付亞男,曾鳳,饒晶晶,黃艷萍,劉志新,劉龍
截至2022年5月25日,新型冠狀病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)共造成5億多人患病,600多萬人死亡[1]。SARSCoV-2與SARS-CoV同屬β冠狀病毒屬,基因組序列相似,均編碼刺突蛋白(spike protein,S)、核衣殼蛋白(nucleocapsid protein,N)、膜蛋白(membrane protein,M)、包膜蛋白(envelope protein,E)、16種非結(jié)構(gòu)蛋白及多種輔助蛋白。SARS-CoV-2與SARSCoV具有較高的序列同源性和蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用相似性[2],但SARS-CoV-2和SARS-CoV的輔助蛋白ORF8具有較低的蛋白質(zhì)序列同源性:核苷酸同源性為55.4%,蛋白質(zhì)同源性為30%[3]。SARSCoV-2輔助蛋白在病毒生命周期和毒力強(qiáng)弱中發(fā)揮著重要作用,輔助蛋白ORF8與病毒復(fù)制無關(guān),但能夠與宿主分子直接相互作用,提高了病毒感染的可能性[2]。目前,SARS-CoV-2輔助蛋白正快速進(jìn)化及突變,可能會造成病毒毒力及傳播性的增加,而通過研究病毒輔助蛋白可為臨床診斷新型冠狀病毒肺炎(COVID-19)提供新的途徑及治療藥物。本文主要?dú)w納總結(jié)了SARS-CoV-2輔助蛋白ORF8的突變及功能,旨在為臨床治療COVID-19提供相關(guān)線索及理論支持。
1.1 ORF8的結(jié)構(gòu)SARS-CoV-2輔助蛋白ORF8的晶體結(jié)構(gòu)為共價二聚體,ORF8單體結(jié)構(gòu)是由β1~β8形成反向平行的β折疊;ORF8二級結(jié)構(gòu)由1個短的α-螺旋、7個β-鏈和1個未知的外部結(jié)構(gòu)域組成[4]。SARS-CoV-2 ORF8屬于免疫球蛋白(Ig)新家族,由N端序列和Ig樣折疊組成,是含有121個氨基酸的分泌蛋白,定位并富集于內(nèi)質(zhì)網(wǎng)(endoplasmic reticulum,ER)[5]。經(jīng)多重比對和結(jié)構(gòu)分析表明,SARS-CoV-2 ORF8與SARS-CoV ORF8蛋白是不同的新型病毒蛋白,兩者具有較低的序列相似性與結(jié)構(gòu)同源性[6-7]。
1.2 ORF8的功能SARS-CoV-2通過結(jié)合血管緊張素轉(zhuǎn)換酶2(ACE2)受體進(jìn)入細(xì)胞后,基因組序列編碼的開放閱讀框翻譯為不同的病毒蛋白,其中輔助蛋白在抵御宿主免疫反應(yīng)過程中發(fā)揮了重要作用。機(jī)體在抵抗SARS-CoV-2感染的過程中涉及多條抗病毒信號通路,其中以Ⅰ型干擾素(typeⅠinterferon,IFN-Ⅰ)通路與核因子κB(nuclear factor kappa-B,NF-κB)通路為主。IFN-Ⅰ和NF-κB通路主要通過誘導(dǎo)IFN-Ⅰ及炎性細(xì)胞因子的釋放來抵抗病毒感染。SARS-CoV-2 ORF8介導(dǎo)IFN-Ⅰ通路的抑制及NF-κB通路的激活,在抑制宿主免疫反應(yīng)中起重要作用。(1)SARS-CoV-2 ORF8能夠抑制IFN-Ⅰ通路。①ORF8可以通過抑制干擾素刺激反應(yīng)元件(interferon stimulus response element,ISRE)的產(chǎn)生與減少干擾素調(diào)節(jié)因子3(interferon regulatory factor 3,IRF3)的核轉(zhuǎn)位來抑制干擾素的產(chǎn)生[8-9]。②ORF8下調(diào)聚肌苷酸胞苷酸(polynosinlc acidpolycyttdylic acld,Poly I:C)誘導(dǎo)的IFN-β和干擾素刺激基因(interferon-stimulating genes,ISGs)表達(dá)[10]。③ORF8蛋白通過激活轉(zhuǎn)錄激活因子6(activating transcription factor 6,ATF6)和肌醇依賴酶1(inositolrequiring enzyme 1,IRE1)通路誘導(dǎo)內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激(ERS),ERS通路的激活在介導(dǎo)IFN-β產(chǎn)生方面具有重要的免疫調(diào)節(jié)作用[10]。然而,ERS通路的激活如何影響IFN-β和ISGs表達(dá)的詳細(xì)機(jī)制仍有待闡 明。(2)SARS-CoV-2感 染細(xì)胞 后,輔 助 蛋白ORF8在內(nèi)質(zhì)網(wǎng)直接與主要組織相容性復(fù)合體Ⅰ(major histocompatibility complexⅠ,MHCⅠ)分子相結(jié)合,促進(jìn)MHCⅠ運(yùn)輸?shù)阶允审w,隨后ORF8與自噬基因Beclin1相互作用,啟動自噬溶酶體降解,MHCⅠ的降解減少了其與CD8+T細(xì)胞的結(jié)合,介導(dǎo)SARS-CoV-2逃避CD8+T細(xì)胞的殺傷作用[11]。(3)SARS-CoV-2 ORF8通過與宿主重組白細(xì)胞介素17受體A(interleukin 17 receptor A,IL-17RA)相互作用激活白細(xì)胞介素17(interleukin 17,IL-17)信號通路來促進(jìn)促炎因子表達(dá),然后ORF8與IL-17RA結(jié)合募集NF-κB激活劑1(Act1),Act1可以與腫瘤壞死因子受體相關(guān)蛋白6(TNF receptor associated factor 6,TRAF6)結(jié)合激活NF-κB通路,導(dǎo)致大量炎性因子釋放[12]。同時IL-17抗體能夠通過抑制ORF8與IL-17RA的相互作用來控制細(xì)胞因子風(fēng)暴,為治療COVID-19提供潛在靶點(diǎn)[13]。SARS-CoV-2在早期感染階段逃避宿主抗病毒免疫反應(yīng)的機(jī)制見圖1。
1.3 SARS-CoV-2與SARS-CoV ORF8的 功 能 比較SARS-CoV ORF8是一種ER駐留膜蛋白[14]。在SARS-CoV流行的中晚期,ORF8蛋白伴隨著29個核苷酸(nucleotides,nt)缺失,導(dǎo)致ORF8a和ORF8b兩種截短功能蛋白的產(chǎn)生,SARS-CoV ORF8的29 nt缺失減弱了病毒的復(fù)制[15]。ORF8a和ORF8b分別編碼39個和84個殘基多肽,ORF8a的氨基酸個數(shù)太少,因此不能發(fā)揮信號功能;ORF8b蛋白極其不穩(wěn)定,會迅速降解[16]。ORF8ab通過誘導(dǎo)ATF6蛋白水解和加工的N端的核易位來調(diào)節(jié)未折疊蛋白反應(yīng)(unfolded protein response,UPR)[14]。ORF8ab的N81是其N-連接糖基化位點(diǎn),糖基化對蛋白質(zhì)的寡聚化、分選、運(yùn)輸和折疊起重要作用[17]。未糖基化的ORF8ab是不穩(wěn)定的,這解釋了在沒有ORF8a區(qū)域的情況下,ORF8b會迅速降解,并推測糖基化有助于ORF8b的折疊[18]。SARS-CoV輔助蛋白ORF8b和ORF8ab以泛素-蛋白酶體依賴性方式誘導(dǎo)IRF3的降解,從而導(dǎo)致IRF3二聚化減少,最終抑制IFN-β信號通路[19]。ORF8b區(qū)域可能包含多個功能域來發(fā)揮功能,如泛素結(jié)合、泛素化和糖基化等,從而參與ORF8ab穩(wěn)定性、宿主-病毒相互作用和生化特性的調(diào)節(jié)[18]。然而,迄今為止尚未在ORF8a區(qū)域中鑒定出功能域,但ORF8a可以通過線粒體依賴性途徑誘導(dǎo)細(xì)胞凋亡[20]。這表明沉默蛋白ORF8ab的表達(dá)可能是靶向SARS-CoV逃避宿主防御機(jī)制的策略[14]。
Fig.1 Diagram of the mechanism of SARS-CoV-2 ORF8 escaping host antiviral immune response圖1 SARS-CoV-2 ORF8逃避宿主抗病毒免疫反應(yīng)機(jī)制圖
2.1 ORF8截短突變SARS-CoV-2輔助蛋白ORF8具有快速進(jìn)化的特性,且正在經(jīng)歷快速的非隨機(jī)進(jìn)化[21]。2020年1月23日—3月25日,新加坡和中國臺灣收集的191個臨床樣本中有23.6%存在ORF8 382 nt的缺失,表明該缺失突變體保留了在人與人之間有效感染及傳播的能力[7]。該突變體導(dǎo)致了ORF8/ORF7b的缺失,其與較輕的癥狀和較低的病毒復(fù)制能力有關(guān)[22]。SARS-CoV-2 ORF8缺失突變體會影響蛋白質(zhì)的轉(zhuǎn)錄調(diào)控,如5′端336 nt缺失消除了ORF8轉(zhuǎn)錄調(diào)控序列[23]。2020年12月發(fā)現(xiàn)的ORF8 Q27stop突變體可能改變了病毒的傳播能力,基因組中大多數(shù)刺突蛋白的突變與ORF8 Q27stop和ORF8 K68stop相關(guān),表明監(jiān)測ORF8的缺陷譜系對了解COVID-19的流行至關(guān)重要[24]。目前,SARS-CoV-2輔助蛋白ORF8缺失突變體仍在繼續(xù)進(jìn)化,且將有可能進(jìn)化為另一進(jìn)化枝,這一發(fā)現(xiàn)將有助于了解SARS-CoV-2的傳播及進(jìn)化動態(tài)。
2.2 ORF8點(diǎn) 突 變SARS-CoV-2 ORF8第84位 氨基酸為亮氨酸或絲氨酸,因此具有ORF8L和ORF8S兩種核苷酸序列[25]。研究者從6 337個核苷酸序列中鑒定出240個SARS-CoV-2 ORF8的非同義突變,其中7%是無義突變,93%是錯義突變,在這些突變體中,L84S為最主要的突變[26]。L84S突變通常會伴隨V62L突變,V62L和S24L突變可能具有臨床意義[27]。SARS-CoV-2 ORF8突變體導(dǎo)致該病毒在傳染性、致病性和免疫逃逸方面存在顯著差異,其原因可能是病毒突變體增強(qiáng)了病毒逃避宿主免疫系統(tǒng)的能力,ORF8 L84S突變體不能像野生型抗原肽一樣與MHCⅡ等位基因抗原結(jié)合槽結(jié)合,從而產(chǎn)生逃避宿主細(xì)胞免疫反應(yīng)的能力[28]。特別是W45L突變體,能夠增加其與IRF3的結(jié)合親和力來幫助病毒逃避免疫系統(tǒng)[9],表明ORF8突變體可能會進(jìn)一步逃避宿主免疫監(jiān)視。S24L是ORF8中第二大常見的突變,其可以增加ORF8蛋白的折疊穩(wěn)定性,并與SARS-CoV-2的傳播有關(guān)[29-30]。因此,SARS-CoV-2ORF8突變體的出現(xiàn)可能與病毒免疫逃逸和毒力增強(qiáng)有關(guān)。
3.1 ORF8抗體在血清學(xué)檢測和診斷中的應(yīng)用前景SARS-CoV-2以高毒力、高傳染性為特征,常用的檢測方法多為血清學(xué)檢測[31]。SARS-CoV-2ORF8具有分泌性而被表征為新型免疫原性分泌蛋白,在COVID-19患者的血清中能夠檢測到ORF8抗體。研究發(fā)現(xiàn)ORF8抗體的產(chǎn)生早于N蛋白抗體,抗ORF8抗體的檢測比傳統(tǒng)的抗N抗體檢測更靈敏和準(zhǔn)確,通過ELISA分析表明,ORF8在COVID-19患者的抗體反應(yīng)方面具有高度免疫原性[6]。據(jù)此,SARS-CoV-2 ORF8抗體可以用來進(jìn)行血清學(xué)檢測和診斷,同時也為疫苗開發(fā)提供了依據(jù)。
3.2 ORF8在藥物治療中的應(yīng)用前景SARS-CoV-2 ORF8作為拮抗宿主天然免疫反應(yīng)的重要蛋白,通過抑制ORF8來改善病毒的免疫逃逸和病毒感染可能是一種有效的治療策略。通過鑒定高可信度的SARS-CoV-2蛋白質(zhì)-宿主蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò),研究人員確定了69種相互作用物,其中66種可以用于藥物研究,并發(fā)現(xiàn)47種人類蛋白質(zhì)與SARS-CoV-2輔助蛋白ORF8相互作用;其中有15種是處于臨床前、臨床試驗或已獲得美國食品和藥物管理局(FDA)批準(zhǔn)的已知藥物靶點(diǎn)[32]。從灌木葉中分離出的化合物具有作為免疫調(diào)節(jié)劑的潛力,這些化合物能夠與SARS-CoV-2 ORF8 mRNA的翻譯起始位點(diǎn)及翻譯終止位點(diǎn)結(jié)合,從而抑制與COVID-19感染有關(guān)的細(xì)胞因子風(fēng)暴,因此建議進(jìn)一步研究灌木葉分離出的化合物的免疫調(diào)節(jié)特性及ORF8蛋白在COVID-19感染藥物開發(fā)中的作用[33]。另外,ORF8可以激活磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B/雷帕霉素靶蛋白(P13K/Akt/mTOR)信號通路以維持病毒增殖的環(huán)境;雷帕霉素是雷帕霉素靶蛋白復(fù)合物1(mTORC1)的抑制劑[3],通過雷帕霉素抑制mTORC1的活性來阻斷細(xì)胞生長途徑可能是抵抗病毒感染的治療策略。
SARS-CoV-2 ORF8不 僅 對COVID-19的 發(fā) 病機(jī)制和免疫調(diào)節(jié)具有重要作用,而且對于藥物和診斷試劑的開發(fā)也很重要。SARS-CoV-2 ORF8抗體較N抗體具有較高的靈敏度和準(zhǔn)確性而被提議用作血清學(xué)檢測和診斷COVID-19的標(biāo)志物[6]。但ORF8較高的突變性和進(jìn)化性可能會影響血清學(xué)反應(yīng)和作為治療靶點(diǎn)的可行性[3]。目前已經(jīng)有研究報道,ORF8中的突變體能夠增加其與IRF3的結(jié)合親和力,從而幫助病毒逃避宿主免疫系統(tǒng)[9]。因此這種高突變性及高進(jìn)化性很有可能會加重病毒對人體的感染及在宿主體內(nèi)的復(fù)制。目前尚不清楚ORF8變異是否會影響抗原表位的變化,因此必須研究SARS-CoV-2 ORF8的各種自然變異對檢測及診斷COVID-19的潛在影響。
同時,SARS-CoV-2 ORF8蛋白通過影響宿主各種免疫途徑來逃避免疫監(jiān)視,研究其背后的分子機(jī)制將增進(jìn)對ORF8在COVID-19發(fā)病機(jī)制中作用的認(rèn)識,有助于開發(fā)有效的抗病毒藥物。今后需要進(jìn)一步揭示SARS-CoV-2 ORF8高頻突變的重要性及其對宿主免疫應(yīng)答相關(guān)的影響,這將有利于SARSCoV-2的溯源工作。