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      金花普洱茶微生物組成譜的ITS和16sRNA基因文庫研究

      2018-05-24 08:56:01寧偉澤徐軍
      中國茶葉 2018年5期
      關(guān)鍵詞:金花普洱茶單胞菌

      寧偉澤,徐軍

      北京市中關(guān)村中學(xué),100000

      云南的金花普洱作為普洱茶中的珍貴種類,在我國已有千年歷史[1]。金花普洱是普洱茶中的極品,用傳統(tǒng)工藝制成的普洱茶,除偶爾出現(xiàn)“金花”外,還無法做到人為控制“金花菌”在普洱茶中的增殖。近來以改良工藝制備的“金花普洱緊壓茶”是用云南大葉種茶為原料,經(jīng)二次發(fā)酵制作而成,不僅茶多酚含量高,而且外觀有大量金色炫目的“金花”點(diǎn)綴,非常獨(dú)特[2]?!敖鸹ā泵耖g稱“金花菌”,學(xué)名叫“冠突散囊菌”,是對(duì)人體有益的酵素類菌,能分泌多種胞外酶催化茶葉化合物的轉(zhuǎn)化,改善茶葉品質(zhì),并被認(rèn)為具有強(qiáng)身健體、消食降脂、降糖抗氧化和防癌抗癌作用,而受到茶葉愛好者和研究者的關(guān)注[3]。

      近來出現(xiàn)的“金花普洱緊壓茶”中點(diǎn)綴的“金花”就是“冠突散囊菌”嗎?它的大量增殖會(huì)對(duì)普洱茶發(fā)酵的微生物菌群有何影響?

      傳統(tǒng)的微生物菌株鑒定和群落結(jié)構(gòu)分析方法主要依靠選擇性培養(yǎng)基計(jì)數(shù)和形態(tài)學(xué)及生理生化檢測,這些研究方法存在分析不完整和鑒定不準(zhǔn)確的問題[4]。隨著第二代高通量測序手段的成熟,宏基因組分析可以提供豐富數(shù)據(jù),從ITS和16sRNA擴(kuò)增子序列的聚類讀取,到全基因組所有結(jié)構(gòu)域分析,允許樣本無須培養(yǎng),直接進(jìn)行測序分類[5-6]。ITS和16sRNA分別為真菌和細(xì)菌核糖體基因中的一部分,它具有種內(nèi)基因序列相對(duì)一致而種間差異較為明顯的特征,通過二代測序技術(shù)檢測,可以特異準(zhǔn)確系統(tǒng)全面地分析普洱金花菌緊壓茶中是否存在冠突散囊菌,以及其真菌和細(xì)菌的組成譜。研究結(jié)果不僅有助于推廣這一新的制茶工藝,而且將有益于全社會(huì)的健康事業(yè)。

      一、材料與方法

      1.樣品制備及建庫測序

      金花普洱茶購于北京五方圣賢文化發(fā)展有限公司,5 g茶葉樣品用生理鹽水過濾,使用真菌DNA提取試劑盒提取對(duì)應(yīng)的DNA。使用PCR擴(kuò)增和TruSeq試劑盒構(gòu)建文庫,HiSeq2500進(jìn)行上機(jī)測序。

      2.數(shù)據(jù)分析流程

      (1)根據(jù)Barcode序列從下機(jī)數(shù)據(jù)中拆分出各樣品數(shù)據(jù)。截去Barcode和引物序列后,使用FLASH對(duì)每個(gè)樣品的序列進(jìn)行拼接。參照Qiime,過濾處理得到高質(zhì)量的序列。對(duì)比數(shù)據(jù)庫Unite da-tabase,檢測并去除嵌合體序列。

      (2)OTU聚類和物種注釋:利用Uparse軟件對(duì)序列進(jìn)行聚類,默認(rèn)以97%相似度將序列聚類成為OTUs(Operational taxonomic units)。比對(duì)Unit數(shù)據(jù)庫,對(duì)OTUs代表序列進(jìn)行物種注釋,并分別在各個(gè)分類水平:phylum(門)、class(綱)、order(目)、family(科)、genus(屬)、species(種)統(tǒng)計(jì)各樣本的群落組成。

      (3)香農(nóng)熵(Shannon entropy)可以評(píng)價(jià)物種多樣性程度,因此用于比較真菌和細(xì)菌在茶葉中豐度的多樣性。

      3.統(tǒng)計(jì)分析

      ITS和16s測序中香農(nóng)熵?cái)?shù)值比較應(yīng)用雙側(cè)T檢驗(yàn),統(tǒng)計(jì)軟件為SPSS 17.0.

      二、結(jié)果與分析

      1.ITS測序闡述真菌菌群分布

      將金花普洱茶分成3份,每1份茶葉分別提取DNA,進(jìn)行真菌的ITS二代測序。測序結(jié)果如表1所示,金花普洱茶中存在的真菌絕大多數(shù)屬于子囊菌門 (Ascomycota),散囊菌綱 (Eurotiomycetes),散囊菌目(Eurotiales),發(fā)菌科(Trichocomaceae),曲霉屬(Aspergillus)。在種水平,其中最高頻的OTU1(約99%)分別和4種真菌ITS區(qū)完全匹配,這4種真菌分別為:冠突曲霉(Asper?gilluscristatus,EF652078),肋狀曲霉 (Aspergillus?costiformis, HE615136),謝瓦氏曲霉(Aspergillus?chevalieri,EF652068),謝瓦氏曲霉間型變種(As?pergillus intermedius,EF652074)。

      2.16sRNA測序闡述細(xì)菌菌群分布

      將金花普洱茶分成3份,每1份茶葉分別提取DNA,進(jìn)行細(xì)菌的16sRNA二代測序。測序結(jié)果如圖1所示,變型菌門(Proteobacteria)和后壁菌門(Firmicutes)占到了所鑒定菌群的三分之二,是最具有優(yōu)勢的菌門。γ-變型菌綱(Gammaproteobacteria)和桿菌綱(Bacilli)在所鑒定的菌群中占比也超過三分之二,是最具優(yōu)勢的菌綱。但是在細(xì)菌目水平,不同樣本間菌群構(gòu)成比差異較大,假單胞菌目(Pseudomonadales)和乳桿菌目(Lactobacillales)是最高頻菌目,但是其在不同樣本間的比例差異較大,其他菌目比例較低且在不同樣本間存在較大差異。在細(xì)菌科水平,3個(gè)樣本最具優(yōu)勢的菌科分別為假單胞菌科(Pseudomonadaceae)、乳酸桿菌科(Lactobacillaceae)和腸桿菌科(Enterobacteriaceae),而且其所占比例在不同樣本間差異較大。假單胞菌屬(Pseudomo?nas)、乳酸桿菌屬(Lactobacillus)、志賀氏菌屬(Shi?gella)和鹽單胞菌屬(Halomonas)是最具優(yōu)勢的菌屬,但在不同樣本中差異較大。

      3.細(xì)菌和真菌多樣性比較

      通過分析3份金花普洱茶的16sRNA和ITS測序結(jié)果發(fā)現(xiàn),在屬水平,細(xì)菌和真菌特異屬的中位數(shù)分別為94和47。為了從整體上評(píng)價(jià)金花普洱茶的細(xì)菌和真菌分布情況,分別計(jì)算了金花普洱茶細(xì)菌和真菌的香農(nóng)熵,其中細(xì)菌多樣性顯著高于真菌多樣性(P=0.001,雙側(cè)T檢驗(yàn))(圖2)。

      表1 金花普洱茶真菌分布豐度

      圖1 3份金花普洱茶樣品最高頻的10種細(xì)菌

      圖2 3份金花普洱茶中細(xì)菌和真菌平均香農(nóng)熵?cái)?shù)值比較

      三、討論

      本研究首次采用高通量二代測序的方法評(píng)價(jià)金花普洱茶真菌和細(xì)菌組成譜。ITS測序結(jié)果顯示金花普洱茶富含曲霉屬真菌,其他屬真菌含量極低。但曲霉屬中,最高頻的菌種可能為冠突曲霉(As?pergilluscristatus,EF652078)、肋狀曲霉 (Aspergil?luscostiformis, HE615136)、謝瓦氏曲霉 (Aspergil?luschevalieri,EF652068)、謝瓦氏曲霉間型變種(As?pergillus intermedius,EF652074)中的一種或幾種。16sRNA測序結(jié)果顯示金花普洱茶中假單胞菌屬(Pseudomonas)、乳酸菌屬(Lactobacillus)、大腸桿菌屬(Escherichia-Shigella)和鹽單胞菌屬(Halomo?nas)是最具優(yōu)勢的菌屬,但是這幾種細(xì)菌在不同樣本中的比例差異較大,而且金花普洱茶中細(xì)菌種類及多樣性均顯著高于真菌的種類和多樣性。

      “金花菌”的鑒定一直存在分歧,其中冠突散囊菌在2012年青霉和曲霉國際委員會(huì)(ICPA)大會(huì)上正式被命名為冠突曲霉[7]。傳統(tǒng)的微生物菌株鑒定和群落結(jié)構(gòu)分析方法主要依靠選擇性培養(yǎng)基計(jì)數(shù)和形態(tài)學(xué)及生理生化檢測,這些研究方法存在分析不完整和鑒定不準(zhǔn)確的問題[4]。本研究采用高通量二代測序技術(shù)檢測真菌ITS基因序列,可以客觀系統(tǒng)地分析金花普洱茶中真菌組成譜。本研究結(jié)果顯示,該種方法制作出的金花普洱茶富含曲霉屬真菌,但僅靠ITS測序無法最終確定最高頻的真菌為冠突曲霉,后續(xù)還需聯(lián)合β‐微管蛋白基因(BenA)、鈣調(diào)蛋白基因(CaM)及RNA聚合酶II基因(RPB2)序列對(duì)上述4種真菌進(jìn)行全面鑒定。但是由于金花普洱茶中絕大多數(shù)為曲霉屬真菌,除冠突散囊菌外,其他和冠突散囊菌ITS區(qū)測序序列一致的3種真菌不會(huì)顯著抑制其他真菌的生長,因此金花普洱茶中最高豐度的真菌極有可能為冠突散囊菌。金花普洱茶中真菌組成譜呈現(xiàn)寡克隆性生長模式,曲霉屬真菌占據(jù)真菌組成譜中的99%,而且真菌物種多樣性顯著低于相應(yīng)細(xì)菌多樣性,這可能是由于冠突散囊菌顯著抑制其他屬真菌生長造成的。

      雖然變形菌綱(Gammaproteobacteria)和桿菌綱(Bacilli)是金花普洱茶中最具優(yōu)勢的菌綱而且占比超過三分之二,但是在目、科和屬水平上,金花普洱茶的菌群分布差異較大。

      綜上所述,金花普洱茶中富含曲霉屬真菌,極有可能為冠突散囊菌;同時(shí)富含假單胞菌屬,乳酸菌屬、大腸桿菌屬和鹽單胞菌屬等細(xì)菌,其中細(xì)菌物種多樣性超過真菌。

      參考文獻(xiàn)

      [1]張俊,陳文品,白文祥.普洱茶發(fā)展歷史三階段[J].中國茶葉,2004,26(1):35-37.

      [2]王麗麗.普洱金花菌緊壓茶及制法[J].農(nóng)村實(shí)用技術(shù),2013(2):36-37.

      [3]黃婧,楊民和.茯磚茶中“金花”菌的研究進(jìn)展及應(yīng)用潛力[J].福建茶葉,2013(1):7-12.

      [4]馬燕,趙明,周玲,等.普洱茶樣中“金花”微生物的分離鑒定[J].茶葉通訊,2011,38(2):17-20.

      [5]Hess M,Sczyrba A,Egan R,et al.Metagenomic discovery of biomass-degrading genes and genomes from cow rumen[J].Science,2011,331(6016):463-467.

      [6]Qin J,Li R,Raes J,et al.A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing[J].Nature,2010,464(7285):59-65.

      [7]Hubka V,Kolarik M,Kubatova A,et al.Taxonomic revision of Eurotium and transfer of species to Aspergillus[J].Mycologia,2013,105(4):912-937.

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