陳 碩,邱少富,夏力亮,王中強(qiáng),劉 軍,柳 楠,祝令偉,孫 洋,宋宏彬,馮書章
NDM-1最先報(bào)道于2010年8月11日,英國(guó)醫(yī)學(xué)界宣稱南亞出現(xiàn)了一種新型細(xì)菌,幾乎對(duì)所有抗生素都有抗藥性,被稱為“超級(jí)細(xì)菌”。確切地說(shuō),NDM-1不是一種細(xì)菌,而是一種新發(fā)現(xiàn)的基因blaNDM-1編 碼 的 金 屬-β-內(nèi) 酰 胺 酶 (metallo-β-lactamase,MBL)。因?yàn)槭状尾±窃谟《刃碌吕镝t(yī)院住過(guò)院的瑞士人體內(nèi)發(fā)現(xiàn),所以一些西方醫(yī)學(xué)者把它叫做“新德里金屬-β-內(nèi)酰胺酶1(New Delhi metallo-β-lactamase-1,NDM-1)”。近來(lái)研究發(fā)現(xiàn),攜帶編碼blaNDM-1基因的耐藥質(zhì)粒不僅可以在細(xì)菌間轉(zhuǎn)移,而且能使所在宿主菌成為可以耐受幾乎全部抗生素的超級(jí)細(xì)菌[1]。攜帶此酶的菌株對(duì)青霉素類、頭孢菌素類、頭霉素類等β-內(nèi)酰胺類和碳青霉烯類抗生素均耐藥,僅對(duì)多黏菌素及米諾環(huán)素衍生物—替加環(huán)素敏感[2]。由于該基因多定位于質(zhì)粒,容易通過(guò)接合性轉(zhuǎn)導(dǎo)在不同細(xì)菌間傳遞,一旦病原菌獲得該基因,也會(huì)產(chǎn)生多重耐藥表型,其感染將變得更加難以治療。據(jù)報(bào)道,新德里的這位病人就同時(shí)感染了攜帶blaNDM-1基因質(zhì)粒的肺炎克雷伯氏菌和大腸桿菌[3]。目前,這種可移動(dòng)元件攜帶的高水平廣譜抗性的發(fā)展趨勢(shì)引起國(guó)內(nèi)外廣泛關(guān)注。
本研究菌株NDM-1鮑曼不動(dòng)桿菌分離自廈門某醫(yī)院一肺癌病人,從其痰培養(yǎng)分離出多重耐藥鮑曼不動(dòng)桿菌,并檢出NDM-1。本實(shí)驗(yàn)對(duì)該菌株的耐藥譜進(jìn)行測(cè)定,并對(duì)其blaNDM-1基因進(jìn)行克隆、表達(dá)及序列分析,研究其耐藥性的分子機(jī)制,為耐藥基因的水平轉(zhuǎn)移等研究奠定基礎(chǔ)。
1.1 材料 NDM-1鮑曼不動(dòng)桿菌、E.coli DH5α為本實(shí)驗(yàn)室保存;DL2000DNA Marker、質(zhì)粒pMD18-T購(gòu)自大連寶生物公司。凝膠回收試劑盒購(gòu)自杭州維特潔生物公司;Vitek32微生物鑒定系統(tǒng)為法國(guó)梅里埃公司產(chǎn)品;美洛培南為浙江海正制藥廠生產(chǎn)。
1.2 NDM-1鮑曼不動(dòng)桿菌菌株鑒定與藥敏實(shí)驗(yàn) 使用Vitek32微生物鑒定系統(tǒng),以革蘭陰性菌鑒定卡GNI+進(jìn)行菌株鑒定,藥敏卡GNS-506進(jìn)行耐藥譜測(cè)定。
1.3 NDM-1鮑曼不動(dòng)桿菌blaNDM-1基因的 PCR擴(kuò)增與克隆 根據(jù) GenBank的blaNDM-1基因(pKpANDM-1,登錄號(hào)FN396876.1)編碼序列設(shè)計(jì)兩條引物 LE-F:5′-GGCGTTAGATTGGCTTACACCATTAGAG-3′和 LE-R:5′-CAGGCAACAGCCGAACGAGC-3′,引物由上海生物工程技術(shù)服務(wù)有限公司合成。以NDM-1鮑曼不動(dòng)桿菌基因組DNA為模板,按照以下條件擴(kuò)增blaNDM-1基因:95℃預(yù)變性5min;95℃變性30s,56℃退火30s,72℃延伸1min,30個(gè)循環(huán);72℃延伸7min。PCR產(chǎn)物用1%瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)。凝膠回收試劑盒純化PCR產(chǎn)物,將其與pMD18-T載體于4℃過(guò)夜連接,再將連接產(chǎn)物轉(zhuǎn)化至大腸桿菌E.coli DH5α,涂布于含氨芐青霉素(100μg/mL)的LB平板篩選。挑取單菌落培養(yǎng)后提取質(zhì)粒進(jìn)行EcoRI和HindIII雙酶切鑒定,鑒定正確的重組質(zhì)粒pMD18-T::blaNDM-1送上海生物工程技術(shù)服務(wù)有限公司測(cè)序。
1.4 美洛培南對(duì)NDM-1鮑曼不動(dòng)桿菌、重組E.coli DH5α(pMD18-T::blaNDM-1)及大腸桿菌 E.coli DH5α最小抑菌濃度(Minimum inhibitory concentration,MIC)的測(cè)定 將菌液過(guò)夜培養(yǎng)物稀釋1 000倍,每孔100μL。美洛培南濃度從1孔至14孔分別為 128、64、32、16、8、4、2、1、0.5、0.25、0.125、0.062 5、0.031 25、0.015 625μg/mL,15孔不加藥作為生長(zhǎng)對(duì)照。密封,35℃溫箱培養(yǎng)16~20h。判斷標(biāo)準(zhǔn)以孔內(nèi)完全抑制細(xì)菌生長(zhǎng)的最低藥物濃度為MIC。
2.1 NDM-1鮑曼不動(dòng)桿菌菌株鑒定與藥敏結(jié)果Vitek32微生物自動(dòng)鑒定儀鑒定此菌株為鮑曼不動(dòng)桿菌。藥敏結(jié)果見(jiàn)表1。
表1 NDM-1鮑曼不動(dòng)桿菌廈門株藥敏結(jié)果Tab.1 The antimicrobial susceptibility profile of NDM-1 Acinetobacter baumannii
2.2 NDM-1鮑曼不動(dòng)桿菌blaNDM-1基因的PCR擴(kuò)增、克隆與序列分析 PCR擴(kuò)增產(chǎn)物的瓊脂糖凝膠電泳見(jiàn)圖1所示,結(jié)果擴(kuò)增出了與預(yù)期大小一致的片段。blaNDM-1基因克隆到pMD18-T載體后進(jìn)行雙酶切鑒定。酶切產(chǎn)物電泳檢測(cè)結(jié)果如圖2所示,說(shuō)明blaNDM-1基因已克隆到載體中。
圖1 PCR擴(kuò)增 NDM-1(廈門株)blaNDM-1基因Fig.1 Amplification of blaNDM-1M:DL2000DNA Marker;1:PCR products
測(cè)序結(jié)果與香港分離的大腸桿菌HK-01質(zhì)粒pNDM-HK及印度肺炎克雷伯氏菌 KP-05-506質(zhì)粒pKpANDM-1攜帶的blaNDM-1基因進(jìn)行Blast序列比對(duì)。結(jié)果顯示,NDM-1鮑曼不動(dòng)桿菌與HK-01的blaNDM-1基因序列同源性為100%;與 KP-05-506相比,在blaNDM-1和trpF之間有24bp的插入,這一段插入的序列除了存在于香港HK-01株外,還存在于 NDM-1大腸桿菌 DVR22(西班牙株)、NDM-1大腸桿菌271(澳大利亞株)、NDM-1銅綠假單胞菌(塞爾維亞株)、NDM-1鮑曼不動(dòng)桿菌161/07(德國(guó)株)和 NDM-1大腸桿菌 Dok01(日本株),該段序列均位于blaNDM-1基因下游,功能未知。序列比對(duì)結(jié)果如下。
圖2 EcoRⅠ和HindⅢ雙酶切鑒定重組質(zhì)粒pMD18-T::blaNDM-1Fig.2 Identification of plasmid pMD18-T::blaNDM-1by restriction enzyme digestionM:DL2000DNA Marker;2:plasmid fragments digested by EcoRI and HindⅢ
2.3 最小抑菌濃度的測(cè)定 美洛培南對(duì)NDM-1鮑曼不動(dòng)桿菌、E.coli DH5α(pMD18-T::blaNDM-1)及大腸桿菌E.coli DH5α最小抑菌濃度的測(cè)定結(jié)果為NDM-1鮑曼不動(dòng)桿菌廈門株:128μg/mL;E.coli DH5α(pMD18-T::blaNDM-1):32μg/mL;E.coli DH5α:0.03125μg/mL。
金屬-β-內(nèi)酰胺酶基因可通過(guò)染色體和轉(zhuǎn)移基因在不同細(xì)菌間傳遞,造成廣泛耐藥,多種重要的獲得性 MBLs(IMP,VIM,SPM,GIM,SIM)都是由質(zhì)粒介導(dǎo)和可轉(zhuǎn)移基因編碼[4]。獲得性 MBLs不僅分布于腸桿菌科細(xì)菌、銅綠假單胞菌和不動(dòng)桿菌中,還可通過(guò)質(zhì)?;蛘献釉诓煌?、種屬間傳播[5],因此產(chǎn)獲得性MBLs的革蘭陰性桿菌被公認(rèn)為極其重要的多重耐藥病原體[6],給感染性疾病的臨床治療帶來(lái)嚴(yán)峻的挑戰(zhàn)。
藥敏實(shí)驗(yàn)結(jié)果顯示,本研究NDM-1鮑曼不動(dòng)桿菌對(duì)青霉素類、頭孢菌素類、頭霉素類等β-內(nèi)酰胺類和碳青霉烯類抗生素均耐藥,對(duì)氨基糖苷類抗生素及喹諾酮類抗生素敏感。β-內(nèi)酰胺類是處理嚴(yán)重傳染病中主要的抗生素,與碳?xì)涿瓜╊惪股貐f(xié)同應(yīng)用效果更好,由于碳?xì)涿瓜╊愒趥魅静≈委熒洗罅渴褂?,是?dǎo)致超廣譜β-內(nèi)酰胺酶在腸桿菌科細(xì)菌產(chǎn)生和擴(kuò)散的主要原因[6]。
本實(shí)驗(yàn)將NDM-1鮑曼不動(dòng)桿菌編碼碳青霉烯酶的blaNDM-1結(jié)構(gòu)基因及其上下游調(diào)控序列克隆轉(zhuǎn)化至大腸桿菌E.coli DH5α。序列分析結(jié)果表明,該菌株blaNDM-1基 因 與 NDM-1 大 腸 桿 菌 香 港 株blaNDM-1基因序列同源性為100%,其結(jié)構(gòu)基因與NDM-1克雷伯氏菌印度分離株同源性也是100%,但在blaNDM-1結(jié)構(gòu)基因的下游和trpF之間有24bp的插入片段。這段24bp的插入片段至少在耐藥基因溯源上具有重要價(jià)值,還極有可能具有特殊的生物學(xué)意義,值得深入研究。
野生菌株及重組菌株對(duì)美洛培南(碳青霉烯類抗生素)最小抑菌濃度測(cè)定結(jié)果顯示,獲得了blaNDM-1基因的E.coli DH5α重組菌株對(duì)美洛培南的MIC升高了256倍,證明了blaNDM-1基因是碳青霉烯類抗生素耐藥性產(chǎn)生的分子基礎(chǔ)。E.coli DH5α(pMD18-T::blaNDM-1)對(duì)美洛培南的 MIC值仍然比NDM-1鮑曼不動(dòng)桿菌低4倍,可能的原因是該株NDM-1鮑曼不動(dòng)桿菌還存在其他耐藥機(jī)制,能夠協(xié)同抵抗此類抗生素的作用。
鮑曼不動(dòng)桿菌(Acinetobacter baumannii,Ab)是不動(dòng)桿菌屬中最常見(jiàn)的一種革蘭陰性球桿菌,屬于條件致病菌,常常引起醫(yī)院相關(guān)感染[7]。從醫(yī)院環(huán)境分離的鮑曼不動(dòng)桿菌,往往對(duì)多種抗生素耐藥,常被稱為“革蘭氏陰性耐甲氧西林金黃色葡萄球菌(Gram-negative MRSA)”[8]。 因 此,這 些 獲 得 了NDM-1質(zhì)粒的鮑曼不動(dòng)桿菌,可使醫(yī)院發(fā)生相關(guān)感染的危害程度增加,治療更加困難。由于blaNDM-1基因在多種腸桿菌科細(xì)菌中被發(fā)現(xiàn)[9],說(shuō)明此基因可以在不同細(xì)菌間轉(zhuǎn)移,這樣就可能使得更多的細(xì)菌攜帶此基因。因此,攜帶blaNDM-1基因的細(xì)菌有可能給人類造成重大的健康威脅。
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