生物信息學(xué)
- 花櫚木生物堿合成關(guān)鍵酶基因OhpLDC和OhpCAO1的克隆與分析
CAO1。生物信息學(xué)分析結(jié)果表明，OhpLDC 和OhpCAO1??? 編碼的蛋白質(zhì)相對分子質(zhì)量分別為4.63×104和8.44×104，均無跨膜區(qū)域和信號肽。OhpLDC編碼的氨基酸序列具有保守的底物結(jié)合位點Phe340，分析發(fā)現(xiàn)OhpLDC與豆科植物中的LDC基因在進(jìn)化上具有較近的親緣關(guān)系。??? OhpCAO1??? 編碼的氨基酸序列中具有保守結(jié)構(gòu)域“NY-Y”，以及3個組氨酸保守位點，與狹葉羽扇豆的??? CAO1??? 親緣關(guān)系最近。本研究結(jié)果為
江蘇農(nóng)業(yè)學(xué)報 2023年8期2024-01-30
- 木薯FRK1類似基因的分離及表達(dá)分析
類似基因；生物信息學(xué)；表達(dá)分析果糖激酶（fructokinase，F(xiàn)RK）是植物細(xì)胞中果糖磷酸化的主要催化酶、變構(gòu)酶和高效酶，其國際系統(tǒng)分類編號為EC2.7.1.4，是植物糖代謝的“控制閥”，在植物生長發(fā)育過程中主要調(diào)控植物的糖代謝、生長發(fā)育和響應(yīng)生物/非生物脅迫等作用，是一種必不可少的不可逆酶[1]。目前，已有20多種植物分離鑒定出FRK基因[2]，如甜菜直根[3]、大豆[4]、馬鈴薯塊莖[5]、番茄果實[6-7]、豌豆、菠菜葉片、水稻、蘋果、玉米、百合
熱帶作物學(xué)報 2023年8期2023-09-20
- 全國中學(xué)生生物學(xué)聯(lián)賽“生物信息學(xué)”試題分析
開始新增了生物信息學(xué)的相關(guān)內(nèi)容。目前，對生物學(xué)聯(lián)賽的“生物信息學(xué)”試題研究較少，通過對近八年（2015-2022）中學(xué)生物學(xué)聯(lián)賽“生物信息學(xué)”試題的歸納梳理，明晰了此類試題的命題特點，且分別針對概念理解類、技術(shù)方法類、圖標(biāo)解析類與綜合應(yīng)用類樣題進(jìn)行了解讀。據(jù)此，研究提出了注重現(xiàn)有課堂教學(xué)內(nèi)容的廣度拓展與深度進(jìn)階、強(qiáng)化統(tǒng)計學(xué)知識應(yīng)用、以組學(xué)和系統(tǒng)生物學(xué)視角引領(lǐng)生命現(xiàn)象理解的教學(xué)建議。［關(guān)鍵詞］ 生物學(xué)聯(lián)賽；生物信息學(xué)；試題分析；中學(xué)生物學(xué)全國中學(xué)生生物學(xué)競賽
中小學(xué)班主任 2023年16期2023-08-30
- 基于R語言的醫(yī)學(xué)院生物信息學(xué)課程教學(xué)探新
數(shù)據(jù)專業(yè)；生物信息學(xué)；教學(xué)探新；R語言；項目式教學(xué)1 生物信息學(xué)介紹生物信息學(xué)（Bioinformatics） 是一門以計算機(jī)為工具，研究生物信息采集、處理、存儲、傳播，分析和解釋等方面的新興交叉性學(xué)科，是當(dāng)今生命科學(xué)和自然科學(xué)的重大前沿領(lǐng)域之一，同時也將是21世紀(jì)自然科學(xué)的核心領(lǐng)域之一[1]。隨著高通量測序技術(shù)的快速發(fā)展，生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)的快速積累，當(dāng)前，我國對生物數(shù)據(jù)分析人才的需求日益激增，如何培養(yǎng)復(fù)合創(chuàng)新型生物類專業(yè)人才成為醫(yī)學(xué)院校急需解決的問題[2]。
電腦知識與技術(shù) 2023年19期2023-08-26
- 甜蕎花青素合成相關(guān)基因FeR2R3-MYB的克隆與表達(dá)分析
該序列進(jìn)行生物信息學(xué)分析，以及利用 qRT-PCR 分析FeR2R3-MYB基因在北早生和紅花甜蕎中的表達(dá)特征。結(jié)果表明：（1）FeR2R3-MYB基因全長 831 bp，編碼 276 個氨基酸，蛋白的相對分子質(zhì)量為 30.95 kD，理論等電點（pI）為? 8.73，蛋白的不穩(wěn)定指數(shù)為 69.64，屬于不穩(wěn)定蛋白，總疏水值為-0.679，整條肽鏈呈現(xiàn)親水特性。（2）FeR2R3-MYB 具有典型的 R2R3-MYB 結(jié)構(gòu)域，屬于 R2R3-MYB 亞家族
廣西植物 2023年7期2023-08-20
- 菠蘿SLF/SFB基因家族全基因組鑒定與表達(dá)分析
本研究通過生物信息學(xué)方法從菠蘿基因組中篩選鑒定出21 個SLF/SFB 家族基因（AcSLF1～AcSLF21），各AcSLF 基因在N 端具有F-box 保守結(jié)構(gòu)域，其氨基酸長度、理論等電點、分子量存在較大差異，編碼氨基酸序列大小范圍為242～612 aa，分子量為27.778～69.070 kDa，其中18 個AcSLFs 蛋白偏堿性，總體蛋白穩(wěn)定性較差，預(yù)測18 個AcSLFs 蛋白亞細(xì)胞定位于細(xì)胞核中，蛋白二級結(jié)構(gòu)60%以上由α-螺旋和無規(guī)則卷曲組
熱帶作物學(xué)報 2023年7期2023-08-14
- 基于GEO數(shù)據(jù)庫篩選濾泡性甲狀腺癌關(guān)鍵基因及生物信息學(xué)分析
本研究利用生物信息學(xué)方法探索FTC發(fā)生發(fā)展的關(guān)鍵基因、發(fā)掘FTC的致病機(jī)制及治療靶點。方法?從基因表達(dá)綜合數(shù)據(jù)庫（gene?expression?omnibus，GEO）下載基因芯片GSE82208，利用R軟件分析以獲得差異表達(dá)基因（differentially?expressed?genes，DEGs），利用數(shù)據(jù)庫注釋、可視化和綜合發(fā)現(xiàn)（database?for?annotation，visualization?and?integrated?discov
中國現(xiàn)代醫(yī)生 2023年21期2023-08-11
- 蘿卜VQ1基因的克隆與序列分析
進(jìn)行測序和生物信息學(xué)分析。結(jié)果表明，RsVQ1開放閱讀框長861 bp，編碼286個氨基酸殘基，相對分子量為31.3 kD，理論等電點為6.49，脂肪指數(shù)為62.69，為不穩(wěn)定的親水性蛋白，無跨膜結(jié)構(gòu)和信號肽。RsVQ1蛋白主要由無規(guī)則卷曲結(jié)構(gòu)構(gòu)成，預(yù)測其可定位于細(xì)胞核。系統(tǒng)發(fā)育分析表明該蛋白與十字花科作物VQ蛋白存在較高同源性。本研究為RsVQ1的表達(dá)和基因功能研究奠定了基礎(chǔ)。關(guān)鍵詞 蘿卜；VQ1基因；基因克?。?span id="j5i0abt0b" class="hl">生物信息學(xué)中圖分類號 S631.1? ?文
安徽農(nóng)學(xué)通報 2023年10期2023-07-29
- 科研實踐融進(jìn)生物信息學(xué)課程教學(xué)研究
［摘 要］生物信息學(xué)作為一門新崛起的學(xué)科在醫(yī)學(xué)本科生科研能力培養(yǎng)中具有重要作用。生物信息學(xué)課程符合新時代對醫(yī)學(xué)本科生科研能力培養(yǎng)的要求，是醫(yī)學(xué)研究的實用工具，可拓展學(xué)生科研能力。當(dāng)前生物信息學(xué)教學(xué)上也存在不足，比如課時和內(nèi)容不均衡、理論和實驗不同步、學(xué)生的認(rèn)識存在偏差、教材匱乏、網(wǎng)絡(luò)教學(xué)缺失等。教師通過挖掘數(shù)據(jù)庫、對比軟件分析和模擬數(shù)據(jù)等科研實踐能夠進(jìn)一步提高生物信息學(xué)的教學(xué)質(zhì)量，這樣學(xué)生能夠在課題研究過程中加深對已學(xué)知識的理解，將所學(xué)知識運用于實踐中?？?/div>
大學(xué)教育 2023年5期2023-07-28
- 基于生物信息學(xué)方法雙芯片聯(lián)合分析阿爾茨海默病海馬相關(guān)差異基因的研究
茨海默??；生物信息學(xué)；GEO數(shù)據(jù)庫；海馬；鋁致認(rèn)知障礙中圖分類號：R749.1 文獻(xiàn)標(biāo)志碼：A DOI：10.3969/j.issn.1003-1383.2023.06.003A study on the analysis of differentially expressed genes in the hippocampus of Alzheimer's disease based on bioinformaticsCHEN Jiayin， ZHONG右江醫(yī)學(xué) 2023年6期2023-07-14
- 甜瓜GRAS家族全基因組的鑒定與表達(dá)分析
AS家族；生物信息學(xué)；表達(dá)模式中圖分類號：S652.01文獻(xiàn)標(biāo)志碼：A文章編號：1002-1302（2023）11-0053-07GRAS轉(zhuǎn)錄因子可以調(diào)控基因的轉(zhuǎn)錄［1］，其名稱來自GAI、RGA、SCR［2］。GRAS蛋白由400～770個氨基酸殘基組成［3-4］，C端區(qū)域可以分為5個基序：LHRI、LHRII、VHIID、PFYRE、SAW，其中VHIID是GRAS蛋白的核心結(jié)構(gòu)，含有非常保守的P-N-H-D-Q-L單位，以L-R-I-T-G結(jié)尾［5］江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué) 2023年11期2023-07-10
- CYP74A2在白粉菌誘導(dǎo)月季對甜菜夜蛾產(chǎn)生抗性中的功能及其生物信息學(xué)分析
74A2作生物信息學(xué)分析，利用轉(zhuǎn)錄組測序獲得的差異表達(dá)基因進(jìn)行功能富集分析。結(jié)果表明，α-亞麻酸代謝產(chǎn)生的茉莉酸是白粉菌誘導(dǎo)月季產(chǎn)生對甜菜夜蛾抗性的主要揮發(fā)性成分之一，發(fā)現(xiàn)該通路中共有5個CYP74A2差異表達(dá)基因，分別是LOC112173678、LOC112172343、LOC112172188、LOC112173396和LOC112169957。采用qRT-PCR驗證CYP74A2基因的功能，利用NCBI、KEGG等數(shù)據(jù)庫找到CYP74A2同源蛋白并結(jié)江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué) 2023年11期2023-07-10
- 基于生物信息學(xué)及分子對接研究天牛止眩膠囊治療原發(fā)性高血壓的潛在活性成分及分子機(jī)制
目的?利用生物信息學(xué)及分子對接，探討天牛止眩膠囊治療原發(fā)性高血壓（essential?hypertension，EH）的潛在活性成分及分子機(jī)制。方法?利用中藥系統(tǒng)藥理學(xué)數(shù)據(jù)庫和分析平臺、BATMAN-TCM平臺篩選天牛止眩膠囊的活性成分及藥物靶點，使用GeneCards、PharmGkb、TTD、DrugBank檢索EH的疾病相關(guān)靶點，采用Cytoscape3.8.0軟件構(gòu)建“藥物–成分–靶點”網(wǎng)絡(luò)圖，應(yīng)用STRING平臺進(jìn)行蛋白質(zhì)–蛋白質(zhì)相互作用分析，使中國現(xiàn)代醫(yī)生 2023年16期2023-07-04
- 基于生物信息學(xué)分析艾葉治療慢性蕁麻疹的分子機(jī)制
芯片挖掘、生物信息學(xué)及分子對接技術(shù)，分析艾葉治療慢性蕁麻疹（chronic?urticaria，CU）的分子機(jī)制。方法?從GEO數(shù)據(jù)庫下載CU的基因芯片數(shù)據(jù)集，利用R軟件篩選出差異表達(dá)靶點，從中藥系統(tǒng)藥理學(xué)數(shù)據(jù)庫（Traditional?Chinese?Medicine?Systems?Pharmacology?Database，TCMSP）、藥物靶標(biāo)識別平臺（Pharm?Mapper）等數(shù)據(jù)庫獲取艾葉的化學(xué)成分、藥物靶點，運用GENEMANIA平臺及R軟中國現(xiàn)代醫(yī)生 2023年15期2023-07-04
- 高良姜黃酮醇合成酶基因的生物信息學(xué)分析
序列，通過生物信息學(xué)分析軟件對該基因及其編碼蛋白進(jìn)行序列分析，探討其編碼蛋白的理化性質(zhì)、親/疏水性、高級結(jié)構(gòu)、保守功能域以及系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系，并運用fragments per kilobase of exon per million reads mapped （FPKM）法計算該基因在高良姜不同組織中的表達(dá)差異。獲得的高良姜FLS基因含有1005 bp的開放閱讀框，編碼含有334個氨基酸的蛋白質(zhì)。編碼蛋白的序列分析發(fā)現(xiàn)，高良姜FLS蛋白分子量約為38.2 kD中國民族民間醫(yī)藥·下半月 2023年3期2023-06-27
- 基于生物信息學(xué)分析TGFBI基因在頭頸部鱗癌中的表達(dá)及其預(yù)后意義
頸部鱗癌；生物信息學(xué)；預(yù)后中圖分類號：R739.6?? 文獻(xiàn)標(biāo)志碼：A?? DOI：10.3969/j.issn.1003-1383.2023.02.002Analysis of expression of TGFBI gene in head and neck squamous cell carcinoma and its prognostic significance based on bioinformaticsHU Tinga， LU Shilib右江醫(yī)學(xué) 2023年2期2023-06-25
- 馬鹿mtDNACytb基因的生物信息學(xué)分析
序列，應(yīng)用生物信息學(xué)方法對馬鹿Cyt b基因編碼的蛋白質(zhì)進(jìn)行理化性質(zhì)、結(jié)構(gòu)和相關(guān)功能的預(yù)測分析，了解馬鹿mtDNA Cyt b基因的結(jié)構(gòu)、功能和表達(dá)特性.結(jié)果表明：馬鹿Cyt b編碼的蛋白質(zhì)為疏水性蛋白質(zhì)，推測相互作用的蛋白質(zhì)包括LOC100524873，UQCRC1，UQCRQ，ND1，MT-ND2，COX1，COX2，COX3，ND4H和CYC，功能與電子運輸、耦合質(zhì)子運輸以及泛醌-細(xì)胞色素c還原酶活性有關(guān)；二級結(jié)構(gòu)主要為無規(guī)則卷曲，有2個潛在的N-糖牡丹江師范學(xué)院學(xué)報（自然科學(xué)版） 2023年1期2023-06-13
- 類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎患者與藥源性胃黏膜損傷的生物信息學(xué)分析
目的：利用生物信息學(xué)分析類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎患者與藥源性胃黏膜損傷的關(guān)系。方法：通過GeneCards、OMIM、TTD、pharmGKB、drugbank數(shù)據(jù)庫檢索“rheumatoid arthritis”“drug induce gastric mucosal injury”，獲取類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎及藥源性胃黏膜損傷2個疾病基因，制作韋恩圖獲取2個疾病的共同基因，將共同基因?qū)隨TRING進(jìn)行PPI網(wǎng)絡(luò)分析、GO功能富集及KEGG通路分析。結(jié)果：通過檢索不同數(shù)據(jù)庫風(fēng)濕病與關(guān)節(jié)炎 2023年5期2023-06-13
- 基于MOOC模式的高效“生物信息學(xué)”教學(xué)改革及應(yīng)用探討
補(bǔ)充。針對生物信息學(xué)MOOC教學(xué)模式改革問題，本文就專業(yè)課程的建設(shè)優(yōu)勢和人才培養(yǎng)優(yōu)勢，探討高校環(huán)境下生物信息學(xué)MOOC模式，分析該方式人才培養(yǎng)的可行性，為完善生物信息學(xué)教學(xué)模式改革提供參考。隨著人類基因組的破譯，生物大數(shù)據(jù)的積累，我國正進(jìn)入生命科學(xué)時代。生物信息學(xué)是新興交叉學(xué)科，體現(xiàn)了與信息技術(shù)交叉融合。目前科學(xué)發(fā)展現(xiàn)狀對傳統(tǒng)的生物信息學(xué)教學(xué)模式提出了新要求，因此，生物信息學(xué)課程需要突破傳統(tǒng)的教學(xué)模式，在醫(yī)學(xué)和農(nóng)業(yè)科學(xué)領(lǐng)域培養(yǎng)生物信息技術(shù)高層次人才。高等教吉林蔬菜 2023年2期2023-06-08
- 基于生物信息學(xué)的酒精性肝病關(guān)鍵基因篩選及驗證
目的 利用生物信息學(xué)方法探索酒精性肝?。╝lcoholic liver disease，ALD）潛在的關(guān)鍵基因并通過實驗驗證，為尋找ALD潛在的生物標(biāo)志物提供依據(jù)。方法 從美國國立生物技術(shù)信息中心（National Center for Biotechnology Information，NCBI）的公共基因芯片數(shù)據(jù)平臺（Gene Expression Omnibus，GEO）的數(shù)據(jù)庫下載兩個基因表達(dá)譜芯片（GSE28619和GSE100901），利用GE右江醫(yī)學(xué) 2023年5期2023-06-07
- 荔枝分枝調(diào)控基因LcSMXL7的鑒定及功能分析
腳金內(nèi)酯；生物信息學(xué)中圖分類號：S667.1 文獻(xiàn)標(biāo)識碼：A獨腳金內(nèi)酯（strigolactones， SLs）屬于倍半萜烯型化合物，是一類新型植物激素[1-2]。1966 年，COOK 等[3]最先在棉花根系分泌物中發(fā)現(xiàn)一種可在激素水平可誘導(dǎo)獨腳金種子萌發(fā)的物質(zhì)，此后BUTLER[1]根據(jù)該物質(zhì)的功能特點將其命名為獨腳金內(nèi)酯。除了誘導(dǎo)獨腳金種子萌發(fā)，獨腳金內(nèi)酯還可促進(jìn)與植物根系共生的叢枝菌根真菌的菌絲分枝形成[4]。近年來的研究表明獨腳金內(nèi)酯可作為信號物熱帶作物學(xué)報 2023年3期2023-05-30
- 基于生物信息學(xué)構(gòu)建GOPC的皮膚黑素瘤預(yù)后模型
[關(guān)鍵詞]生物信息學(xué)；黑素瘤；預(yù)后模型；GOPC；生物標(biāo)志物[中圖分類號]R739.5? ? [文獻(xiàn)標(biāo)志碼]A? ? [文章編號]1008-6455（2023）03-0070-05Abstract： Objective? To construct a golgi associated PDZ and coiled-coil motif containing （GOPC） prognostic model of cutaneous melanoma （ski中國美容醫(yī)學(xué) 2023年3期2023-05-30
- 姜曲海豬ATP2B1基因克隆、生物信息學(xué)及組織表達(dá)分析
，對其進(jìn)行生物信息學(xué)分析，并探究ATP2B1基因在不同日齡姜曲海豬子宮組織的表達(dá)水平，以期為研究ATP2B1基因在姜曲海豬繁殖性能方面的作用提供參考依據(jù)，采用RT-PCR技術(shù)擴(kuò)增姜曲海豬子宮ATP2B1基因CDS區(qū)序列，利用生物信息學(xué)軟件對其進(jìn)行分析，利用實時熒光定量PCR檢測ATP2B1基因在1月齡和8月齡姜曲海豬子宮組織中的表達(dá)量。結(jié)果顯示，姜曲海豬ATP2B1基因CDS區(qū)全長3 663 bp，編碼1 220個氨基酸，與野豬同源性最高、親緣關(guān)系最近。姜江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué) 2023年8期2023-05-23
- 葫蘆科作物抗氧化基因的全基因組鑒定及分析
作用元件；生物信息學(xué)；表達(dá)譜；親緣關(guān)系中圖分類號：S188；S642.01 文獻(xiàn)標(biāo)志碼：A文章編號：1002-1302（2023）08-0051-10基金項目：國家自然科學(xué)基金（編號：31972403、32102406）；廣東省農(nóng)業(yè)科學(xué)院中青年學(xué)科帶頭人項目（編號：R2020PY-JG003）；廣東省農(nóng)業(yè)科學(xué)院優(yōu)秀博士項目（編號：R2021YJ-YB2004）。作者簡介：錢玉磊（1997—），男，河南鄭州人，碩士研究生，研究方向為蔬菜分子生物學(xué)。E-mai江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué) 2023年8期2023-05-23
- 生物信息專業(yè)課程體系的構(gòu)建及優(yōu)化
不斷發(fā)展，生物信息學(xué)已經(jīng)在生物學(xué)、醫(yī)學(xué)及藥學(xué)等多個學(xué)科表現(xiàn)出了強(qiáng)大的作用，在解決重大科學(xué)問題和社會需求方面尤為突出，生物信息學(xué)專業(yè)的人才培養(yǎng)至關(guān)重要。培養(yǎng)具有生物信息學(xué)專業(yè)技能又適合社會發(fā)展的復(fù)合型人才，已經(jīng)成為當(dāng)務(wù)之急。進(jìn)一步深化生物信息課程的改革，構(gòu)建并優(yōu)化生物信息專業(yè)課程體系，對于推進(jìn)基礎(chǔ)知識的應(yīng)用及拓展本科生的視野至關(guān)重要。基于全面的生物學(xué)、計算機(jī)信息科學(xué)和生物信息學(xué)方面的課程配置，通過優(yōu)化實驗環(huán)節(jié)和實習(xí)環(huán)節(jié)，構(gòu)建了合理的實習(xí)體系，并優(yōu)化實習(xí)的結(jié)構(gòu)科技資訊 2023年5期2023-04-26
- 醫(yī)學(xué)研究生《生物信息學(xué)》教學(xué)方法探索*
2082《生物信息學(xué)》(Bioinformatics)是生物學(xué)與計算機(jī)科學(xué)以及應(yīng)用數(shù)學(xué)等學(xué)科相互交叉而形成的一門新興學(xué)科。它通過對生物學(xué)醫(yī)學(xué)實驗數(shù)據(jù)的獲取、加工、存儲、檢索與分析，進(jìn)而達(dá)到揭示數(shù)據(jù)所蘊(yùn)含的生物學(xué)意義的目的。隨著醫(yī)學(xué)研究的深入，分子生物學(xué)技術(shù)、計算機(jī)網(wǎng)絡(luò)技術(shù)的快速發(fā)展，以及高通量測序技術(shù)的成熟[1]，基因組、轉(zhuǎn)錄組、蛋白組、代謝組、脂類組學(xué)、免疫組學(xué)、糖組學(xué)、超聲組學(xué)等生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)呈爆炸性增長[2]，使得生物醫(yī)學(xué)研究迅速進(jìn)入大數(shù)據(jù)研究時代。在醫(yī)學(xué)理論與實踐 2022年17期2022-11-28
- 《生物信息學(xué)》課程的跨學(xué)科教學(xué)模式探索與實踐
究的興起，生物信息學(xué)作為一門融合了生物學(xué)、統(tǒng)計學(xué)及信息技術(shù)等多學(xué)科知識的交叉學(xué)科，已經(jīng)逐步發(fā)展成為現(xiàn)代生物學(xué)和醫(yī)學(xué)研究等領(lǐng)域的關(guān)鍵核心課程[1].汕頭大學(xué)生物系已將《生物信息學(xué)》作為生物技術(shù)專業(yè)本科學(xué)生的必修課程.該課程是一門跨學(xué)科專業(yè)課程，具有很強(qiáng)的理論性和實踐性，需要學(xué)生不僅具有生物化學(xué)、分子生物學(xué)等生物學(xué)知識，也要有一定的統(tǒng)計學(xué)和計算機(jī)基礎(chǔ).為了更好地完善課程設(shè)置和教學(xué)計劃并探索更加合理的人才培養(yǎng)模式，本文以《生物信息學(xué)》的本科教學(xué)為例，對于交叉學(xué)科汕頭大學(xué)學(xué)報（自然科學(xué)版） 2022年2期2022-11-26
- ARCS模型在基于超星學(xué)習(xí)通的混合式教學(xué)中的應(yīng)用 ——以“生物信息學(xué)”課程為例
學(xué)科之一，生物信息學(xué)具有綜合跨學(xué)科的背景，涉及生物、醫(yī)療和環(huán)境等各個領(lǐng)域。其課程教學(xué)不但包括理論教學(xué)，還包括上機(jī)實踐操作。迄今，“生物信息學(xué)”課程已在國內(nèi)大多數(shù)高校開課，其教學(xué)形式也由傳統(tǒng)教學(xué)逐漸向在線課堂或線上線下混合教學(xué)模式轉(zhuǎn)變，但在教學(xué)過程中仍存在諸多問題。其中，一個普遍的問題是，隨著新技術(shù)、新模式的出現(xiàn)，學(xué)生在教學(xué)初期往往充滿好奇心，積極性很高，但難以維持。另一方面，“機(jī)不離手”是當(dāng)下大學(xué)生的新常態(tài)，而借助移動超星學(xué)習(xí)通等智慧平臺，對教學(xué)模式進(jìn)行改現(xiàn)代信息科技 2022年11期2022-08-26
- ARCS模型在基于超星學(xué)習(xí)通的混合式教學(xué)中的應(yīng)用 ——以“生物信息學(xué)”課程為例
學(xué)科之一，生物信息學(xué)具有綜合跨學(xué)科的背景，涉及生物、醫(yī)療和環(huán)境等各個領(lǐng)域。其課程教學(xué)不但包括理論教學(xué)，還包括上機(jī)實踐操作。迄今，“生物信息學(xué)”課程已在國內(nèi)大多數(shù)高校開課，其教學(xué)形式也由傳統(tǒng)教學(xué)逐漸向在線課堂或線上線下混合教學(xué)模式轉(zhuǎn)變，但在教學(xué)過程中仍存在諸多問題。其中，一個普遍的問題是，隨著新技術(shù)、新模式的出現(xiàn)，學(xué)生在教學(xué)初期往往充滿好奇心，積極性很高，但難以維持。另一方面，“機(jī)不離手”是當(dāng)下大學(xué)生的新常態(tài)，而借助移動超星學(xué)習(xí)通等智慧平臺，對教學(xué)模式進(jìn)行改現(xiàn)代信息科技 2022年11期2022-08-26
- 獅頭鵝MAP2K1基因SNP位點篩查及生物信息學(xué)分析
位點并進(jìn)行生物信息學(xué)分析。檢測結(jié)果表明，在獅頭鵝群體中發(fā)現(xiàn)1個SNP位點，為E3-63 A>G，存在3種基因型。生物信息學(xué)預(yù)測顯示，MAP2K1基因突變前后編碼氨基酸并未發(fā)生改變，屬于不穩(wěn)定不跨膜酸性親水性蛋白，存在卷曲螺旋結(jié)構(gòu)，無信號肽存在。亞細(xì)胞定位于細(xì)胞核、細(xì)胞質(zhì)、細(xì)胞支架的概率分別為60.9%、30.4%、8.7%，主要在細(xì)胞核發(fā)揮生物學(xué)作用;有34個磷酸化位點，有1個N-糖基化位點，1個保守結(jié)構(gòu)S_TKc，蛋白二級結(jié)構(gòu)主要由α螺旋和無規(guī)則卷曲組成江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué) 2022年11期2022-06-24
- 百蕊草LRR-RLKs基因的鑒定與生物信息學(xué)分析
通過測序、生物信息學(xué)分析、熒光定量PCR等技術(shù)對兩條基因進(jìn)行分析。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，兩條基因全長分別為1 278 bp與2 115 bp，分別編碼425和704個氨基酸，命名為TcLRR1和TcLRR2;TcLRR1與擬南芥EFR基因一致性最高，TcLRR2與水稻Xa21一致性最高;TcLRR2具有完整的LRR-RLK蛋白結(jié)構(gòu)（亮氨酸重復(fù)域、信號肽、跨膜結(jié)構(gòu)域、激酶域），而TcLRR1缺乏激酶域;TcLRR1與TcLRR2在非脅迫條件下的組織表達(dá)模式一致，都在葉片南方農(nóng)業(yè)·上旬 2022年5期2022-06-16
- 基于GEO數(shù)據(jù)庫探索口腔鱗狀細(xì)胞癌淋巴轉(zhuǎn)移的可能機(jī)制
結(jié)論 利用生物信息學(xué)篩選出口腔鱗狀細(xì)胞癌發(fā)生早期淋巴轉(zhuǎn)移與否的5個關(guān)鍵差異基因可能是其發(fā)生早期淋巴轉(zhuǎn)移的關(guān)鍵機(jī)制，有望成為其治療的靶點分子，為今后的研究提供新的思路?！娟P(guān)鍵詞】口腔鱗狀細(xì)胞癌;淋巴轉(zhuǎn)移;GEO數(shù)據(jù)庫;生物信息學(xué)基金項目：貴州省科技計劃項目（黔科合基礎(chǔ)-ZK[2021]一般433）口腔鱗狀細(xì)胞癌（oral squamous cell carcinoma， OSCC）是一種具有不同分化程度的具有侵襲性的腫瘤，傾向于早期、廣泛的淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移，是口腔健康體檢與管理 2022年5期2022-06-15
- 支氣管敗血波氏桿菌PRN基因CDS區(qū)的生物信息學(xué)分析
摘要：通過生物信息學(xué)軟件預(yù)測分析支氣管敗血波氏桿菌PRN基因編碼蛋白功能及其調(diào)節(jié)機(jī)制。結(jié)果表明，支氣管敗血波氏桿菌PRN基因CDS區(qū)編碼911個氨基酸，分子式為C4 121H6 556N1 250O1 258S11，分子質(zhì)量為13 196，消光系數(shù)為95 800，其理論等電點為9.64，不穩(wěn)定系數(shù)為36.24，PRN蛋白的理化性質(zhì)穩(wěn)定;PRN蛋白有多個磷酸化位點和糖基化位點;信號肽預(yù)測PRN蛋白有1個信號肽，信號肽位置在1～34;PRN蛋白為親水性蛋白，存江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué) 2022年10期2022-06-12
- 棗癭蚊圖爾病毒(DjTV-2a)衣殼蛋白生物信息學(xué)分析及抗原表位預(yù)測
ODEL等生物信息學(xué)軟件，預(yù)測DjTV-2a衣殼蛋白的理化性質(zhì)、氨基酸組成、親疏水性、信號肽、跨膜結(jié)構(gòu)、磷酸化位點、糖基化位點、二級結(jié)構(gòu)、三級結(jié)構(gòu)和抗原表位等。結(jié)果表明，DjTV-2a衣殼蛋白是由449個氨基酸構(gòu)成的親水蛋白，分子式為C 2 337H 3 607N 601O 689S 15，分子量為51.6 ku，理論等電點為5.98;主要二級結(jié)構(gòu)是無規(guī)則卷曲，存在82個磷酸化位點和1個糖基化位點，無信號肽和跨膜結(jié)構(gòu);該蛋白有21個B細(xì)胞優(yōu)勢抗原表位和10江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué) 2022年9期2022-06-09
- 應(yīng)用生物信息學(xué)技術(shù)發(fā)現(xiàn)化妝品保濕功效評價潛在新靶點
】化妝品;生物信息學(xué);絲聚蛋白;功效評價【DOI編碼】10.3969/j.issn.1674-4977.2022.03.017Discovery of Potential New Targets for Moisturizing Efficacy Evaluation of Cosmetics by BioinformaticsWANG Fu-xin，JIAOXiao-man，ZHAO Zhi-long，SHI Yan-tong（Liaoning Inst品牌與標(biāo)準(zhǔn)化 2022年3期2022-05-30
- 大麥TIFY基因家族成員鑒定及表達(dá)分析
，利用采用生物信息學(xué)軟件對其理化性質(zhì)、保守基序、特征結(jié)構(gòu)域、順式作用元件、基因結(jié)構(gòu)、系統(tǒng)進(jìn)化及表達(dá)模式進(jìn)行預(yù)測分析?！窘Y(jié)果】從大麥中鑒定出15個HvTIFYs基因（HvTIFY1～HvTIFY15），分布于5條染色體上，且大多數(shù)基因在染色體上成簇分布。15個HvTIFYs蛋白均具有TIFY家族蛋白的特征結(jié)構(gòu)域（TIFY），根據(jù)所含保守結(jié)構(gòu)域的不同，可分為ZML（4個）和JAZ亞族（11個），且親水性蛋白（14個）和偏堿性蛋白（11個）居多，但均定位于細(xì)胞核南方農(nóng)業(yè)學(xué)報 2022年2期2022-05-26
- 鼻咽癌生物信息學(xué)研究進(jìn)展
指導(dǎo)意義。生物信息學(xué)技術(shù)已成為生命科學(xué)研究的一個重要手段，本文對近年來生物信息學(xué)技術(shù)在鼻咽癌早期診斷、分子機(jī)制研究和分子靶向治療等方面的研究進(jìn)展進(jìn)行綜述。關(guān)鍵詞：鼻咽癌;生物信息學(xué);腫瘤標(biāo)志物【中圖分類號】 R766.3 【文獻(xiàn)標(biāo)識碼】 A? ? ? 【文章編號】2107-2306（2022）09--02鼻咽癌（Nasopharyngeal Carcinoma， NPC）是一種起源于鼻咽上皮細(xì)胞的惡性腫瘤，具有極強(qiáng)的轉(zhuǎn)移能力，已成為我國南方地區(qū)惡性腫瘤中的中國藥學(xué)藥品知識倉庫 2022年9期2022-05-23
- 綿羊ELOVL5基因的生物信息學(xué)分析
產(chǎn)物進(jìn)行了生物信息學(xué)分析。結(jié)果顯示，綿羊 ELOVL5 基因編碼737個氨基酸，其編碼蛋白分子式為C1656H2448N416O415S16，其分子質(zhì)量為35 335.39 Daltions，理論等電點為9.47，估計半衰期為30 h，不穩(wěn)定性指數(shù)為33.35。亞細(xì)胞定位主要位于內(nèi)質(zhì)網(wǎng)中（55.6%），ELOVL5基因編碼蛋白沒有信號肽序列，不屬于分泌蛋白。該蛋白存在多個跨膜區(qū)域，屬于跨膜蛋白，存在7個保守結(jié)構(gòu)域，并且為親水性蛋白，二級結(jié)構(gòu)主要以α螺旋和無甘肅農(nóng)業(yè)科技 2022年4期2022-05-10
- 甜橙 NHX 基因家族的鑒定及功能分析
基因家族;生物信息學(xué);基因表達(dá);順式作用元件 中圖分類號：S666.401 ??文獻(xiàn)標(biāo)志碼： A 文章編號：1002-1302（2022）07-0035-08收稿日期：2021-10-17基金項目：國家自然科學(xué)基金（編號：32060667、32160731）;江西省教育廳科學(xué)技術(shù)研究項目（編號：GJJ190758、GJJ180758）。作者簡介：楊 杰（1995—），男，山西呂梁人，碩士研究生，主要從事果樹逆境生理研究。E-mail：yangjiepers江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué) 2022年7期2022-05-09
- 香梨優(yōu)斑螟EPSXL基因生物信息學(xué)及表達(dá)分析
表達(dá)。利用生物信息學(xué)軟件預(yù)測香梨優(yōu)斑螟EPSXL基因的氨基酸序列、分析蛋白質(zhì)特性和構(gòu)建近緣物種進(jìn)化樹，并采用熒光定量PCR技術(shù)檢測該基因在頭、胸、腹、翅中的表達(dá)情況。發(fā)現(xiàn)EPSXL基因編碼區(qū)長度為1 005 bp，編碼334個氨基酸，具有2個保守的RRM結(jié)構(gòu)域。其蛋白為堿性親水性蛋白質(zhì)，二級結(jié)構(gòu)以α螺旋和無規(guī)則卷曲為主，有51個磷酸化位點和2個N-糖基化位點，不存在跨膜結(jié)構(gòu)及信號肽。對比發(fā)現(xiàn)，EPSXL氨基酸序列與臍橙螟ATSXL的序列相似性最高。在雄性香天津農(nóng)業(yè)科學(xué) 2022年4期2022-04-29
- 基于GEO數(shù)據(jù)庫研究結(jié)腸癌的生物標(biāo)志物
目的 通過生物信息學(xué)篩選出結(jié)腸癌中的關(guān)鍵基因，為結(jié)腸癌分子生物研究及早期診斷相關(guān)生物標(biāo)志物篩選提供理論依據(jù)。方法 從GEO數(shù)據(jù)庫中選擇編號為GSE10950、GSE74602和GSE110224的基因芯片，利用R語言下載評估芯片質(zhì)量，對樣本進(jìn)行規(guī)范化處理并篩選出差異基因（DEG），通過TCGA下載結(jié)腸癌的表達(dá)數(shù)據(jù)，驗證DEG的準(zhǔn)確性，通過DAVID在線網(wǎng)站對DEG進(jìn)行GO分析和KEGG富集分析，通過STRING在線網(wǎng)站得到DEG的蛋白互作網(wǎng)絡(luò)，利用Cyto中國現(xiàn)代醫(yī)生 2022年9期2022-04-28
- 基于TMT蛋白組學(xué)及生物信息學(xué)分析牦牛抗凍差異蛋白
相互作用等生物信息學(xué)分析?！窘Y(jié)果】從牦牛耳組織中共鑒定獲得21856個肽段（Peptide），其中特有肽段（Unique peptide）序列為18452個，定量獲得4519個蛋白，最終篩選出144個差異蛋白，其中上調(diào)蛋白89個、下調(diào)蛋白55個。144個牦牛抗凍差異蛋白亞細(xì)胞定位到7個條目上，分別是細(xì)胞核蛋白56個、細(xì)胞質(zhì)蛋白51個、質(zhì)膜蛋白24個、細(xì)胞外蛋白23個、線粒體蛋白18個、細(xì)胞骨架蛋白1個和溶酶體蛋白1個;共鑒定到194個結(jié)構(gòu)域。GO功能富集分南方農(nóng)業(yè)學(xué)報 2022年1期2022-04-21
- 農(nóng)業(yè)類高校生物信息學(xué)課程教學(xué)現(xiàn)狀與改革探究
國輝摘要 生物信息學(xué)是生命科學(xué)領(lǐng)域的一門新興交叉熱門學(xué)科，是開展生物學(xué)相關(guān)研究的工具和載體，也是農(nóng)業(yè)類高校的專業(yè)基礎(chǔ)必修課之一。隨著該學(xué)科的迅猛發(fā)展，傳統(tǒng)教學(xué)中的問題不斷凸顯，及時調(diào)整教學(xué)策略是改善教學(xué)質(zhì)量的重要手段之一。在前期教學(xué)實踐的基礎(chǔ)上，總結(jié)了農(nóng)業(yè)類高校生物信息學(xué)課程教學(xué)中存在的主要問題，并從師資隊伍、課程內(nèi)容、軟硬件設(shè)施和基礎(chǔ)課程建設(shè)等方面有針對性地提出了相應(yīng)的改革建議，以期為該課程的教學(xué)創(chuàng)新和課程改革提供參考。關(guān)鍵詞 生物信息學(xué);農(nóng)業(yè)類高校;教安徽農(nóng)業(yè)科學(xué) 2022年7期2022-04-19
- 馬鈴薯StASR基因的生物信息學(xué)分析及基因克隆
序列。通過生物信息學(xué)分析發(fā)現(xiàn)，該基因位于4號染色體上，基因長度為654 bp，編碼108個氨基酸殘基，其編碼的蛋白質(zhì)具有典型的ABA/WDS保守結(jié)構(gòu)域。啟動子區(qū)域分析后發(fā)現(xiàn)，馬鈴薯StASR基因含有水分響應(yīng)元件MYCATERD1、冷脅迫響應(yīng)元件DRECRTCOREAT和鹽脅迫響應(yīng)元件GT1GMSCAM4等多種與非生物脅迫響應(yīng)相關(guān)元件以及馬鈴薯生長發(fā)育相關(guān)順式作用元件，對其進(jìn)行蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)的分析發(fā)現(xiàn)與低溫、水分脅迫等基因互作。用PCR技術(shù)成功的克隆到馬鈴薯甘肅農(nóng)業(yè)科技 2022年3期2022-04-18
- 創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)背景下《生物信息學(xué)》課程的教學(xué)改革與實踐
三次革命。生物信息學(xué)作為一門應(yīng)用性極強(qiáng)的交叉學(xué)科，已成為生命科學(xué)研究和智慧農(nóng)業(yè)領(lǐng)域必不可少的工具。為響應(yīng)國家對課程改革的要求，必須更新生物信息學(xué)課程教學(xué)內(nèi)容、改變教學(xué)模式并增加創(chuàng)新課程實驗。旨在通過生物信息學(xué)課程的改革，激發(fā)大學(xué)生的創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)能力，培養(yǎng)符合社會需求的應(yīng)用型人才。1 課程教學(xué)目標(biāo)和改革1.1 傳統(tǒng)教學(xué)目標(biāo)生物信息學(xué)是一門交叉學(xué)科。該學(xué)科結(jié)合計算機(jī)技術(shù)和信息論方法來研究生命科學(xué)相關(guān)的問題，涉及到核酸、蛋白等生物信息數(shù)據(jù)的采集、存儲、檢索、分析等過科技資訊 2022年23期2022-04-07
- 希金斯炭疽菌中NPFxD基序蛋白找尋及其生物信息學(xué)分析
二級結(jié)構(gòu)等生物信息學(xué)分析。結(jié)果表明，ChMYO1、ChGBP2蛋白亞細(xì)胞定位情況不同，前者定位在質(zhì)膜，后者定位在核內(nèi);兩者在親疏水性、最高氨基酸殘基和其位置等均有著一定差異;兩者均無明顯的信號肽序列;兩者均含有無規(guī)則卷曲、α螺旋、β卷曲，而缺乏TM螺旋。此外，對多個不同真菌中NPFxD基序同源蛋白序列開展遺傳關(guān)系分析，明確希金斯炭疽菌中的NPFxD基序蛋白與炭疽菌屬中其他病菌中的蛋白具有較高的同源性，本研究為進(jìn)一步研究炭疽菌屬NPFxD基序蛋白的功能提供了江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué) 2022年5期2022-04-01
- 基于貝葉斯網(wǎng)絡(luò)方法的基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)研究
葉斯網(wǎng)絡(luò)在生物信息學(xué)領(lǐng)域的應(yīng)用。關(guān)鍵詞：貝葉斯網(wǎng)絡(luò);基因;生物信息學(xué)一、引言 生物信息學(xué)是隨著人類基因組計劃的啟動而興起的一門新的交叉學(xué)科，主要涉及生物學(xué)、數(shù)學(xué)及計算機(jī)科學(xué)等。它的研究對象是分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫，通過使用多種學(xué)科理論及工具，對海量的原始序列數(shù)據(jù)進(jìn)行收集、存儲、加工、處理、解釋和傳播并從中發(fā)現(xiàn)新的規(guī)律而獲取生物學(xué)新知識，進(jìn)而揭示“基因組信息結(jié)構(gòu)的復(fù)雜性及遺傳語言的根本規(guī)律”[1]。 隨著測序技術(shù)的發(fā)展，測序成本不斷降低，使得高通量測序逐漸成為客聯(lián) 2022年1期2022-03-29
- 玉米COBRA家族成員全基因組鑒定與表達(dá)模式分析
作用。通過生物信息學(xué)方法，從玉米基因組中發(fā)現(xiàn)了9個COBRA家族基因，并對其基因結(jié)構(gòu)、系統(tǒng)發(fā)育和表達(dá)模式等進(jìn)行了分析。結(jié)果表明，9個COBRA家族基因都含有CCVS保守結(jié)構(gòu)域，并且均定位于細(xì)胞膜上。系統(tǒng)進(jìn)化分析結(jié)果顯示，該家族可以分為2個亞族，每個亞族內(nèi)的基因具有相似的基因結(jié)構(gòu)和理化性質(zhì)?；虮磉_(dá)分析結(jié)果表明，所有COBRA家族成員響應(yīng)多種非生物脅迫，且當(dāng)植株受到紫外照射處理時，ZmCOBL1～ZmCOBL3和ZmCOBL7～ZmCOBL9這6個基因均表現(xiàn)甘肅農(nóng)業(yè)科技 2022年2期2022-03-23
- 油棕Δ9硬脂酰-ACP脫氫酶EgSAD基因的克隆及表達(dá)分析
用元件進(jìn)行生物信息學(xué)分析;利用實時熒光定量PCR檢測SAD在2個油棕品種果實成熟期的表達(dá)特征。結(jié)果表明：非洲油棕中總不飽和脂肪酸（棕櫚酸和硬脂酸）比例（55.76%～60.27%）顯著高于雜交油棕（37.2%～45.43%），雜交油棕中不飽和脂肪酸（油酸和亞油酸）比例（51.61%～56.92%）顯著高于非洲油棕（35.54%～38.64%）;鑒定了7個基因命名為：～和～;基因編碼的肽鏈平均為413個氨基酸，分子量為43.41～45.92 kDa，等電點為熱帶作物學(xué)報 2022年2期2022-03-07
- 玉米LEC1基因家族的鑒定與生物信息學(xué)分析
單位。利用生物信息學(xué)方法，獲得了16個玉米LEC1基因。分析發(fā)現(xiàn)，ZmLEC1蛋白大部分都是酸性的不穩(wěn)定親水蛋白，含有1個保守結(jié)構(gòu)域CBFD_NFYB_HMF及10個保守基序。通過與擬南芥LEC1基因和水稻LEC1基因的聚類分析，將玉米LEC1基因家族分為4類：ClassⅠ、ClassⅡ、ClassⅢ、ClassⅣ。經(jīng)RNA-seq等分析發(fā)現(xiàn)，玉米LEC1家族基因具有組織特異性，響應(yīng)非生物脅迫。啟動子分析發(fā)現(xiàn)，玉米LEC1基因啟動子上含有響應(yīng)激素和非生物脅甘肅農(nóng)業(yè)科技 2022年1期2022-02-25
- 雞TRAF6基因外顯子區(qū)功能性SNP預(yù)測與分析
Ps，利用生物信息學(xué)軟件PROVEN、SIFT、PhDSNP和SNAP2分別對nsSNPs進(jìn)行功能性預(yù)測;使用IMutant2.0和Mupro對突變位點氨基酸的穩(wěn)定性進(jìn)行預(yù)測;此外，利用Clustal Omega和Jalview對雞TRAF6基因編碼的氨基酸序列進(jìn)行多序列比對和進(jìn)化位點保守性預(yù)測。使用MutPred2預(yù)測突變可能造成的影響;最后使用Sopma和SWISSMODEL軟件分別預(yù)測TRAF6野生型和突變型的蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)和構(gòu)建它們的三級結(jié)構(gòu)。結(jié)果山地農(nóng)業(yè)生物學(xué)報 2022年1期2022-02-16
- 課程思政下的《生物信息學(xué)》“線上線下”混合教學(xué)模式應(yīng)用研究*
6)一、《生物信息學(xué)》課程教學(xué)目標(biāo)與思路隨著大數(shù)據(jù)時代的來臨和高通量生物技術(shù)的蓬勃發(fā)展，生物信息學(xué)這門新興學(xué)科也已取得了迅速地進(jìn)展，特別是在新型冠狀病毒肺炎疫情的影響下，生物信息學(xué)的作用和地位尤顯重要。本課程具有很強(qiáng)的交融性、實踐性和多學(xué)科的高度綜合性，對本科學(xué)生的生物綜合基礎(chǔ)知識、數(shù)學(xué)、統(tǒng)計學(xué)以及計算機(jī)能力具有較高的要求，同時這也為本科生物信息學(xué)課程創(chuàng)造了新的機(jī)遇與挑戰(zhàn)。學(xué)生通過對這門課程的系統(tǒng)學(xué)習(xí)，不僅能夠拓展其知識體系的豐富度，培養(yǎng)知識應(yīng)用和創(chuàng)新思維新教育時代電子雜志(教師版) 2022年37期2022-02-13
- 油棕脂肪酸外運蛋白基因FAX1的克隆及表達(dá)分析
對象，采用生物信息學(xué)和熒光定量PCR挖掘控制油棕脂肪酸轉(zhuǎn)運的關(guān)鍵基因。脂肪酸外運蛋白1（fatty acid export 1， FAX1）是植物脂肪酸轉(zhuǎn)運蛋白，介導(dǎo)細(xì)胞內(nèi)脂肪酸從質(zhì)體向外運輸，在脂質(zhì)合成中起著重要的調(diào)控作用。本研究從油棕中克隆了3個EgFAX1基因（EgFAX1-1，EgFAX1-2，EgFAX1-3），對其氨基酸長度、分子量、等電點、蛋白不穩(wěn)定指數(shù)、脂肪族系數(shù)、總平均親水性、染色體定位、基因結(jié)構(gòu)、保守功能域、進(jìn)化關(guān)系和表達(dá)特征進(jìn)行分析。熱帶作物學(xué)報 2022年1期2022-02-10
- 基于Python程序設(shè)計的生物信息學(xué)人才培養(yǎng)模式探析
計算思維;生物信息學(xué);Python中圖法分類號：TP391 文獻(xiàn)標(biāo)識碼：A當(dāng)今，生物技術(shù)是關(guān)鍵的前沿技術(shù)之一。隨著基因測序技術(shù)的不斷發(fā)展和測序數(shù)據(jù)的大量獲取，生物技術(shù)科學(xué)已經(jīng)進(jìn)入大數(shù)據(jù)時代。面對海量的生物數(shù)據(jù)，運用計算機(jī)技術(shù)分析數(shù)據(jù)和找出基因、蛋白質(zhì)編碼信息等問題的生物信息學(xué)（Bioinformatics）應(yīng)運而生。同時，這也對生物信息學(xué)專業(yè)學(xué)生的計算機(jī)知識和技能提出了更高的要求，特別是要求其具有一定的編程基礎(chǔ)和編程能力，能根據(jù)自己的需要使用程序表達(dá)式在生計算機(jī)應(yīng)用文摘·觸控 2022年1期2022-02-07
- “新農(nóng)科”背景下生物信息學(xué)課程開設(shè)建議
迅速發(fā)展，生物信息學(xué)作為生命科學(xué)領(lǐng)域的重要研究手段，其重要性不言而喻。恰逢國家“新農(nóng)科”建設(shè)的契機(jī)，生物信息學(xué)教學(xué)質(zhì)量直接與“新農(nóng)科”人才的培養(yǎng)密切相關(guān)。本文總結(jié)了當(dāng)下生物信息學(xué)課程開設(shè)過程中存在的不足和面臨的困境，并從師資組建、平臺搭建、課程建設(shè)等方面提出了相應(yīng)的建議，期望為生物信息學(xué)教學(xué)和人才培養(yǎng)提供參考。關(guān)鍵詞：“新農(nóng)科”;生物信息學(xué);課程建設(shè)建設(shè)“新農(nóng)科”已成為新時期高校農(nóng)業(yè)教育改革的重要方向，以多學(xué)科深度融合為核心，以促進(jìn)創(chuàng)新發(fā)展的實踐為首要本質(zhì)科技信息·學(xué)術(shù)版 2021年3期2021-12-24
- 基于R語言的醫(yī)學(xué)院校生物信息學(xué)專業(yè)統(tǒng)計課程教學(xué)探索
;統(tǒng)計學(xué);生物信息學(xué);教學(xué)21世紀(jì)以來，隨著生物醫(yī)學(xué)研究技術(shù)的蓬勃發(fā)展，生物醫(yī)學(xué)相關(guān)領(lǐng)域，包括臨床醫(yī)療、公共衛(wèi)生、生物學(xué)、環(huán)境監(jiān)測等，產(chǎn)生的多層面數(shù)據(jù)出現(xiàn)井噴式增長。生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)的分析離不開生物醫(yī)學(xué)、計算機(jī)科學(xué)、數(shù)理統(tǒng)計學(xué)和信息科學(xué)等多個領(lǐng)域的交叉融合。而生物信息學(xué)（bioinfor-matics）就是在生物組學(xué)數(shù)據(jù)爆發(fā)增長的基礎(chǔ)上應(yīng)運而生的一門新興交叉學(xué)科。它包含了對核酸（DNA、RNA）和蛋白質(zhì)的序列和結(jié)構(gòu)信息的獲取、整理、存儲、分析和解釋等多方面內(nèi)容科技風(fēng) 2021年33期2021-12-24
- 目標(biāo)導(dǎo)向驅(qū)動的生物信息學(xué)的課程設(shè)計實踐
李杰摘要：生物信息學(xué)不僅是一門科學(xué)學(xué)科，更是一種重要的研究開發(fā)平臺與工具，特別是在此次特殊環(huán)境的防控中發(fā)揮了重要的作用。冠狀病毒基因組組裝、基因注釋、病毒溯源、細(xì)胞受體確定、潛在藥物發(fā)現(xiàn)等過程中，生物信息學(xué)都可以發(fā)揮重要作用。本論文通過將學(xué)生需要學(xué)習(xí)的生物信息學(xué)知識，有機(jī)融入冠狀病毒相關(guān)的研究背景中去，希望激發(fā)學(xué)生學(xué)習(xí)興趣，使學(xué)生主動投入到服務(wù)社會、報效祖國的行動中去，在擔(dān)當(dāng)中歷練，在盡責(zé)中成長。關(guān)鍵詞：生物信息學(xué);在線課堂;云戰(zhàn)疫生物信息學(xué)可以通過對生物三悅文摘·教育學(xué)刊 2021年46期2021-12-22
- 中?？Х萕RKY基因家族的生物信息學(xué)分析
。該文利用生物信息學(xué)方法對中?？Х萕RKY蛋白家族的理化特性及其分子進(jìn)化進(jìn)行了詳細(xì)分析。結(jié)果表明：（1）CcWRKY蛋白氨基酸數(shù)量在103～994個之間，均無信號肽，推測其為非分泌性蛋白;其二級結(jié)構(gòu)以無規(guī)則卷曲為最主要的結(jié)構(gòu)元件，三級結(jié)構(gòu)主要分為6類，其中以CcWRKY15、CcWRKY25、CcWRKY37和CcWRKY42為主要成員的D類結(jié)構(gòu)最穩(wěn)定。（2）保守結(jié)構(gòu)域及進(jìn)化樹分析結(jié)果顯示，中?？Х萕RKY基因家族含有49個成員，其中的10個成員歸為WRK廣西植物 2021年11期2021-12-18
- 玉木耳漆酶基因Aclac的克隆及原核表達(dá)
，對其進(jìn)行生物信息學(xué)分析，并將目的基因連接至pET-28a質(zhì)粒上以構(gòu)建原核表達(dá)載體pET28a-Aclac，將其轉(zhuǎn)化大腸桿菌BL21（DE3）中誘導(dǎo)表達(dá)?！窘Y(jié)果】克隆獲得的Aclac基因cDNA序列長度為1734 bp，編碼577個氨基酸殘基;Aclac基因DNA序列長度為2521 bp，含14個內(nèi)含子。AcLAC蛋白理論分子量為64.75 kD，理論等電點為5.70，不穩(wěn)定指數(shù)為34.01，無跨膜區(qū)域，存在1個信號肽，在4個銅離子結(jié)合區(qū)高度保守，且含有C南方農(nóng)業(yè)學(xué)報 2021年8期2021-12-15
- “生物信息學(xué)”課程混合式教學(xué)探索
0 引言“生物信息學(xué)”是伴隨人類基因組計劃發(fā)展起來的新興交叉學(xué)科，融合了生物、數(shù)學(xué)、物理及計算機(jī)科學(xué)等多個學(xué)科，通過對生物數(shù)據(jù)的獲取、存儲、檢索與計算分析，從而實現(xiàn)生命科學(xué)新知識的發(fā)掘。隨著新一代測序技術(shù)的快速發(fā)展，核酸測序成本得以迅速下降，并且與多種技術(shù)結(jié)合，從系統(tǒng)生物學(xué)角度深入、廣泛地研究生命科學(xué)各類問題，從而催生了當(dāng)今生命科學(xué)領(lǐng)域的一個重要特征——生物和醫(yī)療數(shù)據(jù)的快速大量積累，這也大大促進(jìn)了生物信息學(xué)分析工具的快速迭代發(fā)展[1]。對于生命科學(xué)領(lǐng)域的研農(nóng)產(chǎn)品加工 2021年23期2021-12-05
- 基于生物信息學(xué)方法雙芯片聯(lián)合分析阿爾茨海默病海馬相關(guān)差異基因的研究