鄒建文 饒紅欣 陳靈 羅先權(quán) 何潤華 陳銘 何艷
關(guān)鍵詞:黑老虎;DNA 指紋圖譜;遺傳多樣性;親緣關(guān)系
中圖分類號:S567.19 文獻(xiàn)標(biāo)識碼:A
黑老虎(Kadsura coccinea)俗稱冷飯團(tuán),為五味子科(Schisandraceae)南五味子屬一種常綠木質(zhì)藤本植物。黑老虎是一種食藥兼用的新型珍稀水果,具有較高的藥用價(jià)值和營養(yǎng)保健功效,而且其果形奇特、果期長,亦具有獨(dú)特的觀賞價(jià)值,在中藥材、水果和食品以及園林綠化美化等方面頗具發(fā)展?jié)摿1]。近年來,隨著其果實(shí)和相關(guān)產(chǎn)品在國內(nèi)市場不斷走俏,黑老虎在湖南、廣西、貴州和云南等?。▍^(qū))得到大力發(fā)展,一些市(縣)形成了產(chǎn)業(yè)化發(fā)展格局,有力推動(dòng)了國家鄉(xiāng)村振興戰(zhàn)略的實(shí)施。尤其在湖南通道縣,黑老虎的種植規(guī)模迅速擴(kuò)大,并且獲評國家地理標(biāo)志農(nóng)產(chǎn)品[2]。在黑老虎的規(guī)模發(fā)展過程中,科研人員開展了黑老虎新種質(zhì)的挖掘和選育研究,并通過嫁接推廣應(yīng)用。目前已涌現(xiàn)出一批在果形、果色、口感、早實(shí)性等方面具特異性的品種(系)。
由于黑老虎的種質(zhì)特異性,以果實(shí)及其經(jīng)濟(jì)性狀為主,加之生長環(huán)境導(dǎo)致的營養(yǎng)器官形態(tài)變異也較大,在結(jié)實(shí)前依據(jù)形態(tài)性狀較難鑒別。由于DNA 標(biāo)記不受環(huán)境和發(fā)育時(shí)期的影響,構(gòu)建DNA 指紋圖譜是一種快速且準(zhǔn)確的途徑[3]。SSR標(biāo)記具有多態(tài)性高、共顯性遺傳、測試操作簡單、結(jié)果重復(fù)性好等優(yōu)點(diǎn),被國際植物新品種權(quán)保護(hù)聯(lián)盟(International? Union for the Protection of NewVarieties of Plants, UPOV)確定為構(gòu)建植物品種(系)DNA 指紋數(shù)據(jù)庫的首選標(biāo)記[4],已在寶巾花[5]、梨屬[6]、仁用杏[7]、核桃[8]、薄殼山核桃[9]、苦參[10]以及楊樹[11-12]等觀賞、食用、藥用以及材用植物品種(系)DNA 指紋圖譜上得到廣泛應(yīng)用。本研究應(yīng)用SSR 標(biāo)記技術(shù)分析湖南省選育的20個(gè)黑老虎品系的遺傳多樣性,探明其親緣關(guān)系,構(gòu)建SSR 指紋圖譜,旨在為黑老虎品種(系)鑒定以及新品種(系)選育與創(chuàng)制提供科學(xué)依據(jù)。
1 材料與方法
1.1 材料
20個(gè)黑老虎品系來自湖南省通道縣獨(dú)坡鎮(zhèn)蝦團(tuán)村、芷江縣大樹坳鄉(xiāng)竹坡村和芷江縣三道坑鎮(zhèn)芷溪村(表1)。其中,通道縣獨(dú)坡鎮(zhèn)蝦團(tuán)村自2004年以來開始發(fā)展黑老虎,建立了平寬黑老虎專業(yè)合作社,湖南省植物園與當(dāng)?shù)胤N植大戶合作收集、保存了大量黑老虎種質(zhì)資源,部分品系即來自該種質(zhì)資源圃;其他品系是利用芷江縣大樹坳鄉(xiāng)竹坡村和三道坑鎮(zhèn)芷溪村天然次生林內(nèi)的黑老虎優(yōu)株經(jīng)嫁接而獲得。部分品系特征見圖1。對每個(gè)品系采集其嫩葉,用硅膠(質(zhì)量比為1∶10)干燥帶回實(shí)驗(yàn)室。
1.2 方法
DNA 提取和SSR 分析。采用改良的CTAB法[13]提取DNA,從前期開發(fā)的28 對SSR 引種中選擇15 對(表2),應(yīng)用M13-tailed 引物法進(jìn)行SSR 分析[1]。采用10 μL 的PCR 擴(kuò)增反應(yīng)體系:DNA 模板50 ng,dNTPs 150 μmol/L,MgCl22.0 μmol/L,M13 熒光標(biāo)記引物0.5 μmol/L,M13熒光標(biāo)記的正向引物0.5 μmol/L,反向引物0.5 μmol/L,1×PCR 緩沖液以及Taq DNA 聚合酶0.04 U/μL。PCR 緩沖液和Taq DNA 聚合酶由天根生化科技(北京)有限公司生產(chǎn)。在PCR 擴(kuò)增儀Master cycler Gradient Thermal Cycler (Eppendorf)上進(jìn)行擴(kuò)增反應(yīng),其程序?yàn)椋? min 94 ℃預(yù)變性;30 s 94 ℃變性,30 s 60 ℃退火,30 s 72 ℃延伸,循環(huán)30 次;10 min 72 ℃延伸。選用GeneScan500 LIZ Size Standard(Applied Biosystems, USA)為內(nèi)標(biāo),采用3730XL 自動(dòng)測序儀(Applied Biosystems,USA)檢測PCR 產(chǎn)物的多態(tài)性。應(yīng)用GeneMarker V2.2.0 軟件[14]判讀基因型。
1.3 數(shù)據(jù)處理
應(yīng)用Excel 軟件統(tǒng)計(jì)每個(gè)位點(diǎn)的基因型數(shù)量、特異等位基因數(shù)(Ap)以及鑒定品系數(shù)。應(yīng)用GenAlEx 6 軟件[15]計(jì)算每位點(diǎn)的等位基因數(shù)(A)、有效等位基因數(shù)(Ae)、Shannon 信息指數(shù)(I)、觀測雜合度(Ho);基于等位基因頻率,采用公式PICi=1-ΣPij2 計(jì)算多態(tài)信息含量(PIC),PIi=2(ΣPij2)2-ΣPij4 計(jì)算基因型相同的概率(PI),其中Pij 為位點(diǎn)i 等位基因j 的頻率[16];按照各位點(diǎn)及其等位基因的有無構(gòu)建( 0, 1 ) 矩陣, 應(yīng)用NYSYS-pc 2.1 軟件[17]計(jì)算品系間的Neis(1972)遺傳距離,基于遺傳距離進(jìn)行UPGMA(非加權(quán)組平均法)聚類分析,繪制親緣關(guān)系樹狀圖。
2 結(jié)果與分析
2.1 遺傳多樣性分析
15對SSR 引物在20 個(gè)黑老虎品系中共檢測到108 個(gè)基因型,76 個(gè)等位基因,其中18 個(gè)為特異等位基因,僅在1 個(gè)品系中出現(xiàn)。每個(gè)位點(diǎn)的等位基因數(shù)(A)為2~15,有效等位基因數(shù)(Ae)為1.105~9.412,均以KCZ023 位點(diǎn)最高,15 個(gè)位點(diǎn)的A 和Ae 的平均值分別為5.067 和2.866。特異等位基因數(shù)(Ap)以KCZ023 和KCZ100 最多,均有4 個(gè)。Shannon 信息指數(shù)(I)為0.199~2.456,觀測雜合度(Ho)為0.100~0.900,多態(tài)信息含量(PIC)為0.095~0.894,亦均以KCZ023位點(diǎn)最高,15 個(gè)位點(diǎn)的I、Ho 和PIC 的平均值分別為1.106、0.473 和0.562。基因型相同的概率(PI)為0.020~0.824,以KCZ023 位點(diǎn)為最低(表3)。
2.2 親緣關(guān)系分析
20 個(gè)黑老虎品系間Neis(1972)遺傳相似系數(shù)為0.328~0.891,以TD07 與TD43 間遺傳相似系數(shù)最大,TD45 與TD46 間遺傳相似系數(shù)最小,其平均值為0.614(表4)。聚類分析發(fā)現(xiàn),以遺傳相似系數(shù)0.57 為閾值可將20 個(gè)品系分為2 個(gè)類群:TD21、TD22、TD42、TD43、TD47、TD50、TD51 和TD54 等8 個(gè)品系聚為一類(I);其他12個(gè)品系聚為一類(II)。以遺傳相似系數(shù)0.62 為閾值可將第II 類群分為3 個(gè)組:TD07、TD41、TD45、TD46、TD52、ZJ34、ZJ40 等7 個(gè)品系為一組;TD08 和TD19 為一組;TD23、TD40、TD44 為一組(圖2)。
2.3 DNA 指紋圖譜構(gòu)建
由表5 可知,15 個(gè)SSR 位點(diǎn)均不能單獨(dú)將20 個(gè)黑老虎品系完全區(qū)分開。其中,KCZ023 位點(diǎn)的區(qū)分能力最強(qiáng),能單獨(dú)鑒別15 個(gè)品系,占75%;其次為KCZ035 位點(diǎn),能單獨(dú)區(qū)分7 個(gè)品系,占35%;再次為KCZ100 和KCZ113,均能單獨(dú)鑒定出5 個(gè)品系,占25%;KCZ029、KCZ058和KCZ061 位點(diǎn)均不能單獨(dú)區(qū)分任何品系。
從表5 可以看出,位點(diǎn)兩兩組合中,KCZ023與KCZ059、KCZ023 與KCZ135 以及KCZ023 與KCZ147 等3 個(gè)組合中的任意一個(gè)均能將20 個(gè)品系完全區(qū)分,其他組合均不能將20 個(gè)品系完全區(qū)分。3 位點(diǎn)組合中,共有28 個(gè)組合能將20 個(gè)黑老虎品系完全區(qū)分,包括:(1)KCZ023 與KCZ035或KCZ023 與KCZ100,加上KCZ036、KCZ057、KCZ061、KCZ103 和KCZ113 的任意一個(gè)位點(diǎn),計(jì)10 個(gè)組合;(2)KCZ035 與KCZ057,或KCZ035與KCZ059,或KCZ035 與KCZ100,加上KCZ103或KCZ135,計(jì)6 個(gè)組合;(3)KCZ035 與KCZ113加上KCZ059 或KCZ100 , 以及KCZ035 與KCZ147 加上KCZ057 或KCZ059,計(jì)4 個(gè)組合;( 4 ) KCZ035 與KCZ103 加上KCZ113 或KCZ135,以及KCZ035 與KCZ113 加上KCZ135或KCZ147,計(jì)4 個(gè)組合;(5)KCZ035、KCZ036和KCZ059,KCZ035、KCZ135 和KCZ147,KCZ057、KCZ100 和KCZ113 以及KCZ100、KCZ113 和KCZ135 等4 個(gè)組合。
3討論
本研究應(yīng)用15對SSR 引物研究了20 個(gè)黑老虎品系的遺傳多樣性,檢測到76 個(gè)等位基因、18個(gè)特異等位基因和108個(gè)基因型,尤其是KCZ023位點(diǎn)具有15 個(gè)等位基因,高于該位點(diǎn)在城步、桂東和會(huì)同3 個(gè)天然群體所檢測到的等位基因數(shù)(13)[1],而且該位點(diǎn)對于黑老虎品系的區(qū)分能力最強(qiáng),可單獨(dú)區(qū)分15 個(gè)品系,可作為黑老虎品系鑒定的核心位點(diǎn)。20 個(gè)品系的多態(tài)信息含量(PIC)為0.095~0.894,絕大多數(shù)高于城步、桂東和會(huì)同3 個(gè)天然群體[1],說明20 個(gè)黑老虎品系具有較高的遺傳多樣性。其原因可能是:盡管20個(gè)品系絕大部分來自湖南通道縣獨(dú)坡鎮(zhèn)蝦團(tuán)村,由于通道縣位于湖南、貴州和廣西三?。▍^(qū))交界處,亦是人工種植黑老虎最早的地區(qū)之一[2],當(dāng)?shù)胤N植大戶從各地廣泛收集黑老虎種質(zhì)資源進(jìn)行種植,湖南省植物園在當(dāng)?shù)胤N植大戶的基礎(chǔ)上也開展了黑老虎種質(zhì)資源的收集、保存和新品種(系)選育研究,使選育的品種(系)多樣性較為豐富。
20個(gè)黑老虎品系間的遺傳相似系數(shù)為0.328~0.891,依據(jù)遺傳相似系數(shù)進(jìn)行UPGMA聚類分析,可將20 個(gè)黑老虎品系劃分為2 個(gè)類群,其親緣關(guān)系與各品系的果色、果形、風(fēng)味等性狀并無明顯的相關(guān)性。如,TD45 和TD46 兩個(gè)品系的親緣關(guān)系最近,而果實(shí)顏色迥異,分別為紫黑色和粉色;同為早熟的TD44 和TD47 兩個(gè)品系的親緣關(guān)系較遠(yuǎn),分別屬于不同的類群;親緣關(guān)系最遠(yuǎn)的2個(gè)品系TD07 和TD43 在果色和口感上也差異明顯,前者為虎綠、口感一般,而后者通常為紫紅色,果肉多且甜。這與本研究使用的SSR 標(biāo)記有關(guān),因?yàn)檫@些SSR 標(biāo)記是通過簡化基因組測序開發(fā)而獲得的[1],多為中性標(biāo)記。
目前黑老虎種質(zhì)主要通過嫁接方式無性系化進(jìn)行推廣應(yīng)用。本研究構(gòu)建了20 個(gè)黑老虎品系的SSR 指紋圖譜,從3 個(gè)2 位點(diǎn)組合和28 個(gè)3 位點(diǎn)組合中選擇任意組合均能將20個(gè)品系完全區(qū)分。15 個(gè)位點(diǎn)中,滿足PIC>0.5 和PI<0.2 的位點(diǎn)為KCZ023、KCZ035、KCZ059、KCZ100、KCZ113和KCZ135,說明這些位點(diǎn)均具有足夠的區(qū)分能力[16],其組合可優(yōu)先應(yīng)用于黑老虎品系的鑒定。盡管嚴(yán)格意義上而言,對于有限數(shù)量的品系,DNA 指紋圖譜可用于區(qū)分品系,但未能應(yīng)用于直接鑒定[18]。然而這20 個(gè)品系涵蓋了目前生產(chǎn)上應(yīng)用的種質(zhì),應(yīng)用這些SSR 指紋圖譜,可以區(qū)分在形態(tài)上相似的品系,如,果色同為虎綠的TD07和TD52,同為長形果的TD42 和TD50;亦可以為黑老虎品系嫁接苗的管理提供參考[19]。
綜上所述,本研究揭示了20個(gè)黑老虎品系的遺傳多樣性和親緣關(guān)系,構(gòu)建了SSR 指紋圖譜,能夠準(zhǔn)確區(qū)分這些品系,不僅利于黑老虎品種(系)鑒定,也可應(yīng)用于黑老虎的雜交親本選配。黑老虎具有保健食用、藥用以及觀賞價(jià)值,隨著新種質(zhì)的不斷挖掘,新品種(系)將不斷涌現(xiàn),SSR指紋圖譜也需要不斷更新;另一方面,針對其表型性狀的獨(dú)特性開發(fā)轉(zhuǎn)錄組SSR 標(biāo)記,并應(yīng)用于SSR 指紋圖譜構(gòu)建,從而使指紋圖譜更好地應(yīng)用于生產(chǎn)實(shí)踐。