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      具有差向選擇性還原(R)-6-氰基-5-羥基-3-羰基己酸叔丁酯活性的微生物菌株篩選和鑒定

      2013-10-25 06:25:10盛駿楨王亞軍鄭裕國(guó)
      生物加工過(guò)程 2013年1期
      關(guān)鍵詞:氰基己酸還原酶

      盛駿楨,王亞軍,羅 希,鄭裕國(guó)

      (浙江工業(yè)大學(xué) 生物工程研究所 生物轉(zhuǎn)化與生物凈化教育部工程研究中心,杭州 310014)

      他汀類藥物作為一類高效的降血脂藥物,能夠競(jìng)爭(zhēng)性抑制羥甲基戊二酰輔酶A(HMG-CoA)還原酶,限制膽固醇生物合成[1],是全球銷量最高的降血脂藥物[2]。作為合成阿托伐他汀藥效基團(tuán)的關(guān)鍵手性中間體,6-氰基-(3R,5R)-二羥基己酸叔丁酯的合成是生產(chǎn)阿托伐他汀的關(guān)鍵技術(shù)[3]?;瘜W(xué)法合成6-氰基-(3R,5R)-二羥基己酸叔丁酯存在能耗大、溶劑消耗高和產(chǎn)物光學(xué)純度低等缺陷,利用生物催化的高效率、高立體選擇性和環(huán)境友好等特性,開(kāi)發(fā)6-氰基-(3R,5R)-二羥基己酸叔丁酯手性生物合成技術(shù)具有重要的意義,也逐漸成為研究熱點(diǎn)[4-5]。

      羰基還原酶在生物催化反應(yīng)中具有空間選擇性的特點(diǎn),因而為生物催化還原酮酯制備光學(xué)純?chǔ)拢u基酯提供了一條有效的途徑[6]。然而,在立體化學(xué)方面大多數(shù)天然羰基還原酶催化的非對(duì)稱還原大多遵守Prelog法則,具有反Prelog法則的羰基還原酶相對(duì)較少,反Prelog法則立體選擇性酶的精確機(jī)理也尚未解析[7-8]。筆者所在課題組成功篩選得到具有非對(duì)映選擇性還原 (R)-6-氰基-5-羥基 -3-羰基己酸叔丁酯活性的菌株 ZJB-09225,對(duì)其進(jìn)行菌種鑒定,并研究其催化性能,以建立6-氰基-(3R,5R)-二羥基己酸叔丁酯的生物催化合成工藝(圖1)。

      圖1 羰基還原酶不對(duì)稱還原(R)-6-氰基-5-羥基-3-羰基己酸叔丁酯制備6-氰基-(3R,5R)-二羥基己酸叔丁酯Fig.1 Enzymatic conversion of t-butyl 6-cyano-(5R)-hydroxy-3-oxohexanoate to t-butyl 6-cyano-(3R,5R)-dihydroxyhexanoate by ketoreductase.

      1 材料與方法

      1.1 實(shí)驗(yàn)材料

      1.1.1 試劑

      6-氰基-(3R,5R)-二羥基己酸叔丁酯標(biāo)準(zhǔn)品購(gòu)自Toronto化學(xué)制品研究公司,(R)-6-氰基-5-羥基 -3-羰基己酸叔丁酯(質(zhì)量分?jǐn)?shù)約73.5%)由浙江新東港藥業(yè)股份有限公司饋贈(zèng)。麥芽浸粉和瓊脂為市售生化材料。其他化學(xué)試劑均為市售色譜純或分析純?cè)噭?/p>

      2,4-二硝基苯肼溶液:稱取0.60 g 2,4-二硝基苯肼,溶解于15.0 mL濃H2SO4。充分溶解后,與90.0 mL 73.9%乙醇水溶液混合,加水定容至100.0 mL,即為6.0 g/L 2,4-二硝基苯肼溶液。

      1.1.2 培養(yǎng)基組成

      富集培養(yǎng)基:豆芽汁培養(yǎng)基(50.0 g葡萄糖,黃豆芽100.0 g煮沸30 min,過(guò)濾后加水補(bǔ)足至1.0 L,pH自然),滅菌后加入22.8 g(R)-6-氰基-5-羥基-3-羰基己酸叔丁酯。

      斜面與平板培養(yǎng)基:豆芽汁培養(yǎng)基(50.0 g葡萄糖,黃豆芽100.0 g煮沸30 min,過(guò)濾后加水補(bǔ)足至1.0 L,pH自然),瓊脂質(zhì)量濃度為20.0 g/L。

      發(fā)酵培養(yǎng)基(1 L):麥芽浸粉30.0,葡萄糖20.0,(NH4)2HPO41.0,K2HPO4·3H202.28,NaCl 1.0,CuSO43.0 mg;pH 7.0。

      1.2 實(shí)驗(yàn)方法

      1.2.1 菌株篩選

      土樣采集自江浙一帶的果園、食品廠及制藥廠等地。稱取 1.0 g土樣,分散到 10.0 mL、0.85%生理鹽水溶液中,充分混勻;移取1.0 mL菌懸液接種至29.0 mL含100 mmol/L(R)-6-氰基-5-羥基-3-羰基己酸叔丁酯富集培養(yǎng)基;在28℃、150 r/min條件下,搖床振蕩培養(yǎng)至培養(yǎng)液變渾濁;按照體積分?jǐn)?shù)3.0%接種量轉(zhuǎn)接到新鮮的無(wú)菌富集培養(yǎng)基中,繼續(xù)在28℃、150 r/min條件下?lián)u床振蕩培養(yǎng)至培養(yǎng)液渾濁。連續(xù)富集3次后對(duì)富集培養(yǎng)物逐級(jí)稀釋、涂布到固體平板上,30℃培養(yǎng)至形成明顯的單菌落。將平板上形成的單菌落通過(guò)無(wú)菌牙簽接種到無(wú)菌豆芽汁培養(yǎng)基中。30℃、150 r/min條件下培養(yǎng)2 d,收集發(fā)酵液。各取0.75 mL菌液與等體積30%(體積分?jǐn)?shù))甘油于EP管內(nèi)混合,-20℃保藏。

      移取20.0 mL發(fā)酵液,12000 r/min離心,收集菌體并用生理鹽水洗滌2次。細(xì)胞分散于10.0 mL、pH 7.0磷酸緩沖液(50.0 mmol/L)中,加入0.10 g(R)-6-氰基-5-羥基-3-羰基己酸叔丁酯,充分混合后置于30℃水浴搖床,反應(yīng)24 h。轉(zhuǎn)化液12000 r/min離心5 min,上清液采用0.45 μm微濾膜過(guò)濾,濾液采用2,4-二硝基苯肼法[9]、HPLC分析,計(jì)算各株菌的羰基還原酶活性。

      1.2.2 菌體生理生化及分子鑒定

      利用Vetik 2 Compact自動(dòng)微生物鑒定系統(tǒng),考察菌株對(duì)46種鑒定試驗(yàn)的鑒定結(jié)果。將菌株接種到酵母平板培養(yǎng)基,30℃恒溫培養(yǎng)2 d,用無(wú)菌棉簽拭轉(zhuǎn)移形態(tài)相似菌落至無(wú)菌水中,利用濁度計(jì)調(diào)節(jié)菌懸液濁度至1.8~2.2麥?zhǔn)蠁挝?。移取菌懸液至鑒定卡,培養(yǎng)18 h后置于 Vetik 2自動(dòng)微生物鑒定系統(tǒng)分析。

      分子鑒定首先提取ZJB-09225的基因組DNA。利用引物pITS1:5'-TCCGTAGGTGAACCTGCGG-3'和 pITS4:5'- TCCTCCGCTTATTGATATGC -3',在PCR儀PTC-200(Bio-Rad,USA)進(jìn)行擴(kuò)增,條件如下:95℃ 4 min;94℃ 50 s,55℃ 1 min,72℃ 1.5 min,35個(gè)循環(huán);72℃ 10 min。擴(kuò)增產(chǎn)物瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè),并用AxyPrep DNA凝膠回收試劑盒從瓊脂糖凝膠中回收DNA。根據(jù)T/A克隆步驟(Takara,日本),將得到的目的基因與pMD18-T載體連接[10]。獲得的重組質(zhì)粒導(dǎo)入感受態(tài)E.coli JM109[11],然后接種在含有50 μg/mL氨芐青霉素的LB平板上培養(yǎng),陽(yáng)性克隆標(biāo)記為E.coli JM109/pMD18-T-ZJB-09225。E.coli JM109/pMD18-T-ZJB-09225接種在含有50 μg/mL氨芐青霉素的LB培養(yǎng)基,37℃過(guò)夜培養(yǎng),收集菌體,采用AxyPrep質(zhì)粒DNA試劑盒提取質(zhì)粒,測(cè)序,并與GenBank中的基因序列進(jìn)行對(duì)比。18S rDNA全序列用 CLUSTAL W ver.1.81 A 軟件包排序,使用MEGA version 2.1軟件計(jì)算進(jìn)化距離,利用Neighour-Joining法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)。

      1.2.3 轉(zhuǎn)化條件

      取1.0 g P.caribbic ZJB-09225細(xì)胞分散于10.0 mL含20.0 g/L葡萄糖酸鈉的磷酸緩沖液(pH 7.0,50 mmol/L)中,加入(R)-6-氰基 -5-羥基-3-羰基己酸叔丁酯(終質(zhì)量濃度14.0 g/L)。混勻后于30℃反應(yīng)3 h。轉(zhuǎn)化液12000 r/min離心10 min,上清液經(jīng)0.45 μm微濾膜過(guò)濾。取澄清濾液測(cè)定生成的6-氰基-(3R,5R)-二羥基己酸叔丁酯濃度和殘余(R)-6-氰基-5-羥基-3-羰基己酸叔丁酯濃度。

      1.2.4 高底物濃度下的轉(zhuǎn)化條件

      取10.0 g P.caribbic ZJB-09225細(xì)胞分散于100.0 mL含20.0 g/L葡萄糖酸鈉的磷酸緩沖液(pH7.5,50 mmol/L)中,加入50 g/L(R)-6-氰基-5-羥基-3-羰基己酸叔丁酯?;靹蚝笥诖帕嚢桢亙?nèi)反應(yīng)12 h,溫度35℃,轉(zhuǎn)速300 r/min。每小時(shí)取樣 0.8 mL,加入 100.0 μL 1.0 mol/L HCl終止反應(yīng),然后再加入100 μL 1.0 mol/L NaOH溶液中和,12000 r/min離心10 min。上清液經(jīng)0.45 μm微濾膜過(guò)濾,濾液采用HPLC檢測(cè)生成的6-氰基-(3R,5R)-二羥基己酸叔丁酯濃度和殘余的(R)-6-氰基-5-羥基-3-羰基己酸叔丁酯濃度。

      1.2.5 2,4 - 二硝基苯肼顯色法

      根據(jù)2,4-二硝基苯肼顯色法工作原理[9],繪制(R)-6-氰基-5-羥基-3-羰基己酸叔丁酯工作曲線。取 20.0 μL轉(zhuǎn)化后的澄清濾液,與100.0 μL 2,4-二硝基苯肼溶液充分混合并靜置1 h,加入5.0 mL 0.8 mol/L NaOH,混勻后靜置 15 min。采用酶標(biāo)儀測(cè)定樣品在450 nm下的吸光值,計(jì)算出樣品中殘余(R)-6-氰基-5-羥基-3-羰基己酸叔丁酯的濃度。

      1.2.6 液相分析方法

      6-氰基-(3R,5R)-二羥基己酸叔丁酯及其非對(duì)映異構(gòu)體用LC-20AD型高效液相色譜儀(島津)檢測(cè)。色譜條件:液相色譜柱選擇大連依利特Hypersil ODS2 C18 柱 (4.6 mm ×250 mm,2.5 μm),流動(dòng)相為 V(乙腈)∶V(水)=1∶3,流速1.0 mL/min,柱溫40 ℃。

      產(chǎn)物6-氰基-(3R,5R)-二羥基己酸叔丁酯d.e.值按式(1)計(jì)算。

      式中:A(3R,5R)表示產(chǎn)物6- 氰基 -(3R,5R)- 二羥基己酸叔丁酯的峰面積,A(3S,5R)為6-氰基-(3S,5R)-二羥基己酸叔丁酯的峰面積。

      得率Y按式(2)計(jì)算。

      式中:c0表示(R)-6-氰基-5-羥基-3-羰基己酸叔丁酯的起始濃度,mol/L;V0為起始時(shí)反應(yīng)體系體積,L;cP為反應(yīng)生成 產(chǎn)物6-氰基-(3R,5R)-二羥基己酸叔丁酯的濃度,mol/L;V為反應(yīng)后反應(yīng)體系體積,L。

      2 結(jié)果與討論

      2.1 篩選結(jié)果

      采用顯色法進(jìn)行R-羰基還原酶菌株篩選,結(jié)果如圖2所示。由圖2可知:篩選獲得的多株菌株中,菌株ZJB-09225作用于(R)-6-氰基-5-羥基-3-羰基己酸叔丁酯的羰基還原酶活力最好,24 h轉(zhuǎn)化后殘余(R)-6-氰基-5-羥基-3-羰基己酸叔丁酯較少。通過(guò)HPLC分析檢測(cè),ZJB-09225菌株還原生成的6-氰基-(3R,5R)-二羥基己酸叔丁酯的量最高且立體選擇性較好,產(chǎn)物構(gòu)型符合反Prelog法則。

      圖2 顯色法篩選非對(duì)映選擇性還原(R)-6-氰基-5-羥基-3-羰基己酸叔丁酯活性菌株示意Fig.2 Screening strains with diastereoselective ketoreductase activity towards t-butyl 6-cyano-(5R)-hydroxyl-3-oxohexanoate using colorimetric reaction

      2.2 菌種鑒定結(jié)果

      菌株ZJB-09225細(xì)胞呈卵圓狀,細(xì)胞大小1.5 μm×2.5 μm。在豆芽汁平板上培養(yǎng)2 d,形成圓形、乳白色、不透明、中間凸起、表面光滑的菌落,直徑約3 mm(圖3)。

      圖3 菌落ZJB-09225在豆芽汁平板上的菌落形態(tài)Fig.3 Morphological characteristics of strain ZJB-09225

      ZJB-09225生理生化鑒定結(jié)果示于表1。菌株ZJB-09225對(duì)其中的33種鑒定指標(biāo)顯示陽(yáng)性反應(yīng),對(duì)其他13種鑒定指標(biāo)顯示陰性反應(yīng)(表1)?;赩etik 2 Compact自動(dòng)鑒定系統(tǒng)分析結(jié)果,菌株ZJB-09225與Pichia caribbic A標(biāo)準(zhǔn)菌株相似,相似性指數(shù)為0.980。

      表1 利用Vitek 2 Compact微生物自動(dòng)鑒定系統(tǒng)分析菌種ZJB-09225碳/氮源利用結(jié)果Table 1 Utilization of carbon and nitrogen sources by strain ZJB-09225 detected with Vitek 2 Compact system

      提取菌株ZJB-09225的18S rDNA測(cè)序。從GenBank中挑選與ZJB-0922518S rDNA序列相似的序列,采用MegAlign軟件(DNAStar公司,美國(guó))繪制進(jìn)化樹(shù)(圖4)。將獲得的序列與GenBank中保存的數(shù)據(jù)進(jìn)行相似性分析發(fā)現(xiàn),菌株ZJB-09225與Pichia caribbic(FN.428931.1)同源性最高 (100%,607 bps,18S rDNA)。因此,本實(shí)驗(yàn)鑒定的微生物屬于Pichia屬的caribbic種。結(jié)合生理生化與18S rDNA分子鑒定,菌株ZJB-09225被鑒定屬于Pichia caribbic,已遞交CCTCC保藏,保藏號(hào)CCTCC M 2012411。

      圖4 菌株ZJB-09225系統(tǒng)進(jìn)化發(fā)育樹(shù)Fig.4 Phylogenetic dendrogram for strain ZJB-09225 and related strains based on 18S rDNA sequence

      2.3 發(fā)酵時(shí)間對(duì)P.caribbic ZJB-09225細(xì)胞羰基還原酶活性的影響

      將P.caribbic ZJB-09225接種于發(fā)酵培養(yǎng)基,每隔4 h取樣分析發(fā)酵液羰基還原酶活性,結(jié)果見(jiàn)圖5。由圖5可知:培養(yǎng)時(shí)間顯著影響 P.caribbic ZJB-09225羰基還原酶體積酶活和生物量,培養(yǎng)32 h后,P.caribbic ZJB-09225發(fā)酵液體積酶活達(dá)到峰值,約7.2 U/L,生物量為8.8 g/L。

      圖5 P.caribbic ZJB-09225發(fā)酵進(jìn)程曲線Fig.5 Profiles of biomass density,volumetric activity during P.caribbic ZJB-09225 culture

      2.4 溫度和pH對(duì)P.caribbic ZJB-09225細(xì)胞羰基還原酶活性的影響

      溫度、pH對(duì)P.caribbic ZJB-09225細(xì)胞羰基還原酶活性的影響見(jiàn)圖6。由圖6(a)可知,在轉(zhuǎn)化pH7.0、轉(zhuǎn)化溫度 28 ~37 ℃范圍內(nèi),P.caribbic ZJB-09225細(xì)胞表現(xiàn)出較好的差向選擇性,產(chǎn)物d.e.值在95%左右;35℃時(shí)P.caribbic ZJB-09225細(xì)胞羰基還原酶活力達(dá)到最高,溫度超過(guò)37℃時(shí),細(xì)胞活性急劇下降。由圖6(b)可知:在35℃、pH 6.0~8.0范圍內(nèi),P.caribbic ZJB-09225細(xì)胞羰基還原酶具有較高的活性和立體選擇性,在pH 7.5磷酸緩沖液中P.caribbic ZJB-09225細(xì)胞羰基還原酶活力最高 (圖6(b))。因此,P.caribbic ZJB-09225細(xì)胞的最適作用溫度為35℃,最適作用pH為7.5。

      圖6 轉(zhuǎn)化溫度和pH對(duì)P.caribbic ZJB-09225細(xì)胞羰基還原酶活性的影響Fig.6 Temperature and pH dependence of P.caribbic ZJB-09225 ketoreductase

      2.5 P.caribbic ZJB-09225立體選擇性還原高濃度6-氰基-(3R,5R)-二羥基己酸叔丁酯

      P.caribbic ZJB-09225立體選擇性還原 50.0 g/L(R)-6-氰基-5-羥基-3-羰基己酸叔丁酯的進(jìn)程曲線見(jiàn)圖7。由圖7可知:轉(zhuǎn)化3 h,產(chǎn)物6-氰基 -(3R,5R)-二羥基己酸叔丁酯得率為3.4%,產(chǎn)物d.e.值99.5%以上,幾乎檢測(cè)不到反式6-氰基-(3,5)-二羥基己酸叔丁酯形成。轉(zhuǎn)化12 h后,產(chǎn)物6-氰基-(3R,5R)-二羥基己酸叔丁酯得率達(dá)19.4%,產(chǎn)物d.e.值94.3%,提高(R)-6-氰基-5-羥基-3-羰基己酸叔丁酯轉(zhuǎn)化率導(dǎo)致6-氰基-(3R,5R)-二羥基己酸叔丁酯d.e.值降低。

      圖7 P.caribbic ZJB-09225還原生成6-氰基-(3R,5R)-二羥基己酸叔丁酯的反應(yīng)進(jìn)程曲線Fig.7 Time course of 6-cyano-(3R,5R)-dihydroxylhexanoate formation catalyzed by P.caribbic ZJB-09225

      3 結(jié)論

      從土壤中篩選得到具有不對(duì)稱還原6-氰基-(3R,5R)-二羥基己酸叔丁酯的羰基還原酶菌株ZJB-09225。經(jīng)過(guò)生理生化和分子遺傳學(xué)鑒定,確定該菌株屬于Pichia caribbic。P.caribbic ZJB-09225發(fā)酵32 h后羰基還原酶活性達(dá)到最高值,體積酶活約7.2 U/L,P.caribbic ZJB -09225 生物量密度 8.8 g/L。P.caribbic ZJB-09225對(duì)(R)-6-氰基-5-羥基-3-羰基己酸叔丁酯的最佳作用條件為35℃、pH 7.5;在轉(zhuǎn)化率3.4%以內(nèi),產(chǎn)物d.e.值99.5%以上。利用P.caribbic ZJB-09225細(xì)胞成功建立了光學(xué)純6-氰基-(3R,5R)-二羥基己酸叔丁酯的生物催化合成工藝,豐富了他汀藥物關(guān)鍵手性側(cè)鏈的合成技術(shù)。首次報(bào)道了P.caribbic不對(duì)稱還原(R)-6-氰基-5-羥基-3-羰基己酸叔丁酯制備6-氰基-(3R,5R)-二羥基己酸叔丁酯,后續(xù)P.caribbic ZJB-09225羰基還原酶純化、基因克隆具有重要的研究?jī)r(jià)值。

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