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      利用孕婦血漿中胎兒游離DNA進(jìn)行無創(chuàng)傷性產(chǎn)前基因診斷的研究進(jìn)展

      2012-04-12 16:35:50鄧志輝
      實驗與檢驗醫(yī)學(xué) 2012年1期
      關(guān)鍵詞:基因座創(chuàng)傷性等位基因

      喻 瓊,鄧志輝

      (深圳市血液中心,廣東 深圳 518035)

      1997年,Lo等[1]首先發(fā)現(xiàn)孕婦血漿中存在游離(cell-free)的胎兒DNA。直接利用孕婦外周血中的胎兒DNA,對胎兒的遺傳信息進(jìn)行無創(chuàng)傷性產(chǎn)前基因診斷,因無須穿刺或中止妊娠、對胎兒無任何創(chuàng)傷、可在妊娠早期進(jìn)行、適合于繼續(xù)妊娠對象等眾多的優(yōu)點,倍受臨床圍產(chǎn)醫(yī)學(xué)研究者的關(guān)注和重視。

      孕婦血漿中胎兒游離DNA源于胎兒細(xì)胞和/或胎盤的凋亡[2,3],相對含量豐富,在妊娠早期平均為 0.022~0.46ng/ml, 妊娠晚期為 0.46~5.08ng/ml,孕中期和孕晚期的孕婦血漿DNA濃度高于孕早期[4];并且分娩后,孕婦血漿中胎兒游離DNA很快被清除,不會影響到下次孕娠。因此,胎兒游離DNA成為當(dāng)前無創(chuàng)傷性產(chǎn)前遺傳分析的重要來源。近年來,國內(nèi)、外已有較多的應(yīng)用研究文獻(xiàn)報道。

      1 性別遺傳鑒定

      目的是為了避免X-連鎖隱性遺傳性疾病,以利于優(yōu)生優(yōu)育。目前X連鎖隱性遺傳病有200多種,如杜興肌營養(yǎng)不良,女性攜帶者和正常男性婚配,女嬰為攜帶者的風(fēng)險為50%;而男嬰則有50%的患病風(fēng)險。在性別遺傳鑒定方面的研究,開展較早,國內(nèi)外報道較多。如采用PCR技術(shù)、巢式PCR技術(shù)、熒光定量PCR方法檢測Y染色體上的SRY基因、鋅指蛋白基因(Zinc finger protein,Y-encoded,ZFY),以及采用PCR復(fù)合擴(kuò)增和熒光法基因掃描檢測Y-STR等位基因,總符合率與孕周、血漿DNA提取方法及采用的檢測技術(shù)等相關(guān),業(yè)已報道的總符合率介于90%~100%[5-8]。

      2 RhD陰性孕婦的Rh(D)基因檢測

      除胎兒性別鑒定外,首先引起研究者重視的是:Rh陰性孕婦的Rh(D)基因檢測[9]。Lo等采用熒光定量PCR技術(shù),檢測12名早孕期、30名中孕期和15名晚孕期RhD陰性孕婦的血漿DNA,除2名早孕期的樣本因模板DNA量少、出現(xiàn)假陰性外,其余的55例樣本的Rh(D)檢測結(jié)果完全正確[4]。此后的研究者以Rh(D)基因的不同區(qū)域作為靶基因,相繼開展了研究工作,取得了較為可靠的結(jié)果[10-13],特別是中孕期以后孕婦樣本。

      3 常染色體STR及X染色體STR基因座檢測

      直接利用孕婦血漿總DNA,采用熒光法復(fù)合擴(kuò)增檢測胎兒的常染色體STR等位基因,可獲得男嬰或女嬰的STR遺傳多態(tài)性信息。熒光法的檢測所需模板DNA量少、檢測靈敏度高、人為因素造成的誤差小。Pertl等[14]自行合成、標(biāo)記熒光引物,建立復(fù)合擴(kuò)增系統(tǒng),檢測12對母-子對,9個STR位點中至少可檢出4個父源性胎兒STR等位基因,檢出率為80%。Nelson等[15]采用熒光法單個位點擴(kuò)增GATA72E05等5個X-STR基因座,檢測25例孕娠女嬰的孕婦血漿DNA,19例(76%)至少檢出了一個胎兒特異性等位基因,并建議中孕期的孕婦血漿DNA可用于STR遺傳分析。

      以往的研究[14,15]只能證實:可以檢測到孕婦不具有的、父源性胎兒STR等位基因(Informative STR allele),但不能得到明確的胎兒STR基因型;胎兒DNA組分占孕婦血漿總DNA的比例少,若檢出的STR基因峰值低、又恰好處在母親的STR等位基因影子帶的位置,則難于區(qū)分是胎兒的STR基因峰,還是母源性STR等位基因的影子帶。因此,根據(jù)胎兒游離DNA與母源性DNA分子大小的差異,探索有效方法,從孕婦血漿總DNA中富集胎兒DNA,減少母源性DNA的干擾,可顯著提高胎兒特異性的STR或X-STR基因峰的峰高,Li Ying等[16]研究結(jié)果可證明這一點。

      4 Y染色體特異STR基因座分型

      人類Y染色體特異STR基因座(Y-STR),為人類男性所特有,理論上與正常女性DNA的反應(yīng)結(jié)果為陰性;特別是在女性DNA含量較高的背景下,受女性成分的干擾小,因而在法醫(yī)DNA物證鑒定及無創(chuàng)傷性產(chǎn)前分子遺傳診斷中具有特殊應(yīng)用價值。鄧志輝等[7]采用ReliageneTMY-PLEX 6熒光復(fù)合擴(kuò)增系統(tǒng)中的6個Y-STR基因座,檢測53份孕期為11~36孕周的孕婦血漿DNA,結(jié)果29例孕男嬰的孕婦血漿DNA均檢測出清晰的Y-STR等位基因,每例平均檢出1.8個基因峰,檢出的等位基因與對照組中“丈夫”的Y-STR基因一致。而24例孕女嬰的孕婦血漿DNA均未檢測出Y-STR特異性等位基因。研究還發(fā)現(xiàn):擴(kuò)增產(chǎn)物片段較短的基因座,等位基因檢出率較高,如DYS393基因座PCR產(chǎn)物大小為113~139 bp,檢出率為100%(29/29);而PCR產(chǎn)物片段較長的基因座,檢出率較低,說明了胎兒DNA主要是短片段DNA分子組成;改變PCR反應(yīng)體系和擴(kuò)增條件,如增加PCR反應(yīng)中模板DNA量、增加DNA聚合酶用量、增加PCR循環(huán)數(shù)、采用二次PCR擴(kuò)增,均未能提高YSTR等位基因的檢出率。

      根據(jù)胎兒DNA的分子特征,設(shè)計PCR引物,進(jìn)一步縮短Y-STR擴(kuò)增產(chǎn)物的片段長度,采用擴(kuò)增產(chǎn)物片段長度在180 bp以下的9個Y-STR基因座組成熒光復(fù)合擴(kuò)增系統(tǒng),檢測30例孕娠男嬰、34例孕娠女嬰的孕婦血漿DNA[8],結(jié)果孕娠男嬰的孕婦血漿DNA,可檢出4-9個Y-STR等位基因,平均每例檢出7.3個,9個等位基因全部檢出的占12/30;大大提高了Y-STR等位基因的檢出率[8]。研究表明:Y-STR分型除了可應(yīng)用于胎兒性別遺傳鑒定外,還可獲得男性胎兒遺傳多態(tài)性信息,可應(yīng)用于孕娠男嬰孕婦的無創(chuàng)傷性產(chǎn)前親子鑒定的排除。

      5 非整倍性染色體病

      Lo等[17]采用定量PCR技術(shù)檢測Y染色體特異DNA序列,發(fā)現(xiàn)孕婦血漿中21染色體三體綜合癥(唐氏綜合癥)胎兒的DNA濃度顯著升高(1.97倍以上);Farina等[18]報道孕婦血漿中唐氏綜合癥胎兒的DNA平均濃度為對照組的1.7倍;根據(jù)孕婦血漿中胎兒DNA濃度增高并結(jié)合其它業(yè)已建立的血清生化指標(biāo),為21三體綜合癥的篩查提供了可能[9]。研究還發(fā)現(xiàn):孕婦血漿中13三體綜合癥胎兒DNA濃度顯著升高[19],但18三體綜合癥胎兒游離DNA的濃度與正常對照組差異不大[19,20];說明不同的胎盤病理條件下,導(dǎo)致胎兒DNA水平的差異。

      6 存在的問題和展望

      直接利用孕婦血漿中胎兒游離DNA進(jìn)行無創(chuàng)傷性產(chǎn)前基因診斷,簡便實用,具有廣泛的應(yīng)用前景。業(yè)已開展了胎兒性別鑒定、父源性血型基因檢測、各類STR遺傳標(biāo)記檢測、胎兒非整倍體病的診斷等應(yīng)用研究,但當(dāng)前尚難于作為成熟的技術(shù)獨立應(yīng)用于臨床。

      如何避免母源性DNA的干擾,是影響實驗成功的關(guān)鍵因素之一。孕婦血漿總DNA,其中大部分為母源性DNA,只有少部分 (約5~7%)為胎兒DNA[2,4]。在以PCR為基礎(chǔ)的分子遺傳診斷中,混合DNA樣本中兩種不同DNA組分所占的比例是至關(guān)重要的,含量高的模板DNA組分會產(chǎn)生優(yōu)勢擴(kuò)增,而胎兒DNA含量少(如小于5%),可能會被漏檢。此外,源于胎兒細(xì)胞和胎盤細(xì)胞經(jīng)凋亡產(chǎn)生的DNA分子的片段大小,不同于母體血漿DNA分子。母血中胎兒DNA的片段長度要短于母源性DNA,>99%胎兒 DNA的片段長度在 313bp以下[14,21]。若以100bp SRY序列的相對濃度為100%,則137bp時相對濃度占67%,193bp僅占20%,而313bp時未檢出[21]。因此,孕婦血漿中胎兒DNA不僅是濃度和純度較低,而且主要是短片段DNA分子,這在進(jìn)行無創(chuàng)性產(chǎn)前分子基因診斷中是不能忽視的。

      大規(guī)模并行基因組測序技術(shù)(massively parallel genomic sequencing)能夠檢測大量的DNA片段[22],已應(yīng)用于唐氏綜合癥的診斷研究[23,24]。近年來,Lo等[25]直接利用孕婦的血漿DNA進(jìn)行全基因組測序,獲得了完整的胎兒及孕婦的基因組序列,構(gòu)建了全基因組遺傳圖譜,為直接利用胎兒游離DNA開展無創(chuàng)傷性產(chǎn)前基因診斷開辟了新途徑,具有廣泛的應(yīng)用前景。隨著母血中DNA、mRNA等基礎(chǔ)研究的深入,以及生物醫(yī)學(xué)技術(shù)的進(jìn)步,無創(chuàng)傷性產(chǎn)前胎兒分子遺傳診斷將不斷取得新的突破,從而對臨床和法醫(yī)DNA物證鑒定等產(chǎn)生深遠(yuǎn)影響。

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