河北省土著鱖魚種質(zhì)資源鑒定

摘要：為探明河北省內(nèi)的鱖屬魚類現(xiàn)狀，更好地為全國鱖魚種質(zhì)資源保護提供可供參考的資料，以線粒體COX1和全基因組范圍SNP標記為支撐對鱖屬群體進行了分子水平的種質(zhì)資源鑒定和遺傳多樣性水平相關分析。研究結(jié)果顯示，獲得40條全長為697 bp的COX1同源序列和SSH01、SSH02兩個單倍型序列。最大似然法構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹顯示，兩個單倍型先聚為一支，后又與斑鱖聚為一支。在地理種群系統(tǒng)發(fā)生樹中，兩個單倍型與參考的韓國Changju斑鱖聚為一支。群體的觀測雜合度Ho均值為0.330，PIC均值為0.269，近交系數(shù)均值約為0，SSH01和SSH02在觀測雜合度上差異不顯著（P＞0.05）。群體中共祖系數(shù)為0的占總體的71.41%，存在較多親緣關系近的個體。PCA分析結(jié)果發(fā)現(xiàn)，群體為可分為3個遺傳結(jié)構(gòu)，Cluster0、Cluster1、Cluster2；Admixture顯示最有可能存在2個祖先；連鎖不平衡分析的結(jié)果為，在95%置信區(qū)間下群體的Ne范圍為14.8～27.6。河北省斑鱖存在兩個單倍型，群體遺傳多樣性較低，與韓國Changju斑鱖有較高的親緣性，可通過人為引種和增殖放流的方式保護好省內(nèi)的鱖魚種質(zhì)資源。

關鍵詞：斑鱖（Siniperca scherzeri）；線粒體COX1；SNP；遺傳多樣性

鱖魚俗名桂花魚，隸屬于硬骨魚綱（Osteichthyes），鱸形目（Perciformes），暖鱸科（Percichthyidae），鱖亞科（Siniperinae），是東亞地區(qū)特有的經(jīng)濟魚類之一，在中國、日本、俄羅斯、朝鮮半島等均有分布[1]。目前普遍認同的分布于我國境內(nèi)的鱖魚有鱖（S. chuatsi）、斑鱖（S. scherzeri）、大眼鱖（S. kneri）等。不同種類的鱖魚在生長特性、繁殖能力、營養(yǎng)價值等方面存在差異。陳軍等[2]發(fā)現(xiàn)同塘飼養(yǎng)下鱖的生長速度是大眼鱖的4～5倍，并且鱖卵巢發(fā)育的絕對懷卵量大于大眼鱖。宓國強等[3]發(fā)現(xiàn)斑鱖的肌肉蛋白質(zhì)含量顯著高于鱖。經(jīng)過多年的選擇培育、品種雜交，我國已培育出了多個鱖魚新品種，如翹嘴鱖“華康1號”“秋浦雜交斑鱖”“長珠雜交鱖”等，在生長性能、抗病性能、適應能力等方面表現(xiàn)良好[4]。此外，我們積極通過分子選育手段開發(fā)與鱖魚各種生長性狀潛在相關的基因組區(qū)域和候選基因。2022年Zhou等[5]通過特定位點擴增片段測序和SNP基因分型，進行了全基因組關聯(lián)研究（GWAS），在相關QTL內(nèi)鑒定出65個與骨分化、生長和發(fā)育、細胞分裂和神經(jīng)發(fā)生有關候選基因。

種質(zhì)資源的多樣性，不僅與改良生物性狀，培育優(yōu)質(zhì)品種密切相關，還對研究物種起源、進化等理論有著極為重要的作用[6]。然而近年來，由于環(huán)境污染、竭澤而漁式的捕撈等原因，鱖魚野生資源在逐步衰退。Yang等[7]的調(diào)查顯示，鱖魚是長江各水系的優(yōu)勢種之一。河北省擁有豐富的漁業(yè)資源，有104種淡水魚類，包括鯽、烏鱧、鱖魚、細鱗魚等。河北省已建立了19個國家級水產(chǎn)種質(zhì)資源保護區(qū)，其中位于安新縣的白洋淀國家水產(chǎn)種質(zhì)資源保護區(qū)和位于興隆縣和承德縣境內(nèi)的柳河特有魚類國家級水產(chǎn)種質(zhì)資源保護區(qū)都將鱖魚作為主要保護對象[8]。

分子標記是研究魚類遺傳多樣性的重要方法之一，魚類常用的分子鑒定手段有Cytb、D-loop、線粒體12S rRNA等[9]。趙金良等[10]在細胞色素b基因序列的基礎上，初步構(gòu)建了東亞鱖類種間的系統(tǒng)發(fā)育關系，建議將長體鱖歸入鱖魚屬，鱖類可分為鱖魚群和少鱗鱖群兩支；范世琦[11]利用篩選出的10對微衛(wèi)星引物對重慶地區(qū)三個養(yǎng)殖場鱖群體的遺傳結(jié)構(gòu)和多態(tài)性進行了分析評價，發(fā)現(xiàn)三個鱖養(yǎng)殖群的香農(nóng)威納指數(shù)平均值在1.378～1427，群體遺傳異質(zhì)性較高；余科[12]利用線粒體DNA Cytb基因分析出了不同稻田鯉群體的遺傳分化情況，發(fā)現(xiàn)從江等6個稻田鯉群體由歐洲鯉（Cyprinus carpio carpio）、遠東鯉（C. carpio haematopterus）和華南鯉（C. carpio rubrofuscus）3個亞種組成；李龑[13]利用COI-Cytb-D-loop序列對鯉群體進行了遺傳多樣性分析，發(fā)現(xiàn)大頭鯉、荷包紅鯉抗寒品系和藍鱗鯉之間的遺傳分化較大。除此之外，近年來DNA條碼技術(shù)也越來越受到人們關注，DNA條碼指的是能夠用來區(qū)分不同物種的，有一定標準的，并且足夠變異的DNA片段[14]。于瀟[15]利用PCR技術(shù)擴增出的線粒體cox 1基因，成功對50條軟骨魚類進行了鑒定，并驗證了傳統(tǒng)分類學中軟骨魚類的在目階元上的分類。程漢良等[16]基于線粒體細胞色素c氧化酶亞基Ⅰ基因序列對簾蛤科貝類進行了系統(tǒng)發(fā)育研究，成功解決了簾蛤科傳統(tǒng)分類上的難題。陳治等[17]使用12S和COI對145種常見海洋魚類進行了鑒定，結(jié)果表明，COI對物種鑒定的準確率更高。線粒體DNA因其高拷貝的特點，也常被選為eDNA宏條形碼的遺傳標記，如12S、Cytb和COI[18]。Feng等[19]利用eDNA條形碼來監(jiān)測雅魯藏布江中上游地區(qū)稀有和入侵魚類的情況并對多樣性進行了評估，其分析結(jié)果與傳統(tǒng)的捕獲法相印證。因此，為了解河北省內(nèi)的鱖屬魚類現(xiàn)狀，并探究其遺傳多樣性情況，我們利用線粒體COX1基因?qū)Z屬魚類進行了種質(zhì)鑒定，并在全基因組范圍SNP標記的基礎上分析了其遺傳結(jié)構(gòu)和多樣性，以期為鱖屬魚類資源保護和可持續(xù)發(fā)展提供參考。

1材料和方法

1.1材料來源

采集到的40尾鱖屬魚類，取自河北省承德市興隆縣柳河特有魚類國家級水產(chǎn)種質(zhì)資源保護區(qū)，如圖1所示。每尾魚在測量完基礎生物數(shù)據(jù)后，取其背鰭后部1 cm長的鰭條，用95%乙醇固定保存，并存放在4 ℃的冰箱中用于DNA提取。

1.2DNA提取

待檢樣本DNA采用常規(guī)的酚-氯仿法提取，并通過1%濃度的瓊脂糖凝膠電泳檢測提取的樣本DNA的完整性，部分結(jié)果如圖2所示。

1.3PCR擴增

基于DNA條形碼技術(shù)，以鱖屬（Siniperca）魚類線粒體基因組COX1基因5’端697 bp的一段序列作為種質(zhì)鑒定的條形碼序列，其擴增的上下游引物分別為：F primer：5′-TCGACCAATCACAAAGACATC-3′，R primer：5′-GGTGGCCAAAGAATCAGAAT-3′。PCR 反應體系總體積為 50 μL，其中 2×Taq PCR Master Mix 25 μL，上下游引物各 1.25 μL（5 μmol/L），DNA模板100 ng。PCR反應程序為：94 ℃預變性5 min；94 ℃ 30 s，55 ℃ 30 s，72 ℃ 1 min，35 個循環(huán)；最后72 ℃延伸1 min。PCR產(chǎn)物采用上述的測序引物進行測通。

1.4數(shù)據(jù)分析

采用DNASP、Arlequin和MEGA軟件，分析測通的40個待檢鱖屬樣本序列，通過比對和單倍型分析，獲得待檢樣本的全部單倍型。應用MEGA軟件將上述單倍型與鱖屬魚類線粒體參考序列進行比對，并提取鱖屬魚類線粒體參考序列的目標單倍型序列。最后，通過MEGA構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹，結(jié)合系統(tǒng)發(fā)生樹的拓撲關系和遺傳距離，對待檢樣本開展基于分子生物學的種質(zhì)鑒定。種質(zhì)鑒定后，探究送檢樣本與我國不同地理區(qū)系鱖屬魚類在線粒體基因水平上的遺傳變異關系。

基于全基因組范圍SNP標記對送檢樣本開展種質(zhì)遺傳多樣性及遺傳結(jié)果分析工作，采用準確且具有高精度的高密度SNP標記對整個基因組進行評估，SNP過濾參數(shù)為maf=0.05，hwe=10-5，SiteMissingRatio=0，均勻度=20K。利用軟件計算待檢群體個體雜合度和近交系數(shù)。通過共祖系數(shù)分析群體內(nèi)部個體之間的親緣關系組成，利用派諾森云作圖構(gòu)建親緣關系熱圖。通過主成分分析來探究群體遺傳結(jié)構(gòu)，通過Admixture軟件估算40個樣本的祖先組成情況，并利用Origin輸出圖像?；趯B鎖不平衡參數(shù)LD值的無偏估計算法，對該種群以及線粒體單倍型亞群的有效群體的大小進行評估。

2結(jié)果與分析

2.1種質(zhì)鑒定

使用引物擴增得到的目的條帶單一清晰，符合標準。經(jīng)過對待檢樣本PCR擴增產(chǎn)物測序（雙向測通），獲得40條全長為697 bp的目的片段，通過比對和單倍型分析在待檢樣本中共獲得2個單倍型序列，分別為SinSample HB Hap01（簡稱SSH01）和SinSample HB Hap02（簡稱SSH02）。與此同時，以待檢樣本的2個單倍型序列、7個鱖屬魚類的8個單倍型序列和外群物種中國少鱗鱖，Coreoperca whiteheadi單體型序列，分別為SinSample HB Hap01，SinSample HB Hap02，Siniperca scherzeri DTH NC 015815.1，Siniperca oulei KP710957.1，Siniperca fortis NC 047290.1，Siniperca obscura EF143390.1，SinSample HLJ Hap01，Siniperca chuatsi NC015822.1，Siniperca knerii NC 015987.1，Siniperca undulata EF143393.1，Coreoperca whiteheadi KJ149811構(gòu)建基于最大似然法的系統(tǒng)發(fā)生樹，拓撲關系和遺傳距離如圖3所示。

通過系統(tǒng)發(fā)生樹可以看出，7個鱖屬參考物種先聚為一支，隨后與同為鱖科魚類的少鱗鱖屬魚類中國少鱗鱖（Coreoperca whiteheadi）聚為一支，該結(jié)果表明本研究采用的種質(zhì)鑒定方法正確有效；待檢樣本的2個單倍型聚為一支，表明40個待檢樣本均為同一物種；隨后待檢樣本與參考物種斑鱖（S. scherzeri）聚為一支，而且與常見的鱖屬物種鱖（S. chuatsi）和大眼鱖（S. kneri）存在較大的遺傳差異，表明待檢樣本為斑鱖（S. scherzeri）的可能性最大。

2.2不同地理種群系統(tǒng)發(fā)生分析

經(jīng)過種質(zhì)鑒定后，我們可在分子水平上判斷送檢樣本為斑鱖（S. scherzeri）。斑鱖在我國分布廣泛，北至鴨綠江水系、南至珠江水系，我國不同地理區(qū)系斑鱖在線粒體基因水平上也會有一些差異。為探清送檢的斑鱖樣本與我國不同地理區(qū)系斑鱖在線粒體基因水平上的遺傳變異關系，收集了在公開數(shù)據(jù)庫中發(fā)表的斑鱖線粒體COX1基因序列，包括分布在我國長江及長江以南水系的斑鱖線粒體COX1基因序列11條，來源于韓國Changju的斑鱖單倍型序列1條，以及外群物種（鱖）的2個序列，分別為Siniperca scherzeri ZJ02 OP050807.1，Siniperca scherzeri ZJ03 OP08431，Siniperca scherzeri ZJ01 OP0508031，Siniperca scherzeri XJ JQ0109881，Siniperca scherzeri ML01 MW6807251，Siniperca scherzeri ML02 MW6807581，Siniperca scherzeri DTH JQ010986.1，Siniperca scherzeri LiuJ MW680745.1，Siniperca scherzeri PYH JQ010985.1，Siniperca scherzeri CD EF1433911，Siniperca scherzeri LiJ JQ0109871，SinSample HB Hap02，SinSample HB Hap01，Siniperca scherzeri SK EF143392.1（韓國Changju斑鱖），Siniperca chuatsi NC 015822.1，SinSample HLJ Hap01。由于公開數(shù)據(jù)庫中斑鱖線粒體COX1基因序列長短不一，所以經(jīng)過比對和序列對齊后，提取到可用于下游分析線粒體單倍型的序列長度為647 bp。隨后利用待檢樣本的2個單倍型序列、12個斑鱖不同地理區(qū)系單倍型序列以及外群物種（鱖）的2個序列，構(gòu)建基于最大似然法的系統(tǒng)發(fā)生樹，拓撲關系和遺傳距離如圖4所示。

通過系統(tǒng)發(fā)生樹可以看出，14個斑鱖單倍型序列首先聚為一支，隨后與同屬的鱖（S. chuatsi）聚為一支，結(jié)果表明該系統(tǒng)發(fā)生方法正確有效。隨后，14個斑鱖單倍型分為兩個明顯的分支，分別為長江及長江以南水系的分支、以及待檢樣本和韓國Changju斑鱖的分支，該結(jié)果表明待檢樣本與長江及長江以南水系的斑鱖存在一定的遺傳差異，而與同為北方水系的韓國Changju斑鱖存在較小的遺傳差異。

2.3遺傳多樣性與近交水平

該鱖屬魚類群體共40個個體，其個體觀測雜合度在0.244至0.403之間，整個群體的均值為0.330，其中由線粒體單倍型為SSH01組成的亞群平均值為0.330，由線粒體單倍型為SSH02組成的亞群均值為0.329，在觀測雜合度方面不存在差異，如表1和表2所示。

該群體個體近交系數(shù)在-0.187至0.406之間，整個群體平均的近交水平約為0，但是群體內(nèi)部有部分個體近交水平偏高，如表1和表2所示。群體中近交系數(shù)大于0.25的個體有1個，占群體的2.5%；近交系數(shù)大于0.125小于0.25的個體有5個，占群體的12.5%；近交系數(shù)大于0.062 5小于0.125的個體有2個，占群體的5%。

2.4基因組親緣關系

共祖系數(shù)（coefficient of coancestry）表示任意兩個個體之間的親緣關系水平，親緣關系越近，共祖系數(shù)（CC）的值越大。通過群體內(nèi)個體之間的親緣關系分析，能夠了解群體內(nèi)部個體之間的親緣關系組成，可較為直觀地反映出當前群體內(nèi)潛在交配個體之間產(chǎn)生具有較高近交水平后代的可能性。通過分析親緣關系熱圖結(jié)果（見封三圖5）可以發(fā)現(xiàn)該群體內(nèi)部具有較多的親緣關系較近的個體對，其中共祖系數(shù)（CC）大于0.25的個體對共有7對，共祖系數(shù)范圍在0.271至0.360之間共涉及兩組8個樣本，分別為G05A、G10A、G32A、G36A和G12A、G14A、G20A、G31A，占總數(shù)的0.90%；其中共祖系數(shù)大于0.125的個體對共有22對，占總數(shù)的2.8%；其中大于0.062 5的個體對共有46對，占總數(shù)的5.90%；其中大于0小于0.062 5的個體對共有148對，占總數(shù)的1897%；無親緣關系的個體對共計557對，占總數(shù)的71.41%。

2.5群體遺傳結(jié)構(gòu)分析

主成分分析（PCA）結(jié)果如封三圖6所示。PC1能夠解釋4.07%的遺傳變異，PC2能夠解釋3.53%的遺傳變異，PC3能夠解釋2.14%的遺傳變異。通過PCA分析可以發(fā)現(xiàn)該群體內(nèi)部可以分成3個遺傳結(jié)構(gòu)，分別由Cluster0（24個樣本）、Cluster1（10個樣本）、Cluster2（6個樣本）三個聚類群組成。

通過Admixture軟件估算40個樣本的祖先組成情況，經(jīng)過CV error評估最優(yōu)K值，發(fā)現(xiàn)當K=2時錯誤率最小，說明該群體存在兩個祖先的概率最大。從個體祖先組成柱形圖（封三圖7）可以發(fā)現(xiàn)，該群體樣本中主要分為三類，分別為絕大部分為綠色的樣本、絕大部分為橙色的樣本以及兩者比例適中的個體。

2.6有效群體規(guī)模評估

有效群體大小是水產(chǎn)種質(zhì)資源保存與利用的重要參數(shù)，本研究基于對連鎖不平衡參數(shù)LD值的無偏估計算法，對該種群以及線粒體單倍型亞群的有效群體大小進行評估，經(jīng)過評估后群體有效規(guī)模和95%的置信區(qū)間如表3所示。

3討論與結(jié)論

鱖，作為東亞地區(qū)特有的經(jīng)濟魚類之一，在我國分布地區(qū)廣泛，根據(jù)李思忠[20]的研究，鱖亞科魚類在長江水系、珠江水系、黃河水系、海河水系、黑龍江水系等均有分布。周才武等[21]認為，長江流域以南低緯度的華南區(qū)是鱖亞科魚類的分布中心。關于鱖的種類，Liu等[22]認為鱖的種類有12種，支持將麻鱖（S. fortis）作為有效種。不同種的鱖地理分布地區(qū)也有所差異，生活在我國境內(nèi)的鱖魚有9種，主要包括鱖（S. chuatsi）、麻鱖（S.fortis）、大眼鱖（S. kneri）、暗鱖（S. obscura）、長體鱖（S. roulei）、斑鱖（S. scherzeri）、波紋鱖（S. undulata）等，其中鱖和斑鱖的分布范圍最廣，甚至在朝鮮半島也有記錄[20]。而對于鱖類的分屬劃分，曾引起了學者們的廣泛討論。Fang等[23]認為鱖亞科只設1個鱖屬（Siniperca）即可；周才武等[21]主張將鱖亞科劃分為少鱗鱖屬（Coreoperca）、鱖屬（Siniperca）、長身鱖屬（Coreosiniperca）；Liu等[22]認為鱖亞科下可設有少鱗鱖屬（Coreoperca）、鱖屬（Siniperca）2個屬。目前，第三種觀點有較多分子學證據(jù)支撐。趙金良等[10]通過分析鱖類的細胞色素b序列并結(jié)合NJ樹和MP法的結(jié)果，支持：長體鱖不單獨設屬而應歸入鱖魚屬，鱖亞科可分為少鱗鱖屬（Coreoperca）和鱖屬（Siniperca）。章群等[24]對采集到的7種鱖類的12個個體的Cytb基因進行了全序列分析，結(jié)果支持了Liu的觀點。宋書莉等[25]通過靶基因富集技術(shù)和二代測序的方法構(gòu)建了鱖類的系統(tǒng)演化關系，結(jié)果支持鱖類包括兩個屬：鱖屬（Siniperca）和少鱗鱖屬（Coreperca）。而我們經(jīng)過此次的鑒定，發(fā)現(xiàn)從河北省獲得的鱖屬魚類應為同一物種，且有極大可能為斑鱖，同時系統(tǒng)發(fā)生樹的結(jié)果也從一定程度上支持了Liu、宋書莉、章群等人的觀點，長體鱖可歸入鱖屬，鱖亞科下設鱖屬、少鱗鱖屬即可。

DNA是遺傳物質(zhì)的載體。利用DNA中的一些重復序列，我們能獲得有關物種鑒別和遺傳學鑒定的重要信息。例如，由于在DNA中多次出現(xiàn)，而在不同個體間表現(xiàn)出多態(tài)性的簡單重復序列。就如Schlotterer等[26]所指出的那樣，微衛(wèi)星標記在遺傳多態(tài)性分析、種群遺傳學研究和親緣關系推斷中得到了廣泛的應用，已成為遺傳學研究和物種鑒定中的重要工具。2017年Tian等[27]從8 923個含SSR的序列（轉(zhuǎn)錄本＞1 kb）中鑒定了總共991個SSR引物對并成功開發(fā)了能有效區(qū)分翹嘴鱖、斑鱖和大眼鱖的18個種特異性微衛(wèi)星標記。但與核基因相比，線粒體DNA為裸露的環(huán)狀雙鏈DNA分子，結(jié)構(gòu)簡單，進化速度快，被廣泛應用在魚類群體遺傳分化和種群結(jié)構(gòu)特征分析研究當中[9]。地理隔離是影響物種遺傳分化的重要因素，麻智芳等[28]發(fā)現(xiàn)清水江斑鱖下游群體的Cytb基因序列遺傳多樣性高于上游群體。通過分析不同地理種群的斑鱖線粒體基因，我們發(fā)現(xiàn)待檢樣本與韓國Changju斑鱖的遺傳差異較小，而與長江及長江以南水系的斑鱖存在一定的遺傳差異，這可能受到了地理隔離的影響。我國境內(nèi)水系可劃分為七大水系，河北省鱖屬魚類種質(zhì)資源保護區(qū)主要位于白洋淀和柳河，白洋淀所在的大清河與柳河所屬的灤河從水系劃分上屬于海河水系；鴨綠江是中朝兩國的界河，在我國它流至遼寧省丹東市后匯入黃海[29]。從地理距離上看，在自然基因交流方面，海河水系和松花江水系存在交流的可能性比和長江水系要更大一些。從地質(zhì)史上，鴨綠江和海河同屬于古黃河水系，較晚時期才發(fā)生分化，因而兩個斑鱖群體的親緣關系要更近一些。與之相似的是，荔波漳江的野生斑鱖群體雖然生活在珠江水系，但是與長江水系的陸水江斑鱖群體和洞庭湖斑鱖群體的親緣關系更近，麻智芳等[28]推測雖然苗嶺山脈崛起形成了地理屏障，但早更新世時兩區(qū)域的祖先斑鱖生活在一起，母系祖先單倍型得到了保留，因而在系統(tǒng)發(fā)生樹中兩者聚為了一支。周文漪[30]研究測定了中國7條水系10個地理群體176尾斑鱖的線粒體細胞色素 b 基因全序列，將其劃分為5個譜系。其中鴨綠江丹東斑鱖與海河淇縣斑鱖共同組成了譜系4。另外，王偉偉等[31]利用AFLP分子標記了不同地理種群的斑鱖，其聚類分析結(jié)果顯示，鴨綠江的斑鱖群體與海河群體聚為一支，長江、錢塘江、閩江和西江四個群體聚為另一支，推測可能是秦嶺山脈的形成導致了斑鱖的南北群體分化。本次的研究結(jié)果恰恰與之前周文漪、王偉偉等的研究相印證。

遺傳多樣性指的是群體之間以及群體內(nèi)部的遺傳差異，與物種的生存、適應能力以及進化的潛能密不可分，是分析種群資源現(xiàn)狀的重要指標。雜合度是評估群體遺傳變異的重要參數(shù)，雜合度越大，群體的遺傳變異越大。PIC可以用來衡量標記的多態(tài)性，它的大小由等位基因的個數(shù)和等位基因的頻率共同決定。通常情況下，當PIC＜0.25時，該位點的多態(tài)性低；0.25≤PIC＜0.5時，該位點多態(tài)性適中；PIC≥0.5時，該位點多態(tài)性高[32]。Ke等[33]利用10對微衛(wèi)星標記評估了珠江流域不同地理群體泥鰍的遺傳多樣性，發(fā)現(xiàn)PIC=0.478 1，H0=0.389 2，遺傳分化程度較高。羅慧等[34]利用SNP基因分型技術(shù)分析了青海湖水域6個地理群體的青海湖裸鯉的遺傳多樣性，結(jié)果發(fā)現(xiàn)H0為0.459 4～0.482 3，遺傳多樣性水平較高。在本研究中，整個群體的近交系數(shù)平均值約為0，整個群體的觀測雜合度H0平均值為0.330，PIC平均值為0.269；SSH01亞群H0平均值為0.330，PIC平均值為0.270；SSH02亞群H0平均值為0.329，PIC平均值為0.230，SSH01和SSH02在觀測雜合度方面不存在差異。這表明，此斑鱖群的遺傳多樣性水平較低，推測可能與人為或自然的干擾有關。曾可為等[32]分析了武漢、順德、韶關等12個群體的遺傳多樣性，結(jié)果顯示順德的H0和He均為0.30，但PIC均值為0.53～0.64，與我們的結(jié)果相差較大，可能是分析方法不同的原因。另外，還可能與采集地點有關。

共祖系數(shù)，又名親緣系數(shù)，指的是兩個個體間加性基因效應間的相關。雖然近交能夠產(chǎn)生出具有優(yōu)良性狀的純種后代，但是也會產(chǎn)生有害基因的純合個體。當群體規(guī)模較小且個體間親緣較近，又不與外界進行基因交流時，就極易發(fā)生近交衰退。欒培賢等[35]開發(fā)了一套水產(chǎn)動物基因組近交分析軟件工具包，能利用多種統(tǒng)計基因組學分析方法提供出基因組共祖系數(shù)、血緣同源、狀態(tài)同源、基因組近交系數(shù)等數(shù)據(jù)。本研究中，各個體間共祖系數(shù)在-0.117 4～0.360之間，其中共祖系數(shù)為0的占總體的71.41%，可通過跨區(qū)域引種或者增殖放流的方法改善目前遺傳多樣性較低的現(xiàn)狀。

PCA分析后進行的聚類分析顯示，該群體可分為3個遺傳結(jié)構(gòu)，Cluster0、Cluster1、Cluster2各占比60%、25%、15%，并且Cluster0和Cluster1的遺傳相似度較高。Admixture分析顯示，該群體最有可能存在2個祖先，同時樣本可分為3類，正好與之前PCA的聚類結(jié)果互相驗證。2013年Cao等[36]對珠江、錢塘江、鴨綠江和長江的三個支流采集到的斑鱖進行了基于7個微衛(wèi)星位點的聚類分析，發(fā)現(xiàn)在排除基因座CBD120時，所有種群都能形成兩個聚類，并且與特定地理區(qū)域相關聯(lián)。

連鎖不平衡分析是指分屬兩個或兩個以上基因座位的等位基因同時出現(xiàn)在一條染色體上的幾率，高于隨機出現(xiàn)的頻率，呈現(xiàn)出一種相互關聯(lián)的現(xiàn)象。連鎖不平衡分析的結(jié)果表明，在95%的置信區(qū)間下，群體兩個單倍型SSH01和SSH02的Ne大小均值分別是17.7和32.0，與單倍型群體的數(shù)量成反比，符合遺傳漂變的規(guī)律。

總的來說，從研究結(jié)果來看，目前河北省內(nèi)的鱖科魚類大概率為斑鱖，存在兩個單倍型SSH01和SSH02，與韓國Changju斑鱖親緣性更近。研究群體的遺傳多樣性較低，有極大可能存在兩個祖先，個體間的親緣關系較近，應采取建立保護區(qū)和增殖放流的方式以防止近交退化，保持遺傳的多樣性。鱖的肉質(zhì)鮮美，無肌間刺，養(yǎng)殖價值高，是我國重要名貴的淡水養(yǎng)殖魚類。據(jù)2022年漁業(yè)統(tǒng)計年鑒，2020及2021年我國鱖魚養(yǎng)殖總量均在30萬t以上，其中廣東、湖北、安徽、江西等省份是養(yǎng)殖的主產(chǎn)地，為各省的經(jīng)濟發(fā)展作出了重要貢獻[37]。雖然鱖魚并不是河北省主要養(yǎng)殖的經(jīng)濟水產(chǎn)動物之一，但是為了更好地保存水產(chǎn)動物種質(zhì)資源，發(fā)展水產(chǎn)種業(yè)，探清河北省內(nèi)鱖屬魚類的種質(zhì)資源狀況，分析其群體遺傳結(jié)構(gòu)和遺傳多樣性對全國斑鱖種質(zhì)資源保護和開發(fā)利用意義重大。

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Identification of germplasm resources of indigenous

Mandarin fish in Hebei Province

WANG Jiangjiang GAO Xiaotian ZHAO Chunlong

YU Qi2， ZHAO Xin1， SUN Yanfeng1， WU Chengbin1

（1. Ocean College， Hebei Agricultural University， Qinhuangdao 066003， China;

2. Hebei Academy of Marine and Fishery Sciences， Qinhuangdao 066003， China）

Abstract：In order to investigate the status quo of mandarin fishes in Hebei Province and provide better reference data for the protection of mandarin fishes germplasm resources in China， the mandarin fishes populations were identified at the molecular level and the correlation analysis of genetic diversity level was carried out with the support of mitochondrial COX1 and genome-wide SNP markers. The results showed that 40 homologous sequences of COX1 with a total length of 697 bp and two haplotype sequences of SSH01 and SSH02 were obtained. The phylogenetic tree constructed by the maximum likelihood method showed that the two haplotypes clustered first into one， and then clustered A0i15RXv0ct1fz4jX9G35Q==with Siniperca scherzeri. In the phylogenetic tree of geographic population， two haplotypes were clustered together with the reference to Changju S. scherzeri in Korea . The mean of observed heterozygosity （Ho） was 0.330， the mean of PIC was 0.269， and the mean of inbreeding coefficient was about 0. There was no significant difference in observed heterozygosity between SSH01 and SSH02 （P＞005）. The coancestry coefficient was 0 in 71.41% of the population， and there were more closely related individuals. PCA analysis resnlts showed that the population can be divided into 3 genetic structures， i.e.， Cluster0， Cluster1 and Cluster2; The Admixture showed that two ancestors were most likely present; The result of linkage disequilibrium analysis was that the Ne range of the population was 14.8～27.6 under 95% confidence interval. S. scherzeri in Hebei Province has two haplotypes with low population genetic diversity. S. scherzeri is closely related to Changju S. scherzeri in Korea. S. scherzeri in Hebei Province can be protected by artificial introduction and breeding and release.

Key words：Siniperca scherzeri; mitochondrial COX1; SNP; genetic diversity

（收稿日期：2024-06-13）