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      Gaussian和Multiwfn軟件在計(jì)算制冷劑介電常數(shù)中的應(yīng)用*

      2023-12-14 06:03:56吳學(xué)秋宋衛(wèi)余
      廣州化工 2023年14期
      關(guān)鍵詞:物理化學(xué)介電常數(shù)制冷劑

      馬 躍,吳學(xué)秋,楊 敏,宋衛(wèi)余

      (中國石油大學(xué)(北京)理學(xué)院,北京 102249)

      物理化學(xué)是在物理和化學(xué)基礎(chǔ)上發(fā)展起來的一門學(xué)科。它以豐富的化學(xué)現(xiàn)象和系統(tǒng)為對象,吸收大量物理學(xué)的理論成果和實(shí)驗(yàn)技術(shù),探索、總結(jié)和研究化學(xué)的基本規(guī)律和理論,形成化學(xué)科學(xué)的理論基礎(chǔ)[1-3]。物理化學(xué)的主要研究內(nèi)容之一是化學(xué)體系的微觀結(jié)構(gòu)和性質(zhì),研究分子、分子簇和晶體的結(jié)構(gòu),以及結(jié)構(gòu)與物理性質(zhì)之間的關(guān)系和規(guī)律。

      隨著量子化學(xué)計(jì)算的發(fā)展,越來越多的計(jì)算化學(xué)技術(shù)應(yīng)用于研究與教學(xué)中[4-6]。與傳統(tǒng)的物理化學(xué)課堂教學(xué)相比,計(jì)算化學(xué)輔助物理化學(xué)教學(xué)模式允許學(xué)生自主參與和操作。物質(zhì)的性質(zhì)取決于其分子的性質(zhì),我們對分子的性質(zhì)了解得越多,就越能理解該物質(zhì)表現(xiàn)出的特征和現(xiàn)象。分子可視化和量子化學(xué)計(jì)算軟件的發(fā)展提供了一個(gè)巨大的優(yōu)勢,它能夠?qū)⒎肿拥牧Ⅲw構(gòu)型、電子軌道等化學(xué)信息具象化。傳統(tǒng)模式下知識(shí)的講解比較抽象,學(xué)生借助分子可視化軟件,可以直接操作模擬,以拓展理論知識(shí)的深度。同時(shí),物理化學(xué)與量化計(jì)算的有效結(jié)合,可以使學(xué)校教學(xué)資源得到更充分、更合理的利用。

      氫氟碳化合物(HFCs)是一類強(qiáng)效溫室氣體,具有很高的全球變暖潛能值(Global warming potential,GWP),目前被用作空調(diào)系統(tǒng)的制冷劑。全球升溫潛能值的不斷增長和人們對制冷劑的需求之間日漸矛盾,促使人們轉(zhuǎn)向?qū)Α暗谒拇敝评鋭┑难芯縖7],包括天然制冷劑[8]、不飽和氟化烯烴[9]和混合制冷劑[10]。我國的制冷劑發(fā)展方向是開發(fā)零ODP、低GWP值制冷劑和低GWP值HFCs,并且積極尋找HFCs的新應(yīng)用,加強(qiáng)新一代環(huán)境友好制冷劑的原創(chuàng)力度。盡管新型制冷劑在低環(huán)境影響方面前景看好,但其熱物理性質(zhì)的廣泛表征對于有效地將其應(yīng)用于現(xiàn)有系統(tǒng)和優(yōu)化新設(shè)計(jì)非常重要[11]。

      在物理化學(xué)中,液體的介電常數(shù)是一個(gè)重要的物理特性,可以表示出溶劑化能力[12],是評(píng)估制冷劑的主要參考值。傳統(tǒng)意義上,介電常數(shù)(ε)定義為與給定系統(tǒng)的勢能(V)相關(guān)的常數(shù),與一個(gè)孤立的點(diǎn)電荷q1和另一個(gè)試驗(yàn)電荷q2的電荷值相關(guān),由兩個(gè)電荷的徑向距離r分隔[13]:

      (1)

      相對介電常數(shù)εr是材料介電常數(shù)與真空介電常數(shù)之比[14]:

      (2)

      介電常數(shù)越大的液體,溶劑化能力越強(qiáng)。在測量介電常數(shù)的實(shí)驗(yàn)中,通常采用電容法,通過處理電路將電容的變化轉(zhuǎn)為和液體相對介電常數(shù)有線性關(guān)系的電壓值,變?yōu)橹绷麟妷汉箫@示在電壓表中[15]。但實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)中,檢測裝置往往比較復(fù)雜。對制冷劑的性質(zhì)測量,高電阻和介電常數(shù)測量的巨大靈敏度也具有挑戰(zhàn)性[16]。特別是介電常數(shù)對外部影響(如局部電容、雜質(zhì))非常敏感。另一方面,用于計(jì)算介電常數(shù)的電容檢測需要交流電。因此,必須根據(jù)所需的實(shí)驗(yàn)參數(shù)重新設(shè)計(jì)測量單元,包括:兩個(gè)電極的熱控制(-30~90 ℃)和耐壓性(制冷劑壓力高達(dá)80 bar)。

      對于原子或低極性的分子,Clausius-Mossotti關(guān)系可以描述介電常數(shù)與分子極化率體積的關(guān)系:

      (3)

      式中:M表示摩爾質(zhì)量,ρ表示密度,NA表示阿伏伽德羅數(shù),α’表示物質(zhì)的極化率體積。因此,如果材料的密度已知,通過密度泛函理論(DFT)計(jì)算估計(jì)的極化率體積可以預(yù)測分子的介電常數(shù)。

      本文以計(jì)算制冷劑氟化液分子的介電常數(shù)為例,簡述Gaussian和Multiwfn軟件的計(jì)算原理和過程,探究量子化學(xué)計(jì)算在物理化學(xué)教學(xué)中的實(shí)踐與應(yīng)用。

      1 Gaussian和Multiwfn軟件簡介

      Gaussian是使用最廣泛的量子化學(xué)軟件[17-19],可以用于研究許多化學(xué)領(lǐng)域的課題:分子能量和結(jié)構(gòu),過渡態(tài)的能量和結(jié)構(gòu),化學(xué)鍵以及反應(yīng)能量,分子軌道,偶極矩和多極矩,原子電荷和電勢,振動(dòng)頻率,紅外和拉曼光譜,NMR,極化率和超極化率,熱力學(xué)性質(zhì),化學(xué)反應(yīng)機(jī)理,勢能曲面和激發(fā)能等。

      Multiwfn是一個(gè)多功能的波函數(shù)分析程序[20],主要功能有計(jì)算和可視化真實(shí)空間函數(shù),軌道組成分析,繪制狀態(tài)密度和光譜等。還提供了量子化學(xué)研究中涉及的一些其他有用的實(shí)用程序。內(nèi)置圖形模塊可直接繪制波函數(shù)分析結(jié)果或?qū)С鰹楦哔|(zhì)量圖形文件。程序界面非常友好,適用于研究和教學(xué)目的。Multiwfn的代碼得到了充分的優(yōu)化和并行化。其效率明顯高于具有相同功能的相關(guān)程序。

      2 介電常數(shù)計(jì)算的實(shí)驗(yàn)步驟

      本文使用Gaussian 09軟件包[21],選擇使用B3LYP雜化密度泛函[22],為了考察不同基組預(yù)測介電常數(shù)結(jié)果的精確性,我們考慮了三種不同的基組6-311G,6-311+G和6-311G(3df,2p),選擇三個(gè)不同的氟化液分子進(jìn)行測試。表1中給出了三個(gè)氟化液分子介電常數(shù)的實(shí)驗(yàn)值與其在不同基組下的計(jì)算值。通過比較發(fā)現(xiàn),B3LYP/6-311+G(3df,2p)基組下的計(jì)算值偏差相對最小。

      表1 三種氟化液分子介電常數(shù)的實(shí)驗(yàn)值和不同基組下的計(jì)算值

      (1)構(gòu)建分子模型。以全氟正戊烷(商品名FC-87)為例,學(xué)習(xí)使用GaussView構(gòu)建全氟正戊烷分子模型,將結(jié)構(gòu)文件保存為FC-87.cif格式。

      (2)結(jié)構(gòu)優(yōu)化。采用Gaussian 09中B3LYP/6-311+G(3df,2p)密度泛函方法進(jìn)行計(jì)算。計(jì)算是在孤立分子上進(jìn)行的,沒有使用周期性邊界條件。對全氟正戊烷分子進(jìn)行計(jì)算時(shí)的輸入文件和說明如下所示。主要定義了計(jì)算的內(nèi)存、核數(shù)、節(jié)點(diǎn)數(shù)以及chk文件的存儲(chǔ)路徑;計(jì)算使用關(guān)鍵詞opt和freq,其中opt表示對相應(yīng)的分子進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化,freq指對分子進(jìn)行頻率分析;本案例的作業(yè)名稱FC-87;全氟正戊烷分子的電荷數(shù)和自旋多重度以及元素類型和坐標(biāo)。對分子幾何結(jié)構(gòu)進(jìn)行優(yōu)化,使其收斂到最小能量狀態(tài)。當(dāng)計(jì)算結(jié)束后,將獲得輸出文件FC-87.out。

      %chk=FC-87.chk //checkpoint 文件

      %mem=20GB //內(nèi)存設(shè)置

      %NPROC=24 //并行CPU數(shù)

      #b3lyp/6-311+G(3df,2p)opt freq //計(jì)算執(zhí)行路徑行

      //空白行

      FC-87 //標(biāo)題行

      //空白行

      0 1 //電荷與多重度

      C -1.36939919 2.12865942 4.88066734

      C-0.69162716 2.91905593 3.74598747

      C-1.02042488 2.2597723 2.39364241

      C-0.50193211 0.80968554 2.38994949

      C-0.83072983 0.15040191 1.03760443

      F-1.14615004 4.19023589 3.74922477

      F-1.08116742 2.70660287 6.06616463

      F-0.91487631 0.85747947 4.87743004

      F0.6452783 2.91869949 3.93356055

      F-0.42627407 2.95265236 1.39895551

      F0.83497335 0.80932909 2.57752257

      F-1.09608292 0.11680548 3.38463639

      F-0.23657902 0.84328197 0.04291753

      F-0.37620695 -1.12077805 1.03436713

      F-2.35733034 2.26012875 2.20606933

      F-2.16763529 0.15075835 0.85003135

      F-2.70630465 2.12901587 4.69309426 //分子結(jié)構(gòu)

      (3)極化率計(jì)算。通過GaussView打開FC-87.out文件,選擇能量最低結(jié)構(gòu),保存分子模型文件為FC-87_polar.cif。對優(yōu)化后的全氟正戊烷分子再次計(jì)算時(shí)的輸入文件和說明如下所示,關(guān)于極化率計(jì)算的原理及詳細(xì)公式可以參閱Multiwfn說明書[23]。計(jì)算使用關(guān)鍵詞polar以得到極化率。當(dāng)計(jì)算結(jié)束后,將獲得輸出文件FC-87_polar.out。

      %chk=FC-87_polar.chk //checkpoint 文件

      %mem=20GB //內(nèi)存設(shè)置

      %NPROC=24 //并行CPU數(shù)

      #b3lyp/6-311+G(3df,2p)polar //計(jì)算執(zhí)行路徑行

      //空白行

      FC-87_polar //標(biāo)題行

      //空白行

      0 1 //電荷與多重度

      C 2.25775100 -0.61584400 0.11472800

      C1.43220700 .65673800 -0.25428400

      C-0.06062500 0.73860600 0.23773400

      C-1.01350400 -0.43003900 -0.17370500

      C-2.53700700 -0.13177400 0.03113600

      F2.05817000 1.71187100 0.29997800

      F3.53166100 -0.40634000 -0.21015800

      F1.81641600 -1.67518600 -0.56137500

      F1.46119700 0.79338300 -1.58955200

      F-0.54949300 1.88750100 -0.27027000

      F-0.83367200 -0.72779000 -1.47242800

      F-0.70913100 -1.50844000 0.57064200

      F-2.96618500 0.77734500 -0.83854800

      F-3.21661100 -1.26102200 -0.16447800

      F-0.05540400 0.83070200 1.57759800

      F-2.77208200 0.30158600 1.26857500

      F2.18258600 -0.86873500 1.41961100 //分子結(jié)構(gòu)

      (4)Multiwfn解析polar輸出。Gaussian的許多輸出信息難以直接分析,Multiwfn程序可以解析polar關(guān)鍵詞產(chǎn)生的(超)極化率,使輸出結(jié)果簡潔易懂。我們使用的為Multiwfn 3.8版本,首先輸入Gaussian的polar計(jì)算任務(wù)的輸出文件的路徑,例如:C: FC-87_polar.out,進(jìn)入主功能200,輸入7,解析Gaussian的(超)極化率的計(jì)算輸出。由于我們使用的是B3LYP雜化密度泛函,故這里在界面里選擇1 "Polar"+analytic 3-order deriv. (HF/DFT/Semi-empirical),輸出結(jié)果如下所示,極化率體積由各項(xiàng)同性平均極化率體積來表示。

      Static firsthyperpolarizability:

      XXX=10.21520

      XXY=1.42486

      XYY=-3.82634

      YYY=2.33057

      XXZ=-3.17366

      XYZ=0.82783

      YYZ=-2.41357

      XZZ=-0.38349

      YZZ=1.25583

      ZZZ=2.77196

      Beta_X=6.00537 Beta_Y=5.01126 Beta_Z=-2.81527

      Magnitude of firsthyperpolarizability:8.31282

      Projection of beta on dipole moment:-7.45932

      Beta ||:-4.47559

      Beta ||(z):-1.68916

      Beta _|_(z):-0.56305

      圖1 介電常數(shù)計(jì)算流程圖

      3 結(jié)構(gòu)分析與討論

      我們一共選擇了5種氟化物進(jìn)行研究,F(xiàn)C-87,F(xiàn)C-72,F(xiàn)C-3283,F(xiàn)C-43和PF-3284均為良好的制冷劑材料,并且已經(jīng)實(shí)現(xiàn)商業(yè)化。優(yōu)化后的分子結(jié)構(gòu)式如圖2所示。表2給出了分子的名稱以及必要的物理和化學(xué)性質(zhì)。

      圖2 5種制冷劑分子的優(yōu)化結(jié)構(gòu)

      表2 制冷劑對應(yīng)的分子名稱,密度及摩爾質(zhì)量

      表3中報(bào)告了5種物質(zhì)的實(shí)驗(yàn)介電常數(shù)以及根據(jù)DFT計(jì)算的極化率體積和實(shí)驗(yàn)密度計(jì)算得出的介電常數(shù)。隨后將這些計(jì)算值與實(shí)驗(yàn)值進(jìn)行比較,實(shí)驗(yàn)值由浙江化工研究院有限公司提供。5個(gè)分子的介電常數(shù)計(jì)算值均小于實(shí)驗(yàn)值,相對誤差在10.4%到14.0%,平均誤差為12.0%。

      表3 制冷劑介電常數(shù)的實(shí)驗(yàn)值,計(jì)算值與誤差

      圖3進(jìn)一步顯示了使用B3LYP/6-311+G(3df,2p)研究的每個(gè)分子的實(shí)驗(yàn)值和計(jì)算值的比較。普遍意義上,這種方法稍稍低估了介電常數(shù)的真實(shí)值,但仍然能夠給出相應(yīng)的介電常數(shù)的相對趨勢,足夠在物理化學(xué)教學(xué)實(shí)驗(yàn)中通過量子化學(xué)的模擬手段來預(yù)測制冷劑材料的介電常數(shù)值。

      圖3 介電常數(shù)計(jì)算值與實(shí)驗(yàn)值的比較

      4 結(jié) 語

      本文利用量子化學(xué)計(jì)算預(yù)測制冷劑材料的介電常數(shù)。計(jì)算方法具有準(zhǔn)確性、相對快速性和易于執(zhí)行的優(yōu)點(diǎn)。一方面可以免去做實(shí)驗(yàn)所需要的設(shè)備,以及回避了某些藥品的限制,另外一方面可以增加學(xué)生對介電常數(shù)相關(guān)物理化學(xué)內(nèi)涵的理解,提高化學(xué)教學(xué)課堂的生動(dòng)性,能夠更加合理的分配教學(xué)時(shí)間,將物理化學(xué)學(xué)課內(nèi)容與量子計(jì)算手段有效結(jié)合,幫助同學(xué)們加深介電常數(shù)其物理化學(xué)含義的理解。

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