韓志松 白俊艷 曾凡林 李靜云 何豫涵 陳夢柯 盧小寧
摘要:主要分析GHR、GHRH、GHRHR基因的多態(tài)性,以及其與小尾寒羊肉質(zhì)性狀的關(guān)聯(lián),以期為優(yōu)質(zhì)綿羊新品種培育提供一定的參考依據(jù)。采用PCR技術(shù),檢測小尾寒羊群體中GHR、GHRH和GHRHR基因的多態(tài)性,利用SPSS軟件分析以上3種基因的不同基因型與肉質(zhì)性狀的關(guān)聯(lián)性。結(jié)果表明,GHR與GHRHR共有3種基因型,分別為II、ID、DD,而GHRH基因僅檢測到2種基因型,分別為II、DD。GHR基因中II基因型頻率最高,為0.625,ID的基因型頻率為0.313,DD的基因型頻率最低,為0.063;多態(tài)信息含量(PIC)為0.283,處于中度多態(tài)性(0.25≤PIC<0.50);小尾寒羊GHR基因的DD基因型肉質(zhì)的色澤顯著低于ID、II基因型(P<0.05)。GHRHR基因中II基因型頻率最高,為0.687 5,DD基因型頻率最低,為0.062 5,ID基因型頻率為0.2500;多態(tài)信息含量為0.258,處于中度多態(tài)性(0.25≤PIC<0.50);GHRHR基因的DD基因型的剪切力顯著高于ID、II基因型(P<0.05)。GHRH基因中DD基因型頻率最低,為0.437 5,II基因型頻率最高,為0.562 5;多態(tài)信息含量(PIC)為0.371,處于中度多態(tài)性(0.25≤PIC<0.50);GHRH不同基因型對于小尾寒羊的所有肉質(zhì)性狀影響不顯著(P>0.05)。綜上所述,GHR基因、GHRHR基因可以作為小尾寒羊提升肉質(zhì)品質(zhì)的候選基因之一。
關(guān)鍵詞:小尾寒羊;GHR基因;GHRHR基因;肉質(zhì)性狀;關(guān)聯(lián)分析
中圖分類號:S826.2 文獻(xiàn)標(biāo)志碼:A
文章編號:1002-1302(2023)08-0145-05
基金項目:國家自然科學(xué)基金(編號:31201777);博士啟動基金計劃(編號:20111148);橫向課題(編號:橫20220047)。
作者簡介:韓志松(1977—),男,遼寧阜新人,碩士,助理研究員,研究方向為畜牧生態(tài)模式。E-mail:hanzhisongcy@163.com。
通信作者,白俊艷,博士,副教授,研究方向為動物分子育種。E-mail:junyanbai@163.com。
生長激素受體(growth hormone receptor,簡稱GHR)基因在1976年從兔的肝臟細(xì)胞的細(xì)胞膜上被發(fā)現(xiàn)[1]。GHR基因?qū)τ诩永@麃喭玫纳L性能有促進(jìn)作用[2],可以作為候選基因,用來改善該奶牛群體的相關(guān)性能[3]。GHR-F279Y位點苯丙氨酸的編碼T被酪氨酸編碼A取代,導(dǎo)致其脂肪、蛋白質(zhì)和乳的產(chǎn)量有所降低[4]。GHR基因的g.914T>A的T等位基因與肌肉以及乳房的大小呈現(xiàn)出正相關(guān)性[5]。GHR基因還可以為安納托利亞水牛早期選種提供一定的優(yōu)勢[6]。 生長激素釋放激素(growth hormone releasing hormone,簡稱GHRH) 是在下丘腦的弓狀核中合成分泌的小分子多肽[7]。GHRH基因不僅是在種間還是種內(nèi)都具有高度保守性[8]。雄性小鼠缺乏GHRH會增加體力活動[9]。牛的GHRH基因可能是影響體質(zhì)量的重要因素之一[10]。GHRH 基因mRNA表達(dá)和生長性狀相對于基因型(+/-)均表現(xiàn)出差異不顯著[11]。GHRH類似物通過抗炎和抗氧特性使其在糖尿病視網(wǎng)膜病變早期具有保護(hù)神經(jīng)血管作用[12]。 生長激素釋放激素受體(growth hormone releasing hormone receptor,簡稱GHRHR) 在細(xì)胞增殖、生長激素合成與分泌等方面都發(fā)揮著重要作用。迄今為止僅在異種動物、雞和斑馬魚中發(fā)現(xiàn)的GHRHR同時容納GHRH和PRP[13]。GHRHR確定為GH1之后的第2個IGHD基因[14]。CREB3L2能夠促進(jìn)GHRHR啟動子的活性[15]。
InDel多態(tài)性分子標(biāo)記是基于插入/缺失位點2側(cè)的序列設(shè)計特異引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增的標(biāo)記,其本質(zhì)仍屬于長度多態(tài)性標(biāo)記,可利用便捷的電泳平臺進(jìn)行分型。InDel標(biāo)記準(zhǔn)確性高、穩(wěn)定性好,避免了由于特異性和復(fù)雜性導(dǎo)致的后續(xù)分析模糊。此外,InDel標(biāo)記能擴(kuò)增混合DNA樣品和高度降解的微量DNA樣品,并進(jìn)行有效分型。InDel標(biāo)記目前已開始應(yīng)用于動植物群體遺傳分析、分子輔助育種以及人類法醫(yī)遺傳學(xué)、醫(yī)學(xué)診斷等領(lǐng)域[16]。本研究以小尾寒羊為研究對象,對GHR、GHRH、GHRHR基因的InDel多態(tài)性與肉質(zhì)性狀進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析,以此來探討GHR、GHRH、GHRHR基因?qū)π∥埠蛉赓|(zhì)性狀的影響。
1 材料與方法
1.1 試驗材料
選取遼寧省沙地治理與利用研究所阜瑤牧業(yè)公司阜新市種羊場的小尾寒羊164只,通過頸靜脈采血,并作ACD抗凝處理后的血樣至于冰盒中,放入冰箱-20 ℃保存?zhèn)溆谩?/p>
1.2 試驗方法
1.2.1 肉質(zhì)性狀指標(biāo)測定 測定指標(biāo)包括滴水損失、水分、蒸煮損失、色澤、粗蛋白、粗脂肪,測量方法參考張沅主編的《家畜育種學(xué)》[17]。
1.2.2 引物設(shè)計 引物設(shè)計參考Wu等的研究[18]。并由北京鼎國昌盛生物技術(shù)有限公司合成,引物信息見表1。
1.2.3 PCR擴(kuò)增及數(shù)據(jù)分析 PCR擴(kuò)增體系 15 μL:上下游引物各 1 μL,DNA 2 μL,2×Tap PCR Master Mix 7.5 μL,dd H2O 3.5μL。PCR擴(kuò)增產(chǎn)物用3%濃度的瓊脂糖凝膠進(jìn)行檢測。通過SPSS 26.0軟件中的一般線性模型方法進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析,最終以作圖形式展示關(guān)聯(lián)結(jié)果。
1.2.4 試驗地點與時間 試驗地點為河南科技大學(xué)動物科技學(xué)院動物遺傳育種實驗室,試驗時間為2021年4月至2022年4月。
2 結(jié)果與分析
2.1 小尾寒羊GHR、GHRH、GHRHR基因的多態(tài)性檢測
從圖1可以看出,GHR基因具有3種基因型,分別為II基因型、ID基因型、DD基因型。從圖2可以看出,GHRH基因具有2種基因型,分別為II基因型、DD基因型。從圖3可以看出,GHRHR基因具有3種基因型,分別為II基因型、ID基因型、DD基因型。
2.2 小尾寒羊GHR、GHRH、GHRHR基因的群體遺傳多樣性
從表1可以看出,GHR基因的II基因型頻率最高,為0.625;DD基因型頻率最低,僅有0.063。等位基因I的頻率最多,為0.781;D的頻率較少,為0.219。純合度為0.685,雜合度為0.342,多態(tài)信息含量為0.283,在群體中處于中度多態(tài)性(0.25≤PIC<0.50),χ2為0.235,P值為0.628>0.05,說明GHR基因符合Hardy-Weinberg平衡。
GHRH基因II基因型頻率最高,為0.563;DD基因型頻率較低,為0.437。等位基因I的頻率最高,為0.536;D的頻率最小,為0.437。純合度為0.508,雜合度為0.492,多態(tài)信息含量為0.371,在群體中處于中度多態(tài)性(0.25≤PIC<0.50),χ2為32.000,P值為0.000<0.001,說明GHRH基因極顯著偏離Hardy-Weinberg平衡。
GHRHR基因的ID基因型頻率為0.250;DD基因型頻率最低,為0.062;II基因型頻率最高,為0.688。等位基因I頻率最高,為0.813;等位基因D頻率最低,為0.187。純合度為0.695,雜合度為0.305,多態(tài)信息含量為0.258,在群體中處于中度多態(tài)性(0.25≤PIC<0.50),χ2為1.031,P值為0.310>0.05,說明小尾寒羊GHRHR基因位點符合Hardy-Weinberg平衡。
2.3 小尾寒羊GHR、GHRH、GHRHR基因與肉質(zhì)性狀的關(guān)聯(lián)分析
從圖4可以看出,小尾寒羊GHR基因的DD基因型肉質(zhì)色澤顯著低于ID、II基因型(P<0.05),而滴水損失、剪切力、水分、蒸煮損失、粗蛋白、粗脂肪在GHR基因的不同基因型之間無顯著差異(P>0.05)。從圖5可以看出,GHRH不同基因型對于小尾寒羊的所有肉質(zhì)性狀影響不顯著(P>0.05)。從圖6可以看出,GHRHR基因的DD基因型個體的剪切力顯著高于ID、II基因型個體(P<0.05),而滴水損失、水分、蒸煮損失、色澤、粗蛋白、粗脂肪在GHRHR基因的不同基因型之間無顯著差異(P>0.05)。
3 討論與結(jié)論
目前,對于GHR、GHRH、GHRHR這3種基因的研究大多數(shù)都集中在其生長性狀的相關(guān)分析,但是對于這3種基因的關(guān)于肉質(zhì)性狀的關(guān)聯(lián)分析卻較少,而且多數(shù)的研究都集中在牛等其他動物身上,有關(guān)綿羊類的研究非常少。
3.1 GHR基因的多態(tài)性
在不同年齡的西羅希山羊品種中,GHR基因的1個SNP與體質(zhì)量存在顯著影響[19]。GHR基因T229C位點對牛的宰前活質(zhì)量、屠宰率、胴體質(zhì)量、凈肉率、肉骨比、脂肪覆蓋率、頭質(zhì)量、胴體產(chǎn)肉率、前蹄質(zhì)量、后蹄質(zhì)量、大理石花紋評分和剪切力影響顯著[20]。在家兔群體中,GHR基因的外顯子上發(fā)現(xiàn)2個突變位點,分別是2 067(C/T)、1 797(T/C),在1 797(T/C)位點中不同基因型肉用性狀之間使用最小二乘分析結(jié)果顯示,在不同基因型個體間差異不顯著(P>0.05),而2 067(C/T)突變位點在胴體質(zhì)量、背腰質(zhì)量、35日齡體質(zhì)量、70日齡體質(zhì)量、前腿質(zhì)量、皮質(zhì)量和后腿質(zhì)量等屠宰性狀及肌內(nèi)蛋白質(zhì)含量和干物質(zhì)含量等肉質(zhì)性狀的最小二乘均值雜合型MN型個體顯著優(yōu)于MM型、NN型個體(P<0.05)[21]。本研究中GHR基因僅與小尾寒羊的肉質(zhì)色澤存在顯著相關(guān)性,可以推測出GHR基因可以作為小尾寒羊提升肉質(zhì)品質(zhì)的候選基因之一。
3.2 GHRH基因的多態(tài)性
GHRH激動劑可以減輕誘導(dǎo)的小鼠神經(jīng)抑郁、焦慮和認(rèn)知缺陷,并且降低氧化應(yīng)激標(biāo)志物,促紅細(xì)胞生成素和胰島素生長因子-1表達(dá)上調(diào),并明顯降低了小鼠在睡眠期間的間歇性缺氧時的水迷宮缺陷[22]。GHRH除了影響內(nèi)分泌作用和代謝以外,在炎癥和疼痛的調(diào)節(jié)中同樣發(fā)揮作用??梢酝ㄟ^注射GHRH表達(dá)質(zhì)粒的方法來提高綿羊的增質(zhì)量和生長速率。PCR結(jié)果顯示,經(jīng)pM-GHRH處理后的綿羊中幾乎沒有質(zhì)粒殘留,并且也不存在器官腫大或相關(guān)的病理 [23]。在朝鮮牛群體中,GHRH基因在9 kb全基因區(qū)域內(nèi)共發(fā)現(xiàn)12個單核苷酸多態(tài)性,結(jié)果顯示-4241A>T與EMA和CW呈顯著相關(guān),表明GHRH基因多態(tài)性可能是影響肉牛胴體產(chǎn)量的重要遺傳因素之一[24]。本試驗結(jié)果與之存在差異,這可能是由于所選的動物種類不同,而導(dǎo)致的結(jié)果存在差異,本試驗結(jié)果中的GHRH基因與小尾寒羊肉質(zhì)性狀的無顯著相關(guān)性,故不可以作為小尾寒羊肉質(zhì)形狀的候選基因。
3.3 GHRHR基因的多態(tài)性
GHRHR基因的2種單倍型的效應(yīng)大于其他任何基因,表明GHRHR可能是迄今為止發(fā)現(xiàn)的影響人類身高正常變異的最重要基因之一[25]。 在南陽牛、陜縣紅牛和秦川牛中發(fā)現(xiàn)GHRHR的4個位點共檢測出10個SNPs,而且對陜縣紅牛的管圍存在極顯著的影響(P<0.01),對其體高、體斜長、腰角寬、體質(zhì)量、十字部高、尻長和胸圍有顯著影響(P<0.05);對南陽牛0~6月齡平均日增質(zhì)量、6月齡體質(zhì)量、體斜長和6~12月齡平均日增質(zhì)量有明顯的影響(P<0.05)[26]。本研究中GHRHR基因僅與小尾寒羊的剪切力存在顯著相關(guān)性,可以推測出GHRHR基因可以作為小尾寒羊提升肉質(zhì)品質(zhì)的候選基因之一。
參考文獻(xiàn):
[1]Tsushima T. Technics of growth hormone receptor assay[J]. Nihon Rinsho,1976,34(3):461-465.
[2]Gencheva D G,Velikov K P,Veleva P M. Association analysis of nucleotide polymorphisms in growth hormone (GH) and its receptor (GHR) with body weight in Californian rabbits[J]. World Rabbit Science,2022,30(1):95-102.
[3]Cobanoglu O,Kul E,Gurcan E K,et al. Determination of the association of GHR/AluI gene polymorphisms with milk yield traits in Holstein and Jersey cattle raised in Turkey[J]. Archives Animal Breeding,2021,64(2):417-424.
[4]Komisarek J,Michalak A,Walendowska A. The effects of polymorphisms in DGAT1,GH and GHR genes on reproduction and production traits in Jersey cows[J]. Animal Science Papers and Reports,2011,29(1):29-36.
[5]Fedota O M,Lysenko N G,Ruban S Y,et al. The effects of polymorphisms in growth hormone and growth hormone receptor genes on production and reproduction traits in Aberdeen-Angus cattle (Bos taurus L.,1758)[J]. Cytology and Genetics,2017,51(5):352-360.[HJ0]
[6]Erdogˇ[DD)]an M,TekerlI[DD(-*2/3][HT6H]·[DD)] M,elI[DD(-*2/3][HT6H]·[DD)]kelogˇ[DD)]lu K,et al. Associations of SNPs in GHR gene with growth and milk yield of Anatolian buffaloes[J]. Turkish Journal of Veterinary and Animal Sciences,2021,45(6):1080-1086.
[7]馬冬梅,韓林強(qiáng),白俊杰. 大口黑鱸GHRH基因啟動子區(qū)域序列分析及其活性檢測[J]. 海洋漁業(yè),2016,38(4):383-390.
[8]王金玲,王 永,劉魯蜀,等. 草地藏系綿羊生長激素釋放激素基因部分cDNA的克隆及生物信息學(xué)分析[J]. 江蘇農(nóng)業(yè)學(xué)報,2015,31(3):595-599.
[9]Leone S,Shohreh R,Manippa F,et al. Behavioural phenotyping of male growth hormone-releasing hormone (GHRH) knockout mice[J]. Growth Hormone & IGF Research,2014,24(5):192-197.
[10]Zhang B,Zhao G F,Lan X Y,et al. Polymorphism in GHRH gene and its association with growth traits in Chinese native cattle[J]. Research in Veterinary Science,2012,92(2):243-246.
[11]Ma D M,Han L Q,Bai J J,et al. A 66-bp deletion in growth hormone releasing hormone gene 5′-flanking region with largemouth bass recessive embryonic lethal[J]. Animal Genetics,2014,45(3):421-426.
[12]Thounaojam M C,Powell F L,Patel S,et al. Protective effects of agonists of growth hormone-releasing hormone (GHRH) in early experimental diabetic retinopathy[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America,2017,114(50):13248-13253.
[13]Tam J K,Chow B K,Lee L T.Structural and functional divergence of growth hormone-releasing hormone receptors in early sarcopterygians:lungfish and Xenopus[J]. PLoS One,2013,8(1):e53482.
[14]Cohen E,Belkacem S,F(xiàn)edala S,et al. Contribution of functionally assessed GHRHR mutations to idiopathic isolated growth hormone deficiency in patients without GH1 mutations[J]. Human Mutation,2019,40(11):2033-2043.
[15]Ariyasu D,Kubo E,Higa D,et al. Decreased activity of the GHRHR and GH promoters causes dominantly inherited GH deficiency in humanized GH1 mouse models[J]. Endocrinology,2019,160(11):2673-2691.
[16]楊 潔,赫 佳,王丹碧,等. InDel標(biāo)記的研究和應(yīng)用進(jìn)展[J]. 生物多樣性,2016,24(2):237-243.
[17]張 沅. 家畜育種學(xué)[M]. 2版.北京:中國農(nóng)業(yè)出版社,2018.
[18]Wu M L,Zhao H D,Tang X Q,et al. Novel InDels of GHR,GHRH,GHRHR and their association with growth traits in seven Chinese sheep breeds[J]. Animals,2020,10(10):1883.
[19]Sharma A,Dutt G,Sivalingam J,et al. Novel SNPs in IGF1,GHR and IGFBP-3 genes reveal significant association with growth traits in Indian goat breeds[J]. Small Ruminant Research,2013,115(1/2/3):7-14.
[20]施雪奎. 肉牛CAPN1、CAST、GHR、SCD1基因多態(tài)性及與胴體、肉質(zhì)性狀的相關(guān)性研究[D]. 揚州:揚州大學(xué),2011.
[21]喬西波. 家兔GH、GHR及MSTN基因多態(tài)性及其與產(chǎn)肉性狀的關(guān)系[D]. 泰安:山東農(nóng)業(yè)大學(xué),2010.
[22]Nair D,Ramesh V,Li R C,et al. Growth hormone releasing hormone (GHRH) signaling modulates intermittent hypoxia-induced oxidative stress and cognitive deficits in mouse[J]. Journal of Neurochemistry,2013,127(4):531-540.
[23]Meng Q Y,Chen Z Q,Yu Z Q,et al. Increased body weight via injecting myogenic expression growth hormone-releasing hormone (GHRH) plasmid DNA into sheep[J]. Animal Biotechnology,2004,15(2):175-192.
[24]Cheong H S,Yoon D H,Kim L H,et al. Growth hormone-releasing hormone (GHRH) polymorphisms associated with carcass traits of meat in Korean cattle[J]. BMC Genetics,2006,7:35.
[25]Johansson A,Jonasson I,Gyllensten U.Extended haplotypes in the growth hormone releasing hormone receptor gene (GHRHR) are associated with normal variation in height[J]. PLoS One,2009,4(2):e4464.
[26]張存芳.黃牛PTHRP、GHRH和GHRHR基因SNP及其與生長性狀關(guān)聯(lián)分析[D]. 楊凌:西北農(nóng)林科技大學(xué),2008.