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      基于rDNA部分序列的亞洲小車蝗遺傳多樣性分析

      2014-09-15 04:29:08韓海斌周曉榕龐保平
      關(guān)鍵詞:蝗蟲小車變異

      韓海斌,周曉榕,龐保平,常 靜

      (內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)農(nóng)學(xué)院,內(nèi)蒙古 呼和浩特 010019)

      0 引言

      亞洲小車蝗Oedaleus asiaticus(Bienko)是我國北方蝗蟲的優(yōu)勢種[1],同時也是內(nèi)蒙古草原蝗蟲的優(yōu)勢種.亞洲小車蝗在內(nèi)蒙古的主要分布地區(qū)為錫林郭勒盟中西部至鄂爾多斯市東部的典型草原和荒漠草原地區(qū),發(fā)生數(shù)量是所有蝗蟲的50%~60%,嚴(yán)重的時候甚至可以達(dá)到90%以上,是草原上最嚴(yán)重的成災(zāi)蝗蟲[2].亞洲小車蝗發(fā)生為害早、且發(fā)生數(shù)量大的特點對受害作物危害嚴(yán)重,可導(dǎo)致受害作物減少50%以上的產(chǎn)量,甚至顆粒無收[3].亞洲小車蝗對草原的危害更為嚴(yán)重,可破壞草原的自然生態(tài)平衡,使草場退化、沙化的速度加快,目前,已經(jīng)被認(rèn)定為草原退化的指示災(zāi)害種群[4].因此,人們對亞洲小車蝗的遺傳多樣性進(jìn)行了大量研究[5-12].

      核糖體DNA(rDNA)是目前廣泛使用的細(xì)胞核DNA分子標(biāo)記,其編碼區(qū)的序列高度保守,間隔區(qū)的進(jìn)化速度大約與物種形成的進(jìn)程相仿[13-15].rDNA中的內(nèi)轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)(rDNA-ITS)序列的進(jìn)化速率較快,可以提供較豐富的變異位點和信息位點[16].前人已經(jīng)對許多物種的ITS序列做過研究[17].王莉萍等對美洲斑潛蠅Liriomyza sativae Blanchard不同地理種群的ITS1序列進(jìn)行了分析研究[16];李正西和沈佐銳(2002)對松毛蟲赤眼蜂Trichogramma dendrolimi Matsumura的不同地理種群的ITS2序列進(jìn)行了研究分析[18],探討了它們之間的系統(tǒng)發(fā)生關(guān)系.

      本文對內(nèi)蒙古地區(qū)15個地點亞洲小車蝗的一段rDNA序列進(jìn)行了擴(kuò)增、測序和比較分析.希望從分子水平闡述同種蝗蟲不同自然種群遺傳分化的機(jī)制,為其利用與綜合防治提供遺傳學(xué)方面的依據(jù),從而為重災(zāi)蝗區(qū)蝗蟲的防治工作提供基礎(chǔ)資料.

      1 材料與方法

      1.1 蝗蟲樣本

      本實驗所用的亞洲小車蝗15個不同地點的樣本均為內(nèi)蒙古的自然種群(見表1),選取成蟲個體進(jìn)行捕捉,然后用養(yǎng)蟲籠活體帶回實驗室中,用液氮速凍處理后放入-40℃的冰箱中保存.每個地理種群取5只蝗蟲進(jìn)行測序.

      表1 亞洲小車蝗采集信息

      1.2 蝗蟲基因組DNA提取

      取亞洲小車蝗后足股節(jié)(<50g),研磨成粉狀后放入離心管中備用.使用天根dp304動物基因組DNA提取試劑盒對研磨成粉的樣本進(jìn)行DNA的提取,放入-40℃冰箱中備用.

      1.3 PCR擴(kuò)增及產(chǎn)物檢測

      PCR擴(kuò)增體系總體積為50μL,其中2μL模板DNA,5μL 10×PCR Buffer,4μL的dNTP mix,2μL引物(10μmol/L),0.6μL TaKaRa Taq(5U/μL)(大連寶生物工程有限公司),最后用ddH2O補至50μL.

      引物序列參考文獻(xiàn)[15],由上海生工生物工程股份有限公司合成(見表2).

      表2 引物序列

      PCR反應(yīng)用BIO-RAD PCR儀進(jìn)行,反應(yīng)程序為:95℃預(yù)變性3min;95℃變性1min—55℃退火1min—72℃延伸1.5min,35個循環(huán);72℃延伸10min;4℃保存.

      通過ADVANCE水平電泳儀,選用2%的瓊脂糖凝膠對PCR產(chǎn)物進(jìn)行電泳檢測.

      1.4 產(chǎn)物序列測定及序列分析

      委托上海生工生物工程股份有限公司對產(chǎn)物進(jìn)行測序.序列測定的結(jié)果與GenBank中已知的蝗蟲:中華稻蝗Oxya chinensis formosana(登錄號為F385193.1),Chorthippus parallelus(登錄號為AY585651.1),小稻蝗Oxya hyla intricata(登錄號為 AF385196.1)、日本稻蝗Oxyajaponica japonica(登錄號為AF385194.1),臺灣小稻蝗Oxyapodisma(登錄號為AF385195.1)的rDNA序列進(jìn)行比對.用Clustal X軟件對rDNA序列進(jìn)行測定;用MEGA 4.0軟件[19]對序列特征和遺傳距離進(jìn)行計算;使用DNASP 5.10.1[20]和Excel軟件計算單倍型多樣性(Hd)、種群遺傳分化系數(shù)(FST)、基因流(Nm)、核苷酸多樣性(Pi)、平均核苷酸差異數(shù)(K);采用Distance軟件計算地理距離;使用TFPGA進(jìn)行Mantel檢測;使用TCS對單倍型進(jìn)行分析并構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)圖[21].

      2 結(jié)果與分析

      2.1 序列堿基組成分析

      測序結(jié)果經(jīng)與GenBank中已知蝗蟲序列的比較、剪切得到部分5.8S、全部ITS2和部分28S共288bp的rDNA序列.測試的15個種群的75個個體序列中,共有19個變異位點,其中包括16個堿基的替換(5個轉(zhuǎn)換和11個顛換)和3個堿基插入,占所測序列的6.60%;19個多態(tài)性位點中包括6個單變異多態(tài)性位點和13個簡約信息位點.序列中T、A、C和G堿基平均含量分別為19.9%,27.6%,19.3%和33.2%,G+C(60.8%)含量高于A+T(39.2%)含量,與已知GenBank中5種蝗蟲的對比序列堿基組成特點基本一致(平均堿基含量G+C為63.8%,A+T為36.2%).

      2.2 亞洲小車蝗種群內(nèi)遺傳多樣性分析

      15個亞洲小車蝗種群的遺傳多樣性指數(shù)見表3.結(jié)果表明,15個種群的單倍型多樣性(Hd)在0.000~0.800之間,四子王旗和烏拉特中旗種群最高,察右后旗、巴林右旗和達(dá)茂旗種群最低;平均核苷酸差異數(shù)(K)在0.000~8.000之間,其中正鑲白旗種群最高,察右后旗、巴林右旗和達(dá)茂旗種群最低;核苷酸多樣性(Pi)在0.0000~0.0280之間,正鑲白旗種群最高,察右后旗、巴林右旗和達(dá)茂旗種群最低.說明在察右后旗、巴林右旗和達(dá)茂旗種群中沒有基因變異發(fā)生,四子王旗和烏拉特中旗種群變異產(chǎn)生的單倍型最多,正鑲白旗種群發(fā)生的變異位點最多.

      2.3 亞洲小車蝗種群間遺傳多樣性分析

      由表3可知,亞洲小車蝗15個地理種群的遺傳分化系數(shù)(FST)為0.0506~0.4028,正鑲白旗種群檢測到的FST值最小,烏拉特中旗種群檢測到的FST值最大,均值為0.1495;基因流(Nm)在0.2312~5.9336之間,固陽種群檢測到的值最大,察右后旗、巴林右旗和達(dá)茂旗種群檢測到的值最小,均值為1.9880.結(jié)果表明,15個種群之間存在一定的基因交流和遺傳分化.

      表3 內(nèi)蒙古亞洲小車蝗15個地理種群遺傳多樣性指數(shù)

      2.4 單倍型分析

      本文的75條序列中鑒定出8個單倍型(見表4),其中有3個共享單倍型和5個獨享單倍型.Hap1被除烏拉特中旗種群以外的其他14個種群所共享,頻率為0.6800;Hap2被固陽種群與烏拉特中旗種群共享,頻率為0.0400;Hap3為克什克騰旗種群等9個種群所共享,頻率為0.2133;其他5個單倍型分別被烏拉特中旗種群、四子王旗種群、阿左旗種群和正鑲白旗種群獨享,頻率均為0.0133.四子王旗種群共有4個單倍型,在15個種群中最多;其次為烏拉特中旗種群,有3個單倍型;察右后旗、巴林右旗和達(dá)茂旗種群均只檢測出1個單倍型,結(jié)果表明在各種群內(nèi)存在一定的遺傳分化.

      由單倍型網(wǎng)絡(luò)圖(見圖1)可知,由四子王旗種群和正鑲白旗種群獨享的單倍型Hap5和Hap8分離出其他單倍型而存在,說明四子王旗種群和正鑲白旗種群較其他種群變異程度大.Hap5經(jīng)6次變異形成Hap8,Hap6突變3次形成Hap3,Hap4和Hap7經(jīng)過4次突變均可形成Hap2.

      表4 各單倍型頻率及在種群中的分布

      2.5 遺傳距離和地理距離的相關(guān)性分析

      使用TFPGA軟件對亞洲小車蝗15個種群的遺傳距離和地理距離進(jìn)行Mantel測定,結(jié)果見圖2、表5,回歸方程為y=-8045.4 x+565.8,相關(guān)系數(shù)r=-0.1554(P=0.8080>0.05).由此可見,本實驗研究的亞洲小車蝗15個種群間的遺傳距離與其地理距離間無顯著的相關(guān)關(guān)系.

      圖1 單倍型網(wǎng)絡(luò)圖

      圖2 內(nèi)蒙古亞洲小車蝗15個種群的遺傳距離與地理距離間的回歸分析

      3 討論

      本文測定的rDNA的288bp序列中G+C含量高于A+T含量,與GenBank中已知蝗蟲的rDNA序列的堿基組成一致,但是與赤眼蜂[18]、褐飛虱、白背飛虱、灰飛虱[22]、米爾頓姬小蜂[23]的rDNA序列的堿基組成相反,與亞洲小車蝗線粒體基因[24]的堿基組成也相反,說明不同物種之間的rDNA序列堿基組成存在差異,且同一物種不同基因的堿基組成同樣存在差異.

      種群遺傳分化系數(shù)FST是種群間遺傳分化的重要指標(biāo).Wright指出,F(xiàn)ST<0.05,說明種群間分化很弱;0.05<FST<0.15,表示種群中等分化;0.15<FST<0.25,表示種群遺傳分化較大[25].本文中FST平均值為0.1495,說明15個種群間的遺傳分化處于中等水平,群體中有14.95%的變異來自種群間,而有85.05%的變異來源于不同個體之間,個體間的變異大于種群間變異,這與李東偉等[5]運用RAPD和韓海斌等[12]運用微衛(wèi)星標(biāo)記對不同地點亞洲小車蝗遺傳多樣性研究的結(jié)果相似.

      Whitlock和Mccauley認(rèn)為,種群間基因相互交流的增加會導(dǎo)致種群間遺傳分化的減?。?6],所以,基因流Nm的存在是影響種群間遺傳分化的重要因素;Slatkin認(rèn)為,種群間的基因流可以阻止完全的基因固定和遺傳分化[27].本文中Nm平均值為1.9880(1<Nm<4),15個種群間基因交流處于中等水平.

      本文的研究結(jié)果表明,內(nèi)蒙古15個亞洲小車蝗種群的遺傳距離與地理距離無顯著相關(guān)性,這一結(jié)果與任竹梅等 對不同區(qū)域日本稻蝗Cytb基因序列和高書晶等 對亞洲小車蝗mtDNA ND1基因序列的研究結(jié)果一致.造成這一結(jié)果的原因可能是,本文所選的rDNA序列在遺傳上相對較為保守,進(jìn)化較慢,在不同地理區(qū)域的亞洲小車蝗間沒有達(dá)到足夠的變異;也可能是亞洲小車蝗的遷移能力較強,在不同地理種群間存在較強的基因交流.這一推論符合本實驗對基因流的研究結(jié)果.李東偉等[5]和韓海斌等[12]運用RAPD和微衛(wèi)星標(biāo)記對不同地點亞洲小車蝗遺傳多樣性研究的結(jié)果顯示,不同地點的亞洲小車蝗種群的遺傳距離與地理距離具有顯著的相關(guān)性,說明單一的基因序列所涵蓋的信息量難以實際反應(yīng)遺傳多樣性的全部規(guī)律[5,12].因此,在下一步的研究中,應(yīng)該增加研究內(nèi)容所涵蓋的信息量和樣本量,對分子系統(tǒng)學(xué)的研究進(jìn)行更深入的探討.

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