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      PRRSV-1在我國(guó)的流行現(xiàn)狀及其感染防控的研究進(jìn)展

      2022-02-04 08:57:28譚菲菲田克恭
      關(guān)鍵詞:種豬場(chǎng)致病性基因組

      譚菲菲,周 智,田克恭,4*

      (1.普萊柯生物工程股份有限公司,河南 洛陽(yáng) 471003;2.國(guó)家獸用藥品工程技術(shù)研究中心,河南 洛陽(yáng) 471003;3.中國(guó)動(dòng)物疫病預(yù)防控制中心,北京 100125;4.國(guó)家/OⅠE豬繁殖與呼吸綜合征參考實(shí)驗(yàn)室,北京 100125)

      豬繁殖與呼吸綜合征(Porcine respiratory and re?productive syndrome,PRRS)俗稱“豬藍(lán)耳病”,是以母豬厭食和流產(chǎn)、死胎、木乃伊胎、弱仔等繁殖障礙及仔豬呼吸道癥狀為特征的一種嚴(yán)重危害養(yǎng)豬業(yè)的傳染病[1]。20 世紀(jì)80 年代末,美國(guó)的豬場(chǎng)出現(xiàn)了一種“豬神秘病”,90 年代初德國(guó)也報(bào)道了癥狀相似的疫病,隨后很快蔓延至荷蘭、比利時(shí)、西班牙等國(guó)家[2]。1992 年5 月份在美國(guó)召開的第一屆國(guó)際豬病學(xué)術(shù)會(huì)上,統(tǒng)一將該病正式命名為“豬繁殖與呼吸綜合征”[3],目前該病已在世界范圍內(nèi)普遍存在,且對(duì)全球養(yǎng)豬業(yè)造成了嚴(yán)重的影響。引起PRRS 的病原為PRRS 病毒(PRRSV)。1991 年,荷蘭首次分離到PRRSV,命名為L(zhǎng)elystad 株[4],1992 年美國(guó)分離到另一株病毒,命名為VR2332 株[5]。1996 年郭寶清首次從我國(guó)豬場(chǎng)的流產(chǎn)胎兒中分離到了PRRSV CH-1a株,證實(shí)了該病毒在我國(guó)的存在[6]。2006 年我國(guó)暴發(fā)的高致病性PRRS(HP-PRRS)病,給中國(guó)養(yǎng)豬業(yè)帶來(lái)了嚴(yán)重的經(jīng)濟(jì)損失[7]。2013 年之后,類NADC30 株開始在我國(guó)流行,并逐漸成為豬群的流行株[8-9]。

      根據(jù)2017 年國(guó)際病毒分類委員會(huì)(The Interna?tional Committee on Taxonomy of Viruses,ICTV)的最新分類原則,PRRSV 屬于套式病毒目動(dòng)脈炎病毒科Po?rarterivirus屬,進(jìn)一步可分為兩個(gè)種:PRRSV-1 和PRRSV-2[10]。PRRSV-1 和PRRSV-2 基 因 組 結(jié) 構(gòu) 相同,均為不分節(jié)段的單股正鏈RNA,長(zhǎng)約15.4 kb,5'端到3'端 分 別 為5'非 編 碼 區(qū)(Untran-slated region,5'UTR)、ORF(Open reading frame)1、ORF2a、ORF2b、ORF3-ORF5、ORF5a、ORF6、ORF7、3'UTR,5'UTR 上游為帽子結(jié)構(gòu),3'UTR 下游為Poly(A)尾[11-12]。ORF1占病毒基因組的80%,編碼病毒的復(fù)制酶復(fù)合體,通過(guò)核糖體移碼機(jī)制翻譯產(chǎn)生兩個(gè)多聚蛋白(Poly?protein)pp1a 和pp1ab,由ORF1a 編碼的3 種蛋白酶切割產(chǎn)生至少14 種非結(jié)構(gòu)蛋白(Nonstructural protein,Nsp),其 中Nsp2 變 異 最 大[13]。ORF2a、ORF2b、ORF3、ORF4、ORF5a 分別編碼的糖基化膜蛋白(Glycoprotein,GP)GP2a、E(Envelope)蛋白、GP3、GP4、GP5a,是病毒的次要結(jié)構(gòu)蛋白;ORF5、ORF6、ORF7 分別編碼的糖基化囊膜蛋白GP5、非糖基化膜蛋白M(Membrane protein)、核衣殼蛋白N(Nucleocap?sid protein),是病毒的主要結(jié)構(gòu)蛋白[14]。結(jié)構(gòu)蛋白的ORF 之間有不同程度的重疊,通過(guò)一系列共5'和3'端的亞基因組翻譯產(chǎn)生,其中GP5 是最易變異的結(jié)構(gòu)蛋白。

      1 PRRSV-1 在我國(guó)的整體流行情況

      2011 年陳南華等首次從2006 年~2009 年采集的臨床樣品中分離、鑒定出2 株P(guān)RRSV-1(BJEU06-1、NMEU09-1),這是首次在中國(guó)大陸發(fā)現(xiàn)PRRSV-1 臨床分離株[15]。國(guó)內(nèi)公開發(fā)表的文章與國(guó)家/OIE 豬繁殖與呼吸綜合征參考實(shí)驗(yàn)室2018 年~2020 年連續(xù)3 年的監(jiān)測(cè)數(shù)據(jù)顯示,迄今為止PRRSV-1 已經(jīng)在我國(guó)至少22 個(gè)省份流行,遍布華中、華北、華南、華東、東北、西南地區(qū)[16-20]。顧小雪2011 年~2013 年對(duì)全國(guó)29 個(gè)省、市、自治區(qū)的98 個(gè)原種豬場(chǎng)進(jìn)行PRRSV病原監(jiān)測(cè),結(jié)果連續(xù)3 年P(guān)RRSV-1 的個(gè)體陽(yáng)性率分別為0.26%、0.16%、0.03%,場(chǎng)陽(yáng)性率分別為8.16%、5.26%、1.08%[21],表明PRRSV-1 在原種豬群中持續(xù)存在。國(guó)家/OIE PRRS 參考實(shí)驗(yàn)室連續(xù)3 年從原種豬場(chǎng)、屠宰場(chǎng)和臨床樣品中均能檢測(cè)到PRRSV-1,其中原種豬場(chǎng)2018 年、2019 年、2020年P(guān)RRSV-1 陽(yáng)性場(chǎng)的比例分別為6.3%(6/95)、9.6%(8/83)、3.8%(3/79),陽(yáng)性樣品的比例分別為1.4%(53/3823)、2.5%(119/4764)、0.1%(3/3148)。屠宰場(chǎng)2018 年、2019 年P(guān)RRSV-1 陽(yáng)性場(chǎng)的比例分別為10%(5/50)、3/46(6.5%),陽(yáng)性樣品的比例分別為0.4%(10/2480)、0.3%(13/4256)。臨床樣品2018 年、2019 年、2020 年的PRRSV-1 陽(yáng)性樣品比例分別為8.8%(10/114)、43.5%(10/23)、4%(2/50)。數(shù)據(jù)顯示原種豬場(chǎng)PRRSV-1 的檢出率高于屠宰場(chǎng),表明我國(guó)PRRSV-1 的源頭可能仍與引種相關(guān);而屠宰場(chǎng)持續(xù)檢出陽(yáng)性,表明PRRSV-1 已從原種豬場(chǎng)擴(kuò)散至商品豬場(chǎng);臨床樣品的高檢出率提示出現(xiàn)疑似PRRS 臨床癥狀的豬群,既要檢測(cè)PRRSV-2、也要檢測(cè)PRRSV-1。翟少倫等收集了廣東省50 個(gè)養(yǎng)殖場(chǎng)的750 份樣品,其中PRRSV-1 陽(yáng)性率24.8%(186 份),是我國(guó)PRRSV-1 陽(yáng)性檢出率最高的報(bào)道[22]。

      2013 年開始,本實(shí)驗(yàn)室持續(xù)對(duì)臨床樣品進(jìn)行PRRSV的監(jiān)測(cè),檢測(cè)為陽(yáng)性的樣品進(jìn)行病毒分離和全基因組測(cè)序,至今共分離鑒定到5株P(guān)RRSV-1(P073-3、180420-1、180975-5、200604-75、181187-2),獲得6 條PRRSV-1 的全基因組序列(P073-3 的GenBank登 錄 號(hào)MK214314, 180900-5 的GenBank 登 錄 號(hào)MK303390;其余4 條序列未公開)[23]。截至2021 年10月,公開發(fā)表的文獻(xiàn)資料表明國(guó)內(nèi)分離鑒定的PRRSV-1 有53 株[16-20];GenBank 共有32 條國(guó)內(nèi)提交的PRRSV-1 全基因組序列,另有27 條PRRSV-1 單個(gè)基因序列,以O(shè)RF5 為主,其中多條序列與PRRSV-1疫苗株的序列一致性達(dá)99%以上[18,20,24]。與國(guó)內(nèi)提交至GenBank 的上千條PRRSV-2 全基因組與單個(gè)基因序列相比,PRRSV-1 的序列仍較少,一方面由于PRRSV-1 不是國(guó)內(nèi)流行的PRRSV,另一方面反映了國(guó)內(nèi)養(yǎng)豬業(yè)對(duì)PRRSV-1 的重視程度不高。

      2 PRRSV-1 的遺傳變異情況

      2.1 遺傳進(jìn)化分析PRRSV-1 自1990 年在荷蘭發(fā)現(xiàn)以來(lái),迅速蔓延到歐洲各個(gè)國(guó)家。歐盟內(nèi)部密集的豬肉貿(mào)易使病毒在各國(guó)家之間傳播,活疫苗的使用也加劇了PRRSV-1 的變異和進(jìn)化[25-27]。PRRSV-1分 為4 個(gè) 亞 型:Subtype I(Global)、Subtype I(Rus?sia)、Subtype II(Russia;Lithuania;Belarus)和Sub?type III[28]。西歐和中歐主要流行Subtype I(Global),目前僅此亞型蔓延到歐洲以外的地區(qū),包括美國(guó)[29]、加拿大[30]、韓國(guó)[31-32]、中國(guó)[15]、泰國(guó)[33]等。

      陳南華等在2017 年首次將國(guó)內(nèi)的PRRSV-1 分為4 個(gè) 基 因 亞 群[34]:Amervac-like、BJEU06-1-like、HKEU-16-like、NMEU09-1-like。其 中BJEU06-1、NMEU09-1-like 為國(guó)內(nèi)首次分離自北京、內(nèi)蒙古的PRRSV[15];HKEU-16 為2007 年香港分離株;疫苗株指西班牙海博萊生物大藥廠(HIPRA)生產(chǎn)的活疫苗AMERVAC PRRS。目前為止國(guó)內(nèi)分離到的PRRSV-1以Subtype I(Global)居多,如廣西2020 年~2021 年新發(fā)PRRSV-1 的ORF5 基因與香港分離歐洲株HKEU16 親緣關(guān)系較近[35]。但焦臣鵬從廣東分離到的PRRSV-1 CN-2016 株與PRRSV-1 Lena 株的親緣關(guān)系較近[36],Lena 為Subtype III 的代表株,表明可能有其他亞型的PRRSV-1 在我國(guó)出現(xiàn)。

      顧瑞恒利用MEGA對(duì)本實(shí)驗(yàn)室獲得的6條PRRSV-1全基因組序列與GenBank 中的57 條全基因組序列進(jìn)行遺傳進(jìn)化分析,結(jié)果180975-5株位于Amervac-like亞群;P073-3 株位于NMEU09-1 亞群;180420-1、200604-75 株 位于BJEU06-1 like 亞群;而181187-2、180900-5 株與意大利分離的高致病性PRRSV(HPPRRSV)PR40/2014 株[37]遺傳距離較近,且形成一個(gè)新的分支[23];6 條ORF5 序列與國(guó)內(nèi)外94 株ORF5 序列的遺傳進(jìn)化分析結(jié)果與全基因組分析結(jié)果一致[23]。表明國(guó)內(nèi)的PRRSV-1 在持續(xù)發(fā)生變異或有新的病毒株被引入我國(guó),且致病性可能有增強(qiáng)的趨勢(shì),因此需要持續(xù)關(guān)注和監(jiān)測(cè)PRRSV-1 的流行情況。

      2.2 氨基酸高變區(qū)序列分析國(guó)內(nèi)分離的PRRSV-1基因組的高變區(qū)主要位于非結(jié)構(gòu)蛋白Nsp2和結(jié)構(gòu)蛋白ORF3 的編碼區(qū)、ORF4 重疊區(qū)域[38]。最近有文獻(xiàn)報(bào)道從全國(guó)性病原監(jiān)測(cè)樣品中分離到4株P(guān)RRSV-1,全基因組核苷酸序列與LV 株的一致性介于87.4%~90.7%,變異區(qū)域主要集中于Nsp2、ORF3 和ORF4,且存在不連續(xù)的堿基缺失或插入,導(dǎo)致相應(yīng)的氨基酸缺失或插入[17,39]。對(duì)國(guó)內(nèi)代表株的Nsp2序列分析表明,與LV 株相比,我國(guó)PRRSV-1 Nsp2 區(qū)域存在至少12 種不同類型的插入或缺失模式,其中(aa357~aa360)+aa411 缺失是出現(xiàn)頻率最高的缺失類型[19]。本實(shí)驗(yàn)室獲得的6 株序列中有2 株(180420-1、200604-75)為該缺失模式;其余4 株的缺失類型如下:180975-5 株的aa288~aa294 缺失;P073-3 株的aa310~aa343+aa423~aa431缺失及aa697插入;180900-5和181187-2株的aa306~aa359 缺失,均為國(guó)內(nèi)尚未見報(bào)道的缺失/插入類型。對(duì)國(guó)內(nèi)代表株的ORF3、ORF4 重疊區(qū)域(LV 株重疊區(qū)域?yàn)?56 個(gè)堿基)進(jìn)行核苷酸序列分析,與LV 株相比,我國(guó)PRRSV-1 分離株ORF3 與ORF4 重疊區(qū)域的核苷酸存在不同長(zhǎng)度的缺失,進(jìn)而導(dǎo)致GP3、GP4 兩個(gè)蛋白的氨基酸均發(fā)生缺失。GP3的缺失特征如圖1A 所示,aa238~aa245 缺失與aa243缺失出現(xiàn)的頻率最高,本實(shí)驗(yàn)室獲得的P073-3 與180900-5、180420-1、181187-2 株分別具有這兩種缺失特征,200604-75 株的aa241~aa245 缺失,而180975-5 株未缺失。GP4 的缺失特征如圖1B 所示,aa60~aa67 缺失與aa63 缺失出現(xiàn)的頻率最高,本實(shí)驗(yàn)室獲得的P073-3 株與180900-5、180420-1、181187-26 株分別具有這兩種缺失特征,而200604-75 株的aa60~aa63+aa68 缺失,而180975-5 株未缺失。表明國(guó)內(nèi)分離的PRRSV-1 Nsp2 與ORF3/4 重疊區(qū)域仍是基因組變異較大的區(qū)域,且不斷地有新的缺失/插入類型被報(bào)道,進(jìn)一步提示需要持續(xù)關(guān)注PRRSV-1 的流行及序列變異情況。

      圖1 ORF3與ORF4重疊區(qū)域核苷酸缺失導(dǎo)致的GP3、GP4氨基酸序列缺失特征

      2.3 重組分析2017 年陳南華等在國(guó)內(nèi)分離到的PRRSV-1 HLJB1 株全基因組序列(KT224385)與疫苗株Amervac 的一致性最高(91.64%),但進(jìn)化樹分析HLJB1 株位于BJEU06-1 like 亞群;利用RDP4 重組軟件檢測(cè)到HLJB1 分離株為Amervac 疫苗株和BJEU06-1 株之間的重組,在ORF1a~ORF3 之間存在3 個(gè)潛在的重組斷點(diǎn),是國(guó)內(nèi)第一篇PRRSV-1 疫苗株與野毒株自然重組的文章[34]。2020 年于芳等對(duì)GenBank 的91 條PRRSV-1 分離株的全基因組序列進(jìn)行重組分析,結(jié)果共有24 個(gè)重組株,其中5 個(gè)重組事件涉及疫苗株(1 株為國(guó)內(nèi)PRRSV HLJB1)[40]。

      2021 年顧瑞恒利用RDP4 軟件對(duì)本實(shí)驗(yàn)室的6 株P(guān)RRSV 進(jìn)行重組分析,結(jié)果6 株病毒均不存在重組事件[23]。PRRSV 自身具有易重組的特性,雖然目前國(guó)內(nèi)報(bào)道的PRRSV-1 重組株較少,但隨著臨床越來(lái)越多的PRRSV-1 被檢測(cè)到,PRRSV-1 在自然界的重組也不容忽視,需要持續(xù)監(jiān)測(cè)分析。

      3 我國(guó)PRRSV-1 的致病性研究

      以LV 為代表的Subtype 1 亞型的PRRSV-1 均具有中等致病性,致宿主表現(xiàn)為輕微的臨床癥狀和病理變化[41-43]。但是從2006 年起東歐國(guó)家開始出現(xiàn)高致病性PRRSV-1[44],之后西歐、韓國(guó)等地也出現(xiàn)HPPRRSV-1,宿主感染后均表現(xiàn)出更嚴(yán)重的臨床癥狀、病理變化、病毒血癥、高組織病毒載量或更高死亡率[32,45]。

      我國(guó)目前報(bào)道的已經(jīng)做過(guò)致病性評(píng)價(jià)的PRRSV-1有3 株,分別為GZ11-G1 株[46]、HLJB1 株(KT224385)[47]、LNEU12 株[48]。3 株病毒的亞群、接種仔豬日齡及接種途徑、造成的臨床癥狀和主要的剖檢變化匯總?cè)绫?所示??傮w而言,3株病毒均為中等致病性,接種后未造成仔豬死亡,主要的病變組織為肺臟和淋巴結(jié)。如前文所述,本實(shí)驗(yàn)室獲得的181187-2、180900-5株與意大利分離的HP-PRRSV 遺傳距離較近;但180900-5 株的致病性評(píng)價(jià)表明該病毒株為中等致病力,未表現(xiàn)出與國(guó)外HP-PRRSV-1 相同的致病力(文章未發(fā)表)。雖然目前國(guó)內(nèi)仍無(wú)HP-PRRSV-1 的出現(xiàn),但國(guó)外HP-PRRSV-1 在陸續(xù)出現(xiàn)[49],且隨著PRRSV-1 在國(guó)內(nèi)的持續(xù)演化變異及種豬貿(mào)易往來(lái),國(guó)內(nèi)是否也會(huì)出現(xiàn)HP-PRRSV-1 株值得持續(xù)關(guān)注。

      表1 國(guó)內(nèi)PRRSV-1分離株的致病性評(píng)價(jià)結(jié)果匯總

      4 小結(jié)與展望

      PRRS 自上世紀(jì)80 年代出現(xiàn)以來(lái)已在全球流行30 多年,研究者對(duì)其病原學(xué)、病毒與宿主互作、病毒遺傳變異特性等已經(jīng)有了更加深入的了解,但因其變異頻繁、容易重組等特性仍給PRRS 的防控帶來(lái)極大的挑戰(zhàn)。目前PRRSV-2 仍是我國(guó)的主要流行株,且近年來(lái)PRRSV-2的變異與演化呈現(xiàn)加快、病毒株多樣性急劇增加的趨勢(shì),新病毒株及重組病毒株出現(xiàn)的頻率不斷提高,已經(jīng)受到了廣泛關(guān)注[50]。與PRRSV-2 相比,目前PRRSV-1 對(duì)我國(guó)養(yǎng)豬業(yè)的危害較小,但是近年來(lái)越來(lái)越多的PRRSV-1被分離到,病毒多樣性也在增加,應(yīng)引起足夠重視。

      由于國(guó)內(nèi)的核心原種豬群主要通過(guò)不定期從國(guó)外引種來(lái)補(bǔ)充和更新,2018 年~2020 年連續(xù)3 年原種豬場(chǎng)PRRSV-1 的檢出率均高于屠宰場(chǎng),表明我國(guó)PRRSV-1 的源頭可能仍與引種相關(guān),所以引種前必須嚴(yán)格實(shí)施隔離檢疫,做到從源頭控制。盡管PRRSV-1 疫苗并未正式在我國(guó)注冊(cè)使用,但國(guó)內(nèi)多位研究者從臨床分離的PRRSV-1 的序列與疫苗株的序列一致性均較高[18,20,24,51],表明國(guó)內(nèi)可能有豬場(chǎng)使用PRRSV-1 疫苗。雖然目前國(guó)內(nèi)報(bào)道的PRRSV-1 分離株的致病性均為中等,但為了避免疫苗株與野毒株重組產(chǎn)生HP-PRRSV-1 株,應(yīng)禁止非法使用PRRSV-1疫苗。

      為貫徹落實(shí)《中華人民共和國(guó)動(dòng)物防疫法》的有關(guān)要求,2021 年10 月,農(nóng)業(yè)農(nóng)村部關(guān)于推進(jìn)動(dòng)物疫病凈化工作的意見中明確將PRRS 列入需凈化的重大動(dòng)物疫病之一,需要在種豬場(chǎng)扎實(shí)開展PRRS 等垂直傳播性疫病的凈化。因此有必要持續(xù)關(guān)注PRRSV-1在我國(guó)豬群中的感染及造成的臨床疾病,并持續(xù)監(jiān)測(cè)其遺傳變異以及可能出現(xiàn)的新病毒株,為采取積極有效的防控策略積累必要的分子與流行病學(xué)研究基礎(chǔ)。在推進(jìn)凈化工作的時(shí)候,既要關(guān)注PRRSV-2株,同時(shí)也要關(guān)注PRRSV-1 株,同時(shí)需要強(qiáng)化針對(duì)PRRSV-1 和PRRSV-2 的檢測(cè)技術(shù)研究,建立及完善相應(yīng)的檢測(cè)方法與診斷標(biāo)準(zhǔn)。

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