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      基于Laplace的顯微物體三維形貌快速重構(gòu)

      2015-05-30 00:44:59胡致杰何曉昀
      軟件工程 2015年9期

      胡致杰 何曉昀

      摘 要:顯微物體表面三維形貌觀測(cè)與分析在工業(yè)、醫(yī)學(xué)、藝術(shù)、計(jì)算機(jī)等領(lǐng)域具有越來(lái)越重要的應(yīng)用價(jià)值,也發(fā)揮著越來(lái)越重要的作用。該文以能夠快速、廉價(jià)、非接觸地重構(gòu)出顯微物體三維形貌為目標(biāo),提出一種基于改進(jìn)的Laplace算子值進(jìn)行圖像的聚焦評(píng)價(jià)、高度測(cè)量和三維重構(gòu)的方法,該方法通過(guò)計(jì)算每個(gè)像素點(diǎn)的改進(jìn)Laplace值,幫助用戶快速實(shí)現(xiàn)顯微物體的三維形貌重構(gòu),將顯微物體的形貌觀測(cè)和分析從二維擴(kuò)展到三維。大量的實(shí)驗(yàn)結(jié)果和用戶體驗(yàn)反饋信息進(jìn)一步驗(yàn)證了該方法的有效性和實(shí)用性。

      關(guān)鍵詞:Laplace算子;顯微物體;聚焦評(píng)價(jià);聚焦高度;三維重構(gòu)

      中圖分類號(hào):TP391.4 文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼:A

      1 引言(Introduction)

      由于社會(huì)的發(fā)展,越來(lái)越多行業(yè)對(duì)微觀物體表面形貌觀測(cè)的要求也越來(lái)越高,以獲取微觀物體更多的表面形貌信息,比如工業(yè)分析、醫(yī)學(xué)分析等[1]。但是,由于普通顯微鏡的固有特性,只有聚焦區(qū)域的圖像成像清晰,非聚焦區(qū)域的圖像成像模糊。因此普通顯微鏡無(wú)法實(shí)現(xiàn)在同一景深中對(duì)顯微物體表面形貌的全聚焦,更不能重構(gòu)其三維形貌。

      隨著計(jì)算機(jī)圖像處理技術(shù)的快速發(fā)展,在普通顯微鏡下實(shí)現(xiàn)顯微物體形貌的三維重構(gòu)已成為可能,普通顯微鏡下的多聚焦圖像經(jīng)過(guò)相應(yīng)變換,可重構(gòu)出微觀物體的三維形貌[2,3]。

      2 三維形貌重構(gòu)的基本原理(Principles of 3D

      reconstruction)

      從聚焦圖像獲取高度DFF[4,5](Depth From Focus)的基本原理是:首先通過(guò)計(jì)算機(jī)控制步進(jìn)電機(jī)勻速?gòu)南露?、由遠(yuǎn)而近地調(diào)整顯微鏡的Z軸位置,利用攝像頭獲取微觀物體的序列圖像1—n,并將每幅圖像的圖像信息記錄在三維矩陣f(x,y,i)中;然后判斷每幅圖像的聚焦區(qū)域和非聚焦區(qū)域;最后通過(guò)聚焦分析獲取聚焦區(qū)域的深度信息,從而完成顯微物體形貌的三維重建,DDF基本原理圖如圖1所示[6,7]。

      3 三維形貌重構(gòu)的相關(guān)算法(Algorithms of 3D

      reconstruction)

      3.1 聚焦評(píng)價(jià)算法

      要準(zhǔn)確判斷序列圖像中的聚焦區(qū)域和非聚焦區(qū)域,就必須對(duì)圖像的聚焦程度進(jìn)行判斷,常用的測(cè)量聚焦程度的算法有灰度方差算法、梯度算法、Laplace算法和改進(jìn)的Laplace算法等[8]。

      Laplace算法是二階導(dǎo)數(shù)算法,可獲取圖像的高頻分量,但對(duì)x、y兩個(gè)方向的二階偏導(dǎo)數(shù)可能會(huì)符號(hào)相反,數(shù)值相互抵消,使圖像的聚焦產(chǎn)生偏差[9,10],所以采用改進(jìn)的Laplace算法作為聚焦評(píng)價(jià)算法,其計(jì)算方法如下:

      (1)

      為便于計(jì)算通常用差分代替微分,可得式(2)。

      (2)

      (2)

      將式(2)應(yīng)用到圖像系列1—n中,計(jì)算出每個(gè)點(diǎn)在圖像系列的改進(jìn)Laplace算子值ML(x,y,i),將計(jì)算結(jié)果構(gòu)成一個(gè)三維矩陣,但由于在實(shí)際操作中存在多種干擾因素,若直接采用計(jì)算結(jié)果將對(duì)三維形貌的重構(gòu)產(chǎn)生較大影響,通過(guò)實(shí)驗(yàn)比較發(fā)現(xiàn)對(duì)計(jì)算結(jié)果進(jìn)行一次步長(zhǎng)為2的中值濾波操作可以得到更好的效果,中值濾波算法為[11,12]:

      (3)

      其中,ML(x,y,i)是點(diǎn)(x,y)在第i幅圖像中計(jì)算出來(lái)的改進(jìn)Laplace算子值,MML(x,y,i)是經(jīng)中值濾波后的濾波值。

      在每幅圖像中都存在背景圖像和物像[13],聚焦的物像是進(jìn)行圖像融合和三維重構(gòu)的關(guān)鍵,因此需在圖像中提取聚焦的物像,分離背景。由于改進(jìn)的Laplace算法對(duì)圖像的高頻分量比較敏感,聚焦圖像的改進(jìn)Laplace算子值比較高,非聚焦圖像或背景的改進(jìn)Laplace算子值比較低,通過(guò)設(shè)置合適的閾值T,如果點(diǎn)(x,y)在圖像序列中所有的中值濾波值都小于閾值T,則可判定它為背景。

      取出點(diǎn)(x,y)在圖像系列中的濾波值MML(x,y,i)大于或等于閾值T的那些數(shù)據(jù),取其最大值作為聚焦值,表示為:

      (4)

      其中,F(xiàn)P(x,y)表示點(diǎn)(x,y)的聚焦值,即MML(x,y,i)在閾值以上的最大值。

      3.2 顯微物體高度測(cè)量算法

      在本文中顯微物體的高度采用的是相對(duì)高度而非真實(shí)高度,由于步進(jìn)電機(jī)推動(dòng)顯微鏡Z軸勻速移動(dòng),顯微物體與顯微鏡頭之間的距離構(gòu)成線性關(guān)系(s=v*t),同時(shí)圖像采集攝像機(jī)采集圖像的速度也是恒定的,因此顯微物體的高度就與圖像的序號(hào)i對(duì)應(yīng)起來(lái)(s→t),故采用圖像的序號(hào)i作為顯微物體的相對(duì)高度,表示為:

      (5)

      其中,F(xiàn)H(x,y)表示點(diǎn)(x,y)的相對(duì)聚焦高度,當(dāng)點(diǎn)(x,y)在序號(hào)為m圖像上的中值濾波值等于它的聚焦值,意味著點(diǎn)在第m幅圖像上聚焦,故取m作為該點(diǎn)的聚焦高度;如果點(diǎn)是背景,就統(tǒng)一將高度確定為固定的序號(hào)N。

      3.3 多聚焦圖像融合算法

      圖像系列中的每幅圖像都存在聚焦區(qū)域和非聚焦區(qū)域,從式(4)中可知,每個(gè)點(diǎn)的聚焦位置基本位于序列號(hào)不同的圖像上,多聚焦圖像融合就是將每個(gè)點(diǎn)的聚焦圖像“拼接”到一幅二維圖像上,從而得到清晰的顯微物體全景深圖像[14]。融合算法思想如下:根據(jù)式(5)可以確定像素點(diǎn)的聚焦位置,取出其聚焦位置的像素信息作為融合圖像的像素信息,對(duì)圖像中的每個(gè)點(diǎn)皆進(jìn)行該操作就可完成全景深圖像的融合,用公式表示為。

      (6)

      其中,f(x,y,m)是點(diǎn)(x,y)在聚焦高度為m處的像素,f(x,y)是全景深圖像矩陣。

      3.4 三維形貌重構(gòu)算法

      根據(jù)式(6)和式(5)可分別獲得每個(gè)像素點(diǎn)的聚焦信息和聚焦時(shí)的高度信息,利用這兩個(gè)信息可以重構(gòu)出該像素點(diǎn)的三維形貌,對(duì)像素矩陣執(zhí)行相同的操作即可重構(gòu)出全部三維形貌。

      4 實(shí)驗(yàn)結(jié)果與分析(Experimental results and

      analysis)

      為進(jìn)行實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證,將普通顯微鏡進(jìn)行改裝,整個(gè)實(shí)驗(yàn)系統(tǒng)包括計(jì)算機(jī)、天敏SDKZ000圖像采集卡、Panasonic WV-GP470彩色數(shù)字?jǐn)z像機(jī)、STEPPING MOTOT-42HSZA47-254步進(jìn)電機(jī)、TMS320LF2407DSP控制模塊和普通光學(xué)顯微鏡。

      實(shí)驗(yàn)觀測(cè)對(duì)象為五角銅硬幣邊緣,圖像采集卡每隔370ms采集一張圖片,共計(jì)采集176幅圖像,部分原始圖像如圖2所示。

      Fig.2 Original image series (Total 176, part of the list here)

      采用公式(3)和公式(4)求取每個(gè)像素點(diǎn)的中值濾波值和聚焦圖層號(hào),利用公式(5)和公式(6)獲得每個(gè)像素點(diǎn)的聚焦高度,從而完成顯微形貌的三維重構(gòu),重構(gòu)后的效果圖如圖3所示。

      通過(guò)對(duì)以上實(shí)驗(yàn)效果圖的分析和比較,利用Laplace算子作為聚焦評(píng)價(jià)標(biāo)準(zhǔn)能較好地重構(gòu)出顯微物體三維形貌,它真實(shí)清晰地反映出物體的顯微結(jié)構(gòu),是工業(yè)分析、醫(yī)學(xué)分析的一個(gè)較好解決方案。

      5 結(jié)論(Conclusion)

      通過(guò)理論分析和實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證,證明利用顯微物體的二維圖像重構(gòu)出其三維形貌是可行的,利用改進(jìn)的Laplace算子作為二維圖像的聚焦評(píng)價(jià)標(biāo)準(zhǔn)能較好地測(cè)量出顯微物體的聚焦高度,從而較準(zhǔn)確地重構(gòu)出顯微物體的三維形貌。

      此重構(gòu)方法采用普通顯微鏡重構(gòu)出三維形貌,讓觀察者更能全面、細(xì)致地觀測(cè)和分析顯微物體,將分析從二維擴(kuò)展到三維。同時(shí),由于普通顯微鏡價(jià)格低廉,可以極大地降低觀測(cè)和研究成本。當(dāng)然此重構(gòu)方法也存在不足和改進(jìn)之處,首先,該方法計(jì)算量大,運(yùn)行速度較慢,內(nèi)存消耗較大,不能進(jìn)行實(shí)時(shí)重構(gòu);其次,圖像系列始終從一個(gè)方向(Z軸)進(jìn)行采集,不能實(shí)現(xiàn)多角度采集,無(wú)法重構(gòu)出顯微物體的全部三維形貌。這些都是以后改進(jìn)的方向。

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      作者簡(jiǎn)介:

      胡致杰(1974-),男,碩士,講師.研究領(lǐng)域:數(shù)據(jù)挖掘,圖像

      處理.

      何曉昀(1978-),男,碩士,講師.研究領(lǐng)域:模式識(shí)別,圖像

      處理.

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