楊才偉 (成都市華陽中學(xué) 四川成都 610213)
1.1 DNA 雙鏈反向平行的方向標(biāo)識 雙鏈DNA的平面(一級)結(jié)構(gòu)中,每條單鏈都具有方向性,且雙鏈?zhǔn)欠聪蚱叫械模趺醋R別DNA 單鏈的方向? 目前普遍采用五碳糖的碳環(huán)標(biāo)號標(biāo)識方向,如圖1的核苷酸結(jié)構(gòu)模型中,接堿基形成共價(jià)鍵的碳是1 號,然后順時(shí)針標(biāo)號,5 號接磷酸,這端稱為5′端,3 號接羥基的為3′端;如圖2在形成DNA 單鏈后,α 鏈一端為5′端(一個(gè)磷酸單連),另一端必為3′端(無磷酸單連),即5′-3′鏈;與α鏈互補(bǔ)的β 鏈則方向相反,為3′-5′鏈。
1.2 空間DNA 遺傳信息讀取方向的復(fù)雜性DNA 的方向性決定遺傳信息具有方向,一個(gè)基因(DNA 片段)通常只有一條模板鏈,遺傳信息的讀取通常只有一個(gè)方向,但在空間動(dòng)態(tài)中找準(zhǔn)這個(gè)方向并不容易,因?yàn)镈NA 是空間雙螺旋結(jié)構(gòu),判斷模板鏈?zhǔn)悄臈l就有2 種可能,模板鏈的閱讀方向又有2 種可能。例如圖3是基因P 的一端,代表遺傳信息的序列可能是α 鏈的“ATGTCA……”或反向的“……ACTGTA”,或者是β 鏈的“TACAGT……”或反向的 “……TGACAT”,4 種不同的序列只有一種序列代表遺傳信息,如果不考慮遺傳信息堿基序列讀取的方向,基本無法找準(zhǔn)遺傳信息序列,也就無法找準(zhǔn)mRNA 上密碼子排序,編碼的多肽中氨基酸種類及排序的判斷也必然錯(cuò)誤。
目前研究證實(shí),在基因表達(dá)中,遺傳信息轉(zhuǎn)錄的讀取方向是3′→5′端[1],然而在許多空間動(dòng)態(tài)過程中,基因序列或基因模型并沒有方向標(biāo)識3′端或5′端,怎樣巧妙判斷遺傳信息的讀取方向,就非常有趣。
遺傳信息的讀取是一個(gè)連續(xù)動(dòng)態(tài)的過程,對于沒有模板鏈及其方向標(biāo)識的DNA(或基因)模型,仔細(xì)分析轉(zhuǎn)錄中物質(zhì)結(jié)構(gòu)的動(dòng)態(tài)變化,也可以巧妙判斷遺傳信息的讀取方向。
2.1 RNA 聚合酶移動(dòng)指示方向 RNA 聚合酶本身就能識別DNA 模板鏈的堿基序列,并合成mRNA,它的移動(dòng)方向就是轉(zhuǎn)錄的方向,必定是遺傳信息的讀取方向,也是mRNA 密碼子的讀取方向[2],如圖4中,RNA 聚合酶從②向①移動(dòng),轉(zhuǎn)錄方向②→①,讀取遺傳信息也從②→①,所以2 個(gè)密碼子是GCUACA,而不是ACAUCG,遺傳信息序列只能是CGATGT。
2.2 mRNA 釋放指示方向 圖5中的mRNA 先合成的先釋放,靠右端的先合成,正在向右端釋放,靠左端的正在轉(zhuǎn)錄,所以mRNA 釋放的方向,與RNA 聚合酶的移動(dòng)方向相反,也與轉(zhuǎn)錄方向②→①相反。故mRNA 釋放的方向與遺傳信息讀取方向相反。
2.3 起始(終止)密碼指示方向 由于起始密碼子編碼第1 個(gè)氨基酸,終止密碼子結(jié)束編碼氨基酸序列,它們本身就是遺傳信息讀取的方向,例如圖6,如果某染色體上P 基因和Q 基因編碼相應(yīng)蛋白質(zhì)前3 個(gè)氨基酸的DNA 序列如圖(起始密碼子均為AUG),則基因P 和基因Q 的模板鏈相同嗎? 相應(yīng)的遺傳信息序列是什么?
2 個(gè)方向分析發(fā)現(xiàn),基因P 只能找到β 鏈的TAC 與起始密碼子AUG 互補(bǔ)配對,其模板鏈?zhǔn)铅骆湥z傳信息序列為TACCTAGAT……;但基因Q 的β 鏈找不到與起始密碼子AUG 互補(bǔ)配對的TAC,只能在與β 鏈反向平行的α 鏈中,反向讀取TAC 與起始密碼子AUG 互補(bǔ)配對,說明基因Q 的模板鏈?zhǔn)铅?鏈,遺傳信息序列為TACCAGAGG……。本例就是借助起始密碼子AUG,分析發(fā)現(xiàn)基因P 和基因Q 的模板鏈不同,遺傳信息讀取的空間方向相反。
翻譯是遺傳信息表達(dá)的最后一個(gè)動(dòng)態(tài)過程,翻譯中物質(zhì)結(jié)構(gòu)的動(dòng)態(tài)變化,也能巧妙指示遺傳信息讀取的方向
3.1 核糖體移動(dòng)指示方向 核糖體是翻譯的唯一場所,核糖體移動(dòng)的方向,就是翻譯的方向,也是讀取mRNA 上面的密碼子的方向,如圖7中肽鏈長的先合成,核糖體先移動(dòng),核糖體從①→②移動(dòng),密碼子讀取的方向也是①→②。
3.2 tRNA 進(jìn)位指示方向 在翻譯中tRNA 上的反密碼子通過堿基互補(bǔ)配對,閱讀mRNA 上的密碼子,這時(shí)先進(jìn)位的tRNA 先讀取先離開,后進(jìn)位的后讀取,tRNA 的進(jìn)位(移動(dòng))方向總是與核糖體移動(dòng)方向相反,也與mRNA 上密碼子讀取方向相反。如圖8翻譯過程,其中→表示②④的移動(dòng)方向,則該段mRNA 編碼的氨基酸序列是什么? 如果忽視空間方向性,密碼子在①上,圖中4 個(gè)密碼子“CUU-UCU-UCG-GUA”,讀密碼子表,肽鏈為“亮氨酸-絲氨酸-絲氨酸-纈氨酸”,但是核酸的空間方向性客觀存在。圖中④先進(jìn)位先移開,讀碼應(yīng)該從“右→左”,密碼子為“AUG-GCU-UCU-UUC”,正確的氨基酸序列是“甲硫氨酸-丙氨酸-絲氨酸-苯丙氨酸”。
3.3 肽鏈合成指示方向 如圖9,在翻譯過程中,②位上tRNA 攜帶的肽鏈,將移向①位的tRNA,與①位tRNA 攜帶的氨基酸縮合形成一個(gè)新的肽鍵[3],肽鏈按此方向遞增氨基酸而延伸,因此肽鏈延伸 (合成) 的方向,正是密碼子讀取的方向,即“肽鏈在前,新加氨基酸在后”,讀取方向?yàn)棰凇佟D中密碼子是AUU 不是UUA,編碼異亮氨酸不是亮氨酸。
3.4 反密碼子指示方向 tRNA 上的反密碼子與mRNA 上的密碼子互補(bǔ)配對,它們的空間讀取方向一致。如圖10所示的tRNA(注:反密碼子從攜帶氨基酸的3′端開始讀碼)所攜帶的氨基酸是什么? 由于tRNA 反密碼子是UGC 而不是CGU,故配對的mRNA 上的密碼子是ACG 而不是GCA,進(jìn)而查密碼子表,圖中tRNA 攜帶的是蘇氨酸而不是丙氨酸。
3.5 反義RNA 結(jié)合指示方向 反義RNA 是DNA 非模板鏈一些特殊區(qū)段的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物,一般分子量小,在基因表達(dá)的調(diào)控中,它可與特異mRNA的起始端(5′端)互補(bǔ)成雙鏈,抑制核糖體與mRNA結(jié)合,適時(shí)阻止翻譯過程繼續(xù)進(jìn)行[4]。如圖11所示,正常翻譯的方向必然是①→②,即反義RNA與mRNA 的結(jié)合位點(diǎn),一般在翻譯的起始端。
在基因表達(dá)的空間立體動(dòng)態(tài)過程中,分析遺傳信息讀取的方向,能很好地培養(yǎng)學(xué)生的理性思維和空間想像能力,糾正平面靜止的慣性思維的一些錯(cuò)誤,對培育嚴(yán)謹(jǐn)?shù)目茖W(xué)核心素養(yǎng)具有重要意義。