梁芳　張 繼　呂平　龍凌云　黃惠芳　檀小輝　韋麗君

摘要：【目的】發(fā)掘出一批玫瑰SNP候選位點，為進一步開發(fā)玫瑰EST-SNP標記及研究玫瑰遺傳背景、相關(guān)性狀的分子標記等打下基礎(chǔ)。【方法】從美國國立生物技術(shù)信息中心（NCBI）的dbEST數(shù)據(jù)庫下載27125條玫瑰EST序列，經(jīng)生物信息學方法分析，發(fā)掘玫瑰EST-SNP位點，并對其所在核苷酸序列進行功能注釋分析。【結(jié)果】對27125條EST進行拼接，共得到3544條重疊群（Contigs），其中有243個Contigs含有SNP候選位點。從中篩選出224個候選EST-SNP位點，其堿基突變類型中轉(zhuǎn)換和顛換的數(shù)量分別占SNP候選位點總數(shù)的59.8%和27.2%。通過序列比對分析，發(fā)現(xiàn)有22個SNP位點來源于薔薇科植物（與玫瑰同科），其中來源于野草莓的基因最多（8個），另有15個SNP位點所在的EST序列與某些軟體動物門物種的基因具有較高同源性?！窘Y(jié)論】NCBI中的玫瑰EST數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)龐大，足夠發(fā)掘出大量的SNP標記，使得以EST-SNP對薔薇科玫瑰等植物進行品種鑒定、分類、遺傳多樣性分析具有可行性。

關(guān)鍵詞： 玫瑰；EST序列；SNP位點；生物信息學；NCBI

中圖分類號： S685.12 文獻標志碼：A 文章編號：2095-1191（2016）03-325-07

0 引言

【研究意義】玫瑰（Rosa rugosa）是薔薇科重要的觀賞植物，因其具有芳香且抗黑斑病、耐鹽堿等特性而成為薔薇科觀賞植物育種的重要資源（Von Malek et al.，2000；馮立國等，2008；于曉艷等，2009）。我國的玫瑰種質(zhì)資源豐富，但品種間的親緣關(guān)系混亂，給其品種鑒定、分類及品種權(quán)保護帶來很大困難，進而制約了玫瑰育種進程及其產(chǎn)業(yè)的發(fā)展，因此，對玫瑰進行品種鑒定、分類、遺傳多樣性分析是玫瑰研究的當務(wù)之急。發(fā)掘玫瑰單核苷酸多態(tài)性（Single nucleotide polymorphism，SNP）就是利用SNP對玫瑰進行品種鑒定、分類及遺傳多樣性研究，可為玫瑰育種提供新途徑?！厩叭搜芯窟M展】自Picoult-Newberg等（1999）首次以表達序列標簽（Expressed sequence tags，EST）數(shù)據(jù)庫為基礎(chǔ)發(fā)掘SNP位點以來，許多學者依照此法對不同物種進行了大量研究，目前已在人類（Garg et al.，1999）、小鼠和大鼠（Guryev et al.，2004）、牛（Snelling et al.，2005）、豬（Kerstens et al.，2009）及水產(chǎn)（曾地剛等，2014）等領(lǐng)域得到廣泛應(yīng)用。近年來，EST-SNP標記的開發(fā)在植物上也得到推廣應(yīng)用，如擬南芥（Torjék et al.，2003）、玉米（Batley et al.，2003）、水稻（Feltus et al.，2004）、松樹（Dantec et al.，2004）、番茄（Yamamoto et al.，2005）和大麥（Kota et al.，2008）等。在薔薇科植物中，多選擇對梅、桃、杏、枇杷等經(jīng)濟果樹進行分子系統(tǒng)發(fā)育進化及遺傳多樣性等研究，如王俊（2013）利用美國國立生物技術(shù)信息中心（NCBI）中已公布枇杷基因的部分序列為模板設(shè)計引物，篩選出7對引物進行基因克隆及同源性比對分析，結(jié)果表明，在不同枇杷品種間存在豐富的SNP位點。張得芳等（2014）也利用EST資源庫下載相關(guān)數(shù)據(jù)進行分析，找到了EST- SNP位點在薔薇科薔薇屬、蘋果屬、梨屬、李屬、草莓屬和懸鉤子屬等6個屬間的分布規(guī)律和特點。【本研究切入點】雖然關(guān)于EST-SNP位點開發(fā)的研究已有較多報道，但尚未發(fā)現(xiàn)在玫瑰中開發(fā)SNP標記。【擬解決的關(guān)鍵問題】從NCBI的玫瑰EST數(shù)據(jù)庫下載大量EST數(shù)據(jù)，通過生物信息學方法發(fā)掘出一批玫瑰SNP候選位點，以期為進一步開發(fā)玫瑰EST-SNP標記及研究玫瑰遺傳背景、相關(guān)性狀的分子標記等打下基礎(chǔ)。

1 材料與方法

1. 1 玫瑰EST獲得及多序列聚類簇分析

從NCBI的dbEST數(shù)據(jù)庫（http：//www.ncbi.nlm.nih.gov/nucest/？term=rose）下載27125條玫瑰EST序列，所有EST序列均以FASTA格式保存。利用DNASTAR 7.1.0（44.1）軟件包中的SeqMan程序?qū)ο螺d的玫瑰EST序列進行聚類，屬于同一個基因的EST聚類為1個Cluster，并對其進行序列拼接得到重疊群（Contigs）。

1. 2 玫瑰EST-SNP位點篩選及分析

玫瑰EST-SNP位點篩選用DNASTAR軟件包中的SeqMan程序檢測并去除所有玫瑰EST序列中存在的載體序列，然后組裝拼接成Contigs。篩選EST-SNP位點原則：①候選SNP位點中的次要等位基因頻率至少為30%（李猛等，2012）；②候選SNP位點兩側(cè)至少有5 bp完全保守的序列。為篩選出可靠性更高的候選SNP位點，本研究對篩選方法進行如下優(yōu)化：①從拼接結(jié)果中提取含有20條以上（包括20條）EST序列的Contigs篩選SNP位點；②候選位點人工篩選時，從步驟①中篩選出的候選SNP位點兩側(cè)至少有8個堿基（bp）完全保守且次要等位基因所占比例不低于40%。

1. 3 候選SNP所在核苷酸序列同源性比對

提取候選SNP位點兩端各約50 bp的EST序列，用NCBI上的BLASTn（http：//blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi？PROGRAM=blastn&PAGE_TYPE=BlastSearch&L-

INK_LOC=blasthome）數(shù)據(jù)庫進行序列比對，提取與比對序列相似性最高的序列注釋信息，對SNP靶向基因產(chǎn)物及物種來源進行分析。

2 結(jié)果與分析

2. 1 玫瑰EST序列聚類及EST-SNP位點分析結(jié)果

利用DNASTAR 7.1.0（44.1）軟件包中的SeqMan程序去除載體序列后，對27125條EST進行拼接，共得到3544條Contigs。

2. 2 SNP位點人工篩選及分析結(jié)果

2. 2. 1 SNP位點人工篩選方法 對軟件篩選出的候選SNP位點進行人工篩選，進一步提高候選SNP位點的可靠度。本研究在篩選候選SNP位點時，把包含4條EST序列的Contigs提高到至少包含20條EST序列的Contigs，同時在1個候選SNP位點兩側(cè)經(jīng)常出現(xiàn)間斷或連續(xù)的非SNP位點不保守區(qū)域。這些區(qū)域可能是在比對分析時序列錯誤所引起，從而降低候選SNP位點的可靠度，為此本研究對人工篩選原則進行以下改良：①候選SNP位點次要等位基因頻率不低于40%；②候選SNP位點兩側(cè)至少有8個核苷酸序列完全保守（圖1為合格SNP，圖2和圖3均為不合格SNP）。經(jīng)過篩選，發(fā)現(xiàn)含候選SNP位點的Contigs有243個，243個Contigs的堿基總數(shù)為262785 bp；經(jīng)過人工篩選，發(fā)現(xiàn)有224個SNP位點，SNP出現(xiàn)頻率為0.085%，即平均1173 bp就含有1個SNP位點（表1）。對Contigs中含有SNP位點的Contig進行統(tǒng)計分析，結(jié)果（圖4）顯示構(gòu)成Contigs的EST序列數(shù)量與其包含的SNP位點數(shù)量并無明顯規(guī)律。

2. 2. 2 SNP堿基變化及插入缺失分析結(jié)果 對包含EST數(shù)量大于20條的Contigs產(chǎn)生的224個堿基突變類型進行統(tǒng)計分析，結(jié)果發(fā)現(xiàn)有134個轉(zhuǎn)換類型和61個顛換類型（圖5），分別占候選SNP位點總數(shù)的59.8%和27.2%，轉(zhuǎn)換與顛換比為2.2∶1.0。除轉(zhuǎn)換和顛換類型之外，還有29個堿基發(fā)生插入和缺失類型，約10個堿基突變中就有1.29個堿基發(fā)生插入或缺失突變。

2. 3 候選SNP位點所在核苷酸序列同源性比對結(jié)果

提取195個轉(zhuǎn)換和顛換SNP位點位置兩側(cè)約100 bp的核苷酸序列在NCBI核苷酸數(shù)據(jù)庫中進行比對，發(fā)現(xiàn)有41個SNP位點無比對結(jié)果，可能是玫瑰特有且尚未被發(fā)現(xiàn)的基因，但需進一步驗證；其他SNP位點的比對結(jié)果見表2。由表2可知，含SNP位點的基因分屬于22類，分別為：1個3，5-二甲氧基基因（AB972813.1），含有1個SNP位點；1個5羥基甲苯3，5-二甲氧基基因（AF502434.1），含有1個SNP位點；1個60S酸性核糖體蛋白P2（EU244401.1），含有1個SNP位點；3個KRMP基因家族成員（KC494061.1、EF183518.1和EF183519.1），含有3個SNP位點；1個捕光葉綠素a/b結(jié)合蛋白（XM_004303830.2），含有1個SNP位點；2個ribosomal基因（KT179782.1），含有2個SNP位點；2個shematrin基因家族基因（KC505165.1和KC505166.1），含有2個SNP位點；1個二磷酸羧化酶基因（M25613.1），含有1個SNP位點；1個翻譯延伸因子1A基因（AY171463.1），含有1個SNP位點；2個泛素蛋白基因（XM_010086632.1和XM_013082359.1），含有2個SNP位點；1個非特異性脂轉(zhuǎn)移蛋白基因（XM_011468119.1），含有1個SNP位點；1個富含甘氨酸蛋白基因（XM_011468831.1），含有1個SNP位點；1個甲氧基5羥基甲苯基因（AF502433.1），含有1個SNP位點；2個金屬硫蛋白基因（AJ001444.1和KC222014.1），包含1個SNP位點；2個殼基蛋白基因（HE610403.1和HE610383.1），含有2個SNP位點；1個衰老相關(guān)蛋白基因（XM_013587541.1），含有1個SNP位點；5個苔黑酚轉(zhuǎn)甲基酶蛋白基因（AJ439741.1、HQ423170.1、AM182831.1、AM182833.1和AB972813.1），含有5個SNP位點；2個鐵結(jié)合蛋白基因（KM369969.1和XM_004302530.2），含有2個SNP位點；3個細胞色素氧化酶亞基基因（DQ337258.1、KF284069.1和GQ452847.1），含有3個SNP位點；1個淀粉酶基因（XM_004296501.2），含有1個SNP位點；1個珍珠層蛋白基因（HQ259055.1），含有1個SNP位點；另外，還有6個未知功能的基因（FN566841.1、XM_004291435.2、EU244360.1、HG670306.1、EF119787.1和GU263799.1）。

從含有SNP位點相關(guān)同源基因的物種分布來看，有22個SNP位點來源于薔薇科植物（與玫瑰同科），其中來源于野草莓的基因最多（8個），說明同科植物基因間存在較高同源性。本研究還發(fā)現(xiàn)有15個SNP位點所在的基因與軟體動物門物種的基因具有較高同源性，其中大珠母貝和黑蝶真珠蛤所占比重最高，各有5個，說明玫瑰基因與某些水生軟體動物的基因也具有較高同源性。

3 討論

目前，SNP已在遺傳連鎖圖譜構(gòu)建（Hyte et al.，2010）、重要性狀相關(guān)基因定位（Singh et al.，2010）、遺傳多樣性分析（Van Inghelandt et al.，2010；吳永升等，2014）及動植物品種鑒定（Jiang et al.，2010）等相關(guān)領(lǐng)域的研究中得到廣泛應(yīng)用，基于EST序列的SNP標記也被應(yīng)用到牛、豬、玉米、小麥、松樹、枇杷等多種動植物中，但SNP標記也存在缺陷，如測序階段成本較高而限制其在相關(guān)領(lǐng)域的大規(guī)模開發(fā)。利用現(xiàn)有數(shù)據(jù)，并結(jié)合生物信息學知識及相關(guān)分析軟件進行SNP標記開發(fā)，再制定針對候選SNP位點的驗證方法，因其具有開發(fā)成本低、快捷高效等優(yōu)點，已成為廣大科研工作者普遍青睞的SNP標記開發(fā)方法（Kim and Misra，2007）。EST來源于功能基因表達的cDNA片段，是在轉(zhuǎn)錄區(qū)域進行多態(tài)性辨別的重要數(shù)據(jù)源，且因相關(guān)公共數(shù)據(jù)庫中增速最快的核苷酸序列是EST序列，使得以EST序列為基礎(chǔ)進行相關(guān)分子標記開發(fā)變得越來越方便。

本研究中從NCBI中dbEST公共數(shù)據(jù)庫下載27125條EST序列，共有17372條EST序列參與拼接，拼接成3544個Contigs，所含EST序列≥20條的Contigs數(shù)共265個，從中篩選出224個候選SNP位點，SNP頻率為 1/1173 bp，較其他物種的SNP頻率低（Lijavetzky et al.，2007），主要與研究材料間的遺傳背景差異有關(guān)，即SNP頻率越高表明其遺傳背景差異越大（Van Tassell et al.，2008）。本研究還發(fā)現(xiàn)，SNP位點堿基變異類型以G/A最高占59.8%，與人類、大豆、玉米、大麥、小麥、辣椒等物種的SNP堿基變異類型（Huang and Madan，1999；Chao et al.，2008；Sato et al.，2011；劉峰等，2014）不符。其中，轉(zhuǎn)換類型和顛換類型的數(shù)量分別占候選SNP位點總數(shù)的59.8%和27.2%，轉(zhuǎn)換與顛換比為2.2∶1.0，即轉(zhuǎn)換類型的數(shù)量明顯高于顛換類型數(shù)量，與Garg等（1999）、Deutsch等（2001）的研究結(jié)果一致。此外，構(gòu)成Contigs的EST序列數(shù)量與其包含的SNP位點數(shù)量并無明顯規(guī)律，與Duran等（2009）、周錦等（2011）的研究結(jié)果存在差異，可能與不同物種間SNP位點的分布差異有關(guān)系。本研究篩選獲得的SNP位點中有42個位點被注釋到22個基因上，未被注釋的序列多為未知功能基因，尚需進一步探究。除有22個SNP位點來源于薔薇科植物外，還有15個SNP位點來源于軟體動物門物種，是前人研究中未發(fā)現(xiàn)的現(xiàn)象，值得深入研究。

隨著測序技術(shù)的快速發(fā)展，測序的準確率及效率也將不斷得到改進，通過生物信息學知識及相關(guān)分析軟件發(fā)掘候選SNP位點，然后針對性地進行測序驗證將成為一種高效的SNP標記開發(fā)方式。尤其是EST-SNP的高效開發(fā)，將進一步推動植物遺傳背景、遺傳圖譜構(gòu)建、相關(guān)性狀分子標記等相關(guān)研究領(lǐng)域的發(fā)展。

4 結(jié)論

NCBI中的玫瑰EST數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)龐大，足夠發(fā)掘出大量的SNP標記，使得以EST-SNP對薔薇科玫瑰等植物進行品種鑒定、分類、遺傳多樣性分析具有可行性。

參考文獻：

馮立國，生利霞，趙蘭勇，于曉艷，邵大偉，何小弟. 2008. 玫瑰花發(fā)育過程中芳香成分及含量的變化[J]. 中國農(nóng)業(yè)科學，41（12）：4341-4351.

Feng L G，Sheng L X，Zhao L Y，Yu X Y，Shao D W，He X D. 2008. Changes of the aroma constituents and contents in the course of Rosa rugosa Thunb. flower development[J]. Scientia Agricultura Sinica，41（12）：4341-4351.

李猛，郭大龍，劉崇懷，張國海，侯小改. 2012. 葡糖EST-SNP位點的信息與特征[J]. 浙江大學學報（農(nóng)業(yè)與生命科學版），38（3）：263-270.

Li M，Guo D L，Liu C H，Zhang G H，Hou X G. 2012. Information and characteristics of EST-SNP sites in grap（Vitis vinifera L.）[J]. Journal of Zhejiang University（Agriculture and Life Sciences），38（3）：263-270.

劉峰，謝玲玲，弭寶彬，歐陽嫻，茆振川，鄒學校，謝丙炎. 2014. 辣椒轉(zhuǎn)錄組SNP挖掘及多態(tài)性分析[J]. 園藝學報，41（2）：343-348.

Liu F，Xie L L，Mi B B，Ouyang X，Mao Z C，Zou X X，Xie B Y. 2014. SNP mining in pepper transcriptome and the polymorphism analysis[J]. Acta Horticulturae Sinica，41（2）：343-348.

王俊. 2013. 枇杷（Eriobotrya japonica Lindl.）SNP位點篩選及遺傳多樣性分析[D]. 重慶：西南大學.

Wang J. 2013. SNPs screening and genetic diversity analysisof loquat（Eriobotrya japonica Lindl.）[D]. Chongqing：Southwestern University.

吳永升，鄒成林，黃愛花，韋新興，莫潤秀，鄭德波，譚華，黃開健. 2014. 玉米自交系遺傳關(guān)系及應(yīng)用潛勢分析[J]. 西南農(nóng)業(yè)學報，27（3）：955-959.

Wu Y S，Zou C L，Huang A H，Wei X X，Mo R X，Zheng D B，Tan H，Huang K J. 2014. Study on genetic diversity and utilization potential in maize inbred lines[J]. Southwest China Journal of Agricultural Sciences，27（3）：955-959.

于曉艷，趙蘭勇，豐震，齊海鷹，徐宗大，朱秀芹. 2009. 22份國產(chǎn)玫瑰資源的自交親和性[J]. 中國農(nóng)業(yè)科學，42（9）：3236-3242.

Yu X Y，Zhao L Y，F(xiàn)eng Z，Qi H Y，Xu Z D，Zhu X Q. 2009. Self-compatibility of 22 Rosa rugosa Thunb. resources in China[J]. Scientia Agricultura Sinica，42（9）：3236-3242.

曾地剛，馬寧，謝達祥. 2014. 凡納濱對蝦蘭尼定受體基因單核苷酸多態(tài)性與對溫度變化敏感性的關(guān)聯(lián)分析[J]. 江西農(nóng)業(yè)學報，26（1）：89-91.

Zeng D G，Ma N，Xie D X. 2014. Analysis of correlation between single nucleotide polymorphism of ryanodine receptor gene and susceptibility to temperature change in Litopenaeus vannamei[J]. Acta Agriculturae Jiangxi，26（1）：89-91.

張得芳，李淑嫻，夏濤. 2014. 薔薇科6個屬植物EST-SSR特征分析[J]. 植物研究，34（6）：810-815.

Zhang D F，Li S X，Xia T. 2014. Characterization of EST-SSR among six genera of rosaceae[J]. Bulletin of Botanical Research，34（6）：810-815.

周錦，劉義飛，黃宏文. 2011. 基于EST數(shù)據(jù)庫進行SNP分子標記開發(fā)的研究進展及在獼猴桃屬植物中的應(yīng)用研究[J]. 熱帶亞熱帶植物學報，19（2）：184-194.

Zhou J，Liu Y F，Huang H W. 2011. Progress on development of EST derived SNP markers and its applications in Actinidia chinensis species complex[J]. Journal of Tropical and Subtropical Botany，19（2）：184-194.

Batley J，Barker G，OSullivan H，Edwards K J，Edwards D. 2003. Mining for single nucleotide polymorphisms and insertions/deletions in maize expressed sequence tag data[J]. Plant Physiology，132（1）：84-91.

Chao S M，Zhang W J，Akhunov E，Sherman J，Ma Y Q，Luo M C，Dubcovsky J. 2008. Analysis of gene-derived SNP mar-

ker polymorphism in US wheat（Triticum aestivum L.） cultivars[J]. Molecular Breeding，23（1）：23-33.

Dantec L L，Chagné D，Pot D，Cantin O，Garnier-Géré P G，Bedon F，F(xiàn)rigerio J M，Chaumeil P，Léger P，De Garcia V，Laigret F，Daruvar A，Plomion C. 2004. Automated SNP detection in expressed sequence tags：statistical considerations and application to maritime pine sequences[J]. Plant Mole-

cular Biology，54（3）：461-470.

Deutsch S，Isel C，Bucher P，Antonarakis S E，Scott H S. 2001. A cSNP map and database for human chromosome 21[J]. Genome Research，11（2）：300-307.

Duran C，Appleby N，Vardy M，Imelfort M，Edwards D，Batley J. 2009. Single nucleotide polymorphism discovery in barley using autoSNP db[J]. Plant Biotechnology Journal，7（4）：326-333.

Feltus F A，Wan J，Schulze S R，Estill J C，Jiang N，Paterson A H. 2004. An SNP resource for rice genetics and breeding based on subspecies indica and japonica genome alignments[J]. Genome Research，14（9）：1812-1819.

Garg K，Green P，Nickerson D A. 1999. Identification of candidate coding region single nucleotide polymorphisms in 165 hum an genes using assembled expressed sequence tags[J]. Genome Research，9（11）：1087-1092.

Guryev V，Berezikov E，Malik R，Plasterk R H，Cuppen E. 2004. Single nucleotide polymorphisms associated with rat ex-

pressed sequences[J]. Genome Resarch，14（7）：1438-1443.

Huang X，Madan A. 1999. CAP3：A DNA sequence assembly program[J]. Genome Research，9（9）：868-877.

Hyte D L，Choi I Y，Song Q J，Specht J E，Carter T E Jr，Shoemaker R C，Hwang E Y，Matukumalli L K，Cregan P B. 2010. A high density integrated genetic linkage map of soybean and the development of a 1536 universal soy linkage panel for quantitative trait locus mapping[J]. Crop Science，50（3）：960-968.

Jiang D，Ye Q L，Wang F S，Cao L. 2010. The mining of citrus EST-SNP and its application in cultivar discrimination[J]. Agricultural Sciences in China，9（2）：179-190.

Kerstens H H，Kollers S，Kommadath A，Del Rosario M，Dibbits B，Kinders S M，Crooijmans R P，Groenen M A. 2009. Mi-

ning for single nucleotide polymorphisms inpig genome sequence data[J]. BMC Genomics，10：4.

Kim S，Misra A. 2007. SNP genotyping：technologies and biomedical applications[J]. Annual Review of Biomedical Engineering，9：289-320.

Kota R，Varshney R K，Prasad M，Zhang H，Stein N，Graner A. 2008. EST-derived single nucleotide polymorphism markers for assembling genetic and physical maps of the barley genome[J]. Functional & Integrative Genomics，8（3）：223-233.

Lijavetzky D，Cabezas J A，Ibá■ez A，Rodríguez V，Martínez-Zapater J M. 2007. High through put SNP discovery and genotyping in grapevine（Vitis vinifera L.） by combining a re-sequencing approach and SNPlex technology[J]. BMC Genomics，8：424.

Picoult-Newberg L， Ideker T E， Pohl M G， Taylor S L， Donaldson M A， Nickerson D A， Boyce-Jacino M. 1999. Mi-

ning SNPs from EST database[J]. Genome Research， 9（2）： 167-174.

Sato K，Close T J，Prasanna B，María-Amatriaín M，Muehlbauer G J. 2011. Single nucleotide polymorphism mapping and alignment of recombinant chromosome substitution lines in barley[J]. Plant Cell Physiology，52（5）：728-737.

Singh A，Singh P K，Singh R，Pandit A，Mahato A K，Gupta D K，Tyagi K，Singh A K，Singh N K. 2010. SNP haplotypes of the BADH1 gene and their association with aroma in rice （Oryza sativa L.）[J]. Molecular Breeding，26（2）：325-338.

Snelling W M，Casas E，Stone R T，Keele J W，Harhay G P，Bennett G L，Smith T P. 2005. Linkagemapping bovine EST-based SNP[J]. BMC Genomics，6：74.

Torjék O，Berger D，Meyer R C，Mussig C，Schmid K J，Rosleff S■rensen T，Weisshaar B，Mitchell-Olds T，Altmann T. 2003. Establishment of a high-efficiency SNP-based framework marker set for Arabidopsis[J]. The Plant Journal，36（1）：122-140.

Van Inghelandt D，Melchinger A E，Lebreton C，Stich B. 2010. Population structure and genetic diversity in a commercial maize breeding program assessed with SSR and SNP mar-

kers[J]. Theoretical and Applied Genetics，120（7）：1289-1299.

Van Tassell C P，Smith T P L，Matukumalli L K，Taylor J F，Schnabel R D，Lawley C T，Haudenschild C D，Moore S S，Warren W C，Sonstegard T S. 2008. SNP discovery and allele frequency estimation by deep sequencing of reduced representation libraries[J]. Nature Methods，5（3）：247-252.

Von Malek B，Debener T，Weber W E. 2000. Identification of molecular markers linked to Rdr1，a gene conferring resistance to blackspot in roses[J]. Theoretical and Applied Genetics，101（5-6）：977-983.

Yamamoto N，Tsugane T，Watanabe M，Yano K，Maeda F，Kuwata C，Torki M，Ban Y，Nishimura S，Shibata D. 2005. Expressed sequence tags from the laboratory-grown miniature tomato（Lycopersicon esculentum） cultivar Micro-Tom and mining for single nucleotide polymorphisms and insertions/deletions in tomato cultivars[J]. Gene，356：127-134.

（責任編輯 蘭宗寶）