吳鳳芝,金雪
(東北農(nóng)業(yè)大學(xué)園藝學(xué)院,哈爾濱 150030)
蔥屬作物遺傳多樣性研究進展
吳鳳芝,金雪
(東北農(nóng)業(yè)大學(xué)園藝學(xué)院,哈爾濱 150030)
遺傳多樣性作為生物多樣性的重要組成部分,是生態(tài)系統(tǒng)多樣性和物種多樣性的基礎(chǔ)。蔥屬作物具有較高的營養(yǎng)價值,是重要的世界性蔬菜和調(diào)味品,研究其遺傳多樣性具有重要的理論和實踐意義。文章分別從表型、蛋白質(zhì)及DNA水平綜述蔥屬作物種質(zhì)資源遺傳多樣性的研究進展,并對未來蔥屬作物遺傳多樣性的研究方向進行展望,研究集中在蔥屬作物交配系統(tǒng)、自然選擇、遺傳漂變、基因流等各種進化力量對其群體的影響,從多層次、多角度揭示其遺傳多樣性。
蔥屬;遺傳多樣性;同工酶;分子標記
蔥屬作物(Allium)為百合科(Liliaceae)二年生草本植物,其種質(zhì)資源十分豐富,包含700多個種,分屬6個亞屬[1]。除少數(shù)幾個種為栽培種外,其余均為野生種,生長于高山、平原、草甸、草原、荒漠、沙丘等環(huán)境條件下。其中較為重要的幾大類為大蒜(A.satevumL.)、蔥(A.tulosumL.)、韭菜(A.TuherosumRottl.exSPr.)、洋蔥(A.cepaL.)、韭蔥(A.prrumL.)、細香蔥(A.schoenprasumL.)、胡蔥(A.ascalonicumL.)和薤(A.chinensisG.Don)等[2]。
蔥屬作物具有較高的營養(yǎng)價值,其中的大蒜、大蔥、韭菜和分蘗洋蔥在我國栽培尤為普遍,在蔬菜供應(yīng)中起重要作用。另外,近年來,蔥屬作物作為間作或套作作物來緩解設(shè)施內(nèi)連作障礙問題也日益受到關(guān)注[3-7]。由于國內(nèi)關(guān)于蔥屬作物遺傳多樣性方面研究起步較晚,主要集中在蔥和蒜研究,對于其他蔥屬作物研究較少,與其他蔬菜作物相比,生物技術(shù)應(yīng)用研究相對較少,差距較大,尤其是分子標記技術(shù)在遺傳育種上的應(yīng)用亟待加強。為將形態(tài)學(xué)標記與分子標記結(jié)合應(yīng)用于蔥屬作物種質(zhì)資源的考查、收集、研究和利用中,本文將對蔥屬作物在形態(tài)學(xué)水平、細胞學(xué)水平、生化水平及分子水平遺傳多樣性研究進展進行綜述。
通常所說的遺傳多樣性是指種內(nèi)不同種群之間或一個種群內(nèi)不同個體的遺傳變異總和,遺傳多樣性的本質(zhì)是生物體在遺傳物質(zhì)(DNA或RNA)組成和結(jié)構(gòu)上的變異。遺傳多樣性的表現(xiàn)形式是多層次的,在分子水平上表現(xiàn)為核酸、蛋白質(zhì)、多糖等生物大分子的多樣性;在細胞水平上可體現(xiàn)在染色體結(jié)構(gòu)的多樣性以及細胞結(jié)構(gòu)與功能的多樣性;在個體水平上,可表現(xiàn)為生理代謝差異、形態(tài)發(fā)育差異以及行為習(xí)性的差異。通過研究可以了解物種的群體遺傳結(jié)構(gòu)和多態(tài)性水平,為研究物種起源、品種分類、親本選配、品種保護等提供依據(jù),是研究、保護和利用現(xiàn)有種質(zhì)資源的重要基礎(chǔ)[8]。隨著生物技術(shù)發(fā)展,遺傳多樣性檢測也從形態(tài)學(xué)、生理結(jié)構(gòu)水平逐漸深入到分子水平,特別是隨著PCR技術(shù)的成熟和廣泛應(yīng)用,基于PCR技術(shù)的隨機擴增多態(tài)性DNA標記(Randomly amplified polymorphic DNA,RAPD)、簡單重復(fù)序列標記(Simple sequence repeat,SSR)、簡單重復(fù)序列間區(qū)標記(Intersimple sequence repeat,ISSR)、擴增片段長度多態(tài)性標記(Amplified fragment length polymorphism,AFLP)、單核苷酸多態(tài)性標記(Single nucleotide polymorphisms,SNP)等分子標記技術(shù),目前已成為研究種群遺傳多樣性的主要方法。
研究者已采用同工酶[9],RFLP分子標記技術(shù)[10],rDNA原位雜交技術(shù)[11],或是形態(tài)學(xué)與分子生物學(xué)相結(jié)合的方法[12]分別對大蔥、大蒜、洋蔥以及印度短日照洋蔥不同品種進行遺傳多樣性研究并取得較大進展。
2.1 形態(tài)學(xué)水平的表型多樣性研究
表型是各種形態(tài)特征的組合,是遺傳變異的重要線索。表型多樣性主要研究群體在其分布區(qū)內(nèi)各種環(huán)境下的表型變異,是遺傳多樣性與環(huán)境多樣性的綜合體現(xiàn),可在一定程度上反映生物遺傳變異程度,是理解物種適應(yīng)機制的重要方法,利用表型性狀研究物種的遺傳多樣性具有簡便、快捷和節(jié)省費用的特點[13]。
農(nóng)藝性狀是指農(nóng)作物生長發(fā)育過程中肉眼可見的,能在不同環(huán)境下表現(xiàn)的,并且具有高度遺傳性的特征特性,包括生長習(xí)性、生育周期、植物學(xué)特征、農(nóng)業(yè)生物學(xué)特征等[14]。蔬菜作物農(nóng)藝性狀的研究,對選育出優(yōu)良的蔬菜品系具有重大意義。在分蘗洋蔥方面,初文嬌對17份來自黑龍江和吉林省的不同品系分蘗洋蔥進行主要植物學(xué)性狀調(diào)查、生理指標測定和品質(zhì)分析,聚類分析結(jié)果將材料劃分為4大類,認為Z-001植株高大,假莖矮壯,產(chǎn)量較高,營養(yǎng)價值豐富,具有較高的推廣價值[15]。在洋蔥方面,汪丹會等對6個紅皮洋蔥新品種的分蘗率、抽薹率、單個均重、耐儲性、產(chǎn)量等10個性狀進行了比較試驗和分析,結(jié)果表明,早陽紅珠熟期早、產(chǎn)量高、植株整齊一致,未出現(xiàn)分蘗和抽薹現(xiàn)象,極耐貯藏,紫冠表現(xiàn)次之,這兩個品種均適宜在福泉地區(qū)推廣種植[16]。梁艷榮在對大蔥種質(zhì)資源材料的植物性特性和農(nóng)藝性狀進行觀測、鑒定的基礎(chǔ)上,采用聚類分析方法,研究大蔥種質(zhì)資源的親緣關(guān)系,把44份材料分成5大組群[17]。鄭傳剛等利用11個農(nóng)藝性狀對33個國內(nèi)外的洋蔥品種進行比較分析[18]。結(jié)果表明,洋蔥的生物產(chǎn)量與洋蔥鱗莖鮮重的回歸關(guān)系呈顯著相關(guān);早熟三號和G2具有很高的栽培和育種價值,值得推廣。在鱗莖性狀上表現(xiàn)優(yōu)良的品種,在生物學(xué)性狀上與其他它表現(xiàn)一般的品種有較大區(qū)別。洋蔥在育種、選育、引種方面除應(yīng)注重鱗莖大小、橫徑和縱徑長等重要指標外,還應(yīng)注意其葉片數(shù)、株高、莖粗、葉片和葉鞘重以及鱗莖的膨大期等生物學(xué)特征。
2.2 生化水平同功酶多樣性研究
同功酶分析是從蛋白質(zhì)分子水平上研究生物群體的遺傳分化。根據(jù)大小、構(gòu)象和帶電荷數(shù)不同的同功酶分子在電場中運動速度不同,形成不同數(shù)目和遷移率的譜帶,用于鑒定物種之間、同一物種不同品種之間的遺傳差異,在遺傳多樣性研究、物種起源進化等領(lǐng)域有廣泛應(yīng)用[19]。
趙清巖等以韭菜、大蔥、洋蔥萌動的種子為材料,分析蔥屬3個不同種蔬菜作物種子芽期過氧化物酶同工酶的酶譜,研究發(fā)現(xiàn)種與種之間差異明顯,而同一個種內(nèi)不同品種間無差異,結(jié)果表明利用過氧化物酶同工酶分析技術(shù),用來鑒定不同種的種子較可靠,用來鑒定同一個種不同品種的種子差異較困難[20]。張光花等通過對胡蔥、洋蔥和蔥的功能葉過氧化物酶同工酶電泳圖譜分析發(fā)現(xiàn),不同種間的過氧化物酶同工酶譜帶有顯著差異,認為可以從譜帶及其活性明顯區(qū)分開胡蔥、洋蔥和蔥3個種及蔥的3個變種分蔥、樓蔥和大蔥[21]。萬海清等對寬葉韭的3個代表居群內(nèi)不同植株間的8種同工酶系統(tǒng)以及可溶性蛋白進行分析,結(jié)果表明,各居群均有其特征酶譜,且與可溶性蛋白雙向電泳圖譜一致[22]。高述民等對中國大蒜3個生態(tài)型中18個典型品種進行酯酶同工酶分析,初步證實大蒜生態(tài)型不能完全等同于基因型,酯酶同工酶的變化可能更能說明大蒜的親緣進化關(guān)系[23]。梁艷榮通過對大蔥種質(zhì)資源材料表達序列標簽(Expressed sequence tag,EST)的酶譜分析,把57份材料分成4大組群,與RAPD劃分結(jié)果大部分相似[17]。杜武峰等對分韭、山韭和韭的兩個栽培品種的葉片和根尖酯酶同工酶酶譜進行分析研究,結(jié)果表明,幾種韭間酶譜類型差異顯著,而品種間酶譜類型差異較小[24]。
2.3 分子水平DNA多態(tài)性研究
常規(guī)的形態(tài)學(xué)鑒定方法具有明顯的簡單直觀優(yōu)勢;同功酶鑒定具有成本低、速度快、操作簡單、準確性高等優(yōu)點。但這些方法也有一定缺陷,如形態(tài)標記、酶標記檢測的都是基因產(chǎn)物,其結(jié)果雖受基因控制,但還受外界環(huán)境因素影響,可檢測信息量較少。對于一些親緣關(guān)系較近的品種,該方法難以發(fā)揮其作用。
近年發(fā)展的檢測DNA水平變異的各種分子標記,相對于常規(guī)的遺傳標記,具有多態(tài)性水平高,無組織、器官發(fā)育時期特異性、非等位基因間的獨立性和不受環(huán)境條件影響等特點,是檢測種質(zhì)資源遺傳多樣性的有效方法。
2.3.1 ISSR標記
簡單重復(fù)序列間區(qū)標記是由Zietkiwicz等創(chuàng)建的一種簡單序列重復(fù)區(qū)間擴增多態(tài)性分子標記[25]。其分子生物學(xué)基礎(chǔ)是基因組中存在的簡單重復(fù)序列,具有同SSR一樣豐富的多態(tài)性。ISSR標記根據(jù)植物中廣泛存在SSR的特點,利用植物基因組中常出現(xiàn)的SSR本身設(shè)計引物,無需克隆和測序,具有操作簡單、快速、高效、引物無需預(yù)知序列、專一性更強、退火溫度較高等特點,提高試驗結(jié)果的可重復(fù)性。ISSR標記技術(shù)在蔥屬作物分類、進化和遺傳多樣性的應(yīng)用成果很多。徐啟江等利用該技術(shù)對長日洋蔥種質(zhì)資源進行了分析,揭示了洋蔥種質(zhì)資源間的遺傳多樣性與親緣關(guān)系,為洋蔥遺傳育種和雜交親本選擇提供科學(xué)依據(jù)[26]。陳昕等利用RAPD和ISSR兩種分子標記技術(shù),對中國10個不同地區(qū)的大蒜品種進行種質(zhì)資源遺傳多樣性研究,得到與生物學(xué)分類基本一致的結(jié)果[27]。劉宏敏等以96份有代表性的韭菜資源為材料,進行遺傳多樣性和親緣關(guān)系分析,結(jié)果表明,韭菜DNA的ISSR擴增多態(tài)性比率達94.7%,是韭菜種質(zhì)資源研究的一種有效分子標記[28]。
2.3.2 SSR標記
SSR標記具有均勻、隨機、廣泛地分布于植物基因組的特點,比RFLP及RAPD分子標記具有更豐富的多態(tài)性,SSR呈現(xiàn)共顯遺傳,符合孟德爾遺傳規(guī)律,已廣泛用于遺傳連鎖圖譜構(gòu)建、遺傳多樣性研究、系譜與進化關(guān)系探索、基因與QTL分析、品種鑒定等方面[29]。
在蔥屬作物種質(zhì)資源遺傳多樣性的研究方面,李慧芝等以20個蔥栽培品種為材料,探討SRAP和SSR技術(shù)在遺傳多樣性和品種鑒定中的應(yīng)用[30]。結(jié)果表明,SSR分子標記可有效進行蔥栽培品種的遺傳多樣性研究。關(guān)絢麗等利用SSR標記揭示63份洋蔥種質(zhì)資源遺傳多樣性[31]。Fischer等利用30個STMs位點對83個洋蔥品種進行遺傳多樣性分析,發(fā)現(xiàn)一些多態(tài)性位點可用來區(qū)分親緣關(guān)系很近的品種,認為SSR是進行品種基因型鑒定和分析種內(nèi)關(guān)系的有效工具[32]。周靜等通過SSR分子標記技術(shù)將40個不同的大蒜品種區(qū)分開,分析結(jié)果與品種間的系譜關(guān)系一致,說明SSR標記可作為有效工具進行大蒜品種的遺傳關(guān)系分析[33]。
在遺傳圖譜的構(gòu)建方面,Tsukazaki等首次利用SSR標記構(gòu)建總圖距為2 069 cm的分蔥遺傳圖譜,比其分子標記覆蓋更長的染色體片段[34]。
2.3.3 AFLP標記
AFLP是一種基于PCR技術(shù)選擇性擴增基因組DNA限制性片段的分子標記技術(shù),又稱專一性擴增多態(tài)性(Specificamplifiedpolymorphism,SAP)技術(shù)[35]。
AFLP將RFLP和PCR的優(yōu)點結(jié)合起來,所檢測的多態(tài)性是酶切位點的變化或酶切片段間DNA序列的插入與缺失,本質(zhì)上與RFLP一致,具有多態(tài)性高、穩(wěn)定性好、重復(fù)性強、準確性高等特點。郭得平等利用大蔥與野蔥雜交獲得的F2分離群體,通過AFLP分子標記的遺傳分析,構(gòu)建國內(nèi)首個包含10個連鎖群、228個遺傳標記的雜種蔥較高密度的連鎖圖譜[36]。王錦等采用AFLP分子標記技術(shù)揭示了分布在滇中、滇西、滇西北的3個黑花韭居群、3個二倍體多星韭居群和6個四倍體多星韭居群的遺傳多樣性與親緣關(guān)系[37]。Ohara等利用AFLP標記,通過回交后代建立日本大蔥的首張分子遺傳連鎖圖譜[38]。
分子標記檢測結(jié)果的可靠程度,取決于所選用的分子標記檢測結(jié)果的穩(wěn)定性和分子標記檢測的多態(tài)性所覆蓋基因組的程度與均勻度。理想的分子標記必須達到具有高多態(tài)性、共顯性遺傳、遍布整個基因組、檢測手段簡單、快速、開發(fā)成本和使用成本盡量低廉、重復(fù)性好等要求。但是,目前發(fā)現(xiàn)的任何一種分子標記均不能滿足以上所有要求。AFLP具有最高的多態(tài)性檢測效率,但多態(tài)信息量不高;SSR標記具有多態(tài)性高,遺傳信息量大等優(yōu)點,若AFLP位點能夠定位SSR連鎖圖譜上,將成為非常有效的分子標記;ISSR方法多態(tài)性高,無需活材料,操作簡便,缺點是顯性標記,不能區(qū)分純合與雜合基因型。目前對于蔥屬作物遺傳多樣性的研究往往只利用一種分子標記方法,因此結(jié)果存在很大差異。將多種分子標記方法結(jié)合,研究結(jié)果具有較高的穩(wěn)定性,可以達到理想的效果,在遺傳多樣性研究中也取得了較好成果[39-42]。目前分子標記技術(shù)日趨成熟,隨著蔥屬作物遺傳連鎖圖譜上SSR、ISSR及AFLP等標記飽和度的提高,將多種分子標記技術(shù)綜合應(yīng)用于蔥屬作物基因及QTL分析、輔助育種、資源保護與利用、品種系譜分析等領(lǐng)域,將具有更廣闊的前景。
近年來,國內(nèi)外學(xué)者從不同方面對蔥屬作物進行研究,揭示蔥屬植物豐富的遺傳多樣性,促進了蔥屬作物的遺傳研究工作,但國內(nèi)關(guān)于蔥屬作物遺傳多樣性方面的研究起步較晚,主要集中于大蔥和蒜的研究,對于其他蔥屬作物的研究較少,與其他蔬菜作物相比,生物技術(shù)應(yīng)用研究還相對較少,差距較大,尤其是分子標記技術(shù)在遺傳育種上的應(yīng)用亟待加強。應(yīng)采用常規(guī)方法與先進的分子生物學(xué)技術(shù)相結(jié)合,將分子水平的遺傳多樣性與表型多樣性統(tǒng)一,揭示蔥屬作物外部形態(tài)的遺傳變異與DNA水平上的遺傳多態(tài)性間存在內(nèi)在聯(lián)系,為研究基因與環(huán)境相互作用提供依據(jù)。
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Advance on genetic diversity researches of Allium L.
WU Fengzhi,JIN Xue
(School of Horticulture,Northeast Agricultural University,Harbin 150030,China)
As an important component of biological diversity,genetic diversity is basic of ecosystem diversity and species diversity.AlliumL,which has high nutritional value,is an important worldwide vegetables and seasoning.Therefore,there is theoretical and practical significance to understand the genetic diversity ofAlliumL.This review summarized the recent progresses in the genetic diversity ofAlliumL.at three different levels,phenotype,protein and DNA levels.Future works should be focused on evaluating the influence of mating system,nature selection,genetic drift and gene flow ofAlliumL.on the population ofAlliumL,and revealing the genetic diversity ofAlliumL.from multilevel and multiangular.
AlliumL;genetic diversity;isozyme analysis;molecular marker
S633
A
1005-9369(2014)01-0118-05
2012-04-01
國家自然科學(xué)基金項目(30971998,31172002)
吳鳳芝(1963-),女,教授,博士,博士生導(dǎo)師,研究方向為設(shè)施園藝蔬菜生理生態(tài)。E-mail:fzwu2006@aliyun.com
時間2014-1-10 6:25:25[URL]http://www.cnki.net/kcms/detail/23.1391.S.20140110.0625.004.html
吳鳳芝,金雪.蔥屬作物遺傳多樣性研究進展[J].東北農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報,2014,45(1):118-122.
Wu Fengzhi,Jin Xue.Advance on genetic diversity researches ofAlliumL.[J].Journal of Northeast Agricultural University, 2014,45(1):118-122.(in Chinese with English abstract)