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      基于WebGL的三維醫(yī)學(xué)影像在線教學(xué)系統(tǒng)

      2018-09-10 18:26:15尚倩張寅升
      高教學(xué)刊 2018年6期
      關(guān)鍵詞:三維可視化醫(yī)學(xué)影像

      尚倩 張寅升

      摘 要:CT、MRI等三維醫(yī)學(xué)影像是臨床診斷的客觀依據(jù)之一,對于臨床直覺和形象思維的訓(xùn)練具有重要的價值。這類醫(yī)學(xué)影像的數(shù)據(jù)量通常較大,如單次CT掃描的原始多幀數(shù)據(jù)可達幾十兆到幾百兆字節(jié)。如此巨大的數(shù)據(jù)量給影像數(shù)據(jù)的網(wǎng)絡(luò)化傳輸和共享帶來了挑戰(zhàn),這使得很多有價值的影像案例只能囿于醫(yī)療機構(gòu)內(nèi)部的影像工作站系統(tǒng),無法形成大規(guī)模的共享教育資源。針對這一現(xiàn)狀,文章設(shè)計了一種基于WebGL的三維醫(yī)學(xué)影像在線教學(xué)系統(tǒng)。該系統(tǒng)首先通過一個醫(yī)學(xué)影像三維重建與分割模塊將原始多幀二維圖像轉(zhuǎn)化為OBJ、STL等高精度、高壓縮比的三維矢量模型,并統(tǒng)一存儲到案例庫,然后由用戶通過網(wǎng)頁瀏覽器中查看基于WebGL渲染的三維醫(yī)學(xué)對象。

      關(guān)鍵詞:WebGL;醫(yī)學(xué)影像;三維可視化;在線教學(xué)系統(tǒng)

      中圖分類號:G642 文獻標(biāo)志碼:A 文章編號:2096-000X(2018)06-0075-03

      Abstract: Three-dimensional medical imaging data, such as CT, is an objective reference for making clinical diagnoses. It is a valuable resource for cultivating clinical intuition and spatial thinking. Such medical imaging data is usually quite large. For example, a single CT scan can generate multi-frame data of tens of megabytes to several hundred megabytes. Such a huge data size poses a great challenge for web-based transmission and data sharing, causing a lot of valuable imaging data confined to local medical institutions and unable to be reused as a large-scale shared educational resource. In view of this situation, this paper designs a WebGL-based 3D medical imaging online teaching system. The system first converts the original multi-frame two-dimensional image into high-precision and high-compression-ratio three-dimensional vector model (e.g. OBJ, STL) through a 3D reconstruction and segmentation module of medical image, and stores it in the case base, and then the user can access the WebGL-rendered 3D medical objects inside web browsers.

      Keywords: WebGL; medical image; 3D visualization; online teaching system

      臨床診斷是臨床醫(yī)師結(jié)合臨床表現(xiàn)、體格檢查、實驗室結(jié)果、醫(yī)學(xué)影像等信息對患者做出的綜合判斷。在臨床診斷的教學(xué)過程中,CT、MRI等三維醫(yī)學(xué)影像對于醫(yī)生空間感和形象思維的訓(xùn)練至關(guān)重要。然而,此類影像數(shù)據(jù)在實際的醫(yī)學(xué)教育中遠沒有得到充分而有效的利用。其中的一個重要原因是此類影像數(shù)據(jù)量較大,不利于數(shù)據(jù)的傳輸和共享。例如,單次CT掃描的原始多幀數(shù)據(jù)可達幾十兆到幾百兆字節(jié)。此外,這些影像的原始數(shù)據(jù)形態(tài)為二維多幀圖像,醫(yī)生通常要依賴醫(yī)院內(nèi)部的專用影像工作站進行三維重建和查看。這使得很多有價值的影像案例只能局限于醫(yī)療機構(gòu)內(nèi)部,難以在不同醫(yī)療機構(gòu)之間形成可共享的教育資源。針對以上問題,本文將研究一種基于WebGL技術(shù)的三維醫(yī)學(xué)影像網(wǎng)絡(luò)共享方案,并實現(xiàn)一個基于b/s(browser/server)架構(gòu)的公共醫(yī)學(xué)影像在線教學(xué)系統(tǒng)。

      一、研究進展

      (一)醫(yī)學(xué)影像三維可視化

      醫(yī)學(xué)影像的三維可視化技術(shù)在臨床教學(xué)培訓(xùn)及醫(yī)學(xué)教育中已有若干研究和應(yīng)用,如:基于PACS/RIS的醫(yī)學(xué)影像案例教學(xué)[1]、可交互的心臟三維數(shù)字模型在心臟超聲教學(xué)中的應(yīng)用[2]、虛擬現(xiàn)實(virtual reality)技術(shù)用于動脈內(nèi)支架置放的術(shù)前模擬訓(xùn)練[3]、三維圖形技術(shù)呈現(xiàn)心臟發(fā)育過程[4]等。以上工作大多關(guān)注三維可視化本身的技術(shù)實現(xiàn)(如交互方式、三維呈現(xiàn)方式)或特定臨床場景的應(yīng)用研究,也有一些研究關(guān)注醫(yī)療業(yè)務(wù)流程集成及數(shù)據(jù)傳輸,如傳統(tǒng)的DICOM協(xié)議[5]、PACS系統(tǒng)和IHE集成方案[6]等。本文則重點關(guān)注如何以互聯(lián)網(wǎng)教育的形式實現(xiàn)高效而便捷的數(shù)據(jù)集中管理和跨機構(gòu)共享。

      (二)WebGL簡介

      要實現(xiàn)b/s架構(gòu)的三維可視化,傳統(tǒng)的面向桌面應(yīng)用的OpenGL或DirectX三維開發(fā)庫難以直接滿足需求。在這種背景下,WebGL應(yīng)運而生。WebGL是基于OpenGL ES 2.0的面向網(wǎng)頁客戶端的Javascript API接口規(guī)范,可以直接在網(wǎng)頁瀏覽器中實現(xiàn)對三維模型的渲染。WebGL以客戶端腳本的方式操作HTML5 Canvas容器中的三維對象,在底層,客戶端腳本語言被編譯為本地GPU可處理的原生代碼,保證了執(zhí)行性能的高效性。目前,已有若干研究探索了基于WebGL實現(xiàn)醫(yī)學(xué)三維可視化[7-11],使得對醫(yī)學(xué)影像數(shù)據(jù)的訪問能夠獨立于醫(yī)院內(nèi)PACS/RIS等影像工作站系統(tǒng)。這些研究表明基于WebGL實現(xiàn)醫(yī)學(xué)三維可視化具有可行性,是本文開展工作的重要依據(jù)。

      二、系統(tǒng)設(shè)計

      本文設(shè)計了一種基于WebGL技術(shù)的在線教學(xué)系統(tǒng),以實現(xiàn)三維醫(yī)學(xué)影像數(shù)據(jù)的網(wǎng)絡(luò)化共享。圖1顯示了系統(tǒng)的整體結(jié)構(gòu),工作流程如下:(1)生成三維模型。醫(yī)生或技師對影像設(shè)備或PACS系統(tǒng)中的原始二維多幀數(shù)據(jù)進行三維重建,并通過分割算法提取感興趣的解剖結(jié)構(gòu)或組織,進而形成面繪制模型,最后將模型導(dǎo)出為PLY、OBJ、STL等高精度、高壓縮比的三維矢量模型。(2)上傳案例數(shù)據(jù)。在征得患者同意的前提下,將三維模型文件等資源統(tǒng)一上傳到案例庫。上傳時,醫(yī)生可以指定案例數(shù)據(jù)的訪問權(quán)限,對于有示范意義的案例可以設(shè)置為公共訪問權(quán)限,供同行借鑒和學(xué)習(xí);其它案例可以設(shè)置為個人訪問權(quán)限,供日后個人研究和回顧使用。(3)公共教學(xué)案例視圖。系統(tǒng)對案例庫中的數(shù)據(jù)進行權(quán)限篩選,將具有公共訪問權(quán)限的數(shù)據(jù)呈現(xiàn)到公共教學(xué)案例視圖中。所有的終端用戶都可以訪問其中的案例數(shù)據(jù),系統(tǒng)還將提供案例的點評和批注功能,實現(xiàn)用戶間的互動和溝通。(4)個人研究案例視圖。對僅有個人訪問權(quán)限的數(shù)據(jù),該視圖可供用戶在線瀏覽、管理或下載個人案例數(shù)據(jù),主要服務(wù)于醫(yī)生個人管理數(shù)據(jù)和科學(xué)研究的需要。案例數(shù)據(jù)中的三維模型可以在支持WebGL標(biāo)準(zhǔn)的瀏覽器中直接進行交互式查看。

      三、系統(tǒng)實現(xiàn)

      基于以上的系統(tǒng)設(shè)計,本文選取介入心臟病學(xué)開展了案例研究。介入心臟病學(xué)是通過體外操縱心導(dǎo)管進行心血管疾病診斷和治療的學(xué)科,是一門強調(diào)實踐性和操作性的專科,受訓(xùn)者必須積累一定數(shù)量的手術(shù)案例才能達到專業(yè)標(biāo)準(zhǔn)。如ACC(American College of Cardiology,美國心臟病學(xué)會)要求受訓(xùn)者在上級醫(yī)師的指導(dǎo)下至少完成300例診斷性操作和250例治療性操作。對典型手術(shù)案例的實踐和學(xué)習(xí)是提高受訓(xùn)者專業(yè)水平的重要途徑。結(jié)合介入心臟病學(xué)教學(xué)培訓(xùn)的需求和前文的系統(tǒng)設(shè)計,本文開發(fā)了相應(yīng)的在線教學(xué)系統(tǒng)。該系統(tǒng)能夠?qū)崿F(xiàn)不同醫(yī)療水平醫(yī)院之間的病例共享和借鑒,使得受訓(xùn)者可以訪問資質(zhì)更高和經(jīng)驗更豐富的其他醫(yī)生的操作過程,從而為介入心臟病學(xué)的教學(xué)培訓(xùn)提供了一種有效的信息化教育手段。

      該系統(tǒng)包含以下子系統(tǒng):

      (一)醫(yī)學(xué)影像三維重建與分割模塊

      該模塊基于VTK(Visualization Toolkit,可視化工具包)開發(fā),支持DICOM格式的二維多幀圖像,主要功能包括:三正交聯(lián)動視圖、體繪制、面繪制、窗寬窗位調(diào)整、體數(shù)據(jù)分割(自適應(yīng)閾值分割、區(qū)域增長分割等),處理后的數(shù)據(jù)支持以PLY、STL或OBJ的格式導(dǎo)出(功能視頻見https://pan.baidu.com/s/1pKT34zL及https://pan.baidu.com/s/1i5Gxcvr)。經(jīng)測試,300MB的多幀DICOM圖像導(dǎo)出為STL三維模型后,體積小于10MB,壓縮比高達30:1。這種高壓縮率對于網(wǎng)絡(luò)化的案例共享和傳輸有重要意義。

      (二)網(wǎng)絡(luò)化案例管理平臺

      該平臺支持用戶以網(wǎng)頁客戶端訪問和管理案例庫,功能包括:上傳案例數(shù)據(jù)、三維模型的交互式顯示、案例點評等(圖 2)。平臺的核心模塊是一個基于WebGL開發(fā)的三維模型顯示控件。該控件支持的功能見圖2,讀者可以訪問在線演示版本http://brahma.top/Tool/WebGL。

      四、結(jié)束語

      本文所提出的在線教學(xué)系統(tǒng)有幾個特色:(1)受訓(xùn)者能夠接觸和學(xué)習(xí)來自不同醫(yī)院和不同專家的大量案例,在教學(xué)培訓(xùn)案例的多樣性上更有優(yōu)勢。特別是對介入心臟病等實踐性要求很高的學(xué)科,高層次醫(yī)院和高水平專家的手術(shù)案例對于提高教學(xué)培訓(xùn)效果和個人專業(yè)水平具有積極作用。(2)進一步挖掘臨床數(shù)據(jù)的利用價值。系統(tǒng)所使用的教學(xué)培訓(xùn)案例來自醫(yī)生上傳的真實案例,通常情形下,這些案例數(shù)據(jù)僅存儲在醫(yī)院內(nèi)部的影像管理系統(tǒng)中,僅供本院工作的醫(yī)生查閱和參考。對這些數(shù)據(jù)的共享一定程度上緩解了信息孤島的困境,使這些臨床數(shù)據(jù)在教學(xué)培訓(xùn)方面能夠發(fā)揮更大的價值。(3)兼顧教育培訓(xùn)和個人專業(yè)發(fā)展的需要。本系統(tǒng)直接面向醫(yī)生個人,對數(shù)據(jù)的存儲和管理不再受限于所歸屬醫(yī)院的內(nèi)部信息系統(tǒng)。這樣,即使在多點執(zhí)業(yè)、外地會診或工作調(diào)動的情況下,醫(yī)生也可以將案例統(tǒng)一管理到案例庫中,供日后隨時調(diào)閱,對于保障醫(yī)生個人職業(yè)發(fā)展和科學(xué)研究的連續(xù)性有正面作用。(4)技術(shù)層面上,充分利用了WebGL的平臺無關(guān)和多瀏覽器支持的特性,用戶在PC端及手機移動端的瀏覽器可直接以交互式的方式查看醫(yī)學(xué)三維數(shù)據(jù)。

      本系統(tǒng)目前已進入原型開發(fā)階段,開發(fā)中涉及到若干需解決的技術(shù)問題:(1)三維模型文件轉(zhuǎn)換過程中的信息損失。CT、MRI等原始多幀二維圖像對應(yīng)的三維體數(shù)據(jù)經(jīng)過分割后,通常僅保留用戶感興趣的組織(如骨骼、血管、軟組織等),這導(dǎo)致了其它上下文解剖結(jié)構(gòu)的丟棄。為此,可以考慮將原始二維圖像中的關(guān)鍵幀保留,與三維模型配合顯示。(2)流媒體服務(wù)中的數(shù)據(jù)調(diào)度策略及自適應(yīng)傳輸調(diào)節(jié)方法。案例數(shù)據(jù)除了三維模型文件外,還涉及手術(shù)錄像等其它異構(gòu)數(shù)據(jù)。對于這類視頻數(shù)據(jù),為保證良好的用戶體驗,網(wǎng)絡(luò)服務(wù)器應(yīng)支持流媒體服務(wù),以適應(yīng)不同網(wǎng)絡(luò)帶寬下的傳輸要求。(3)醫(yī)學(xué)影像數(shù)據(jù)中患者信息的自動識別和匿名處理(de-identification)技術(shù)。從保護病人隱私的角度出發(fā),后續(xù)應(yīng)開展相應(yīng)研究,對案例庫中的影像等各類患者進行有效的匿名化處理。

      參考文獻

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