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      雙方生母參與下半同胞關(guān)系鑒定中的似然比算法

      2019-02-10 11:15:02
      法醫(yī)學(xué)雜志 2019年6期
      關(guān)鍵詞:生父生母基因座

      (中山大學(xué)中山醫(yī)學(xué)院法醫(yī)學(xué)系,廣東 廣州 510080)

      在親子鑒定實踐中,常有委托人由于特殊原因要求鑒定兩個個體之間是否存在半同胞(同父異母或同母異父)關(guān)系,稱其為半同胞關(guān)系鑒定,多見于遺產(chǎn)繼承、入戶、認(rèn)親等案件。這一類鑒定往往由于缺乏家系中父親和(或)母親的遺傳信息而使得分析較為復(fù)雜、困難。鑒定半同胞的報道和方法很多,對于雙親皆無時兩個個體可參考經(jīng)典的ITO法[1]、判別函數(shù)法[2-3]以及常染色體STR基因座的狀態(tài)一致性(identity by state,IBS)等位基因個數(shù)評分[4]等,對于單方生母(或生父)參與時半同胞關(guān)系似然比(likelihood ratio,LR)的計算也已有相關(guān)的報道[5]。但上述算法如應(yīng)用于雙方生母(或生父)參與情形下的半同胞關(guān)系鑒定時,損失一方或雙方生母(或生父)所提供的遺傳信息,極有可能會降低鑒定意見的把握度[6]。因此在分析時有必要將雙方生母的遺傳信息同時考慮進去。在實際案件中,常見的半同胞關(guān)系鑒定案件多為生父無法參與鑒定的同父異母半同胞關(guān)系鑒定。針對這一需求,本研究推導(dǎo)并概括雙方生母參與時半同胞關(guān)系LR的計算公式,以便應(yīng)用于實際案件。

      1 方法與結(jié)果

      1.1 建立假設(shè)檢驗

      設(shè)兩名被鑒定人S1和S2及其各自生母M1和M2,在M1和M2參與鑒定情況下判斷S1和S2是否為半同胞。由于S1和S2及其各自生母M1和M2的親生關(guān)系已確定,因此鑒定S1和S2是否為半同胞可簡化為S1和S2是半同胞還是無關(guān)個體。據(jù)此建立以下假設(shè)檢驗(圖1):

      原假設(shè)H0:參與鑒定的兩名孩子S1和S2是無關(guān)個體(S1和S2的生父為無關(guān)個體)。

      備擇假設(shè)H1:參與鑒定的兩名孩子S1和S2是半同胞(S1和S2的生父是同一人)。

      以上檢驗假設(shè)所對應(yīng)的家系圖如圖1所示。

      圖1 雙方生母參與時兩名被鑒定人半同胞鑒定的檢驗假設(shè)

      1.2 不同假設(shè)情形下遺傳學(xué)證據(jù)的條件概率計算

      設(shè) GM1、GM2、GS1、GS2、GF、GF1和 GF2分別為圖 1 所示相應(yīng)個體的基因型,GM1、GM2、GF、GF1和 GF2在人群中的概率可以依據(jù)相應(yīng)的等位基因頻率計算得到。GS1和GS2的概率是一種條件概率,即在給定父母基因型(概率)的情形下,依據(jù)孟德爾遺傳規(guī)律產(chǎn)生相應(yīng)子代的概率。依據(jù)概率原理,H0、H1假設(shè)情形下遺傳學(xué)證據(jù)(G0、G1)的條件概率可以分別表示為:

      1.3 計算LR

      P(G1|H1)與P(G0|H0)的比值即為雙方生母參與時半同胞關(guān)系的LR:

      依據(jù)孟德爾遺傳規(guī)律,可以得到給定父母基因型時子代的概率計算方法。若父母的基因型均為純合子,則子代相應(yīng)基因型的概率為1×1;若父母的基因型一方為純合子、一方為雜合子,則子代基因型的概率為1×0.5或0.5×1;若父母的基因型均為雜合子,則子代亦為雜合子且與父母基因型均相同的概率為2×(0.5×0.5),除此之外的子代基因型的概率均為0.5×0.5。

      1.4 雙方生母參與時半同胞關(guān)系LR的計算

      不考慮突變的情形下,S1和S2分別與生母M1和M2有一個等位基因相同。因此,在一個常染色體STR基因座上,S1、S2、M1和M2最多可檢出6種等位基因,最少應(yīng)檢出1種等位基因。據(jù)此,可推導(dǎo)出S1、S2、M1和M2不同的基因型組合。下面以S1、S2、M1和M2均為相同的純合子(即四者檢出1種等位基因時的一種基因型組合形式)和S1、S2、M1和M2均為相同的雜合子(即四者檢出2種等位基因時的一種基因型組合形式)為例計算相應(yīng)的半同胞關(guān)系LR。等位基因由大寫字母P、Q、R、S、T、U表示,其相應(yīng)的小寫字母代表其基因頻率。

      1.4.1 S1、S2、M1和M2基因型均為純合子PP

      等位基因P的概率記作p,設(shè)X為該STR基因座上所有非P等位基因,則等位基因X的概率x=1-p。依照S1、S2、M1和M2的基因型,推測圖1中F、F1、F2的基因型均有PP和PX兩種可能,則:

      將公式(4)和(5)代入公式(3),可以得到:

      1.4.2 S1、S2、M1和M2基因型均為雜合子PQ

      等位基因P、Q的概率分別記作p、q,設(shè)Y為該STR基因座上所有非P、非Q等位基因,則等位基因Y的概率y=1-p-q。依照 S1、S2、M1和 M2的基因型,推測圖 1中F、F1、F2的基因型均有PP、QQ、PQ、PY、QY 5種可能,則:

      將公式(7)和(8)代入公式(3),可以得到:

      1.4.3 雙方生母參與時半同胞關(guān)系時LR的計算

      根據(jù)1.4.1節(jié)和1.4.2節(jié)類似的方法,可推導(dǎo)出不同M1、S1以及M2、S2的基因型組合情形下LR的計算公式,共可分為4種情況。

      (1)S1和S2無相同生父基因,半同胞關(guān)系LR為0.5;

      (2)S1和S2均只有1個生父基因,且該生父基因相同,半同胞關(guān)系LR計算公式為:LR=0.5(1+1/p);

      (3)S1、S2之一有2個生父基因,另一子只有1個生父基因且該基因與前者2個生父基因之一相同(情況①),或S1和S2的2個生父基因均相同(情況②),半同胞關(guān)系LR計算公式為:LR=0.5[1+1/(p+q)];

      (4)S1和S2各有2個生父基因,且其中1個生父基因相同,半同胞關(guān)系LR計算公式為:LR=0.5[1+p/(p+q)(p+r)]。

      部分基因型組合的LR計算公式見表1。

      表1 雙方生母參與下部分基因型組合的半同胞關(guān)系LR計算公式舉例

      1.5 案例應(yīng)用

      2016年10月,本鑒定中心受理了一起雙方生母參與情形下的半同胞鑒定案例。M1自述為S1(男性)的生母,M2自述為S2(女性)的生母,要求鑒定S1和S2是否為同父所生兄妹。分別采集4名被鑒定人外周血,采用Goldeneye?DNA身份鑒定系統(tǒng)25A[基點認(rèn)知技術(shù)(北京)有限公司]進行23個常染色體STR基因座的分型,分型結(jié)果見表2。

      表2 常染色體STR基因座分型結(jié)果及不同基因型組合的LR計算結(jié)果

      從表 2 可以看出,M1和 S1、M2和 S2在D13S317等23個常染色體STR基因座均符合孟德爾遺傳規(guī)律。依據(jù)文獻[7-8]所報道的漢族人群中D19S433等19個常染色體STR基因座等位基因頻率,計算M1和S1、M2和S2的二聯(lián)體親權(quán)指數(shù)分別為7.8452×106、1.2201×109,從而在遺傳學(xué)上確認(rèn)M1和S1以及M2和S2的親生關(guān)系。

      基于 M1是 S1生母、M2是 S2生母的前提,計算 2 種假設(shè):(1)S1和S2的生父為同一人;(2)S1和S2的生父是無關(guān)個體的情況下,出現(xiàn)本案例中常染色體STR分型結(jié)果的概率之比為7.1931×102,不能排除S1和S2之間存在同父異母半同胞關(guān)系。

      2 討 論

      在親緣關(guān)系鑒定中,鑒定意見的把握度受被鑒定人中具有明確血緣關(guān)系的被鑒定人數(shù)目以及所采用的多重STR分型系統(tǒng)對相應(yīng)親緣關(guān)系的識別系統(tǒng)效能的影響[9]。常規(guī)的商業(yè)化常染色體分型系統(tǒng),如Goldeneye?DNA身份鑒定系統(tǒng)20A[基點認(rèn)知技術(shù)(北京)有限公司]、Sinofiler、Identifiler等,對經(jīng)典的父-母-子三聯(lián)體親權(quán)鑒定的系統(tǒng)效能要遠(yuǎn)高于其對于父(母)-子二聯(lián)體親權(quán)鑒定的系統(tǒng)效能[10]。究其原因是由于三聯(lián)體較二聯(lián)體多了一個已知血緣關(guān)系的單親參照(生母或生父)?;谕瑯拥睦碛?,在現(xiàn)有常染色體STR分型系統(tǒng)對生母參與情形下甄別半同胞或無關(guān)個體關(guān)系案件的系統(tǒng)效能有限的情形下,忽略生母遺傳信息將極大可能降低鑒定意見的把握度。比較生母參與或不參與鑒定,多數(shù)情形下即使兩名參與鑒定的孩子的基因型組合相同,但相應(yīng)的計算公式并不相同,這是因為在生母參與時多數(shù)情形下可以推導(dǎo)出孩子的生父基因。在必要時,還需增加其他分型系統(tǒng),如Y-STR、X-STR、mtSNP等的檢驗,以獲得更加明確的意見。

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