黃鎮(zhèn)宇,章 群,盧麗鋒,周 琪,唐楚林
(暨南大學(xué)生態(tài)學(xué)系,廣州 510632)
鯔科(Mugilidae)魚類隸屬硬骨魚綱(Osteichthyes)鯔形目(Mugiliformes),廣泛分布于熱帶亞熱帶及溫帶海洋[1],不僅影響著鄰近海域生態(tài)系統(tǒng)的營養(yǎng)轉(zhuǎn)移和浮游生物的豐富度,具有重要的生態(tài)意義[2-3],同時具有生長速率快、產(chǎn)量高、肉味鮮甜等特點(diǎn),是世界重要的經(jīng)濟(jì)魚類[4-5]。但近年來,受過度捕撈和環(huán)境污染等影響,中國近海范圍內(nèi)的鯔科魚類資源已銳減,處于被過度利用的狀態(tài)[6-7],亟待開展種質(zhì)資源的保護(hù)及開發(fā)利用的研究。
正確鑒定物種是開展生態(tài)調(diào)查與資源管理的前提。傳統(tǒng)的形態(tài)分類方法易受鑒定者的主觀經(jīng)驗(yàn)、樣本的保存狀況、發(fā)育階段及其環(huán)境因素的影響而出現(xiàn)鑒定錯誤。為避免主觀因素的影響,BEDDOW等[8]提出形態(tài)測量方法,即將在魚類樣本上標(biāo)出一系列坐標(biāo)點(diǎn)間的間距作為不同的形態(tài)參數(shù),通過統(tǒng)計(jì)學(xué)方法比較不同魚類間形態(tài)的相似性與差異性進(jìn)行物種的分類,但該方法無法完全區(qū)分形態(tài)相似的物種。為此,HEBERT等[9-10]提出了 DNA條形碼的概念,即通過分析一段標(biāo)準(zhǔn)的目標(biāo)基因DNA序列對物種進(jìn)行鑒定。在DNA條形碼對鳥類、魚類和昆蟲等生物的鑒定成功[9-10]之后,線粒體 CO I序列5’端處約650 bp長度的序列分析憑借DNA的提取方便、種間與種內(nèi)距離具有明顯間隔等特點(diǎn),在揭示隱存種、鑒定缺少形態(tài)變化或標(biāo)本殘缺的物種等方面具有突出優(yōu)勢,逐漸成為動物界首選DNA條形碼標(biāo)記[11-12]。
鯔科魚類外部形態(tài)保守(尤其在幼魚階段),有效的種間劃分特征不明顯[13],迄今分類存在爭議,如NELSON[14]將世界鯔科魚類分為17屬72種,THOMSON[15]則認(rèn)為是 14屬 62種。中國鯔科魚類曾被劃分為5屬28種,后更改為7屬13種[16]。目前,形態(tài)測量方法和DNA條形碼技術(shù)已被運(yùn)用在鯔科魚類的研究中。如劉建勇[5]通過形態(tài)計(jì)測比較了國內(nèi)鯔科魚類的不同地理群體的異同;劉璐等[17]測定了國內(nèi)5省9個地點(diǎn)5種鯔科魚類25個樣本的DNA條形碼序列;上述研究解決了中國部分鯔科魚類的分類問題,但涉及地區(qū)和種類有限。本研究測量了中國8省27個地點(diǎn)的7種鯔科魚類226個樣本的40項(xiàng)形態(tài)數(shù)據(jù),并進(jìn)行了形態(tài)聚類分析、主成分分析、判別函數(shù)分析,同時還測定了其中57個樣本的CO I基因5’端的部分序列,并結(jié)合從Genebank數(shù)據(jù)庫下載的關(guān)于中國鯔科魚類的9種魚27條同源序列,開展中國鯔科魚類的DNA條形碼研究,旨在豐富中國鯔科魚類的DNA條形碼數(shù)據(jù)庫,為中國鯔科魚類種質(zhì)資源的管理保護(hù)與開發(fā)利用提供參考依據(jù)。
圖1 鯔科魚類的框架結(jié)構(gòu)圖(參照BEDDOW等[8]修改)Fig.1 M orphometricmeasurements of Mugilidae(revised based on BEDDOW et al[8])
結(jié)合《南海魚類志》[18]與《中國魚類系統(tǒng)檢索》[19],鑒定本實(shí)驗(yàn)室保存的鯔科魚類標(biāo)本,參照BEDDOW等[8]的方法和12個解剖學(xué)坐標(biāo)點(diǎn)對采自中國8省27個地點(diǎn)的鮻(Liza haematocheila)49 ind、棱鮻 (Liza affinis)50 ind、圓吻凡鯔(Valamugil seheli)60 ind、灰 鰭 鮻 (Liza melinopterus)1 ind、鯔(Mugil cephalus)11 ind、綠背鮻(Liza subviridis)52 ind、未命名種 B(Liza sp.B)3 ind共226個樣本進(jìn)行40項(xiàng)數(shù)據(jù)的測量,分別如圖 1所示:1(全長)、2(標(biāo)準(zhǔn)長)、3(頭長)、4(頭高)、5(吻長)、6(眼徑)、7(尾柄長)、8(尾柄高)、9(背鰭高)、10(胸鰭長)、11(腹鰭長)、12(臀鰭基長)、13(臀鰭長)、14(眼間距)、AB、AC、BC、BD、BE、CD、CE、DE、DF、DH、EF、EG、EH、FG、FH、GI、GH、GJ、HJ、HI、IJ、IK、IL、JK、JL、LK。然后將測得數(shù)據(jù)(除全長外)全部除以全長,轉(zhuǎn)換成百分比,最后通過SPSS軟件輸出形態(tài)聚類圖、主成分分析圖、判別函數(shù)圖。
參考樂小亮等[20]方法提取魚類樣本的DNA,使 用 擴(kuò) 增 引 物 FishF2_t1:5’-TGTAAAACGACGGCCAGTCGACTAATCATAAAG ATATCGGCAC[21], FR1d_t1: 5’-CAGGAAACAGCTATGACACCTCAGGGTGTCCGAARA AYCARAA[22],以及本實(shí)驗(yàn)室自行設(shè)計(jì)的引物COIF:5’-TGTAAAACGACGGCCAGTCCTGTGGC AATYACDCGCTGAT,COIR:5’-CAGGAAACAG CTATGACNACYTCNGGRTGNCCRAAGAA進(jìn)行PCR擴(kuò)增,經(jīng)凝膠電泳后將條帶清晰明亮的PCR產(chǎn)物送于華大基因公司,使用引物 5’-TGTAAAA-CGACGGCCAGT[23]進(jìn) 行 測 序。 從GenBank下載中國鯔科魚類同源序列,通過MEGA[24]等軟件對測得的序列進(jìn)行人工校對及堿基構(gòu)成、顛換率的計(jì)算,并構(gòu)建基于K2P模型的系統(tǒng)鄰接樹和計(jì)算分支間、分支內(nèi)遺傳距離,運(yùn)用ABGD(automatic barcode gap discovery)方法進(jìn)行假設(shè)種的分析[25]。本文所分析的序列詳情見表1。
表1 中國鯔科魚類采集地點(diǎn)、數(shù)量、編號與序列來源Tab.1 Sampling locations,sample sizes,codes and sequence origins of M ugilidae from Chinese waters
在形態(tài)聚類圖上(圖2),首先聚類的是圓吻凡鯔、鯔和棱鮻,然后綠背鮻、Liza sp.B、鮻、灰鰭鮻依次加入聚類。在主成分散點(diǎn)圖上(圖3),棱鮻和鯔與其它種類在第一主成分(軀干特征)中的重疊部分較少;在第二成分(頭部特征)中,各種魚重疊部分較多,不能較好區(qū)分開來。判別函數(shù)分析結(jié)果表明(圖3),棱鮻的判別率是最高的,達(dá)到100%;綠背鮻的判別率最低,只有87.5%。在預(yù)測組中的32例中,1例被誤判為鮻,1例被誤判為鯔,2例被誤判為棱鮻;鮻的判別率為94%,在預(yù)測組中的50例,有3例被誤判為鯔;鯔的判別率為96.7%,在預(yù)測組的30例中,有一例被誤判為鮻;圓吻凡鯔的判別率為96.7%,在預(yù)測組的60例中,一例被誤判為綠背鮻,一例被誤判為棱鮻。此外,因灰鰭鮻及Liza sp.B的樣本數(shù)量不夠,無法進(jìn)行主成分、判別函數(shù)分析。
在652 bp序列中,共發(fā)現(xiàn)多態(tài)位點(diǎn)221個,簡約信息位點(diǎn)215個,沒有出現(xiàn)堿基的插入或缺失。A、T、C、G平均含量為:23.3%、29.9%、28.5%、18.3%,其中 A+T含量(53.2%)大于 C+G含量(46.8%),與其它硬骨魚類CO I序列堿基組成的基本特征一致。轉(zhuǎn)換與顛換比4.46,表明序列突變沒有達(dá)到飽和,適合于系統(tǒng)發(fā)育分析[26]。
圖2 形態(tài)量度的聚類圖Fig.2 Dendrogram of M ugilidae constructed by morphometric measurements
圖3 5種鯔科魚類40個測量特征的主成分散點(diǎn)圖(左)與判別函數(shù)得分(右)Fig.3 Scatterplot of principal component analysis(left)and discrim inant scores(right)based on 40 morphologicalmeasurements of 5 species of Mugilidae
在鄰接樹上14種魚類84條序列形成了12個明顯的分支(圖 4),分支間平均遺傳距離17.14%(7.26% ~23.94%)約為分支內(nèi)平均遺傳距離 0.24%(0~1.5%)的 71倍(圖 5),與ABGD分析結(jié)果相符(圖6):當(dāng)先驗(yàn)遺傳距離大于2.15%時,鯔科被分成12個假設(shè)種。其中,Liza sp.A、鮻、大鱗鮻、綠背鮻、黃鯔、粒唇鯔、鯔、帕氏凡鯔獨(dú)立成支,分別對應(yīng)分支 2、3、5、7、8、9、10、11。從Genbank下載的灰鰭鮻序列LizamelY.LeiZ1與實(shí)驗(yàn)測序的棱鮻序列聚合在分支1上,其余的灰鰭鮻序列在分支4;下載的Liza sp.C與實(shí)驗(yàn)測序的Liza sp.B序列混雜在分支6中;下載的長鰭莫鯔序列和測序的圓吻凡鯔序列混雜在分支12。鯔進(jìn)一步分成2個單系分支,分支間平均遺傳距離2.44%約為分支內(nèi)平均遺傳距離0.08%的31倍,與ABGD分析結(jié)果一致(圖5):當(dāng)先驗(yàn)遺傳距離為0.28% ~2.15%時,鯔科被分成了13個假設(shè)種。
圖4 基于K 2P模型的進(jìn)化樹Fig.4 NJ trees based on K 2Pmodel
在形態(tài)聚類圖中,大鱗鮻、棱鮻和鯔首先聚類,表明3者形態(tài)較為接近;鮻、灰鰭鮻最后加入聚類,表明與其它魚有較大形態(tài)差異。在主成分散點(diǎn)圖中,棱鮻和鯔與其它種類在第一主成分(軀干特征)上的重疊部分較少,各種魚在第二成分(頭部特征)上重疊部分較多;表明棱鮻和鯔在軀干特征上與其它魚類差異最大。據(jù)判別函數(shù)分析,棱鮻的判別率最高,表明最容易辨認(rèn);綠背鮻的判別率最低,表明易被誤判為其它物種;但這一結(jié)論不完全符合形態(tài)聚類分析結(jié)果,表明根據(jù)形態(tài)測量進(jìn)行的分類結(jié)果可能會隨著分析的方法不同而有所不同。總體而言,鮻、圓吻凡鯔、綠背鮻、鯔、棱鮻等5種魚在主成分散點(diǎn)圖及判別函數(shù)散點(diǎn)圖(圖2、圖3)上都出現(xiàn)了較高程度的重疊,說明種間的區(qū)別不明顯,不能完全依靠單一的量度特征進(jìn)行分類鑒定。
利用基于CO I基因序列的DNA條形碼進(jìn)行物種鑒定有2個主要標(biāo)準(zhǔn)[9-10]:1)種間遺傳距離接近或大于種內(nèi)遺傳距離10倍。2)種內(nèi)遺傳距離一般不大于2%。鯔科魚類鄰接樹上的12個分支的分支間平均遺傳距離17.14%(7.26%~23.94%)約為分支內(nèi)平均遺傳距離0.24%(0~1.5%)的71倍,其中8種物種獨(dú)立成支,支持其物種有效性。對于混雜分支的魚類而言,因無法對從Genbank數(shù)據(jù)庫下載的序列進(jìn)行形態(tài)鑒定,在此僅對其分類地位的可能性作以下推測:1)鑒定有誤。由于魚類的種間外觀形態(tài)相似,個體形態(tài)隨著發(fā)育階段的不同而改變[27-28],故根據(jù)傳統(tǒng)分類學(xué)進(jìn)行分類時容易出現(xiàn)鑒定錯誤。下載的灰鰭鮻序列LizamelY.LeiZ1與實(shí)驗(yàn)測定的棱鮻序列聚合在分支1上,其余的灰鰭鮻序列占據(jù)了分支4,而分支1的分支內(nèi)遺傳距離0.2%遠(yuǎn)少于HEBERT等[9-10]提出的種內(nèi)遺傳距離為2%的閾值,表明下載的灰鰭鮻序列LizamelY.LeiZ1可能隸屬棱鮻。2)Liza sp.B與Liza sp.C是同一物種。因2者聚集的分支的分支內(nèi)遺傳距離為0,屬種內(nèi)差異[9-10]。3)圓吻凡鯔及長鰭莫鯔為同種異名。由于鯔科魚類種類繁多且種間的形態(tài)相似,其鑒定結(jié)果中存在不少同種異名,僅鯔就出現(xiàn)過至少33個同種異名[29]。由Genbank下載的長鰭莫鯔序列和實(shí)驗(yàn)室測定的圓吻凡鯔的序列混雜在分支12,其分支內(nèi)遺傳距離為0.2%,屬種內(nèi)水平[9-10],故推測它們可能是同種異名。4)雜交所致。當(dāng)種間的生殖隔離機(jī)制薄弱時容易出現(xiàn)雜交情況[30],雜交所產(chǎn)生的后代可能會偏向其中一種親本的形態(tài),而線粒體為母系遺傳,以致其分子與形態(tài)的鑒定結(jié)果不一致,造成鄰接樹上的分支出現(xiàn)不同物種的混雜。如CASTRO等[31]研究中就曾推測鯔科魚類因雜交而導(dǎo)致鄰接樹的混雜。雜交現(xiàn)象的確認(rèn)需結(jié)合更充足的樣本和核基因分析。
圖5 分支間(左)與分支內(nèi)(右)遺傳距離的柱狀圖Fig.5 The histogram of genetic distance between(left)and among(right)clades
圖6 鯔科魚類ABGD分析Fig.6 Automatic barcode gap discovery analyses of M ugilidae
鯔2個分支間的遺傳距離2.44%,約為分支內(nèi)平均遺傳距離0.08%的31倍,滿足HEBERT等[9-10]提出的10×法則,或可認(rèn)為是不同的物種。但因其分支間的遺傳距離接近 HEBERT等[9-10]提出的種內(nèi)閾值2%,且2個分支對應(yīng)的樣本的外部形態(tài)較為相似,故其可能仍隸屬同一物種。據(jù)宮亞運(yùn)等[32]對棱鳀屬(Thryssa)魚類和BUTLIN等[33]對 Chorthippus parallelus的研究,在分子上有較高的親緣關(guān)系且在形態(tài)上有局部差異的不同群體可能是同一物種的不同亞種,而本項(xiàng)研究中的鯔2個分支存在類似情況,二者分別對應(yīng)尾鰭長較長、體高較短,與尾鰭較短、體高較長等2組形態(tài),或可作為鯔的2個亞種。由于物種的進(jìn)化是連續(xù)的,種內(nèi)與種間的差異并沒有絕對的標(biāo)準(zhǔn)[34],故鯔2個分支的準(zhǔn)確分類地位需進(jìn)一步研究。
形態(tài)測量結(jié)果表明,鯔科魚類的外部形態(tài)較為相似,僅依據(jù)傳統(tǒng)的形態(tài)分類方法進(jìn)行鑒定會容易出現(xiàn)錯誤。結(jié)合形態(tài)測量及基于線粒體CO I基因5’端序列的DNA條形碼進(jìn)行分類,因統(tǒng)計(jì)學(xué)的客觀性與分子上種間與種內(nèi)間隔明顯等特點(diǎn),可提高鯔科物種鑒定結(jié)果的準(zhǔn)確性。正如我們在前期工作中,由于樣本的保存問題和傳統(tǒng)經(jīng)驗(yàn)不足等因素,曾將Liza sp.B與綠背鮻混淆,后通過形態(tài)測量及DNA條形碼分析則可準(zhǔn)確區(qū)分。
由于線粒體是母系遺傳,不能完全反應(yīng)雙親的遺傳信息,對于混雜成支的魚類中存在雜交情況的推測,需結(jié)合核基因進(jìn)一步驗(yàn)證。另外,本研究僅涉及中國鯔科魚類的部分屬種,且灰鰭鮻、Liza sp.B及鯔的樣本數(shù)量不足,無法進(jìn)行主成分、判別等分析,需在日后的采樣工作中補(bǔ)充物種及樣本數(shù)量,以進(jìn)一步明確中國鯔科魚類的分類地位,為種質(zhì)資源的管理與開發(fā)利用提供科學(xué)依據(jù)。
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