為孵化做著最后的準(zhǔn)備.這期間蠶卵需氧量大幅度增加[19],同時(shí)活性氧(ROS)含量也增加[20],BmHsp19.5基因的小幅升高似乎與這些變化有關(guān)。

      圖5 家蠶BmHsp19.5在滯育卵(a)與非滯育卵中(b)的表達(dá)量分析

      3 結(jié)論與討論

      根據(jù)克隆測(cè)序,我們鑒定了一個(gè)新的家蠶BmHsp19.5基因,相對(duì)分子質(zhì)量為1.95×104,預(yù)測(cè)顯示該蛋白在 65-157位氨基酸為Hsp20功能結(jié)構(gòu)域,符合小熱激蛋白家族結(jié)構(gòu)特征.同源性分析顯示該序列與其他鱗翅目昆蟲(chóng)的小熱激蛋白具有較高的保守性,都含有一個(gè)典型的α-晶體區(qū)域.BmHsp19.5基因和大多數(shù)sHsp基因一樣也只有一個(gè)內(nèi)含子,前人的研究認(rèn)為由于無(wú)內(nèi)含子就可以避免 mRNA剪接過(guò)程和當(dāng)中可能出現(xiàn)的障礙,從時(shí)間上優(yōu)先于其他基因,因此有利于應(yīng)激或抗逆反應(yīng)基因的及時(shí)表達(dá)[21].家蠶的sHsp基因sHsp19.9,sHsp20.1,sHsp20.4,sHsp20.8,sHsp21.4和sHsp23.7,僅有含有內(nèi)含子的sHsp21.4在熱激反應(yīng)中轉(zhuǎn)錄物沒(méi)有增加[22].據(jù)此我們推測(cè)本實(shí)驗(yàn)中BmHsp19.5基因可能在應(yīng)急反應(yīng)和滯育發(fā)育較早時(shí)期發(fā)揮作用。

      熱激蛋白的上調(diào)似乎是昆蟲(chóng)在不同滯育階段的一個(gè)共同特點(diǎn).紅尾肉蠅Sarcophagacrassipalpis在蛹滯育期間,大部分Hsp基因會(huì)在滯育開(kāi)始階段上調(diào)表達(dá),并將持續(xù)整個(gè)越冬期,如Hsp70A,Hsp70B,Hsp60,Hsp25,Hsp23,Hsp18,SmHsp; 利用RNAi抑制熱激蛋白的表達(dá),發(fā)現(xiàn)對(duì)蛹的低溫存活能力有重要影響[23].云杉芽蟲(chóng)中有14種sHsps基因在幼蟲(chóng)進(jìn)入滯育前、滯育中、滯育后這3個(gè)階段上調(diào)表達(dá),如Hsp19.6和Hsp22.1基因在滯育中顯著上調(diào)表達(dá);Hsp19.2,Hsp19.7,Hsp21.5a和Hsp24.3基因在滯育前和滯育中上調(diào)表達(dá);Hsp20.0 和Hsp21.3基因則在整個(gè)期間持續(xù)表達(dá)[24].sHsps常作為細(xì)胞防御的第一道防線(xiàn),在細(xì)胞受到脅迫時(shí),作為分子伴侶防止底物蛋白的不可逆變性,反映生物體對(duì)環(huán)境中存在的某些極端應(yīng)力的響應(yīng)[25-26].蔥蠅Deliaantiqua的Hsp23基因在蛹滯育開(kāi)始時(shí)表達(dá)量逐漸升高,到滯育維持的中后期達(dá)到峰值,在滯育終止時(shí)降到較低水平[27].在鹵蟲(chóng)中由于缺失小熱激蛋白p26的胚胎更容易終止滯育,因此認(rèn)為該蛋白是維持滯育所必需的[28]。

      家蠶滯育卵室溫條件下產(chǎn)后48~72 h開(kāi)始進(jìn)入滯育,卵色由淡黃色逐漸變成赤豆色,胚胎形態(tài)不再變化,這個(gè)時(shí)期被稱(chēng)之為前滯育期[29].本研究的BmHsp19.5基因在這一時(shí)期上調(diào)表達(dá),該結(jié)果與之前轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)一致; 根據(jù)基因表達(dá)模式推測(cè)該基因可能參與了滯育這一生理過(guò)程,可能在蠶卵進(jìn)入滯育的準(zhǔn)備階段發(fā)揮了重要作用,同時(shí)也符合越冬昆蟲(chóng)滯育期間熱激蛋白上調(diào)以抗寒這個(gè)主要特征.家蠶Hsp20.8A,Hsp70,DnaJ和Hsc71基因也是在滯育蠶卵中上調(diào)表達(dá)[30].也有報(bào)道指出家蠶中Hsp20.4,Hsp20.8,Hsp40,Hsp70和Hsp90的 mRNA在滯育期間沒(méi)有變化[31],在家蠶滯育卵和非滯育卵中的含量大致相同[15].這可能是由于研究者取材時(shí)間的差異所致,同時(shí)說(shuō)明滯育引起的熱激蛋白表現(xiàn)和普通應(yīng)急反應(yīng)不同,并不是所有熱激蛋白都同時(shí)參與其中,可能通過(guò)滯育相關(guān)機(jī)制調(diào)控Hsp基因及其產(chǎn)物,在不同時(shí)間增加、減少或保持不變,從而促進(jìn)昆蟲(chóng)在逆境中生存[13,32].因此,接下來(lái)工作的重點(diǎn)是獲得BmHsp19.5較純蛋白,進(jìn)一步明確蛋白的功能,并探究其作用機(jī)理。

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