張媛 梁嘉慧 羅云波 田晶晶 田洪濤 許文濤
(1. 河北農(nóng)業(yè)大學(xué)食品科技學(xué)院,保定 071001;2. 農(nóng)業(yè)部農(nóng)業(yè)轉(zhuǎn)基因生物安全評價(jià)(食用)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室 中國農(nóng)業(yè)大學(xué)食品科學(xué)與營養(yǎng)工程學(xué)院,北京 100083)
基因工程重要的特點(diǎn)之一是在體外實(shí)行DNA分子的切割和重新連接,因此工具酶是DNA體外操作必不可少的工具。工具酶種類繁多、功能各異,主要包括限制酶、聚合酶、連接酶、修飾酶和核酸酶5大類。獲得某種特殊的目的基因,大多需要工具酶——限制性內(nèi)切酶,將目的基因和載體DNA連接到一起,也需要工具酶——DNA連接酶。這些酶具有特異性的序列識別能力以及高效的生物催化活性,在一定的條件下可以對核酸分子進(jìn)行切割、連接、擴(kuò)增以及修飾等,同時(shí)工具酶的反應(yīng)條件溫和且具有出色的生物相容性。基于這些優(yōu)勢,工具酶被廣泛地應(yīng)用于核酸、蛋白質(zhì)和小分子等生物活性分子的分析檢測。常用的工具酶包括:限制性核酸內(nèi)切酶、甲基化酶、DNA連接酶、DNA聚合酶、末端脫氧核苷酸轉(zhuǎn)移酶、磷酸酶和磷酸激酶、單鏈核酸內(nèi)切酶、核酶等。在基因工程的研究中,多傾向于將兩種或多種工具酶混合使用,充分發(fā)揮各工具酶的功能,以達(dá)到最優(yōu)的應(yīng)用效果,如本文所述,可以利用甲基化酶和TdT酶共同作用構(gòu)建電化學(xué)傳感器、利用核酸外切酶和TdT酶構(gòu)建熒光生物傳感器等。
末端脫氧核苷酸轉(zhuǎn)移酶(Terminal deoxynucleotidyl transferase,TdT)是一種催化脫氧核苷酸結(jié)合到DNA或RNA分子的3′羥基端的無需模板的DNA聚合酶[1]。1958年,Bollum等[2]從小牛胸腺中純化并稱為小牛胸腺DNA聚合酶,后來因其催化聚合時(shí)不需要模板的特點(diǎn)改名為末端脫氧核苷酸轉(zhuǎn)移酶。此酶大量存在于胸腺中[3],少量存在于骨髓細(xì)胞內(nèi)[4],在煙草培養(yǎng)細(xì)胞中也含有此酶[5]。自1973年McCaffrey等[6]在急性淋巴母細(xì)胞白血病人的白細(xì)胞中發(fā)現(xiàn)此酶后,科學(xué)家們對此酶進(jìn)行了大量的研究,發(fā)現(xiàn)其對生物功能有很大的影響,TdT酶在體內(nèi)表達(dá)被認(rèn)為僅發(fā)生于原發(fā)性淋巴組織(胸腺和骨髓)中[7-9],現(xiàn)已被廣泛應(yīng)用于腫瘤的檢測和治療[6,10]、免疫組織化學(xué)分析[11]、作為某些白血病的診斷指標(biāo)[12-13]和某些人類癌細(xì)胞的生物標(biāo)志等方面[13-14]。自1958年來,科學(xué)家對末端脫氧核苷酸轉(zhuǎn)移酶的研究從未間斷,但是對于核心特征即可以不依賴于模板聚合的發(fā)生原因卻仍未探究清楚。即使如此,其獨(dú)特?zé)o模板便可擴(kuò)增的特性卻使得其在核酸標(biāo)記中具有很廣闊的前景,被廣泛應(yīng)用于核酸生物傳感、核酸納米技術(shù)和基因芯片技術(shù)等領(lǐng)域中。
DNA聚合酶的X家族是核酸轉(zhuǎn)移酶家族的亞類,TdT酶屬于DNA聚合酶的X家族,是基因結(jié)構(gòu)具有高度保守性的多結(jié)構(gòu)域蛋白[15-16]。1971年,Change等[17]提出了用于純化末端脫氧核苷酸轉(zhuǎn)移酶的簡化程序,通過平衡離心和凝膠電泳顯示該酶是均相的,其可被十二烷基硫酸鈉解離成α和β兩個亞基。后來Sabbioni[18]用放射性活性分析法證明它是含鋅的金屬酶,實(shí)驗(yàn)時(shí)常用Mg2+作為激活嘌呤核苷三磷酸聚合的激活劑,Co2+作為嘧啶核苷三磷酸聚合的激活劑,Srivastava[19]實(shí)驗(yàn)證明了Mg2+不能代替Zn2+,而Co2+可以代替Zn2+。
TdT酶的分子量為60 kD的金屬酶,最適pH值為7.2,二價(jià)離子如Mg2+、Mn2+和Co2+等可作為其輔因子,加速酶催化反應(yīng)[13,20]。核酸類似物如5-甲基-dCTP、6-O-甲基-dGTP等可作為反應(yīng)的底物,三磷酸雙脫氧胸腺嘧啶和三磷酸蟲草菌素作為為反應(yīng)的終止物。EDTA是非常有效的TdT酶抑制劑,只要微克分子水平的EDTA就可抑TdT酶的活性。金屬鰲合劑因除去了二價(jià)金屬離子而起到抑制作用,但它并不能改變酶的結(jié)構(gòu),也不與dNTP競爭,而與起始物競爭,阻礙了起始物和酶的結(jié)合,是一種金屬配基抑制劑。
TdT酶可催化dNTP或標(biāo)記了小分子的dNTP,如Cy3-dNTP和biotin-dNTP。聚合于RNA或單雙鏈DNA的3′-OH末端的反應(yīng),該反應(yīng)無需特定模板,但引物須至少有3個以上堿基的寡核苷酸。以RNA為模板時(shí),TdT性能嚴(yán)格依賴于受體RNA3′-末端的三級結(jié)構(gòu)和核苷酸種類。一般來說,TdT對RNA模板的作用效率比DNA模板低,目前的研究也多以DNA為模板進(jìn)行。TdT酶對于引物分子的具體序列無特殊要求,凡是帶有突出、凹陷或平滑的3′末端的單雙鏈DNA分子均可作為引物,其中3′突出末端摻入效率最高,而延伸產(chǎn)物的堿基序列則由反應(yīng)池中的dNTP的成分所決定[21-22],TdT酶已廣泛用于溶液中DNA的延伸或在表面制備DNA納米結(jié)構(gòu)[23-24]。
隨著對核酸研究的不斷深入,核酸參與的反應(yīng)不僅僅局限于液相體系,很多反應(yīng)也可在固相表面進(jìn)行,有使產(chǎn)物更容易分離等優(yōu)點(diǎn),如在核酸表面修飾巰基,可通過金硫鍵將核酸固定在金電極表面以進(jìn)行一系列的反應(yīng),具有類似性質(zhì)的界面材料如氧化石墨烯、玻碳電極和介孔二氧化硅等。
Wan等[25]基于靶標(biāo)誘導(dǎo)的莖環(huán)探針(Stemloop probe,SLP)和表面引發(fā)的酶促聚合(Surface initiated enzymatic polymerization,SIEP)的結(jié)構(gòu)轉(zhuǎn)換開發(fā)了兩種電化學(xué)DNA傳感器。首先,通過金硫鍵將5′末端巰基標(biāo)記的探針(命名為5-SLP)和3′末端標(biāo)記的探針(命名為3-SLP)固定在金電極表面。在傳感器的初始狀態(tài)下,兩種探針均采用莖環(huán)結(jié)構(gòu),從而避開捕獲探針未標(biāo)記的末端。當(dāng)探針與靶標(biāo)DNA雜交時(shí),SLP被改變?yōu)閯傂噪p鏈,因此5-SLP釋放了可由TdT酶催化的3′-OH末端,而3-SLP由于3′-OH末端被巰基標(biāo)記,阻止了TdT酶的作用,使用信號探針與3-SLP的5′末端雜交并提供3′-OH。經(jīng)過TdT酶的末端延伸反應(yīng)后,通過使用天然dNTP和生物素化的2′-脫氧腺苷-5′-三磷酸(Biotinylated 2′-deoxyadenosine 5′-triphosphate,biotin-dATP)的混合物,將生物素標(biāo)記到長單鏈DNA中,然后使用抗生物素蛋白-辣根過氧化物酶(Avidin-horseradish peroxidases,Av-HRPs)特異性結(jié)合生物素標(biāo)記以產(chǎn)生電化學(xué)信號,實(shí)驗(yàn)原理如圖1所示。3-SLP介導(dǎo)的傳感器靈敏度更高,可用來區(qū)分單個堿基錯配,可應(yīng)用于疾病相關(guān)DNA、microRNA和疾病相關(guān)蛋白的檢測。
圖1 5-SLP和3-SLP介導(dǎo)的生物傳感器實(shí)驗(yàn)原理圖[25]
由于TdT酶需在3′-OH端進(jìn)行延伸,所以要利用TdT酶可以延長核酸序列這一特點(diǎn)構(gòu)建生物傳感器時(shí),可利用不同的工具酶對核酸進(jìn)行切割以產(chǎn)生3′-OH。能夠?qū)⒕酆塑账徭湹牧姿岫ユI切斷的酶,稱為核酸酶。不同來源的核酸酶,其專一性、作用方式都有所不同,根據(jù)核酸酶作用的位置不同,又可將核酸酶分為核酸外切酶和限制性內(nèi)切酶,能識別特定的核苷酸順序,并從特定位點(diǎn)水解核酸的內(nèi)切酶稱為限制性核酸內(nèi)切酶。核酸外切酶Ⅰ、核酸外切酶Ⅲ、核酸外切酶Ⅶ等核酸外切酶和限制性核酸內(nèi)切酶如EcoR Ⅰ、SmaⅠ、甲基化酶等都能切割核苷酸產(chǎn)生3′-OH端。
Wu等[24]將DNA分子探針的3′末端設(shè)計(jì)成為巰基的發(fā)夾結(jié)構(gòu),且分子探針設(shè)計(jì)成包含了能被DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶特異性識別的特定序列,通過金硫鍵的強(qiáng)結(jié)合作用,將探針固定在金電極表面,避免在空氣中有3′端裸露。當(dāng)DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶存在時(shí)可將腺苷甲硫亮氨酸(SAM)上的甲基轉(zhuǎn)移到這個序列中腺嘌呤殘基上N6的位置上,形成的5′-G-Am-T-C-3′序列,該序列可被甲基化敏感的限制性內(nèi)切酶Dpn I特異性識別并切割,在電極表面產(chǎn)生具有3′-OH末端的新探針。隨后,通過TdT酶介導(dǎo)的延伸將biotin-dUTP并入到新探針的3′-OH末端,再加入鏈霉親和素標(biāo)記的堿性磷酸酶(streptavidinalkaline phosphatase,SA-ALP)與新探針上的標(biāo)記生物素結(jié)合,ALP酶催化1-萘基磷酸酯(1-naphthyl phosphate,1-NP)水解,產(chǎn)生一個放大的電化學(xué)信號。在沒有DNA甲基轉(zhuǎn)移酶時(shí),不會產(chǎn)生電化學(xué)信號,進(jìn)而實(shí)現(xiàn)對DNA甲基轉(zhuǎn)移酶活性的檢測。
Ma等[26]設(shè)計(jì)了在其3′末端被磷酸化的識別探針的發(fā)夾DNA,由于DNA探針在沒有DNA甲基轉(zhuǎn)移酶(Dam MTase)時(shí)不含游離的3′-OH官能團(tuán),因此不能被TdT酶延長。在Dam MTase的存在下,它可以甲基化識別序列以產(chǎn)生作為DpnI底物的甲基化 DNA(5′-GmA-T-C-3′)。然后,DpnI將甲基化探針切割成含有兩個游離3′-OH末端的3個短的單鏈DNA片段,含有游離3′-OH末端的DNA片段可以被TdT酶延長。TdT酶生產(chǎn)的富含G的產(chǎn)品可以被硫代黃素T(Thioflavin T,ThT)染料迅速識別,產(chǎn)生高度特異性的熒光增強(qiáng)信號,以檢測DNA甲基轉(zhuǎn)移酶的活性。
Xu等[27]開發(fā)了一種特異而靈敏的microRNA檢測方法,設(shè)計(jì)了一種與靶miRNA完全互補(bǔ)的3′-磷酸化的 DNA 探針(DNA-3′-PO3),由于該探針無3′-OH的ssDNA,所以不會被雙鏈特異性核酸酶(Duplex-specific nuclease,DSN)切割及TdT酶識別。當(dāng)靶標(biāo)存在的情況下,DNA-3′-PO3將與miRNA雜交形成雙鏈體,可被DSN酶識別。由于DSN酶只切割DNA / RNA雙鏈體中的DNA,目標(biāo)miRNA可被釋放與另一個DNA-3′-PO3探針雜交,同時(shí),可以在目標(biāo)循環(huán)反應(yīng)后收集帶有3′-OH的DNA片段作為TdT酶的引物,形成的超長多T尾的2′-脫氧胸苷5′-三磷酸(dTTP)與Cu2+結(jié)合形成聚(胸腺嘧啶)銅納米粒子(poly(thymine)-hosted copper nanoparticle,poly T-CuNps),產(chǎn)生強(qiáng)烈熒光。
Lu等[28]使用 TdT 酶在富含胞嘧啶(Cytosine,C)的dNTP(60% dCTP,40% dTTP)庫將引物延伸成富含C的DNA序列,并且富含C的序列可以折疊成i-基序,i-基序是非規(guī)范的DNA二級結(jié)構(gòu),其由兩個平行雙鏈體通過插入的C-C+堿基對氫鍵合在一起組成。新生的富含C的寡核苷酸序列將在酸性條件下折疊成i-基序結(jié)構(gòu),然后可被具有增強(qiáng)發(fā)光響應(yīng)的發(fā)光Ir(III)絡(luò)合物識別,產(chǎn)生強(qiáng)烈的熒光信號,原理如圖2-A所示。因此,該系統(tǒng)可以用作TdT酶活性測定的接通發(fā)光檢測平臺,與傳統(tǒng)的生物化學(xué)或免疫學(xué)測定相比,這種無標(biāo)記的基于i-基序的發(fā)光接通平臺相對簡單且成本較低。
Leung等[29]基于銥(iridium,Ir)(III)與 G-四聯(lián)體結(jié)合能夠形成增強(qiáng)發(fā)光響應(yīng)的復(fù)合物這一性質(zhì),開發(fā)了無標(biāo)記與結(jié)構(gòu)無關(guān)的傳感平臺。實(shí)驗(yàn)原理如圖2-B所示,在靶標(biāo)不存在的情況下,適配體將在3′-5′方向上被核酸外切酶(Exonucleautomotive,ExoI)消化,被切割成很多單核苷酸。因此,TdT酶將不能使核苷酸鏈延伸產(chǎn)生G-四聯(lián)體序列并且由于Ir(III)配合物的背景發(fā)射弱,所以系統(tǒng)的發(fā)光將會很弱。但是,增加了目標(biāo)誘導(dǎo)適體折疊成抗ExoI消化的二級結(jié)構(gòu),在由60% dGTP和40%dATP組成的dNTP庫的存在下,加入0.33 U/μL TdT酶在37℃反應(yīng)1 h后即可將DNA寡核苷酸延伸成隨機(jī)的富含鳥嘌呤的序列,在加入K+離子后,DNA將被誘導(dǎo)成G-四聯(lián)體結(jié)構(gòu),隨后被G-四聯(lián)體選擇性Ir(III)復(fù)合物識別并具有強(qiáng)烈的發(fā)光響應(yīng)。該傳感平臺不需要適體的特定二級結(jié)構(gòu),因此極大地簡化了DNA的設(shè)計(jì)步驟。
金屬納米簇是由幾個至幾十個原子組成的具有熒光性、水溶性的分子級聚集體。它因特有的量子尺寸效應(yīng)、光穩(wěn)定性強(qiáng)、反聚合能力強(qiáng)、生物相容性好等特點(diǎn),被廣泛應(yīng)用于生物傳感器、新型催化劑、腫瘤細(xì)胞的檢測及環(huán)境監(jiān)測等領(lǐng)域[30-32]。
圖2 TdT酶介導(dǎo)的四聯(lián)體生物傳感器實(shí)驗(yàn)原理圖[28-29]
Yuan等[33]利用Ag+與胞嘧啶之間的特異性相互作用強(qiáng)于其他3種堿基,在dCTP存在下,TdT酶催化脫氧核苷酸的重復(fù)添加以延長DNA引物的3′-OH末端,并因此產(chǎn)生富含胞嘧啶的長單鏈DNA模板。長鏈富含胞嘧啶的DNA可以作為寡核苷酸封裝的銀納米簇的合成模板,合成的DNA-AgNCs發(fā)出強(qiáng)烈的熒光(圖3-A)。根據(jù)這一性質(zhì),可構(gòu)建檢測核酸酶活性的新型生物傳感系統(tǒng)。Hu等[34]基于氧化石墨烯(Graphene oxide,GO)支持的末端脫氧核苷酸轉(zhuǎn)移酶生成的富含胞嘧啶的DNA納米微粒模板化銀納米簇(DNA nanotailtemplated silver nanoclusters,DNA-AgNCs)的獨(dú)特電催化活性,建立了一種新型的無標(biāo)記的生物傳感器。在dCTP存在下,TdT酶催化脫氧核苷酸的重復(fù)添加以延長DNA引物的3′-OH末端,并且生長的富含胞嘧啶的DNA可用于制備具有銀原子的胞嘧啶堿基的DNAAgNCs,可吸附在GO修飾的玻碳電極(GO-modified glassy carbon electrodes,GO/GCE)上,對H2O2還原具有較高的電催化活性,能夠?qū)崿F(xiàn)良好的電化學(xué)信號輸出。該方法為TdT酶活性檢測及其相關(guān)抑制劑篩選提供了一種簡便的方法,由于其具有較高的靈敏度和優(yōu)異的選擇性,因此在基于TdT酶的生物化學(xué)研究、疾病診斷和藥物發(fā)現(xiàn)的實(shí)際應(yīng)用中具有很大的潛力。
Zhou等[35]在引物和底物脫氧核糖核苷酸三磷酸(dNTP)存在下,TdT酶催化重復(fù)添加dNTP以延長DNA引物的3′-OH末端并因此產(chǎn)生長DNA序列,37℃孵育2.5 h后所得到的DNA可以用作合成熒光CuNCs的模板。因此,可以通過熒光的強(qiáng)度反映TdT酶的活性。實(shí)驗(yàn)還得出當(dāng)?shù)孜锍赜?0% dATP和50% dTTP組成時(shí),相應(yīng)的聚合產(chǎn)物是用于合成熒光CuNCs的最佳模板。Zhang等[36]使用獨(dú)立于模板的DNA聚合酶-TdT酶,在單鏈DNA(ssDNA)的3′-OH末端連續(xù)添加脫氧胸苷三磷酸(deoxythymidine Triphosphate,dTTP)37℃孵育2 h即可產(chǎn)生長的富含T的DNA納米線,該納米線可作為模板用來形成DNA銅納米簇(DNA nanowirestemplated copper nanoclusters,DNA-CuNCs),通過非共價(jià) π-π 堆積作用自組裝到GO-修飾的玻碳電極(GO/GCE)表面上來建立電化學(xué)測定,可以催化H2O2的還原,產(chǎn)生與TdT酶量成比例的強(qiáng)電化學(xué)信號,這種新的生物傳感策略對于進(jìn)一步開發(fā)基于CuNCs的生物傳感器具有積極作用,實(shí)驗(yàn)原理如圖3-B所示。。
Hu等[37]開發(fā)了一種基于TdT酶和DNA金納米 簇(Nucleic acid functionalized Au nanoparticles,DNA-AuNPs)的“樹枝狀”信號放大的無標(biāo)記電化學(xué)生物傳感器,用于DNA的檢測。制備過程具有3步放大:首先,“主干”(富含T的長序列)通過引入脫氧胸腺嘧啶三磷酸(Deoxythymine triphosphate,dTTP)作為底物池來構(gòu)建,這一過程需在37℃下反應(yīng)1 h;其次,將由poly-A DNA功能化的AuNPs與上述“主干”雜交,30 min后可形成更多的枝放大信號;最后,使用dATP∶dGTP=4∶6的混合dNTPs通過TdT酶使AuNPs上的核酸延伸,這種隨機(jī)形成的包含豐富G的DNA序列可以通過Pb2+誘導(dǎo)在室溫下形成G-四聯(lián)體,三苯基甲烷染料結(jié)晶紫(Crystal violet,mCV)可與G-四聯(lián)體特異性結(jié)合實(shí)現(xiàn)電信號輸出,實(shí)驗(yàn)原理如圖3-C所示。作者還將3步放大法與直接形成G-四聯(lián)體的一步信號放大法進(jìn)行對比,這種新型無標(biāo)記多步放大電化學(xué)DNA傳感器與單步放大實(shí)驗(yàn)相比具有更低的檢測限。
圖3 TdT酶介導(dǎo)的金屬納米簇實(shí)驗(yàn)原理圖[33,36-37]
電化學(xué)方法可以快速的分析酶活性,基于TdT酶介導(dǎo)的延伸策略,可以建立簡單且高效的電化學(xué)測定法,用于敏感且無標(biāo)記的DNA相關(guān)酶活性檢測。Hu和 Zhang等[33,35]證明了原位生長的 DNA 納米模板AgNCs和CuNCs可以吸附在GO修飾電極上,對H2O2還原具有較高的電催化活性,為電化學(xué)傳感器的構(gòu)建提供良好的輸出信號。由于TdT酶可使dNTP延伸,吸附金屬離子產(chǎn)生金屬納米簇,因此可以利用以上兩種性質(zhì)進(jìn)行電化學(xué)生物傳感器的構(gòu)建。
Wei等[38]利用了三重級聯(lián)信號放大效應(yīng)設(shè)計(jì)了用于檢測 Pb2+的電化學(xué)脫氧核酶(DNA enzyme,DNAzyme)傳感器。當(dāng)存在靶標(biāo)Pb2+時(shí),3′端磷酸化的DNAzyme催化DNA 序列(8-17 E)被激活,且雙巰基功能化發(fā)夾(HP)底物鏈可以被切割以暴露3′-OH,可以被TdT酶催化將生物素標(biāo)記的dUTP依次添加到底物鏈的3′-OH 端。用牛血清白蛋白(Bovine serum albumin,BSA)封閉后,鏈霉親和素標(biāo)記的5 μg/mL的20 μL堿性磷酸酯酶(SA-ALP)通過其與生物素的親和作用連接到電極上,ALP催化1-萘基磷酸酯(1-NP)生成電活性物質(zhì)1-萘酚,產(chǎn)生電化學(xué)信號,實(shí)現(xiàn)對Pb2+的靈敏檢測,最低檢測限為0.043 nmol/L,當(dāng)不存在Pb2+時(shí),電化學(xué)響應(yīng)較弱。
Liu等[21]通過TdT酶聚合制備富含G的隨機(jī)DNA序列,并證明了這種隨機(jī)富含G的DNA能夠形成G-四聯(lián)體,通過實(shí)驗(yàn)得出當(dāng)dNTP池中有60%dGTP和40% dATP時(shí)G-四聯(lián)體活性最高。此外,這些G-四聯(lián)體可以結(jié)合到氯化血紅素上以形成過氧化物酶模擬脫氧核酶,并與G-四聯(lián)體特異性染料產(chǎn)生熒光配合物。基于以上原理Liu等研發(fā)了兩種檢測簡單且無標(biāo)記的檢測TdT酶活性的策略,包括基于脫氧核糖核酸酶的比色測定法和實(shí)時(shí)熒光測定法,后者的檢測限為0.05 U。該實(shí)驗(yàn)的實(shí)時(shí)檢測方法為臨床診斷中關(guān)鍵酶的生化分析提供了一種可行的方法,且操作相對傳統(tǒng)方法更加簡便。
Tian等[39]基于多重超聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(Multiplex super polymerase chain reaction,MS-PCR) 和 不 對稱尾部雜交鏈反應(yīng)(Asymmetric tailing hybridization chain reaction,AT-HCR)開發(fā)并驗(yàn)證了超靈敏的比色雙重檢測病原體的方法。實(shí)驗(yàn)采用20 U/L的TdT酶催化ssDNA尾部的延伸,孵育60 min后與hemin形成G-四聯(lián)體DNA核酶,表現(xiàn)出辣根過氧化物酶(HRP)模擬酶的活性,新形成的脫氧核酶可以通過H2O2催化ABTS2-變?yōu)榫G色的ABTS·-,該方法可直接進(jìn)行可視化分析,且靈敏度較高用時(shí)較短。
Miao等[40]開發(fā)了一種新的比色性DNA酶納米線傳感器,用于靈敏和選擇性定量測定脂多糖(Lipopolysaccharides,LPS),其用肉眼觀察的半定量極限可達(dá)20 ng/mL。在存在LPS的情況下,適體-引發(fā)劑(Aptamer-Initiator,AI)的一端的LPS-適體與LPS形成LPS/適體復(fù)合物,AI另一端的引發(fā)劑開始通過HCR交替打開H1和H2。此外,在HCR過程之后,TdT酶誘導(dǎo)的G-四聯(lián)體DNA核酶沿著帶切口的超dsDNA多聯(lián)體納米線自組裝。氯化血紅素(Hemin)作為嵌入G-四聯(lián)體結(jié)構(gòu)中的配體形成辣根過氧化物酶(Horse Radish Peroxidase,HRP)模擬DNA酶,催化過氧化氫(H2O2)/ TMB產(chǎn)生明顯的亮黃色。在不到2 h時(shí)內(nèi),實(shí)現(xiàn)了比色反應(yīng),檢測到的LPS濃度可低至100 pg/mL,它也可以靈活地轉(zhuǎn)化為其他適配子識別的非核酸靶標(biāo),如離子、蛋白質(zhì)、生物分子和細(xì)胞等,具有廣闊的應(yīng)用前景。
Zhang等[41]開發(fā)了一種無標(biāo)記、高通量的生物發(fā)光方法,通過酶介導(dǎo)的三環(huán)級聯(lián)信號放大來靈敏檢測尿嘧啶DNA糖基化酶(Uracil DNA Glycosylase,UDG),此法高靈敏度,檢測限低至0.000 31 U/mL。在UDG的存在下,DNA雙鏈體中的一條鏈可產(chǎn)生嘌呤/脫嘧啶(Apurinic/apyrimidinic,AP)位點(diǎn),可被嘌呤/嘧啶核酸內(nèi)切酶(Apurinic/apyrimidinic endonuclease,APE1)切割,得到帶有游離3′-OH末端的DNA片段可啟動TdT酶介導(dǎo)的聚合反應(yīng),在dTTPs存在下產(chǎn)生長的富含T的序列。再用富含A的輔助探針,通過T7 核酸外切酶(T7 Exonuclease,T7Exo)從其5′末端特異性降解以釋放大量的AMP和dAMP,在磷酸烯醇式丙酮酸(Phosphoenolpyruvate,PEP)和dCTP存在下腺苷酸激酶(Adenylate kinase,AK)和丙酮酸激酶(Pyruvate kinase,PK)酶促反應(yīng)的組合將釋放的AMP轉(zhuǎn)化成ATP,并且隨后將ATP轉(zhuǎn)化成AMP產(chǎn)生強(qiáng)烈的生物發(fā)光信號。
Yuan等[42]進(jìn)行了基于高效表面等離子體共振(Surface plasmon resonance,SPR)的DNA檢測研究,兒茶酚紫(Catechol violet,CV)能夠聚合成寡聚物或與金屬離子螯合,實(shí)驗(yàn)中CV與dsDNA-復(fù)合的銅納米簇(CuNPs @ dsDNA)結(jié)合或形成寡聚體,引起顯著的質(zhì)量增加并作為提高SPR響應(yīng),通過原位合成由聚-T序列dsDNA模板化的CuNPs并與納米效應(yīng)沉積協(xié)同地開發(fā)了新的SPR-DNA傳感器。首先,tDNA與探針雜交,以將TdT酶介導(dǎo)的DNA延伸活化到SPR芯片的表面上,從而在雙鏈DNA末端到金芯片表面形成長的poly-T序列ssDNA鏈,并通過與優(yōu)化的探針雜交產(chǎn)生巨大的SPR響應(yīng)。然后,在單鏈核苷酸鏈上同步產(chǎn)生的CuNPs錨定在dsDNA衍生物中,導(dǎo)致明顯的SPR信號擴(kuò)大。最后,CuNPs@ dsDNA通過添加CV和H2O2觸發(fā)沉淀的實(shí)時(shí)轉(zhuǎn)化,以實(shí)現(xiàn)最終的信號放大。
目前基于TdT酶輔助的信號放大策略,構(gòu)建得到了一系列簡單靈敏的功能核酸生物傳感器,其顯著的優(yōu)勢在于TdT酶利用脫氧核苷酸在3′羥基末端延伸時(shí)不需要特定的模板,具有普遍適用性;其次,經(jīng)TdT酶延伸形成的信號輸出產(chǎn)物多樣,可以實(shí)現(xiàn)多種模式的信號輸出,滿足不同的生物傳感器需求。更重要的是,由于TdT酶獨(dú)特的性質(zhì)其介導(dǎo)的生物傳感器檢出限相對較低,可顯著提高檢測的靈敏度。
現(xiàn)今對TdT酶的生物傳感器研究仍屬于初級階段,還存在一些問題亟待解決,要想使其得到更廣泛的應(yīng)用,則需對TdT酶的核心特征即可以不依賴于模板聚合的具體生物學(xué)機(jī)制進(jìn)行進(jìn)一步的研究,確定其空間構(gòu)象結(jié)構(gòu)與功能發(fā)揮的關(guān)系,便于進(jìn)一步從合成生物學(xué)的角度來提升酶活及改造酶的特性。目前TdT酶介導(dǎo)的生物傳感器大多是對單一物質(zhì)進(jìn)行檢測,在今后的研究中如何利用TdT酶的性質(zhì)將TdT酶介導(dǎo)的生物傳感器與其他類型的傳感器相結(jié)合,以實(shí)現(xiàn)多種靶物質(zhì)的同時(shí)快速檢測,將成為未來研究的主要方向。另外,TdT酶與功能核酸聯(lián)合介導(dǎo)的生物傳感器的設(shè)計(jì)相對簡單,且構(gòu)建方便,人們可以充分利用不同功能核酸的性質(zhì)發(fā)揮功能核酸的優(yōu)勢,結(jié)合TdT酶的信號放大功能,使TdT酶介導(dǎo)的功能核酸生物傳感器應(yīng)用于更多的領(lǐng)域,如快速檢測領(lǐng)域??焖贆z測即在采樣現(xiàn)場即刻進(jìn)行分析,省去標(biāo)本在實(shí)驗(yàn)室檢驗(yàn)時(shí)的復(fù)雜處理程序,快速得到檢驗(yàn)結(jié)果的一類方法,由于其耗時(shí)短,操作簡便等優(yōu)點(diǎn)被廣泛的應(yīng)用到各種檢測領(lǐng)域,要想使TdT酶在快速檢測領(lǐng)域得到應(yīng)用,則應(yīng)需尋找一種方法封閉酶的活性以便于酶的貯存和運(yùn)輸。