王清酈,孫啟忠,趙淑芬,郭艷艷,周國棟
(1.中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院研究生院,北京 100081; 2.中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院草原研究所,內(nèi)蒙古 呼和浩特 010010;3.林西縣草原工作站,內(nèi)蒙古 林西 025025; 4.內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)生態(tài)環(huán)境學(xué)院,內(nèi)蒙古 呼和浩特 010019)
尖葉胡枝子(Lespedezahedysaroides)為中旱生草本小半灌木,在森林和森林草原帶的草甸草原群落中為優(yōu)勢種或伴生種,或為草原帶的山地灌叢伴生成分,常見于草甸草原帶的丘陵坡地、沙質(zhì)地上或林緣[1-2]。尖葉胡枝子具有抗旱、耐寒、耐瘠薄及適應(yīng)性廣等特性,是荒地造林、水土保持和土壤改良的先鋒植物,并且具有返青早、枯黃晚、葉量大、花期長、泌蜜量大、營養(yǎng)價值高、再生能力強、適口性好等特點,可用作飼料、薪炭林、蜜源植物和藥用植物[3-5]。
種子貯藏蛋白(Seed Storage Proteins,SSP),是指高等植物在種子成熟過程中合成并大量貯存的貯藏蛋白質(zhì),為植物的生長發(fā)育提供重要的碳源、氮源和硫源。貯藏蛋白質(zhì)占種子總蛋白含量的60%~80%,豆科植物中總蛋白含量較高,已成為人類除肉類外重要的蛋白質(zhì)來源[6-8]。種子貯藏蛋白根據(jù)溶解特性可分為四大類,即溶于水的清蛋白、鹽溶蛋白(包括白蛋白和球蛋白)、醇溶蛋白和溶于稀酸或稀堿溶液的谷蛋白。蛋白的組成由基因決定、幾乎不受外界環(huán)境的影響,蛋白組分的差異可以反映出基因型的不同,因此,種子貯藏蛋白也被稱為生化“指紋”[9]。研究種子貯藏蛋白的方法有多種,蛋白質(zhì)電泳譜帶具有較高的多態(tài)性、專一性和穩(wěn)定性,在植物的生化水平遺傳多樣性研究、品種鑒定、種群或居群間的遺傳變異以及遺傳結(jié)構(gòu)的研究等方面得到了廣泛應(yīng)用[10-11]。十二烷基磺酸鈉聚丙烯酰胺凝膠電泳(SDS-PAGE)因其多種優(yōu)良特性而得到研究者的青睞,如電泳速度只與分子量大小有關(guān)、電泳結(jié)果穩(wěn)定、不受貯藏年限和外界環(huán)境影響等[12-13]。本試驗采用SDS-PAGE電泳技術(shù)對3個不同類型尖葉胡枝子的種子貯藏蛋白進(jìn)行比較研究,從生化水平上探討尖葉胡枝子的遺傳多樣性,從而了解胡枝子屬的遺傳背景,以期為胡枝子屬種質(zhì)資源的研究和合理開發(fā)利用提供方法依據(jù)[14]。
1.1試驗區(qū)自然概況 試驗地設(shè)在赤峰市林西縣城北5 km處的農(nóng)研場。海拔900 m,屬于半干旱大陸性季風(fēng)氣候;年均氣溫4~5 ℃,7月最熱,平均氣溫20~22 ℃,極端最高氣溫40.4 ℃,1月最冷,平均氣溫-17~-13 ℃,極端最低氣溫-32.2 ℃,≥10 ℃積溫2 600 ℃·d,年均日照時數(shù)2 985.9 h;年均降水量320~380 mm,降水主要集中在6-8月,占全年的76.7%,年蒸發(fā)量1 800 mm以上,是降水量的4.95倍;無霜期125~130 d;土壤為栗鈣土。
1.2試驗材料 供試材料為尖葉胡枝子,有3個不同類型,其中一個類型是已經(jīng)通過審查登記的品種科爾沁尖葉胡枝子,另外2個類型是在科爾沁尖葉胡枝子多年的栽培過程中發(fā)現(xiàn)的具有穩(wěn)定遺傳的種群分化類型。以科爾沁尖葉胡枝子自命名為普通型,其他兩種根據(jù)形態(tài)特性自命名為濃綠型和高桿型。于2008年6月3日播種,播種量為6.0 kg·hm-2。行距45 cm,開溝溜種,覆土1.5~2.0 cm。苗期除草2次,播種當(dāng)年澆凍水,第2年返青后除草2遍。
1.3試驗方法 采用SDS-PAGE垂直平板電泳方法,具體操作參照《蛋白質(zhì)技術(shù)手冊》[15]。分別對各類種子貯藏蛋白(清蛋白、谷蛋白、醇溶蛋白和鹽溶蛋白)及總貯藏蛋白進(jìn)行電泳分析。
1.3.1種子貯藏蛋白的提取 不同溶劑的蛋白質(zhì)提取液配方及用量:①清蛋白提取液:去離子水,提取用量350 μL;②鹽溶蛋白提取液:0.25 mmol·L-1Na3PO4、2 mol·L-1NaCl,pH值7.0,提取用量350 μL;③醇溶蛋白提取液:75%乙醇溶液,提取用量350 μL;④谷蛋白提取液:0.2%NaOH溶液,提取用量350 μL;⑤貯藏蛋白提取液:5 mL 10%SDS,1.5 mL 2-ME,1.25 g溴酚蘭,3.44 mL甘油,2.0 mL 1 mol·L-1Tris-HCl,pH值 6.8,加雙蒸水定容到25 mL,提取用量350 μL。
取20粒種子洗凈擦干,放入研缽中研碎,置于1.5 mL離心管中,加入上述配置的蛋白提取液[16-18][其中鹽溶蛋白在加提取液之前需要進(jìn)行前處理:在加有研碎種子的離心管中加入200 μL脫脂劑(氯仿∶甲醇∶丙酮=2∶1∶1),振蕩混勻,常溫下脫脂2 h,10 000 r·min-1離心10 min,棄上清后備用,待加鹽溶蛋白提取液]。室溫振蕩浸提2 h,10 000 r·min-1離心10 min,取上清液置于4 ℃冰箱備用。以1∶1的比例加入上樣緩沖液,煮沸5 min后點樣。
1.3.2SDS-PAGE電泳 SDS-PAGE的濃縮膠濃度3%,分離膠濃度12%。各類貯藏蛋白及總的貯藏蛋白的上樣量15 μL,標(biāo)準(zhǔn)蛋白D532S(分子量6.5~200 kDa),上樣量5 μL,用北京六一電泳儀器廠生產(chǎn)的DYZ-28B型電泳槽,濃縮時電壓恒壓200 V,分離時電流恒流60 mA電泳,室溫下電泳約7 h,至指示劑跑到距底部1 cm處,電泳結(jié)束后剝下膠片,染色3~10 h,脫色至條帶清晰為止,照相并進(jìn)行統(tǒng)計[18]。
1.4統(tǒng)計分析 根據(jù)SDS-PAGE電泳的特點,蛋白質(zhì)的電泳遷移率主要取決于它的分子量,而與所帶電荷和形狀無關(guān),單體電泳遷移率與蛋白單體分子量的關(guān)系為:
lgMW=K1-bm
式中,MW為蛋白單體分子量,m為蛋白單體遷移率,K1和b為常數(shù)。
蛋白質(zhì)相對遷移率(Rf)=
通過已知分子量的標(biāo)準(zhǔn)蛋白(Protein Marker)在相同電泳條件下的遷移率,繪制出分子量與遷移率的標(biāo)準(zhǔn)曲線,然后計算供試材料的蛋白單體遷移率和分子量。對清晰蛋白質(zhì)條帶的有無進(jìn)行標(biāo)記,有為1,無為0,得出(0,1)矩陣。利用Popgene 1.31軟件進(jìn)行Nei’s遺傳距離(D)和遺傳一致度(I)分析。利用NTSYS-pc 2.1系統(tǒng)進(jìn)行聚類分析[19]。通過SAS軟件對不同提取液做差異顯著性檢驗。
利用SDS-PAGE電泳技術(shù)對3個不同類型的尖葉胡枝子種子貯藏蛋白進(jìn)行電泳,獲得清晰穩(wěn)定的遺傳蛋白圖譜(圖1)。
圖1 3個不同類型尖葉胡枝子的蛋白電泳圖譜Fig.1 Electrophoregrams of seed storage proteins of three Lespedeza hedysaroides
2.1清蛋白、谷蛋白和醇溶蛋白電泳結(jié)果 經(jīng)電泳染色、脫色后,點樣孔加入清蛋白和谷蛋白的泳道無清晰譜帶出現(xiàn),點樣孔加入醇溶蛋白的泳道中出現(xiàn)幾條痕跡很淺的條帶。
2.2鹽溶蛋白譜帶遺傳多樣性分析 3份供試材料的鹽溶蛋白質(zhì)譜帶存在差異,共檢測出19條蛋白譜帶,其中6條譜帶為穩(wěn)定表達(dá)譜帶,表達(dá)率為100%;其余13條為不同程度表達(dá)的多態(tài)性譜帶,多態(tài)性數(shù)目占總條帶的68.42%。把整個蛋白譜帶劃分為4個區(qū)域:α區(qū)、β區(qū)、γ區(qū)和ω區(qū),其中α區(qū)相對遷移率為0.7~1.0,β區(qū)相對遷移率為0.3~0.7,γ區(qū)相對遷移率為0.1~0.3,ω區(qū)相對遷移率為0~0.1。鹽溶蛋白的各區(qū)域均有條帶出現(xiàn),其中α區(qū)有4條,β區(qū)有6條,γ區(qū)有6條,ω區(qū)有3條,分子量大小13.57~154.53 KDa(表1)。
計算3個不同類型尖葉胡枝子鹽溶蛋白的Nei’s的遺傳距離和遺傳一致度(表2),普通型與濃綠型的遺傳距離最小,為0.021 3;普通型與高桿型的遺傳距離最大,為1.035 5。高桿型與普通型的遺傳一致度最小,為0.355 1,濃綠型與普通型的遺傳一致度最大,為0.978 9。
表1 3個不同類型尖葉胡枝子鹽溶蛋白電泳出現(xiàn)頻率和蛋白分子量Table 1 Frequency of bands and molecular weight of salt-soluble protein of three L. hedysaroides
表2 鹽溶蛋白 Nei’s遺傳一致度(右上角)和遺傳距離(左下角)Table 2 Nei’s of genetic identity (upper right corner) and genetic distance (lower left corner) of salt-soluble protein
根據(jù)3份供試材料的遺傳距離和遺傳一致度信息聚類得到聚類圖(圖2)。1(普通型)與2(濃綠型)之間距離系數(shù)為0.00,聚為一類;1、2與3(高桿型)的距離系數(shù)為0.56,3單獨聚為一類。
圖2 3個不同類型尖葉胡枝子的鹽溶蛋白聚類圖Fig.2 Dendrogram based on Nei’s genetic distance of salt-soluble proteins
2.3貯藏蛋白譜帶遺傳多樣性分析 3份供試材料之間的貯藏蛋白質(zhì)譜帶存在差異,共檢測到28條蛋白譜帶,其中19條譜帶為穩(wěn)定表達(dá)譜帶,表達(dá)率為100%;剩余9條為不同程度表達(dá)的多態(tài)性譜帶,多態(tài)率32.14%。α區(qū)有5條,β區(qū)有16條,γ區(qū)有7條,ω區(qū)無譜帶出現(xiàn),分子量大小12.43~107.78 KDa。
表3 3個不同類型尖葉胡枝子貯藏蛋白電泳出現(xiàn)頻率和蛋白分子量Table 3 Frequency of bands and molecular weinght of storage protein of three L.hedysaroides
計算3個不同類型尖葉胡枝子貯藏蛋白的Nei’s遺傳距離和遺傳一致度(表4),普通型與濃綠型的遺傳距離最小,為0.025 1;普通型與高桿型的遺傳距離最大,為0.238 2。高桿型與普通型的遺傳一致度最小,為0.788 0;濃綠型與普通型的遺傳一致度最大,為0.975 2。
表4 貯藏蛋白 Nei’s遺傳一致度(右上角)和遺傳距離(左下角)Table 4 Nei’s of genetic identity (upper right corner) and genetic distance (lower left corner) of seed storage protein
根據(jù)3份供試材料的貯藏蛋白聚類結(jié)果可知(圖3),1(普通型)與2(濃綠型)之間距離系數(shù)為0.02,聚為一類;1、2與3(高桿型)的距離系數(shù)為0.10,3單獨聚為一類。
圖3 3個不同類型尖葉胡枝子的貯藏蛋白聚類圖Fig.3 Dendrogram based on Nei’s genetic distance of seed storage protein
2.4不同提取液的遺傳系數(shù)方差分析 對鹽溶蛋白和貯藏蛋白提取液的遺傳距離和遺傳一致度進(jìn)行方差分析,結(jié)果顯示兩種提取液的遺傳系數(shù)之間沒有顯著差異(P>0.05)。
蛋白質(zhì)作為基因表達(dá)的直接穩(wěn)定產(chǎn)物,能在生化水平上反映DNA組成上的差異,種子貯藏蛋白在種子細(xì)胞內(nèi)的積累、含量高低及組分的變化受相關(guān)基因的嚴(yán)格調(diào)控[20]。因此,種子貯藏蛋白被廣泛應(yīng)用于種質(zhì)資源的研究中,包括新品種登記和保護(hù)、品種親緣關(guān)系和分類研究以及構(gòu)建蛋白質(zhì)指紋圖譜等方面[21-22]。趙楊等[16]通過對二色胡枝子(L.bicolor)種子貯藏蛋白的研究發(fā)現(xiàn),14個居群貯藏蛋白電泳總譜帶數(shù)為28條,總多態(tài)帶為23條,多態(tài)帶率82.14%,胡枝子總遺傳多樣性指數(shù)為0.255,居群內(nèi)平均遺傳多樣性指數(shù)為0.136,占總遺傳多樣性指數(shù)的53.33%,說明居群內(nèi)變異是胡枝子基因結(jié)構(gòu)變異的主要來源。此外,各居群間也存在較高的遺傳分化。閆偉紅等[18]通過對40個野生居群的胡枝子屬植物種貯蛋白研究表明,供試材料的種貯蛋白譜帶的多態(tài)性達(dá)90.6%,這說明胡枝子屬植物無論在種間還是種內(nèi)都具有豐富的蛋白質(zhì)多態(tài)性。通過對胡枝子屬的蛋白質(zhì)電泳研究可以發(fā)現(xiàn),遺傳變異大多來自胡枝子屬種內(nèi)或居群間,推斷導(dǎo)致遺傳變異的可能原因是長期生物進(jìn)化而積累的遺傳物質(zhì)的變異以及由于優(yōu)勝劣汰而逐漸適應(yīng)生境的不同生態(tài)型之間的差異。
對3個不同類型尖葉胡枝子的蛋白電泳譜帶位點進(jìn)行統(tǒng)計,不同提取液所獲得的蛋白譜帶各不相同。其中使用去離子水和0.2%NaOH溶液提取的尖葉胡枝子種子清蛋白和谷蛋白幾乎沒有或者含量甚微,使用75%乙醇溶液提取的尖葉胡枝子種子醇溶蛋白含量較少,在此不做詳細(xì)討論。利用鹽溶蛋白和貯藏蛋白提取液所得的總蛋白譜帶的分子量介于12.43~154.53 KDa,相對遷移率0.05~0.94。從電泳結(jié)果可以看出,鹽溶蛋白的γ區(qū)域是譜帶顏色、寬窄和多態(tài)性位點差異最明顯的區(qū)域;β區(qū)是貯藏蛋白均勻表達(dá)穩(wěn)定且集中的區(qū)域,γ區(qū)是譜帶多態(tài)性位點出現(xiàn)差異的區(qū)域[23-24]。鹽溶蛋白的蛋白譜帶總數(shù)為19條,多態(tài)率為68.42%,貯藏蛋白的為28條,多態(tài)率為32.14%,說明3份材料的鹽溶蛋白的條帶位點少于貯藏蛋白而種內(nèi)變異大于貯藏蛋白。聚類結(jié)果表明,利用鹽溶蛋白和貯藏蛋白獲得的蛋白質(zhì)圖譜能很好地區(qū)分鑒別3個不同類型的尖葉胡枝子,通過對鹽溶蛋白和貯藏蛋白的遺傳一致度進(jìn)行方差分析,結(jié)果顯示兩者之間沒有顯著差異。供試材料分為兩類:一類為普通型和濃綠型尖葉胡枝子;另一類為高桿型尖葉胡枝子,這從生化水平上證明高桿型尖葉胡枝子是尖葉胡枝子的種內(nèi)變異種。鹽溶蛋白是豆科植物種子中主要的貯藏蛋白質(zhì)[25],且譜帶的多態(tài)性和分辨率較高,建議使用鹽溶蛋白對胡枝子屬植物的種內(nèi)(居群內(nèi))變異進(jìn)行遺傳多樣性進(jìn)行研究,效果更好。
[1] Pirie N W.Leaf Protein and Its By-product in Human and Ani-mal Nutrition[M].Cambridge:Cambridge University Press,1987:125-138.
[2] 中國科學(xué)院中國植物志編輯委員會.中國植物志:第四十一卷[M].北京:科學(xué)技術(shù)出版社,1995:131-158.
[3] 孫啟忠,韓建國,桂榮,等.科爾沁沙地達(dá)烏里胡枝子生物量研究[J].中國草地,2001,21(4):21-26.
[4] 內(nèi)蒙古植物志編委委員會.內(nèi)蒙古植物志[M].呼和浩特:內(nèi)蒙古人民出版社,1989:347-358.
[5] 馬彥軍,曹致中,李毅.胡枝子屬植物研究進(jìn)展[J].草業(yè)科學(xué),2010,27(10):128-134.
[6] 韓寶達(dá),李立新.植物種子貯藏蛋白質(zhì)及其細(xì)胞內(nèi)轉(zhuǎn)運與加工[J].植物學(xué)報,2010,45(4):492-505.
[7] Fuji K,Shimada T,Takahashi H,etal.Arabidopsisvacuolar sorting mutants (green fluorescent seed) can be identified efficiently by secretion of vacuole-targeted green fluorescent protein in their seeds[J].Plant Cell,2007,19:597-609.
[8] Duranti M,Consonni A,Magni C,etal.The major proteins of lupin seed:characterization and molecular properties for use as functional and nutraceutical ingredients[J].Trends in Food Science & Technology,2008,19:624-633.
[9] 蘭海燕,李立會.蛋白質(zhì)凝膠電泳技術(shù)在作物品種鑒定中的應(yīng)用[J].中國農(nóng)業(yè)科學(xué),2002,35(8):916-920.
[10] 夏蘭琴,蔣尤泉,閻福林.扁蓿豆遺傳多樣性的研究[J].中國草地,1997(2):30-35.
[11] 郭江波,趙來喜.中國苜蓿育成品種遺傳多樣性及親緣關(guān)系研究[J].中國草地,2004,26(1):9-14.
[12] Webfr K,Osborn M.Proteins and sodium dodecyl sulfate,molecular weight determination on polyacrylamide gels and related procedures[A].The Proteins[M].NewYork:Academic Press,1975:180-206.
[13] 李擁軍,蘇加楷.中國苜蓿地方品種親緣關(guān)系的研究[J].草業(yè)學(xué)報,1999,8(1):31- 41.
[14] 黃秀麗,莊東紅,胡忠,等.南瓜屬4個栽培種種子蛋白質(zhì)電泳分析[J].武漢植物學(xué)研究2005,23(2):183-187.
[15] 汪家政,范明.蛋白質(zhì)技術(shù)手冊[M].北京:科學(xué)出版社,2008:77-90.
[16] 趙楊,駢瑞琪,陳曉陽,等.二色胡枝子種子儲藏蛋白多樣性研究[J].西北植物學(xué)報,2007,27(9):1767-1771.
[17] 孫雁,朱有勇,朱永平,等.蛋白質(zhì)電泳在豌豆品種鑒定中的應(yīng)用[J].種子,2004,23(2):24-26.
[18] 閆偉紅,徐柱,師文貴,等.胡枝子屬植物40個野生居群種子蛋白譜帶多樣性研究[J].草業(yè)科學(xué),2007,24(5):58-63.
[19] 劉曉云,戴燕燕,郭振國,等.三葉草根瘤菌SDS-PAGE分析及結(jié)瘤試驗分子驗證[J].草業(yè)科學(xué),2010,27(1):79-84.
[20] Kim W T,Okita T W.Expression of storage protein multigene families in developing rice endosperm[J].Plant cellphysiol,1993,34(4):374-378.
[21] Huaman Z.Stegemann H.Use of electrophoresis analyses to verify morphologically identical clones in a potato collection[J].Plant Varieties and Seeds,1989(2):155-161.
[22] 顏啟傳,鄧光聯(lián),支巨振.農(nóng)作物品種電泳鑒定手冊[M].上海:上??茖W(xué)技術(shù)出版社,1998:1-8.
[23] 葛榮朝,趙寶存,李薇.利用鹽溶蛋白PAGE電泳法檢測玉米種子的研究[J].華北農(nóng)學(xué)報,2007,22(4):91-93.
[24] 王麗,張守華,陳新民.鹽溶蛋白電泳鑒定玉米種子純度的圖譜分析[J].種子科技,2003(5):191-192.
[25] 王文軍,景新明.種子蛋白質(zhì)與蛋白質(zhì)組的研究[J].植物學(xué)通報,2005,22(3):257-266.