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      T盒轉(zhuǎn)錄因子3和5基因多態(tài)性與指長比的關(guān)聯(lián)性*

      2023-08-12 07:27:52楊夢怡牛世博霍正浩
      解剖學(xué)雜志 2023年2期
      關(guān)鍵詞:關(guān)聯(lián)性多態(tài)性位點

      楊夢怡 牛世博 張 靜 彭 亮 黨 潔 霍正浩 陸 宏

      (寧夏醫(yī)科大學(xué)教育部生育力保持省部共建重點實驗室,基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院,銀川 750004)

      人類第2指和第4指長度之比(2D∶4D)被公認為產(chǎn)前性激素暴露水平的一個宏觀生物標志物[1],不僅與一些體質(zhì)性狀或心理特征密切相關(guān),且與神經(jīng)、心血管、生殖等系統(tǒng)某些性激素依賴疾病的發(fā)生風(fēng)險有一定關(guān)聯(lián)[2-6]。近年研究發(fā)現(xiàn),2D∶4D 的發(fā)育可能受某些相關(guān)基因(如LIN28B基因[7]、SMOC1基因[8]和AR基因[9]等)單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphism,SNP)的影響,但這些基因如何調(diào)控指長比的形成尚不清楚。T盒轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子(T-box transcription factor,TBX)蛋白家族是胚胎發(fā)育過程中所必需的,其編碼基因TBX可通過啟動子或增強子區(qū)域激活或抑制不同的靶基因來調(diào)節(jié)個體胚胎的發(fā)生[10]。其中,TBX3和TBX5基因?qū)棺祫游锱咛?,尤其是前肢和后肢的發(fā)育具有極其重要的調(diào)控作用[10]。以往對雞胚胎進行的實驗表明,TBX3基因可通過對BMP和Shh信號通路的調(diào)控,參與其Ⅳ趾和Ⅲ趾的正常發(fā)育[11]。而TBX5基因在包括斑馬魚[12]、雞[13]和小鼠[14]在內(nèi)的一些脊椎動物中,也被證實對諸如骨骼、指(趾)骨等的形成至關(guān)重要。為確定TBX3基因和TBX5基因是否參與人類指長比(2D∶4D)的發(fā)育,本研究對2D∶4D 與TBX3和TBX5基因5個SNP在寧夏人群的分布特征及其間的關(guān)聯(lián)性進行了比較分析,以期初步探討人類指長發(fā)育的生物學(xué)基礎(chǔ),為今后的相關(guān)研究提供參考數(shù)據(jù)。

      1 材料和方法

      1.1 研究對象

      經(jīng)寧夏醫(yī)科大學(xué)倫理委員會批準,遵循“知情同意”原則。選取在校漢族學(xué)生799 人作為研究對象,其中男性398 人,女性401 人,年齡16~26 歲,平均年齡(19.51±1.23)歲。所有研究對象均為祖籍寧夏的健康個體,并自我報告雙親間3 代內(nèi)無血緣關(guān)系。排除手部殘疾者或手部精細結(jié)構(gòu)缺失者。

      1.2 指長的測量及2D∶4D 的計算

      采用數(shù)碼相機拍攝研究對象雙手掌面照片[9]。將照片導(dǎo)入圖像分析軟件(Image-Pro Plus 6.0)測量2D 和4D。每個樣本測量2 次(r>0.95),取平均值,分別計算左手2D∶4D 和右手2D∶4D。

      1.3 TBX3/TBX5 基因SNP 的篩選

      采用基因組SNP 在線軟件:SNPinfo Web(http://snpinfo.niehs.nih.gov/),進行SNP 的篩選,選取r2≥0.8;最小等位基因頻率≥0.05;位于基因啟動子區(qū)、外顯子區(qū)、5′或3′非翻譯區(qū)的功能性SNP,最終納入TBX3 基因3 個SNPs 位點(rs2242442、rs1061651、rs8853),TBX5 基因2 個SNPs 位點(rs11067101、rs6489956)進行研究。

      1.4 基因組DNA 的提取

      采用EDTA 抗凝采血管采集研究對象外周血2~3 mL。按照試劑使用說明,用TIANGEN 血液基因組DNA 提取試劑盒對研究對象外周血基因組DNA 進行提取,隨后將DNA 滴入分光光度計(nanodrop)的微量池孔上進行濃度和純度的測定,要求DNA 濃度大于20 ng/μL,A260/A280 的比值在1.7~1.9 之間,對符合標準的DNA 置于-20℃冰箱保存。

      1.5 SNPs 位點的基因分型

      采用多重聚合酶鏈反應(yīng)技術(shù)(諾禾生物技術(shù)有限公司,北京)進行基因分型。PCR 程序分2 輪進行,一輪PCR:95 ℃ 15 min,94 ℃ 30 s,1 個循環(huán);60 ℃ 10 min,72 ℃ 30 s,94 ℃ 30 s,4 個循環(huán);60 ℃ 1 min,72 ℃ 30 s,24 個循環(huán);二輪PCR:95 ℃ 15 min,94 ℃ 30 s,1 個循環(huán);60 ℃4 min,72 ℃ 30 s,94 ℃ 30 s,5 個循環(huán);65 ℃ 1 min,72℃ 30 s,10 個循環(huán)。PCR 產(chǎn)物于Illumina X-10 測序平臺上機測序。隨機抽取5%的樣本進行重復(fù)檢測,分型一致率應(yīng)為100%。

      1.6 統(tǒng)計學(xué)處理

      受試者的群體代表性采用Hardy-Weinberg(H-W)平衡檢驗,χ2檢驗比較基因型頻率和等位基因頻率;獨立樣本t檢驗比較2D∶4D 均值的性別差異;單因素方差分析評估2D∶4D 與SNPs 位點多態(tài)性間的關(guān)聯(lián)性。應(yīng)用SPSS 25.0 軟件包對所有數(shù)據(jù)進行統(tǒng)計學(xué)分析,P<0.05 為差異有統(tǒng)計學(xué)意義。

      2 結(jié)果

      2.1 2D∶4D 均值在不同性別間的比較

      2D∶4D 均值在不同性別間的分布見表1。結(jié)果顯示,女性左手2D∶4D 和右手2D∶4D 的變化范圍基本相當,但均值均顯著高于男性(P<0.01)。

      表1 不同性別間2D∶4D 均值的比較[±s (min~max),mm]

      表1 不同性別間2D∶4D 均值的比較[±s (min~max),mm]

      *P<0.01 vs 男性

      組別n左手右手男性3980.960±0.037(0.727~1.060)0.964±0.035(0.835~1.060)女性4010.969±0.034(0.876~1.097)*0.971±0.034(0.882~1.063)*

      2.2 TBX3/TBX5 基因5 個SNPs 位點多態(tài)性分布在不同性別間的比較

      H-W平衡檢驗表明,本研究所選各位點均具有良好的群體代表性(P>0.05)。不同性別間5個SNPs位點多態(tài)性分布的比較結(jié)果顯示,TBX3/TBX5基因rs2242442、rs1061651、rs8853、rs11067101、rs6489956 5 個SNPs 位點各基因型及等位基因頻率在兩性間的分布規(guī)律相似,差異均無統(tǒng)計學(xué)意義(P>0.05)(表2)。

      表2 不同性別間TBX3/TBX5 基因5 個SNPs 位點多態(tài)性分布的比較[n (%)]

      2.3 2D∶4D 與TBX3/TBX5基因5個SNPs位點多態(tài)性的關(guān)聯(lián)性分析

      寧夏大學(xué)生2D∶4D 與TBX3/TBX5 基因5 個SNPs 位點多態(tài)性關(guān)聯(lián)性分析結(jié)果顯示:不論男性或女性,TBX3/TBX5 基因5 個SNPs 位點多態(tài)性與左手2D∶4D 和右手2D∶4D 均無顯著關(guān)聯(lián)(P>0.05)(表3)。

      表3 不同性別2D∶4D 與TBX3/TBX5 基因5 個SNPs 位點多態(tài)性的關(guān)聯(lián)性分析(±s,mm)

      表3 不同性別2D∶4D 與TBX3/TBX5 基因5 個SNPs 位點多態(tài)性的關(guān)聯(lián)性分析(±s,mm)

      基因SNP 位點基因型男性 (n=398)女性 (n=401)左手2D∶4D右手2D∶4D左手2D∶4D右手2D∶4D TBX3rs2242442GG0.961±0.0370.970±0.0350.964±0.0310.968±0.035 GA0.959±0.0390.963±0.0360.970±0.0320.972±0.034 AA0.962±0.0310.961±0.0320.971±0.0420.972±0.033 rs1061651TT0.957±0.0400.961±0.0370.967±0.0330.972±0.036 TC0.962±0.0350.967±0.0330.967±0.0360.970±0.034 CC0.959±0.0370.965±0.0340.974±0.0290.973±0.032 rs8853TT0.959±0.0340.966±0.0320.972±0.0320.971±0.032 TC0.961±0.0350.964±0.0350.966±0.0350.970±0.034 CC0.959±0.0460.963±0.0400.969±0.0340.975±0.037 TBX5rs11067101GG0.963±0.0340.967±0.0330.966±0.0340.970±0.033 GA0.959±0.0350.963±0.0360.970±0.0330.971±0.035 AA0.958±0.0450.965±0.0350.973±0.0360.975±0.035 rs6489956CC0.962±0.0370.965±0.0340.970±0.0340.972±0.034 CT0.952±0.0320.964±0.0360.963±0.0310.967±0.034 TT0.975±0.0400.964±0.0410.951±0.0380.970±0.033

      3 討論

      指長比(2D∶4D)的發(fā)育受產(chǎn)前睪酮(prenatal testosterone,PT) 或產(chǎn)前雌激素(prenatal estrogen,PE)暴露水平的影響[15]。女性的2D∶4D通常比男性高[16],本研究結(jié)果再次驗證了2D∶4D的性別差異性這一特征。此外,有研究顯示,右手2D∶4D 對PT(PE)暴露水平的敏感性更強,更能體現(xiàn)產(chǎn)前性激素對指長發(fā)育的影響[17]。在本研究中,雙手2D∶4D 均被發(fā)現(xiàn)可反映PT(PE)的暴露水平。

      作為T-box 基因家族中對脊椎動物肢體發(fā)育的重要調(diào)控基因,人類TBX3 或TBX5 基因的突變與某些疾病的發(fā)生密切相關(guān)[18-19]。例如,TBX3 基因突變可導(dǎo)致尺骨-乳腺綜合征,患者除乳腺缺損等主要癥狀外,亦可出現(xiàn)指骨、掌骨缺如或發(fā)育不良,指間關(guān)節(jié)屈曲攣縮畸形,且有并指癥的傾向[18]。而TBX5 基因突變則可導(dǎo)致心-手畸形綜合征,患者除心發(fā)育缺陷外,還表現(xiàn)出前肢缺陷,包括橈骨發(fā)育不全和指骨缺失等異常特征[19]。這些結(jié)果提示,TBX3 和TBX5 基因不僅在人類四肢骨(包括指骨)的發(fā)育過程中扮演著重要的角色,且參與了其不同形態(tài)模式的決定。此外,臨床研究表明,T-box 基因堿基的遺傳變異可能導(dǎo)致其表達水平的改變,從而影響人類某些性激素相關(guān)疾病的發(fā)生[20]。例如,F(xiàn)ernandez-Moya 等[21]研究智利人群TBX3 基因多態(tài)性對乳腺癌的作用時,顯示該基因rs2242442 位點雜合子GA 和G 等位基因攜帶者患乳腺癌的風(fēng)險顯著降低,提示G 等位基因在乳腺癌的發(fā)生過程中可能具有保護作用。Wang 等[22]對中國漢族人群的研究顯示,TBX5 基因rs6489956 C>T 變異與先天性心臟?。╟ongenital heart disease,CHD)遺傳易感性的增加相關(guān),CT 和TT 基因型攜帶者CHD 的發(fā)病風(fēng)險是CC 基因攜帶者的1.83 倍(OR=1.83,95% CI:1.48~2.28)。上述與TBX3 和TBX5 基因多態(tài)性有關(guān)的性激素依賴性疾病亦被報道與指長比間存在相關(guān)性[5,23-24]。由此推測,TBX3 和TBX5基因位點多態(tài)性變化與2D∶4D 形成之間可能存在某種潛在的聯(lián)系。本研究分別對TBX3 基因3 個SNPs 位點和TBX5 基因2 個SNPs 位點多態(tài)性與寧夏大學(xué)生2D∶4D 間的關(guān)系進行了分析,遺憾的是,無論在男性還是女性,均未見兩者之間存在顯著關(guān)聯(lián)。由于目前上述2 個基因多態(tài)性與人類指長發(fā)育關(guān)系的相關(guān)研究在國內(nèi)外尚未見報道,故我們對本文中陰性結(jié)果產(chǎn)生的真正原因暫時還難以給出一個令人滿意的解釋。動物模型實驗顯示[25-26],Tbx3 和Tbx5 基因分別與T-box 家族成員中另外2個基因Tbx2 和Tbx4 同源,相互之間的功能密切相關(guān)。有研究發(fā)現(xiàn),Tbx2 和Tbx3 基因在雞趾骨等多種組織中具有類似的表達模式[25];而小雞Tbx4 異常表達后觀察到的足趾異常、發(fā)育不全和/或橈骨缺失與人類TBX5 基因突變導(dǎo)致的表型亦相近[26]。這些現(xiàn)象說明,除了Tbx3 和Tbx5 基因外,Tbx2和Tbx4 基因可能也共同參與了對動物指(趾)骨發(fā)育過程的調(diào)控。據(jù)此我們初步分析,本文中未能發(fā)現(xiàn)TBX3 和TBX5 基因多態(tài)性與2D∶4D 間顯著關(guān)聯(lián)的主要原因之一,可能源于研究中僅單獨考慮了T-box 基因家族中TBX3 和TBX5 兩個基因?qū)?D∶4D 形成的影響,而忽略了其同源基因TBX2 和TBX4 在指骨發(fā)育過程中與它們的協(xié)同作用。此外,本文中選取的TBX3 和TBX5 基因各SNPs 的數(shù)量相對有限,可能還不足以較全面體現(xiàn)這2 個基因多態(tài)性與2D∶4D 間的真正關(guān)系。這些也提示在后續(xù)研究中,應(yīng)適當擴大對T-box 基因家族成員中相關(guān)基因及SNP 位點的納入范圍,通過基因互作、連鎖分析等方法在不同人群中對二者間的關(guān)系進行更加完善的分析和探討,將對更好的從分子遺傳學(xué)角度闡釋2D∶4D 的生物學(xué)發(fā)生基礎(chǔ)及其與相關(guān)疾病的發(fā)生機制具有重要意義。

      綜上所述,本研究雖未見TBX3、TBX5 基因家族中的5 個SNP 對寧夏人群2D∶4D 的形成具有明顯作用,但仍不能完全否認TBX3 和TBX5 基因多態(tài)性與指長比間可能存在的潛在關(guān)聯(lián)。基于T-box 基因家族在人類肢體(骨骼)發(fā)育過程中的重要作用及這些基因變異與人類性激素相關(guān)疾病的密切關(guān)系,其與2D∶4D 間的關(guān)聯(lián)性依然需要此領(lǐng)域相關(guān)學(xué)者的共同努力去明確。

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